View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21675_high_36 (Length: 334)

Name: NF21675_high_36
Description: NF21675
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21675_high_36
NF21675_high_36
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (13-314)||(1541489-1541790)
chr7 (24-314)||(1604237-1604527)
chr7 (13-314)||(1088490-1088791)
chr7 (13-314)||(1557433-1557734)
chr7 (13-314)||(1595896-1596197)
chr7 (13-314)||(1105839-1106140)
chr7 (13-314)||(1550723-1551024)
chr7 (13-313)||(2321032-2321332)
chr7 (13-311)||(2329530-2329828)
chr7 (13-311)||(2337429-2337727)
chr7 (13-315)||(3955480-3955782)
chr7 (13-314)||(9532075-9532375)
chr7 (13-314)||(30792145-30792447)
[»] scaffold0491 (2 HSPs)
scaffold0491 (13-314)||(1139-1440)
scaffold0491 (13-314)||(6026-6327)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (13-314)||(18739260-18739561)
chr8 (13-314)||(18744224-18744525)
chr8 (13-314)||(18749185-18749486)
chr8 (13-314)||(18723533-18723834)
chr8 (155-204)||(18732996-18733045)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (13-314)||(19250247-19250547)
chr1 (66-276)||(41668852-41669062)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (66-276)||(42977778-42977988)
chr4 (66-276)||(54122815-54123025)
chr4 (66-276)||(48712437-48712646)
chr4 (11-207)||(16880134-16880331)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (66-308)||(36620505-36620744)
chr5 (66-276)||(8873098-8873309)
chr5 (66-308)||(39102260-39102501)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (66-276)||(31657914-31658124)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (66-276)||(1257708-1257918)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 290; Significance: 1e-163; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 1541790 - 1541489
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1541790 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggaaccggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggaaaggttg 1541691  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541690 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 1541591  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541590 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 1541491  T
Q  313 gt 314  Q
    ||    
T  1541490 gt 1541489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 24 - 314
Target Start/End: Original strand, 1604237 - 1604527
Alignment:
Q  24 agcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaag 123  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1604237 agcaacggaagacttcgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaag 1604336  T
Q  124 aaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagc 223  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1604337 aaacttcacggctatgaagaagaggttccatcttttgatgagagtttcaaaaatgaagtgaaaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagc 1604436  T
Q  224 tttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgatgt 314  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1604437 tttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgatgt 1604527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Original strand, 1088490 - 1088791
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1088490 gacattattaaagcaacagaggactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatagaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 1088589  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  1088590 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcaaaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcacaaaca 1088689  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 312  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1088690 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgat 1088789  T
Q  313 gt 314  Q
    ||    
T  1088790 gt 1088791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 1557734 - 1557433
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  1557734 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggtaatgttg 1557635  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  1557634 ttgctttaaagaaacttcacggctatgaagctgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcacaaaca 1557535  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 312  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1557534 tatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatatatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgat 1557435  T
Q  313 gt 314  Q
    ||    
T  1557434 gt 1557433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Original strand, 1595896 - 1596197
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  1595896 gacataatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacgggagcatatggaagtgtttacagggcacaattaccaagtggaaaggttg 1595995  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1595996 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcaaaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 1596095  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 312  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  1596096 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 1596195  T
Q  313 gt 314  Q
    ||    
T  1596196 gt 1596197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Original strand, 1105839 - 1106140
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1105839 gacataatcaaagcaacggaagactttgacatgagatattgcattggaactggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 1105938  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1105939 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagtcgaggttccatcttttgatgagagtttcaaaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 1106038  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 312  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  1106039 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctatcttgtatgatgat 1106138  T
Q  313 gt 314  Q
    ||    
T  1106139 gt 1106140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 1551024 - 1550723
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1551024 gacattattaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaaccggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 1550925  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  1550924 tcgccttaaagaaacttcatggctatgaagcagacgttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattgacagaaataaagcaccgaca 1550825  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 312  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||    
T  1550824 tattgtgaagcttcatggattctgcttgcacaagagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagagaggaagcttgttcactgtcttgtatgacgat 1550725  T
Q  313 gt 314  Q
    ||    
T  1550724 gt 1550723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 13 - 313
Target Start/End: Original strand, 2321032 - 2321332
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    |||||||| | |||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  2321032 gacatcattagagcaacggaagattttgacattagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggaaaagttg 2321131  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2321132 ttgccttgaagaaacttcacggctatgaagcagagctgccagcttttgatgaaagttttagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaaa 2321231  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  2321232 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctaccattacatggagagaggaagtttgttctccgtcttgtatgatgat 2321331  T
Q  313 g 313  Q
    |    
T  2321332 g 2321332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 13 - 311
Target Start/End: Original strand, 2329530 - 2329828
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  2329530 gacatcattaaagcaacagaagactttgacattagatattgtattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggaaaagttg 2329629  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  2329630 ttgcaataaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagatataaagcaccggca 2329729  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatga 311  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||  | |||| |||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2329730 tatcgtgaagctttatggattctgtctccacagaagaatcatgtttttgatctacgagtacatggagaaaggtagcttgttctctgtcttgtatgatga 2329828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 13 - 311
Target Start/End: Original strand, 2337429 - 2337727
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||    
T  2337429 gacattattaaagcaacagaagactttgacattagatattgcattgggacaggagcatatggaagtgtttataaggcacaattaccatgtggaaaagttg 2337528  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  2337529 ttgcaataaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgaaaatattatcagatataaagcaccgaca 2337628  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatga 311  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||  | |||| |||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  2337629 tatcgtgaagctttatggattctgtctccacagaagaatcatgtttttgatctacgagtacatggagaaaggtagcttgttctctggcttgtatgatga 2337727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 13 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 3955782 - 3955480
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  3955782 gacatcattagagcaacaaaagactttgacattaaatattgcattggaaaaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggtaaatttg 3955683  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    ||||  |||| ||||||||  |||| ||||| ||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |    
T  3955682 ttgcactaaaaaaacttcatagctacgaagcagaggtgccatctcttgatgaaagttttagaaatgaagtgaaaatattatcagaaataaagcacagaaa 3955583  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 312  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  3955582 tattgtgaagctttatggattttgtttgcataaaagagttatgtttttgatctatcagtatatggaaaaaggaagcttgttctccgtcttgcatgatgat 3955483  T
Q  313 gtc 315  Q
    |||    
T  3955482 gtc 3955480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 9532375 - 9532075
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcat-tggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggtt 111  Q
    ||||| || ||||||| | || |||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||| |||    
T  9532375 gacattattaaagcaatacaacactttgacattagatattgcatatgga-caggagcatatggaagtgtatacaagactcaattaccatgtgacaaagtt 9532277  T
Q  112 gttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgac 211  Q
    || ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||| |||  |     
T  9532276 gtcgccttaaagaaacttcacatctatgaagcagaggtgccatcttttgatgcgagtttcaaaaatgaagcgagaatattataaaaaataaatcacataa 9532177  T
Q  212 atattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatga 311  Q
    ||||||| |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||| || |||||  | |||||||||||    
T  9532176 atattgttaagctttatggattatgattgtacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacgt-gagaaaggaagtttgttctcgtttttgtatgatga 9532078  T
Q  312 tgt 314  Q
    |||    
T  9532077 tgt 9532075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Original strand, 30792145 - 30792447
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    ||||| || ||||||||| || |||| ||||| ||||||| ||| |   || ||| | ||| |||||| |||||| | || ||| |||||||||| ||||    
T  30792145 gacattattaaagcaacataacactttgacattagatattacatcgagacatgaggacatgaaagtgtatacaagactcatttatcatgtggcaaagttg 30792244  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    |||||||| |||||||||||  ||||||| |  | ||  ||||||||| |   ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |    
T  30792245 ttgccttatagaaacttcacaactatgaaacaaatgtgtcatcttttgttacaagtttcataaatgaagtgagaatattatcataaataaagcacataaa 30792344  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcac-aaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatga 311  Q
    |||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| | ||||||  |||| ||| |||||||||||    
T  30792345 tattgttaagctttatagattctgcttgcacaaaaagaatcgtgtttttgatctatcaatacgtagagaaaagaagctagttctttgttttgtatgatga 30792444  T
Q  312 tgt 314  Q
    |||    
T  30792445 tgt 30792447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 2)
Name: scaffold0491
Description:

Target: scaffold0491; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 1440 - 1139
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1440 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 1341  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1340 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 1241  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 312  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1240 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgat 1141  T
Q  313 gt 314  Q
    ||    
T  1140 gt 1139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 6327 - 6026
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6327 gacataatcaaagcgacagaagactttgacatgagatattgtattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 6228  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||    
T  6227 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaattttaacagaaataaagcacaaaca 6128  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 312  Q
    ||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6127 tatcgtgaagctttatggtttctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggatagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 6028  T
Q  313 gt 314  Q
    ||    
T  6027 gt 6026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 18739561 - 18739260
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18739561 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 18739462  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18739461 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 18739362  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 312  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18739361 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgat 18739262  T
Q  313 gt 314  Q
    ||    
T  18739261 gt 18739260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 18744525 - 18744224
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18744525 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 18744426  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18744425 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 18744326  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 312  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18744325 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgat 18744226  T
Q  313 gt 314  Q
    ||    
T  18744225 gt 18744224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 18749486 - 18749185
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18749486 gacataatcaaagcgacagaagactttgacatgagatattgtattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 18749387  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||    
T  18749386 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaattttaacagaaataaagcacaaaca 18749287  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 312  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18749286 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggatagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 18749187  T
Q  313 gt 314  Q
    ||    
T  18749186 gt 18749185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 18723834 - 18723533
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18723834 gacataatcaaagcgacagaagactttgacatgagatattgtattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 18723735  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||    
T  18723734 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaattttaacagaaataaagcacaaaca 18723635  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 312  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18723634 tatagtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggatagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 18723535  T
Q  313 gt 314  Q
    ||    
T  18723534 gt 18723533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 155 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 18733045 - 18732996
Alignment:
Q  155 cttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaag 204  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18733045 cttttgattagagttttagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaag 18732996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 114; Significance: 9e-58; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Original strand, 19250247 - 19250547
Alignment:
Q  13 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 112  Q
    ||||| || ||||||||| || |||| ||||| |||||||||||     ||||| |||||| |||||| |||||| | | |||||||||||| || ||||    
T  19250247 gacattattaaagcaacacaacactttgacattagatattgcatcatgacaggatcatatgaaagtgtatacaagactcgattaccatgtggtaaagttg 19250346  T
Q  113 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 212  Q
    | || ||||||||| |||||  ||||||||  || || || |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||  | |    
T  19250347 tcgctttaaagaaatttcacaactatgaagtagatgtgccgtcttttgatgcgagtttcagaattgaagtgagaatattatcatatataaaacacataaa 19250446  T
Q  213 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 312  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  19250447 tattgttaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacat-gaaaaatgaagcttgttctcggttttgtatgatgat 19250545  T
Q  313 gt 314  Q
    ||    
T  19250546 gt 19250547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 66 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 41669062 - 41668852
Alignment:
Q  66 agcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgag 165  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||  |||   |||||||||||||||||  ||||||||| || ||  |||||||||||| |    
T  41669062 agcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaactatgaagcagatgtgtcatcttttgatgtg 41668963  T
Q  166 agtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatct 265  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||   | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  41668962 agtttcagaattgaagtgaaaatattataaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaataatgtttttaatct 41668863  T
Q  266 atcaatacatg 276  Q
    ||| |||||||    
T  41668862 atcgatacatg 41668852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 111; Significance: 5e-56; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 66 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 42977988 - 42977778
Alignment:
Q  66 agcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgag 165  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||  |||   |||||||||||||||||  ||||||||| || ||  |||||||||||| |    
T  42977988 agcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaactatgaagcagatgtgtcatcttttgatgcg 42977889  T
Q  166 agtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatct 265  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42977888 aatttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatct 42977789  T
Q  266 atcaatacatg 276  Q
    |||||||||||    
T  42977788 atcaatacatg 42977778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 66 - 276
Target Start/End: Original strand, 54122815 - 54123025
Alignment:
Q  66 agcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgag 165  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||  |||   |||||||||||||||||  ||||||||| || ||  |||||||||||| |    
T  54122815 agcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaactatgaagcagatgtgtcatcttttgatgtg 54122914  T
Q  166 agtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatct 265  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||||   | ||||  | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  54122915 agtttcacaattgaagtgagaatattataaaaaataaagcagataaatatctttaagctttatatattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatct 54123014  T
Q  266 atcaatacatg 276  Q
    |||||||||||    
T  54123015 atcaatacatg 54123025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 66 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 48712646 - 48712437
Alignment:
Q  66 agcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgag 165  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||  |||   |||||||||||||||||  |||| |||| || ||  | |||||||||| |    
T  48712646 agcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaactattaagcagatgtgtcttcttttgatgcg 48712547  T
Q  166 agtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatct 265  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||   | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  48712546 attttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaa-cagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatattttcaatct 48712448  T
Q  266 atcaatacatg 276  Q
    |||||||||||    
T  48712447 atcaatacatg 48712437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 11 - 207
Target Start/End: Original strand, 16880134 - 16880331
Alignment:
Q  11 tggacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggatcaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggt 110  Q
    ||||||| || |||| |||| || |||| ||||| ||||||||||| ||  || |||||||||||||||| |||||| | | |||||||| | |||| ||    
T  16880134 tggacattattaaagaaacacaacactttgacattagatattgcatcggcacaagagcatatggaagtgtatacaagactcgattaccatcttgcaaagt 16880233  T
Q  111 tgttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaa-gtgagaatattatcagaaataaagcac 207  Q
    ||  |||||||||||| |||||  ||||||||   | ||  |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16880234 tgccgccttaaagaaatttcacaactatgaagtaaaagtgtcatcttttgatgcgagtttcagaaatgaatgtgagaatattatcagaaataaagcac 16880331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 66 - 308
Target Start/End: Original strand, 36620505 - 36620744
Alignment:
Q  66 agcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgag 165  Q
    ||||||||||||| | |||||| | |||||| ||||||||||  |||   |||||||||||||||||  |||| |||| || ||   ||||||||||| |    
T  36620505 agcatatggaagtttatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaactattaagcagatgt---atcttttgatgcg 36620601  T
Q  166 agtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatct 265  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36620602 agtttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatct 36620701  T
Q  266 atcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatga 308  Q
    ||||||||||| | |||| ||| || ||||| || ||||||||    
T  36620702 atcaatacatgaaaagagaaagtttgttctcggttttgtatga 36620744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 66 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 8873309 - 8873098
Alignment:
Q  66 agcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgag 165  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||  |||   |||||||||||||||||  ||||||||| || ||  |||| |||||||      
T  8873309 agcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgcgaccttaaagaaacttcacaactatgaagcagatgtgtcatcgtttgatgcc 8873210  T
Q  166 agtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatgga-ttttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatc 264  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||   | ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  8873209 agtttcagaattgaagtgagaatattataaaaaataaagcagataaatattattaagctttatggatttttgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatc 8873110  T
Q  265 tatcaatacatg 276  Q
    ||||||||||||    
T  8873109 tatcaatacatg 8873098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 66 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 39102501 - 39102260
Alignment:
Q  66 agcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgag 165  Q
    ||||||||||||| | |||||| | |||||| ||||||||||  |||   |||||||||| ||||||  |||| |||| || ||  |||||||||||| |    
T  39102501 agcatatggaagtttatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgcctccttaaagaa-cttcacaactattaagcagatgtgtcatcttttgatgcg 39102403  T
Q  166 agtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatct 265  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |    
T  39102402 agttttagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaagcatgtttttaatat 39102303  T
Q  266 atcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatga 308  Q
    ||||||||||| | |||| ||| || ||||| || ||||||||    
T  39102302 atcaatacatgaaaagagaaagtttgttctcggttttgtatga 39102260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 99; Significance: 8e-49; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 66 - 276
Target Start/End: Original strand, 31657914 - 31658124
Alignment:
Q  66 agcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgag 165  Q
    |||| |||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||  ||||  |||||||||||||||||  ||| |||   || ||  |||||||||||| |    
T  31657914 agcacatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgtcaccttaaagaaacttcacaactacgaaatagatgtgtcatcttttgatgcg 31658013  T
Q  166 agtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatct 265  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31658014 aatttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatct 31658113  T
Q  266 atcaatacatg 276  Q
    |||||||||||    
T  31658114 atcaatacatg 31658124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 66 - 276
Target Start/End: Original strand, 1257708 - 1257918
Alignment:
Q  66 agcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgag 165  Q
    |||||||| |||||| |||||| | |||||| |||||||| |  |||   |||||||||||||||||   |||||||| || ||  ||| |||||||| |    
T  1257708 agcatatgaaagtgtatacaagactcaattatcatgtggccaatttgccaccttaaagaaacttcacaaatatgaagcagatgtgtcattttttgatgcg 1257807  T
Q  166 agtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatct 265  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1257808 agtttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaaactttatgaattttgtttgcacaaaagaatcatgtttttaatct 1257907  T
Q  266 atcaatacatg 276  Q
    |||||||||||    
T  1257908 atcaatacatg 1257918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University