View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21618_low_3 (Length: 689)

Name: NF21618_low_3
Description: NF21618
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21618_low_3
NF21618_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-671)||(52688200-52688845)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 583; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 583; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 671
Target Start/End: Original strand, 52688200 - 52688845
Alignment:
Q  17 caaaggttatcgaatttaaaacttaagtcattttaaatgtgtgtaattatttggttatgatgatgccacttagtggttgccattatggatgaataactgc 116  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52688200 caaaggttagcgaatttaaaacttaagtcattttaaatgtgtgtaattatttggttatgatgatgccacttagtggttgccattatggatgaataactgc 52688299  T
Q  117 cattttatatggcactagaggaatattgagactcccattggggatatcacacgtcagtattcatctttgaatgatattttgatcgtattgggacgttacc 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52688300 cattttatatggcactagaggaatattgagactcccattggggatatcacacgtcaatattcacctttgaatgatattttgatcgtattgggacgttacc 52688399  T
Q  217 cgcaacacaaaggtgagaaacttggtgcatgttaacaaacaacaggatgaaactattaaagcttgaaaatttctagataattagtggattagattgaatt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52688400 cgcaacacaaaggtgagaaacttggtgcatgttaacaaacaacgggatgaaactattaaagcttggaaatttctagataattagtggattagattgaatt 52688499  T
Q  317 ctgaaggcacaattaaaggatgataaaaatatgcttgtggttgcttatttcgagatgagaatgggaggtggttgtgtggcttctccaaaaatttgggtca 416  Q
    || ||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52688500 cttaa---------aaaggatgataaaaatatgcttgtggttgcttatttcaagatgagaatgggaggtggttgtgtggcttctccaaaaatttgggtca 52688590  T
Q  417 ttgtaacacatatgttgttgaattatggggagtttatgaaggtttgaaaattgattaagtttgaggttatacttgagttaagcttaatatggattctaaa 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52688591 ttgtaacacatatgttgttgaattatgaggagtttatgaaggtttgaaaattgattaagtttgaggttatacttgagttaagcttaatatggattctaaa 52688690  T
Q  517 attgttcttatattattaagagtgatggtatatggagtatgtatgtgtggaggttgaccaagaagattagaaggctcctagctttggacttggaagtcaa 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52688691 attgttcttatattattaagagtgatggtatatggagtatgtatgtgtggaggttgaccaagaagattagaaggctcctagctttggacttggaagtcaa 52688790  T
Q  617 agtttgtcttcttaccattcaactaatgcatgtgcgaatccaccgaccaatatgg 671  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  52688791 cgtttgtcttcttaccattcaactaatgcatgtgcgaatacaccgaccaatatgg 52688845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University