View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21625_low_2 (Length: 470)

Name: NF21625_low_2
Description: NF21625
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21625_low_2
NF21625_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (15-462)||(23205729-23206176)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (52-435)||(23426378-23426761)
chr3 (82-440)||(11587245-11587603)
chr3 (187-439)||(14031490-14031742)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (52-439)||(24891725-24892112)
chr6 (138-440)||(24988559-24988861)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (109-440)||(46055685-46056016)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (134-433)||(14193236-14193535)
chr4 (371-439)||(37972978-37973046)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (281-433)||(40730840-40730992)
chr8 (282-346)||(43234440-43234504)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (283-346)||(576525-576588)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 396; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 23206176 - 23205729
Alignment:
Q  15 aggattaattcgcaacagcgcagggtactacctcaatgggttttccgggtttatccagacatcaatatgcattctccaagctgaactgacggcaatcctg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23206176 aggattaattcgcaacagcgcagggcactacctcaatgggttttctgggtttattcagacatcaatatgcattctccaagctgaactgacagcaatcctg 23206077  T
Q  115 gaaggttttcgcatggcagtaaacatgggaatagaggagttagtctgctactcggattctcagctttcaataaatcttgtttcaggaaacgtttctaaat 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23206076 gaaggttttcgcatggcagtaaacatgggaatagaggagttagtctgctactcggattctcagctttcaataaatcttgtttcaggagacgtttctaaat 23205977  T
Q  215 tccatgtctatgcggtgataatccaagatatcaaggatatcatagcttcccatcattttgaaatctttcacactcttagagaaggaaatcattgcgcaga 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23205976 tccatgtctatgcggtgataatccaagatatcaaggatatcatagcttcccaccactttgaaatctttcatactcttagagaaggaaatcattgcgcaga 23205877  T
Q  315 ttttttagccaagctcggagcctcgtctaatgcagccctcacggagcaccaaacccctcctcttgatctcatagacaagcttagaattgatgctatggga 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23205876 ttttttagccaagctcggagcctcgtcaaatgcaaccctcacggagcaccaaactcctcctcttgatctcatagacaagcttagaattgatgctatggta 23205777  T
Q  415 acctgcttcctaagagcttaattttcatttagcctttgttttcttttc 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23205776 acctgcttcctaagagcttaattttcttttagcctttgttttcttttc 23205729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 52 - 435
Target Start/End: Original strand, 23426378 - 23426761
Alignment:
Q  52 gggttttccgggtttatccagacatcaatatgcattctccaagctgaactgacggcaatcctggaaggttttcgcatggcagtaaacatgggaatagagg 151  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  23426378 gggttttccggttttattcaggcatcaacatgcattctccaagctgaactgaccgcaattcttgaaggttttcgcatggcggtgaacatgggaattgagg 23426477  T
Q  152 agttagtctgctactcggattctcagctttcaataaatcttgtttcaggaaacgtttctaaattccatgtctatgcggtgataatccaagatatcaagga 251  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| || ||| | ||||||||||||||| | || |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23426478 agttagtctgcttctcagattctcaactctcagttaatcttgtttcaggagaagtatctagattccatgcctacgcggtgataatccaagatatcaagga 23426577  T
Q  252 tatcatagcttcccatcattttgaaatctttcacactcttagagaaggaaatcattgcgcagattttttagccaagctcggagcctcgtctaatgcagcc 351  Q
    |||||||||||| || || ||| |||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  23426578 tatcatagcttcacaccactttaaaatctctcacactcttagagaaggaaaccaatgcgcagattttttagccaagcttggagcctcgtcaaatgcagcc 23426677  T
Q  352 ctcacggagcaccaaacccctcctcttgatctcatagacaagcttagaattgatgctatgggaacctgcttcctaagagcttaa 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||    
T  23426678 ctcacggagcaccaaacccctcctcttgatctcattgacaagcttagaattgacgctatgggaacctatttcctaagagcttaa 23426761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 82 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 11587603 - 11587245
Alignment:
Q  82 tgcattctccaagctgaactgacggcaatcctggaaggttttcgcatggcagtaaacatgggaatagaggagttagtctgctactcggattctcagcttt 181  Q
    |||||||| |||||||| || || |||||||| |||||  ||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||||||    
T  11587603 tgcattcttcaagctgagctcaccgcaatccttgaaggacttcgcctggcattgaacatgggaattgaggagttagtctgcttctcagactctcagcttt 11587504  T
Q  182 caataaatcttgtttcaggaaacgtttctaaattccatgtctatgcggtgataatccaagatatcaaggatatcatagcttcccatcattttgaaatctt 281  Q
    || |||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||    |||||    
T  11587503 cagtaaatctcttttcaggagacgtttctaaataccatgtctatgcggtgataatccaagatatcaaggatataatagcttcccataacttccgtatctt 11587404  T
Q  282 tcacactcttagagaaggaaatcattgcgcagattttttagccaagctcggagcctcgtctaatgcagccctcacggagcaccaaacccctcctcttgat 381  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||  ||||||| |  ||||||||||||||    
T  11587403 tcacactcttagagaaggaaaccattgcgcagattttttagccaagcttggagcctcgtcaaatgcagctctcttggagcacgaggcccctcctcttgat 11587304  T
Q  382 ctcatagacaagcttagaattgatgctatgggaacctgcttcctaagagcttaattttc 440  Q
    || ||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11587303 ctgatccgcaagcttaaaattgatgctatgggaacctgcttcctaagagcttaattttc 11587245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 187 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 14031742 - 14031490
Alignment:
Q  187 aatcttgtttcaggaaacgtttctaaattccatgtctatgcggtgataatccaagatatcaaggatatcatagcttcccatcattttgaaatctttcaca 286  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  14031742 aatcttgtttcaggagaagtttctagattccatgcctacgcggtgataatccaagttatcaaggatatcatagcttcacaccactttgaaatctttcaca 14031643  T
Q  287 ctcttagagaaggaaatcattgcgcagattttttagccaagctcggagcctcgtctaatgcagccctcacggagcaccaaacccctcctcttgatctcat 386  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14031642 ctcttagagaaggaaatcactgcgcagattttttagccaagcttggagccttgtcaaatgcagccctcacggagcaccaaacccctcctcttgatctcat 14031543  T
Q  387 agacaagcttagaattgatgctatgggaacctgcttcctaagagcttaatttt 439  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  14031542 tgacaagcttagaattgatgctatgggaacctatttcctaagagcttaatttt 14031490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 52 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 24892112 - 24891725
Alignment:
Q  52 gggttttccgggtttatccagacatcaatatgcattctccaagctgaactgacggcaatcctggaaggttttcgcatggcagtaaacatgggaatagagg 151  Q
    |||||||||||   ||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  24892112 gggttttccggtcatattcaggcatcaacatgtattctccaagctgaactgaccgcaattcttgaaggttttcgcatggcggtgaacatgggaattgagg 24892013  T
Q  152 agttagtctgctactcggattctcagctttcaataaatcttgtttcaggaaacgtttctaaattccatgtctatgcggtgataatccaagatatcaagga 251  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| || ||| | ||||||||||||||| | || |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24892012 agttagtctgcttctcagattctcaactctcagttaatcttgtttcaggagaagtctctagattccatgcctacgcggtgataatccaagatatcaagga 24891913  T
Q  252 tatcatagcttcccatcattttgaaatctttcacactcttagagaaggaaatcattgcgcagattttttagccaagctcggagcctcgtctaatgcagcc 351  Q
    |||||| |||||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  24891912 tatcattgcttcaaaccactttgaaatctttcacactcttagagaaggaaaccactgcgcagattttttagccaagcttggagcctcgtcaaatgcagcc 24891813  T
Q  352 ctcacggagcaccaaacccctcctcttgatctcatagacaagcttagaattgatgctatgggaacctgcttcctaagagcttaatttt 439  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  24891812 attacggagcaccaaacccctcctcttgatctcatggacaagcttagaatggatgctatgggaacctatttcctaagagcttaatttt 24891725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 138 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 24988861 - 24988559
Alignment:
Q  138 catgggaatagaggagttagtctgctactcggattctcagctttcaataaatcttgtttcaggaaacgtttctaaattccatgtctatgcggtgataatc 237  Q
    ||||| ||| ||||| ||||| |||| ||| || |||||| ||||| | ||||||||||||||  | || ||||||||||||| |||||| ||||||||     
T  24988861 catggcaattgaggaattagtgtgcttctcagactctcagatttcagtcaatcttgtttcaggcgaggtatctaaattccatgcctatgcagtgataatt 24988762  T
Q  238 caagatatcaaggatatcatagcttcccatcattttgaaatctttcacactcttagagaaggaaatcattgcgcagattttttagccaagctcggagcct 337  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||  | ||    |||||||||||||||||||||||||| |   ||||||| || ||||||||| ||||||||     
T  24988761 caagatatcaatgatataatagcttcccacaacttcaggatctttcacactcttagagaaggaaaccgcggcgcagacttcttagccaagatcggagcca 24988662  T
Q  338 cgtctaatgcagccctcacggagcaccaaacccctcctcttgatctcatagacaagcttagaattgatgctatgggaacctgcttcctaagagcttaatt 437  Q
    | || | |||| || ||  ||| |||||  ||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||  ||||||||| || || ||| |||||||    
T  24988661 catcaactgcacccttcttggaacaccagtcccctcctcttgatctcatcggcatgcttaaaattgatgcttcgggaacctgttttctgagaacttaatt 24988562  T
Q  438 ttc 440  Q
    |||    
T  24988561 ttc 24988559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 109 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 46056016 - 46055685
Alignment:
Q  109 atcctggaaggttttcgcatggcagtaaacatgggaatagaggagttagtctgctactcggattctcagctttcaataaatcttgtttcaggaaacgttt 208  Q
    ||||| |||||||  || |||||||| |||||||| || ||||| ||||| |||| ||| || |||||| ||||| | |||||||| |||||  | || |    
T  46056016 atccttgaaggttaccgaatggcagtgaacatgggcattgaggaattagtgtgcttctcagactctcagatttcagtcaatcttgtctcaggcgaggtat 46055917  T
Q  209 ctaaattccatgtctatgcggtgataatccaagatatcaaggatatcatagcttcccatcattttgaaatctttcacactcttagagaaggaaatcattg 308  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||  | ||   ||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  46055916 ctaaattccatgcctatgcagtgataattcaagatatcaaggatattttagcctcccacaacttcagaatctttcacactcttagagaaggaaaccactg 46055817  T
Q  309 cgcagattttttagccaagctcggagcctcgtctaatgcagccctcacggagcaccaaacccctcctcttgatctcatagacaagcttagaattgatgct 408  Q
    |||||| || | |||||| ||||||||| | || | |||| || ||  ||| |||||   ||||||||||||||||||   || ||| | ||||||||||    
T  46055816 cgcagacttctcagccaaactcggagccacttcaactgcacccttcttggaacaccagtaccctcctcttgatctcatcagcatgctaaaaattgatgct 46055717  T
Q  409 atgggaacctgcttcctaagagcttaattttc 440  Q
       |||||||| ||||| ||| ||||| ||||    
T  46055716 tcaggaacctgtttcctgagaacttaagtttc 46055685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 76; Significance: 6e-35; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 134 - 433
Target Start/End: Original strand, 14193236 - 14193535
Alignment:
Q  134 taaacatgggaatagaggagttagtctgctactcggattctcagctttcaataaatcttgtttcaggaaacgtttctaaattccatgtctatgcggtgat 233  Q
    ||||||||||||| ||| |  ||||||| | ||| || ||||| || ||| | |||||| |||||||  | || ||||||||||||| | |||||||| |    
T  14193236 taaacatgggaattgagaacctagtctgtttctcagactctcaactgtcagttaatcttatttcaggggaggtctctaaattccatgcccatgcggtgtt 14193335  T
Q  234 aatccaagatatcaaggatatcatagcttcccatcattttgaaatctttcacactcttagagaaggaaatcattgcgcagattttttagccaagctcgga 333  Q
    ||| ||||||||||||||| | |||| | | ||| | |   | ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||  | |||||||| |||    
T  14193336 aattcaagatatcaaggatttaatagttgctcataactacaacatccttcacactctaagagaaggaaatcactgcgccaatttcatggccaagcttgga 14193435  T
Q  334 gcctcgtctaatgcagccctcacggagcaccaaacccctcctcttgatctcatagacaagcttagaattgatgctatgggaacctgcttcctaagagctt 433  Q
    || ||||| |||| |||  ||  ||||||  |  ||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14193436 gcttcgtcaaatgtagctttcttggagcatgagtcccctcctcatgatctcattgacaagcttaaaattgatgctatgggaacttgcttcctaagagctt 14193535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 371 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 37973046 - 37972978
Alignment:
Q  371 ctcctcttgatctcatagacaagcttagaattgatgctatgggaacctgcttcctaagagcttaatttt 439  Q
    |||||| ||||||||| |||||| ||  ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||    
T  37973046 ctcctcatgatctcatcgacaagattcaaattgatgctatgagaacttgcttcctaagagcttgatttt 37972978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 281 - 433
Target Start/End: Original strand, 40730840 - 40730992
Alignment:
Q  281 ttcacactcttagagaaggaaatcattgcgcagattttttagccaagctcggagcctcgtctaatgcagccctcacggagcaccaaacccctcctcttga 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||| | ||||||||||  |   ||  ||| ||   | ||||||||| |||    
T  40730840 ttcacactcttagagaaggaaatcaatgcgccgatttcttcgccaagctaggaacttcgtctaatgttggtttcttggaacatttatcccctcctcatga 40730939  T
Q  381 tctcatagacaagcttagaattgatgctatgggaacctgcttcctaagagctt 433  Q
    ||||||||||  |||||| | ||||||||||||||| || |||| ||||||||    
T  40730940 tctcatagacttgcttaggaatgatgctatgggaacttgtttcccaagagctt 40730992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 282 - 346
Target Start/End: Original strand, 43234440 - 43234504
Alignment:
Q  282 tcacactcttagagaaggaaatcattgcgcagattttttagccaagctcggagcctcgtctaatg 346  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||| || | |||||| ||||| ||||||||||    
T  43234440 tcacactcttagagaaggaaaacaaagcgccgatttcttggtcaagctaggagcttcgtctaatg 43234504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 346
Target Start/End: Original strand, 576525 - 576588
Alignment:
Q  283 cacactcttagagaaggaaatcattgcgcagattttttagccaagctcggagcctcgtctaatg 346  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||  |||| ||||||||||    
T  576525 cacactctaagagaaggaaatcaatgcgccgatttcttcgccaagctatgagcttcgtctaatg 576588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University