View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21628_low_1 (Length: 766)

Name: NF21628_low_1
Description: NF21628
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21628_low_1
NF21628_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-749)||(38786654-38787392)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 687; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 687; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 38787392 - 38786654
Alignment:
Q  11 gagatgaaagttggaagaaatgaaggcaaagtaaaaagctaagaatgcatgacttatgaaggtttcttgcatgtctgaatccgaatggatcaatcaattt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38787392 gagatgaaagttggaagaaatgaaggcaaagtaaaaagctaagaatgcatgacttatgaaggtttcttgcatgtctgaatccgaatggatcaatcaattt 38787293  T
Q  111 ctatttttcctaaattttaattctttccaaggtcattcttcatgtggacttaacttgttgacttgaatatgtgggtgtccttttcatttttcttctgagg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38787292 ctatttttcctaaattttaattctttccaagttcattcttcatgtggacttaacttgttgacttgaatatgtgggtgtccttttcatttttcttctgagg 38787193  T
Q  211 gttttgttttcagtctgaatttttaaccttgctagttcatttggatgacgtaattgatgagtattatgtttcaacctttaggtgattttcgctatgtcct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38787192 gttttgttttcagtctgaatttttaaccttgctagttcatttggatggcgttattgatgagtattatgtttcaacctttaggtgattttcgctatgtcct 38787093  T
Q  311 gatatatcatgacagtgagttggtaaactgaaggcattgtggttttgctgaaccttcaaagtgtatattagctaaagttacggtagcacaccgtgatttt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38787092 gatatatcatgacagtgagttggtaaactgaaggcattgtggttttgctgaaccttcaaagtgtatattagctaaagttacggtagcacaccgtgatttt 38786993  T
Q  411 gtcaaatttaccagaagtccaaacatgcacacatcttttacactgacaattgtgtcttcttttctcac--cacacaagattcaatggtgccttaaaaatc 508  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38786992 gtcaaatttaccagaggtccaaatatgcacacatcttttacactgacaattgtgtc--cttttctcaccacacacaagattcaatggtgccttaaaaatc 38786895  T
Q  509 tactgttttcttcacatctgaactaagaagcttgataatcctccccgtcacttgtgaaaacaattgattcataaatcttatgaccgtgtcattacttttg 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38786894 tactgttttcttcacatctgaactaagaagctttatagtcctcctcgtcacttgtgaaaacaattgattcataaatcttatgaccgtgtcattacttttg 38786795  T
Q  609 tacgctgaatagaaggaatggttgaaaccacttcaagtgccgtcaactatttttattgtactcaatttgtgcatactataggaacatttggcttttgagg 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38786794 tacgctgaatagaaggaatggttgaaaccacttcaagtgccgtcaactatttttattgtactcaatttgtgcatactataggaacatttggcttttgagg 38786695  T
Q  709 tcaataagtaagagaccaacacgtacagtgtctatctcatg 749  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38786694 tcaataagtaagagaccaacacgtacagtgtctatctcatg 38786654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University