View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21675_high_13 (Length: 376)

Name: NF21675_high_13
Description: NF21675
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21675_high_13
NF21675_high_13
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-375)||(7413409-7413783)
chr3 (1-375)||(7412910-7413285)
chr3 (29-348)||(30495400-30495734)
chr3 (32-163)||(30446936-30447068)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Original strand, 7413409 - 7413783
Alignment:
Q  1 tcttctaactctttgttgtccttttgtgttattcaacgcagttagtaatccttttagttgcctaatctctcattccaacttttgtttcatatcagttgtc 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7413409 tcttctaactctttgttgtccctttgtgttattcaacgcagttagtaatccttttagttgcctaatctcccattccaacttttgtttcatatcagttgtc 7413508  T
Q  101 ttacaagcttaataaattcaacatggagctgttctttttctctctgtataaattgatattcaaatgacataaatattatgctatcttaacctaacaaaca 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7413509 ttacaagcttaatgaattcaacatggagctgttctttttctctctgtataaattgatattcaaatgacataaatactatgctatcttaacctaacaaaca 7413608  T
Q  201 tgattttgatcagtaaagaaagggaatatagaccttatgattttcaactatatttttgaattcttcatctgcatttaggttatccagggcagcgatttga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7413609 tgattttgatcagtaaagaaagggaatatagaccttatgattttcaactatatttttgaattcttcatctgcatttaggttatccagggcagcgatttga 7413708  T
Q  301 agatatatatttttcattgcattttacatggacaataagtaacatcagagttaaacacaaccttctacaatctac 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7413709 agatatatatttttcattgcattttacatggacaataagtaacatcagagttaaacacaaccttctacaatctac 7413783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 7413285 - 7412910
Alignment:
Q  1 tcttctaactctttgttgtccttttgtgttattcaacgcagttagtaatccttttagttgcctaatctctcattccaacttttgtttcatatc-agttgt 99  Q
    |||||||| ||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  7413285 tcttctaaatctttcttgtccctt-gtgttattcaacgcagttagtgatccttttagttgcccaatcactcattcaaacttttgtttcatatccagttgt 7413187  T
Q  100 cttacaagcttaataaattcaacatggagctgttcttttt---ctctctgtataaattgatattcaaatgacataaatattatgcta-tcttaacctaac 195  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||   |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||    
T  7413186 cttacaagcttaacgaattcaacatggagctattcttttttctctctttgtataaattgatattcaaatggcataaatactatgctaattttaacctaac 7413087  T
Q  196 aaacatgattttgatcagtaaagaaagggaatatagaccttatgattttcaactatatttt--tgaattcttcatctgcatttaggttatccagggcagc 293  Q
    |||||| |||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |    
T  7413086 aaacataattttgatcag-----aaagggaatatagaccttatgattttcaactatatattcttgaattcttcatcagcatttaggttatccagagcaac 7412992  T
Q  294 gatttgaagatatatatttttcattgcattttacatggacaataagtaacatcagagttaaacacaaccttctacaatctac 375  Q
    ||| |||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7412991 gatctgaagagatacatttttcattgcattttgcatggacagtaagaaaattcagagttaaacacaaccttctacaatctac 7412910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 29 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 30495734 - 30495400
Alignment:
Q  29 ttattcaacgcagttagtaatccttttagttgcctaatctctcattccaacttttgtttcatat-cagttgtcttacaagcttaataaattcaacatgga 127  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |    
T  30495734 ttattcaacacaattagtgatccttttagttgcccaatctcccattccaacttttgtttcatatccagttgtcttacaagcttaacgaattcaacatgaa 30495635  T
Q  128 gctgttc-tttttctctctg--tataaattgatattcaaatgacataaatattatgctatc-ttaacctaacaaacatgattttgatcagt--------- 214  Q
    | ||||| |||||||| |||  ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| | || ||||||||||||  ||||||||||||             
T  30495634 gttgttcttttttctccctgtatataaattgatatttgaatgacataaatactatgctaacgttgacctaacaaacacaattttgatcagtaacaaaaca 30495535  T
Q  215 -aaagaaagggaatatagaccttatgattttcaactatatttttgaattcttcatctgcatttaggttatccagggcagcgatttgaagatatatatttt 313  Q
     || |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||| ||||    
T  30495534 aaaggaaagggattatagaccttatgactttcaaccatatttgcgaattcttcatctgcatttaggttatccagagcagcgatccgaagagatatgtttt 30495435  T
Q  314 tcattgcattttacatggacaataagtaacatcag 348  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30495434 ccattgcattttgcatggacaataagtaacatcag 30495400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 32 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 30447068 - 30446936
Alignment:
Q  32 ttcaacgcagttagtaatccttttagttgcctaatctctcattccaacttttgtttcatatc-agttgtcttacaagcttaataaattcaacatggagct 130  Q
    |||||| || ||||| ||||||||||||||  ||||||   ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| | || | |||||||||    
T  30447068 ttcaacacacttagtgatccttttagttgctgaatctccagttccagcttttgtttcatatccagttgtctttcaagctgaatgattttagcatggagct 30446969  T
Q  131 gttctttttctctctgtataaattgatattcaa 163  Q
    ||||||||| | ||||||||||| || ||||||    
T  30446968 gttctttttgtttctgtataaatagaaattcaa 30446936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University