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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF21661_low_2 (Length: 791)
Name: NF21661_low_2
Description: NF21661
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF21661_low_2 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 695; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 695; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 54 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 43037763 - 43037032
Alignment:
| Q |
54 |
actgcagaagaaatggttttgctgttgcacaaacgtccattctgagtcatgactcatgagagtgctttgagctagggggaaaataacaattaggaaaata |
153 |
Q |
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||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
43037763 |
actgctgaagaaatggttttgctgttgcacaaacgtccattctgagtcatgactcatgagagtgctttgagctagggggaaaataacaattaggaaaata |
43037664 |
T |
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| Q |
154 |
gatattacgttatatttatgatttatggtgaacaatcactgggannnnnnngacctaatacttgttgtattgaaacttaacttcacatgataatttttcg |
253 |
Q |
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| T |
43037663 |
gatattacgttatatttatgatttatggtgaacaatcactgggatttttttgacctaatacttgttgtattgaaacttaacttcacatgataatttttcg |
43037564 |
T |
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| Q |
254 |
attcttatcgactcatatttctctattgtttaagggtgacgtttgtgttatattacatgtcgatataattgttttataacagagtttatgcatgatttat |
353 |
Q |
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| T |
43037563 |
attcttatcgactcatatttctctattgtttaagggtgacgtttgtgttatattacatgtcgatataattgttttataacagagtttatgcatgatttat |
43037464 |
T |
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| Q |
354 |
aactatgattgtcaaactctcgagttaacttttcaattcttgcgagcttatgattataggtcacaaaactaatttaactcgtatgtaaactctctttttg |
453 |
Q |
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| T |
43037463 |
aactatgattgtcaaactctcgagttaacttttcaattcttgcgagcttatgattataggtcacaaaactaatttaactcgtatgtaaactctctttttg |
43037364 |
T |
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| Q |
454 |
ataaactcatgacttcgaataaattctgataaaattggtagatcttcgtcactttcgggtacccatcggatggcagccctttcggggcttccttagggac |
553 |
Q |
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| T |
43037363 |
ataaactcatgacttcgaataaattctgataaaattggtagatcttcgtcactttcgtgtacccatcggatggcagccctttcggggcttccttagggac |
43037264 |
T |
|
| Q |
554 |
cgattaactctgcgtagattgactgaacgcagaaagccttccaggtgatcgtgtttatcacatgatttatcgttactcatgtcagcattctcacttctga |
653 |
Q |
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| T |
43037263 |
cgattaactctgcgtagattgactgaacgcagaaagccttccaggtgatcgtgtttatcacatgatttatcgttactcatgtcagcattctcacttctga |
43037164 |
T |
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| Q |
654 |
tatctccaggtgttgtcaccaaaatccttccccgattgacaaaacatccttattgattttactcgtagttaatgagtttaccatttacattaatttttcc |
753 |
Q |
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| T |
43037163 |
tatctccaggtgttgtcaccaaaaaccttccccgattgacaaaacatccttattgattttactcgtagttaatgagtttaccatttacattaatttttcc |
43037064 |
T |
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| Q |
754 |
ttaaaatgtaaattttggtcaatattcttcga |
785 |
Q |
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| T |
43037063 |
ttaaaatgtaaattttggtcaatattattcga |
43037032 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 661; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 60 - 785
Target Start/End: Original strand, 739102 - 739827
Alignment:
| Q |
60 |
gaagaaatggttttgctgttgcacaaacgtccattctgagtcatgactcatgagagtgctttgagctagggggaaaataacaattaggaaaatagatatt |
159 |
Q |
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| T |
739102 |
gaagaaatggttttgctgttgcacaaacgtccattctgagtcatgactcatgagagtgctttgagctagggggaaaataacaattaggaaaatagatatt |
739201 |
T |
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| Q |
160 |
acgttatatttatgatttatggtgaacaatcactgggannnnnnngacctaatacttgttgtattgaaacttaacttcacatgataatttttcgattctt |
259 |
Q |
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| T |
739202 |
acgttatatttatgatttatggtgaacaatcactgggatttttttgacctaatacttgttgtattgaaacttaacttcacatgataatttttcgattctt |
739301 |
T |
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| Q |
260 |
atcgactcatatttctctattgtttaagggtgacgtttgtgttatattacatgtcgatataattgttttataacagagtttatgcatgatttataactat |
359 |
Q |
| |
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|
| T |
739302 |
atcgactcatatttctctattgtttaagggtgaagtttgtgttatattacatgtcgaaataattgttttataacagagtttatgcatgatttataactat |
739401 |
T |
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| Q |
360 |
gattgtcaaactctcgagttaacttttcaattcttgcgagcttatgattataggtcacaaaactaatttaactcgtatgtaaactctctttttgataaac |
459 |
Q |
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| T |
739402 |
gattgtcaaactctcgagttaacttttcaattcttgcgagcttatgattataggtcacaaaactaatttaactcgtatgtaaactctctttttgataaac |
739501 |
T |
|
| Q |
460 |
tcatgacttcgaataaattctgataaaattggtagatcttcgtcactttcgggtacccatcggatggcagccctttcggggcttccttagggaccgatta |
559 |
Q |
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| T |
739502 |
tcatgacttcgaataaattctgataaaattggtagatcttcatcactttcgtgtacccatcggatggcagccctttcggggcttcctaagggaccgatta |
739601 |
T |
|
| Q |
560 |
actctgcgtagattgactgaacgcagaaagccttccaggtgatcgtgtttatcacatgatttatcgttactcatgtcagcattctcacttctgatatctc |
659 |
Q |
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| T |
739602 |
actctgcgtagattgactgaacgcagaaagccttccaggtgatagtgtttatcacatgatttatagttactcatgtcaacattcacacttctgatatctc |
739701 |
T |
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| Q |
660 |
caggtgttgtcaccaaaatccttccccgattgacaaaacatccttattgattttactcgtagttaatgagtttaccatttacattaatttttccttaaaa |
759 |
Q |
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| T |
739702 |
caggtgttgtcaccaaaaaccttccccgattgacaaaacatccttattgattttactcgtagttaatgagtttaccatttacattaatttttccttaaaa |
739801 |
T |
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| Q |
760 |
tgtaaattttggtcaatattcttcga |
785 |
Q |
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| T |
739802 |
tgtaaattttggtcaatattattcga |
739827 |
T |
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