View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21591_low_1 (Length: 574)

Name: NF21591_low_1
Description: NF21591
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21591_low_1
NF21591_low_1
[»] chr4 (54 HSPs)
chr4 (1-270)||(27426087-27426354)
chr4 (272-557)||(27425804-27426089)
chr4 (327-557)||(27569967-27570197)
chr4 (326-557)||(27420400-27420631)
chr4 (326-557)||(27415616-27415845)
chr4 (326-523)||(27412690-27412887)
chr4 (332-557)||(27423214-27423439)
chr4 (358-544)||(27503927-27504113)
chr4 (327-557)||(27565869-27566099)
chr4 (353-544)||(27468271-27468462)
chr4 (358-544)||(27475528-27475714)
chr4 (353-552)||(27506695-27506894)
chr4 (369-552)||(27524521-27524704)
chr4 (358-552)||(27508849-27509043)
chr4 (353-544)||(27514896-27515087)
chr4 (353-552)||(27478827-27479026)
chr4 (361-556)||(27563298-27563493)
chr4 (326-552)||(27497239-27497465)
chr4 (429-556)||(27527154-27527281)
chr4 (408-552)||(27485942-27486086)
chr4 (413-544)||(27489965-27490096)
chr4 (370-518)||(27585719-27585867)
chr4 (399-557)||(17970291-17970449)
chr4 (400-556)||(27424505-27424661)
chr4 (409-557)||(27444794-27444942)
chr4 (409-557)||(27557481-27557629)
chr4 (409-557)||(27500338-27500486)
chr4 (409-557)||(27526112-27526260)
chr4 (1-101)||(27565714-27565814)
chr4 (410-557)||(27498407-27498554)
chr4 (400-517)||(27411447-27411564)
chr4 (409-557)||(27486975-27487123)
chr4 (409-556)||(27479894-27480041)
chr4 (411-489)||(27502809-27502887)
chr4 (411-553)||(27554305-27554447)
chr4 (409-557)||(27431148-27431296)
chr4 (409-557)||(27476679-27476827)
chr4 (409-556)||(27414304-27414451)
chr4 (411-550)||(27501316-27501455)
chr4 (409-556)||(27505702-27505849)
chr4 (34-99)||(27415940-27416005)
chr4 (371-556)||(27571616-27571801)
chr4 (39-151)||(27423534-27423637)
chr4 (409-557)||(27513776-27513924)
chr4 (26-178)||(27412970-27413115)
chr4 (409-487)||(27460540-27460618)
chr4 (27-101)||(27569811-27569885)
chr4 (410-487)||(27473954-27474031)
chr4 (400-517)||(27567287-27567404)
chr4 (409-465)||(27495620-27495676)
chr4 (409-493)||(27540063-27540147)
chr4 (409-457)||(27559240-27559288)
chr4 (409-556)||(27556379-27556526)
chr4 (410-556)||(27419072-27419218)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (358-556)||(1756706-1756904)
chr5 (330-552)||(1754685-1754906)
chr5 (411-557)||(1754243-1754389)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (330-554)||(55084781-55085005)
chr3 (408-556)||(38024874-38025022)
chr3 (408-556)||(38031326-38031474)
chr3 (405-556)||(38043896-38044047)
chr3 (399-556)||(50909953-50910110)
chr3 (409-557)||(50904792-50904940)
chr3 (408-556)||(50911868-50912016)
chr3 (330-556)||(38040002-38040228)
chr3 (330-556)||(38028687-38028913)
chr3 (408-504)||(38036792-38036888)
chr3 (330-556)||(38033696-38033926)
chr3 (399-504)||(48840702-48840806)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (399-557)||(3073561-3073719)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (408-557)||(21607295-21607444)
chr8 (399-489)||(21634603-21634693)
chr8 (330-505)||(21604675-21604850)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 54)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Original strand, 27426087 - 27426354
Alignment:
Q  1 aaatgaccattagattggcaaattgtaaatatgttttgtttaatgagaatgaattcaactactcaagcagctcttctacgtttttggtttatcgcactta 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27426087 aaatgaccattagattagcaaattgtaaatatgttttgtttaatgagaatgaattcaactactcaagcagctcttttacgtttttggtttatcgcactta 27426186  T
Q  101 atgaacttataaacttatgaaatacgactatatgagtaatgttgtttgctaaaaggaaaaaatactttgtattctgaaacatttcaaagcaggaccagaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27426187 atgaacttataaacttatgaaatacgactatatgagtaatgttgtttactaaaagacaaaaatactttgtattctgaaacatttcaaagcaggactagaa 27426286  T
Q  201 cacatgattcctagcaagggtatagcaaaattaattttcataggacaaaggtgatatataaatttacaaa 270  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  27426287 cacat-attccta-caagggtatagcaaaattaattttcataggacaaaggtgaaacataaatttacaaa 27426354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 272 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 27426089 - 27425804
Alignment:
Q  272 tttccttctcatcttttagaatttgatgagataactagaatacnnnnnnntatttctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtcca 371  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27426089 tttccttctcatcttttagaatttgatgagataactagaatacaaaaaaatatttctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcataggcca 27425990  T
Q  372 ttcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactca 471  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  27425989 ttcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactca 27425890  T
Q  472 gcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
      |||||||||||||| |||||| | ||||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27425889 ataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggatcacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatat 27425804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 327 - 557
Target Start/End: Original strand, 27569967 - 27570197
Alignment:
Q  327 ctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggc 426  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||  || |||| ||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  27569967 ctactaaactatgtcagtctcttctggtgttagattcatatcccgttcatgcgagatgttatatgttgaaagatatcttcggtgcaaggaatggtgaggc 27570066  T
Q  427 cacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgt 526  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27570067 cacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgt 27570166  T
Q  527 ctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27570167 ctgtttctctccaacatatactgcaagatat 27570197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 326 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 27420631 - 27420400
Alignment:
Q  326 tctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgagg 425  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  27420631 tctactaaactatgtcagactcttttggtctcagattcatagcccattgaagcaagaagttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgagg 27420532  T
Q  426 ccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcg 525  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  27420531 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaacttgactcagcaagccttgaaatgaaggttggctcaagtatgatacggggattaaataccgcg 27420432  T
Q  526 tctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27420431 tctgtttctctccaacatatactgcaagatat 27420400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 326 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 27415845 - 27415616
Alignment:
Q  326 tctactaaactatgtcagtctgttttg-gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgag 424  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||| ||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  27415845 tctactaaactatgtcagtctcttttttgtgttagattcatattccgttcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgag 27415746  T
Q  425 gccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgc 524  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| | |||||||||| |||||||||| | |||    
T  27415745 gccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagtatgatatggggatcacaaatcgc 27415646  T
Q  525 gtctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
     | |||||   ||||||||| ||||||||||||    
T  27415645 ttttgttt---tccaacatacactgcaagatat 27415616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 326 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 27412887 - 27412690
Alignment:
Q  326 tctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgagg 425  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  27412887 tctactaaactatgtcagtttcttttggtgtcagattcatagcccattcgagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgagg 27412788  T
Q  426 ccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccg 523  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||||| | |||||| | ||||||||||  ||||||||| ||||    
T  27412787 ccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccg 27412690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 332 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 27423439 - 27423214
Alignment:
Q  332 aaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccaccc 431  Q
    |||||| || ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||| || |||||||| || ||||| || |||||||||| |||||||||||||    
T  27423439 aaactacgttagtctattttggtgtttgattcatagtccattcaagtgagaagttatatgttggaaaacatcttccgtgcaaggaacggtgaggccaccc 27423340  T
Q  432 atgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctgtt 531  Q
    ||||||||||  || || ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||| | ||||||||| ||| |||||||    
T  27423339 atgggatgattgtaaccaaactcttcctcggcttgactcaacaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatatgcggatcacatgccgtgtctgtt 27423240  T
Q  532 tctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||    
T  27423239 tctatccaacatatacagcaagatat 27423214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 358 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 27504113 - 27503927
Alignment:
Q  358 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttc 457  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || || ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  27504113 agattcatagtccattcaagcaagaagttatgtgttggaagacatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttc 27504014  T
Q  458 ctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacata 544  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |  ||| |||||| |  |||||||||||||||    
T  27504013 ctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatacaggaactacaaaccgcgccaatttctctccaacata 27503927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 327 - 557
Target Start/End: Original strand, 27565869 - 27566099
Alignment:
Q  327 ctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggc 426  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||||||| ||| || |||||||| || ||||| |||   ||||||||||||||||    
T  27565869 ctactaaactatgtcagtctaatttggtgttaggttcatagtccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcgccacaaggaatggtgaggc 27565968  T
Q  427 cacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgt 526  Q
    ||||||| ||||||||||||||   |||||||||| ||||  ||||||||||||||||  | |||||| | | |||||||| |||||||||| | ||| |    
T  27565969 cacccattggatgatcatatccatgctcttcctcaacttgtatcagcaagtcttgaaacaatggttggttcaggtatgatatggggatcacaaatcgctt 27566068  T
Q  527 ctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27566069 ttgtttctctccaacatacactgcaagatat 27566099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 353 - 544
Target Start/End: Original strand, 27468271 - 27468462
Alignment:
Q  353 gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaac 452  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |||  | |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  27468271 gtgtaagattcatagtccattcaaggaagaaattatatgttggaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27468370  T
Q  453 tcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacata 544  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||| |||||  | ||||||||||||||||    
T  27468371 tcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggtttaagtatgatacagggactacaaaccgcaccagtttctctccaacata 27468462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 358 - 544
Target Start/End: Original strand, 27475528 - 27475714
Alignment:
Q  358 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttc 457  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| || |||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27475528 agattcatagcccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcggagcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 27475627  T
Q  458 ctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacata 544  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||| || |  ||| |||||| |  |||||||||||||||    
T  27475628 ctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgatacaggaactacaaaccgcgccaatttctctccaacata 27475714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 353 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 27506894 - 27506695
Alignment:
Q  353 gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaac 452  Q
    |||||||||| || |  ||||||||| ||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||     
T  27506894 gtgtcagatttatggctcattcaagcaagaagttatgtgttgaaagacatcttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaat 27506795  T
Q  453 tcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaa 552  Q
    ||||| || ||||||   ||||| ||||||||  | |||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27506794 tcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgcgtctgtttctctccgacatatactgcaa 27506695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 369 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 27524704 - 27524521
Alignment:
Q  369 ccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgac 468  Q
    ||||||||||  || || |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  27524704 ccattcaagcatgaagttatatgttggaagacatcttcggtgcacggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgat 27524605  T
Q  469 tcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaa 552  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| | || |||||||| || |  |   |||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  27524604 tcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgatacaggaactatgaaccgcgtcagtttctctccaacatacactgcaa 27524521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 358 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 27509043 - 27508849
Alignment:
Q  358 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttc 457  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| || |||||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  27509043 agattcatagtccattgaagcaagaagttatatgttggaacacatcttcggagcatggaatggtgaggccacccgttggatgatcatatccaaactcttc 27508944  T
Q  458 ctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaa 552  Q
    |||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| | || ||||| || || |  ||| | |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  27508943 ctcagcctgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgacacaggaacgacaaaacgcgtcagtttctctccaacatacactgcaa 27508849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 353 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 27515087 - 27514896
Alignment:
Q  353 gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaac 452  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |||  | ||||| || || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  27515087 gtgtaagattcatagtccattcaaggaagaaattatatgctggaagacatcttctgtacaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27514988  T
Q  453 tcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacata 544  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||  ||| |||||  | ||||||||||||||||    
T  27514987 tcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgatacagggactacaaaccgcaccagtttctctccaacata 27514896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 353 - 552
Target Start/End: Original strand, 27478827 - 27479026
Alignment:
Q  353 gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaac 452  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||| ||| || |||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  27478827 gtgtaagaatcatagcccattcaagcaagaagttatatgttggaacacatcttcggagcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27478926  T
Q  453 tcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaa 552  Q
    ||||| || ||||||   ||||| ||||||||  | |||||| | ||||||||||  ||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  27478927 tcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaa 27479026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 361 - 556
Target Start/End: Original strand, 27563298 - 27563493
Alignment:
Q  361 ttcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctc 460  Q
    |||||||  ||||||||||||| || |||||||||||  |||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||    
T  27563298 ttcatagctcattcaagcgagaagttatatgttgaaaggcatcttcagtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttc 27563397  T
Q  461 agcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
     |||||||||||||| ||||||||  | | |||| | |||||||||||||||||||||   | | | ||||| |||||||| || |||||||||||    
T  27563398 ggcttgactcagcaaatcttgaaacaatgtttggttcaagtatgatacggggatcacaattctcttttgtttatctccaacgtacactgcaagata 27563493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 326 - 552
Target Start/End: Original strand, 27497239 - 27497465
Alignment:
Q  326 tctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgagg 425  Q
    |||||||||||| |||||||| |||    || | ||| |||| |||||||||||||| || ||  |||| || ||||  || ||||||||||||||||||    
T  27497239 tctactaaactacgtcagtctctttccacgtgaaatttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatggtgagg 27497338  T
Q  426 ccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcg 525  Q
    |||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||  | |||||| |||||||||| |  ||||||||| |||||     
T  27497339 ccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatattgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgct 27497438  T
Q  526 tctgtttctctccaacatatactgcaa 552  Q
    | ||||| ||||||||||| |||||||    
T  27497439 tttgtttatctccaacatacactgcaa 27497465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 429 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 27527281 - 27527154
Alignment:
Q  429 cccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtct 528  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || |||||| |||||| |||||  ||||||||| ||||  |||    
T  27527281 cccatgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcagcaactctagaaacgatggttggtttaagtgtgatattgggatcacaaaccgtttct 27527182  T
Q  529 gtttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||    
T  27527181 gtttatctccaacatacaccgcaagata 27527154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 408 - 552
Target Start/End: Original strand, 27485942 - 27486086
Alignment:
Q  408 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgata 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||   ||||| ||||||||  | |||||| | ||||||||||    
T  27485942 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 27486041  T
Q  508 cggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaa 552  Q
      ||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  27486042 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaa 27486086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 413 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 27490096 - 27489965
Alignment:
Q  413 aggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacgggg 512  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||| |||| | |||||||||| || |||    
T  27490096 aggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgattcaacaaatcttgaaatgatggtttgtttaagtatgacacaggg 27489997  T
Q  513 atcacataccgcgtctgtttctctccaacata 544  Q
    |  ||| ||||  | |||||||||||||||||    
T  27489996 actacaaaccgtttttgtttctctccaacata 27489965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 370 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 27585867 - 27585719
Alignment:
Q  370 cattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgact 469  Q
    ||||||||||| | || |||||||  ||  |||| || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  27585867 cattcaagcgataagttatatgtttgaaggcatcttctgtgcaaggaatggtgagacctcccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgact 27585768  T
Q  470 cagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcaca 518  Q
    || ||| ||||||||  | |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  27585767 catcaaatcttgaaacaatggttggttcaagtatgatacggggatcaca 27585719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 399 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 17970449 - 17970291
Alignment:
Q  399 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggctta 498  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||  |||||||||||| ||||||||||| |||| | |    
T  17970449 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttca 17970350  T
Q  499 agtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
    |||||||    ||||||||| ||||| ||  || ||||||||| || || |||||||||    
T  17970349 agtatgacgtagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatat 17970291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 400 - 556
Target Start/End: Original strand, 27424505 - 27424661
Alignment:
Q  400 catcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaa 499  Q
    |||||||| |||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||  | ||||| |||| |||| | ||||| |||||||||||||||||| | ||    
T  27424505 catcctcgctgcacggaatggtaagaccacccattggatgatcatatccatattcttcttcagattgatttagcaattcttgaaatgaaggttggttcaa 27424604  T
Q  500 gtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
    ||||||||| || |||||| ||||| ||  ||  ||||||||||| ||||| |||||    
T  27424605 gtatgatactggaatcacaaaccgcctcatttgatctccaacatagactgcgagata 27424661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 409 - 557
Target Start/End: Original strand, 27444794 - 27444942
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatac 508  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| | |||||| |||||| |||  || ||||||||||| | |||||| ||||||||||     
T  27444794 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 27444893  T
Q  509 ggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
     ||||||||| ||| | ||  || ||||||||| |||||||||||||||    
T  27444894 tgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatat 27444942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 409 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 27557629 - 27557481
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatac 508  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||| |||||| ||||| | || | ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| |     
T  27557629 tgcatggaatagtgagaccacccattggatgaacatattcaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaatgatggttggtttaagtatgacat 27557530  T
Q  509 ggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
     ||||||||| ||| | ||  || ||||||||||||||| |||||||||    
T  27557529 tgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacatatacggcaagatat 27557481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 409 - 557
Target Start/End: Original strand, 27500338 - 27500486
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatac 508  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||| ||||| ||||||  |||| ||||||||||||     
T  27500338 tgcaaggaatagtgatgccacccattggatggtcatatccgaactgttcttcagattggctcagcaattcttggaatgaactttggtttaagtatgatat 27500437  T
Q  509 ggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
     ||||||||| | ||| ||  ||||||||| || || ||||| ||||||    
T  27500438 agggatcacaaatcgcttcattttctctcctacgtacactgctagatat 27500486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 409 - 557
Target Start/End: Original strand, 27526112 - 27526260
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatac 508  Q
    |||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||| | || | |||||||||||| |||| ||| ||||| ||||| | |||| | |||||||||||    
T  27526112 tgcaaggaatagtgagaccacccgttggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatac 27526211  T
Q  509 ggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
     || |||||| ||||| ||  ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  27526212 aggaatcacaaaccgcttcattttctctccaacatacactgctagatat 27526260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 27565814 - 27565714
Alignment:
Q  1 aaatgaccattagattggcaaattgtaaatatgttttgtttaatgagaatgaattcaactactcaagcagctcttctacgtttttggtttatcgcactta 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| ||   |||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  27565814 aaatgaccattagattgataaattgtatatcaattttgtttaacgacaatgaattcgactattcaagcagctcttctatgtttttggtttattgcactta 27565715  T
Q  101 a 101  Q
    |    
T  27565714 a 27565714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 410 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 27498554 - 27498407
Alignment:
Q  410 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacg 509  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||| |||||  ||| ||||||||| || || |||||| | ||||||||||      
T  27498554 gcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcgaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttggaacgatggttggttcaagtatgatata 27498455  T
Q  510 gggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
    ||||||||| | ||  ||  || |||||||||||||||||| ||||||    
T  27498454 gggatcacaaaacgtttcatttcctctccaacatatactgctagatat 27498407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 400 - 517
Target Start/End: Original strand, 27411447 - 27411564
Alignment:
Q  400 catcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaa 499  Q
    |||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| || |||||| | || || |||||||| || |||||| | ||    
T  27411447 catcctcgctgcaaggaattgtgagaccacccataggatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaa 27411546  T
Q  500 gtatgatacggggatcac 517  Q
    ||||||||| || |||||    
T  27411547 gtatgatactggaatcac 27411564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 409 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 27487123 - 27486975
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatac 508  Q
    |||||||||| || || |||||||| |||||||||||| | || | ||| ||||||||  ||| ||| |||||||| || |||||| ||||||||||||     
T  27487123 tgcaaggaatagtaagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcttcagcttggttcaacaattcttgaaacgatggttggtttaagtatgataa 27487024  T
Q  509 ggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
     ||||||||| ||||| ||  ||||||||| || || ||||| ||||||    
T  27487023 agggatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatat 27486975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 409 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 27480041 - 27479894
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatac 508  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | || | ||||||||||||  ||| ||| | ||| ||||| | |||| | |||||||||||    
T  27480041 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaacttttggaatgatgtttggttcaagtatgatac 27479942  T
Q  509 ggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
     || |||||| | ||| ||  ||||||||| || |||||||| |||||    
T  27479941 aggaatcacaaaacgcttcattttctctcctacgtatactgctagata 27479894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 411 - 489
Target Start/End: Original strand, 27502809 - 27502887
Alignment:
Q  411 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaag 489  Q
    |||||||| || || |||||||| ||||| |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27502809 caaggaatagtaagaccacccattggatggtcatatccaaattcttccacagcttggctcagcaagtcttgaaatgaag 27502887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 411 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 27554447 - 27554305
Alignment:
Q  411 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacgg 510  Q
    |||||||| ||||| | |||| | |||||||||||||| || | ||||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||  | || |  |    
T  27554447 caaggaattgtgagactacccgttggatgatcatatccaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaacgatggttggcttaacaaagaaattg 27554348  T
Q  511 ggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaag 553  Q
      |||||| ||||| ||  || |||||||||||||||||||||    
T  27554347 atatcacaaaccgcttcatttcctctccaacatatactgcaag 27554305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 409 - 557
Target Start/End: Original strand, 27431148 - 27431296
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatac 508  Q
    |||||||||| ||||| |||||  | ||||| |||||||| || | |||||| |||||| ||| ||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||     
T  27431148 tgcaaggaattgtgagaccaccggttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 27431247  T
Q  509 ggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
     ||||||||| ||| | ||  ||  || |||||||||||||||| ||||    
T  27431248 tgggatcacaaacctcttcatttcatccccaacatatactgcaatatat 27431296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 409 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 27476827 - 27476679
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatac 508  Q
    |||||||||| || || |||||||| |||||||||||| | || | |||||||  ||| |||||||  ||||| ||||| | |||| | |||||||||||    
T  27476827 tgcaaggaatagttagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcagttcttggaatgaggtttggttcaagtatgatac 27476728  T
Q  509 ggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
     || |||||| ||||| ||  |||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  27476727 aggaatcacaaaccgcttcattttctcaccaacatacactgctagatat 27476679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 409 - 556
Target Start/End: Original strand, 27414304 - 27414451
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatac 508  Q
    |||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||| || ||||| || | |||| | || || ||||||||||| |||||| | |||||||||||    
T  27414304 tgcacggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaatgagggttggttcaagtatgatac 27414403  T
Q  509 ggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
     || |||||| ||||  ||  ||| |||||||| || |||||||||||    
T  27414404 aggaatcacaaaccgtctcattttatctccaacgtagactgcaagata 27414451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 411 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 27501455 - 27501316
Alignment:
Q  411 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacgg 510  Q
    |||||||| ||||| |||||| | |||||||| ||| | || | |||||| |||||  ||| ||||||||||||  | |||||| ||||||||||||  |    
T  27501455 caaggaatagtgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattg 27501356  T
Q  511 ggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgc 550  Q
    |||||||| ||||  ||  || ||||||||||||||||||    
T  27501355 ggatcacaaaccgtttcatttcctctccaacatatactgc 27501316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 409 - 556
Target Start/End: Original strand, 27505702 - 27505849
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatac 508  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||| | || | ||||||||||||  ||| ||| ||||| ||||| | |||| | |||||||||||    
T  27505702 tgcaaggaatagtgagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatac 27505801  T
Q  509 ggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
     || |||||| ||||| ||  ||||||||| || || ||||| |||||    
T  27505802 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagata 27505849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 34 - 99
Target Start/End: Original strand, 27415940 - 27416005
Alignment:
Q  34 ttttgtttaatgagaatgaattcaactactcaagcagctcttctacgtttttggtttatcgcactt 99  Q
    ||||||||| ||| || |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||    
T  27415940 ttttgtttagtgaaaacgaattcgactactcaagcagctcctctacttttttggtttattgcactt 27416005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 371 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 27571801 - 27571616
Alignment:
Q  371 attcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactc 470  Q
    |||||||||||| || | || | | ||| ||||||||  ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| || | |||| |     
T  27571801 attcaagcgagaagtaagatttaggaattcatcctcgccgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgattt 27571702  T
Q  471 agcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
    || || |||||||| || || ||||| || |||||||| || |||||  ||||| ||  | | ||||||||||| ||||| |||||    
T  27571701 agtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgatactggaatcacgaaccgcctcattctatctccaacatagactgcgagata 27571616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 151
Target Start/End: Original strand, 27423534 - 27423637
Alignment:
Q  39 tttaatgagaatgaattcaactactcaagcagctcttctacgtttttggtttatcgcacttaatgaacttataaacttatgaaatacgactatatgagta 138  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||| || ||| | |  ||||||||||||| ||||||||         |||||||||||||| |||||||||||||    
T  27423534 tttaatgacaatgaattcgactactcaaacatctcctttgtgtttttggtttattgcacttaa---------aaacttatgaaatatgactatatgagta 27423624  T
Q  139 atgttgtttgcta 151  Q
    |||||| ||||||    
T  27423625 atgttgcttgcta 27423637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 409 - 557
Target Start/End: Original strand, 27513776 - 27513924
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatac 508  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |  | | ||| ||||||||  ||| ||| ||||| || || | |||| | ||||||||||     
T  27513776 tgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcatattgttcttcagcttggttcaacaattcttggaacgaggtttggttcaagtatgatat 27513875  T
Q  509 ggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
     ||||||||| ||||| ||  ||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  27513876 tgggatcacaaaccgcttcattttctctcctacatacactgctagatat 27513924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 178
Target Start/End: Original strand, 27412970 - 27413115
Alignment:
Q  26 taaatatgttttgtt-taatgagaatgaattcaactactcaagcagctcttctacgtttttggtttatcgcacttaatgaacttataaacttatgaaata 124  Q
    ||||||| ||||||| |||||| || |||||| |||| ||||| | |||||||| |||||||||||||         || ||||| ||||||| ||||||    
T  27412970 taaatattttttgttataatgaaaacgaattcgactattcaagtaactcttctatgtttttggtttat---------tgcacttagaaacttaagaaata 27413060  T
Q  125 cgactatatgagtaatgttgtttgctaaaaggaaaaaat-actttgtattctgaa 178  Q
     ||||||||||||||| ||| |||||| ||  ||||||| |||| ||||||||||    
T  27413061 ggactatatgagtaatattgcttgctataattaaaaaatgacttggtattctgaa 27413115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 409 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 27460618 - 27460540
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatga 487  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | || | |||||||  ||| |||||||| ||||| |||||    
T  27460618 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatga 27460540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 27569885 - 27569811
Alignment:
Q  27 aaatatgttttgtttaatgagaatgaattcaactactcaagcagctcttctacgtttttggtttatcgcacttaa 101  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||  | ||| |||  ||||||||||||| ||||||||    
T  27569885 aaatatattttgtttaatgacaatgaattcgactactcaaatatctcctctctgtttttggtttattgcacttaa 27569811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 410 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 27474031 - 27473954
Alignment:
Q  410 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatga 487  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | || | |||||||  ||| |||||||| ||||| |||||    
T  27474031 gcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatga 27473954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 400 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 27567404 - 27567287
Alignment:
Q  400 catcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaa 499  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| || | |||| | || || |||||||| || |||||| | ||    
T  27567404 catcttcgctgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcataaccaaattcttcttctgtttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaa 27567305  T
Q  500 gtatgatacggggatcac 517  Q
    ||||||||| || |||||    
T  27567304 gtatgatactggaatcac 27567287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 409 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 27495676 - 27495620
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagctt 465  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||| | |||| |||||||| |||||||    
T  27495676 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgattaaatccaaactcttcttcagctt 27495620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 409 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 27540147 - 27540063
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttg 493  Q
    ||||||||||||| || |||||||| |||||||  || || || |||||||| || |  || |||||||||||||||||||||||    
T  27540147 tgcaaggaatggttagtccacccattggatgatggtacccaaattcttcctctgccttgcttagcaagtcttgaaatgaaggttg 27540063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 409 - 457
Target Start/End: Original strand, 27559240 - 27559288
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttc 457  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  27559240 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaactcttc 27559288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 409 - 556
Target Start/End: Original strand, 27556379 - 27556526
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatac 508  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||| | |||||||||||| || ||||| || ||||||   || || |||||||||||||||||| | ||  |||| |     
T  27556379 tgcatggaattgtgagaccacccatagaatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatgtagtaattcttgaaatgaaggttggttcaataatgaaat 27556478  T
Q  509 ggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
    ||| |||||| | ||| ||  ||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  27556479 gggaatcacaaatcgcttcattttttctccaacataaactgcgagata 27556526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #54
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 410 - 556
Target Start/End: Original strand, 27419072 - 27419218
Alignment:
Q  410 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacg 509  Q
    ||||||||| || || |||||||| |||||||||||||| || ||||| || | |||| | || || |||||||| || || ||||| || ||||||||     
T  27419072 gcaaggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgatact 27419171  T
Q  510 gggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
    || |||||  ||||| ||  | | ||||||||||| ||||| |||||    
T  27419172 ggaatcacgaaccgcctcattctatctccaacatagactgcgagata 27419218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 103; Significance: 6e-51; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 358 - 556
Target Start/End: Original strand, 1756706 - 1756904
Alignment:
Q  358 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttc 457  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| || |||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  1756706 agattcatagcccattcaagcaagaggtaatatgttggaaggcatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccatggggtgatcatatccaaattcttc 1756805  T
Q  458 ctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
     ||||||||||||| ||||| |||||| || |||||| | ||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  1756806 ttcagcttgactcaacaagtattgaaacgatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgcttctgtttctctccaacattcactgcaagata 1756904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 330 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 1754906 - 1754685
Alignment:
Q  330 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 429  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| | | | ||| |||| ||||| |||| ||| || |||| ||  || ||||| || |||||| |||||||||||||||    
T  1754906 ctaaactatgtcactctcttttg-tatgaaatttatagcccatttaagctagaagttatattttcgaagacatcttctgtgcaaagaatggtgaggccac 1754808  T
Q  430 ccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctg 529  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||  |||||| || |||||  | ||||||||||  |||||||||| |||  ||||    
T  1754807 ccattggatgatcatatccaaactcttccgcagcttgactcaacaaggattgaaacgatggttgattcaagtatgatattgggatcacatgccgtttctg 1754708  T
Q  530 tttctctccaacatatactgcaa 552  Q
    ||||||||||| ||| |||||||    
T  1754707 tttctctccaatatacactgcaa 1754685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 411 - 557
Target Start/End: Original strand, 1754243 - 1754389
Alignment:
Q  411 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacgg 510  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| | |||| |||||||| ||   | ||||| | ||||||||| | |||| | |||||||||||||    
T  1754243 caaggaatagtgagaccacccatcggatgatcatattcaaactgttcctcagatttgtttagcaatttttgaaatgacgattggttcaagtatgatacgg 1754342  T
Q  511 ggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
    |||||||| ||||| ||  ||  |||||||||||||| || ||||||    
T  1754343 ggatcacaaaccgcttcatttcttctccaacatatacagctagatat 1754389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 330 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 55085005 - 55084781
Alignment:
Q  330 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 429  Q
    |||| |||||||| ||| |||  |||| ||||| ||||| |||| |||||||| || |||||    || ||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  55085005 ctaatctatgtcaatctctttcagtgtaagatttatagttcattgaagcgagaagtaatatgaaagaaaacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccac 55084906  T
Q  430 ccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctg 529  Q
    |||| |||||||| ||||| || |||||||| ||  |||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||| || |  ||||||||| ||||| ||      
T  55084905 ccattggatgatcgtatccaaattcttcctccgcccgactcaacaagtcttgaaatgatggttggttcaagtaagacatagggatcacaaaccgcttcat 55084806  T
Q  530 tttctctccaacatatactgcaaga 554  Q
    ||||||||||||||| |||||||||    
T  55084805 tttctctccaacatacactgcaaga 55084781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 408 - 556
Target Start/End: Original strand, 38024874 - 38025022
Alignment:
Q  408 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgata 507  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||||||||  |||| |||||| |||| |||| | |||||||| |    
T  38024874 gtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagtatgaca 38024973  T
Q  508 cggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
     |||||| ||| ||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||    
T  38024974 tggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatatactgcaagata 38025022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 408 - 556
Target Start/End: Original strand, 38031326 - 38031474
Alignment:
Q  408 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgata 507  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||||||||  |||| |||||| |||| |||| | |||||||| |    
T  38031326 gtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagtatgaca 38031425  T
Q  508 cggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
     |||||| ||| ||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||    
T  38031426 tggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatatactgcaagata 38031474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 405 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 38044047 - 38043896
Alignment:
Q  405 tcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatg 504  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||  | |||||||    
T  38044047 tcggtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaacgaagtttgattcaagtatg 38043948  T
Q  505 atacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
    | |  ||||||||| ||||| ||  || ||||||||  || |||||||||||    
T  38043947 acatagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaaagtacactgcaagata 38043896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 399 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 50910110 - 50909953
Alignment:
Q  399 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggctta 498  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||  ||||| ||| ||||| ||||||||||| |||| | |    
T  50910110 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattcttcctccacttgattcaacaagttttgaaatgaagcttggttca 50910011  T
Q  499 agtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
    ||||||| | |||||| ||| |||||  |  || |||||||||||| |||||||||||    
T  50910010 agtatgacatggggataacaaaccgcagcatttgctctccaacatacactgcaagata 50909953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 409 - 557
Target Start/End: Original strand, 50904792 - 50904940
Alignment:
Q  409 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatac 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||| | ||||| || |     
T  50904792 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccgaattcatcctctgctcgactcaacaagtcttgaaatgaagtttggttcaagtaggacat 50904891  T
Q  509 ggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
      |||||||| ||||| ||  ||  |||||||| || ||||||||||||    
T  50904892 atggatcacaaaccgcttcatttcttctccaacgtacactgcaagatat 50904940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 408 - 556
Target Start/End: Original strand, 50911868 - 50912016
Alignment:
Q  408 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgata 507  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||      
T  50911868 gtgcaaggaattgttaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgact 50911967  T
Q  508 cggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
     |||||||||| ||||  ||   || |||||||||||||| ||||||||    
T  50911968 tggggatcacaaaccgtttcatcttgtctccaacatataccgcaagata 50912016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 330 - 556
Target Start/End: Original strand, 38040002 - 38040228
Alignment:
Q  330 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 429  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||| ||| |||| || |||||    || || || || ||||||||||| |||||||| |    
T  38040002 ctaatctatgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgc 38040101  T
Q  430 ccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctg 529  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| || || ||||||||||| |||| | ||||||||   |||||| ||| | ||| ||      
T  38040102 ccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaatcgcttcat 38040201  T
Q  530 tttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
    || ||||||||| || |||||||||||    
T  38040202 ttgctctccaacgtacactgcaagata 38040228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 330 - 556
Target Start/End: Original strand, 38028687 - 38028913
Alignment:
Q  330 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 429  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||| ||| |||| || |||||    || || || || ||||||||||| |||||||| |    
T  38028687 ctaatctatgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgc 38028786  T
Q  430 ccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgtctg 529  Q
    |||| ||||| |||||||| || |||||||| |||||||||| || || ||||||||||| |||| | ||||||||   |||||| ||| | ||| ||      
T  38028787 ccattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaatcgcttcat 38028886  T
Q  530 tttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
    || ||||||||| || |||||||||||    
T  38028887 ttgctctccaacgtacactgcaagata 38028913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 408 - 504
Target Start/End: Original strand, 38036792 - 38036888
Alignment:
Q  408 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatg 504  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||| |||| | |||||||    
T  38036792 gtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaaattttgaaatgaagcttggttcaagtatg 38036888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 330 - 556
Target Start/End: Original strand, 38033696 - 38033926
Alignment:
Q  330 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 429  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||| |||||||| || |||||    || ||||| || ||||| ||||| |||| ||| |    
T  38033696 ctaatctatgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagcgagaagtaatatgcaagaaaacatcttctgtgcagggaattgtgatgccgc 38033795  T
Q  430 ccatg----ggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcg 525  Q
    ||||     ||||| |||||||| || |||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||   |||||| ||| |||||     
T  38033796 ccattaattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaaccgct 38033895  T
Q  526 tctgtttctctccaacatatactgcaagata 556  Q
    ||  || ||||||||  || |||||||||||    
T  38033896 tcatttgctctccaatgtacactgcaagata 38033926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 399 - 504
Target Start/End: Original strand, 48840702 - 48840806
Alignment:
Q  399 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggctta 498  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||| |||  ||| ||||| ||||||||||||||| | |||| | |    
T  48840702 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattctttctccactt-actcaacaagtcttgaaatgaggcttggttca 48840800  T
Q  499 agtatg 504  Q
    ||||||    
T  48840801 agtatg 48840806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 399 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 3073719 - 3073561
Alignment:
Q  399 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggctta 498  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||  |||||||||||| ||||||||||| |||| | |    
T  3073719 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttca 3073620  T
Q  499 agtatgatacggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
    |||||||    ||||||||| ||||| ||  || ||||||||| || || |||||||||    
T  3073619 agtatgacgtagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatat 3073561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 408 - 557
Target Start/End: Original strand, 21607295 - 21607444
Alignment:
Q  408 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgata 507  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||||||||  |||| |||||| |||| | || | |||||||| |    
T  21607295 gtgcaaggaaccgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagctcggttcaagtatgaca 21607394  T
Q  508 cggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatat 557  Q
     |||||| ||| ||||| ||  || ||||||||||||||| |||||||||    
T  21607395 tggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatataccgcaagatat 21607444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 399 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 21634693 - 21634603
Alignment:
Q  399 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaag 489  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||  ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21634693 acatcttcggtgcaaggaattgtgaagccgcccattcgatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaacgaag 21634603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 330 - 505
Target Start/End: Original strand, 21604675 - 21604850
Alignment:
Q  330 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 429  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||| ||| |||| || |||||    || || || || ||||||||||| |||||||| |    
T  21604675 ctaatctatgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgc 21604774  T
Q  430 ccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatga 505  Q
    |||| ||||| |||||||| || ||||||||  ||||||||| || || ||||||||||| |||| | ||||||||    
T  21604775 ccattggatggtcatatcctaattcttcctcgtcttgactcaacatgttttgaaatgaagcttggttcaagtatga 21604850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University