View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2173_low_2 (Length: 471)

Name: NF2173_low_2
Description: NF2173
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2173_low_2
NF2173_low_2
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (10-453)||(53509213-53509662)
chr3 (339-452)||(53513081-53513194)
chr3 (323-445)||(53523725-53523847)
chr3 (339-450)||(53547253-53547364)
chr3 (22-136)||(44290992-44291105)
chr3 (26-110)||(44291423-44291508)
chr3 (20-51)||(33291632-33291663)
chr3 (12-51)||(46476842-46476881)
chr3 (10-139)||(48200338-48200468)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (20-140)||(12656342-12656461)
chr1 (65-146)||(25112511-25112592)
chr1 (87-146)||(620594-620653)
chr1 (22-111)||(802260-802350)
chr1 (25-125)||(16026107-16026208)
chr1 (26-111)||(16554304-16554390)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (10-143)||(8198623-8198756)
chr2 (10-143)||(8203383-8203516)
chr2 (24-143)||(4558889-4559009)
chr2 (26-146)||(13323837-13323961)
chr2 (22-79)||(8198415-8198473)
chr2 (22-79)||(8203175-8203233)
chr2 (22-51)||(45385853-45385882)
chr2 (10-51)||(45385920-45385961)
chr2 (25-73)||(34901922-34901970)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (322-406)||(16609984-16610068)
chr5 (25-110)||(30384212-30384297)
chr5 (16-52)||(2143087-2143123)
chr5 (65-113)||(42474903-42474951)
chr5 (24-139)||(13953504-13953618)
chr5 (25-111)||(29532056-29532142)
chr5 (85-139)||(4689128-4689182)
chr5 (26-110)||(4689303-4689388)
chr5 (26-110)||(38458815-38458898)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (24-117)||(2277203-2277297)
chr8 (18-100)||(15907700-15907782)
chr8 (26-104)||(12190014-12190091)
chr8 (26-104)||(12434442-12434519)
chr8 (65-125)||(37064684-37064744)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (23-111)||(5755591-5755678)
chr7 (71-146)||(32857952-32858027)
chr7 (24-125)||(28003336-28003436)
chr7 (83-143)||(21921027-21921087)
chr7 (65-140)||(18128498-18128573)
chr7 (65-140)||(20389685-20389759)
chr7 (20-146)||(32804595-32804721)
chr7 (20-146)||(41331299-41331426)
chr7 (26-79)||(12264769-12264822)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (25-146)||(22519781-22519904)
chr4 (26-146)||(22889586-22889707)
chr4 (26-146)||(22941250-22941371)
chr4 (25-146)||(31095256-31095378)
chr4 (85-139)||(2803346-2803400)
chr4 (65-146)||(20141786-20141866)
chr4 (78-143)||(48194425-48194490)
chr4 (165-193)||(33278748-33278776)
chr4 (26-110)||(34717576-34717659)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (18-138)||(16419589-16419712)
chr6 (15-125)||(33547739-33547851)
chr6 (25-107)||(7533472-7533554)
chr6 (10-48)||(12458463-12458501)
chr6 (65-136)||(11324048-11324119)
chr6 (26-124)||(10544278-10544375)
chr6 (22-104)||(33547807-33547889)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (18-146)||(3863-3990)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 453
Target Start/End: Original strand, 53509213 - 53509662
Alignment:
Q  10 attatactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagt 109  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  53509213 attatactagaactcctttaagttatttaattataacaaatttgtcttcaaattattttcgtaccaattaaattctttaagttaattaattgtaaaaagt 53509312  T
Q  110 tgattttttaagttttctccgtaccaattaggtcattcaactataacactttgatgattttaaattttaaaaatgtaagttatttggagctaaaagtttc 209  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53509313 tgattttttaagtttttttcgtaccaattaggtcattcaactataacactttgatgattttaaatcttaaaaatgtaagttatttggagctaaaagtttc 53509412  T
Q  210 aattnnnnnnn------gttaaaatacctgagtgttaatatttaaaatacaagtttgttacaattaaatctaaaactagcttgttataacttaaaaagta 303  Q
    ||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53509413 aattaaataacttaaaagttaaaatacctgagtgttaatatttaaaatacaagtttgttacaattaaatctaaaactagcttgttataacttaaaaagta 53509512  T
Q  304 cctggaagtgccgtgcccaaaacttggaactccgtaagatgcagccacttagttgaagcccatttatttcctctaattactggactaccgcctgaaagca 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  53509513 cctggaagtgccgtgcccaaaactttgaactccgtaagatgcagccacttagttgaagcccatttatttcctctaattaccggactaccgcctgaaagca 53509612  T
Q  404 aagaaaaattaaataacttcatcattcatatcttcaaatttccaatgtgg 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53509613 aagaaaaattaaataacttcatcattcatatcttcaaatttccaatgtgg 53509662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 339 - 452
Target Start/End: Original strand, 53513081 - 53513194
Alignment:
Q  339 aagatgcagccacttagttgaagcccatttatttcctctaattactggactaccgcctgaaagcaaagaaaaattaaataacttcatcattcatatcttc 438  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||     
T  53513081 aagatgcagccacttagttgaagcccatttatttcctctaattactggactaccgcctgaaagcaaagattaattaaataacttcatcattcatagcttg 53513180  T
Q  439 aaatttccaatgtg 452  Q
    ||||||||||||||    
T  53513181 aaatttccaatgtg 53513194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 323 - 445
Target Start/End: Original strand, 53523725 - 53523847
Alignment:
Q  323 aaacttggaactccgtaagatgcagccacttagttgaagcccatttatttcctctaattactggactaccgcctgaaagcaaagaaaaattaaataactt 422  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  53523725 aaactttgaactccgtaagatgcagcaacttatttgaagcccatttacttcctctaattactgggctaccacctgaaagcaaagataaattaattaactt 53523824  T
Q  423 catcattcatatcttcaaatttc 445  Q
    ||||||||||| |||| ||||||    
T  53523825 catcattcatagcttctaatttc 53523847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 339 - 450
Target Start/End: Original strand, 53547253 - 53547364
Alignment:
Q  339 aagatgcagccacttagttgaagcccatttatttcctctaattactggactaccgcctgaaagcaaagaaaaattaaataacttcatcattcatatcttc 438  Q
    |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||  |||||| || | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| |||     
T  53547253 aagatgcatccactttgttgaagaccatttatttcctacaattacggggcaaccgcctgaaagcaaagataaattaattaacttcatcaatcatagcttt 53547352  T
Q  439 aaatttccaatg 450  Q
     |||||||||||    
T  53547353 taatttccaatg 53547364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 22 - 136
Target Start/End: Original strand, 44290992 - 44291105
Alignment:
Q  22 gtcctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaag 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || | || || || |||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||| ||||||   |||||||    
T  44290992 gtcctttaagttatttaattgtaacaaaattttttt-aagtttttttcgtaccacttaagtcatttaagttaattagttgtaacaagttggccttttaag 44291090  T
Q  122 ttttctccgtaccaa 136  Q
    |||| ||||||||||    
T  44291091 ttttttccgtaccaa 44291105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 26 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 44291508 - 44291423
Alignment:
Q  26 tttaagttatttaattgtaacaaatttatcttc-aaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  || || ||||| |||| ||| ||||||  | |||||||||| |||||||||| |||||    
T  44291508 tttaagttatttaattgtaacaaattggtcctctaaatttttttagtatcacttatgtcctttaagttatttaattgtaacaagtt 44291423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 33291663 - 33291632
Alignment:
Q  20 aagtcctttaagttatttaattgtaacaaatt 51  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33291663 aagtcctttaagttatttaattgtaacaaatt 33291632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 51
Target Start/End: Original strand, 46476842 - 46476881
Alignment:
Q  12 tatactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaaatt 51  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46476842 tatactagagatcctttaagttatttaattgtaacaaatt 46476881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 10 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 48200468 - 48200338
Alignment:
Q  10 attatactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaaatttatc-ttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaag 108  Q
    |||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||  |||| ||| || || || |||||||||| ||||| |  ||||| |||||| ||||||| |||    
T  48200468 attacactagaaatcttttaacttatttaattgtaaagaattgatcatttaattttttttcgtaccgcttaagtcttttaaattaattgattgtaataag 48200369  T
Q  109 ttgattttttaagttttctccgtaccaatta 139  Q
    ||  |||||||| || | || ||||||||||    
T  48200368 ttagttttttaaattctttctgtaccaatta 48200338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 20 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 12656461 - 12656342
Alignment:
Q  20 aagtcctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgatttttta 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||  || | |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||    
T  12656461 aagtcctttaagttatttaattgtaacatattgattttttaaattttttcgtaccacttaaaccctttaagttaattaattgtaataagttg-gttttta 12656363  T
Q  120 agttttctccgtaccaattag 140  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  12656362 agttttttccgtaccaattag 12656342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 146
Target Start/End: Original strand, 25112511 - 25112592
Alignment:
Q  65 ttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagttttctccgtaccaattaggtcatt 146  Q
    ||||| |||||||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||| |||| ||||||||||||| ||||||    
T  25112511 ttttcataccacttaagttatttaagctaattaattgtaataagttgatcctttaaattttttccgtaccaattaagtcatt 25112592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 87 - 146
Target Start/End: Original strand, 620594 - 620653
Alignment:
Q  87 taagttaattaattgtaagaagttgattttttaagttttctccgtaccaattaggtcatt 146  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| |||||| |||||||||||||    
T  620594 taagttaattaattgtaacaagttaatctttaaagttttttccgtatcaattaggtcatt 620653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 802350 - 802260
Alignment:
Q  22 gtcctttaagttatttaattgtaacaaatttatc-ttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttg 111  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||  || || ||| | ||||||||||||||| || |||| | |||||||||||||| ||||||    
T  802350 gtcctttaagttatttaaatgtaataaattggtcctttaaacttttttcgtaccacttatatcctttgaattaattaattgtaacaagttg 802260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 25 - 125
Target Start/End: Original strand, 16026107 - 16026208
Alignment:
Q  25 ctttaagttatttaattgtaacaaatttatc-ttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagtt 123  Q
    ||||||||||||||||||||| || || ||| || | ||| |||||||||| ||||  | |||||||||| |||| ||||| |||||||| | |||||||    
T  16026107 ctttaagttatttaattgtaataagttaatcatttacatttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaataagttgatctgttaagtt 16026206  T
Q  124 tt 125  Q
    ||    
T  16026207 tt 16026208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 26 - 111
Target Start/End: Original strand, 16554304 - 16554390
Alignment:
Q  26 tttaagttatttaattgtaacaaatttatc-ttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttg 111  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  || || || || |||| ||||||||||| |  ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  16554304 tttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaagtcatttaagttaatcaattgtaacaagttg 16554390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 10 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 8198756 - 8198623
Alignment:
Q  10 attatactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagt 109  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||  |||| || || ||| |||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  8198756 attataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtctttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaataagt 8198657  T
Q  110 tgattttttaagttttctccgtaccaattaggtc 143  Q
    ||    |||||||||| |||||||||||||||||    
T  8198656 tggccctttaagttttttccgtaccaattaggtc 8198623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 10 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 8203516 - 8203383
Alignment:
Q  10 attatactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagt 109  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||  |||| || || ||| |||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  8203516 attataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtctttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaataagt 8203417  T
Q  110 tgattttttaagttttctccgtaccaattaggtc 143  Q
    ||    |||||||||| |||||||||||||||||    
T  8203416 tggccctttaagttttttccgtaccaattaggtc 8203383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 4559009 - 4558889
Alignment:
Q  24 cctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcg-taccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagt 122  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || |||| | ||| |||||  | ||||| ||||||||||||||| |||||| |  |||||||    
T  4559009 cctttaagttatttaattgtaataaattgatctttaagttttttttggtacaacttaggtactttatgttaattaattgtaacaagttgttcctttaagt 4558910  T
Q  123 tttctccgtaccaattaggtc 143  Q
    ||| || ||||||||||||||    
T  4558909 tttgtctgtaccaattaggtc 4558889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 26 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 13323961 - 13323837
Alignment:
Q  26 tttaagttatttaattgtaacaaattta--tcttcaaattgtttt--cgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaag 121  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |  | || || || ||||  |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| | |    
T  13323961 tttaagttatttaattgtaataaattaacttttttaatttttttttccgtaccacttagcttcttaaagttaattaattgtaataagttgatctttgatg 13323862  T
Q  122 ttttctccgtaccaattaggtcatt 146  Q
     ||| |||||| |||||||||||||    
T  13323861 ctttttccgtatcaattaggtcatt 13323837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 22 - 79
Target Start/End: Original strand, 8198415 - 8198473
Alignment:
Q  22 gtcctttaagttatttaattgtaacaaatt-tatcttcaaattgttttcgtaccactta 79  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||   |||| ||||| |||||||||||||||    
T  8198415 gtcctttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccactta 8198473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 22 - 79
Target Start/End: Original strand, 8203175 - 8203233
Alignment:
Q  22 gtcctttaagttatttaattgtaacaaatt-tatcttcaaattgttttcgtaccactta 79  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||   |||| ||||| |||||||||||||||    
T  8203175 gtcctttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccactta 8203233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 51
Target Start/End: Original strand, 45385853 - 45385882
Alignment:
Q  22 gtcctttaagttatttaattgtaacaaatt 51  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45385853 gtcctttaagttatttaattgtaacaaatt 45385882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 45385961 - 45385920
Alignment:
Q  10 attatactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaaatt 51  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45385961 attacactagaggtcctttaagttatttaattggaacaaatt 45385920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 25 - 73
Target Start/End: Original strand, 34901922 - 34901970
Alignment:
Q  25 ctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtac 73  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||||    
T  34901922 ctttaagttatttaattgtaataaattgatctttaaattttttttgtac 34901970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 322 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 16610068 - 16609984
Alignment:
Q  322 aaaacttggaactccgtaagatgcagccacttagttgaagcccatttatttcctctaattactggactaccgcctgaaagcaaag 406  Q
    ||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  16610068 aaaactttgaattccttaagatgcagcaacttagttgaagcccatttatttcgtttaattactaggctaccgcctgaaagcaaag 16609984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 25 - 110
Target Start/End: Original strand, 30384212 - 30384297
Alignment:
Q  25 ctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagtt 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||  || | ||||||||  |||||  |  ||||||||| |||||||||| |||||    
T  30384212 ctttaagttatttaattgtaacaaatttgtcttttaagttttttcgtattacttacgtcttttaagttatttaattgtaacaagtt 30384297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 52
Target Start/End: Original strand, 2143087 - 2143123
Alignment:
Q  16 ctagaagtcctttaagttatttaattgtaacaaattt 52  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2143087 ctagaagtcttttaagttatttaattgtaacaaattt 2143123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 113
Target Start/End: Original strand, 42474903 - 42474951
Alignment:
Q  65 ttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgat 113  Q
    |||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  42474903 tttttgtaccacttaaatcttttaagttaattaattgtaataagttgat 42474951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 13953618 - 13953504
Alignment:
Q  24 cctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagtt 123  Q
    |||||||||| ||||||| ||| |||||  | ||  || | ||||| |||| ||||| |  |||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||    
T  13953618 cctttaagttgtttaattataataaattggttttttaagttttttcataccgcttaagtcatttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagtt 13953519  T
Q  124 ttctccgtaccaatta 139  Q
    || |||||||||||||    
T  13953518 tt-tccgtaccaatta 13953504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 29532142 - 29532056
Alignment:
Q  25 ctttaagttatttaattgtaacaaatt-tatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttg 111  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  | ||| ||||| |||||||| ||||||  ||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  29532142 ctttaagttattcaattgtaacaaattgaacctttaaatt-ttttcgtatcacttagcttctttatgttaattaactgtaaaaagttg 29532056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 85 - 139
Target Start/End: Original strand, 4689128 - 4689182
Alignment:
Q  85 tttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagttttctccgtaccaatta 139  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| || |||| |||||    
T  4689128 tttaagttaattaattgtgataagttggttttttaagttttttctgtacaaatta 4689182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 4689388 - 4689303
Alignment:
Q  26 tttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattc-tttaagttaattaattgtaagaagtt 110  Q
    |||||||||||||||||||| ||||   |||| ||||| ||||||||||| |||  | | ||||||||| |||||||||| |||||    
T  4689388 tttaagttatttaattgtaataaatacgtctttaaatttttttcgtaccatttatgtccttttaagttatttaattgtaacaagtt 4689303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 26 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 38458898 - 38458815
Alignment:
Q  26 tttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagtt 110  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  | || || || ||||||||||||||| ||  ||||||||| || ||||||| |||||    
T  38458898 tttaagttatttaattgtaataaattagtttt-aagtttttttcgtaccacttatatcttttaagttattttattgtaataagtt 38458815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 51; Significance: 5e-20; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 24 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 2277297 - 2277203
Alignment:
Q  24 cctttaagttatttaattgtaacaaatttatc-ttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| || || || |||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2277297 cctttaagttatttaattgtaacaaattgatcctttaagttttttttgtaccacttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttgattttt 2277203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 100
Target Start/End: Original strand, 15907700 - 15907782
Alignment:
Q  18 agaagtcctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaatt 100  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| | |||||  |||| || || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15907700 agaaatcctttaagttatttacttgtgataaattggtctttaagtttttttcgtaccacttatattctttaagttaattaatt 15907782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 26 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 12190091 - 12190014
Alignment:
Q  26 tttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaa 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | || |  || |||||||| | |||| | |||||||||||||| |||||||    
T  12190091 tttaagttatttaattgtaacaaatttgttttaagttttttttcgtatcgcttaga-tctttaagttaattgattgtaa 12190014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 26 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 12434519 - 12434442
Alignment:
Q  26 tttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaa 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | || |  || |||||||| | |||| | |||||||||||||| |||||||    
T  12434519 tttaagttatttaattgtaacaaatttgttttaagttttttttcgtatcgcttaga-tctttaagttaattgattgtaa 12434442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 65 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 37064744 - 37064684
Alignment:
Q  65 ttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagtttt 125  Q
    |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| ||| |||||| |  ||||||||||    
T  37064744 ttttcgcaccacttaagtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaagtttt 37064684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000005; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 111
Target Start/End: Original strand, 5755591 - 5755678
Alignment:
Q  23 tcctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttg 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   | |  |||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  5755591 tcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatt-ttttcgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttg 5755678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 32858027 - 32857952
Alignment:
Q  71 taccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagttttctccgtaccaattaggtcatt 146  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||| || |||| ||||||||||||    
T  32858027 taccacttaaatcttttaagttaattaattgtaataagttggttctttaaattttttcagtactaattaggtcatt 32857952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 28003436 - 28003336
Alignment:
Q  24 cctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagtt 123  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || ||| | || || ||||||||||| |||  | ||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||    
T  28003436 cctttaaattatttaattgtaacaagttgatcgttaagtt-ttttcgtaccaattaggtcctttaagttaattaaatgtaacaagttgatcctttaagtt 28003338  T
Q  124 tt 125  Q
    ||    
T  28003337 tt 28003336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 83 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 21921087 - 21921027
Alignment:
Q  83 tctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagttttctccgtaccaattaggtc 143  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||| || |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  21921087 tctttaagttaattaactgtaacaagttgtttatttaagttttttccgtactaattaggtc 21921027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 18128573 - 18128498
Alignment:
Q  65 ttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagttttctccgtaccaattag 140  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||| |||| | ||||| ||||||    
T  18128573 ttttcgtactacttaggttctttaagttaattaattgtaataagttggtgctttaattttttttcgtacgaattag 18128498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 140
Target Start/End: Original strand, 20389685 - 20389759
Alignment:
Q  65 ttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagttttctccgtaccaattag 140  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||| | ||||| ||||||    
T  20389685 ttttcgtactacttagatgctttaagttaattaattgtaacaagttg-gtctttaagtttttttcgtacgaattag 20389759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 32804721 - 32804595
Alignment:
Q  20 aagtcctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaa-ttgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgatttttt 118  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||| ||||| |||||  |  || ||||| ||| |||||| |  ||||||||||||||||| || |||||| ||||||    
T  32804721 aagtcttttaggatatttaattgtaataaattgatcttttaggtttttttcatacaacttaagtcatttaagttaattaattgcaacaagttg-tttttt 32804623  T
Q  119 aagttttctccgtaccaattaggtcatt 146  Q
    ||||||| | |||  |||||||||||||    
T  32804622 aagtttttttcgtttcaattaggtcatt 32804595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 41331426 - 41331299
Alignment:
Q  20 aagtcctttaagttatttaattgtaacaaatttatc-ttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgatttttt 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| || || || || ||||||||| ||  |  ||||||||||| |||| ||| |||||| || |||    
T  41331426 aagtcatttaagttatttaattgtaataaattgatcatttaagtttttctcgtaccacctagctcatttaagttaataaattataacaagttggttcttt 41331327  T
Q  119 aagttttctccgtaccaattaggtcatt 146  Q
    |||||||    |||||||| ||||||||    
T  41331326 aagtttttcatgtaccaatgaggtcatt 41331299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 79
Target Start/End: Original strand, 12264769 - 12264822
Alignment:
Q  26 tttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccactta 79  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||| || |  |||||||||||||||    
T  12264769 tttaagttaattaattgtaacaagtttatctttaagtatttttcgtaccactta 12264822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000005; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 25 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 22519904 - 22519781
Alignment:
Q  25 ctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgtttt--cgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagt 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  || | ||| | ||||  |||||||||||  |  |||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||    
T  22519904 ctttaaattatttaattgtaacaaattggtccttaaagtttttttccgtaccacttaggtcttttaagttaattaattataacaagttgatcctttaagt 22519805  T
Q  123 tttctccgtaccaattaggtcatt 146  Q
    ||| || ||| |||||||||||||    
T  22519804 tttttctgtatcaattaggtcatt 22519781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 26 - 146
Target Start/End: Original strand, 22889586 - 22889707
Alignment:
Q  26 tttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaa-ttgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagttt 124  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||  || | ||| || |||| ||||| |||  || |||||||||||| |||||||| |||||| ||  |||| |||    
T  22889586 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggttcattaaattt 22889685  T
Q  125 tctccgtaccaattaggtcatt 146  Q
    | ||||||||||||| ||||||    
T  22889686 tttccgtaccaattaagtcatt 22889707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 26 - 146
Target Start/End: Original strand, 22941250 - 22941371
Alignment:
Q  26 tttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaa-ttgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagttt 124  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||  || | ||| || |||| ||||| |||  || |||||||||||| |||||||| |||||| ||  |||| |||    
T  22941250 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggttcattaaattt 22941349  T
Q  125 tctccgtaccaattaggtcatt 146  Q
    | ||||||||||||| ||||||    
T  22941350 tttccgtaccaattaagtcatt 22941371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 31095378 - 31095256
Alignment:
Q  25 ctttaagttatttaattgtaacaaatttatc--ttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagt 122  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||   | ||||| ||||||||||| |||  |  ||||||||||||| |||||| ||||| ||  | |||||    
T  31095378 ctttaagttatttaattgtaataaatttgtccacttaaattattttcgtaccatttaggtcttttaagttaattagttgtaacaagttaatcctataagt 31095279  T
Q  123 tttctccgtaccaattaggtcatt 146  Q
    ||| ||| ||||||| ||||||||    
T  31095278 tttttcc-taccaataaggtcatt 31095256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 85 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 2803400 - 2803346
Alignment:
Q  85 tttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagttttctccgtaccaatta 139  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||    
T  2803400 tttaagttaattaattgaaataagttgatcttttacgttttttccgtatcaatta 2803346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 146
Target Start/End: Original strand, 20141786 - 20141866
Alignment:
Q  65 ttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagttttctccgtaccaattaggtcatt 146  Q
    |||| ||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||  | |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  20141786 tttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttg-gtctttaagttttattcgtactaattaggtcatt 20141866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 78 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 48194490 - 48194425
Alignment:
Q  78 taaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagttttctccgtaccaattaggtc 143  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  |||| ||||| | ||||||  |||||||    
T  48194490 taaattctttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgtttttttcgtacctcttaggtc 48194425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 165 - 193
Target Start/End: Original strand, 33278748 - 33278776
Alignment:
Q  165 gattttaaattttaaaaatgtaagttatt 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33278748 gattttaaattttaaaaatgtaagttatt 33278776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 26 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 34717659 - 34717576
Alignment:
Q  26 tttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagtt 110  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | || || || |||||||| ||| ||| |  ||||||||||||||||| || |||||    
T  34717659 tttaagttatttaattgtaataaatttgtatttaagtt-ttttcgtatcacctaagtcttttaagttaattaattgaaacaagtt 34717576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 138
Target Start/End: Original strand, 16419589 - 16419712
Alignment:
Q  18 agaagtcctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttc----gtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  || | |||||    |||||| ||| ||  |||||||||||||||||||| |||||| |    
T  16419589 agaagtcctttaagttatttaattgtaacaaattgatcattgaagtattttcttttgtaccaattagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggt 16419688  T
Q  114 tttttaagttttctccgtaccaatt 138  Q
      |||||||||| | ||||||||||    
T  16419689 catttaagtttt-ttcgtaccaatt 16419712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 125
Target Start/End: Original strand, 33547739 - 33547851
Alignment:
Q  15 actagaagtcctttaagttatttaattgtaacaaatttatc--ttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttga 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||  || |  || |||| || |||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||      
T  33547739 actagaggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaagtttatttttgttccacttatgtcctttaagttaattaattgtaacaagtttg 33547838  T
Q  113 ttttttaagtttt 125  Q
    | |||||||||||    
T  33547839 tcttttaagtttt 33547851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 25 - 107
Target Start/End: Original strand, 7533472 - 7533554
Alignment:
Q  25 ctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaa 107  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||  |||| || || ||||||||||||| | |||| |||||||| |||||| ||||||    
T  7533472 ctttaagttatttaattataacaagttgttctttaagtttttttcgtaccactcacattcattaagttatttaattataagaa 7533554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 48
Target Start/End: Complemental strand, 12458501 - 12458463
Alignment:
Q  10 attatactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaa 48  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12458501 attacactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaa 12458463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 136
Target Start/End: Original strand, 11324048 - 11324119
Alignment:
Q  65 ttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagttttctccgtaccaa 136  Q
    |||||||||||||||  || ||||| ||||||| |||||| ||||||||  |||||||||| || |||||||    
T  11324048 ttttcgtaccacttaggttttttaaattaattatttgtaataagttgatcctttaagttttttctgtaccaa 11324119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 26 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 10544375 - 10544278
Alignment:
Q  26 tttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgattttttaagttt 124  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| | ||| || || ||||||||| | ||| || | ||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||||    
T  10544375 tttaagttatttatctgtaacaaattga-ctttaagtttttttcgtactagttagatccattaagttaattaattataataagttgatcatttaagttt 10544278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 22 - 104
Target Start/End: Original strand, 33547807 - 33547889
Alignment:
Q  22 gtcctttaagttatttaattgtaacaaatttatcttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaa 104  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||  || | ||||| ||||| |||  | |||||||||| ||||||||||    
T  33547807 gtcctttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagttttttcataccatttaggtcctttaagttatttaattgtaa 33547889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 3990 - 3863
Alignment:
Q  18 agaagtcctttaagttatttaattgtaacaaatttatc-ttcaaattgttttcgtaccacttaaattctttaagttaattaattgtaagaagttgatttt 116  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||| || || || ||||| |||||| | |  |||||||||||||| ||||||| |||||| |  |    
T  3990 agaagtcatttatgttatttaattgtaataaattgatcatttaagttattttcctaccac-tgaggtctttaagttaattgattgtaacaagttggtcct 3892  T
Q  117 ttaagttttctccgtaccaattaggtcatt 146  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  3891 ttaagtttt-ttcgtaccaattaggtcatt 3863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University