View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21623_high_3 (Length: 576)

Name: NF21623_high_3
Description: NF21623
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21623_high_3
NF21623_high_3
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-558)||(1092989-1093546)
chr8 (54-235)||(26395976-26396157)
chr8 (61-236)||(26168372-26168547)
chr8 (53-251)||(25224820-25225018)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (34-529)||(49464928-49465423)
chr4 (53-236)||(8349121-8349304)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (13-467)||(29462737-29463191)
chr7 (34-405)||(19890370-19890741)
chr7 (51-406)||(19844530-19844885)
chr7 (117-341)||(19877400-19877624)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (126-239)||(33769077-33769190)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 546; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 546; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 558
Target Start/End: Original strand, 1092989 - 1093546
Alignment:
Q  1 tgttccatactgggaagatggaaatctccgaagactcagctagtgagtccaagttgagtattcccatcatagacctcaaagacatacacaacaatccagc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1092989 tgttccatactgggaagatggaaatctccgaagactcagctagtgagtccaagttgagtattcccatcatagacctcaaagacatacacaacaatccagc 1093088  T
Q  101 tcgacgtgtagaggtaattggccaaattcaaagtgcatgccatgagtggggattttttcagataattaatcatgaaattcccattaatgtcttggatgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1093089 tcgacgtgtagaggtaattggccaaattcaaagtgcatgccatgagtggggattttttcagataattaatcatgaaattcccattaatgtcttggatgaa 1093188  T
Q  201 atgattgatggaattagtaagtttcacgaacaagatgctaatgtaagaaaagagttttatacgcgggatttgaacaaaaaagttatgtattactctaatg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1093189 atgattgatggaattagtaagtttcacgaacaagatgctaatgtaagaaaagatttttatacgcgggatttgaacaaaaaagttatgtattactctaatg 1093288  T
Q  301 tactcttgtttagtggaaaacctgctaattggagagatacatttggttttgctattgctcctcattcattcaaaccagatgaagtgccaccaatatgcag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1093289 tactcttgtttagtggaaaacctgctaattggagagatacatttggttttgctattgctcctcattcattcaaaccagatgaagtgccaccaatatgcag 1093388  T
Q  401 gtaatgaactcaatattaatttggattctcactctcaaaatcataatcaaatttatttgtatatctaggcatttatttatgggttatatatgtttctaat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1093389 gtaatgaactcaatattaatttggattctcactctcaaaatcataatcaaatttatttgtatatctaggcatttatttatgggttatatatgtttctaat 1093488  T
Q  501 cttaaaaagtagatagatgattacttttatgataagcatgggtgatggtccctaaact 558  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1093489 cttaaaaagtagatagatgataacttttatgataagcatgggtcatggtccctaaact 1093546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 54 - 235
Target Start/End: Original strand, 26395976 - 26396157
Alignment:
Q  54 ttgagtattcccatcatagacctcaaagacatacacaacaatccagctcgacgtgtagaggtaattggccaaattcaaagtgcatgccatgagtggggat 153  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| | ||| |||    |||||||||| ||| | ||||||||| | ||||||| || ||||||  | ||||||||||    
T  26395976 ttgagtgttcccatcatagacctcaagggcattcacgttgatccagctcgtcgtattgaggtaattagtcaaattcgaactgcatgtaaggagtggggat 26396075  T
Q  154 tttttcagataattaatcatgaaattcccattaatgtcttggatgaaatgattgatggaattagtaagtttcacgaacaaga 235  Q
    |||||||  | |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| |||||||| || ||| |||||| ||||||||    
T  26396076 tttttcaagtgattaatcatgaaattcccatttgtgtattggatgaaatgcttgatggatttcgtaggtttcatgaacaaga 26396157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 61 - 236
Target Start/End: Original strand, 26168372 - 26168547
Alignment:
Q  61 ttcccatcatagacctcaaagacatacacaacaatccagctcgacgtgtagaggtaattggccaaattcaaagtgcatgccatgagtggggattttttca 160  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||  |||| ||||| || ||||||  |||||| | ||  |||||| | |||||||||||||||||    
T  26168372 ttcccatcatagacctcaaagacatccacattgatccctctcgtcgtgttgaagtaattaaccaaatccgaaccgcatgcaaggagtggggattttttca 26168471  T
Q  161 gataattaatcatgaaattcccattaatgtcttggatgaaatgattgatggaattagtaagtttcacgaacaagat 236  Q
      | |||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  26168472 agtgattaatcatggaattcccattgatgtattggatgaaacaattgatggaattcgtaggtttcatgaacaagat 26168547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 53 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 25225018 - 25224820
Alignment:
Q  53 gttgagtattcccatcatagacctcaaagacatacacaacaatccagctcgacgtgtagaggtaattggccaaattcaaagtgcatgccatgagtgggga 152  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||  |||| ||||| || ||||||  |||||||| |   |||||| | |||| ||||    
T  25225018 gttgagtgttcccatcatagacttcaaagacatccacattgatccttctcgtcgtgttgaagtaattaaccaaattcgatccgcatgcaaggagtaggga 25224919  T
Q  153 ttttttcagataattaatcatgaaattcccattaatgtcttggatgaaatgattgatggaattagtaagtttcacgaacaagatgctaatgtaagaaaa 251  Q
    ||||||||  | |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||  ||| |||||||| ||| |||||| ||||||||| || | |||||||||    
T  25224918 ttttttcaagtgattaatcatggaattccaattaatgtattggatgaaacaattaatggaattcgtaggtttcatgaacaagatcctgaagtaagaaaa 25224820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 34 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 49465423 - 49464928
Alignment:
Q  34 actcagctagtgagtccaagttgagtattcccatcatagacctcaaagacatacacaacaatccagctcgacgtgtagaggtaattggccaaattcaaag 133  Q
    ||||| || |||| |||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||   ||||||| |||    
T  49465423 actcaacttgtgactccaagttgagtgttccgattgtagacctcaaagacatacacaacaatccagctcaacgtgtagatgtaattcatcaaattcgaag 49465324  T
Q  134 tgcatgccatgagtggggattttttcagataattaatcatgaaattcccattaatgtcttggatgaaatgattgatggaattagtaagtttcacgaacaa 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||| ||||||    
T  49465323 tgcatgccatgagtggggattttttcaggtgattaatcatgaaattcccattaccgtcttggatgaaatgattgatggaatccgtagctttcatgaacaa 49465224  T
Q  234 gatgctaatgtaagaaaagagttttatacgcgggatttgaacaaaaaagttatgtattactctaatgtactcttgtttagtggaaaacctgctaattgga 333  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||||    
T  49465223 gatgctgatgtaagaaaagagttttacacgcgtgatttaaagaaaaaagttatgtattattctaatgtacacttgtttagtgggcaagctgctaattgga 49465124  T
Q  334 gagatacatttggttttgctattgctcctcattcattcaaaccagatgaagtgccaccaatatgcaggtaatgaactcaatattaatttggattctcact 433  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49465123 gagatacatttggttttgctgttgctcctcatccattcaaacccgaggaagtgccaccaatatgcaggtaatgaactcaatattaatttggattctcact 49465024  T
Q  434 ctcaaaatcataatcaaatttatttgtatatctaggcatttatttatgggttatatatgtttctaatcttaaaaagtagatagatgattactttta 529  Q
    ||| |||||||||||| |||| | |   |||||| |||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||| |||||| ||| |||| ||||    
T  49465023 ctccaaatcataatcatatttttctcactatctaagcatttatttatgggttataaatgtcttttatcttaaaaaatagataaatgtttaccttta 49464928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 53 - 236
Target Start/End: Original strand, 8349121 - 8349304
Alignment:
Q  53 gttgagtattcccatcatagacctcaaagacatacacaacaatccagctcgacgtgtagaggtaattggccaaattcaaagtgcatgccatgagtgggga 152  Q
    ||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||   ||||  |||| ||||| || ||||||  |||||||| || ||||||| | |||||||||    
T  8349121 gttgagtgttcctatcatagatctcaaagacatccacatttatccttctcgtcgtgttgaagtaattaaccaaattcgaactgcatgcaaggagtgggga 8349220  T
Q  153 ttttttcagataattaatcatgaaattcccattaatgtcttggatgaaatgattgatggaattagtaagtttcacgaacaagat 236  Q
    |||||| |  | |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  8349221 ttttttaaagtgattaatcatggaattcccattaatgtattggatgaaacaattgatggaattcgtaggtttcatgaacaagat 8349304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 13 - 467
Target Start/End: Original strand, 29462737 - 29463191
Alignment:
Q  13 ggaagatggaaatctccgaagactcagctagtgagtccaagttgagtattcccatcatagacctcaaagacatacacaacaatccagctcgacgtgtaga 112  Q
    ||||| |||||||||| |||  | |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  29462737 ggaagttggaaatctctgaaagcacagctagtgactccaagttgagtattcctatcgtagacctcaaagatatacacatcaatccagctcagcgtgtaga 29462836  T
Q  113 ggtaattggccaaattcaaagtgcatgccatgagtggggattttttcagataattaatcatgaaattcccattaatgtcttggatgaaatgattgatgga 212  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29462837 ggtaattgaccaaattcgaagtgcatgccatgagtggggattttttcaggtgattaatcatgaaattcctattattgtcttggatgaaatgattgatgga 29462936  T
Q  213 attagtaagtttcacgaacaagatgctaatgtaagaaaagagttttatacgcgggatttgaacaaaaaagttatgtattactctaatgtactcttgttta 312  Q
    ||  ||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  29462937 atctgtaggtttcatgaacaagatgccgatgtaagaaaagagttttatacacgggatttaaagaaaaaagtttcgtattactctaatgtacgcttgttta 29463036  T
Q  313 gtggaaaacctgctaattggagagatacatttggttttgctattgctcctcattcattcaaaccagatgaagtgccaccaatatgcaggtaatgaactca 412  Q
     |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  29463037 atggacaaggtgctaattggagagatacatttggttttgctattgctcctgatccattcaatccagatgaagtgccacaaatatgcaggtaataaactca 29463136  T
Q  413 atattaatttggattctcactctcaaaatcataatcaaatttatttgtatatcta 467  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  29463137 atattaatttggattctcactctctaaatcataatcagatttaattgtatatcta 29463191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 34 - 405
Target Start/End: Original strand, 19890370 - 19890741
Alignment:
Q  34 actcagctagtgagtccaagttgagtattcccatcatagacctcaaagacatacacaacaatccagctcgacgtgtagaggtaattggccaaattcaaag 133  Q
    |||| |||||||| || || |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||| |||||  ||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  19890370 actcggctagtgattctaaattgagtgttcccatcgtagacctcaaagatatacacatcgatcaagctcagcgtgtcgaggtaattgaacaaattcaaag 19890469  T
Q  134 tgcatgccatgagtggggattttttcagataattaatcatgaaattcccattaatgtcttggatgaaatgattgatggaattagtaagtttcacgaacaa 233  Q
    |||||| |||| | | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||  ||||| ||||||    
T  19890470 tgcatgtcatgtgggtggattttttcaggtaattaatcatgatattcccattgatgtcttggatgaaatgattcatggaatccgtagttttcatgaacaa 19890569  T
Q  234 gatgctaatgtaagaaaagagttttatacgcgggatttgaacaaaaaagttatgtattactctaatgtactcttgtttagtggaaaacctgctaattgga 333  Q
    |||| | ||||||||||||||||||| || || ||||| || |||||||||||||||| ||| |||| |  ||||||||||||  || ||||||||||||    
T  19890570 gatgttgatgtaagaaaagagttttacactcgtgatttaaagaaaaaagttatgtatttctccaatggaaccttgtttagtggccaagctgctaattgga 19890669  T
Q  334 gagatacatttggttttgctattgctcctcattcattcaaaccagatgaagtgccaccaatatgcaggtaat 405  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||| | |||||||||||||    
T  19890670 gagatacaattggttttgctgttgctcctcatccattcaaaccaaatgaactaccatccatatgcaggtaat 19890741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 51 - 406
Target Start/End: Original strand, 19844530 - 19844885
Alignment:
Q  51 aagttgagtattcccatcatagacctcaaagacatacacaacaatccagctcgacgtgtagaggtaattggccaaattcaaagtgcatgccatgagtggg 150  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||| ||| ||||||| |||  |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||    
T  19844530 aagttgaatattcccatcattgacctcaaaggtatagacatcaatccaactctgcgtgaagaggtaattggcaaaattcgaagtgcatgtcatgagtggg 19844629  T
Q  151 gattttttcagataattaatcatgaaattcccattaatgtcttggatgaaatgattgatggaattagtaagtttcacgaacaagatgctaatgtaagaaa 250  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||  |||| ||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  19844630 gattttttcaggtgattaatcatgaaattcccatcaatgtattggatgagatgattcatggaatccgtaactttcatgaacaagatgttaatgttagaaa 19844729  T
Q  251 agagttttatacgcgggatttgaacaaaaaagttatgtattactctaatgtactcttgtttagtggaaaacctgctaattggagagatacatttggtttt 350  Q
    ||||||||||||||| ||||| |   |||||||| |||||| ||| |||  |  ||| |||| | |  || ||||| |||||||||||||| |||| ||     
T  19844730 agagttttatacgcgtgatttaagggaaaaagttgtgtatttctccaatacaaccttatttactagtcaagctgctgattggagagatacagttggattc 19844829  T
Q  351 gctattgctcctcattcattcaaaccagatgaagtgccaccaatatgcaggtaatg 406  Q
    | | |||||||| || ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  19844830 gttgttgctcctgatccattcaaaccagaagaaataccaccaatatgcaggtaatg 19844885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 117 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 19877624 - 19877400
Alignment:
Q  117 attggccaaattcaaagtgcatgccatgagtggggattttttcagataattaatcatgaaattcccattaatgtcttggatgaaatgattgatggaatta 216  Q
    |||||||| |||||||| || ||| |||||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| || | ||||     
T  19877624 attggccagattcaaagagcctgcaatgagtggggattttttcaagtgattaatcatgaaatccccatctatgtcttggatgaaatgatcgaagaaattc 19877525  T
Q  217 gtaagtttcacgaacaagatgctaatgtaagaaaagagttttatacgcgggatttgaacaaaaaagttatgtattactctaatgtactcttgtttagtgg 316  Q
    ||   ||||| |||||||| |||  ||  |||| || || |||||   | ||||| || ||||| |||| ||||||||| |||| |  | | || |||||    
T  19877524 gttcatttcatgaacaagaagcttctgagagaagagtgtattataatagagattttaagaaaaatgttaggtattactccaatgcaaccctattcagtgg 19877425  T
Q  317 aaaacctgctaattggagagataca 341  Q
    | ||||||| |||||||||||||||    
T  19877424 acaacctgcaaattggagagataca 19877400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 126 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 33769190 - 33769077
Alignment:
Q  126 attcaaagtgcatgccatgagtggggattttttcagataattaatcatgaaattcccattaatgtcttggatgaaatgattgatggaattagtaagtttc 225  Q
    |||| |||||||||| | |||||||||||||||||  | ||||||||||  |||||  ||| ||| |||||||| ||||||  ||||||  ||| |||||    
T  33769190 attcgaagtgcatgcaaggagtggggattttttcaagtgattaatcatggtattccggttattgttttggatgagatgattagtggaatccgtaggtttc 33769091  T
Q  226 acgaacaagatgct 239  Q
    | ||||||||||||    
T  33769090 atgaacaagatgct 33769077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University