View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2172-Insertion-1 (Length: 841)

Name: NF2172-Insertion-1
Description: NF2172
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2172-Insertion-1
NF2172-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-822)||(6434859-6435667)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (8-325)||(29429775-29430092)
chr6 (325-422)||(29430044-29430141)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 522; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 822
Target Start/End: Original strand, 6434859 - 6435667
Alignment:
Q  8 tttataacagtctcgaacttaaaaatatattattgatacacattcatttatcacatgagcaaacaaaaaatatggaagatttttctannnnnnncttatt 107  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||    
T  6434859 tttataacactctcaaacttaaaaatatattattgatacacattcatttatcacatgagcaaacaaaaaatatggaagatttttctatttttttcttatt 6434958  T
Q  108 atcattccttcgacgcctttccttctcctaactcataagtagagccttcttatcctgtcgtggagcgaacaaaataaccttggtaatagcggaggggata 207  Q
    ||| | || || |||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6434959 atcctcccctcaacgcctttccttcttctaactcacaagtaaaaccttcttatcctgccgtggaacgaacaagataaccttggtaatagcggaggggata 6435058  T
Q  208 tatgatcaactnnnnnnnnttattctatttcatagaaataacttaatttgatacaaaacattatctagataatttctcatatagcaagtcattttccatg 307  Q
    |||||| ||||        ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6435059 tatgataaactaaaaaaaattattatatttcatagaaataacttaatttgatacaaaacattatctagataatttctcatatagcaagtcattttccatg 6435158  T
Q  308 ttatcaat-aagttacacaatttctcatatagcaaatcattttccatgttatcaattaagttacacctacgtatctcactcctcattctaaaaatgcagc 406  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6435159 ttatcaattaagttgcacaatttctcatatagcaagtcattttccatgttatcaattaagttacacctacgtatctcactcctcattctaaaaatgcagc 6435258  T
Q  407 tccaattgcatatgtgtgagnnnnnnn-tcgtaccaaattgtggttaataacgttccacagaagtgtctaccnnnnnnntgatcgatgacaattatagta 505  Q
    |||||||||||||||| ||         |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       || ||||||||||||||||||    
T  6435259 tccaattgcatatgtgagaaaaaaaaaatcgtacaaaattgtggttaataacgttccacagaagtgtctaccaaaaaaatggtcgatgacaattatagta 6435358  T
Q  506 actaaacatatcgattataaagtacgtaattgtaactaaacaacgaatccttgtaaaacccgtttgtaaagttcgagagtctcctctttataaactcaat 605  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  6435359 actaaatatatcggttataaagtacgtaagtgtaattaaacaacgaatccttgtaaaacccgtttgtaaagtt-gagagtctcctctttataaactctat 6435457  T
Q  606 ataaaagttctacatattctaatatacgacttgaggttttccgaatacaaccatcactctttgagcttgatgcgtgtatctaaatcgtgagtagcctgat 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6435458 ataaaagttctacatattctaatatac-----gaggttttccgaaaacaaccaccactatttgggcttgatgcgtgtatctaaatcgtgagtagcctgat 6435552  T
Q  706 caataagccccggataattgttgaaattttaaatctaactcctcattacaaatcgacttataagatgaaaagtaatcctcgtatgaaccctcatcaagaa 805  Q
    ||||||| | | ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |    
T  6435553 caataag-ctctgataactattgaaattttaaatctaactcctcgttacaaatcgacttataagatgaaaagtactcctcgtataaaccctcatcaag-a 6435650  T
Q  806 gttctatctatactttt 822  Q
    |||||||||||||||||    
T  6435651 gttctatctatactttt 6435667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 8 - 325
Target Start/End: Original strand, 29429775 - 29430092
Alignment:
Q  8 tttataacagtctcgaacttaaaaatatattattgatacacattcatttatcacatgagcaaacaaaaaatatggaagatttttctannnnnnncttatt 107  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||       ||||||    
T  29429775 tttataacactctcaaacttaaaaatatagtattgatacacattcatttatcacatgagcaaacaaaaaatatgaaagatatttctatttttt-cttatt 29429873  T
Q  108 atcattccttcgacgcctttccttctcctaactcataagtagagccttcttatcctgtcgtggagcgaacaaaataaccttggtaatagcggaggggata 207  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||     
T  29429874 atccttccttcaacgcctttccttctcctaactcacaagtagagccttcttatcctgtcgtggagcgaacaagataaccttgataatagcggaggggatt 29429973  T
Q  208 tatgatcaactnnnnnnnnttattctatttcatagaaataacttaatttgatacaaaacattatctagataatttctcatatagcaagtcattttccatg 307  Q
    |||||| |||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29429974 tatgataaaccaaaaaaaattattctatttcatagaaataacttaatttgatacaaaatattatctagataatttctcatttagcaagtcattttccatg 29430073  T
Q  308 ttatcaa-taagttacaca 325  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  29430074 ttatcaattaagttacaca 29430092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 325 - 422
Target Start/End: Original strand, 29430044 - 29430141
Alignment:
Q  325 aatttctcatatagcaaatcattttccatgttatcaattaagttacacctacgtatctcactcctcattctaaaaatgcagctccaattgcatatgtg 422  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  29430044 aatttctcatttagcaagtcattttccatgttatcaattaagttacacatacgtatctcactcttcattctaaaaatgtagctccaattacatatgtg 29430141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University