View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21585_low_9 (Length: 520)

Name: NF21585_low_9
Description: NF21585
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21585_low_9
NF21585_low_9
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (204-520)||(16992920-16993236)
chr1 (204-520)||(31355634-31355950)
chr1 (5-144)||(31355434-31355573)
chr1 (5-144)||(16992721-16992860)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (204-520)||(464509-464825)
scaffold0002 (5-144)||(464885-465024)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (204-520)||(35898095-35898411)
chr5 (5-144)||(35897896-35898035)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (204-520)||(52053918-52054234)
chr3 (204-520)||(53573528-53573844)
chr3 (5-144)||(52054294-52054433)
chr3 (5-144)||(53573904-53574043)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (204-520)||(30198673-30198989)
chr2 (5-144)||(30199049-30199188)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 204 - 520
Target Start/End: Original strand, 16992920 - 16993236
Alignment:
204 cgtgtagaagaacaaaggtaagcaaggttccaaaaatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacacaagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtg 303  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16992920 cgtgtagaagaacaaaggtaagcagggttccaaaaatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacataagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtg 16993019  T
304 tccaacactagtgatttacaatgtcaacaccaatttgcatcgtcaattacaagtgcacctctatgggttaataatgcatacaatcaaccatctatggtta 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
16993020 tccaacactagtgatttacaatgtcaacaaccatttgcatcgtcaattacaagtgcacctatatggcttaataatgcatacaatcaaccatctatggtta 16993119  T
404 gctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaactatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtaggtaggcgatgtaacttctagtcaatttg 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |    
16993120 gctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaactatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggagacgatggaacttctagtcaattcg 16993219  T
504 gtgttgctcgtgttact 520  Q
    |||||||| || |||||    
16993220 gtgttgctagttttact 16993236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 204 - 520
Target Start/End: Original strand, 31355634 - 31355950
Alignment:
204 cgtgtagaagaacaaaggtaagcaaggttccaaaaatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacacaagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtg 303  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
31355634 cgtgtagaagaacaaaggtaagcagggttccaaaaatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacataagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtg 31355733  T
304 tccaacactagtgatttacaatgtcaacaccaatttgcatcgtcaattacaagtgcacctctatgggttaataatgcatacaatcaaccatctatggtta 403  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
31355734 tccaacactagtgatttacaacgtcaacaaccatttgcatcgtcaattacaagtgcacctatatggcttaataatgcatacaatcaaccatctatggtta 31355833  T
404 gctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaactatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtaggtaggcgatgtaacttctagtcaatttg 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |    
31355834 gctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaactatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggagacgatggaacttctagtcaattcg 31355933  T
504 gtgttgctcgtgttact 520  Q
    |||||||| || |||||    
31355934 gtgttgctagttttact 31355950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 144
Target Start/End: Original strand, 31355434 - 31355573
Alignment:
5 gtaaaggggtttaagaacaacaaaggtccaaagggttcaaaacgttggaaaggttgggtagaaacaaaattggccaagagaaagaaatgtgcgaagtcca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
31355434 gtaaaggggtttaagaacaacgaaggtccaaagggttcaaaacgttggaaaggttgggtagaaacaaaactggccaagagaaagaaacgtgcgaagtcca 31355533  T
105 ttgcttcacaaattcaagaacctatggtattattaatata 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
31355534 ttgcttcacaaattcaagaacctatggtattattaatata 31355573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 5 - 144
Target Start/End: Original strand, 16992721 - 16992860
Alignment:
5 gtaaaggggtttaagaacaacaaaggtccaaagggttcaaaacgttggaaaggttgggtagaaacaaaattggccaagagaaagaaatgtgcgaagtcca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
16992721 gtaaaggggtttaagaacaacgaaggtccaaagggttcaaaacgttggaaaggttgggtagaaacaaaactggccaagagaaagaaacgtgcgaagtcca 16992820  T
105 ttgcttcacaaattcaagaacctatggtattattaatata 144  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
16992821 ttgcttcacaaattcaagaacctttggtattattaatata 16992860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 265; Significance: 1e-147; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 204 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 464825 - 464509
Alignment:
204 cgtgtagaagaacaaaggtaagcaaggttccaaaaatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacacaagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtg 303  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
464825 cgtgtagaagaacaaaggtaagcagggttccaaaaatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacataagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtg 464726  T
304 tccaacactagtgatttacaatgtcaacaccaatttgcatcgtcaattacaagtgcacctctatgggttaataatgcatacaatcaaccatctatggtta 403  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
464725 tccaacactagtgatttacaacgtcaacaaccatttgcatcgtcaattacaagtgcacctatatggcttaataatgcatacaatcaaccatctatggtta 464626  T
404 gctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaactatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtaggtaggcgatgtaacttctagtcaatttg 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |    
464625 gctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaactatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggagacgatggaacttctagtcaattcg 464526  T
504 gtgttgctcgtgttact 520  Q
    |||||||| || |||||    
464525 gtgttgctagttttact 464509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 465024 - 464885
Alignment:
5 gtaaaggggtttaagaacaacaaaggtccaaagggttcaaaacgttggaaaggttgggtagaaacaaaattggccaagagaaagaaatgtgcgaagtcca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
465024 gtaaaggggtttaagaacaacgaaggtccaaagggttcaaaacgttggaaaggttgggtagaaacaaaactggccaagagaaagaaacgtgcgaagtcca 464925  T
105 ttgcttcacaaattcaagaacctatggtattattaatata 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
464924 ttgcttcacaaattcaagaacctatggtattattaatata 464885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 265; Significance: 1e-147; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 204 - 520
Target Start/End: Original strand, 35898095 - 35898411
Alignment:
204 cgtgtagaagaacaaaggtaagcaaggttccaaaaatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacacaagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtg 303  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35898095 cgtgtagaagaacaaaggtaagcagggttccaaaaatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacataagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtg 35898194  T
304 tccaacactagtgatttacaatgtcaacaccaatttgcatcgtcaattacaagtgcacctctatgggttaataatgcatacaatcaaccatctatggtta 403  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
35898195 tccaacactagtgatttacaacgtcaacagccatttgcatcgtcaattacaagtgcacctatatggcttaataatgcatacaatcaaccatctatggtta 35898294  T
404 gctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaactatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtaggtaggcgatgtaacttctagtcaatttg 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |    
35898295 gctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaactatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggagacgatggaacttctagtcaattcg 35898394  T
504 gtgttgctcgtgttact 520  Q
    |||||||| || |||||    
35898395 gtgttgctagttttact 35898411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 144
Target Start/End: Original strand, 35897896 - 35898035
Alignment:
5 gtaaaggggtttaagaacaacaaaggtccaaagggttcaaaacgttggaaaggttgggtagaaacaaaattggccaagagaaagaaatgtgcgaagtcca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
35897896 gtaaaggggtttaagaacaacgaaggtccaaagggttcaaaacgttggaaaggttgggtagaaacaaaactggccaagagaaagaaacgtgcgaagtcca 35897995  T
105 ttgcttcacaaattcaagaacctatggtattattaatata 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35897996 ttgcttcacaaattcaagaacctatggtattattaatata 35898035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 204 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 52054234 - 52053918
Alignment:
204 cgtgtagaagaacaaaggtaagcaaggttccaaaaatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacacaagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtg 303  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
52054234 cgtgtagaagaacaaaggtaagcagggttccaaaaatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacataagtgttccacaaagtcaaaagcaatatgttgtg 52054135  T
304 tccaacactagtgatttacaatgtcaacaccaatttgcatcgtcaattacaagtgcacctctatgggttaataatgcatacaatcaaccatctatggtta 403  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
52054134 tccaacactagtgatttacaacgtcaacaaccatttgcatcgtcaattacaagtgcacctatatggcttaataatgcatacaatcaaccatctatggtta 52054035  T
404 gctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaactatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtaggtaggcgatgtaacttctagtcaatttg 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |    
52054034 gctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaactatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggagacgatggaacttctagtcaattcg 52053935  T
504 gtgttgctcgtgttact 520  Q
    |||||||| || |||||    
52053934 gtgttgctagttttact 52053918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 204 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 53573844 - 53573528
Alignment:
204 cgtgtagaagaacaaaggtaagcaaggttccaaaaatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacacaagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtg 303  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53573844 cgtgtagaagaacaaaggtaagcagggttccaaaaatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacataagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtg 53573745  T
304 tccaacactagtgatttacaatgtcaacaccaatttgcatcgtcaattacaagtgcacctctatgggttaataatgcatacaatcaaccatctatggtta 403  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
53573744 tccaacactagtgatttacaacgtcaacagccatttgcatcgtcaattacaagcgcacctatatggcttaataatgcatacaatcaaccatctatggtta 53573645  T
404 gctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaactatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtaggtaggcgatgtaacttctagtcaatttg 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |    
53573644 gctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaactatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggagacgatggaacttctagtcaattcg 53573545  T
504 gtgttgctcgtgttact 520  Q
    |||||||| || |||||    
53573544 gtgttgctagttttact 53573528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 52054433 - 52054294
Alignment:
5 gtaaaggggtttaagaacaacaaaggtccaaagggttcaaaacgttggaaaggttgggtagaaacaaaattggccaagagaaagaaatgtgcgaagtcca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
52054433 gtaaaggggtttaagaacaacgaaggtccaaagggttcaaaacgttggaaaggttgggtagaaacaaaactggccaagagaaagaaacgtgcgaagtcca 52054334  T
105 ttgcttcacaaattcaagaacctatggtattattaatata 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
52054333 ttgcttcacaaattcaagaacctatggtattattaatata 52054294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 53574043 - 53573904
Alignment:
5 gtaaaggggtttaagaacaacaaaggtccaaagggttcaaaacgttggaaaggttgggtagaaacaaaattggccaagagaaagaaatgtgcgaagtcca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
53574043 gtaaaggggtttaagaacaacgaaggtccaaagggttcaaaacgttggaaaggttgggtagaaacaaaactggccaagagaaagaaacgtgcgaagtcca 53573944  T
105 ttgcttcacaaattcaagaacctatggtattattaatata 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53573943 ttgcttcacaaattcaagaacctatggtattattaatata 53573904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 204 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 30198989 - 30198673
Alignment:
204 cgtgtagaagaacaaaggtaagcaaggttccaaaaatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacacaagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtg 303  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30198989 cgtgtagaagaacaaaggtaagcagggttccaaaaatataaagaggcgggatgaagtgtcaaacataagtgctccacaaagtcaaaagcaatatgttgtg 30198890  T
304 tccaacactagtgatttacaatgtcaacaccaatttgcatcgtcaattacaagtgcacctctatgggttaataatgcatacaatcaaccatctatggtta 403  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
30198889 tccaacactagtgatttacaacgtcaacagccatttgcatcgtcaattacaagcgcacctatatggcttaataatgcatacaatcaaccatctatggtta 30198790  T
404 gctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaactatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtaggtaggcgatgtaacttctagtcaatttg 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |    
30198789 gctaataacaatttgaatttgtgaatgaccttaactatgtttagtgtttaaattattttgggttttatgtagggagacgatggaacttctagtcaattcg 30198690  T
504 gtgttgctcgtgttact 520  Q
    |||||||| || |||||    
30198689 gtgttgctagttttact 30198673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 30199188 - 30199049
Alignment:
5 gtaaaggggtttaagaacaacaaaggtccaaagggttcaaaacgttggaaaggttgggtagaaacaaaattggccaagagaaagaaatgtgcgaagtcca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
30199188 gtaaaggggtttaagaacaacgaaggtccaaagggttcaaaacgttggaaaggttgggtagaaacaaaactggccaagagaaagaaacgtgcgaagtcca 30199089  T
105 ttgcttcacaaattcaagaacctatggtattattaatata 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30199088 ttgcttcacaaattcaagaacctatggtattattaatata 30199049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University