View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21683_high_5 (Length: 424)

Name: NF21683_high_5
Description: NF21683
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21683_high_5
NF21683_high_5
[»] chr4 (31 HSPs)
chr4 (31-405)||(1548272-1548647)
chr4 (86-385)||(1552668-1552973)
chr4 (31-297)||(546897-547166)
chr4 (181-288)||(1524485-1524592)
chr4 (186-297)||(8187095-8187206)
chr4 (108-297)||(570335-570524)
chr4 (41-333)||(3438422-3438716)
chr4 (127-288)||(553472-553633)
chr4 (45-285)||(55908588-55908831)
chr4 (186-288)||(1513411-1513513)
chr4 (56-253)||(1600447-1600647)
chr4 (186-288)||(12121461-12121563)
chr4 (186-286)||(8184034-8184134)
chr4 (169-284)||(532186-532301)
chr4 (187-286)||(558493-558592)
chr4 (105-350)||(53761692-53761937)
chr4 (186-267)||(1519146-1519227)
chr4 (200-288)||(1508021-1508109)
chr4 (172-288)||(1537757-1537873)
chr4 (176-297)||(640899-641020)
chr4 (191-266)||(659726-659799)
chr4 (186-297)||(7307844-7307955)
chr4 (169-295)||(55505095-55505221)
chr4 (127-226)||(644885-644984)
chr4 (209-255)||(12116602-12116648)
chr4 (237-386)||(566084-566233)
chr4 (186-333)||(1489365-1489512)
chr4 (104-226)||(21834297-21834422)
chr4 (186-288)||(7225887-7225989)
chr4 (53-156)||(8186959-8187065)
chr4 (186-252)||(1545802-1545868)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (31-288)||(18315119-18315379)
chr8 (31-288)||(32151294-32151551)
chr8 (186-385)||(27922404-27922603)
chr8 (56-288)||(34936034-34936269)
chr8 (50-293)||(17636262-17636512)
chr8 (127-288)||(28246240-28246399)
chr8 (181-297)||(21235542-21235658)
chr8 (186-333)||(17628018-17628165)
chr8 (31-78)||(17627905-17627952)
chr8 (246-286)||(44736530-44736570)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (103-398)||(51113699-51113997)
chr3 (31-333)||(13470581-13470883)
chr3 (125-293)||(51120836-51121004)
chr3 (31-333)||(51764289-51764591)
chr3 (201-269)||(27005791-27005859)
chr3 (186-288)||(1657244-1657346)
chr3 (188-245)||(33714861-33714918)
chr3 (201-241)||(36811046-36811086)
[»] chr6 (28 HSPs)
chr6 (104-288)||(6432154-6432341)
chr6 (104-286)||(6402855-6403040)
chr6 (104-377)||(6394768-6395044)
chr6 (51-286)||(7119152-7119387)
chr6 (51-286)||(7131630-7131865)
chr6 (166-288)||(6409999-6410121)
chr6 (104-288)||(6415959-6416146)
chr6 (104-297)||(6426495-6426691)
chr6 (104-333)||(6585156-6585388)
chr6 (127-288)||(11936220-11936381)
chr6 (127-288)||(11948200-11948361)
chr6 (109-333)||(19632387-19632611)
chr6 (168-288)||(6423210-6423330)
chr6 (124-267)||(6589265-6589408)
chr6 (104-285)||(6594525-6594709)
chr6 (104-375)||(7994101-7994375)
chr6 (181-297)||(9411339-9411455)
chr6 (166-273)||(12102274-12102381)
chr6 (198-275)||(28935055-28935132)
chr6 (170-274)||(6596916-6597020)
chr6 (186-286)||(6603206-6603306)
chr6 (188-286)||(14802331-14802429)
chr6 (209-377)||(14818287-14818454)
chr6 (196-286)||(10579750-10579840)
chr6 (104-377)||(14820597-14820873)
chr6 (169-232)||(9410751-9410814)
chr6 (31-80)||(9411556-9411605)
chr6 (186-286)||(6586114-6586214)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (57-375)||(32267381-32267699)
chr5 (31-333)||(41889400-41889705)
chr5 (189-388)||(41901542-41901741)
chr5 (189-288)||(37937880-37937979)
chr5 (125-288)||(20478025-20478188)
chr5 (188-286)||(38267562-38267660)
chr5 (45-154)||(41901398-41901510)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (52-288)||(10614586-10614822)
chr7 (105-288)||(15092071-15092257)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (45-285)||(1037524-1037767)
chr2 (188-288)||(45245091-45245191)
chr2 (41-286)||(32785631-32785876)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (169-367)||(19468486-19468684)
chr1 (215-376)||(7554393-7554554)
chr1 (186-280)||(52082582-52082676)
chr1 (103-282)||(52092776-52092955)
chr1 (191-288)||(9586632-9586729)
chr1 (209-297)||(43634891-43634979)
chr1 (215-333)||(29718956-29719074)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (94-282)||(533-724)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (173-289)||(39176-39285)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (196-298)||(88822-88924)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (109-274)||(1388-1559)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 31)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 405
Target Start/End: Original strand, 1548272 - 1548647
Alignment:
Q  31 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgt 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548272 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgt 1548371  T
Q  131 tgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactt-ggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548372 tgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacat 1548471  T
Q  230 acaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggag 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548472 acaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgcacttgttacaaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggag 1548571  T
Q  330 tgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttggaaggttgttttcaattgcatgatgatgt 405  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548572 tgaaacatatagaagaaaactgctcgcaactgagagaaattaatttggaaggttgttttcaattgcatgatgatgt 1548647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 86 - 385
Target Start/End: Original strand, 1552668 - 1552973
Alignment:
Q  86 tgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaa---aagtgaagctacttg 182  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |   ||| |||||||||||    
T  1552668 tgcactggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacatttgaacttagcccatagttttatagaagggaagctacttg 1552767  T
Q  183 gactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  1552768 gactgaactttgaaattcccaaactggaagtgttgaatttgtcacatacaaatattaatgatgaaacactcaatgtgatatcaaagaattgtcgtgggct 1552867  T
Q  283 tttgcacttgttactaaaacgttgta---aaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttggaa 379  Q
    ||||||  |||||||| |||  ||||   |  || |||| |||||||||||||| ||| | | |||||| | || |||||| ||||| || |||||| ||    
T  1552868 tttgcagctgttactagaacaatgtaattattatgtcaccgagaagggagtgaagcatgtcggagaaaattgcttgcaactaagagagatcaatttgaaa 1552967  T
Q  380 ggttgt 385  Q
    ||||||    
T  1552968 ggttgt 1552973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 31 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 547166 - 546897
Alignment:
Q  31 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---a 127  Q
    ||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| | | ||||  ||  |||||| || ||  |||||||||| ||||||||   |    
T  547166 catcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggaga 547067  T
Q  128 tgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcac 227  Q
    ||||||||||| || || ||||||||| |   | |||||  |||||| ||| ||||| ||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||    
T  547066 tgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcac 546967  T
Q  228 atacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 297  Q
     ||||| | |  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  546966 gtacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttact 546897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 181 - 288
Target Start/End: Original strand, 1524485 - 1524592
Alignment:
Q  181 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 280  Q
    |||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  1524485 tggaatgaactttgaagttcccaatttggaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatgaaacactctatatgatctcacagagttgtcgtggg 1524584  T
Q  281 cttttgca 288  Q
    ||||||||    
T  1524585 cttttgca 1524592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 186 - 297
Target Start/End: Original strand, 8187095 - 8187206
Alignment:
Q  186 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 285  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||  |||  || |||||||||||| ||||||||||    
T  8187095 tgaactttgaaatttccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaacactttatgcaatttcaaagagttgttgtgggctttt 8187194  T
Q  286 gcacttgttact 297  Q
    ||| ||||||||    
T  8187195 gcagttgttact 8187206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 108 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 570524 - 570335
Alignment:
Q  108 gtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaact 207  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||   | | ||||||||| || | |||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  570524 gtatttgtcaagttttaagatgttgtaaacttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgcgtggattgaactttgaagttctcaaact 570425  T
Q  208 ggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 297  Q
     |||||||||||||||||| ||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  570424 cgaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatctgatttcaaagagttgtcgcgggcttttgcaactgttact 570335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 41 - 333
Target Start/End: Original strand, 3438422 - 3438716
Alignment:
Q  41 ttttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaaga 137  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||   | |||     |||||| ||||||||| ||  | ||||||||||   |||||||||||    
T  3438422 ttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgactacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagatgttgtaaga 3438521  T
Q  138 ttagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtat 237  Q
    ||||||| |||||||||||| || |||||  ||||||  |   || | ||||||||||  || | ||| ||||||| |||| |||||||||||||||  |    
T  3438522 ttagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgtgtgcaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagt 3438621  T
Q  238 tgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 333  Q
    ||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||  ||  |||||||  | |||||| ||||||||||||    
T  3438622 tgatgat-aaatactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaa 3438716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 127 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 553633 - 553472
Alignment:
Q  127 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 226  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| | ||  ||| || ||||||| ||| |  | |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  553633 atgttgtaacattagacatttgaacttaacccgctgttcaagagtgaagttacgtacattgaactttaaagttctcaaactggaggtgttgaacttgtca 553534  T
Q  227 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
      ||||||  ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  553533 tttacaagagttgatgatgaagcacttaatgtgatttcaaagagttgttctgggcttttgca 553472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 45 - 285
Target Start/End: Original strand, 55908588 - 55908831
Alignment:
Q  45 cttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattag 141  Q
    |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||     |||  |  |||||| || |||||||||||||||||| ||||   |||||||||| ||||    
T  55908588 cttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttag 55908687  T
Q  142 acagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgat 241  Q
    ||| ||||| |||||     ||| || |||||| |||||| || | |||||| || ||||  || | |||||||| ||||||||||||||| || |||||    
T  55908688 acatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgat 55908787  T
Q  242 gatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 285  Q
    |||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  55908788 gatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggctttt 55908831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 186 - 288
Target Start/End: Original strand, 1513411 - 1513513
Alignment:
Q  186 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 285  Q
    ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  1513411 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacactctacgtaatctcaaagtgttgtcgtgggctttt 1513510  T
Q  286 gca 288  Q
    |||    
T  1513511 gca 1513513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 56 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 1600647 - 1600447
Alignment:
Q  56 cccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaact 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | ||||| |  |||||| || |||||||||||| ||||||||||   || || ||| |||||||| |||||||    
T  1600647 cccaatttgcaactgcttgatttgagcagttgcattaacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttaaggagattttctaaaattagacatttgaact 1600548  T
Q  153 tagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacact 252  Q
    |||| |   ||| || | ||||||| |  ||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||| ||||    
T  1600547 tagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttcttaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaagggttgacgatgaagcact 1600448  T
Q  253 c 253  Q
    |    
T  1600447 c 1600447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 186 - 288
Target Start/End: Original strand, 12121461 - 12121563
Alignment:
Q  186 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 285  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||   || ||||||||| |||| |||||||||||    
T  12121461 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaaacactctccgtaatctcaaagtgttgccgtgggctttt 12121560  T
Q  286 gca 288  Q
    |||    
T  12121561 gca 12121563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 186 - 286
Target Start/End: Original strand, 8184034 - 8184134
Alignment:
Q  186 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 285  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  8184034 tgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgatatagcactctatgcaatctcaaagagttgttgtgggctttt 8184133  T
Q  286 g 286  Q
    |    
T  8184134 g 8184134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 169 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 532301 - 532186
Alignment:
Q  169 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 268  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||  ||  |||||| |||||||    
T  532301 agtgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaacattgatgatgaaaagctttatgtgacctcaaag 532202  T
Q  269 agttgtcgtgggcttt 284  Q
    | |||||||| |||||    
T  532201 aattgtcgtgagcttt 532186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 187 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 558592 - 558493
Alignment:
Q  187 gaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 286  Q
    |||||||||| || |||| || | ||||||||||||||||   |||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  558592 gaactttgaagttgccaacctaggggtgttgaacttgtcattaacatatattgatgatgaagcactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 558493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 105 - 350
Target Start/End: Original strand, 53761692 - 53761937
Alignment:
Q  105 aaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 201  Q
    ||||||||||| ||||||||||   ||||||||| ||||| || |||||||||||     ||| || |||||||||| ||||| ||||||||| | ||||    
T  53761692 aaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaactttgtagttcc 53761791  T
Q  202 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaa 301  Q
    ||| || |||| |||||||||||||  ||| |   || | ||| ||||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||  | ||||| |||    
T  53761792 caagctagaggcgttgaacttgtcatttacgaaagttaacgataaaacactc--tgtgatctcgaagaattgtcgtgggcttttgca-atattactgaaa 53761888  T
Q  302 cgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaact 350  Q
    | |||| | ||| |||| || ||||||||||| ||| | ||||||||||    
T  53761889 cattgtgataatgtcacggacaagggagtgaaacatgtggaagaaaact 53761937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 186 - 267
Target Start/End: Original strand, 1519146 - 1519227
Alignment:
Q  186 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 267  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||||||||||    
T  1519146 tgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatgaataagcactctatgtgatctcaaa 1519227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 200 - 288
Target Start/End: Original strand, 1508021 - 1508109
Alignment:
Q  200 cccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||   ||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1508021 cccaaactagaagtgttgaacttgtcacataccaatgttgatgatgaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtgggcttttgca 1508109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 172 - 288
Target Start/End: Original strand, 1537757 - 1537873
Alignment:
Q  172 gaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagt 271  Q
    |||||| | |||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | || ||||  |||||||   ||| ||||||||| ||    
T  1537757 gaagctgcatggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaatgacaaaacactgtgtgtaatctcaaagtgt 1537856  T
Q  272 tgtcgtgggcttttgca 288  Q
    |||||||||||||||||    
T  1537857 tgtcgtgggcttttgca 1537873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 176 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 641020 - 640899
Alignment:
Q  176 ctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtc 275  Q
    ||||||||| |||| |||||| | || | | |||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||| |    
T  641020 ctacttggaatgaaatttgaactaccaatattggaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgcc 640921  T
Q  276 gtgggcttttgcacttgttact 297  Q
    |||| ||||||||  |||||||    
T  640920 gtggtcttttgcatctgttact 640899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 191 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 659799 - 659726
Alignment:
Q  191 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaa 266  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||  ||||||||||||    
T  659799 tttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttaataatgaaacact--atgtgatctcaa 659726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 186 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 7307955 - 7307844
Alignment:
Q  186 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 285  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||    ||||||||||| ||||   | ||||||||||||||||| || |||||||    
T  7307955 tgaactttaaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcatatacagaagttgatgatgaagcactacgtatgatctcaaagagttgttgtaggctttt 7307856  T
Q  286 gcacttgttact 297  Q
    |||| |||||||    
T  7307855 gcacctgttact 7307844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 169 - 295
Target Start/End: Original strand, 55505095 - 55505221
Alignment:
Q  169 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 268  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||||  | | ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||   |||| |||| ||||||  |||||| |||||||    
T  55505095 agtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaag 55505194  T
Q  269 agttgtcgtgggcttttgcacttgtta 295  Q
    | ||||||||| |||||||| ||||||    
T  55505195 aattgtcgtggacttttgcatttgtta 55505221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 644984 - 644885
Alignment:
Q  127 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 226  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | |||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  644984 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacttacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttagacttgtca 644885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 209 - 255
Target Start/End: Original strand, 12116602 - 12116648
Alignment:
Q  209 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaa 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  12116602 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttgatgatgaatcactcaa 12116648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 566233 - 566084
Alignment:
Q  237 ttgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaacca 336  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||  ||| |||  ||  |  | ||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  566233 ttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagtactgtcgtgggcttttgcagctgtcactgcaatataatcaaaatgttacagagaagggagtgaaaca 566134  T
Q  337 tatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttggaaggttgtt 386  Q
      | |  ||||||| | | |||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  566133 cctggtggaaaactgcacacaactgagagaaatcaagttggagggttgtt 566084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 186 - 333
Target Start/End: Original strand, 1489365 - 1489512
Alignment:
Q  186 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 285  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | || |  | ||||||||   ||| ||||||| | |||| |||||||||||    
T  1489365 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaacaacgaaacactgtgtgtaatctcaatgtgttgccgtgggctttt 1489464  T
Q  286 gcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 333  Q
    |||  | |||||  || | |||   ||| |||||||||||||||||||    
T  1489465 gcaactcttactggaagggtgttttaatgtcacagagaagggagtgaa 1489512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 104 - 226
Target Start/End: Original strand, 21834297 - 21834422
Alignment:
Q  104 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||  || ||||||||| |  || |||  ||||||||||||| | |  | ||||||| | |||    
T  21834297 gaaggtatttgcgaagttttaaggaaatgttgtaagattaagcatttgaacttatcaggttgttataaagtgaagctacatagtatcaactttgtagttc 21834396  T
Q  201 ccaaactggaggtgttgaacttgtca 226  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||    
T  21834397 ccaagctggaggtgttggacttgtca 21834422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 186 - 288
Target Start/End: Original strand, 7225887 - 7225989
Alignment:
Q  186 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 285  Q
    ||||||||||| ||| | || ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  ||  |||   |||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  7225887 tgaactttgaagttctcgaattggaggtcttgaacttgtcacatacaagagttgatgacaaaggacttcgtgtgatatcaaagagttgttgtggactttt 7225986  T
Q  286 gca 288  Q
    |||    
T  7225987 gca 7225989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 53 - 156
Target Start/End: Original strand, 8186959 - 8187065
Alignment:
Q  53 ttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttt---aagatgttgtaagattagacagttga 149  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| | |||||  || |||||| || |||||||||||| |||||||    ||||||||| |||||||  | ||||    
T  8186959 ttccccaatttgcagttgcttgatttgagtcattgctatgacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttgaagagatgttgtgagattagggatttga 8187058  T
Q  150 acttagc 156  Q
    |||||||    
T  8187059 acttagc 8187065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 186 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 1545868 - 1545802
Alignment:
Q  186 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacact 252  Q
    |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    ||||||  ||||||||||||||||    
T  1545868 tgaactttaaagttcctaaactggaggtgttgaacttgttgtttacaagagttgatgatgaaacact 1545802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 31 - 288
Target Start/End: Original strand, 18315119 - 18315379
Alignment:
Q  31 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgt 130  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||   | |||  |  |||| | || |||||||||||| |||||||| || ||    
T  18315119 catcaaaatattttcttccattttccccaatttgcagttgcttgatttgagctactgcgataacatacctgaagaaggtatttgtcaagttttacgaagt 18315218  T
Q  131 tgta---agattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcac 227  Q
    |||    ||||||||||||||||||||||||||  || || | ||||||||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18315219 tgttctgagattagacagttgaacttagctcgtgattcaagaatgaagctacgtggaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcac 18315318  T
Q  228 atacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
    ||||||   ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18315319 atacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctcaaagagttgtcgtaggcttttgca 18315379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 31 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 32151551 - 32151294
Alignment:
Q  31 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgt 130  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    ||||  |  |||||| || ||||| |||||| |||||||||||||     
T  32151551 catcaaaatgtttgcttccattttccctaatttgcaactgcttgatttgaggtgttgccataacatatctgaagaaggaatttgtcaagttttaagatgc 32151452  T
Q  131 tgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacata 230  Q
    | | ||||||| || ||||| ||  |  |  ||||| | |||||||| | |||| ||||||| ||| || |||| ||||||||||| |||||||||  ||    
T  32151451 tctgagattaggcatttgaatttcaccggctgtttacatgtgaagctgcgtggaatgaacttcgaagtttccaatctggaggtgttaaacttgtcatgta 32151352  T
Q  231 caagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
    ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32151351 caaggtttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 32151294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 186 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 27922603 - 27922404
Alignment:
Q  186 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 285  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27922603 tgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggctttt 27922504  T
Q  286 gcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttggaaggttgt 385  Q
    | | |||| |||  ||  ||||||  || ||||| ||||||||||||||||| | | |||||||| | | ||||||||| | |||| |||||| ||||||    
T  27922503 gaaattgtcacttgaaaattgtaatgatttcacaaagaagggagtgaaccatgtggtagaaaactgcactcaactgagaaagattagtttggatggttgt 27922404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 56 - 288
Target Start/End: Original strand, 34936034 - 34936269
Alignment:
Q  56 cccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaact 152  Q
    ||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||  |  ||||||||| | | ||||||||   ||||||| | |||||||| ||| |||    
T  34936034 cccaatttgcatctgcttgatttgagcgattgcagtggcatatctaatcaaggtatttatcatgttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtact 34936133  T
Q  153 tagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacact 252  Q
    | ||   | ||| ||||||||| || |   || ||| ||||||  |||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||||  |||||||| |||||||    
T  34936134 tggccgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttccaaaactagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacact 34936233  T
Q  253 caatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
    | |||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34936234 ctatgccatcgcaaagagttgtcgtgggcttttgca 34936269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 50 - 293
Target Start/End: Original strand, 17636262 - 17636512
Alignment:
Q  50 attttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagt 146  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||     |||||| |   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||   ||||| ||| ||||| || |    
T  17636262 attttccccaatttgcagctgcttgatttacgagattgcaataaaatatcagagaaaggtatttgtcaagttttaaggggatgttctaatattaggcatt 17636361  T
Q  147 tgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggac----tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatg 242  Q
    |||||||||  ||  ||| || |||||| |||| | ||     ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |  |||| |    
T  17636362 tgaacttaggccgatgttcaagagtgaaactacatcgatcgaatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcacaaacaggagttgacg 17636461  T
Q  243 atgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgt 293  Q
    ||||| || |  ||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  17636462 atgaagcattgtatgtgatctcaaagagttgtcttagacttttgcaattgt 17636512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 127 - 288
Target Start/End: Original strand, 28246240 - 28246399
Alignment:
Q  127 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 226  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||| ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28246240 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgttgttcaagactgaagctacatacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 28246339  T
Q  227 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
      ||||||  ||||  || || ||||| ||  |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  28246340 tttacaagagttga--ataaatcactctattggatctcaaagagttgtagcgggcttttgca 28246399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 181 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 21235658 - 21235542
Alignment:
Q  181 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 280  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||||||| |||||  ||    
T  21235658 tggagtgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatttgatttcaaagagctgtcgcagg 21235559  T
Q  281 cttttgcacttgttact 297  Q
    ||||||||  |||||||    
T  21235558 cttttgcaactgttact 21235542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 186 - 333
Target Start/End: Original strand, 17628018 - 17628165
Alignment:
Q  186 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 285  Q
    |||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| || |||||  |||||||||||||| ||||  |||||| ||    
T  17628018 tgaactttaaactttctaaattggaggtgttgaacttgtcacatactagagttgatgataaagcactccgtgtgatctcaaagaattgttttgggctctt 17628117  T
Q  286 gcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 333  Q
    | |  | |||||| ||  |||||||  | ||||||| |||||||||||    
T  17628118 gaaactattactagaattttgtaaaggtgtcacagacaagggagtgaa 17628165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 31 - 78
Target Start/End: Original strand, 17627905 - 17627952
Alignment:
Q  31 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgattt 78  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17627905 catcaaaatgtttgcttccattttccccaatttgcaactgcttgattt 17627952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 44736570 - 44736530
Alignment:
Q  246 aaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 286  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44736570 aaacactcattgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttg 44736530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 103 - 398
Target Start/End: Original strand, 51113699 - 51113997
Alignment:
Q  103 cgaaggtatttgtgaagttttaa---gatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaatt 199  Q
    ||||||||||||| |||||||||   |||||||||| ||||| || ||||| ||||||    ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||  |    
T  51113699 cgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagct 51113798  T
Q  200 cccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaa 299  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| ||||||   ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||| |    
T  51113799 cccaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactga 51113898  T
Q  300 aacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttggaaggttgttttcaattgcatg 398  Q
    ||  |||| |  || ||||||||||||||||||| ||| | | |||||| | | |  |||| ||||| ||||||||  | ||||||||| || ||||||    
T  51113899 aaaattgttaccatgtcacagagaagggagtgaagcatgtggtagaaaaatgcacaaaactaagagagattaatttaaagggttgttttaaagtgcatg 51113997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 31 - 333
Target Start/End: Original strand, 13470581 - 13470883
Alignment:
Q  31 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---a 127  Q
    ||||| ||| ||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |  ||||| |  | ||||| |   |||||||||| ||||||||||   |    
T  13470581 catcataatgtttgcttccaatttccccaatttgcagctgcttgatttgaattgttgcaatctcttatcaaa---aggtatttgtcaagttttaaggata 13470677  T
Q  128 tgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcac 227  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||   | ||  ||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||     
T  13470678 tgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaa 13470777  T
Q  228 atacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaaggg 327  Q
    ||||||   || ||||| |||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||  | |||||  ||| |||| | ||| |||||||  ||||    
T  13470778 atacaaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaactttgtcataatgtcacagaagaggg 13470877  T
Q  328 agtgaa 333  Q
    ||||||    
T  13470878 agtgaa 13470883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 125 - 293
Target Start/End: Original strand, 51120836 - 51121004
Alignment:
Q  125 agatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgt 224  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||  |  || ||| || |||||| || | |||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  51120836 agatgttgtaacattagacacttgaacttcaccggttgttcaagagtgaaactgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgt 51120935  T
Q  225 cacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgt 293  Q
    | ||||||||  |||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  51120936 cgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgt 51121004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 31 - 333
Target Start/End: Original strand, 51764289 - 51764591
Alignment:
Q  31 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---a 127  Q
    ||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | |  ||||| | |||||||  |   |||| | ||||||||||||||   |    
T  51764289 catcataatgtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgattttaattcttgcaatcgcatatctaa---aggtgtctgtgaagttttaaggaga 51764385  T
Q  128 tgttgtaagattagacagttgaacttagctcgta-gtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 226  Q
    |||| ||||||||| || |||||| || | || | ||| || |||||||||||||||| ||||||||| | |||| || |||||||||||  ||||||||    
T  51764386 tgttctaagattaggcatttgaacctatc-cgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagacttgtca 51764484  T
Q  227 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagg 326  Q
      |||||   |||||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| | |||||||||||  | |||||  ||| |||| | ||| |||  |||||||    
T  51764485 tttacaaaagttgatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgcgggcttttgcaactattactggaacattgtgataatgtcaaggagaagg 51764584  T
Q  327 gagtgaa 333  Q
    |||||||    
T  51764585 gagtgaa 51764591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 201 - 269
Target Start/End: Original strand, 27005791 - 27005859
Alignment:
Q  201 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaaga 269  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||  |||| ||||||||||    
T  27005791 ccaaactggaggtcttgaacttgtcacatacaagaattgataatacaacactttatgtaatctcaaaga 27005859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 186 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 1657346 - 1657244
Alignment:
Q  186 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 285  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||  ||||  ||  | ||||| ||  |||||||||||||||  | ||||||||    
T  1657346 tgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacaatatatcactctattggatctcaaagagttgcagcgggctttt 1657247  T
Q  286 gca 288  Q
    |||    
T  1657246 gca 1657244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 245
Target Start/End: Original strand, 33714861 - 33714918
Alignment:
Q  188 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatg 245  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |  |||| ||||||||||    
T  33714861 aactttgaagtttccaaactggaggtgctgaacttgtcaaactcaagaattgatgatg 33714918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 201 - 241
Target Start/End: Original strand, 36811046 - 36811086
Alignment:
Q  201 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgat 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||    
T  36811046 ccaaactggaggtgttgaacttgtcccattcaagaattgat 36811086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 28)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 104 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 6432341 - 6432154
Alignment:
Q  104 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||   |||||||||  ||| ||| |||||||||||   | || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||    
T  6432341 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 6432242  T
Q  201 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||    
T  6432241 ccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgtgggcttctgca 6432154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 104 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 6403040 - 6402855
Alignment:
Q  104 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||   ||||||||| ||||| || ||||||||| || |  ||| || |||||||||||||||| | ||||||| | |||    
T  6403040 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttgcagttc 6402941  T
Q  201 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 286  Q
    || |||| || ||||||||||||||| |||| |   ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  6402940 cccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtagtgggcttttg 6402855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 104 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 6395044 - 6394768
Alignment:
Q  104 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 200  Q
    |||||||||||| |||||||||    |||||||||| ||| ||| ||||||||||||    ||| ||||||||| |||| |||| ||||||||| | |||    
T  6395044 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 6394945  T
Q  201 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaa 300  Q
    || | ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||   |||  |    
T  6394944 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaattacaacttga 6394845  T
Q  301 acgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttgg 377  Q
       |||||||||| ||||||| ||||| ||| | ||| | | |||||||| | | ||| ||||||| ||||||||||    
T  6394844 taattgtaaaaatgtcacagaaaagggtgtggaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagagattaatttgg 6394768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 51 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 7119387 - 7119152
Alignment:
Q  51 ttttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttta---agatgttgtaagattagacagtt 147  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||| |  ||||||    |||||||||||| ||||||||   ||||||| |||||||| ||| ||    
T  7119387 ttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatc---tgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacattt 7119291  T
Q  148 gaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaa 247  Q
    ||||||||| |   ||| || |||||||||||||||| |||||||||   ||| | | ||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||||||    
T  7119290 gaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaa 7119191  T
Q  248 acactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 286  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||| | |||||||||    
T  7119190 acactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttg 7119152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 51 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 7131865 - 7131630
Alignment:
Q  51 ttttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttta---agatgttgtaagattagacagtt 147  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||| |  ||||||    |||||||||||| ||||||||   ||||||| |||||||| ||| ||    
T  7131865 ttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatc---tgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacattt 7131769  T
Q  148 gaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaa 247  Q
    ||||||||| |   ||| || |||||||||||||||| |||||||||   ||| | | ||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||||||    
T  7131768 gaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaa 7131669  T
Q  248 acactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 286  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||| | |||||||||    
T  7131668 acactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttg 7131630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 166 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 6410121 - 6409999
Alignment:
Q  166 aaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctca 265  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  6410121 aaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctca 6410022  T
Q  266 aagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
    |||| |||| || ||||||||||    
T  6410021 aagaattgttgtcggcttttgca 6409999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 104 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 6416146 - 6415959
Alignment:
Q  104 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 200  Q
    |||||||||||| |||||||||    ||||||||||||| | || |||||||||||   | ||  |||||||||||||| |||| || |||||| | |||    
T  6416146 gaaggtatttgtcaagttttaaagatatgttgtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaaaagtgaagctacatggaatggactttgtagttc 6416047  T
Q  201 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||   || ||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  6416046 ccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaagaattgtagcgggcttttgca 6415959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 104 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 6426691 - 6426495
Alignment:
Q  104 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||||    ||| ||| ||||| |||| |||| ||||||||| | |||    
T  6426691 gaaggtatttgtgaagttttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaacgtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 6426592  T
Q  201 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 297  Q
    || | |||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||  |  ||| ||||||||||| |||| || || ||||||| || |||||    
T  6426591 ccgagctggaggtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaagaattgttgtcggattttgcaattattact 6426495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 104 - 333
Target Start/End: Original strand, 6585156 - 6585388
Alignment:
Q  104 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 200  Q
    |||||||||||| | ||||||||   ||||| ||| ||||| || ||||||||  || |  ||| || |||||||||||||||| | ||||||  | ||     
T  6585156 gaaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttttagtta 6585255  T
Q  201 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaa 300  Q
    || |  ||||||| |||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||| |  | ||||| ||    
T  6585256 cccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttctgcgcttttggaactattactgaa 6585355  T
Q  301 acgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 333  Q
    | ||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  6585356 aggttgtgaaaatgtcacagagaagggactgaa 6585388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 127 - 288
Target Start/End: Original strand, 11936220 - 11936381
Alignment:
Q  127 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 226  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11936220 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 11936319  T
Q  227 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
      ||||||  |||| ||| || ||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11936320 tttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 11936381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 127 - 288
Target Start/End: Original strand, 11948200 - 11948361
Alignment:
Q  127 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 226  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11948200 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 11948299  T
Q  227 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
      ||||||  |||| ||| || ||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11948300 tttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 11948361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 109 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 19632611 - 19632387
Alignment:
Q  109 tatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactg 208  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |  || ||||||||| ||||  ||| || ||| || ||||||||| | ||||||  | ||||||| ||     
T  19632611 tatttgtcaagttttaagatgttgtaagataacgcatttgaacttaactcgatgttcaatagttaacctacttggaataaactttctagttcccaagcta 19632512  T
Q  209 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgta 308  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||   ||||||||||   |||   |||||||||||||| |||| |||||||||||||  | ||||| |||  ||||     
T  19632511 gaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatgagcaactttttgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactcttactgaaaaattgtg 19632412  T
Q  309 aaaatatcacagagaagggagtgaa 333  Q
      |||||||||||||||||||||||    
T  19632411 ctaatatcacagagaagggagtgaa 19632387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 168 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 6423330 - 6423210
Alignment:
Q  168 aagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 267  Q
    |||||||||||| || | |||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||   ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  6423330 aagtgaagctacgtgcaatgaacttttaagttcccaagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaa 6423231  T
Q  268 gagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
    ||||||| ||||| |||||||    
T  6423230 gagttgttgtgggattttgca 6423210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 124 - 267
Target Start/End: Original strand, 6589265 - 6589408
Alignment:
Q  124 aagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttg 223  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||     ||   |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||    
T  6589265 aagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaacttg 6589364  T
Q  224 tcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 267  Q
    ||| |||||| | || ||||| |||||||  || ||||||||||    
T  6589365 tcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaa 6589408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 104 - 285
Target Start/End: Original strand, 6594525 - 6594709
Alignment:
Q  104 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||   ||||| |||||||| ||| ||| ||||| |  |  ||| || ||||||||||| |||| | ||||||  | |||    
T  6594525 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagttc 6594624  T
Q  201 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 285  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||    |||||||||| |||||   |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  6594625 ccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtgatctcaaagaattgttgtgggctttt 6594709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 104 - 375
Target Start/End: Original strand, 7994101 - 7994375
Alignment:
Q  104 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 200  Q
    |||||||||||| | ||||||||   |||||||||||| || || |||||| ||||   | ||  || |||||||||||| ||| ||||||||| | |||    
T  7994101 gaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttc 7994200  T
Q  201 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaa 300  Q
    | || || |||||||||||| ||||| |||||||  || |||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||  | |||||  |    
T  7994201 cgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttga 7994300  T
Q  301 acgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaattt 375  Q
    || ||||||  || | || ||| |||||||||| ||| | | |||||||| | ||||||||| ||| ||| ||||    
T  7994301 actttgtaatgatgttaccgaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttattt 7994375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 181 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 9411455 - 9411339
Alignment:
Q  181 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 280  Q
    |||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || ||   ||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||     
T  9411455 tggattgaactttgaggttcccaagctggaggtgttgaacttgtcatatacaggtgttttcgatgaaatactctatgagatctcaaagaattgtcgtgga 9411356  T
Q  281 cttttgcacttgttact 297  Q
    ||||||||  |||||||    
T  9411355 cttttgcaactgttact 9411339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 166 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 12102381 - 12102274
Alignment:
Q  166 aaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctca 265  Q
    ||||||||| || | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||    
T  12102381 aaaagtgaaactgcatggattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacatgagttgataacgaagaactctatctgatttca 12102282  T
Q  266 aagagttg 273  Q
    ||||||||    
T  12102281 aagagttg 12102274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 198 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 28935132 - 28935055
Alignment:
Q  198 ttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtc 275  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||| |||||| |||||||||||||    
T  28935132 ttccccaactcgaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgacgatgaagcactcagtgtgatttcaaagagttgtc 28935055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 170 - 274
Target Start/End: Original strand, 6596916 - 6597020
Alignment:
Q  170 gtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaaga 269  Q
    ||||||| ||||| | | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| | |  ||||||||||    
T  6596916 gtgaagcgacttgaaataaactttgaaattccccagctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacactctacgctatctcaaaga 6597015  T
Q  270 gttgt 274  Q
     ||||    
T  6597016 attgt 6597020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 186 - 286
Target Start/End: Original strand, 6603206 - 6603306
Alignment:
Q  186 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 285  Q
    ||||||||| | ||||||| ||  |||||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  6603206 tgaactttgtacttcccaagctacaggtgttggacttggcagatacaggtgttgatgatgaaacagtctatgcgatctcaaagagttgtcctgggctttt 6603305  T
Q  286 g 286  Q
    |    
T  6603306 g 6603306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 14802429 - 14802331
Alignment:
Q  188 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 286  Q
    ||||||||| |||||||  |||| |||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||| ||||||    
T  14802429 aactttgaagttcccaagatggaagtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgttgtggtcttttg 14802331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 209 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 14818454 - 14818287
Alignment:
Q  209 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgta 308  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||   ||||| ||||||||||  || ||||||| |||| ||||  |||||||||||  || |||||  ||  |||||    
T  14818454 gaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttctgggcttttgcgattattacttgaaaattgta 14818355  T
Q  309 aaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttgg 377  Q
    | ||| ||||||||||||| ||||| ||| ||| |||||||| | | || ||||||| |||||||||||    
T  14818354 ataatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcacacagctgagag-aattaatttgg 14818287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 196 - 286
Target Start/End: Original strand, 10579750 - 10579840
Alignment:
Q  196 aattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 286  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||| |||||||| ||  ||||||||||| |||| || ||||||||    
T  10579750 aattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaacactctattcgatctcaaagaattgttgtcggcttttg 10579840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 104 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 14820873 - 14820597
Alignment:
Q  104 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 200  Q
    |||||||||||| ||| ||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||    | ||| |  |||||| |||| |||| | ||||||| | |||    
T  14820873 gaaggtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcaggagtgaaactacatggaattaactttgcagttc 14820774  T
Q  201 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaa 300  Q
    ||||  | |||||||||||||| ||| ||||||   ||||| ||||||||||  || ||||||| |||| |||| ||||||||||||  || |||||  |    
T  14820773 ccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttgtgggcttttgcgattattacttga 14820674  T
Q  301 acgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttgg 377  Q
    |   |||||  || ||||||||||||| ||||| ||| | | | |||||| | | || |||||||| ||||||||||    
T  14820673 aaaatgtaatgatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtggtaaaaaactgcacacagctgagagagattaatttgg 14820597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 169 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 9410814 - 9410751
Alignment:
Q  169 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacataca 232  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  9410814 agtgaagttaattggattgaactttgaagctcccaagttggaggtgttgaatttgtcacataca 9410751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 9411605 - 9411556
Alignment:
Q  31 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttga 80  Q
    ||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9411605 catcaaaaggtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgatttga 9411556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 186 - 286
Target Start/End: Original strand, 6586114 - 6586214
Alignment:
Q  186 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 285  Q
    ||||||||| | ||||||| || ||||||||| | |||||| | |||  | || ||||||||||||||  || ||||||||||| ||||| | |||||||    
T  6586114 tgaactttgtacttcccaagctagaggtgttggatttgtcaaaaacagatgttcatgatgaaacactctgtgcgatctcaaagatttgtcctaggctttt 6586213  T
Q  286 g 286  Q
    |    
T  6586214 g 6586214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 57 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 32267699 - 32267381
Alignment:
Q  57 ccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaactt 153  Q
    |||||||||| |||||||||||||  |||||  || ||||||| || ||||||||   | || |||||||   ||||||||| |||||||| ||||||||    
T  32267699 ccaatttgcagctgcttgatttgagcaattgttgtcgcatatctgaagaaggtatcgttcaatttttaaggatatgttgtaacattagacatttgaactt 32267600  T
Q  154 agctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactc 253  Q
    | | |   ||| || |||||| |||   | | ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||   ||||||||||| ||||     
T  32267599 atcccagtgttcaacagtgaaacta---gaaatgaactttgaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactt 32267503  T
Q  254 aatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcct 353  Q
     || ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||| |||  ||||||  |||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||| |     
T  32267502 tatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttgaaattgtcacttaaaaattgtaatgatatcacaaagaagggagtgaagcatgtagtagaaaactgca 32267403  T
Q  354 cgcaactgagagaaattaattt 375  Q
    ||||||| ||| | ||||||||    
T  32267402 cgcaacttagaaagattaattt 32267381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 31 - 333
Target Start/End: Original strand, 41889400 - 41889705
Alignment:
Q  31 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---a 127  Q
    ||||| ||| ||| |||| |||||||| |||||||| || ||||||||||  |||||  || ||||||  || |||||||||  | ||||||||||   |    
T  41889400 catcataatgtttgcttccattttccctaatttgcagctacttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgatgaaggtattactcaagttttaaggata 41889499  T
Q  128 tgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcac 227  Q
    |||||||| |||||| | ||||||||| |  |  ||| || |||||||||||||| | |||||||| || |||||||| |||||||||||||||| |||     
T  41889500 tgttgtaacattagatatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgttgaacttatcat 41889599  T
Q  228 atacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaaggg 327  Q
    ||||||   ||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||| | ||||||| | | |||||||| |||  |||| |  || ||||| |||||||    
T  41889600 atacaaaagttgatgatgaaacactttataagatctcaaagagttgttgcgggctttcgaaattgttacttaaaaattgttatgatgtcacaaagaaggg 41889699  T
Q  328 agtgaa 333  Q
    ||||||    
T  41889700 agtgaa 41889705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 189 - 388
Target Start/End: Original strand, 41901542 - 41901741
Alignment:
Q  189 actttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||| |||| |||||| |    
T  41901542 actttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggacttttgaa 41901641  T
Q  289 cttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttggaaggttgtttt 388  Q
     |||| |||  ||  ||||||  || ||||| ||||||||||||| ||| | | ||||||||   ||||| ||||| | |||| |||| | |||||||||    
T  41901642 attgtcacttcaagattgtaatgatgtcacaaagaagggagtgaagcatgtggtagaaaactgtacgcaattgagaaagattagtttgaatggttgtttt 41901741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 189 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 37937979 - 37937880
Alignment:
Q  189 actttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
    |||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  37937979 actttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagaattgatgatcaaacactctatgtaatctcaaagatgtgtcgtgggcttttgca 37937880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 125 - 288
Target Start/End: Original strand, 20478025 - 20478188
Alignment:
Q  125 agatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgt 224  Q
    |||||||||||| | || || |||||||||||| |  ||  || || ||||||||||||| | ||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  20478025 agatgttgtaagttaaggcatttgaacttagctggatgtcgaagagcgaagctacttggaataaacgttgtaattccccagctggaggtgttgaacttgt 20478124  T
Q  225 cacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
    || |||||| | ||||||| |||||| |   ||||||||||| || |||| |||||||||||||    
T  20478125 catatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggcttttgca 20478188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 188 - 286
Target Start/End: Original strand, 38267562 - 38267660
Alignment:
Q  188 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 286  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||| |||||| |||| ||||||||||  || ||||||||||||    
T  38267562 aactttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagagttgatgatgacacactctatgtaatctcaaagacgtgccgtgggcttttg 38267660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 154
Target Start/End: Original strand, 41901398 - 41901510
Alignment:
Q  45 cttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattag 141  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||  || ||||||  || |||||||||  | ||||||||||    |||||||| |||||    
T  41901398 cttccattttccccaatttgcagctgcttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgaagaaggtattgttcaagttttaaggatgtgttgtaacattag 41901497  T
Q  142 acagttgaactta 154  Q
    ||| |||||||||    
T  41901498 acatttgaactta 41901510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 52 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 10614822 - 10614586
Alignment:
Q  52 tttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttg 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |  | |||   | |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| || |||    
T  10614822 tttccccaatttgcaactgcttgatttgaatcgttgcaatctcttat---atgaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttg 10614726  T
Q  149 aacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaa 248  Q
    ||||||||   | ||  ||||||||||||||||||| ||||| |||   ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |   || ||||| |||    
T  10614725 aacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggttaatgataaaa 10614626  T
Q  249 cactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
    ||||| |||||||||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  10614625 cactctatgtgatctcgaagaactgtagtgggcttttgca 10614586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 105 - 288
Target Start/End: Original strand, 15092071 - 15092257
Alignment:
Q  105 aaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 201  Q
    ||||||||| | ||||||||||   ||||| |||| ||| ||| ||||||||| || |  ||||||  ||||| |||| |||| ||||||||| | ||||    
T  15092071 aaggtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaagtgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcc 15092170  T
Q  202 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
    | | |||||||||||||| |||||| | ||||   || ||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  15092171 cgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgca 15092257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 45 - 285
Target Start/End: Original strand, 1037524 - 1037767
Alignment:
Q  45 cttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattag 141  Q
    |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||     |||  |  |||||| || |||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||    
T  1037524 cttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttttaaggagatgttgtaaggttag 1037623  T
Q  142 acagttgaacttagc-tcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattga 240  Q
    ||| ||||| ||||| |  || || || |||||| |||||| || | |||||| || ||||  || | |||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  1037624 acatttgaatttagcctacta-ttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttga 1037722  T
Q  241 tgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 285  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  1037723 tgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggctttt 1037767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 188 - 288
Target Start/End: Original strand, 45245091 - 45245191
Alignment:
Q  188 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgc 287  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||| | ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45245091 aactttgaagttccaaaacttgaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgc 45245190  T
Q  288 a 288  Q
    |    
T  45245191 a 45245191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 41 - 286
Target Start/End: Original strand, 32785631 - 32785876
Alignment:
Q  41 ttttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagatta 140  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||   |||||  |  |||||| || |||||||||||| || |||||||||||| ||||||||    
T  32785631 ttttcttctattttttccaatttgcaactacttgatttgagctattgctataacatatctgaagaaggtatttgtcaatttttaagatgttctaagatta 32785730  T
Q  141 gacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattga 240  Q
    |||| ||||| || |  |    || || | |  |||  | | || |||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32785731 gacatttgaatttggaccacttttcaagaatcgagcaccgtcgaatgaactttaaagctcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagaattga 32785830  T
Q  241 tgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 286  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||  |||| || ||||||||||    
T  32785831 tgatgaagcactttatgtgatctcaataagttttcatgggcttttg 32785876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 169 - 367
Target Start/End: Original strand, 19468486 - 19468684
Alignment:
Q  169 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 268  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  19468486 agtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactttatgtgatctcaaag 19468585  T
Q  269 agttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaa 367  Q
    |  ||| |||| |||||| | || ||  |  |  |||||||  || |||||||||| |||||||| ||| |  ||||||| | ||| ||||||||||||    
T  19468586 aactgttgtggacttttggaattatttgtggacggttgtaatgatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgaaagaaaattgctcacaactgagagaa 19468684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 215 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 7554554 - 7554393
Alignment:
Q  215 ttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaata 314  Q
    |||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||||| ||| | ||| | |||     
T  7554554 ttgaacttatcatatacaagtgttgatgatgaagcactctatatgatctcaaagagttgtggtggacttttacaactgttactgaaaggatgtgataatg 7554455  T
Q  315 tcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttg 376  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| | | |||||||| | ||| ||| | ||| |||||||||    
T  7554454 tcacagaaaagggagtgaagcatgtggtagaaaactgcacgctactcaaagagattaatttg 7554393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 186 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 52082676 - 52082582
Alignment:
Q  186 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 280  Q
    |||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||    
T  52082676 tgaactttcaagtttccaaattggaggtgttgaacttgtcaaagacaaaaattgatgatgaaacattgtatgtgatctcaaagagttgttgtggg 52082582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 103 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 52092955 - 52092776
Alignment:
Q  103 cgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaactt-agctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 201  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||| || || | ||  || | |||| ||||||  | |||||||| || || |    
T  52092955 cgaaggtattgttgaagttttaagatgttgtaaaattactcatttgaacttgagatcttggtc-aacattgaatctactttcaatgaactttcaagtttc 52092857  T
Q  202 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 282  Q
    |||| ||||||||||||||||| || | ||||  ||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||| | |||||||    
T  52092856 caaattggaggtgttgaacttggcaaagacaaaaattgatgatgacacattgtatgtgatctcaaagagtttttgtgggct 52092776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 9586729 - 9586632
Alignment:
Q  191 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 288  Q
    |||||| | ||||| || |||||||||||||||||| |||||  | || |||||||||||||  |||||| ||||| || ||||||||| ||||||||    
T  9586729 tttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacagatgttaatgatgaaacactttatgtgacctcaatgaattgtcgtggacttttgca 9586632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 209 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 43634979 - 43634891
Alignment:
Q  209 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 297  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||   |||| |||| ||||||  |||||| |||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||    
T  43634979 gaggcgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgtggacttttgaatttgttact 43634891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 215 - 333
Target Start/End: Original strand, 29718956 - 29719074
Alignment:
Q  215 ttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaata 314  Q
    |||||||||||| |||| |   |||||||| || ||||| || | || |||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||  || ||||||  |||     
T  29718956 ttgaacttgtcatataccaacgttgatgataaatcactccatatcatatcaacgagttgttgtggccttttgcaattgttactggaaagttgtatgaatg 29719055  T
Q  315 tcacagagaagggagtgaa 333  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  29719056 tcacagagaatggagtgaa 29719074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 94 - 282
Target Start/End: Original strand, 533 - 724
Alignment:
Q  94 catatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaac 190  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| ||||   ||||||||||  |||||| ||||| |||||     ||| || |||||| |||||| || | |||    
T  533 catatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaac 632  T
Q  191 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 282  Q
    ||| || ||||  || | |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||| |||| |||| |||||||    
T  633 tttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatctcgaagaattgttgtgggct 724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 39285 - 39176
Alignment:
Q  173 aagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagtt 272  Q
    |||||||||||| |||||||||||||       || ||||||||||||||| ||  |||||   || |||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  39285 aagctacttggattgaactttgaaat-------ctcgaggtgttgaacttgacatttacaaaggttaatgatgaaacactttatgtgatctcaaagagtt 39193  T
Q  273 gtcgtgggcttttgcac 289  Q
    || ||||||||||||||    
T  39192 gtagtgggcttttgcac 39176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 196 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 88924 - 88822
Alignment:
Q  196 aattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgtta 295  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||   ||||  || || |||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |    
T  88924 aattcacaaactggaggtattgaacttgtcaagaacaatcatagacgatgaagcactccatgtgatctcaaagaggtgtcatgggcttttgcaattgtaa 88825  T
Q  296 cta 298  Q
    |||    
T  88824 cta 88822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 109 - 274
Target Start/End: Original strand, 1388 - 1559
Alignment:
Q  109 tatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaa 205  Q
    ||||||| ||||||||||   ||||| |||||||||||| |||||||||||  |  ||| |   ||| | ||| ||| | ||||||||| | |||| ||     
T  1388 tatttgtcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaag 1487  T
Q  206 ctggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgat---gatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgt 274  Q
    || ||||||||| |||||||| |||||| | |||||   |||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  1488 ctagaggtgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgt 1559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University