View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21616_low_3 (Length: 692)

Name: NF21616_low_3
Description: NF21616
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21616_low_3
NF21616_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-676)||(53693951-53694625)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 596; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 596; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 53694625 - 53693951
Alignment:
Q  9 acatcatcactaccaaataagttaaagtgcaccacatcaatggaaaaatgagatcaaggacaaattcataatgattaatatttgcacgtcaaattgaaag 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694625 acatcatcactaccaaataagttaaagtgcaccacatcagtggaaaaatgagatcaaggacaaattcataatgattaatatttgcacgtcaaattgaaag 53694526  T
Q  109 aatttgtaattgtatggaccaaaacctaagtttgttatatttgcaaagaccatttacatatttaattatttatttttatagcgattgttgaatttggcca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694525 aatttgtaattgtatggaccaaaacctaagtttgttatatttgcaaagaccatttacatatttaattatttatttttatagcgattgttgaatttggcca 53694426  T
Q  209 agtaattgatatggtttgctcttaaaataaaattagatgtgnnnnnnnnnnnnaaggaataaaaagagatgtattgtttgttacatcatatagctcagtc 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694425 agtaattgatatggtttgctcttaaaataaaattagatgtgtttttattttttaaggaataaaaagagatgtattgtttgttacatcatatagctcagtc 53694326  T
Q  309 ttgatataaaaagagatggatttaaacaagacataattatcaaattcacatttctccctattgtccttttcgtcctctcatatggcctcaaatgacaaga 408  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694325 ttgaaataaaaagagatggatttaaacaagacataattatcaaattcacatttctccctattgtccttttcgtcctctcatatggcctcaaatgacaaga 53694226  T
Q  409 tttttagattattatccaacatgatctcttaaactttccctccacttagttaaccatttgaaaaccattcataactcatttacatagcaaataaacctc- 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  53694225 tttttagattattatccaacatgatctcttaaactttccctccacctagttaaccatttgaaaaccattcataactcatttacatagcaaataaacctca 53694126  T
Q  508 -aatactataggggaggttacatataacctcaaatttttgctggatttacctaagtcccaacttaagcttgatttatccgactctgttaaacactctcct 606  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694125 aaatactataggggaggttacatataacctcaaatttttgctggatttacctaagtcccaacttaagcttgatttatccgactctgttaaacactctcct 53694026  T
Q  607 tctatgagagttcttgtaacaggattaattgattgcattgca-----ttgtgaaggaggaaacactttagtgttg 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694025 tctatgagagttcttgtaacaggattaattgattgcattgcatcaagttgtgaaggaggaaacactttagtgttg 53693951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University