View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21614_low_6 (Length: 585)

Name: NF21614_low_6
Description: NF21614
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21614_low_6
NF21614_low_6
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (11-563)||(35138720-35139277)
chr7 (12-563)||(35131412-35131969)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (79-563)||(14278461-14278947)
chr6 (89-547)||(14283955-14284406)
chr6 (431-529)||(14258655-14258753)
[»] scaffold1030 (2 HSPs)
scaffold1030 (308-563)||(2774-3029)
scaffold1030 (86-271)||(2575-2760)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 471; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 471; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 35139277 - 35138720
Alignment:
Q  11 cagagatattagggggcttaaagagaaacgttcatatctgtctccgtgtgctagcnnnnnnnnnnnnnaacattctccattacttagagaactttttgct 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35139277 cagagatattagggggcttaaagagaaacgttcatatctgtctccgtgtgctagctttttgattttttaacattctccattacttagagaactttttgct 35139178  T
Q  111 ggtttctttttcccatataagttttgggatcttatgtaatgtaaattttgcttttatttcaaactattgattgctgttctttattgataaaaaatattta 210  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35139177 ggtttatttttcccatataagttttgggatcttatgtaatgtaaattttgcttttatttcaaactattgattgctgttctttattgatacaaaatattta 35139078  T
Q  211 tattgatacaaaactctttgt-----gttaggttttttcacaactcataatgtcgttggcaaaccactcagtaccaagattggtgaatcaaggggattgc 305  Q
    |||||||||||||| ||||||     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35139077 tattgatacaaaacactttgttgtgtgttaggttttttcacaactcataatgtcattggcaaaccactcagtaccaagattggtgaatcaaggggattgc 35138978  T
Q  306 aaggtttctcttttagatttacctgatgaacttgtggattgcatcctcaagtttctttcaccacaagatttgtttagggtagcacaagtgtgtacccatt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35138977 aaggtttctcttttagatttacctgatgaacttgtggattgcatcctcaagtttctttcaccacaagatttgtttagggtagcacaagtgtgtacccatt 35138878  T
Q  406 tgaggaatattagtagaagggatcatttgtgggagaaacatgtggaacaaaaatggagcaggttgctaggtaatgatgcttaccatgaatgggagtatca 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35138877 tgaggaatattagtagaagggatcatttgtgggagaaacatgtggaacaaaaatggagcaggttgctaggtaatgatgcttaccatgaatgggagtatca 35138778  T
Q  506 tacaacaaaatataaggaactattgatggatcagaatctgagtgattcattaggaact 563  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35138777 tacaacaaaatataaggaactattagtggatcagaatctgagtgactcattaggaact 35138720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 35131969 - 35131412
Alignment:
Q  12 agagatattagggggcttaaagagaaacgttcatatctgtctccgtgtgctagcnnnnnnnnnnnnn-aacattctccattacttagagaactttttgct 110  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35131969 agagatattatgggacttaaagagaaacgttcatatatgtctttgtgtgctagcctatggatttttttaacattctccattacttagagaactttttgct 35131870  T
Q  111 ggtttctttttcccatataagttttgggatcttatgtaatgtaaattttgcttttatttcaaactattgattgctgttctttattgataaaaaatattta 210  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  35131869 ggtttctttttcccatgtaagttttgggatattatgtaatgtaaattttgattttatttcaaactattgatttttgttctttattgataaaaattattta 35131770  T
Q  211 tattgatacaaaactctttgt-----gttaggttttttcacaactcataatgtcgttggcaaaccactcagtaccaagattggtgaatcaaggggattgc 305  Q
    |||||||||||||| ||||||     ||||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  35131769 tattgatacaaaacactttgttgtgtgttaggttttttcacaaatcatgatgtcattggaaaaccactcagtaccaagattgaagaatcaaggggattgc 35131670  T
Q  306 aaggtttctcttttagatttacctgatgaacttgtggattgcatcctcaagtttctttcaccacaagatttgtttagggtagcacaagtgtgtacccatt 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35131669 aaggtttctcttttagatttacctgatgaacttgtggattgcatcctcaagtgtctttcaccacaagatttgtttagggtagcacaagtgtgtacccatt 35131570  T
Q  406 tgaggaatattagtagaagggatcatttgtgggagaaacatgtggaacaaaaatggagcaggttgctaggtaatgatgcttaccatgaatgggagtatca 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35131569 tgaggaatattagtagaagggatcatttgtgggagaaacatgtggaacaaaaatggagcaggttgctaggtaatgatgcttaccatgaatgggagtatca 35131470  T
Q  506 tacaacaaaatataaggaactattgatggatcagaatctgagtgattcattaggaact 563  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  35131469 tacaacaaaatataaggaactattagtggatcggaatctgagcgactcattaggaact 35131412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 79 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 14278947 - 14278461
Alignment:
Q  79 aacattctccattacttagagaactttttgctggtttctttttcccatataagttttgggatcttatgtaatgtaaattttg-cttttatttcaaactat 177  Q
    |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||  || |||||   ||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||    
T  14278947 aacattttccattacttatagacctttttgctggttgtttcttccctcgtaagtttttcaatcttatgtaatgtaaattttgactttcttttcaaa-tat 14278849  T
Q  178 tgattgctgttctttattgataaaaaa-tatttatattgatacaaaactct-ttgtgttaggttttttcacaactcataatgtcgttggcaaaccactca 275  Q
    | | |  |||| ||| || |||||||| |||||||||||||||||  || | |||| | |||||||  ||||| |||||||||| |  ||||||||||||    
T  14278848 taactattgttgtttgttaataaaaaattatttatattgatacaactctttgttgtttaaggttttcccacaaatcataatgtcatcagcaaaccactca 14278749  T
Q  276 gtaccaagattggtgaatcaaggggattgcaaggtttctcttttagatttacctgatgaacttgtggattgcatcctcaagtttctttcaccacaagatt 375  Q
    | ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| || |||  |||||||||||||||||    
T  14278748 gcaccaaaattgaagaatcaaggggattgcaaggtttctcttttagatttacctgatgaaattgtacattgcatacttaagcgtctttcaccacaagatt 14278649  T
Q  376 tgtttagggtagcacaagtgtgtacccatttgaggaatattagtagaagggatcatttgtgggagaaacatgtggaacaaaaatggagcaggttgctagg 475  Q
    ||| |||| || | ||||||||||  | ||||||||||||||||||| | |||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  14278648 tgtataggatatcgcaagtgtgtagtcgtttgaggaatattagtagaggcgattgtttgtgggagaaacatgtcgaacaaaaatggagcaggttggtagg 14278549  T
Q  476 taatgatgcttaccatgaatgggagtatcatacaacaaaatataaggaactattgatggatcagaatctgagtgattcattaggaact 563  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||  |||| ||||||    
T  14278548 tgatgatgcttaccatgaatgggagtatcatacaacaaaatataaggaactattagtggatcaaaatctgagtgaaccatttggaact 14278461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 89 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 14284406 - 14283955
Alignment:
Q  89 attacttagagaactttttgctggtttctttttcccatataagttttgggatcttatgtaatgtaaattttgcttttatttcaaactattgattgctgtt 188  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||| || |||||||   ||||||||||||||||| ||||  ||| ||  |||||||| | || ||||    
T  14284406 attacttatagaactttttgttggttgcttcttcccttacaagttttca-atcttatgtaatgtaaaatttgactttctt--aaactattaactgttgtt 14284310  T
Q  189 ctttattgataaaaaatatttatattgatacaaaactctttgtg---ttaggttttttcacaactcataatgtcgttggcaaaccactcagtaccaagat 285  Q
     ||||||  |  ||| |||||||||||||||||||||||||||    ||| |||||| ||||| ||||||||||         |||||||||| ||| ||    
T  14284309 gtttattatttgaaagtatttatattgatacaaaactctttgttgtcttatgtttttccacaaatcataatgtccc-------ccactcagtagcaaaat 14284217  T
Q  286 tggtgaatcaaggggattgcaaggtttctcttttagatttacctgatgaacttgtggattgcatcctcaagtttctttcaccacaagatttgtttagggt 385  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||| | |||  ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  14284216 tggagaatcaaggggattgcaaggtttctcttttagatttatctgatgaagttgtacattgcatcattaagcatctttcatcacaagatttgtttaggat 14284117  T
Q  386 agcacaagtgtgtacccatttgaggaatattagtagaagggatcatttgtgggagaaacatgtggaacaaaaatggagcaggttgctaggtaatgatgct 485  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| || |||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||    
T  14284116 agcacaagtgtgtactaatttgaggaacatgagtagaagcgattatttatgggagaaacatgtcgaacaaaagtggagcatgttggtaggtaatgatgct 14284017  T
Q  486 taccatgaatgggagtatcatacaacaaaatataaggaactattgatggatcagaatctgag 547  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||| ||||    
T  14284016 taccatgaatgggagtatcatacaacaaaatataaaggactattagtggatcagaatttgag 14283955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 431 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 14258753 - 14258655
Alignment:
Q  431 tttgtgggagaaacatgtggaacaaaaatggagcaggttgctaggtaatgatgcttaccatgaatgggagtatcatacaacaaaatataaggaactatt 529  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  14258753 tttgtgagagaaacatgtcgaacaaaaatggagcaggttggtaggtaataatgcttaccatgaatgggagtagcatacaacaaaatataaaggactatt 14258655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1030 (Bit Score: 128; Significance: 7e-66; HSPs: 2)
Name: scaffold1030
Description:

Target: scaffold1030; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 308 - 563
Target Start/End: Original strand, 2774 - 3029
Alignment:
Q  308 ggtttctcttttagatttacctgatgaacttgtggattgcatcctcaagtttctttcaccacaagatttgtttagggtagcacaagtgtgtacccatttg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| ||| || ||   ||||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||  | ||||    
T  2774 ggtttctcttttagatttacctggtgaaattgtagattacatacttaaacgtctttcaccacaagatttgattaggttatcgcaagtgtgtagtcgtttg 2873  T
Q  408 aggaatattagtagaagggatcatttgtgggagaaacatgtggaacaaaaatggagcaggttgctaggtaatgatgcttaccatgaatgggagtatcata 507  Q
    ||||||||||||||| | |||  | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2874 aggaatattagtagaggcgattgtatgtgggagaaacatgtcgaacaaaaatggagcaggttggtaggtgatgatgcttaccatgaatggaagtatcata 2973  T
Q  508 caacaaaatataaggaactattgatggatcagaatctgagtgattcattaggaact 563  Q
    ||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||  |||| ||||||    
T  2974 caacaaaatgtaaggaactattagtggatcaaaatctgagtgaaccatttggaact 3029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1030; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 86 - 271
Target Start/End: Original strand, 2575 - 2760
Alignment:
Q  86 tccattacttagagaactttttgctggtttctttttcccatataagttttgggatcttatgtaatgtaaattttgcttttatttcaaactattgattgct 185  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||  || |||||   ||||||||  ||||||||||||||||||||||   ||| |||  ||||||||| || |    
T  2575 tccattacttatagaactttttgttggttgtttcttccctcttaagtttttcgatcttatgtaatgtaaattttaactttgttttcaactattgactgtt 2674  T
Q  186 gttctttattgat---aaaaaatatttatattgatacaaaactctttgtgttaggttttttcacaactcataatgtcgttggcaaacca 271  Q
    ||| ||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||  ||||  |||||||||| | |||||||||    
T  2675 gttgtttgttgataaaaaaaaatatttatattgatacaaaactcttcg---taggttttcccacagatcataatgtcatcggcaaacca 2760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University