View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21618_low_2 (Length: 718)

Name: NF21618_low_2
Description: NF21618
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21618_low_2
NF21618_low_2
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (319-705)||(12888485-12888868)
chr4 (169-270)||(12888919-12889023)
chr4 (77-148)||(12889058-12889129)
chr4 (563-645)||(46879468-46879551)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (203-705)||(36593140-36593646)
chr2 (77-148)||(36594234-36594305)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (150-705)||(38148787-38149348)
chr8 (353-705)||(20519239-20519589)
chr8 (353-705)||(32918993-32919341)
chr8 (65-135)||(20519782-20519852)
chr8 (77-148)||(38148682-38148753)
chr8 (158-230)||(20519652-20519727)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (353-705)||(49358794-49359146)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (351-701)||(22696786-22697133)
chr6 (403-607)||(34501223-34501420)
chr6 (610-705)||(34502715-34502810)
chr6 (170-290)||(22697206-22697330)
chr6 (66-148)||(22703528-22703610)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (319-704)||(36934480-36934865)
chr7 (341-569)||(5888702-5888932)
chr7 (195-328)||(5888520-5888654)
chr7 (158-328)||(36934886-36935060)
chr7 (565-681)||(5892651-5892769)
chr7 (65-148)||(5888361-5888444)
chr7 (83-148)||(36935096-36935161)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (411-604)||(27631784-27631977)
chr5 (158-328)||(36607195-36607370)
chr5 (158-328)||(27631500-27631673)
chr5 (65-148)||(36607076-36607159)
chr5 (584-705)||(36607593-36607717)
chr5 (319-423)||(36607401-36607501)
chr5 (623-672)||(27631967-27632018)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (561-704)||(32946613-32946756)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 272; Significance: 1e-151; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 319 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 12888868 - 12888485
Alignment:
Q  319 gtggtggtggatgcgaatccggatctgaatccgtaaccatatccggatctggattgcgttgttttttgaattggtaaccaagggagatgtttcggttggt 418  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12888868 gtggtggtggatgcaaatccggatctgaatccgcaaccatatccggatctggattatgttattttttgaattggtaatcaagggagatgtttcggttggt 12888769  T
Q  419 gatgttggagtgggggtgttgttagtgtgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaa 518  Q
    ||||||| ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| || |||||||||    
T  12888768 gatgttgtagtggtgttgttgttaatgtgctgctgtttttggtgaagtttcaaatggaggtgatgcagggagtggtgttgctgtcttaggtgatgtccaa 12888669  T
Q  519 gtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaag 618  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  12888668 gtggtggtgatgcagtctgcgtgtggtgatctcaaatctaaggtcatggtttattgagttgatggtaattttggtggttgttggtgatgggtatcacagg 12888569  T
Q  619 tgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgatg 705  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  12888568 tggtggttgttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgt-gtggtgagttcaa--gtgtggcgatgatgatg 12888485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 169 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 12889023 - 12888919
Alignment:
Q  169 gggcttgctgtggtgggtggcgtc---gccgccggtgactttgggaggttttaacaacataaatcgtggtggttttcattgattgttcctagtggctggt 265  Q
    |||||||||||||||||||||| |   | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |    
T  12889023 gggcttgctgtggtgggtggcggcattgtcgccggtgactttgggaggttttaacaacataaatcgtggtggttttcataggttgttcctggtggctgtt 12888924  T
Q  266 ttttt 270  Q
    |||||    
T  12888923 ttttt 12888919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 77 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 12889129 - 12889058
Alignment:
Q  77 acgatgtagatccaaatggtggtggtgtgacgaggcgcggtctctgcatcacctcaccttcgacgtccctca 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||||||||| ||  ||||||||    
T  12889129 acgatgtagatccaaatggtggtggtgcgacgaggcgaggcctccgcatcacctcacctccggtgtccctca 12889058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 563 - 645
Target Start/End: Original strand, 46879468 - 46879551
Alignment:
Q  563 catggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaag-tgacggttgttggtgttgagttgggag 645  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||| |||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||    
T  46879468 catgttttattgagttaatggtgattttagtgattgtttgtgatgggtatctcaagatggtggttgttggtgttgagttgggag 46879551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 203 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 36593646 - 36593140
Alignment:
Q  203 actttgggaggttttaacaacataaatcgtggtgg-ttttcattgattgttcctagtggctggttttttg----gggtgatggtttgctattcgtgatgg 297  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||| | |||||||| |||| || ||||||     |||||||||||||||||||||| ||     
T  36593646 actttggaaggttttagcaacataaaccgtgatggattttcatagtttgttcctggtggttgttttttttttttgggtgatggtttgctattcgtggtga 36593547  T
Q  298 ctttcagggaggtttttgtgggtggt---------ggtggatgcgaatccggatctgaatccgtaaccatatccggatctggat-tgcgttgttttttga 387  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||         ||||||||||||  ||||| ||||       |||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  36593546 ctttcggggaggtttttgtgggtggttgtagtggtggtggatgcgaactcggatatgaa-------ccatatccggatctggatctgcgttgttttatga 36593454  T
Q  388 attggtaaccaagggagatgtttcggttggtgatgttggagtgggggtgttgttagtgtgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagg 487  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36593453 attggcaaccaagggagatgtttcggttggtgatgttagagtggtagtgttgttagtgtgctactgttttttgtgaagtttcgaatggaggtgatgcagg 36593354  T
Q  488 gagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgat 587  Q
    ||||  ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||| ||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  36593353 gagtggtgttgctgttttggatgatgtccaagtggtggtgatgtagtctgtgtttggtgatctcagatctaaggtcatggattattgagttgatggttat 36593254  T
Q  588 tttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaag 687  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||  |    
T  36593253 tttggtggttgtttgtgatgggtatcacaagt---ggtggttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtg-ggtggggagttcggg 36593158  T
Q  688 ggtgtggcgatgatgatg 705  Q
    |||| |||||||||||||    
T  36593157 ggtggggcgatgatgatg 36593140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 77 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 36594305 - 36594234
Alignment:
Q  77 acgatgtagatccaaatggtggtggtgtgacgaggcgcggtctctgcatcacctcaccttcgacgtccctca 148  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| ||| ||| ||||||||||  | |||||||||    
T  36594305 acgatgtagatccaaatgatggtggtgcgatgaggcgcggcctccgcaacacctcacctctgtcgtccctca 36594234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 150 - 705
Target Start/End: Original strand, 38148787 - 38149348
Alignment:
Q  150 gttatcactgttctggtccgggcttgctgtggtgggtggc---gtcgccgccggtgactttgggaggttttaacaacataaatcgtggtgg-ttttcatt 245  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||  |||||||||||   | || ||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |||||||     
T  38148787 gttaacactgttctggttcgggcttgcattggtgggtggcagcggcgtcgctggtgaatttggaaggttttagcaacataaatcgtgatggattttcata 38148886  T
Q  246 gattgttcctagtggctggttttttgg-ggtgatggtttgctattcgtgatggctttcagggaggtttttgtgggtggt---------ggtggatgcgaa 335  Q
    | ||||||||  ||| |  ||||||   || ||||||||||||||| || || | ||| ||||||||||||| ||||||         ||||||||||||    
T  38148887 gtttgttcctgatggtttttttttttttggagatggtttgctattcatggtgaccttcggggaggtttttgtaggtggttgtagtggtggtggatgcgaa 38148986  T
Q  336 tccggatctgaatccgtaaccatatccggatctggat-tgcgttgttttttgaattggtaaccaagggagatgtttcggttggtgatgttggagtggggg 434  Q
      ||||| ||||       |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  |    
T  38148987 ctcggatatgaa-------ccatatccggatctggttctgcgttgttttatgaattggcaaccaagggagatgtttcggttggtgatgttagaatggtag 38149079  T
Q  435 tgttgttagtgtgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagt 534  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||  || | |||| ||||  |||||   |||||||||||||||||    
T  38149080 tgttattagtgtgctactgttttttgtgaagttttgaatggaggtgatgcagggagtggtgcttctgttttggatgatgtgacagtggtggtgatgcagt 38149179  T
Q  535 ttgcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgt 634  Q
     ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||   ||| ||||||||    
T  38149180 ctgtgtttggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggttattttggtggttgttggtgatgagtatcacaagt---ggtggttggtgt 38149276  T
Q  635 tgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctc-aagggtgtggcgatgatgatg 705  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||    
T  38149277 tgagttgggaggcgaagtttattgtctctttcttgtgtggtggtgagttcggggggtgtggcgatgatgatg 38149348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 353 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 20519589 - 20519239
Alignment:
Q  353 aaccatatccggatctggat-tgcgttgttttttgaattggtaaccaagggagatgtttcggttggtgatgttggagtgggggtgttgttagtgtgctgc 451  Q
    ||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||  |    
T  20519589 aaccatatctggatttggatctgtgttgttttttgaattggcaaccaacgaagatgtttcggttggtgatgttagagtggtagtgttgttagtgtgcaac 20519490  T
Q  452 tgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatctc 551  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| || || ||||||||||||||||||||  ||| ||| | | ||||||||    
T  20519489 tgtttttggtgaagttttgaatggaggtgatgtagggagtagtgttgctgttttaggtgatgtccaagtggtggtgattgagtctgcgttttgtgatctc 20519390  T
Q  552 agatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaag 651  Q
    ||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||   ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20519389 agatctaagatcatggttgattgtgttgatggagattttggtggttgttggtgatgggtatcataagt---ggtggttggtgttgagttgggaggcgaag 20519293  T
Q  652 tttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgatg 705  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||    
T  20519292 tttattgtctctttcttgtgtggtggtgagttcgggggtatggcgatgatgatg 20519239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 353 - 705
Target Start/End: Original strand, 32918993 - 32919341
Alignment:
Q  353 aaccatatccggatctggat-tgcgttgttttttgaattggtaaccaagggagatgtttcggttggtgatgttggagtgggggtgttgttagtgtgctgc 451  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| |    
T  32918993 aaccatatccggatctagatctgcgttgttttatgaattggcaaccaagggagatgtttcggttggtgatgttagagtggcagtgttgttagtgtgctac 32919092  T
Q  452 tgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatctc 551  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  || |||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||    
T  32919093 tgttttttgtgaagtttcgaatggaggtgatgcaaggagt-gtgctgctgttttggatgatgttcaagtggtggtgatgcagtctgtgtttggtgatctc 32919191  T
Q  552 agatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaag 651  Q
    | ||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32919192 atatctaaggtcataatttattgagttgatggtta-tttggtggttgttggtgatgggtatcacaagt---ggtggttggtgttgagttgggaggcgaag 32919287  T
Q  652 tttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgatg 705  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||    
T  32919288 ttcactatctctttcttgtgtggtggtgagttcgtgggtgtggcaatgatgatg 32919341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 65 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 20519852 - 20519782
Alignment:
Q  65 ccactaatcattacgatgtagatccaaatggtggtggtgtgacgaggcgcggtctctgcatcacctcacct 135  Q
    |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  20519852 ccactattcatcacaatgtagatccaaatggtggtggtgcgacgaggcgcggcctccgcatcaccttacct 20519782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 77 - 148
Target Start/End: Original strand, 38148682 - 38148753
Alignment:
Q  77 acgatgtagatccaaatggtggtggtgtgacgaggcgcggtctctgcatcacctcaccttcgacgtccctca 148  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||| ||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  38148682 acgatgtagatccaaatggcggtggtgcgatgaggtgcggcctccgcatcacctcacctccggcgtccctca 38148753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 158 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 20519727 - 20519652
Alignment:
Q  158 tgttctggtccgggcttgctgtggtgggtggcgtcgccg---ccggtgactttgggaggttttaacaacataaatc 230  Q
    ||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||  |   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20519727 tgttctggttcgggctcactgtggtgggtggcggcggtgttgccggtgactttgggaggttttaataacataaatc 20519652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 353 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 49359146 - 49358794
Alignment:
Q  353 aaccatatccggatctggat-tgcgttgttttttgaattggtaaccaagggagatgtttcggttggtgatgttggagtgggggtgttgttagtgtgctgc 451  Q
    |||||||| ||||||||||| | | ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||     
T  49359146 aaccatattcggatctggatctacattgttttttgatttggcgaccaagggagatgtttctgttggtgatgttggagtgttggtgttgttagtgtgatgt 49359047  T
Q  452 tgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatctc 551  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  | || |||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||| ||    
T  49359046 tgtttttggtgaagtttcgaatgaaggtgatgtagggaatggtcttcctgtcttgggtgatgtccaagtggtg---atgcagtttgcgtgtggtgatatc 49358950  T
Q  552 agatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaa- 650  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||| ||| |||||||     
T  49358949 agatctaaggttatggtttattaagttcatggtgattttggtggttgttggtgatgggtatcacaagtggtggtttttggtgttgaggtggaaggcgaaa 49358850  T
Q  651 -gtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgatg 705  Q
     ||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  49358849 tgttcactgtctctttcttgtgtggcggtgagttcaggggtgtggcgatgatgatg 49358794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 181; Significance: 2e-97; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 351 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 22697133 - 22696786
Alignment:
Q  351 gtaaccatatccggatctggat-tgcgttgttttttgaattggtaaccaagggagatgtttcggttggtgatgttggagtgggggtgttgtt-agtgtgc 448  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||    
T  22697133 gtaaccatatccggatctggatctgcgttgttttt-gaattgatgaccaagggagacgtttcggctggtgatgttgaagtggtggtgttgtttagtgagc 22697035  T
Q  449 tgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgat 548  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||    
T  22697034 tactgtttttggtgaagttttgaatggaggtgatgtagggagcagtgttgctgtcttgggtgatgtccaagtggcggtgatgcagtctacgtgtggtgat 22696935  T
Q  549 ctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcg 648  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||      |||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||    
T  22696934 ctcagatctaaggtcatggattattgagttgatggtga------tggttgttggtgatcggtatcacaagtggtggttgttggtgtttagctgggaggcg 22696841  T
Q  649 aa--gtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgat 701  Q
    ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||    
T  22696840 aaatgttcactgtctctttcttgtgtggtggtgagtttgggggtgtggcgatgat 22696786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 403 - 607
Target Start/End: Original strand, 34501223 - 34501420
Alignment:
Q  403 agatgtttcggttggtgatgttggagtgggggtgttgttagtgtgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgt 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||||||    
T  34501223 agatgtttcggttggtgatgttggagtggtggtgttgttagtgtgctactatttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgttgggagtggtgttgctgt 34501322  T
Q  503 cttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttgg 602  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||       ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34501323 cttgggtgatgtccaagtggtagtgatgcagtctgcgtgtggt-------gatataaggtcatggtatattgagttgatggtgattttagtggttgttgg 34501415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 610 - 705
Target Start/End: Original strand, 34502715 - 34502810
Alignment:
Q  610 tatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgatg 705  Q
    |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||    
T  34502715 tatcacaagtggtggttgttgctgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttctgtggtggtgagtttgagggtgtggagatgatgatg 34502810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 170 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 22697330 - 22697206
Alignment:
Q  170 ggcttgctgtggtgggtggcg---tcgccgccggtgactttgggaggttttaacaacataaatcgtggtggttttcattgattgttcctagtggctggtt 266  Q
    |||||||||||||||||||||   ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| | || ||||| ||||||||||    
T  22697330 ggcttgctgtggtgggtggcggcgtcgtcgccggtgattttgggaggttttagcaacacaaaacgcggtggttttcatagtttcttcctggtggctggtt 22697231  T
Q  267 tttt-ggggtgatggtttgctattc 290  Q
    |||| ||||||||||||||||||||    
T  22697230 ttttgggggtgatggtttgctattc 22697206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 66 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 22703610 - 22703528
Alignment:
Q  66 cactaatcattacgatgtagatccaaatggtggtggtgtgacgaggcgcggtctctgcatcacctcaccttcgacgtccctca 148  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  22703610 cactattcatcacgatgtagatccaaatggtggtggtgcgacgaggcgcagcctccgcatcacctcacctccggcgtccctca 22703528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 166; Significance: 2e-88; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 319 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 36934865 - 36934480
Alignment:
Q  319 gtggtggtggatgcgaatccggatctgaatccgtaaccatatccggatctggat-tgcgttgttttttgaattggtaaccaagggagatgtttcggttgg 417  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |  ||| ||||||||||| |  | ||||||| | |||||||||||    
T  36934865 gtggtggtagatgtgaatccggatctgaatctgtaaccatatccggatttggatctatgttcttttttgaatttgcgatcaagggacacgtttcggttgg 36934766  T
Q  418 tgatgttggagtgggggtgttgttagtgtgctgctgttttt-ggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtcc 516  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  || |||| ||||||| |||||||    
T  36934765 tgatgtcggagtggtggtgttgttagtgcgctgttgttttttggtgaagtttcgaagggaggtgatgcagggagtggtgctgctatcttgggtgatgtcc 36934666  T
Q  517 aagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatc-tcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcac 615  Q
    |||||||||||||||||  ||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36934665 aagtggtggtgatgcagcctgagtgtggtgatcttcagatcgaaggtcatggtttatt--gttgatggtaattttggtggttgttggtgatgggtatcac 36934568  T
Q  616 aagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaa--gtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgat 704  Q
    |||||  |||  |||||||||||||||||||||||   || |||||||| ||||  |||||||||||| ||   |||||||||||||||||    
T  36934567 aagtggtggtgtttggtgttgagttgggaggcgaaatattcactgtctc-ttct--tgtggtggtgagttcggaggtgtggcgatgatgat 36934480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 341 - 569
Target Start/End: Original strand, 5888702 - 5888932
Alignment:
Q  341 atctgaatccgtaaccatatccggatctggatt-gcgttgttttttgaattggtaaccaagggagatgtttcggttggtgatgttggagtgggggtgttg 439  Q
    ||||||||  |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||    
T  5888702 atctgaatttgtaagcatatcctgatctggatttgcgttgttttttgaattggcgaccaagggagacgtttcggttggtgatgtcggagtgttggtgttg 5888801  T
Q  440 ttagtgtgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgca 539  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  5888802 ttagtgtgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgctgcatagagtggtgttgctatcttgggtgatgtccaagtggtggtgatgtagtctgca 5888901  T
Q  540 tgtggtgatc-tcagatctaaggtcatggtt 569  Q
    |||||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  5888902 tgtggtgatcttcatatctaaggtcgtggtt 5888932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 195 - 328
Target Start/End: Original strand, 5888520 - 5888654
Alignment:
Q  195 cgccggtgactttgggaggttttaacaacataaatcgtggtggtttt-cattgattgttcctagtggctggttttttggggtgatggtttgctattcgtg 293  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||| |||| |  |||||||| ||| | |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5888520 cgccggtgactttgggaggttttagtaacacaaattgctgtggtttttcatagtttgttcctggtgcctggttttttggggtgatggtttgctattcgtg 5888619  T
Q  294 atggctttcagggaggtttttgtgggtggtggtgg 328  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5888620 gttgctttcagggaggtttttgtgggtggtggtgg 5888654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 158 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 36935060 - 36934886
Alignment:
Q  158 tgttctggtccgggcttgctgtggtgggtggcgtcgcc---gccggtgactttgggaggttttaacaacataaatcgtggtgg-ttttcattgattgttc 253  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |   | ||||||||||||| | ||||| ||||| |||||| ||||| ||||| | | ||||||    
T  36935060 tgttctggttcgggcttgctgtggtgggtggcggcggcagcgtcggtgactttgggtgcttttagcaacacaaatcgcggtgggttttcgtagtttgttc 36934961  T
Q  254 ctagtggctggttttttggggtgatggtttgctattcgtgatggctttcagggaggtttttgtgggtggtggtgg 328  Q
     | ||||  | ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  36934960 ttggtggtggtttttttggggtgatgctttgctatttgtggtggcttttggggaggtttttgtgggtggtggtgg 36934886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 565 - 681
Target Start/End: Original strand, 5892651 - 5892769
Alignment:
Q  565 tggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaa--gtttactgtctc 662  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||||  |||  |||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  5892651 tggtgtattgagttgatggtgattttggtgttcgttagtgatgggtatcacaagtggtggtgtttggtgttaagttgggaggcgaaatgttcactgtctc 5892750  T
Q  663 tttcttgtgtggtggtgag 681  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  5892751 tttcttgtgtggttgtgag 5892769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 148
Target Start/End: Original strand, 5888361 - 5888444
Alignment:
Q  65 ccactaatcattacgatgtagatccaaatggtggtggtgtgacgaggcgcggtctctgcatcacctcaccttcgacgtccctca 148  Q
    |||||| |||| |||||||| |||||| ||||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  5888361 ccactattcatcacgatgtaaatccaattggtggtggggcgacgaggcgcggcctccgcatcacctcacctccggcgtccctca 5888444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 83 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 36935161 - 36935096
Alignment:
Q  83 tagatccaaatggtggtggtgtgacgaggcgcggtctctgcatcacctcaccttcgacgtccctca 148  Q
    ||||||||| |||| || ||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| || | |||||||    
T  36935161 tagatccaattggtagtcgtgcgacgaggcgcggcctccgcatcacctcacctccggcatccctca 36935096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 122; Significance: 3e-62; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 411 - 604
Target Start/End: Original strand, 27631784 - 27631977
Alignment:
Q  411 cggttggtgatgttggagtgggggtgttgttagtgtgctgctgtttttggtgaagtttcgaatggaggtgatgcagggagtaatgttgctgtcttggggg 510  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||  || |||  ||||||| |    
T  27631784 cggttggtgatgttggagtagtggtgttgttagtgtgctgctatttttggtgatgttttgaatggaggtggtgcagggagtggtgatgccatcttgggtg 27631883  T
Q  511 atgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtg 604  Q
    |||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27631884 atgtccacatggtggtgatgtagtctgcatgtggtgatctcagatctaaggtaatgatttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtg 27631977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 158 - 328
Target Start/End: Original strand, 36607195 - 36607370
Alignment:
Q  158 tgttctggtccgggcttgctgtggtgggtggcgtcgccgccg---gtgactttgggaggttttaacaacataaatcgtggtgg-ttttcattgattgttc 253  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||| || || ||   ||||||||| ||||||||| ||||| |||| | ||||| ||||||| | ||||||    
T  36607195 tgttctggtttgggcttgctgtggtgggtggcggcgacgtcgctagtgactttgagaggttttagcaacacaaattgcggtgggttttcatagtttgttc 36607294  T
Q  254 ctagtggctggtttttt-ggggtgatggtttgctattcgtgatggctttcagggaggtttttgtgggtggtggtgg 328  Q
    ||  ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  36607295 ctgatgggtggatttttaggggtgatggtttgctattcatggtggctttcggagaggtttttgtgggtggtggtgg 36607370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 158 - 328
Target Start/End: Original strand, 27631500 - 27631673
Alignment:
Q  158 tgttctggtccgggcttgctgtggtgggtggcg---tcgccgccggtgactttgggaggttttaacaacataaatcgtggtgg-ttttcattgattgttc 253  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||   ||| | ||||||||| | |||||||||| |||   |||||| | ||| ||||||| | ||||||    
T  27631500 tgttctggttcgggcttgctgtggtgggtagcggtgtcgtcaccggtgactctaggaggttttagcaatgcaaatcgcgatgggttttcatagtttgttc 27631599  T
Q  254 ctagtggctggttttttggggtgatggtttgctattcgtgatggctttcagggaggtttttgtgggtggtggtgg 328  Q
    || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| || ||||||||||||    
T  27631600 ctggtggttggtttttgggggtgatggtttgctattcgtggtggc-ttcagggaggtttatgagggtggtggtgg 27631673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 65 - 148
Target Start/End: Original strand, 36607076 - 36607159
Alignment:
Q  65 ccactaatcattacgatgtagatccaaatggtggtggtgtgacgaggcgcggtctctgcatcacctcaccttcgacgtccctca 148  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  36607076 ccactattcatcacgatgtagatccaattggtggtggtgcgacgaggtgcggcctccgcatcacctcaccttcggcgtccctca 36607159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 584 - 705
Target Start/End: Original strand, 36607593 - 36607717
Alignment:
Q  584 tgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggt-tgttggtgttgagttgggaggcgaa--gtttactgtctctttcttgtgtggtggtga 680  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||  ||| | |||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||| ||||| | ||||    
T  36607593 tgattttggtggttgttagtgatgggtatcacgagtggtggtgttttggtgttgagttgggaggcgaaatgttcaatgtctctttctcgtgtgatagtga 36607692  T
Q  681 gctcaagggtgtggcgatgatgatg 705  Q
    | ||  |||||||| ||||||||||    
T  36607693 gttcgggggtgtggtgatgatgatg 36607717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 319 - 423
Target Start/End: Original strand, 36607401 - 36607501
Alignment:
Q  319 gtggtggtggatgcgaatccggatctgaatccgtaaccatatccggatctggat-tgcgttgttttttgaattggtaaccaagggagatgtttcggttgg 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||   ||||||||| || |||||||||| ||||||  |||||  |||| |||||||||||    
T  36607401 gtggtggtggatgcgaatccggatctga-----taaccatatatcgatctggatatgtgttgtttttttaattggcgaccaacagagacgtttcggttgg 36607495  T
Q  418 tgatgt 423  Q
    ||||||    
T  36607496 tgatgt 36607501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 623 - 672
Target Start/End: Original strand, 27631967 - 27632018
Alignment:
Q  623 ggttgttggtgttgagttgggaggcgaa--gtttactgtctctttcttgtgt 672  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||    
T  27631967 ggttgttggtgttgagttgggaggcgaaatgttcattgtctctttcttgtgt 27632018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 561 - 704
Target Start/End: Original strand, 32946613 - 32946756
Alignment:
Q  561 gtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtc 660  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||| | | |        
T  32946613 gtcatggtttattgagttaatggtaattttggtggttgttggtgatatgtatcacaagtggtggttgttgatgttgatttgggaggcgaaatgttcaccg 32946712  T
Q  661 tctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgat 704  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||||||| || ||||||    
T  32946713 tctttcttgtgtggtggtgagttcgtgggtgtggtgacgatgat 32946756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University