View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21674_high_1 (Length: 709)

Name: NF21674_high_1
Description: NF21674
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21674_high_1
NF21674_high_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (19-690)||(20632667-20633335)
chr5 (19-687)||(20648763-20649428)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 582; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 582; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 690
Target Start/End: Original strand, 20632667 - 20633335
Alignment:
Q  19 gacatcatcaggagcagtatactcgggaacatgatcagtatacaaaacttcaatgctcttattgaagcgtttaataccatatctcataaagatgtaacca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| |  |||||||||||||    
T  20632667 gacatcatcaggagcagtatactccggaacatgatcagtatacaaaactttcatgctcttattgaagtgtttaaaatcatatcccccaaagatgtaacca 20632766  T
Q  119 tcatcgatatcccaattgcgaaacataccagtatcaaatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagtttccatagctgaatcat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20632767 tcatcgatatcccaattgcgaaacataccagtatcatatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagtttccatagctgaatcat 20632866  T
Q  219 tataaatgtaaacaacatttgcatcctggccaactaaagcaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtattgaaacaacttcaatacc 318  Q
    |||||||||||||||   ||| ||| |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20632867 tataaatgtaaacaa---ttgtatcgtggccagcgaaaggaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtattgaaacaacttcaatacc 20632963  T
Q  319 attcacaaatgcatatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatgaattctttcattaaatat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20632964 attcacaaatgcatatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatgaattctttcattaaatat 20633063  T
Q  419 gctatgttaaagtaatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccagcagtgacagataagaaagcttttgagatgttgaagt 518  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633064 gctaagttaaagtaatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccggcagtgacagataagaaagcttttgagatgttgaagt 20633163  T
Q  519 ccaaataagaataagggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattgaaagattctagctgtcat 618  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633164 ccaaataagaaaaagggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattgaaagattctagctgtcat 20633263  T
Q  619 ataaggaacttcaggaatggattcaagatttgaagaaagtgcttttgctgttaaggacttgttgatgatgtc 690  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20633264 ataaggaacttcaggaatggattcaagatttgaagaaagtgcttttgctgttaaggacttattgatgatgtc 20633335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 563; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 687
Target Start/End: Original strand, 20648763 - 20649428
Alignment:
Q  19 gacatcatcaggagcagtatactcgggaacatgatcagtatacaaaacttcaatgctcttattgaagcgtttaataccatatctcataaagatgtaacca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| |||||||  ||| |  |  |||||||||||||    
T  20648763 gacatcatcaggagcagtatactccggaacatgatcagtatacaaaactttcatgctcctattgaagggtttaatttcatctaccccaaagatgtaacca 20648862  T
Q  119 tcatcgatatcccaattgcgaaacataccagtatcaaatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagtttccatagctgaatcat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20648863 tcatcgatatcccaattgcgaaacataccagtatcatatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagtttccatagctgaatcat 20648962  T
Q  219 tataaatgtaaacaacatttgcatcctggccaactaaagcaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtattgaaacaacttcaatacc 318  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20648963 tataaatgtaaacaacttttgtatcgtggccaactaaaggaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtattgaaacaacttcaatacc 20649062  T
Q  319 attcacaaatgcatatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatgaattctttcattaaatat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649063 attcacaaatgcatatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatgaattctttcattaaatat 20649162  T
Q  419 gctatgttaaagtaatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccagcagtgacagataagaaagcttttgagatgttgaagt 518  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  20649163 gctaagttaaagtaatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccagcagtgacagataagaaagcttttgagatattgaaat 20649262  T
Q  519 ccaaataagaataagggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattgaaagattctagctgtcat 618  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649263 tcaaataagaaaaagggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattgaaagattctagctgtcat 20649362  T
Q  619 ataaggaacttcaggaatggattcaagatttgaagaaagtgcttttgctgttaaggacttgttgatgat 687  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649363 ataaggaacttcaggaatggattgaagatttgaag---gtgcttttgctgttaaggacttgttgatgat 20649428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University