View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21600_high_2 (Length: 680)

Name: NF21600_high_2
Description: NF21600
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21600_high_2
NF21600_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-679)||(81801-82463)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 621; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 621; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 82463 - 81801
Alignment:
Q  15 tcagataatgagcatgtcgcaaaccatgctgacagaatggcaatcggtgcagaattatgcaggaaataatatggaaaggctgtagcagattttctggcag 114  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  82463 tcagataatgagcatgttgcaaaccatgctgacagaatggcaatcggtgcagaattatgcaggaaataatatggaa-ggctgtagcagattttctggcag 82365  T
Q  115 acatagtagagtgcatgctgagtttcattgtgcggtggatgctaattttttccgtaacgaggggttgatgggttacgggtgcttccttctaaatagagcc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  82364 acatagtagagtgcatgctgagtttcattgtgcggtggatgctaattttttccgtaacgaggggttggtgggttacgggtgcttccttctaaatagagcc 82265  T
Q  215 agtcagtttgtaaaggtgctcgcaggttggagccgtcccgaattgcgagtccctaaagctgaggctgctgcgttgcagaatgctatgccataggtgcaag 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  82264 agtcagtttgtaaaggtgctcgcaggttggagccgtcccgaattgcgagtccctaaagctgaggctgctgcattgcagaatgctatgccataggtgcaag 82165  T
Q  315 acatgggaattgggaactcatagtatgactttctttactgattcttgaattttatgtgatgctatttatgcagttagtgaaggggtctctgagtatagca 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  82164 acatgggaattgggaactcatagtatgactttctttactgattcttgaattttatgtgatgctatttatgcagttagtgaaggggtctctgagtttagca 82065  T
Q  415 tctttgttgctaatattaggcatattctagctttaaattgtagttctgtggttaactttgttaggaagcaagcgaatatagatgctcaattttctagtta 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  82064 tctttgttgctaatattaggcatattctagctttaaattgtagttctgtggttaactttgttaggaagcaagcgaatatagatgctc-attttctagtta 81966  T
Q  515 gagtgacaagttcttgtgccagtcgacaagtttatatttatgcttctctttgtatttgattaaagaaatgagttgagtttgattggttaaaaacacttga 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  81965 gagtgacaagttcttgtgccagtcgacaagtttataattatgcttctctttgtatttgattaaagaaatgagttgagtttgattggttaaaaacacttga 81866  T
Q  615 ttgaaatgacctattgtttatctttcttgtaatggcatttctttatcaatttcatctcactcgac 679  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  81865 ttgaaatgacctattgtttatctttcttgtaatggcatttctttatcaatttcatttccctcgac 81801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University