View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21622_low_1 (Length: 1111)

Name: NF21622_low_1
Description: NF21622
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21622_low_1
NF21622_low_1
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (17-1098)||(2699352-2700437)
chr2 (440-1099)||(2692080-2692736)
chr2 (73-189)||(2691709-2691829)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (497-1099)||(14521211-14521813)
chr4 (113-184)||(14520885-14520956)
chr4 (508-603)||(36289235-36289330)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1004; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1004; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1098
Target Start/End: Original strand, 2699352 - 2700437
Alignment:
Q  17 acaagttaatatcatttatcaatcatctgatagggnnnnnnnntaggtgtgatgaatatgaatatgaatgtttcacctttgagtcgtctcttgtacctcc 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2699352 acaagttaatatcatttatcaatcatctgatagggaaaaaaaataggtgtgatgaatatgaatatgaatgtttcacctttgagttgtctcttgtacctcc 2699451  T
Q  117 ataccaacaatacaatgattcctatgcaaattaaccccgctagagaagttaatattatcaccatcataatcttttcatt---ccctccatcgcctgtatt 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  2699452 ataccaacaatacaatgattcctatgcaaattaaccccgctagagaagttaatattatcaccatcataatcttttcatttttccctccatcgcctgtatt 2699551  T
Q  214 tcgagacaaaagatataatcctgttattaactaatactctaacaacaattacacttcaattgacagtgttattcggctaattagctataacattaattta 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2699552 tcgagacaaaagatataatcctgttatttactaatactctaacaacaattacacttcaattgacagtgttattcggctaattagctataacattaattta 2699651  T
Q  314 ttagttaactaaagtgagtccaattgaaagagttactcaagaacgatacaggacaa-ttagtactgataaatgaaatcaaaaccaaagaaccatacatga 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2699652 ttagttaactaaagtgagtccaattgaaagagttactcaagaacgatacaggagaaattattactgataaatgaaatcaaaaccaaagaaccatacatga 2699751  T
Q  413 agcgaaactcaaggtattcttagtactttacctaaatcagaataagcgagacgaatgtgcagagcgtttccttctccatgttgaaagtgtagaatatcaa 512  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2699752 aacaaaactcaaggtattcttagtactttacctaaatcagaataagcgagacgaatgtgcagagcgtttccttctccatgttgaaagtgtagaatatcaa 2699851  T
Q  513 ccaaatctccataccaaaccatacaaccaattccaataacttctgcataagcagtacaagaaccattctgtaaacaattacctttacaatctttcgtatc 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2699852 ccaaatctccataccaaaccatacaaccaattccaataacttctgcataagcagtacaagaaccattctgtaaacaattacctttacaatctttcgtatc 2699951  T
Q  613 aaccacacgcgcaaaatcaggtaacttcatactcccacgcaccaaaaaaccatcctcaccaaaactaccattcctctgatcacccttcaatgctgtcatc 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2699952 aaccacacgcgcaaaatcaggtaacttcatactcccacgcaccaaaaaaccatcctcaccaaaactaccattcctctgatcacccttcaatgctgtcatc 2700051  T
Q  713 ctcctacatccacttgacaaattcctcttatccttcagttcaaacccttttaagcaattacaaatagccgaacccgaaaccgacaattcacaagctgcaa 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2700052 ctcctacatccacttgacaaattcctcttatccttcagttcaaacccttttaagcaattacaaatagccgaacccgaaaccgacaattcacaagctgcaa 2700151  T
Q  813 aatcaccacaatagttataaacctcgcactgattatgaggccctttttgtatctcagtccaacgtttctcattttctttccatagaaactctctttcaat 912  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2700152 aatcaccacaatagttataaacctcacacacattatgaggccctttttgtatctcagtccaacgtttctcattttctttccatagaaactctctttcaat 2700251  T
Q  913 accatcccaaccaatctgaaacctcactgaactattatcattctccttcaactcgttatcattataaacaaaagacctatctccattactatcataatta 1012  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2700252 accatcccaaccaatctgaaacctcactgaactattatcattctccttcaactcgttatcattataaacaaaagacctatctccattactatcataatta 2700351  T
Q  1013 agtataaaaccatgaagaaaactacctgtcatatcaacaccagtaaaaattctaccatcccaataaccacttctccatgttcttct 1098  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2700352 agtataaaaccatgaagaaaactacctgtcatatcaacaccagtaaaaattctaccatcccaataaccacttctccatgttcttct 2700437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 440 - 1099
Target Start/End: Original strand, 2692080 - 2692736
Alignment:
Q  440 ttacctaaatcagaataagcgagacgaatgtgcagagcgtttccttctccatgttgaaagtgtagaatatcaaccaaatctccataccaaaccatacaac 539  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||| ||||  |  ||||| || ||| ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2692080 ttacctaaatcagaatgagcaagacgaatatgcaatgtatttccatcaccacgttcaaactgttgaacatcaaccaaatctccataccaaagcatacaac 2692179  T
Q  540 caattccaataacttctgcataagcagtacaagaaccattctgtaaacaattacctttacaatctttcgtatcaaccacacgcgcaaaatcaggtaactt 639  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||| |||||| || ||| |||||||| | ||||| |||||||||||    
T  2692180 caattccaatgacttctgcataagcagtacaagaagtattctccaaacaattaccttcacaatcattagtaacaaccacatgtgcaaagtcaggtaactt 2692279  T
Q  640 catactcccacgcaccaaaaaaccatcctcaccaaaactaccattcctctgatcacccttcaatgctgtcatcctcctacatccacttgacaaattcctc 739  Q
    ||||  |  |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||||| |    
T  2692280 catatacgtacgctccaagaaaccatcctcgccaaaactaccattactctgattacccttcaatgctgtgatcctcgtacaaccacctgacaaattcccc 2692379  T
Q  740 ttatccttcagttcaaacccttttaagcaattacaaatagccgaacccgaaaccgacaattcacaagctgcaaaatcaccacaatagttataaacctcgc 839  Q
    | ||||   ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |  || |    
T  2692380 tcatcccatagttcaaacccttgtaagcaactacaaatagccgaacccaacactgacaattcacaagcagcaaaactaccacaatagttatataattcac 2692479  T
Q  840 actgattatgaggccctttttgtatctcagtccaacgtttctcattttctttccatagaaactctctttcaataccatcccaaccaatctgaaacctcac 939  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  2692480 actcattatggggccctttttgtatctcaatccaacgtttctcattttcgttccatacaagctctctttcataaccatcccaaccaatctgaaacctcac 2692579  T
Q  940 tgaactattatcattctccttcaactcgttatcattataaacaaaagacctatctccattactatcataattaagtataaaaccatgaagaaaactacct 1039  Q
    | |||   || |||||  |||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  2692580 taaac---taccattcaacttccactcattatcattataaacaaaatacctatctccattattatcataattaagtacaaaaccatgaagaaaactgcct 2692676  T
Q  1040 gtcatatcaacaccagtaaaaattctaccatcccaataaccacttctccatgttcttctc 1099  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||    
T  2692677 gtcatatcaacaccagtaaaaattctaccatcccagtaaccacttctccatatttttctc 2692736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 73 - 189
Target Start/End: Original strand, 2691709 - 2691829
Alignment:
Q  73 tatgaatatgaatg----tttcacctttgagtcgtctcttgtacctccataccaacaatacaatgattcctatgcaaattaaccccgctagagaagttaa 168  Q
    ||||||||||||||    ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||| |||||||| |||| |  ||||||    
T  2691709 tatgaatatgaatgagtatttcacctttgagttttgtcttgtacctccataccaacaataccaatattcctaggcagattaaccctgctataacagttaa 2691808  T
Q  169 tattatcaccatcataatctt 189  Q
    ||||||||| |||||||||||    
T  2691809 tattatcacaatcataatctt 2691829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 497 - 1099
Target Start/End: Original strand, 14521211 - 14521813
Alignment:
Q  497 aagtgtagaatatcaaccaaatctccataccaaaccatacaaccaattccaataacttctgcataagcagtacaagaaccattctgtaaacaattacctt 596  Q
    |||||| ||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  14521211 aagtgttgaacatcgaccaaatctccatgccaaaccatacaaccaattccagttacttctgcataagcagtacaagaagcattctccaaacaattacctt 14521310  T
Q  597 tacaatctttcgtatcaaccacacgcgcaaaatcaggtaacttcatactcccacgcaccaaaaaaccatcctcaccaaaactaccattcctctgatcacc 696  Q
     |||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||  |||| | || |||||||||||  |||| | | || |  ||||||||||    
T  14521311 cacaatccttagtatcaaccacacgtgcaaagtcgggtaacttcatactcgtacgctcaaagaaaccatcctcgtcaaatccatcacttgtctgatcacc 14521410  T
Q  697 cttcaatgctgtcatcctcctacatccacttgacaaattcctcttatccttcagttcaaacccttttaagcaattacaaatagccgaacccgaaaccgac 796  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| | |||    
T  14521411 cttcaatgctgtcttcctcgtacatccacttgacaaattctccttatcctttagttcaaacccttgtaagcaactacaaatagcccaacccgaatctgac 14521510  T
Q  797 aattcacaagctgcaaaatcaccacaatagttataaacctcgcactgattatgaggccctttttgtatctcagtccaacgtttctcattttctttccata 896  Q
       ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||  || || |||||  ||||||| |||| |||||||    
T  14521511 gtatcacaagatgcaaaatcgccacaatagttataaaattcacactgattatgaggccccttttgattcacactccaatatttctcagtttcattccata 14521610  T
Q  897 gaaactctctttcaataccatcccaaccaatctgaaacctcactgaactattatcattctccttcaactcgttatcattataaacaaaagacctatctcc 996  Q
     || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||  |||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  14521611 taagctctctttcataaccatcccaaccaatctgaaacctaactgaactattaccattcaacttccactcattatcattataaacaaaatatctatctcc 14521710  T
Q  997 attactatcataattaagtataaaaccatgaagaaaactacctgtcatatcaacaccagtaaaaattctaccatcccaataaccacttctccatgttctt 1096  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  14521711 attactatcataatttagtataaaaccatgaagaaaactacttttcgcatcaacaccggtaaaaaccctaccatcccaataaccacttctccattttttt 14521810  T
Q  1097 ctc 1099  Q
    |||    
T  14521811 ctc 14521813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 113 - 184
Target Start/End: Original strand, 14520885 - 14520956
Alignment:
Q  113 ctccataccaacaatacaatgattcctatgcaaattaaccccgctagagaagttaatattatcaccatcata 184  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| | || || |||| |||| ||||| ||||||    
T  14520885 ctccataccaacaatacaaagattcctaggcagattaaccctgttacagcagttgatataatcacaatcata 14520956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 508 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 36289330 - 36289235
Alignment:
Q  508 atcaaccaaatctccataccaaaccatacaaccaattccaataacttctgcataagcagtacaagaaccattctgtaaacaattacctttacaatc 603  Q
    |||||| || || |||| |||||||||||| |||||||||||| | | | |||| ||||||||||||| |||||  | |||||| |||| ||||||    
T  36289330 atcaactaactccccatgccaaaccatacacccaattccaatagcatttacataggcagtacaagaactattcttcagacaatttccttcacaatc 36289235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University