View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21658_high_2 (Length: 694)

Name: NF21658_high_2
Description: NF21658
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21658_high_2
NF21658_high_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (16-686)||(44733215-44733890)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (16-686)||(32799378-32800056)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (16-686)||(45337631-45338309)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (19-686)||(48025526-48026191)
chr3 (16-134)||(48024408-48024536)
chr3 (16-134)||(48027150-48027276)
chr3 (16-102)||(48024965-48025051)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (17-686)||(13109236-13109924)
chr7 (118-585)||(11678223-11678693)
chr7 (594-685)||(11679096-11679183)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (310-585)||(8402217-8402494)
chr6 (638-686)||(8402514-8402562)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (436-517)||(24220929-24221010)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 548; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 44733890 - 44733215
Alignment:
Q  16 cagtcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattttgaataaaacacaagtcatagacagaggcatcaa----------atc 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||          |||    
T  44733890 cagtcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattttgaataaaacacaagtcataaacagaggcatcaacaacattacaatc 44733791  T
Q  106 aacatccttttctataatctttttctcctcctgcatggtaactttacaaccctcaaaattagcagcttcagtataccttgcagtctctaacatagcaata 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44733790 aacatccttttctataatctttttctcctcctgcatggtaactttacaaccctcaaaattagcagcttcagtataccttgcagtctctaacatagcaata 44733691  T
Q  206 ttgcatctagcataattgtcatccaaagttcctcttttctgagctaaaaaatttgcatcaactctatttgaaaaaacacgcaaggatgtcttcttccact 305  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44733690 ttgaatctagcataattgtcatccaaagttcctcttttctgagctaaaaaatttgaatcaactctatttggaaaaacacgcaaggatgtcttcttccact 44733591  T
Q  306 ccactggaaagctttttcctctcatttcaacaatcattaatttagatccataaagatcaaaaattgtgcatttcatattcttaaagtgcaaaaaatagtt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44733590 ccactggaaagctttttcctctcatttcaacaatcattaatttagatccataaggatcaaaaattgtgcatttcatattcttaaagtgcaaagaatagtt 44733491  T
Q  406 tttctccattatttgcccaacactcaaaagactttgatttatctcaggcacaaataaaacatctgaaatatattttatacctgaaagagttttaacagcc 505  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  44733490 tttctccatcatctgcccaacactcaaaagactttgatttatctcaggcacaaataaaacatctaaaatatattttatacctaaaagagtttcaacagcc 44733391  T
Q  506 acaactcctttgcctttgacctcaacatgttgtccattgccaatgacaactttggagtaaaaagattcatcaagttctttnnnnnnnnctaacattgtta 605  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||    
T  44733390 acaactcctttgcctttgaccttaacatgttgtccattgccaaagacaactttggagtaaaaagattcatcaagttcttt-aaaaaaactaacattgtta 44733292  T
Q  606 gtcatatgattggtgcatccactatctattaattagccatgtttctttgctactacatgctaaatagcaagaagccttaaa 686  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44733291 gtcatatgattggtgcatccactatct----attagccatgtttctttgctactacatgctaaatagcaagaagccttaaa 44733215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 521; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 521; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 32800056 - 32799378
Alignment:
Q  16 cagtcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattttgaataaaacacaagtcatagacagaggcatcaa----------atc 105  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||          |||    
T  32800056 cagtcttgacatcatcgctttcagcataatctaggaggtatccactttcattttgaaaaaaacacaagtcataaagagaggcatcaacaacattacaatc 32799957  T
Q  106 aacatccttttctataatctttttctcctcctgcatggtaactttacaaccctcaaaattagcagcttcagtataccttgcagtctctaacatagcaata 205  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32799956 aacatccttttctatgatctttttctcctcctgcatggtaactttacagccctcaaaattagcagcttcagtataccttgcagtctctaacatagcaata 32799857  T
Q  206 ttgcatctagcataattgt---catccaaagttcctcttttctgagctaaaaaatttgcatcaactctatttgaaaaaacacgcaaggatgtcttcttcc 302  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32799856 ttgcatctagcataattgttgtcatccaaagttcctcttttctgagctgaaaaatttgcatcaactctatttggaaaaacacgcaaggatgtcttcttcc 32799757  T
Q  303 actccactggaaagctttttcctctcatttcaacaatcattaatttagatccataaagatcaaaaattgtgcatttcatattcttaaagtgcaaaaaata 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32799756 actccactggaaagctttttcctctcatttcaacaatcattaatttagatccatcaggatcaaaaattgtgcatttcatattcttaaagtgcaaagaata 32799657  T
Q  403 gtttttctccattatttgcccaacactcaaaagactttgatttatctcaggcacaaataaaacatctgaaatatattttatacctgaaagagttttaaca 502  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  32799656 gtttttctccatcatttgtccaacactcaaaagactttgatttatctcaggcacaaataaaacatctgaaatatattttatacctgagagagtttcaaca 32799557  T
Q  503 gccacaactcctttgcctttgacctcaacatgttgtccattgccaatgacaactttggagtaaaaagattcatcaagttctttnnnnnnnnctaacattg 602  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||        |||||||||    
T  32799556 gctacaactcctttgcctttgacctcaacatgttgtccattgccaatgacaactttggagtaaaaaaattcatcaagttcttt-aaaaaaactaacattg 32799458  T
Q  603 ttagtcatatgattggtgcatccactatctattaattagccatgtttctttgctactacatgctaaatagcaagaagccttaaa 686  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32799457 ttagtcatatgattggtgcatccactatct----attagccatgtttctttgctactacatgctaaatagcaagaagccttaaa 32799378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 521; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 521; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 45338309 - 45337631
Alignment:
Q  16 cagtcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattttgaataaaacacaagtcatagacagaggcatcaa----------atc 105  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||          |||    
T  45338309 cagtcttgacatcatcgctttcagcataatctaggaggtatccactttcattttgaaaaaaacacaagtcataaagagaggcatcaacaacattacaatc 45338210  T
Q  106 aacatccttttctataatctttttctcctcctgcatggtaactttacaaccctcaaaattagcagcttcagtataccttgcagtctctaacatagcaata 205  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45338209 aacatccttttctatgatctttttctcctcctgcatggtaactttacagccctcaaaattagcagcttcagtataccttgcagtctctaacatagcaata 45338110  T
Q  206 ttgcatctagcataattgt---catccaaagttcctcttttctgagctaaaaaatttgcatcaactctatttgaaaaaacacgcaaggatgtcttcttcc 302  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  45338109 ttgcatctagcataattgttgtcatccaaagttcctcttttctgagctgaaaaatttgcatcaactctatttggaaaaacacgcaaggatgtcttcttcc 45338010  T
Q  303 actccactggaaagctttttcctctcatttcaacaatcattaatttagatccataaagatcaaaaattgtgcatttcatattcttaaagtgcaaaaaata 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45338009 actccactggaaagctttttcctctcatttcaacaatcattaatttagatccatcaggatcaaaaattgtgcatttcatattcttaaagtgcaaagaata 45337910  T
Q  403 gtttttctccattatttgcccaacactcaaaagactttgatttatctcaggcacaaataaaacatctgaaatatattttatacctgaaagagttttaaca 502  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  45337909 gtttttctccatcatttgtccaacactcaaaagactttgatttatctcaggcacaaataaaacatctgaaatatattttatacctgagagagtttcaaca 45337810  T
Q  503 gccacaactcctttgcctttgacctcaacatgttgtccattgccaatgacaactttggagtaaaaagattcatcaagttctttnnnnnnnnctaacattg 602  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||        |||||||||    
T  45337809 gctacaactcctttgcctttgacctcaacatgttgtccattgccaatgacaactttggagtaaaaaaattcatcaagttcttt-aaaaaaactaacattg 45337711  T
Q  603 ttagtcatatgattggtgcatccactatctattaattagccatgtttctttgctactacatgctaaatagcaagaagccttaaa 686  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45337710 ttagtcatatgattggtgcatccactatct----attagccatgtttctttgctactacatgctaaatagcaagaagccttaaa 45337631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 686
Target Start/End: Original strand, 48025526 - 48026191
Alignment:
Q  19 tcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattttgaataaaacacaagtcatagacagaggcatcaa----------atcaac 108  Q
    |||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||||||||          ||||||    
T  48025526 tcttgacatcgtcgctatctacataaactaggaggtctccactttcatcttgaa--aaacacaagtcataaacagaggcatcaacaacattacaatcaac 48025623  T
Q  109 atccttttctataatctttttctcctcctgcatggtaactttacaaccctcaaaattagcagcttcagtataccttgcagtctctaacatagcaatattg 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  48025624 atccttttctataatctttttctccttatgcatggtagctttacaaccctcaaaattagcagcttcagtataccttgcagtctccaacatagcaatatta 48025723  T
Q  209 catctagcataattgtcatccaaagttcctcttttctgagctaaaaaatttgcatcaactctatttgaaaaaacacgcaaggatgtcttcttccactcca 308  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||  |||||||||| |||||| || |      ||||| ||||||||| | ||||||||| |    
T  48025724 catctagcataattgccatccaaagttccctttttttgagcagaaaaatttgcttcaactttact------aacacacaaggatgtttgcttccactcta 48025817  T
Q  309 ctggaaagctttttcctctcatttcaacaatcattaatttagatccataaagatcaaaaattgtgcatttcatattcttaaagtgcaaaaaatagttttt 408  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| | || ||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||    
T  48025818 ctggaaagcttttgcctcacatttcaacaatcatcaatttagatctagaaggataaaaaatagtgcatttcatatccttaaaatgcaaagaatatttttt 48025917  T
Q  409 ctccattatttgcccaacactcaaaagactttgatttatctcaggcacaaataaaacatctgaaatatattttatacctgaaagagttttaacagccaca 508  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||    
T  48025918 ctccatcatttgcccaacactcaaaagactttaatttatctcaggcacaaataaaacatctaaaatatattttatacctgagagagtttcaaca-ccaca 48026016  T
Q  509 actcctttgcctttgacctcaacatgttgtccattgccaatgacaactttggagtaaaaagattcatcaagttcttt-nnnnnnnnctaacattgttagt 607  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||         ||||||||||||||    
T  48026017 attcctttgcctttgacctcaacatgttgttcattgtcaatgacaactttggagtaaaatgattcatcaagttctttaaaaaaaaactaacattgttagt 48026116  T
Q  608 catatgattggtgcatccactatctattaattagccatgtttctttgctactacatgctaaatagcaagaagccttaaa 686  Q
    |||| ||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  48026117 catacgattggtgcatccactatct----attagccatgtttctttgctactacatgctaaacagcaaaaagccttaaa 48026191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 16 - 134
Target Start/End: Original strand, 48024408 - 48024536
Alignment:
Q  16 cagtcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattttgaataaaacacaagtcatagacagaggcatca----------aatc 105  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| | ||||||||          ||||    
T  48024408 cagtcttgacatcgtcgctttctgcataaactaggaggtctccactttcattttgaaacacacacaagtcatagataaaggcatcaacaacattacaatc 48024507  T
Q  106 aacatccttttctataatctttttctcct 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  48024508 aacatccttttctataatctttttctcct 48024536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 134
Target Start/End: Original strand, 48027150 - 48027276
Alignment:
Q  16 cagtcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattttgaataaaacacaagtcatagacagaggcatca----------aatc 105  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||          ||||    
T  48027150 cagtctagacatcgtcgctttctgcataatctaggaggtcttcattttcattttga--aaaacacaagtcataaacagaggcatcaacaacattacaatc 48027247  T
Q  106 aacatccttttctataatctttttctcct 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  48027248 aacatccttttctataatctttttctcct 48027276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 102
Target Start/End: Original strand, 48024965 - 48025051
Alignment:
Q  16 cagtcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattttgaataaaacacaagtcatagacagaggcatcaa 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| | || |||||||||||| |||||||||||||    
T  48024965 cagtcttgacatcatcactttctgcataaactaggagatctccactttcattttggaaaacacacaagtcataaacagaggcatcaa 48025051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 686
Target Start/End: Original strand, 13109236 - 13109924
Alignment:
Q  17 agtcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattttgaataaaacacaagtcatagacagaggcatcaa----------atca 106  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||          || |    
T  13109236 agtcttgacatcgtcgctttttgcataatctaggaggtctccactttcattttgaaaaacacacaagtcataaacagaggcatcaacaacattacaatta 13109335  T
Q  107 acatccttttctataatctttttctcctcctgcatggtaactttacaaccctcaaaattagcagcttcagtataccttgcagtctctaacatagcaatat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13109336 acatccttttctataatctttttctcctcatgcatggtaattttacaaccctcaaaattagcagcttcaatataccttgcagtctctaacatagcgatat 13109435  T
Q  207 tgcatctagcata--------------------attgtcatccaaagttcctcttttctgagctaaaaaatttgcatcaactctatttgaaaaaacacgc 286  Q
    |||||||||||||                    |||| ||||||||||| |  |||| |||||| |||||||||  ||||||||| |      |||||||    
T  13109436 tgcatctagcatagcgatattgcatctagcataattgccatccaaagtttcctttttttgagctgaaaaatttgtttcaactctact------aacacgc 13109529  T
Q  287 aaggatgtcttcttccactccactggaaagctttttcctctcatttcaacaatcattaatttagatccataaagatcaaaaattgtgcatttcatattct 386  Q
    |||||||| | ||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| ||||||||||||| ||    
T  13109530 aaggatgtttgcttccactctattggaaagcttttgcctctcatttcaacaatcattaatttagatccaaaaggataaaaaatagtgcatttcatatcct 13109629  T
Q  387 taaagtgcaaaaaatagtttttctccattatttgcccaacactcaaaagactttgatttatctcaggcacaaataaaacatctgaaatatattttatacc 486  Q
    |||| |||||| |||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13109630 taaaatgcaaagaatattttttctccatcatttgctcaacactcaaaagactttgatttatctcaggcacaaataaaacatttgaaatatattttatacc 13109729  T
Q  487 tgaaagagttttaacagccacaactcctttgcctttgacctcaacatgttgtccattgccaatgacaactttggagtaaaaagattcatcaagttctttn 586  Q
    |||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  13109730 tgagtgagtttcaacagtcacaactcctttgcctttgacctcaacatgttgtctgttaccaatgacaactttggagtaaaaagattcatcaagctcttt- 13109828  T
Q  587 nnnnnnnctaacattgttagtcatatgattggtgcatccactatctattaattagccatgtttctttgctactacatgctaaatagcaagaagccttaaa 686  Q
           ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13109829 aaaaaaactaacattgttagtcgtatgatcggtgcatccactatc----aattagccatgtttctttgctactacatgctaaatagcaagaaaccttaaa 13109924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 118 - 585
Target Start/End: Original strand, 11678223 - 11678693
Alignment:
Q  118 tataatctttttctcctcctgcatggtaactttacaaccctcaaaattagcagcttcagtataccttgcagtctctaacatagcaata---ttgcatcta 214  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| | |  ||||||| || ||||| |||||||||||| || ||||||| |||||||   |||||||||    
T  11678223 tataatatttttctcctcttgcatagtaactttaaaccaatcaaaatcagtagctttagtataccttgcggtatctaacaaagcaataatattgcatcta 11678322  T
Q  215 gcataattgtcatccaaagttcctcttttct-gagctaaaaaatttgcatcaactctatttgaaaaaacacgcaaggatgtcttcttccactccactgga 313  Q
     ||||| ||||||| |||||| | ||||||| ||||  |||||||| | || ||| || ||| ||||| | |||||||||| | ||||||||| ||| ||    
T  11678323 acataaatgtcatcaaaagttac-cttttctcgagccgaaaaattttcttcgactttacttggaaaaataagcaaggatgtttacttccactctacttga 11678421  T
Q  314 aagctttttcctctcatttcaacaatcattaatttagatccataaagatcaaaaattgtgcatttcatattcttaaagtgcaaaaaatagtttttctcca 413  Q
    |||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| |  ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |    
T  11678422 aagctttagcctctcatttcaaaaatcattaatttagatccataaggataaaaactattgcattttatattcttaaattgcaaagaatagtttttctcaa 11678521  T
Q  414 ttatttgcccaacactcaaaagactttgatttatctcaggcacaaataaaacatctgaaatatattttatacctgaaagagttttaacagccacaactcc 513  Q
    | ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| || || |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||     
T  11678522 tcatttgtccaacattcaaaagactttgatgtatctaagacaaaaataaaatatcagaaatatattttatacttgaaagagtttcaatagccacaactca 11678621  T
Q  514 tttgcctttgacctcaacatgttgtccattgccaatgacaactttggagtaaaaagattcatcaagttcttt 585  Q
    |||| ||||||||| || ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  11678622 tttgtctttgaccttaagatgttgtccattgcctataacaactttgtagtaaaaagattcatcaaattcttt 11678693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 594 - 685
Target Start/End: Original strand, 11679096 - 11679183
Alignment:
Q  594 ctaacattgttagtcatatgattggtgcatccactatctattaattagccatgtttctttgctactacatgctaaatagcaagaagccttaa 685  Q
    |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||    |||||||||||||| || ||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  11679096 ctaacaatgttagttagatgattggtgcatccactatct----attagccatgtttcattactactacaaactaaataacaagaagccttaa 11679183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 155; Significance: 6e-82; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 310 - 585
Target Start/End: Original strand, 8402217 - 8402494
Alignment:
Q  310 tggaaagctttttcctctcatttcaacaatcattaatttagatccataaagat--caaaaattgtgcatttcatattcttaaagtgcaaaaaatagtttt 407  Q
    |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | || || |||   |||||| ||||||| ||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  8402217 tggaaaacttttgcctctcattttaacaatcattaatttagtttcagaaggatgaaaaaaatagtgcattccatatccttaaaatgcaaagaatagtttt 8402316  T
Q  408 tctccattatttgcccaacactcaaaagactttgatttatctcaggcacaaataaaacatctgaaatatattttatacctgaaagagttttaacagccac 507  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||     
T  8402317 tctccatcatttgtccaacactcaaaagactttgatttatcccaaacacaaataaaacatctgtaatatattttatacttgagagagtttcaacggccat 8402416  T
Q  508 aactcctttgcctttgacctcaacatgttgtccattgccaatgacaactttggagtaaaaagattcatcaagttcttt 585  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8402417 aactcctttgcctttgacatcaacatgtagtcaattcccaatgacaactttggagtaaaaagattcatcaagttcttt 8402494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 638 - 686
Target Start/End: Original strand, 8402514 - 8402562
Alignment:
Q  638 ttagccatgtttctttgctactacatgctaaatagcaagaagccttaaa 686  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8402514 ttagccatgtttctttgctacaacatactaaatagcaagaagccataaa 8402562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 436 - 517
Target Start/End: Original strand, 24220929 - 24221010
Alignment:
Q  436 actttgatttatctcaggcacaaataaaacatctgaaatatattttatacctgaaagagttttaacagccacaactcctttg 517  Q
    ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| | |||||||||||||||||    
T  24220929 actttaatttatctcaggtataaataaaacatctgaaatatattttatatcttagagagtttgagcagccacaactcctttg 24221010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University