View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF21648_low_1 (Length: 868)
Name: NF21648_low_1
Description: NF21648
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF21648_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 771; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 771; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 9173380 - 9172562
Alignment:
| Q |
7 |
agcagcacagacacatataccggatatgacattgacacatagaaaccaaacgtaactacatgtgcctatgtctgacacagatacgtgtcaggcacatgaa |
106 |
Q |
| |
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|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |
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| T |
9173380 |
agcaacacggacacatataccggatatgacattgacacatagaaaccaaacgtaactacatgcgcctatgtctggcacagatatgtgtcaggcacatgaa |
9173281 |
T |
|
| Q |
107 |
cggcaccctaaacaataatatatgaagcagcaatacagataagtataccggatatgacactgacacgtagataccaaaggtaactacatgtgtatgtgtc |
206 |
Q |
| |
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|
|
| T |
9173280 |
cggcaccctaaacaataatatatgaagcagcaatacagataagtataccggatatgacactgacacgtagataccaaaggtaactacatgtgtatgtgtc |
9173181 |
T |
|
| Q |
207 |
tgacaccaatatgtgtcagacacccaacacaataatctacaaagcagcaatacagaaacatgcatcggatacgacaccgacgcatagataccaaacgtaa |
306 |
Q |
| |
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| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
9173180 |
taacaccaatatgtgtcagacacccaacacaataatctacaaagcagcaatacagaaacatgcatcggatacgacaccgacgcatagataccaaacgtaa |
9173081 |
T |
|
| Q |
307 |
ctacgtgtgtttgtgtctaacaccattgtgtgtcaggggcacctgacacgccttcaatctagagtctagaagttattacataggtcacaataatcctcga |
406 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
9173080 |
ctacgtgtgtttgtgtctaacaccattgtgtgtcaggggcacctgacacgccttcaatctagagactagaagttattacataggtcacaataatcctcga |
9172981 |
T |
|
| Q |
407 |
gaacattaacaaaaataaaaccaaaacagattgtaaataccaattacctccaattttcttagcagcaggatcataactctcactgttcaaaaactcctta |
506 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9172980 |
caacattaacaaaaataaaaccaaaacagattgtaaataccaattacctccaattttcttagcagcaggatcataactctcactgttcaaaaactcctta |
9172881 |
T |
|
| Q |
507 |
acatcctccaaccctttcccataaacagcccacctaggattcctagcctctaccctctcatcactcaattcatctaattctctttccttctttttctcag |
606 |
Q |
| |
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|
|
| T |
9172880 |
acatcctccaaccctttcccataaacagcccacctaggattcctagcctctaccctctcatcactcaattcatctaattctctttccttctttttctcag |
9172781 |
T |
|
| Q |
607 |
caaaacaaaaactcggaaccttatcaagaaccaaaggcgtcaactgagccaatttagcttctttataagctttatactcgttcgaatcaatatccctcaa |
706 |
Q |
| |
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|
|
| T |
9172780 |
caaaacaaaaactcggaaccttatcaagaaccaaaggcgtcaactgagccaatttagcttctttataagctttatactcgttcgaatcaatatccctcaa |
9172681 |
T |
|
| Q |
707 |
atgaaccaaccctcttttcttcttcataaaattactattaaactcaaactcttgagctatcttacgccgttcttctttactattaaactcaatctcttga |
806 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
9172680 |
atgaaccaacccacttttcttcttcataaaattactattaaactcaaactcttgagctatcttacgccgttcttctttactattaaactcaaactcttga |
9172581 |
T |
|
| Q |
807 |
gctatcttaggctgttctt |
825 |
Q |
| |
|
||||||||| || |||||| |
|
|
| T |
9172580 |
gctatcttacgccgttctt |
9172562 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 236
Target Start/End: Original strand, 8652900 - 8653119
Alignment:
| Q |
15 |
agacacatataccggatatgacattgacacatagaaaccaaacgtaactacatgtgcctatgtctgacacagatacgtgtcaggcacatgaacggcaccc |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || |
|
|
| T |
8652900 |
agacacatataccggatatgacactgacacatagaaaccaaacgtaactacatgtgcttgtgtctgacacaaatacgtgtcaggcaccggaacggcatcc |
8652999 |
T |
|
| Q |
115 |
taaacaataatatatgaagcagcaatacagataagtataccggatatgacactgacacgtagataccaaaggtaactacatgtgtatgtgtctgacacca |
214 |
Q |
| |
|
|| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8653000 |
tacacaataatctatgaagcagcaatacagatacatatactggatatgacactgacacatagataccaaaggtaactaca--tgtatgtgtctgacacca |
8653097 |
T |
|
| Q |
215 |
atatgtgtcagacacccaacac |
236 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||| |||| |
|
|
| T |
8653098 |
atacatgtcagacacccgacac |
8653119 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 304 - 570
Target Start/End: Original strand, 8653127 - 8653396
Alignment:
| Q |
304 |
taactacgtgtgtttgtgtctaacaccattgtgtgtcaggggcacctgacacgccttcaatctagagtctagaagttattacataggtcacaataatcct |
403 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| | |||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
8653127 |
taactacatgtgtttgtgtctaacaccattacgtgtcaggcgcacctggcacacattcaatctagagactaaaagttgttacataggtcataataatcct |
8653226 |
T |
|
| Q |
404 |
cgagaacattaacaaaaataaaaccaaaacagattgtaaataccaattacctccaattttctt---agcagcaggatcataactctcactgttcaaaaac |
500 |
Q |
| |
|
| | | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
8653227 |
caacagcatcaacagaaataaaaccaaaacagattgtaaataccaattacctccagttttcatagcagcagcagggtcataactctcactattcaaaaac |
8653326 |
T |
|
| Q |
501 |
tccttaacatcctccaaccctttcccataaacagcccacctaggattcctagcctctaccctctcatcac |
570 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| |
|
|
| T |
8653327 |
tcattaacatcctcgaaacctcgcccataaacagcccatctaggattcctaggcactaccctctcatcac |
8653396 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 738 - 850
Target Start/End: Complemental strand, 9172604 - 9172492
Alignment:
| Q |
738 |
ttactattaaactcaaactcttgagctatcttacgccgttcttctttactattaaactcaatctcttgagctatcttaggctgttctttcttcgttatgt |
837 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9172604 |
ttactattaaactcaaactcttgagctatcttacgccgttcttctttactattaaactcaatctcttgagctatcttaggctgttctttcttcgttatgt |
9172505 |
T |
|
| Q |
838 |
ttatccctgcttg |
850 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
9172504 |
ttatccctgcttg |
9172492 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 623 - 780
Target Start/End: Original strand, 8653449 - 8653606
Alignment:
| Q |
623 |
aaccttatcaagaaccaaaggcgtcaactgagccaatttagcttctttataagctttatactcgttcgaatcaatatccctcaaatgaaccaaccctctt |
722 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||| ||| |||||||||| |
|
|
| T |
8653449 |
aaccttatcaagaactaaaggcttcatctgagccaatttagcttctttataagccttatactcattcaaatccatatccctcaaaggaatcaaccctctt |
8653548 |
T |
|
| Q |
723 |
ttcttcttcataaaattactattaaactcaaactcttgagctatcttacgccgttctt |
780 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8653549 |
ttcttcttcataactttactattaaactcaatctcttgtgctatcttacgccgttctt |
8653606 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 121 - 310
Target Start/End: Original strand, 8652878 - 8653078
Alignment:
| Q |
121 |
ataatatatgaagcagcaatacagataagtataccggatatgacactgacacgtagataccaaaggtaactacatgtgtatgtgtctgacaccaatatgt |
220 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| || |
|
|
| T |
8652878 |
ataatctatgaagcagcaacaaagacacatataccggatatgacactgacacatagaaaccaaacgtaactacatgtgcttgtgtctgacacaaatacgt |
8652977 |
T |
|
| Q |
221 |
gtcagacac-----------ccaacacaataatctacaaagcagcaatacagaaacatgcatcggatacgacaccgacgcatagataccaaacgtaacta |
309 |
Q |
| |
|
||||| ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
8652978 |
gtcaggcaccggaacggcatcctacacaataatctatgaagcagcaatacagatacatatactggatatgacactgacacatagataccaaaggtaacta |
8653077 |
T |
|
| Q |
310 |
c |
310 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
8653078 |
c |
8653078 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 781 - 850
Target Start/End: Original strand, 8653562 - 8653631
Alignment:
| Q |
781 |
ctttactattaaactcaatctcttgagctatcttaggctgttctttcttcgttatgtttatccctgcttg |
850 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
8653562 |
ctttactattaaactcaatctcttgtgctatcttacgccgttctttcttcgttatgtttatctctgcttg |
8653631 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 121 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 9173394 - 9173162
Alignment:
| Q |
121 |
ataatatatgaagcagcaatacagataagtataccggatatgacactgacacgtagataccaaaggtaactacatgtgtatgtgtctgacaccaatatgt |
220 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||| || || | |||||||||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||| | | |||||| ||| |||||| |
|
|
| T |
9173394 |
ataatctatgaagcagcaacacggacacatataccggatatgacattgacacatagaaaccaaacgtaactacatgcgcctatgtctggcacagatatgt |
9173295 |
T |
|
| Q |
221 |
gtca-----------gacacccaacacaataatctacaaagcagcaatacagaaacatgcatcggatacgacaccgacgcatagataccaaacgtaacta |
309 |
Q |
| |
|
|||| | ||||| | |||||||| || ||||||||||||||| | | | |||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
9173294 |
gtcaggcacatgaacggcaccctaaacaataatatatgaagcagcaatacagataagtataccggatatgacactgacacgtagataccaaaggtaacta |
9173195 |
T |
|
| Q |
310 |
cgtgtgtttgtgtctaacaccattgtgtgtcag |
342 |
Q |
| |
|
| ||||| |||||||||||||| | |||||||| |
|
|
| T |
9173194 |
catgtgtatgtgtctaacaccaatatgtgtcag |
9173162 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 69
Target Start/End: Original strand, 8653026 - 8653082
Alignment:
| Q |
13 |
acagacacatataccggatatgacattgacacatagaaaccaaacgtaactacatgt |
69 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
8653026 |
acagatacatatactggatatgacactgacacatagataccaaaggtaactacatgt |
8653082 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 329
Target Start/End: Original strand, 8652878 - 8652969
Alignment:
| Q |
238 |
ataatctacaaagcagcaatacagaaacatgcatcggatacgacaccgacgcatagataccaaacgtaactacgtgtgtttgtgtctaacac |
329 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||| | ||| |||| | |||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||| |
|
|
| T |
8652878 |
ataatctatgaagcagcaacaaagacacatataccggatatgacactgacacatagaaaccaaacgtaactacatgtgcttgtgtctgacac |
8652969 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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