View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21636_low_3 (Length: 749)

Name: NF21636_low_3
Description: NF21636
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21636_low_3
NF21636_low_3
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (180-693)||(15082940-15083453)
chr5 (178-693)||(15429198-15429714)
chr5 (177-599)||(15331261-15331683)
chr5 (181-635)||(15347050-15347504)
chr5 (177-620)||(16403324-16403767)
chr5 (177-617)||(15335698-15336135)
chr5 (185-615)||(16396737-16397167)
chr5 (177-612)||(15357342-15357777)
chr5 (177-542)||(15453039-15453404)
chr5 (178-635)||(16414042-16414499)
chr5 (193-549)||(17927726-17928082)
chr5 (492-693)||(15421638-15421838)
chr5 (184-231)||(30521164-30521211)
chr5 (184-231)||(30561504-30561551)
chr5 (184-242)||(17983407-17983465)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (177-635)||(8187150-8187608)
chr3 (17-164)||(1573621-1573769)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 180 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 15083453 - 15082940
Alignment:
Q  180 ggtcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagtgg 279  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||    
T  15083453 ggtcatagtaaaggagatattaaagaagtgtgggggagcgcctcttgctgcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaacagaggaaaaagagtgg 15083354  T
Q  280 aactatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactgagac 379  Q
     ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15083353 cactatgtgaaggaaagcaaactatggagtttacaagatgaagattatgccatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgcttaaactgagac 15083254  T
Q  380 aatgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataa 479  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15083253 aatgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgcaataataaggaagcagtttctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataa 15083154  T
Q  480 attgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttttcaagattttgagagagatgtatttggagaaattata 579  Q
    | | |||||||  ||||||||||  |||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  |||||| |    
T  15083153 aatattggacgaagaagatatcgacaatgatgtgtggaatgaattatattgtagatcattttttcaagatattgagacagatgtatttggcaaaattaca 15083054  T
Q  580 agtttcaagatgcacgatcttgttcatgatcttgctcagtcgatttcagaagaggtgtgctgcattacaaaaaacgatgacatgccaaatacgttagaaa 679  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| | ||| || ||||    
T  15083053 agtttcaagatgcacgatcttgttcacgatcttgctcaatcaatttcagatgaggtgtgttgcattacaagaaatgatgacatgcctagtacatttgaaa 15082954  T
Q  680 gaattcgccatctc 693  Q
    |||| |||||||||    
T  15082953 gaatccgccatctc 15082940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 178 - 693
Target Start/End: Original strand, 15429198 - 15429714
Alignment:
Q  178 gtggtcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagt 277  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  15429198 gtggtcataggaaaggagatactaaggaaatgtgggggagtacctcttgcagcaaaagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagagaggaaaaggagt 15429297  T
Q  278 ggaactatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagtt-acttgaatttgccgattaaactga 376  Q
    ||  |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  15429298 ggcgctatatcaaggaaagcaaaatatggaatttacaagatgaagaaaatgtcatgcctgcattgagattaagtttacttgaatttgccagttaaactga 15429397  T
Q  377 gacaatgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaa 476  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  || ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  15429398 gacaatgttttgccttctgtgcattatttcccaaagatgaaagaataagtaagcagttactaattcagctttggatggctaatgactttatttcttccaa 15429497  T
Q  477 taaattgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttttcaagattttgagagagatgtatttggagaaatt 576  Q
    | || ||||||||| |||||||||||  |||||  ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15429498 tgaaatgttggacgaggaagatatcgcgaatgatgtgtggaatgaaatatattggagatccttttttcaagattttgagagagatgtatttggcgaaatt 15429597  T
Q  577 ataagtttcaagatgcacgatcttgttcatgatcttgctcagtcgatttcagaagaggtgtgctgcattacaaaaaacgatgacatgccaaatacgttag 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||| |||||||||||| | ||| ||||    
T  15429598 ataagtttcaagatgcacgatcttgttcatgatctcgctcagtcaatttcagaagaggtgtgtttctttacaaaaatcgatgacatgcctagtacattag 15429697  T
Q  677 aaagaattcgccatctc 693  Q
    ||||||| |||||||||    
T  15429698 aaagaatccgccatctc 15429714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 177 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 15331683 - 15331261
Alignment:
Q  177 tgtggtcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgag 276  Q
    |||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | |||||||    
T  15331683 tgtggtaatagggaaagagatactaaagaagtgtggcggagtacctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgttttaaaagagaggtaaatgag 15331584  T
Q  277 tggaactatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactga 376  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||    
T  15331583 tggcactatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagattatgtcatgcctaccttgagattaagttacttgaatttgccagtaaaattga 15331484  T
Q  377 gacaatgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaa 476  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||  ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||    
T  15331483 gacaatgctttgccttctgtgctctatttatcaaagatgaaagaataagtaagaagtttctaattgagctttggatggctaatggcttggtttcatctaa 15331384  T
Q  477 taaattgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttttcaagattttgagagagatgtatttggagaaatt 576  Q
    | || ||||||||| ||||||||| || |||| | ||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||||  |||||    
T  15331383 tgaaatgttggacgaggaagatattggcaatggggtgtggaatgaattatacttgagatcatttttccaagatattgagacagatatatttggcaaaatt 15331284  T
Q  577 ataagtttcaagatgcacgatct 599  Q
    | ||||||||||||||| |||||    
T  15331283 acaagtttcaagatgcatgatct 15331261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 181 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 15347504 - 15347050
Alignment:
Q  181 gtcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagtgga 280  Q
    |||||||| || |||||| |||| |||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| | ||||| |||||| || ||||||| || |||     
T  15347504 gtcatagggaaagagatagtaaaaaagtgtaggggagtccctctcgcagcaaaagcactgggaagtttattgcggtttaaacgagaagaaaaggaatggc 15347405  T
Q  281 actatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactgagaca 380  Q
     ||||||||||||||| ||  |||||| |||||||| |||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||    
T  15347404 gctatgtcaaggaaagtaagctatggaatttacaaggtgagaattctgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccggtaaaattgagaca 15347305  T
Q  381 atgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaa 480  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||  |    
T  15347304 atgttttgccttttgtgcactatttcccaaggatgaaattataagcaaacagtttgtaattgagctttggatggctaatggatttattccatccaatgga 15347205  T
Q  481 ttgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttttcaagattttgagagagatgtatttggagaaattataa 580  Q
     ||||||| |  |||||||| ||||||||    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||  | ||| |||||  |||||| ||||| ||     
T  15347204 atgttggaagcagaagatattggtaatgaagcatggaatgaattatattgtagatcattttttcaagatactcagacagatgattttggacaaattgtat 15347105  T
Q  581 gtttcaagatgcacgatcttgttcatgatcttgctcagtcgatttcagaagaggt 635  Q
     ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||    
T  15347104 atttcacgatgcatgatcttgttcatgatcttgctcaatctatcacagaagaggt 15347050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 177 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 16403767 - 16403324
Alignment:
Q  177 tgtggtcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgag 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||    
T  16403767 tgtggtcataggaaaggagatactaaaaaagtgtgtgtgagtccctcttgcggcaatagcactaggaagtcttttgcggtttaaaagagaagaaaaagag 16403668  T
Q  277 tggaactatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactga 376  Q
    |||  |||||| |||||||| ||  ||||||||||| ||| ||||||| | |||| | |||| || | | |||||||| | ||||||||  | ||| |||    
T  16403667 tggctctatgtgaaggaaagtaagctatggagtttagaaggtgaagattacgtcaagtctgccttaaaactaagttacctcaatttgccagtaaaattga 16403568  T
Q  377 gacaatgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaa 476  Q
    |||| |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| || | ||| || ||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  16403567 gacagtgtttttccttttgtgcattatttcccaaagatgaaattatgagcaagcacttcatgattgagctttggattgctaatggcttcatttcatccaa 16403468  T
Q  477 taaattgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttttcaagattttgagagagatgtatttggagaaatt 576  Q
    | || ||||||| |  |||| | | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||| ||||||  |||||    
T  16403467 tcaaatgttggatgcagaaggtgttggtaatgaggtgtggaatgaattatattggagatcatttttccaagatactgagacagatgaatttggtcaaatt 16403368  T
Q  577 ataagtttcaagatgcacgatcttgttcatgatcttgctcagtc 620  Q
    | |   || |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  16403367 acatcatttaagatgcatgatcttgttcatgaacttgctgagtc 16403324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 177 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 15336135 - 15335698
Alignment:
Q  177 tgtggtcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgag 276  Q
    |||||| ||||| || |||||| | || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || |||||| | |||||||||    
T  15336135 tgtggttatagggaacgagatagttaaaaagtgtgtgggagtgcctcttgcggcaatagcactaggaagtctcttgtgtttcaaaagagacgaaaatgag 15336036  T
Q  277 tggaactatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactga 376  Q
    |||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||  ||   ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||  | ||| |||    
T  15336035 tggctctatgtcaaggaaagcaagctatggagtttacaaggtgataattcagtcatgcctgccttgagactaagttatttgaatttaccagtaaaattga 15335936  T
Q  377 gacaatgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaa 476  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||  ||||| || ||||| || || ||||||||||||||||||||||| || ||    
T  15335935 gacagtgttttgccttgtgtgcactctttcccaaagataaactaataagaaaacactttctaatagaactctggatggctaatggctttatttcttcaaa 15335836  T
Q  477 taaattgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttttcaagattttgagagagatgtatttggagaaatt 576  Q
    | ||  |||||| |  |  ||||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||||  ||| |    
T  15335835 tgaaaagttggaagatggtgatattggcaatgaggtgtggaatgaattatattggagatcattttttcaagatattgagatagatcaatttgggaaaact 15335736  T
Q  577 ataagtttcaagatgcacgatcttgttcatgatcttgctca 617  Q
       |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15335735 ---agtttcaaaatgcatgatcttgttcatgatcttgctca 15335698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 185 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 16397167 - 16396737
Alignment:
Q  185 taggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagtggaacta 284  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||   ||    
T  16397167 tagggaaggagataataaagaagtgtgggggattccctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcggtttaaaagagaagaaaaggaatggctata 16397068  T
Q  285 tgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactgagacaatgt 384  Q
    |||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  | ||| | || |||||     
T  16397067 tgtcaaggaaagcaagctatggaatttacaaggtgaagcttatgtcatgcctgccttgagattaagttacttgcatttgccagtaaaattaaggcaatgc 16396968  T
Q  385 tttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaattgt 484  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||| |  ||||||| |||||||  ||||| ||||| ||||| |||||| || |||    
T  16396967 ttttccttctgtgcattatttcccaaagatgaaattataagcaagcagcttttaattgatctttggacagctaacggcttcatttcttccaatcaaatgt 16396868  T
Q  485 tggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttttcaagattttgagagagatgtatttggagaaattataagttt 584  Q
    |||| |  || || || ||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||  || ||   ||||  |  | ||||||  |||||| ||  ||    
T  16396867 tggaagcagatgacattggtaacgaggtgtggaatgaattatattggaggtcatttttcgaaaatacagagaatgtgggatttggccaaattacaatatt 16396768  T
Q  585 caagatgcacgatcttgttcatgatcttgct 615  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16396767 caagatgcatgatcttgttcatgatcttgct 16396737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 177 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 15357777 - 15357342
Alignment:
Q  177 tgtggtcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgag 276  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| |||| || |||||| || ||||||| ||     
T  15357777 tgtggtcatagggaaggagatagtaaaaaagtgtgggggagttcctcttgcggcaaaagcactaggaagtttcttacgttttaaacgagaagaaaaggaa 15357678  T
Q  277 tggaactatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactga 376  Q
    |||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||  ||   |||||| || | ||||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||    
T  15357677 tggcgctatgtcaaggaaagcaatctatggagtttacaaggtgagaattcagtcatgtcttccttgaggttaagttacttgaatttgccggtaaaattga 15357578  T
Q  377 gacaatgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaa 476  Q
    | || || |||||||| |||||||| ||| |||| ||| |||| ||||  || |||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  15357577 ggcagtgctttgccttttgtgcacttttttccaaggatcaaattataagtaagcagtttttgattgagctttggatggctaatggatttatttcatccaa 15357478  T
Q  477 taaattgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttttcaagattttgagagagatgtatttggagaaatt 576  Q
    | || |  |||| |   |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||    ||| | ||| ||||||| |||||    
T  15357477 tgaaatactggaagcacaagatatcggcaatgaggtgtggaatgaattatattgtagatcatttttccaagataccaagacaaatgaatttggaaaaatt 15357378  T
Q  577 ataagtttcaagatgcacgatcttgttcatgatctt 612  Q
     ||  |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15357377 gtatctttcaagatgcatgatcttgttcatgatctt 15357342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 177 - 542
Target Start/End: Original strand, 15453039 - 15453404
Alignment:
Q  177 tgtggtcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgag 276  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||    
T  15453039 tgtggtcataggcaaggagatagtaaataagtgtggaggagttcctttggcagcaattgcactaggaagtctcttgcgttttaaaagagaagaaaaagag 15453138  T
Q  277 tggaactatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactga 376  Q
    |||  |||||||||| |||||||| | |||||||||||||  ||| ||  |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||    
T  15453139 tggctctatgtcaagaaaagcaaactttggagtttacaaggcgaaaattctgtcatgcctgccttgagattaagctacttcaatttgccaataaaattga 15453238  T
Q  377 gacaatgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaa 476  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||  |||| |||  || |  ||||||||||||||||   |||||| |||||||| || ||    
T  15453239 gacaatgtttttccttctgtgcattatttcccaaaggtgaaactataagcaagaagatgataattgagctttggatttgtaatggttttatttcttctaa 15453338  T
Q  477 taaattgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttt 542  Q
    | || ||||||| |  |||||| | ||| ||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||    
T  15453339 tcaaatgttggaagcagaagatgttggtcatgaggtgtgtaatgaattatattggagatcactttt 15453404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 178 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 16414499 - 16414042
Alignment:
Q  178 gtggtcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagt 277  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| || |||||| | ||||  ||||    
T  16414499 gtggtcatagggaaagagatagtaaagaaatgtaggggagtacctcttgccgcaatggcattaggaagtctcttgcgtttcaaaagagaggaaatagagt 16414400  T
Q  278 ggaactatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactgag 377  Q
    ||  | ||||||||||||||||  |||||  |||||||| |||  |    ||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||  ||||| ||||    
T  16414399 ggctcaatgtcaaggaaagcaagctatgggatttacaaggtgagaactgcgtcatgcctgccttaaggttaagttacttgaatttaccagttaaattgag 16414300  T
Q  378 acaatgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaat 477  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||  | ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||    
T  16414299 acaatgtttttccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaacaagaagtttttgattgacctttggatggcaaatggttttctttcatccaat 16414200  T
Q  478 aaattgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttttcaagattttgagagagatgtatttggagaaatta 577  Q
        ||||  |    |||||||| || |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||   |||| ||||||| |||||     
T  16414199 gctatgttacaaacagaagatattggcaatgaggtgtggaatgagttatattggagatcattttttcaagatattgagcatgatggatttggaaaaattc 16414100  T
Q  578 taagtttcaagatgcacgatcttgttcatgatcttgctcagtcgatttcagaagaggt 635  Q
     ||  ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  16414099 aaaaattcaaaatgcacgaccttgtacatgatcttgctcaatccattacagaagaggt 16414042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 193 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 17928082 - 17927726
Alignment:
Q  193 gagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagtggaactatgtcaagg 292  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||||||||    
T  17928082 gagatcctaaagaagtgtaggggagtgcctcttgcagcaataacattaggaagtctgttgcgctttaaaagagaagaaaaagaatggatctatgtcaagg 17927983  T
Q  293 aaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactgagacaatgttttgcctt 392  Q
    | ||||| || ||||| ||||||| |||  |   ||||||||  || |||||||||||||||||| | |||||| ||||  |||||||||| ||||||||    
T  17927982 acagcaagttgtggagcttacaaggtgagaactctgtcatgcaggccttgagattaagttacttgtacttgccggttaagttgagacaatgctttgcctt 17927883  T
Q  393 ctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaattgttggacggg 492  Q
    || |||  ||||||| ||||||||| ||||||  || ||| | |||||||| |||||| |||| ||||| || |||||||||||| ||   ||||| | |    
T  17927882 ctctgctatatttccaaaagatgaattaataagtaagcagcttctaattgaactttgggtggccaatggattcatttcgtccaatgaaagtttggaagcg 17927783  T
Q  493 gaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttttcaagat 549  Q
    |||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  17927782 gaagatattggtgatgaggtgtggaatgaattatattggagttcattttttcaagat 17927726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 130; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 492 - 693
Target Start/End: Original strand, 15421638 - 15421838
Alignment:
Q  492 ggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttttcaagattttgagagagatgtatttggagaaattataagtttcaagatg 591  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15421638 ggaagatatcg-taatgaggtgtggaatgaactgtattggagatcattttttcaagattttgagagagatgtatttggtgaaattataagtttcaagatg 15421736  T
Q  592 cacgatcttgttcatgatcttgctcagtcgatttcagaagaggtgtgctgcattacaaaaaacgatgacatgccaaatacgttagaaagaattcgccatc 691  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||  |||| | |||||| ||| | ||| ||||||||||| |||||||    
T  15421737 cacgatcttgttcatgatctcgctcggtcaatttcagaagaggtgtgttgcattatgaaaatcaatgacaggcctagtacattagaaagaatacgccatc 15421836  T
Q  692 tc 693  Q
    ||    
T  15421837 tc 15421838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 184 - 231
Target Start/End: Original strand, 30521164 - 30521211
Alignment:
Q  184 ataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagca 231  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30521164 ataggaaaagagatagtaaagaagtgtgggggattgcctcttgcagca 30521211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 184 - 231
Target Start/End: Original strand, 30561504 - 30561551
Alignment:
Q  184 ataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagca 231  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30561504 ataggaaaagagatagtaaagaagtgtgggggattgcctcttgcagca 30561551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 184 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 17983465 - 17983407
Alignment:
Q  184 ataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactagg 242  Q
    ||||| ||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||    
T  17983465 ataggcaaggagatagtaaaaaagtgtggaggattgcctcttgcagcaaaagcattagg 17983407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 177 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 8187608 - 8187150
Alignment:
Q  177 tgtggtcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgag 276  Q
    |||||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||    
T  8187608 tgtggtcatagggaaggagatagcaaaaaagtgtgggggtgtacctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgttttaaaagagaggaaaaggag 8187509  T
Q  277 tggaactatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactga 376  Q
    |||  |||||||  |||||| ||  ||||||||||||||| |||  |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| |||    
T  8187508 tggctctatgtcttggaaagtaatctatggagtttacaaggtgagaatacagtcatgcctgccttgagattaagttacttgaatttgccaataaaattga 8187409  T
Q  377 gacaatgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaa 476  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||  || || ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  8187408 gacaatgttttgccttttgtgcactttttccaaaagatgaattaataaaaaagcaattcctaattgatctatggatggctaatggttttatttcatccaa 8187309  T
Q  477 taaattgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttttcaagattttgagagagatgtatttggagaaatt 576  Q
    | || |  | || |  || ||||| || |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||  || ||||| ||||||| |||||    
T  8187308 tgaaattctagaagctgaggatattggcaatgaggtatggaatgaattatattggagatcatttttccaagatattatgacagatgaatttggaaaaatt 8187209  T
Q  577 ataagtttcaagatgcacgatcttgttcatgatcttgctcagtcgatttcagaagaggt 635  Q
    |||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||    
T  8187208 atatatttcaagatgcatgatcttgtacatgatcttgctcaatctatatcagaagaggt 8187150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 164
Target Start/End: Original strand, 1573621 - 1573769
Alignment:
Q  17 caaaatgttggatagagcaattcataaaatcttgtacacannnnnnn-cttcagacaattccaagaacagtgctttttgatcagaagactggaactaatt 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1573621 caaaatgtttgatagagcaattcataaaaccttgtacacaatttttttcttcagacaattccaagaacagtgctttttgatcagaagactggaactaatt 1573720  T
Q  116 tgcttcaatggccagtagaagaagtagaaagcttaagactgagcagtga 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1573721 tgcttcaatggccagtagaagaagtagaaagcttaagactgagtagtga 1573769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University