View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21630_low_3 (Length: 410)

Name: NF21630_low_3
Description: NF21630
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21630_low_3
NF21630_low_3
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (216-396)||(3113679-3113859)
chr5 (16-145)||(3113479-3113608)
chr5 (216-378)||(433724-433886)
chr5 (228-367)||(15291548-15291687)
chr5 (218-378)||(27337125-27337285)
chr5 (245-378)||(25662859-25662992)
chr5 (240-364)||(32269330-32269454)
chr5 (62-144)||(3120116-3120199)
chr5 (302-396)||(26212182-26212276)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (228-396)||(17345052-17345220)
chr2 (228-378)||(9684940-9685090)
chr2 (228-378)||(20142265-20142415)
chr2 (228-378)||(41867433-41867583)
chr2 (235-374)||(4412598-4412737)
chr2 (218-378)||(44686849-44687009)
chr2 (221-378)||(19161344-19161500)
chr2 (228-335)||(18744543-18744650)
chr2 (228-378)||(28225432-28225581)
chr2 (315-378)||(33612153-33612216)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (218-378)||(5827686-5827846)
chr7 (218-378)||(47679556-47679713)
chr7 (244-396)||(24528004-24528156)
chr7 (262-396)||(4501672-4501806)
chr7 (221-378)||(32585579-32585736)
chr7 (306-378)||(10905535-10905607)
chr7 (303-357)||(4175672-4175726)
chr7 (333-375)||(45613472-45613514)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (228-396)||(53786122-53786290)
chr3 (220-378)||(52411419-52411577)
chr3 (218-366)||(29862241-29862390)
chr3 (220-349)||(49018413-49018542)
chr3 (288-367)||(7501724-7501803)
chr3 (219-368)||(35236570-35236719)
chr3 (302-364)||(52741126-52741188)
chr3 (317-378)||(37992748-37992809)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (228-375)||(37517524-37517671)
chr8 (235-378)||(39435099-39435242)
chr8 (228-378)||(24125460-24125609)
chr8 (220-377)||(500660-500817)
chr8 (221-369)||(25021320-25021470)
chr8 (241-364)||(4006978-4007104)
chr8 (220-378)||(42921647-42921805)
chr8 (218-361)||(10189992-10190135)
chr8 (229-368)||(36005943-36006080)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (235-369)||(19035868-19036002)
chr1 (228-376)||(28040652-28040800)
chr1 (220-371)||(37200694-37200845)
chr1 (220-361)||(38732032-38732173)
chr1 (239-384)||(34644992-34645136)
chr1 (282-364)||(22375165-22375246)
chr1 (217-378)||(7794429-7794590)
chr1 (239-378)||(37917630-37917769)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (218-398)||(56461629-56461809)
chr4 (228-378)||(53170930-53171080)
chr4 (220-378)||(16957968-16958125)
chr4 (221-367)||(48505716-48505862)
chr4 (244-355)||(32335307-32335417)
chr4 (218-299)||(25707013-25707095)
chr4 (235-369)||(23809241-23809374)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (266-396)||(45232-45362)
chr6 (218-371)||(34304936-34305089)
chr6 (268-396)||(4206161-4206289)
chr6 (219-375)||(29337602-29337758)
chr6 (305-396)||(32116103-32116194)
chr6 (218-345)||(23910805-23910932)
chr6 (302-376)||(12401760-12401834)
chr6 (216-366)||(8374811-8374961)
chr6 (235-371)||(22986358-22986494)
chr6 (235-371)||(23801900-23802036)
chr6 (256-366)||(26225225-26225335)
chr6 (326-396)||(32120343-32120413)
[»] scaffold0186 (1 HSPs)
scaffold0186 (243-396)||(20135-20288)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 216 - 396
Target Start/End: Original strand, 3113679 - 3113859
Alignment:
Q  216 gtagttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgta 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3113679 gtagttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttctcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgta 3113778  T
Q  316 ctatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtcacaaggtgtacctggata 396  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  3113779 ctatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctatttgtcacaaggcgtacctggata 3113859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 145
Target Start/End: Original strand, 3113479 - 3113608
Alignment:
Q  16 ctgacaattgagcaaaaagcaaaatatgtccttttttaaaagattgcacctttaactatttctattatctgattaaactgtatagagtactcatgttttc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3113479 ctgacaattgagcaaaaagcaaaatttgtccttttttaaaagattgcacctttaactatttctattatctgattaaactgtatagagtactcatgttttc 3113578  T
Q  116 aatttctaaacatgatacatataatacata 145  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3113579 aatttctaaacatgatacatataatacata 3113608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 216 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 433886 - 433724
Alignment:
Q  216 gtagttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgta 315  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||  ||||| ||||||| ||||  | | |||||||| |    
T  433886 gtagttttaggatgtttgcaagcaccacatgctcaagattttcttctagctatcccaattgatgggttaggccagcatatgtcaccaattgagtatcgga 433787  T
Q  316 ctatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  433786 ctatccttcgatatcgtcttatgattccactttttcctattgatgaggtgtgcactgtttgtc 433724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 228 - 367
Target Start/End: Original strand, 15291548 - 15291687
Alignment:
Q  228 tgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagat 327  Q
    |||||| |||||||||||||||  |||||| | ||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  15291548 tgtttgcaagcagcacatgctcgggattttcttctagctatcccaattgatgggttaggtcagcatatgtcaccagtggagtatcgtactatccttagat 15291647  T
Q  328 attgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtg 367  Q
    || | | |||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  15291648 atcgtcgtatgattccactattttctattgatgaggtgtg 15291687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 218 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 27337285 - 27337125
Alignment:
Q  218 agttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtact 317  Q
    |||||| || |||||| || || ||||||||||||||||| |  |||||||||| |||||||  |||||| |||||| ||||  ||| ||||| ||||||    
T  27337285 agttttgggatgtttgcaaccaccacatgctcaagattttcttttagctatcccaattgatgggttaggttagcatatgtcaccagttgagtaccgtact 27337186  T
Q  318 atccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    |||||| ||||| | |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27337185 atccttcgatatcgtcttatgattccactttttcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 27337125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 245 - 378
Target Start/End: Original strand, 25662859 - 25662992
Alignment:
Q  245 tgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgccttatgattcca 344  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||| |||||||  || |||||||||| ||||  |||||| || |||||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  25662859 tgctcaagattttcttctagctatcccaattgatgggttgggtcagcatatgtcaccagtggaataccgtactatccttcgatatcgtcttatgattcca 25662958  T
Q  345 ctatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25662959 ctatttcctattgatgaggtgtgccttgtttgtc 25662992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 240 - 364
Target Start/End: Original strand, 32269330 - 32269454
Alignment:
Q  240 gcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgccttatga 339  Q
    |||||||||||  ||||| |  ||||||||| ||||||||  ||||||||| ||| || | ||||| |||||  |||||||||| ||||||| |||||||    
T  32269330 gcacatgctcagaattttcttttagctatcctgattgatgggttaggtcaggatatgttactagtgaagtattatactatccttggatattgtcttatga 32269429  T
Q  340 ttccactatctcctattgatgaggt 364  Q
    ||||||||| | |||||||||||||    
T  32269430 ttccactattttctattgatgaggt 32269454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 62 - 144
Target Start/End: Original strand, 3120116 - 3120199
Alignment:
Q  62 cacctttaactatttctattatctgattaaactgtatagagtactcatgttttcaatttct-aaacatgatacatataatacat 144  Q
    |||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  3120116 caccttcaactatttctattctttgtttaaactgtatagcgtacttatgttttcaacttctaaaacatgatacatataatacat 3120199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 302 - 396
Target Start/End: Original strand, 26212182 - 26212276
Alignment:
Q  302 agtggagtatcgtactatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtcacaaggtgtacctggata 396  Q
    |||| |||||||||||  |||||||||| || |||||||| || ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||  |||| || ||||||||    
T  26212182 agtgaagtatcgtactgaccttagatatcgctttatgatttcattatttcctattgatgaagtgtgtcctgtttgtcgtaaggcgtgcctggata 26212276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 228 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 17345220 - 17345052
Alignment:
Q  228 tgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagat 327  Q
    |||||| ||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||  ||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17345220 tgtttgcaagaaccacatgctcaagattttcttctagctatcccaattgatgggttaggtcggcatatgtcactagtggagtatcgtactatccttagat 17345121  T
Q  328 attgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtcacaaggtgtacctggata 396  Q
    || ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||    
T  17345120 atcgccttatgaatccactatttcctattgatgaggtgtgccctgtttgtcgtaaggcgtgcctggata 17345052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 228 - 378
Target Start/End: Original strand, 9684940 - 9685090
Alignment:
Q  228 tgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagat 327  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  9684940 tgtttgcaagcagcacatactcaagattttcttctagctatccctattgatgggttaggtcagcatatgtcaccagtggagtatcgtactatccttagat 9685039  T
Q  328 attgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    || |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9685040 atcgccttacgattccactatttcctattgatgaggcgtgccctgtttgtc 9685090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 228 - 378
Target Start/End: Original strand, 20142265 - 20142415
Alignment:
Q  228 tgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagat 327  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  20142265 tgtttgcaagcagcacatgctcaggattttcttctagctatcccgattgatgggttaagtcagcatatgtcaacagtggagtattgtactatccttagat 20142364  T
Q  328 attgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    || |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20142365 atcgccttatgattccactatttcctaatgatgaggtgtgccctgtttgtc 20142415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 228 - 378
Target Start/End: Original strand, 41867433 - 41867583
Alignment:
Q  228 tgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagat 327  Q
    |||||| ||||||||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  41867433 tgtttgcaagcagcacatgctcagaattttcttctagctatcccgattgatgggttaggtcagcatatgtcaccagtggagtatcgtactatccttagat 41867532  T
Q  328 attgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    || | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41867533 atcgtcttatgattccactatttcctattgatgaggtgtgctctgtttgtc 41867583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 235 - 374
Target Start/End: Original strand, 4412598 - 4412737
Alignment:
Q  235 aagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgcct 334  Q
    ||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  4412598 aagcaacacatgctcaggattttcttctagctatcccgattgatgagttaggtcagcatatgtcaccagtggagtatcgtactatccttagatatcgtct 4412697  T
Q  335 tatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtt 374  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  4412698 tatgattccactatttcctattgatgaggtgtgccttgtt 4412737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 218 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 44687009 - 44686849
Alignment:
Q  218 agttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtact 317  Q
    |||||| || |||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||||| | |||||||  ||||||||| ||| ||||  | ||||||||||||||    
T  44687009 agtttttggatgtttgcaagcagcacatgcttaagattttcttctagctatctcaattgatgggttaggtcagtatatgtcaccaatggagtatcgtact 44686910  T
Q  318 atccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    |||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  44686909 atccttcgatatcgtcttatgattccactatgtcctattgatgaggtgtgtcctgtttgtc 44686849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 221 - 378
Target Start/End: Original strand, 19161344 - 19161500
Alignment:
Q  221 tttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatc 320  Q
    |||||| |||||| |||||  | ||||||| |||||| | |||||||||| |||||||   ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  19161344 tttaggatgtttgcaagcaatatatgctcaggattttcttctagctatcctgattgataggttaggtcagcatatgtcatcagtggagtatcgtactatc 19161443  T
Q  321 cttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
     |||||||| | ||||||||| |||||| ||||||  ||||||| ||| |||||||||    
T  19161444 attagatatcgtcttatgattgcactatttcctatcaatgaggt-tgctctgtttgtc 19161500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 228 - 335
Target Start/End: Original strand, 18744543 - 18744650
Alignment:
Q  228 tgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagat 327  Q
    |||||| ||||| || |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  18744543 tgtttgcaagcaccaaatgctcaagaatttcttctagctatcccgattgatgggttaggttagcatatgtcaccagtggagtatcgtactatccttagat 18744642  T
Q  328 attgcctt 335  Q
    || |||||    
T  18744643 atcgcctt 18744650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 228 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 28225581 - 28225432
Alignment:
Q  228 tgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagat 327  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||  |||| |||||||| ||||  || |||||| |||||||||| | |||    
T  28225581 tgtttgcaagaagcacatgctcaagattttcttctagctatcca-attgatgggttagatcagcatatgtcaccagcggagtaccgtactatccgtcgat 28225483  T
Q  328 attgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    ||   |||||||||||| ||| | | |||||||||||||||| ||||||||    
T  28225482 atcatcttatgattccattattttccattgatgaggtgtgccatgtttgtc 28225432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 315 - 378
Target Start/End: Original strand, 33612153 - 33612216
Alignment:
Q  315 actatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    ||||||| |||||||  |||||||||| |||||| || ||||||||||||||| | ||||||||    
T  33612153 actatccctagatatcaccttatgatttcactatttcatattgatgaggtgtgtcatgtttgtc 33612216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 218 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 5827846 - 5827686
Alignment:
Q  218 agttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtact 317  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||    
T  5827846 agttttaggatgtttgcaagcagcacatgctcaaaattttcttctagctatcccaattgatgggttaggtcagcatatgtcaccagtggagtaccgtact 5827747  T
Q  318 atccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    |||||| ||||| | |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  5827746 atccttcgatatcgtcttatgattccactatttcttattgatgaggtgtgccctgtttgtc 5827686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 218 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 47679713 - 47679556
Alignment:
Q  218 agttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtact 317  Q
    ||||||||| |||||| ||| |||||||||||| |||||| | |||||||||| ||||||||| ||| |||| |||| ||||   |||||||| ||||||    
T  47679713 agttttaggatgtttgcaagtagcacatgctcaggattttcttctagctatcctgattgatgagttatgtcaacatatgtca---gtggagtaacgtact 47679617  T
Q  318 atccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| ||||||||| |||||||||    
T  47679616 atccatagatattgcctcatgattccactatttgctattgacgaggtgtgctctgtttgtc 47679556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 244 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 24528156 - 24528004
Alignment:
Q  244 atgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgccttatgattcc 343  Q
    ||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||  ||||| || |||| ||||  ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  24528156 atgctcaggattttcttctagctatcatgattgatgggttaggacaacatatgtcaccagtggagtatcatactatcattagatatcgccttatgattcc 24528057  T
Q  344 actatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtcacaaggtgtacctggata 396  Q
    ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  24528056 actatttcttattgttgaggggtgccctgtttgtcgtaaggcgtacctggata 24528004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 262 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 4501806 - 4501672
Alignment:
Q  262 tagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatga 361  Q
    |||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| | ||||||||||    
T  4501806 tagctatcccgattgatatgttaggtcagcatatgtcaccaatggagtatcgtactatccttagatatcgtcttatgattccattattttctattgatga 4501707  T
Q  362 ggtgtgccctgtttgtcacaaggtgtacctggata 396  Q
    |||||| | ||||||||  |||| || ||||||||    
T  4501706 ggtgtgtcatgtttgtcgtaaggcgtgcctggata 4501672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 221 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 32585736 - 32585579
Alignment:
Q  221 tttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatc 320  Q
    |||||| |||||| || || || || |||| |||||| | || ||||||| ||||||||  ||| ||||||||| ||||  | || |||| |||||||||    
T  32585736 tttaggatgtttgcaatcaacatattctcatgattttcttctggctatcctgattgatggattatgtcagcatatgtcaccaatgaagtaccgtactatc 32585637  T
Q  321 cttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    ||||||| | | |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  32585636 cttagatttcgtcttatgattccactatttcctattaatgaggtgtgccctatttgtc 32585579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 306 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 10905607 - 10905535
Alignment:
Q  306 gagtatcgtactatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||    
T  10905607 gagtatcgtactatccttagatatcatcttatgattccactatttctcattgatgaggtgtgccctatttgtc 10905535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 303 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 4175726 - 4175672
Alignment:
Q  303 gtggagtatcgtactatccttagatattgccttatgattccactatctcctattg 357  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||    
T  4175726 gtggagtaccgtactatccttagatagtgccttatgattccactattccctattg 4175672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 333 - 375
Target Start/End: Original strand, 45613472 - 45613514
Alignment:
Q  333 cttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgttt 375  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  45613472 cttatgattccactatttcctattgatgaggtgtgtcctgttt 45613514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 228 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 53786290 - 53786122
Alignment:
Q  228 tgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagat 327  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||| | ||||||||  ||||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  53786290 tgtttgcaagcaccacatgctcaagattttcttctagctattctgattgatgggttaggtcagcatatgtcaccagtggagtatcgtattatccttagat 53786191  T
Q  328 attgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtcacaaggtgtacctggata 396  Q
    || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  |||| || ||||||||    
T  53786190 atcgccttatgattcaactatttcctattgatgaggtgtaccttgtttgtcgtaaggcgtgcctggata 53786122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 220 - 378
Target Start/End: Original strand, 52411419 - 52411577
Alignment:
Q  220 ttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactat 319  Q
    |||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||  ||||||||||||| ||||    
T  52411419 ttttagggtgtttgcatgcagcgcatgctcatgattttcttctagctatcccgattgatgagttaagtcagcatatgtcacgagtggagtatcgtgctat 52411518  T
Q  320 ccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| | | |||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  52411519 ccttagatatcgccttgtgattccattgtttcctattgataaggtgtgtcctgtttgtc 52411577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 218 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 29862390 - 29862241
Alignment:
Q  218 agttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttag-gtcagcataggtcattagtggagtatcgtac 316  Q
    ||||||||| |||||| || || |||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||  |||  ||||||||| ||||  |||| |||| |||||    
T  29862390 agttttaggatgtttgcaaacaacacatgctcatgattttcttctagctatctcgattgatgggttaaagtcagcatatgtcaccagtgaagtagcgtac 29862291  T
Q  317 tatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgt 366  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  29862290 tatccttagatatcgccttatgattccattatttcctattgatgaggtgt 29862241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 220 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 49018542 - 49018413
Alignment:
Q  220 ttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactat 319  Q
    ||||||| |||||| |||||| ||||||||| |||||| | |||||||||| ||||||||  ||||||||||  | ||||  |||||||||||| |||||    
T  49018542 ttttaggatgtttgcaagcagtacatgctcatgattttcttctagctatcctgattgatgggttaggtcagcgcatgtcacaagtggagtatcgaactat 49018443  T
Q  320 ccttagatattgccttatgattccactatc 349  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  49018442 cattagatatcgccttatgattccactatc 49018413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 288 - 367
Target Start/End: Original strand, 7501724 - 7501803
Alignment:
Q  288 cagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtg 367  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| || |||||||||||||||    
T  7501724 cagcatatgtcatcagtggagtaccgtactatccttagatatcgccttataattcctctatttcatattgatgaggtgtg 7501803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 219 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 35236719 - 35236570
Alignment:
Q  219 gttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtacta 318  Q
    ||||| || |||||| ||| || | ||| |||||||||| | | |||| ||| | ||||||  ||||||||||||| ||||  ||||||||| | |||||    
T  35236719 gtttttggatgtttgcaagtagtatatgatcaagattttcttcaagctgtcctggttgatggattaggtcagcatatgtcaccagtggagtaccatacta 35236620  T
Q  319 tccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgc 368  Q
    ||||||||||| || |||||||   | ||| |||||||||||||||||||    
T  35236619 tccttagatatcgctttatgatgttattatttcctattgatgaggtgtgc 35236570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 302 - 364
Target Start/End: Original strand, 52741126 - 52741188
Alignment:
Q  302 agtggagtatcgtactatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggt 364  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||    |||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  52741126 agtggagtatcatactatccttagataccatcttatgattccactatttcatattgatgaggt 52741188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 317 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 37992809 - 37992748
Alignment:
Q  317 tatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || ||| ||  ||||||||||||||| |||||||||    
T  37992809 tatccttagatatcgccttatgatttcaatatatctaattgatgaggtgtgctctgtttgtc 37992748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 84; Significance: 9e-40; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 228 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 37517671 - 37517524
Alignment:
Q  228 tgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagat 327  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||| | |||  ||||||||||||||  |||||||| |||| ||||  ||||||||||| || |||||||||||    
T  37517671 tgtttgcaagcagcacatgctcatgattttcttctaagtatcccgattgatgggttaggtcaacatatgtcaccagtggagtatcataatatccttagat 37517572  T
Q  328 attgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgttt 375  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37517571 atcgccttatgattccactatttcctattgatgaggtgtgccctgttt 37517524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 235 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 39435242 - 39435099
Alignment:
Q  235 aagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgcct 334  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||  ||||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||||| ||||| | ||    
T  39435242 aagcaccacatgctcaagattttcttctagctatcccaattgatgggttaggtcagcatatgtcactagttgagtaccgtactatccttcgatatcgtct 39435143  T
Q  335 tatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39435142 tatgattccactttttcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 39435099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 228 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 24125609 - 24125460
Alignment:
Q  228 tgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagat 327  Q
    |||||| ||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||  ||||||||| ||||||||||||| ||    
T  24125609 tgtttgcaagcatcacatgctcaggattttcttctagctatcccgattgatgggttaggtcaggatatgtcac-agtggagtaccgtactatccttaaat 24125511  T
Q  328 attgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24125510 atcgcattatgattccactatttcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 24125460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 220 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 500817 - 500660
Alignment:
Q  220 ttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactat 319  Q
    ||||||| | |||| |||||||| ||||||| |||||| | ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||  | ||||||| ||||||||    
T  500817 ttttaggatatttgcaagcagcatatgctcatgattttcttctagcaatcctgattgatgagttaggtcagcatatgtcaccaatggagtaccgtactat 500718  T
Q  320 ccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgt 377  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  500717 ccttagatattgccttacgattccaatatttcctattgatgaggtgtgacctgtttgt 500660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 221 - 369
Target Start/End: Original strand, 25021320 - 25021470
Alignment:
Q  221 tttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtac--ta 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||  |||||||  ||| ||||||| | ||||  |||| ||||| ||||  ||    
T  25021320 tttagggtgtttgcaagcagcacatgctcaagattttcttctagttatccatattgatgggttaagtcagcacatgtcaccagtgaagtatagtactata 25021419  T
Q  319 tccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgcc 369  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  25021420 tccttagatatcgcctcatgattccactatttcatattgatgaggtgtgcc 25021470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 241 - 364
Target Start/End: Original strand, 4006978 - 4007104
Alignment:
Q  241 cacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagta---tcgtactatccttagatattgccttat 337  Q
    |||||||||| |||||| | |||||||||| ||||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||| |    |||| ||||||||||||| | |||||    
T  4006978 cacatgctcatgattttcttctagctatcctgattgatgggttaagtcagcatatgtcattagtggaggaccgccgtattatccttagatatcgtcttat 4007077  T
Q  338 gattccactatctcctattgatgaggt 364  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||    
T  4007078 gattccactattttctattgatgaggt 4007104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 220 - 378
Target Start/End: Original strand, 42921647 - 42921805
Alignment:
Q  220 ttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactat 319  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||| | |||||| | ||||||||| ||| || ||  |||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||    
T  42921647 ttttaaggtgtttgcaagcaacacatgcttaggattttcttctagctatctcgaatggtgggttaggtcagcatatatcataagtggagtatcatactat 42921746  T
Q  320 ccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
      || ||||| | |||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||  |||||||    
T  42921747 tattcgatatcgtcttatgattccattatttcttattgatgaggtgcgcctcgtttgtc 42921805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 218 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 10190135 - 10189992
Alignment:
Q  218 agttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtact 317  Q
    |||||||||||| ||| ||| | |||||| ||| |||||| | ||| ||||||   ||||||| |||||| ||||||  |||| |||||||||||||| |    
T  10190135 agttttagggtgcttgcaagtaacacatgttcatgattttcttctaactatccttgttgatgagttaggtaagcatatatcatcagtggagtatcgtaat 10190036  T
Q  318 atccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatga 361  Q
    |||   |||||||| |||||||||| | ||| || |||||||||    
T  10190035 atctgcagatattgtcttatgattctattatttcatattgatga 10189992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 229 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 36006080 - 36005943
Alignment:
Q  229 gtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagata 328  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||| ||  | ||||||||| ||| |||  |||||||| |||| ||||  ||| ||||||  ||||||||| | |||    
T  36006080 gtttgcaagcaacacatgctcaagattatt--caagctatcccaatttatgggttaggtcatcatatgtcaccagtagagtattatactatcctcaaata 36005983  T
Q  329 ttgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgc 368  Q
    | || ||||||||| | ||| ||||||||||||| |||||    
T  36005982 tggctttatgattctattatttcctattgatgagatgtgc 36005943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 235 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 19036002 - 19035868
Alignment:
Q  235 aagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgcct 334  Q
    |||||||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  19036002 aagcagcacatgctcgggattttcttctagctatcccgattgatgagttaggtcaacatatgtcaccagtggagtatcatactatccttagatatcgcct 19035903  T
Q  335 tatgattccactatctcctattgatgaggtgtgcc 369  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  19035902 tatgattccactatatccttttgatgaggtgtgcc 19035868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 228 - 376
Target Start/End: Original strand, 28040652 - 28040800
Alignment:
Q  228 tgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagat 327  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||   |||||||| |||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||    
T  28040652 tgtttgcaagcagaacatgctcaagattttcttctagctatcccgattgattggttaggtcaacatatgtcaccagtggagtatcatactatccttagat 28040751  T
Q  328 attgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttg 376  Q
    || |||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  28040752 atcgccttatgattccattatttcctaatgatgtggtgtgccctgtttg 28040800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 220 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 37200845 - 37200694
Alignment:
Q  220 ttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactat 319  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||||||  ||||| |  || ||||||  || ||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||    
T  37200845 ttttaaggtgtttgcaagtagcacatgctcatcattttcttttaactatccatatggatgggttaggtcagcatatgtcactagtggagtatcatactat 37200746  T
Q  320 ccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccct 371  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37200745 ccttagatatcgccttataattccactatttcctattgatgaggtgtgccct 37200694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 220 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 38732173 - 38732032
Alignment:
Q  220 ttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactat 319  Q
    ||||||| |||||| ||||| || || |||| |||||| |  ||||||||| ||| ||||  ||  ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||    
T  38732173 ttttaggatgtttgaaagcaacaaattctcatgattttcttgtagctatcctgatggatgggttgtgtcagcatatgtcatcagtggagtaccgtactat 38732074  T
Q  320 ccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatga 361  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  38732073 ccttagatatcgccttatgattccactatttcctgttgatga 38732032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 239 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 34645136 - 34644992
Alignment:
Q  239 agcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgccttatg 338  Q
    |||| ||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||  | || |||||||| |||| ||||| |||| |||| ||||||| ||||| | ||||||    
T  34645136 agcatatgttcaagattttttc-tagctatcctaattgatgggtaagatcagcatatgtcactagtgaagtaccgtattatccttcgatatcgtcttatg 34645038  T
Q  339 attccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtcacaagg 384  Q
    |||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  34645037 attccactattttctagtgatgaggagtgccctgtttgtcataagg 34644992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 282 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 22375246 - 22375165
Alignment:
Q  282 ttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggt 364  Q
    |||||||| |||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  22375246 ttaggtcaacatatgtcat-aggggagtaacgtactatccttagatatcgccttatgattctactatttcctactgatgaggt 22375165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 217 - 378
Target Start/End: Original strand, 7794429 - 7794590
Alignment:
Q  217 tagttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtac 316  Q
    ||||||||||| |||   || || |||||||||| |||||| |  |||||||||  |||||||  |||||||| ||||  |||  ||||||||| | | |    
T  7794429 tagttttagggcgttcaaaaacatcacatgctcatgattttcttatagctatccttattgatgggttaggtcaacatatatcaccagtggagtaccatgc 7794528  T
Q  317 tatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| ||| || ||||||| |||||  || ||||||||    
T  7794529 tatcctttgatatcgccttatgattccattatttcatattgataaggtgcaccttgtttgtc 7794590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 239 - 378
Target Start/End: Original strand, 37917630 - 37917769
Alignment:
Q  239 agcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgccttatg 338  Q
    |||||||||| | |||||| | || | |||||| |||||||  ||||| ||| ||| |||| |||| ||||| |||||||| || |||||| |||| | |    
T  37917630 agcacatgcttaggattttcttcttgttatccctattgatgggttaggccagaatatgtcactagtagagtaccgtactattctcagatatcgcctcaag 37917729  T
Q  339 attccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    |||||| |||  | | |||||||||||||| |||||||||    
T  37917730 attccattataacatgttgatgaggtgtgctctgtttgtc 37917769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 81; Significance: 5e-38; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 218 - 398
Target Start/End: Original strand, 56461629 - 56461809
Alignment:
Q  218 agttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtact 317  Q
    ||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||   |||||||| ||||  |||  | |||||||||||||     
T  56461629 agttttaggatgtttgcaaacagcacatgctcaagatttttttctagctatcataattgattggttaggtcatcatatatcaccaatggagtatcgtacc 56461728  T
Q  318 atccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtcacaaggtgtacctggatatt 398  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||    
T  56461729 atccttagatataaccttatgattccactattttctattgatgaggtgtgccctgtttttcgtaaggtgtgcctggatatt 56461809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 228 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 53171080 - 53170930
Alignment:
Q  228 tgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagat 327  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||  |||||||  |||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  53171080 tgtttgcaagcagcacatgctcaggattttcttctagctatcctaattgatgggttagttcagcatatatcatcagtggagtatcgtactatctttagat 53170981  T
Q  328 attgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    ||  ||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  53170980 atcaccttacgattccactattttctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 53170930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 220 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 16958125 - 16957968
Alignment:
Q  220 ttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactat 319  Q
    ||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||  |||||||  | ||| ||||||| ||||  |||||| ||  |||||||    
T  16958125 ttttaggatatttgcaagcagcacatgctctagattttcttctagctatcctcattgatgggtaaggccagcatatgtcaccagtggattactgtactat 16958026  T
Q  320 ccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtc 378  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  16958025 ccttagata-tgccttatgattccactattttctattgatgaggtgtgccttgtttgtc 16957968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 221 - 367
Target Start/End: Original strand, 48505716 - 48505862
Alignment:
Q  221 tttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatc 320  Q
    |||| |||||||| || || |||||| | | |||||||| ||||||||||  |||||||  |||| ||| |||| || ||  ||||||||||||| ||||    
T  48505716 tttaaggtgtttgcaaacaacacatgattaggatttttttctagctatccatattgatgggttagatcaacatatgttatcggtggagtatcgtattatc 48505815  T
Q  321 cttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtg 367  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  48505816 cttagatatcgccttatgattccactatttcatattgatgatgtgtg 48505862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 244 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 32335417 - 32335307
Alignment:
Q  244 atgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgccttatgattcc 343  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||| | |||||| ||||||||| ||| |||||||||    
T  32335417 atgctcatgattttcttctagctatccctattgatggattaggtcatcatatgtcattagtggagtaccatactat-cttagatatcgccgtatgattcc 32335319  T
Q  344 actatctcctat 355  Q
    | ||| ||||||    
T  32335318 aatatttcctat 32335307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 218 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 25707095 - 25707013
Alignment:
Q  218 agttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagcta-tcccgattgatgatttaggtcagcataggtca 299  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||| | |||||| | |||||||  |||||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  25707095 agttttaggatgtttgcaagcagcacatgctgaggattttcttctagctacacccgattgatgggttaggtcagcatatgtca 25707013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 235 - 369
Target Start/End: Original strand, 23809241 - 23809374
Alignment:
Q  235 aagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgcct 334  Q
    ||||| || ||||||| |||||| | |||| |||||  | |||||||||||| || |||| |||| |||| |||||| |||||||||| | |||| || |    
T  23809241 aagcatcaaatgctcatgattttcttctagttatccacaatgatgatttagg-caacatatgtcaatagtagagtattgtactatcctcatatatagctt 23809339  T
Q  335 tatgattccactatctcctattgatgaggtgtgcc 369  Q
     ||||||  | | | ||||||||||||||||||||    
T  23809340 catgattgaattgtttcctattgatgaggtgtgcc 23809374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 266 - 396
Target Start/End: Original strand, 45232 - 45362
Alignment:
Q  266 tatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtg 365  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  45232 tatcccgattgatgggttaggtcagcatatgtcatctgtggagtatcatactatccttagatatcaccttatgattccaatatttcctattgatgaggtg 45331  T
Q  366 tgccctgtttgtcacaaggtgtacctggata 396  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||| ||||    
T  45332 tgccctgtttgtcgtaaggtgtgccttgata 45362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 218 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 34305089 - 34304936
Alignment:
Q  218 agttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtact 317  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||||  ||| ||||||||| ||||  ||||||||| ||||||    
T  34305089 agtttttggatgtttggaagcagcacatgctcaagattttattctaggtatcccaattgatgggttatgtcagcatatgtcaccagtggagtaccgtact 34304990  T
Q  318 atccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccct 371  Q
    |||||| |||| || |||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||||    
T  34304989 atccttcgatactgtcttatgattccattatttcatattgatgaggtttgccct 34304936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 268 - 396
Target Start/End: Original strand, 4206161 - 4206289
Alignment:
Q  268 tcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtg 367  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  4206161 tcccgattgatgggttaggtcagcatatgtcaccagtggagtaccgtactatccttagatctcgccttacgattccactatttcctattgatgaggcgtg 4206260  T
Q  368 ccctgtttgtcacaaggtgtacctggata 396  Q
    |||||||||||  |||| || ||||||||    
T  4206261 ccctgtttgtcgtaaggcgtgcctggata 4206289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 219 - 375
Target Start/End: Original strand, 29337602 - 29337758
Alignment:
Q  219 gttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtacta 318  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||||| ||||||||  |||||||||||||  ||   |||| |||||| || ||    
T  29337602 gttttggggtgtttgcaagcagcacatgctcaggattttcttctagctatcctgattgatgggttaggtcagcatatttcgcaagtgaagtatcatatta 29337701  T
Q  319 tccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgttt 375  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||| |||||| ||||| |||||    
T  29337702 tccttagatatcgccttatgattcctctattttctattaatgaggcgtgccatgttt 29337758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 305 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 32116194 - 32116103
Alignment:
Q  305 ggagtatcgtactatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtcacaaggtgtacctggata 396  Q
    |||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  32116194 ggagtaccatactatccctagatattgtcttatgattcaactatttcctattgatgatgtgtgccctgtttgtcgtaaggtgtgcctggata 32116103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 218 - 345
Target Start/End: Original strand, 23910805 - 23910932
Alignment:
Q  218 agttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtact 317  Q
    ||||| |||||||||| ||||| |||||| | |  ||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||| |||||| ||||  |||||| ||| |||||    
T  23910805 agtttgagggtgtttgcaagcaacacatgtttagaatttttttctaactatcccaattgatgagttaggttagcatatgtcaccagtggaatattgtact 23910904  T
Q  318 atccttagatattgccttatgattccac 345  Q
     || ||| |||| |||||||||||||||    
T  23910905 ctctttaaatatcgccttatgattccac 23910932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 302 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 12401834 - 12401760
Alignment:
Q  302 agtggagtatcgtactatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttg 376  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  12401834 agtggagtaccgtattatgcttagatattgtcttatgattacactattttctattgatgagttgtgccctgtttg 12401760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 216 - 366
Target Start/End: Original strand, 8374811 - 8374961
Alignment:
Q  216 gtagttttagggtgtttggaagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgta 315  Q
    ||||||||  |||||||| || || ||||||||||| ||||| | ||||||||||  |||||||  ||| | || |||| ||||  | | ||||||||||    
T  8374811 gtagtttttcggtgtttgcaaacaacacatgctcaatattttcttctagctatccttattgatgggttaagccaacatatgtcaccaatagagtatcgta 8374910  T
Q  316 ctatccttagatattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgt 366  Q
    ||||||| | |||| || ||||||||||| ||  | |||||||||||||||    
T  8374911 ctatcctcatatatcgcattatgattccattactttctattgatgaggtgt 8374961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 235 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 22986494 - 22986358
Alignment:
Q  235 aagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgcct 334  Q
    ||||| ||||||||||| ||| | | ||||| ||||| || ||||| |||  ||||||||  ||||   | ||||||| ||| ||||| |||||| ||||    
T  22986494 aagcaacacatgctcaaaattatattctagccatccctatggatgagttatatcagcatatttcatccctagagtatcatacaatcctcagatatcgcct 22986395  T
Q  335 tatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccct 371  Q
     ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||    
T  22986394 catgattccattacatcctattgatgaggtgtgccct 22986358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 235 - 371
Target Start/End: Original strand, 23801900 - 23802036
Alignment:
Q  235 aagcagcacatgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgcct 334  Q
    ||||| ||||||||||| ||| | | ||||| ||||| || ||||| |||  ||||||||  ||||   | ||||||| ||| ||||| |||||| ||||    
T  23801900 aagcaacacatgctcaaaattatattctagccatccctatggatgagttatatcagcatatttcatccctagagtatcatacaatcctcagatatcgcct 23801999  T
Q  335 tatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccct 371  Q
     ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||    
T  23802000 catgattccattacatcctattgatgaggtgtgccct 23802036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 366
Target Start/End: Original strand, 26225225 - 26225335
Alignment:
Q  256 ttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgccttatgattccactatctcctat 355  Q
    |||| |||| |||||  |||||||| |||||||| |||| ||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||  ||  ||||||||| ||| || |||    
T  26225225 tttttctagttatccttattgatgagttaggtcaacatatgtcacaagtagagtaccgtactatccttagatatcaccccatgattccattatttcttat 26225324  T
Q  356 tgatgaggtgt 366  Q
    | |||||||||    
T  26225325 taatgaggtgt 26225335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 326 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 32120413 - 32120343
Alignment:
Q  326 atattgccttatgattccactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtcacaaggtgtacctggata 396  Q
    |||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||  |||||||    
T  32120413 atatcgccttatgattccaatatttcctattgatcaggtgtgccctatttgtcgtaaggtgtgtctggata 32120343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0186
Description:

Target: scaffold0186; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 243 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 20288 - 20135
Alignment:
Q  243 catgctcaagattttttcctagctatcccgattgatgatttaggtcagcataggtcattagtggagtatcgtactatccttagatattgccttatgattc 342  Q
    |||||||| |||||| |  |||||||||| |||||||  |||||||| |||| ||||  | |||||||| || ||||||||||||||  ||||||||||     
T  20288 catgctcaggattttcttgtagctatcccaattgatgggttaggtcaacatatgtcaacattggagtatggtgctatccttagatatcaccttatgatta 20189  T
Q  343 cactatctcctattgatgaggtgtgccctgtttgtcacaaggtgtacctggata 396  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||    
T  20188 cattatttcctattgatgaggtgtgccctttttgtcataaggcgtgcctggata 20135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University