View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21624_high_1 (Length: 773)

Name: NF21624_high_1
Description: NF21624
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21624_high_1
NF21624_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (16-767)||(36866399-36867149)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 767
Target Start/End: Complemental strand, 36867149 - 36866399
Alignment:
Q  16 attccatcatttgactccagaggtttcacatcaggttggtatactttcacacaaaacctcttgaaaagaaggtttacaattgcaattttagtcgcgccat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  36867149 attccatcatttgactccagaggtttcacatcaggttggtatactttcacacaaaacctcttgaaaagaaggtttacaattgtaattttagtcgcgccgt 36867050  T
Q  116 caaggttactgatgtcaaatatcataatgtgaccgtgattgcgactttgatttagaatctttttgcggggatttggattgtctgaagacaacaatcccat 215  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36867049 caaggtttctgatgtcaaatatcataatgtgaccgtgattgcgactttgatttagaatctttttgcggggatttggtttgtctgaagacaacaatcccat 36866950  T
Q  216 gcattcatgcggtcaacatatcgacagttattggattgagatcaaacagttcatatttcaatgcaaatttgattcnnnnnnnaatctaaaataccaatcc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||| |    
T  36866949 gcattcatgcggtcaacatatcgacagttattggattgagatcaaacagttcatatttcaatgcaaatttgatt-tttttttaatctaaaataccaattc 36866851  T
Q  316 tcgaaatatggatcgttcaatctcgaccaacgccaattgataaactgaccggattgtgactttggtcaatccaaatcccttttttagaggtataaaatta 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36866850 tcgaaatatggatcgttcaatctcgaccaacaccaattgataaactgaccggattgtgactttggtcaatccaaatcccttttttagaggtataaaatta 36866751  T
Q  416 tgctccaaagttctgtcaaaagcttttgttttttgttacaaattcttttaaaagctttatgtattggaaaaactcaatcaagtttattcaacatgtctaa 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36866750 tgctccaaagttctgtcaaaagcttttgttttttgttacaaattcttttaaaagctttatgtattggaaaaactcaatcaagtttattcaacatgtctaa 36866651  T
Q  516 catacatacatattttatatgcaggttattagagcaatgaacatttgtcaaagggagattataggaatggaagaagaaaataaaagcatgatggaaacaa 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36866650 catacatacatattttatatgcaggttattagagcaatgaacatttgtcaaagggagattataggaatggaagaagaaaataaaagcatgatggaaacaa 36866551  T
Q  616 gaattcaagcattgtctcaaagtctaaaccagaacatgtctttggaatcaaatttaaacgaatacaacagctttcgaggtgttctttatgcgatgagaag 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36866550 gaattcaagcattgtctcaaagtctaaaccagaacatgtctttggaatcaaatttaaacgaatacaacagctttcgaggtgttctttacgcgatgagaag 36866451  T
Q  716 agttagttcattactactaatgattttgttaagtggtgttgcatattcttgg 767  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36866450 agttagttcattactactaatgattttgttaagtggtgttgcatattgttgg 36866399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University