View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21648_low_2 (Length: 632)

Name: NF21648_low_2
Description: NF21648
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21648_low_2
NF21648_low_2
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (14-617)||(14546798-14547401)
chr2 (14-617)||(15003934-15004536)
chr2 (102-617)||(15007585-15008100)
chr2 (14-617)||(14519809-14520418)
chr2 (16-617)||(14528409-14529034)
chr2 (16-617)||(14542635-14543260)
chr2 (99-589)||(14533744-14534231)
chr2 (99-617)||(14512060-14512584)
chr2 (111-597)||(31968921-31969407)
chr2 (111-597)||(15013004-15013487)
chr2 (333-614)||(14567366-14567647)
chr2 (324-617)||(15023744-15024037)
chr2 (324-618)||(14552318-14552612)
chr2 (111-617)||(15019496-15020002)
chr2 (324-598)||(14850409-14850683)
chr2 (537-617)||(14847680-14847760)
chr2 (20-98)||(14511951-14512029)
chr2 (55-98)||(15007520-15007563)
chr2 (14-54)||(14533650-14533690)
chr2 (316-371)||(14476142-14476197)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (40-402)||(17357017-17357397)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (426-488)||(38524890-38524952)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 580; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 580; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 617
Target Start/End: Original strand, 14546798 - 14547401
Alignment:
Q  14 atcaacaaccccaaaattcaataactctcttttgcaccaatacttctcgttcccaatttcactcacaagattctgcaccacaacaacacacccattcgct 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14546798 atcaacaaccccaaaattcaataactctcttctgcaccaatacttctcgttcccaatttcactcacaagattctgcaccacaacaacacacccattcgct 14546897  T
Q  114 gtatcataccttatcaacaatttcggtttctcacctctatctgctctcaaggctttcaacaacaatcaggttcttttcaaatccgcagaaaatcctaatt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14546898 gtatcataccttatcaacaatttcggtttctcacctctatctgctctcaaggctttcaacaacaatcaggttcttttcaaatccgcagaaaatcctaatt 14546997  T
Q  214 cagttatcaatttcttcaaaaatcgtgatttttcacactctgatatacgaatcatcattagaaaagcaccatggttactttcattacaaccccactatat 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14546998 cagttatcaatttcttcaaaaatcgtgatttttcacactctgatatacgaatcatcattagaaaagcaccatggttactttcattacaaccccacaatat 14547097  T
Q  314 aattttgcccaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagcaaaccctcgaattttgcgaagtagcttg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14547098 aattttgcccaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagaaaaccctcgaattttgcgaagtagcttg 14547197  T
Q  414 gaggaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttacttcgacattcgacttatgttactt 513  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14547198 gagaaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttacttcgacattcgacttatgttactt 14547297  T
Q  514 ttaattcctatcaccttgttgcggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgacattgctagcttgcttcaaaaaaggccatctat 613  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14547298 ttaattcctatcaccttgttgccgctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgtcattgctagcttgcttcaaaaaaggccatctat 14547397  T
Q  614 attt 617  Q
    ||||    
T  14547398 attt 14547401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 14 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 15004536 - 15003934
Alignment:
Q  14 atcaacaaccccaaaattcaataactctcttttgcaccaatacttctcgttcccaatttcactcacaagattctgcaccacaacaacacacccattcgct 113  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15004536 atcaacaaccccaaaattcaacaaccctcttctgcatcaatacttctcgttcccaatttcactcacaagattctgcaccacaacaacacacccattcgct 15004437  T
Q  114 gtatcataccttatcaacaatttcggtttctcacctctatctgctctcaaggctttcaacaacaatcaggttcttttcaaatccgcagaaaatcctaatt 213  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||  |||  ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||  || |||| |||||| |||    
T  15004436 gtatcataccttgtcaacaattttggtttctcaactgaatcaactctcaaagctttcaacaacaagcaggttcgtttcaataccccagataatcctgatt 15004337  T
Q  214 cagttatcaatttcttcaaaaatcgtgatttttcacactctgatatacgaatcatcattagaaaagcaccatggttactttcattacaaccccactatat 313  Q
    | |||||||  |||||  |||||| || |||||||| |  | | ||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||  ||||||||| |       
T  15004336 ctgttatcaccttctttcaaaatcatggtttttcactcgataacatacgcatcatcatcacaaaagcaccttggttactttcatcgcaaccccacaaagg 15004237  T
Q  314 aattttgcccaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagcaaaccctcgaattttgcgaagtagcttg 413  Q
      | ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||| | ||||||||||    
T  15004236 tttattgtcaaagtttcaattttttctatccaaaggtgcttcttcctctgatattgtttcattgttaacttcaaaccctcgaattttacaaagtagcttg 15004137  T
Q  414 gaggaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttacttcgacattcgacttatgttactt 513  Q
    ||| | ||||| |||||||||||| ||||||||| ||| || ||  ||||||||||||||  |||| || ||||| ||||| |||| |  |   ||||||    
T  15004136 gagaatcgaataatccctctttttgaattgttaaataggtt-ttcgaaaccaacaaggataccattgttggcttaattcgatattcaagatcgtttactt 15004038  T
Q  514 ttaattcctatcaccttgttgcggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgacattgctagcttgcttcaaaaaaggccatctat 613  Q
    || || |||||||| || | | |||||||||||||||||||   |||||||  ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15004037 tttatccctatcactttctagaggctaatatcaatttgatggtggattttgatgtttctgattctaccattgctagattgcttcaaaaaaggccatctat 15003938  T
Q  614 attt 617  Q
    ||||    
T  15003937 attt 15003934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 102 - 617
Target Start/End: Original strand, 15007585 - 15008100
Alignment:
Q  102 cacccattcgctgtatcataccttatcaacaatttcggtttctcacctctatctgctctcaaggctttcaacaacaatcaggttcttttcaaatccgcag 201  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||  ||   |    
T  15007585 cacccattcgctgcatcctacctcatcgacaattttggtttctcacctcaatctgctcttaaagctttcaacaacaaacaggttcgtttcaatacccttg 15007684  T
Q  202 aaaatcctaattcagttatcaatttcttcaaaaatcgtgatttttcacactctgatatacgaatcatcattagaaaagcaccatggttactttcattaca 301  Q
    |||| |||||||||||| |||  |||||  |||||| ||  |||||||||    | ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  15007685 aaaagcctaattcagttctcaccttctttcaaaatcatggcttttcacacgaaaacatacgcatcatcattagaaaagaaccatggttactttcatcaca 15007784  T
Q  302 accccactatataattttgcccaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagcaaaccctcgaattttg 401  Q
    ||||||| | ||  | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||  ||||||     
T  15007785 accccacaaaatgttattgccaaagtttgaatattttctatccaaaggtgcttcttcagctgatattgtttcattgttaactgcaaaccctacaatttta 15007884  T
Q  402 cgaagtagcttggaggaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttacttcgacattcga 501  Q
    |||||||||||||   ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |    
T  15007885 cgaagtagcttgggcaaacgaataatccctctttttgaattgttaagtaggttctttaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttacttcgacattcaa 15007984  T
Q  502 cttatgttacttttaattcctatcaccttgttgcggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgacattgctagcttgcttcaaaa 601  Q
      |   ||| | |||   | ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  ||||||||  |||||||| ||    
T  15007985 tgtcgtttattattagcccatatcaccttattgtggctaatatcaatttgataactggttttggagtttctgattctaccattgctaaattgcttcagaa 15008084  T
Q  602 aaggccatctatattt 617  Q
    ||||||||||||||||    
T  15008085 aaggccatctatattt 15008100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 14 - 617
Target Start/End: Original strand, 14519809 - 14520418
Alignment:
Q  14 atcaacaaccccaaaattcaataactctcttttgcaccaatacttctcgttcccaatttcactcacaagattctgcaccac---aaca---acacaccca 107  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||| |||| | ||||||||||||||||| ||| ||||||||  |   | ||   ||||| |||    
T  14519809 atcaacaaccccaaaattcaacaaccctcttttcaaccaacacttgttgttcccaatttcactcagaagcttctgcacatcggaatcagacacacaacca 14519908  T
Q  108 ttcgctgtatcataccttatcaacaatttcggtttctcacctctatctgctctcaaggctttcaacaacaatcaggttcttttcaaatccgcagaaaatc 207  Q
    || ||||||||||||||  ||||||| || |||||||||| |  ||| |||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||  || |||| ||||    
T  14519909 tttgctgtatcatacctcgtcaacaaatttggtttctcacatgaatcggctctcaaagctttcaacaacagacaggttcgtttcaataccccagataatc 14520008  T
Q  208 ctaattcagttatcaatttcttcaaaaatcgtgatttttcacactctgatatacgaatcatcattagaaaagcaccatggttactttcattacaacccca 307  Q
    || |||| |||||||  |||||  |||| | ||  |||||||||  | | ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14520009 ctgattctgttatcaccttctttcaaaaccatggcttttcacacgataacatacgcatcatcatcacaaaagcaccatggttactttcatcacaacccca 14520108  T
Q  308 ctatataattttgcccaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagcaaaccctcgaattttgcgaagt 407  Q
    | | ||  | ||||| |||||| ||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||| ||    |  |||| ||||| |||  |||||| | ||||    
T  14520109 caaaatggtattgccaaagtttcaatttttactctccaaaggtgcttcttcctctgatattattcgcctgttaactgcaaatcctaaaattttacaaagt 14520208  T
Q  408 agcttggaggaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttacttcgacattcgact-tat 506  Q
    || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || | ||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||| |||| ||| |      
T  14520209 agtttggagaaacgaataatccctctttttcaattgttaaataggttttcgaaaaccaacaaggataccattgtttgcttaattcgaaattc-actatcg 14520307  T
Q  507 gttacttttaattcctatcaccttgttgcggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgacattgctagcttgcttcaaaaaaggc 606  Q
     ||| | || || |||||||  || | | |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||     
T  14520308 tttattatttatccctatcatgttctagaggctaatatcaatttgatgattgaatttggagtttctgattctaacattgctagattgcttcaaacaaggt 14520407  T
Q  607 catctatattt 617  Q
    |||||||||||    
T  14520408 catctatattt 14520418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 16 - 617
Target Start/End: Original strand, 14528409 - 14529034
Alignment:
Q  16 caacaaccccaaaattcaataactctcttttgcaccaatacttctcgttcccaatttcactcacaagattctgcaccacaaca----------------- 98  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||  ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||                     
T  14528409 caacaacctcaaaattcaacaaccctcttttcaaccaacacttctcattcccattttcactcacaagattctgcaccacaacatctcaatctgaatcagt 14528508  T
Q  99 -acacacccattcgctgtatcataccttatcaacaatttcggtttctcacctctatctgctctcaaggctttcaacaacaatcaggttcttttcaaatcc 197  Q
     ||||| |||||||||| ||| || || ||||||||||| || ||||||| |  |||||||||||| |||||||||  ||| || |||| ||||||  ||    
T  14528509 cacacatccattcgctgcatcttatctcatcaacaattttgggttctcacatgaatctgctctcaaagctttcaacctcaagcaagttcgtttcaatacc 14528608  T
Q  198 gcagaaaatcctaattcagttatcaatttcttcaaaaatcgtgatttttcacactctgatatacgaatcatcattagaaaagcaccatggttactttcat 297  Q
    ||||| || ||| ||||||| ||||  |||||  |||||| ||  |||||||||    | ||||| ||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  14528609 gcagataaacctgattcagtcatcaccttctttcaaaatcatggcttttcacacgacaacatacgcatcatgatcagaagagcaccatggttactttcat 14528708  T
Q  298 tacaaccccactatataattttgcccaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagcaaaccctcgaat 397  Q
     |||||||||| | |   ||||||| |||||| |||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||| ||||  ||||  |||||||| ||||    
T  14528709 cacaaccccacaaaaggtttttgccaaagtttcaattttttctatccaatgctgcttcttcctctgatattgttccattgttaactacaaaccctagaat 14528808  T
Q  398 tttgcgaagtag------cttggaggaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttactt 491  Q
    ||| ||||||||      ||||||| ||| ||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  14528809 tttacgaagtagcctggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattattaagtaggttcttgaaaaccaacaaggatatcattctttgcttaatt 14528908  T
Q  492 cgacattcgacttatgttacttttaattcctatcaccttgttgcggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgacattgctagct 591  Q
    ||| ||| ||||    || ||  |||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||  |||| ||| |    
T  14528909 cgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatatcaatttgatgtctgattttggagtttctgataatgttattggtagtt 14529008  T
Q  592 tgcttcaaaaaaggccatctatattt 617  Q
    |||||||   |||||| |||||||||    
T  14529009 tgcttcagtcaaggccgtctatattt 14529034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 16 - 617
Target Start/End: Original strand, 14542635 - 14543260
Alignment:
Q  16 caacaaccccaaaattcaataactctcttttgcaccaatacttctcgttcccaatttcactcacaagattctgcaccacaaca----------------- 98  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||  ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||                     
T  14542635 caacaacctcaaaattcaacaaccctcttttcaaccaacacttctcattccaaatttcactcacaagattctgcaccacaacatctcaatctgaatcagt 14542734  T
Q  99 -acacacccattcgctgtatcataccttatcaacaatttcggtttctcacctctatctgctctcaaggctttcaacaacaatcaggttcttttcaaatcc 197  Q
     ||||| |||||||||| ||| || || ||||||||||| || ||||||| |  |||||||||||| |||||||||  ||| || |||| ||||||  ||    
T  14542735 cacacatccattcgctgcatcttatctcatcaacaattttgggttctcacatgaatctgctctcaaagctttcaacctcaagcaagttcgtttcaatacc 14542834  T
Q  198 gcagaaaatcctaattcagttatcaatttcttcaaaaatcgtgatttttcacactctgatatacgaatcatcattagaaaagcaccatggttactttcat 297  Q
    ||||| || ||| ||||||| ||||  |||||  |||||| ||  |||||||||    | ||||| ||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  14542835 gcagataaacctgattcagtcatcaccttctttcaaaatcatggcttttcacacgacaacatacgcatcatgatcagaagagcaccatggttactttcat 14542934  T
Q  298 tacaaccccactatataattttgcccaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagcaaaccctcgaat 397  Q
     |||||||||| | |   ||||||| |||||| |||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||| ||||  ||||  |||||||| ||||    
T  14542935 cacaaccccacaaaaggtttttgccaaagtttcaattttttctatccaatgctgcttcttcctctgatattgttccattgttaactacaaaccctagaat 14543034  T
Q  398 tttgcgaagtag------cttggaggaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttactt 491  Q
    ||| ||||||||      ||||||| ||| ||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  14543035 tttacgaagtagcctggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattattaagtaggttcttgaaaaccaacaaggatatcattctttgcttaatt 14543134  T
Q  492 cgacattcgacttatgttacttttaattcctatcaccttgttgcggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgacattgctagct 591  Q
    ||| ||| ||||    || ||  |||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||  |||| ||| |    
T  14543135 cgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatatcaatttgatgtctgattttggagtttctgataatgttattggtagtt 14543234  T
Q  592 tgcttcaaaaaaggccatctatattt 617  Q
    |||||||   |||||| |||||||||    
T  14543235 tgcttcagtcaaggccgtctatattt 14543260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 153; E-Value: 9e-81
Query Start/End: Original strand, 99 - 589
Target Start/End: Original strand, 14533744 - 14534231
Alignment:
Q  99 acacacccattcgctgtatcataccttatcaacaatttcggtttctcacctctatctgctctcaaggctttcaacaacaatcaggttcttttcaaatccg 198  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |  |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||  ||     
T  14533744 acacatccattctctgtatcatacctcatcaacaattttggattctcacatgaatctgctctcaaagctttcaacaacaagcaggttcgtttcaataccc 14533843  T
Q  199 cagaaaatcctaattcagttatcaatttcttcaaaaatcgtgatttttcacactctgatatacgaatcatcattagaaaagcaccatggttactttcatt 298  Q
    |||| ||| || |||| |||||||  |||||  |||| | || |||| || ||||  | ||||| ||||||||   ||| ||||| |||||||||||||     
T  14533844 cagataatgctgattctgttatcaccttctttcaaaaccatggttttccaaactccaacatacgcatcatcatccaaaaggcaccttggttactttcatc 14533943  T
Q  299 acaaccccactatataattttgcccaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagcaaaccctcgaatt 398  Q
    |||||||||| | |   | ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||  ||||  ||||||||||||||    
T  14533944 acaaccccacaaaaggttattgccaaagtttcaattttttctatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactacaaaccctcgaatt 14534043  T
Q  399 ttgcgaagtagcttggaggaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttacttcgacatt 498  Q
    || ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||| ||||| |||| |||||||| |   |||||    
T  14534044 ttacgaagtagcttggagaaacaaataatccctctttttcaattattaagtaggtgcttaaaaaccaacagggatgccattatttgcttaataaaacatt 14534143  T
Q  499 cgacttatgttacttttaattcctatcaccttgttgcggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgacattgctag 589  Q
     ||||    ||||| || ||   ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||    
T  14534144 ggactacatttactatttat---tatcaccttattgtggctaatatcaatttgatgactgattttggaattcctcattctgtcattgctag 14534231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 99 - 617
Target Start/End: Original strand, 14512060 - 14512584
Alignment:
Q  99 acacacccattcgctgtatcataccttatcaacaatttcggtttctcacctctatctgctctcaaggctttcaacaacaatcaggttcttttcaaatccg 198  Q
    ||||| |||||||||| ||| || || ||||||||||| |||||| ||| |  ||| ||||||||  |||||||| |||| || |||| ||||||  |||    
T  14512060 acacatccattcgctgcatcttatctcatcaacaattttggtttcacacatgaatcagctctcaaatctttcaactacaagcatgttcgtttcaataccg 14512159  T
Q  199 cagaaaatcctaattcagttatcaatttcttcaaaaatcgtgatttttcacactctgatatacgaatcatcattagaaaagcaccatggttactttcatt 298  Q
    |||| || ||| ||||||| ||||  |||||  |||||| ||  |||||||||    | ||||| ||||| || |||| ||||||||||||||||||||     
T  14512160 cagataaacctgattcagtcatcaccttctttcaaaatcatggcttttcacacgacaacatacgcatcatgatcagaagagcaccatggttactttcatc 14512259  T
Q  299 acaaccccactatataattttgcccaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagcaaaccctcgaatt 398  Q
    |||||||||| | |   ||||||| |||||| |||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||| ||||  ||||  |||||||| |||||    
T  14512260 acaaccccacaaaaggtttttgccaaagtttcaattttttctatccaatgctgcttcttcctctgatattgttccattgttaactacaaaccctagaatt 14512359  T
Q  399 ttgcgaagtag------cttggaggaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttacttc 492  Q
    || ||||||||      ||||||| ||| ||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  14512360 ttacgaagtagcttggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattattaagtaggttcttgaaaaccaacaaggatatcattctttgcttaattc 14512459  T
Q  493 gacattcgacttatgttacttttaattcctatcaccttgttgcggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgacattgctagctt 592  Q
    || ||| ||||    || ||  |||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||  |||| ||| ||    
T  14512460 gatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatatcaatttgatgtctgattttggagtttctgataatgttattggtagttt 14512559  T
Q  593 gcttcaaaaaaggccatctatattt 617  Q
    ||||||   |||||| |||||||||    
T  14512560 gcttcagtcaaggccgtctatattt 14512584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 111 - 597
Target Start/End: Original strand, 31968921 - 31969407
Alignment:
Q  111 gctgtatcataccttatcaacaatttcggtttctcacctctatctgctctcaaggctttcaacaacaatcaggttcttttcaaatccgcagaaaatccta 210  Q
    |||||||| || |||||||||||||| | ||||||| ||  ||| |||||||| |||||||||  ||| ||||||| ||||||  || |||| ||||||     
T  31968921 gctgtatcttatcttatcaacaattttgatttctcaactgaatcagctctcaaagctttcaacctcaagcaggttcgtttcaatacctcagataatcctg 31969020  T
Q  211 attcagttatcaatttcttcaaaaatcgtgatttttcacactctgatatacgaatcatcattagaaaagcaccatggttactttcattacaaccccacta 310  Q
    |||| |||||||  |||||  |||| | || ||||||| ||||||| ||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  31969021 attctgttatcaccttctttcaaaaccatggtttttcaaactctgacatacgcatcttcatcaaaaaagcaccatggttactttcatcacaaccccacaa 31969120  T
Q  311 tataattttgcccaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagcaaaccctcgaattttgcgaagtagc 410  Q
     |   | ||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||  ||||| | |||||||    
T  31969121 aaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaatggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactgcaaaccctcacattttacaaagtagc 31969220  T
Q  411 ttggaggaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttacttcgacattcgacttatgtta 510  Q
    |||||  ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || | ||||||||||||||||   ||| ||| |||| |||||||||| |  |   |||    
T  31969221 ttggacaaacgaataatccctctttttcaattgttaaataggttttcgaaaaccaacaaggatactattgtttacttaattcgacattcaaggtcgttta 31969320  T
Q  511 cttttaattcctatcaccttgttgcggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgacattgctagcttgcttc 597  Q
     | || || ||  | ||||| | | |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||    
T  31969321 ttgtttatccccttaaccttctagaggctaatatcaatttgatggttgattttggagtttatgattctgccattgctagattgcttc 31969407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 111 - 597
Target Start/End: Original strand, 15013004 - 15013487
Alignment:
Q  111 gctgtatcataccttatcaacaatttcggtttctcacctctatctgctctcaaggctttcaacaacaatcaggttcttttcaaatccgcagaaaatccta 210  Q
    |||||||| || |||||||||||||| | ||||||| ||  ||| |||||||| |||||||||  ||  || |||| ||||||  || |||| ||||||     
T  15013004 gctgtatcttatcttatcaacaattttgatttctcaactgaatcagctctcaaagctttcaacctcaggcaagttcgtttcaataccccagataatcctg 15013103  T
Q  211 attcagttatcaatttcttcaaaaatcgtgatttttcacactctgatatacgaatcatcattagaaaagcaccatggttactttcattacaaccccacta 310  Q
    | ||||| ||||| |||||  |||| | || ||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  15013104 actcagtcatcaacttctttcaaaaccatggtttttcacactctgacatacgcatcatcatcaaaaaagcaccatggttactttcatcacaaccccacaa 15013203  T
Q  311 tataattttgcccaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagcaaaccctcgaattttgcgaagtagc 410  Q
     |   | ||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||  ||||| | |||||||    
T  15013204 aaggttattgcctaagtttcaattttttatatccaacggtgcttctttatctgatattgttccattgttaactgcaaaccctcacattttacaaagtagc 15013303  T
Q  411 ttggaggaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttacttcgacattcgacttatgtta 510  Q
    |||||  |||| || ||||||||||||||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||   ||| ||| |||| ||| | |||| |  |   |||    
T  15013304 ttggacaaacggataatccctctttttcaattattaaataggtttttgaaaaccaacaaggatactattgtttacttaattctaaattcaaggtcgttta 15013403  T
Q  511 cttttaattcctatcaccttgttgcggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgacattgctagcttgcttc 597  Q
       | | | ||  ||||||| | | |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||    
T  15013404 ---taactccccttcaccttctagaggctaatatcaatttgatggttgattttggagtttgtgattctgccattgctagattgcttc 15013487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 333 - 614
Target Start/End: Original strand, 14567366 - 14567647
Alignment:
Q  333 ttttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagcaaaccctcgaattttgcgaagtagcttggaggaacgaattatccctc 432  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||  ||||  ||||||||  ||||||||  | ||| |||||| ||||||| |||||||    
T  14567366 ttttttctatccaaaggtgcttcttcctctgagattgtttcattgttaacttcaaaccctataattttgcatattagtttggagaaacgaataatccctc 14567465  T
Q  433 tttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttacttcgacattcgacttatgttacttttaattcctatcaccttgt 532  Q
    ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||| ||||| |||    || || | ||||||||||||||| |    
T  14567466 tttttgaattgttaagtaagttcttgaaaaccaacaaagatatcattatttgcttaattcggcattcaactgcattttctatgaattcctatcaccttat 14567565  T
Q  533 tgcggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgacattgctagcttgcttcaaaaaaggccatctata 614  Q
    |  || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||||   |||||||||||||    
T  14567566 tatggataatgtcaatttgatgtctgattttggagtttctgataatgtcattgctagtttgcttcagtcaaggccatctata 14567647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 324 - 617
Target Start/End: Original strand, 15023744 - 15024037
Alignment:
Q  324 aagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagcaaaccctcgaattttgcgaagtagcttggaggaacgaa 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||  || |||||| |||||| | || |||||| ||| | ||||    
T  15023744 aagtttgaattttttctatccaaaggtgcttcttcatctcatattgtttcattgttaactacataccctcaaattttacaaactagctttgagaatcgaa 15023843  T
Q  424 ttatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttacttcgacattcgacttatgttacttttaattccta 523  Q
    | |||||||||||| ||||| |||  || ||||| ||||| |||||||||   ||| |||||||| ||| ||||||||  |  ||||||  | || || |    
T  15023844 taatccctctttttaaattgctaacaaggttctttaaaactaacaaggatactattgtttgcttaattcaacattcgaaatgggttactagtcatcccca 15023943  T
Q  524 tcaccttgttgcggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgacattgctagcttgcttcaaaaaaggccatctatattt 617  Q
    ||||||| ||| ||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||    
T  15023944 tcaccttattgtggctagtatcaatctgatttctgattttggagtttctgattctgtcattgctagattgcttcaaaataagccatctatattt 15024037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 324 - 618
Target Start/End: Original strand, 14552318 - 14552612
Alignment:
Q  324 aagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagcaaaccctcgaattttgcgaagtagcttggaggaacgaa 423  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||  ||||  ||||||||| |||||| | ||||||| ||||  ||||||    
T  14552318 aagtttgaatattttctatccaaaggtgcttcttcatctcatattatttcattgttaacttcaaaccctcaaattttacaaagtagcctggacaaacgaa 14552417  T
Q  424 ttatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttacttcgacattcgacttatgttacttttaattccta 523  Q
    | |||||||||||| |||||||||| |  ||||| ||||| |||||||||   ||| |||||||| ||||||||||||  |  ||| ||  | || || |    
T  14552418 taatccctctttttgaattgttaagaatgttctttaaaactaacaaggatacaattgtttgcttaattcgacattcgaaatgggttgctagttatcccca 14552517  T
Q  524 tcaccttgttgcggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgacattgctagcttgcttcaaaaaaggccatctatatttt 618  Q
    ||||||| ||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||| || ||| |||||| ||||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||    
T  14552518 tcaccttattgtggctaatattaatctgatgtctgattttggcgtgtctcattctgtcattgctagattgcttcaaattaaaccatctatatttt 14552612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 111 - 617
Target Start/End: Original strand, 15019496 - 15020002
Alignment:
Q  111 gctgtatcataccttatcaacaatttcggtttctcacctctatctgctctcaaggctttcaacaacaatcaggttcttttcaaatccgcagaaaatccta 210  Q
    |||||||| || |||||||||||||| | ||||||| ||  ||| |||||||| |||||||||  ||  || |||| ||||||  || |||| |  |||     
T  15019496 gctgtatcttatcttatcaacaattttgatttctcaactgaatcagctctcaaagctttcaacctcaggcacgttcgtttcaataccccagataggcctg 15019595  T
Q  211 attcagttatcaatttcttcaaaaatcgtgatttttcacactctgatatacgaatcatcattagaaaagcaccatggttactttcattacaaccccacta 310  Q
    | ||||| ||||| ||||| ||||    ||  |||||| ||||  | || || |||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |    
T  15019596 actcagtcatcaacttcttaaaaagctatggcttttcaaactccaacattcgcatcatcatcaaaaaagcaccttggttactttcatcacaaccccacaa 15019695  T
Q  311 tataattttgcccaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagcaaaccctcgaattttgcgaagtagc 410  Q
     ||  | ||||| |||||| |||| ||||||||  | | | ||  ||| ||||||||| || ||||  |||| ||| ||||| ||||||| | | |||||    
T  15019696 aatgttattgccaaagtttcaattctttctatctgatgcttcttattcctctgatattattccattgttaactgcacaccctagaattttacaaggtagc 15019795  T
Q  411 ttggaggaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttacttcgacattcgacttatgtta 510  Q
    ||||||  |||||| |||||| ||||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||| ||||    ||     
T  15019796 ttggagagacgaataatccctttttttgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcatttt 15019895  T
Q  511 cttttaattcctatcaccttgttgcggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgacattgctagcttgcttcaaaaaaggccatc 610  Q
    ||  |||| || || ||| | ||| | |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  15019896 ctactaatccccatgaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatc 15019995  T
Q  611 tatattt 617  Q
    |||||||    
T  15019996 tatattt 15020002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 324 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 14850683 - 14850409
Alignment:
Q  324 aagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagcaaaccctcgaattttgcgaagtagcttggaggaacgaa 423  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||  ||||  ||||||||| |||||| | |  |||||| ||  ||||||    
T  14850683 aagtttgaatattttctatccaaaggtgcttcttcctctcatattatttcattgttaacttcaaaccctcaaattttacaatatagcttagacaaacgaa 14850584  T
Q  424 ttatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgcttacttcgacattcgacttatgttacttttaattccta 523  Q
    | |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||| |||||||  |||||| |||||| |||||  ||| |||    ||||| | ||| ||||    
T  14850583 taatccctctttttgaattattaagtaggttcttgaaatccagcaaggataccattctctgcttaattcgatgttccactgcatttactataaatcccta 14850484  T
Q  524 tcaccttgttgcggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgacattgctagcttgcttca 598  Q
    || | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||  |||||||    
T  14850483 tcgcattattgtggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgataatgtcattgctagtatgcttca 14850409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 537 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 14847760 - 14847680
Alignment:
Q  537 gctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgacattgctagcttgcttcaaaaaaggccatctatattt 617  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||  ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  14847760 gctattatcaattttaggactgattttggagtttgcgattctaccattgatagattgcttcaaaaaaggtcatctatattt 14847680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 98
Target Start/End: Original strand, 14511951 - 14512029
Alignment:
Q  20 aaccccaaaattcaataactctcttttgcaccaatacttctcgttcccaatttcactcacaagattctgcaccacaaca 98  Q
    |||| |||||| ||| ||| ||||||| |||||| |||| || |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14511951 aaccgcaaaatccaacaaccctctttttcaccaacacttttccttcccattttcactcacaagattctccaccacaaca 14512029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 55 - 98
Target Start/End: Original strand, 15007520 - 15007563
Alignment:
Q  55 acttctcgttcccaatttcactcacaagattctgcaccacaaca 98  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15007520 acttctcattcccaatttcactcacaagattcagcaccacaaca 15007563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 14 - 54
Target Start/End: Original strand, 14533650 - 14533690
Alignment:
Q  14 atcaacaaccccaaaattcaataactctcttttgcaccaat 54  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  14533650 atcaacaaccccaaaattcaacaaccctcttttgcaccaat 14533690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 316 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 14476197 - 14476142
Alignment:
Q  316 ttttgcccaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtt 371  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||| ||||||    
T  14476197 ttttgccaaagtttcaattttttctctccaaaggtgcttctacatctgacattgtt 14476142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 171; Significance: 2e-91; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 40 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 17357397 - 17357017
Alignment:
Q  40 ctcttttgcaccaatacttctcgttcccaatttcactcacaagattctgcaccacaaca------------------acacacccattcgctgtatcata 121  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||                  ||||  ||||| |||||||| ||    
T  17357397 ctcttctgcaccaatacttctcgttcccaatttcactcacaagattctccaccacaacatcagagtcagaattagtcacaccaccatttgctgtatcgta 17357298  T
Q  122 ccttatcaacaatttcggtttctcacctcta-tctgctctcaaggctttcaacaacaatcaggttcttttcaaatccgcagaaaatcctaattcagttat 220  Q
     || ||| ||||||| |||||| | |||  | |||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  17357297 tctcatcgacaattttggtttcactcctgaaatctgctttcaaagctttcaacaacaaacatgttcttttcaaatttgcagaaaa-cctaattcagttat 17357199  T
Q  221 caatttcttcaaaaatcgtgatttttcacactctgatatacgaatcatcattagaaaagcaccatggttactttcattacaaccccactatataattttg 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  17357198 caatttcttcaaaaatcgtgattttgcacactccgacattcgaatcatcaatagaaaagcaccatggtttgtttcattacaatcccacaatataattttg 17357099  T
Q  321 cccaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcataacagcaaaccctcgaattttgc 402  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||    
T  17357098 ccaaagtttgaattttttctatccaaaggtgctacttcatctgatattgtttcattcgtaactgcaaaccctacaattttgc 17357017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 426 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 38524952 - 38524890
Alignment:
Q  426 atccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgctta 488  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| ||  |||||||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  38524952 atccctctttttgaatcgttaagtaggtttctgaaaaccaagaagaatgccattctttgctta 38524890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University