View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2176_high_31 (Length: 429)

Name: NF2176_high_31
Description: NF2176
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2176_high_31
NF2176_high_31
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (151-428)||(54747988-54748265)
chr3 (154-429)||(26848077-26848352)
chr3 (154-429)||(25095919-25096179)
chr3 (154-429)||(50834007-50834283)
chr3 (154-429)||(50841570-50841846)
chr3 (208-429)||(48905551-48905772)
chr3 (154-429)||(35612935-35613212)
chr3 (208-429)||(9663823-9664041)
chr3 (156-344)||(25313366-25313555)
chr3 (154-429)||(46320434-46320710)
chr3 (154-429)||(22515639-22515917)
chr3 (154-429)||(23026201-23026479)
chr3 (170-428)||(20922691-20922951)
chr3 (156-340)||(49794963-49795149)
chr3 (381-429)||(30363826-30363874)
chr3 (252-297)||(31612861-31612906)
chr3 (250-299)||(33280367-33280416)
chr3 (384-429)||(25313559-25313604)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (154-429)||(24989714-24989989)
chr7 (208-429)||(7568096-7568317)
chr7 (216-429)||(45062518-45062731)
chr7 (202-429)||(18674552-18674779)
chr7 (154-330)||(8417659-8417835)
chr7 (201-429)||(23319893-23320122)
chr7 (154-429)||(48390237-48390513)
chr7 (219-429)||(41850931-41851142)
chr7 (152-429)||(48394079-48394356)
chr7 (352-429)||(8417896-8417973)
chr7 (248-304)||(965166-965222)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (154-429)||(43034047-43034322)
chr4 (154-429)||(30537548-30537823)
chr4 (154-429)||(50150236-50150509)
chr4 (154-429)||(27627753-27628028)
chr4 (154-429)||(36187319-36187595)
chr4 (154-429)||(782793-783069)
chr4 (154-428)||(3067729-3068001)
chr4 (154-429)||(26877163-26877441)
chr4 (154-340)||(25934341-25934526)
chr4 (210-340)||(33313287-33313417)
chr4 (352-429)||(25934545-25934622)
chr4 (244-299)||(56551518-56551573)
chr4 (352-429)||(22651770-22651847)
chr4 (365-429)||(29989965-29990029)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (153-429)||(13882085-13882360)
chr8 (154-429)||(8669735-8670009)
chr8 (163-429)||(29226286-29226551)
chr8 (160-429)||(37533773-37534043)
chr8 (154-429)||(32305708-32305984)
chr8 (159-429)||(8106899-8107169)
chr8 (161-429)||(35634708-35634977)
chr8 (205-343)||(42569953-42570092)
chr8 (352-428)||(45177521-45177598)
chr8 (229-326)||(36741715-36741815)
chr8 (203-338)||(17855397-17855533)
chr8 (272-304)||(31598690-31598722)
[»] chr2 (19 HSPs)
chr2 (154-429)||(41435526-41435801)
chr2 (154-429)||(21344998-21345270)
chr2 (154-402)||(10448719-10448967)
chr2 (154-429)||(39778567-39778845)
chr2 (154-388)||(11964151-11964384)
chr2 (154-429)||(10728210-10728486)
chr2 (208-429)||(7105608-7105829)
chr2 (154-338)||(22066384-22066568)
chr2 (162-429)||(25186947-25187214)
chr2 (154-429)||(13693447-13693722)
chr2 (159-424)||(42993728-42993994)
chr2 (161-429)||(10700141-10700410)
chr2 (154-429)||(19926704-19926978)
chr2 (159-337)||(36191585-36191763)
chr2 (154-426)||(28830958-28831230)
chr2 (153-292)||(41462665-41462805)
chr2 (365-429)||(22066315-22066379)
chr2 (381-429)||(36191492-36191539)
chr2 (365-429)||(41462845-41462909)
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (154-413)||(1553717-1553976)
chr1 (154-428)||(30222693-30222967)
chr1 (168-429)||(35050222-35050483)
chr1 (154-429)||(16130429-16130707)
chr1 (154-429)||(45192491-45192765)
chr1 (154-386)||(27332899-27333131)
chr1 (154-429)||(5800355-5800629)
chr1 (154-429)||(16129875-16130157)
chr1 (154-429)||(27654606-27654880)
chr1 (154-429)||(40987985-40988261)
chr1 (157-334)||(9411731-9411909)
chr1 (236-429)||(27846418-27846612)
chr1 (205-418)||(36834287-36834495)
chr1 (151-429)||(34546647-34546925)
chr1 (154-428)||(23933236-23933512)
chr1 (272-429)||(35428419-35428580)
chr1 (154-332)||(13879068-13879235)
chr1 (154-340)||(4813758-4813945)
chr1 (154-276)||(35121171-35121293)
chr1 (247-424)||(11907972-11908147)
chr1 (381-429)||(9412284-9412332)
chr1 (365-428)||(35121359-35121421)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (154-429)||(1365645-1365921)
chr6 (154-429)||(24337933-24338205)
chr6 (17-155)||(24178858-24178996)
chr6 (161-429)||(7243333-7243602)
chr6 (19-149)||(24188670-24188800)
chr6 (26-99)||(24168478-24168551)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (150-344)||(21262900-21263094)
chr5 (154-429)||(33314329-33314604)
chr5 (153-429)||(40385151-40385431)
chr5 (156-429)||(41174577-41174851)
chr5 (154-429)||(24868467-24868743)
chr5 (157-421)||(3097472-3097741)
chr5 (219-340)||(4237918-4238039)
chr5 (352-429)||(21262519-21262596)
chr5 (166-329)||(2934905-2935070)
[»] scaffold0067 (1 HSPs)
scaffold0067 (154-429)||(6703-6981)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (154-429)||(258242-258509)
[»] scaffold0057 (2 HSPs)
scaffold0057 (220-429)||(30477-30686)
scaffold0057 (253-429)||(30743-30919)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 151 - 428
Target Start/End: Original strand, 54747988 - 54748265
Alignment:
Q  151 tagtactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaa 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54747988 tagtactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaa 54748087  T
Q  251 atttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnn 350  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||          
T  54748088 atttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaaattgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatataatttttt 54748187  T
Q  351 naaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgttt 428  Q
     |||||||||| | ||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54748188 taaatgtagaagtgtattaaatgaagataactattttcaacgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgttt 54748265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 26848352 - 26848077
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26848352 tactccctccggtcctttttattataaacaaaagtgagaatttttttggtcatttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 26848253  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||       ||    
T  26848252 tcttttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtgttcatagaatttttttaa 26848153  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
     ||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26848152 ctgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttttttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 26848077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 25096179 - 25095919
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25096179 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaaatttcaagtatgtttgaagctaaatt 25096080  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||                
T  25096079 tcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaaattgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcata------------ 25095992  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
       ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25095991 ---tagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 25095919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Original strand, 50834007 - 50834283
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  50834007 tactccctccggtcctttttattaggaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 50834106  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnna 352  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||        |    
T  50834107 ttcatttgtgcccttacttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggatttttttta 50834206  T
Q  353 aatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||    
T  50834207 aatgtagagatatattaaatgaagataactattttcaatatatttccttagtcctgatgttttatgtcttttgtttc 50834283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 50841846 - 50841570
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  50841846 tactccctccggtcctttttattaggaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 50841747  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnna 352  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||        |    
T  50841746 ttcatttgtgcccttacttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggatttttttta 50841647  T
Q  353 aatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||    
T  50841646 aatgtagagatatattaaatgaagataactattttcaatatatttccttagtcctgatgttttatgtcttttgtttc 50841570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 208 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 48905772 - 48905551
Alignment:
Q  208 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgat 307  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  48905772 tttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaaggtaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggt 48905673  T
Q  308 ggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgtt 407  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||       |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| || ||    
T  48905672 ggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaatttttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttagtctt 48905573  T
Q  408 gatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  48905572 gatgttttatgtcttttgtttc 48905551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 35613212 - 35612935
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35613212 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 35613113  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnn 351  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||            
T  35613112 ttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaaataagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatggaatttttttt 35613013  T
Q  352 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||||||||  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  35613012 aaatgtagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttggtcctgatgttttatgtcttttatttc 35612935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 208 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 9664041 - 9663823
Alignment:
Q  208 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgat 307  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |    
T  9664041 tttataagaagattgaccaagtttcaag-atgtttgaaggtaaatttcatttgtgcccttatttattatgagaga--atattaaaagtaagtaagttggt 9663945  T
Q  308 ggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgtt 407  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||       |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  9663944 ggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaatttttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttggtctt 9663845  T
Q  408 gatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  9663844 gatgttttatgtcttttgtttc 9663823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 156 - 344
Target Start/End: Original strand, 25313366 - 25313555
Alignment:
Q  156 ctccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaattt 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25313366 ctccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttgggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaattt 25313465  T
Q  255 catttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa 344  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  25313466 catttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcatagaa 25313555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Original strand, 46320434 - 46320710
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||    
T  46320434 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttaggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaagttaaat 46320533  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnna 352  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||| || || |||       |    
T  46320534 ttcatttgtacccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtgaaataaagagtaattaatttaggggtgttaatggaagtttctta 46320633  T
Q  353 aatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||| ||||  | ||||||||||| ||  |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  46320634 aatatagaggtgtattaaatgaatattactattttcaatgtatttctttggtcttgatgttttatgtctgttgtttc 46320710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Original strand, 22515639 - 22515917
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||        |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  22515639 tactccctccgatcctttttattagaaacaaaactgaaattctttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtctgaagctaaat 22515738  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnna 352  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||| || |||       |    
T  22515739 ttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagaatatttatggaattttttta 22515838  T
Q  353 aatgta--gaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||  ||  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||    
T  22515839 aatgtattgaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttagtcctgatgttttatgtcttttgtttc 22515917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 23026479 - 23026201
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||| ||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||| |||||    
T  23026479 tacttcctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcatttttataagaaatattgataaaatttcaagtatgtttgaagttaaat 23026380  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga---annnnn 349  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||             
T  23026379 ttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggcattcat-gattttttttt 23026281  T
Q  350 nnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
      ||||||||| || ||||||||||| ||  |||||||||||||||||  ||| |  |||| ||||||||||||||||||    
T  23026280 ttaaatgtagagatgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttctttgatcctgatattttatgtcttttgtttc 23026201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 170 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 20922951 - 20922691
Alignment:
Q  170 ttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgccctta 268  Q
    |||||||||||||||||||||||        ||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20922951 ttttattagaaacaaaagtgaaattttttttggttctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtattcttgaagctaaatttcatttgtgctctta 20922852  T
Q  269 ttaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga-annnnnnnaaatgtagaaatatat 367  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||| || ||||||| ||         |||||||||  | |||    
T  20922851 tttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaaaaataattaatttagggatattcattgatttttttttaaatgtagaggtgtat 20922752  T
Q  368 taaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgttt 428  Q
    |||||||| ||   |||||||||||||||| ||| ||  | ||||||||||||||||||||    
T  20922751 taaatgaagataaatattttcaatgtatttccttagtcctaatgttttatgtcttttgttt 20922691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 156 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 49795149 - 49794963
Alignment:
Q  156 ctccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtc--ctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||         |   |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49795149 ctccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatctttttttttttctttttataagaaatattgatcaagtttcaagtatgtt-gaagctaaat 49795051  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcat 340  Q
    ||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||    
T  49795050 ttcatttgtactcttatttattatgagagaaaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaattaaggggtattcat 49794963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 381 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 30363874 - 30363826
Alignment:
Q  381 ctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  30363874 ctattttcaatgtattttcttggtcctgatgttttatgtcttttgtttc 30363826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 252 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 31612906 - 31612861
Alignment:
Q  252 tttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaa 297  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31612906 tttcatctgtgtccttattcattatgagagagaatattaaaagtaa 31612861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 250 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 33280416 - 33280367
Alignment:
Q  250 aatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagt 299  Q
    |||||||||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  33280416 aatttcatttgtgttcttatttattacgagagagaatattaaaagtaagt 33280367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 384 - 429
Target Start/End: Original strand, 25313559 - 25313604
Alignment:
Q  384 ttttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||| |||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||    
T  25313559 ttttaaatgtatttttttggtcctgatgttttatgtcttttgtttc 25313604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Original strand, 24989714 - 24989989
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24989714 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttattagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 24989813  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||    
T  24989814 tcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatagaatttttttaa 24989913  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  24989914 atgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttaaatgtattttcttggtattaatgttttatgtcttttgtttc 24989989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 208 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 7568317 - 7568096
Alignment:
Q  208 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  7568317 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaaggtaaatttcatttgtgcccttatttattatgaaagagaatattaaaagtaagtaagttggt 7568218  T
Q  308 ggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgtt 407  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||       |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  7568217 ggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaatttttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttggtctt 7568118  T
Q  408 gatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  7568117 gatgttttatgtcttttgtttc 7568096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 216 - 429
Target Start/End: Original strand, 45062518 - 45062731
Alignment:
Q  216 aagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataga 315  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  45062518 aagattgatcaagtttcaaatatgtttaaagctaaatttcatctgtgcccttgttgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaa 45062617  T
Q  316 gagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgtttt 415  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| || | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45062618 aagtaattaatttaagggtattcatagaatttttttaaatgtaaaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttgatgttgatgtttt 45062717  T
Q  416 atgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||||||||    
T  45062718 atgtcttttgtttc 45062731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 202 - 429
Target Start/End: Original strand, 18674552 - 18674779
Alignment:
Q  202 gtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaa 301  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||    
T  18674552 gtcctttttataagaaaattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttatttattataagagagaatattgaaaataagtaa 18674651  T
Q  302 gttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttctt 401  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||       |||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||    
T  18674652 gttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaatttttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactatattcaatgtatttcctt 18674751  T
Q  402 ggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18674752 ggtcttgatgttttatgtcttttgtttc 18674779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 154 - 330
Target Start/End: Original strand, 8417659 - 8417835
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8417659 tacttcctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttttgtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 8417758  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaa 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8417759 tcatttgtgcccttattaattatgagagataatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaa 8417835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 201 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 23320122 - 23319893
Alignment:
Q  201 ggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagt 299  Q
    |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23320122 ggtcatttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagt 23320023  T
Q  300 aagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttc 399  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||       |||||||||  | ||||||| ||| ||  |||||||||||||| || |    
T  23320022 aagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatggaaattttttaaatgtagaggtgtattaaacgaagataactattttcaatgtaattcc 23319923  T
Q  400 ttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||    
T  23319922 ttggtcctgatgttttatgtcttttgtttc 23319893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 48390513 - 48390237
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48390513 tactacctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaattttttttttatcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 48390414  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnn 351  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||| |||||||||| |||            
T  48390413 ttcatttgtgtccttatttattatgagtgagaatattaaaagtaagtaagttgatgaaataaaaaataattaatttaggggtattcatggaatatttttt 48390314  T
Q  352 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||| || |||||||| || ||  ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  48390313 aaatgtagagatgtattaaat-aagataactattttcaatgtatttccttgatcttgatgttttatgtcttttgtttc 48390237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 219 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 41851142 - 41850931
Alignment:
Q  219 attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagag 318  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  41851142 attgaccaagtttcaagtatgtttgaaactaaatttcatttgtacccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtgagttggtggaataaagag 41851043  T
Q  319 taattaatttaagggtattcat-agaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttat 417  Q
    ||||||||||| |||||||||| | ||       |||||||||  | ||||||||||| ||  | ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||    
T  41851042 taattaatttaggggtattcataaaaaaaaatttaaatgtagaggtgtattaaatgaagataacaattttcaatgtatttccttggtcctgatgttttat 41850943  T
Q  418 gtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||||||    
T  41850942 gtcttttgtttc 41850931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 152 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 48394356 - 48394079
Alignment:
Q  152 agtactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaa 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  48394356 agtactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaattttttttttgtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaaactaa 48394257  T
Q  251 atttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcat--agaannnn 348  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |  ||||        
T  48394256 atttcatttgtgcccttatttattatgaaaga--atattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcttgaagaagaag 48394159  T
Q  349 nnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
       ||| |||||  | ||||||||||| ||   |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||    
T  48394158 aaaaaa-gtagaggtgtattaaatgaagataaatattttcaatgtatttccttggtcctgatgttttatggcttttgtttc 48394079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 352 - 429
Target Start/End: Original strand, 8417896 - 8417973
Alignment:
Q  352 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||||||||| | ||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8417896 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgaatatttttaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 8417973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 248 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 965222 - 965166
Alignment:
Q  248 taaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagtt 304  Q
    |||||||| ||||||  |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  965222 taaatttcgtttgtgttcttatttattatgagaaagaatattaaaagtaagtaagtt 965166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 43034322 - 43034047
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43034322 tactacctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgaagctaaatt 43034223  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||    
T  43034222 tcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatagaattattttaa 43034123  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43034122 atgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtaatttcttggtgttgatgttttatgttttttgtttc 43034047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 30537823 - 30537548
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |         |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30537823 tactccctccgatcctttttgttagaaacaaaagtgagatttttttttgtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 30537724  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||       ||    
T  30537723 tcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaaaatttttaa 30537624  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  30537623 atgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttgatcttgatgttttatgtcttttgtttc 30537548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 50150509 - 50150236
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||       ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  50150509 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagggagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagttttaagtatgtttgaagctaaatt 50150410  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |       ||    
T  50150409 tcatttgtgtccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaaaagtaattaatttaagggtattcctag-agttttttaa 50150311  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||  |||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||||||||||    
T  50150310 atgtagaagcatattaaatgaagatgattattttcaatgtattttcttagttttaatatttta-gtcttttgtttc 50150236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Original strand, 27627753 - 27628028
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       | |||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27627753 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtggaaatttttttgatcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 27627852  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnn 351  Q
    |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||            
T  27627853 ttcatttgtgcccttatttattat--gagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgtaatttttttt 27627950  T
Q  352 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  27627951 aaatgtagaaatatattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttgatcctgatgttttatgtcttttgtttc 27628028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Original strand, 36187319 - 36187595
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||| |||||||||||||    
T  36187319 tactacctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaatttttttttggtcctttttataagaaatattaaccaagtttcaagtatatttgaagctaaat 36187418  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnn 351  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||            
T  36187419 ttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcatggaatatttttt 36187518  T
Q  352 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||| || |||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36187519 aaatgtagagatgtattaaat-aagataactattttcaatgtattttcttggtcttgatgttttatgtcttttgtttc 36187595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Original strand, 782793 - 783069
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |         ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  782793 tactacctccggtcctttttattagaaacaaaagtgatatttttttttgtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 782892  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnn 351  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||            
T  782893 ttcttttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcatggaatatttttt 782992  T
Q  352 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||| || |||||||| || ||  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  782993 aaatgtagagatgtattaaat-aagataactattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtcttttgtttc 783069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 154 - 428
Target Start/End: Original strand, 3067729 - 3068001
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3067729 tactccatccggtcctttttattagaaa-aaaagtgagaattttttttgtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 3067827  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  | ||||| |||  ||||||||||  ||||||||| |||       ||    
T  3067828 tcatttgtgcccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtagaataaagaagaattaatttagaggtattcat-gaatttttctaa 3067926  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgttt 428  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||    
T  3067927 atgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttgatcttgatgttttatgtcttttgttt 3068001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Original strand, 26877163 - 26877441
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  26877163 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaaattttaagtatgtttgaagctaaat 26877262  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga---annnnn 349  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||             
T  26877263 ttcatttgtgtccttatttattatgagatagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcat-gattttttttt 26877361  T
Q  350 nnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
      |||||||||  | |||||| |||| ||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  26877362 ttaaatgtagaggtgtattaactgaagataactattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatatcttttgtttc 26877441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 154 - 340
Target Start/End: Original strand, 25934341 - 25934526
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25934341 tactctctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttttgtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagataaatt 25934440  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcat 340  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||  ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||    
T  25934441 tcatttgtgcccttatttattatgagagagaaaattaaaaataaataagttagtggaataaagaggaattaattt-agggtattcat 25934526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 210 - 340
Target Start/End: Original strand, 33313287 - 33313417
Alignment:
Q  210 tataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatgg 309  Q
    |||||||||||| | ||||||| || ||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||    
T  33313287 tataagaagattaaccaagttttaaatatgtttaaatataaattttatttgtgcccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtgg 33313386  T
Q  310 aatagagagtaattaatttaagggtattcat 340  Q
    |||| |||  |||||||||| || |||||||    
T  33313387 aataaagatgaattaatttatggatattcat 33313417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 352 - 429
Target Start/End: Original strand, 25934545 - 25934622
Alignment:
Q  352 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||| ||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||||    
T  25934545 aaatatagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttctttagtcttgatgttttatgtcttttgtttc 25934622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 244 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 56551573 - 56551518
Alignment:
Q  244 aagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagt 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  56551573 aagctaaatttcatttgtgcccttaattattattagagagaatactaaaagcaagt 56551518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 352 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 22651847 - 22651770
Alignment:
Q  352 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||| ||||| | ||||||| ||| |||  ||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  22651847 aaatatagaagtgtattaaaagaagatgattattttcaatgtatttctttggtctcgatgttttatgtcttttgtttc 22651770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 365 - 429
Target Start/End: Original strand, 29989965 - 29990029
Alignment:
Q  365 tattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| | |||  ||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  29989965 tattaaatgaaaatagctattttcaatatttttcattggtcttgatggtttatgtattttgtttc 29990029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 153 - 429
Target Start/End: Original strand, 13882085 - 13882360
Alignment:
Q  153 gtactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13882085 gtactacctccggtcctttttattagaaataaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgaagctaaat 13882184  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnna 352  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       |    
T  13882185 ttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatatt-aaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatagaattatttta 13882283  T
Q  353 aatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13882284 aatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtaatttcttggtgttgatgttttatgttttttgtttc 13882360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Original strand, 8669735 - 8670009
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |        | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8669735 tactccttccggtcctttttattagaaataaaagtgagattttttttg-tcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagttaaatt 8669833  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |        ||    
T  8669834 tcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcataaattttttttaa 8669933  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8669934 atgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttttttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 8670009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 163 - 429
Target Start/End: Original strand, 29226286 - 29226551
Alignment:
Q  163 cggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtg 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||       | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29226286 cggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttgttcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtg 29226385  T
Q  263 cccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaa 362  Q
     ||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||       ||||||||||     
T  29226386 -ccttattgattatgaatgaaaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattgatagaatttttttaaatgtagaag 29226484  T
Q  363 tatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29226485 tgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttttttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 29226551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 160 - 429
Target Start/End: Original strand, 37533773 - 37534043
Alignment:
Q  160 ctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 259  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||       | |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||    
T  37533773 ctccgatcctttttattataaacaaaagtgagaatttttttgatcctttttattagaagattgatcaagtttcaaatatatttgaagttaaatttcgttt 37533872  T
Q  260 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnnaaatgta 358  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||        |||||||    
T  37533873 gtgcccttattgattatgagagagaatattaaaaataagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaaatgtattcatataattttttttaaatgta 37533972  T
Q  359 gaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37533973 gaaatgtattaaatgaagatgactatttttaatgtattttcttgatgttgatgttttatgtcttttgtttc 37534043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Original strand, 32305708 - 32305984
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32305708 tactacctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 32305807  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnn 351  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||            
T  32305808 ttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcatggaatatttttt 32305907  T
Q  352 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||| || |||||||| || ||  |||||||||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||||    
T  32305908 aaatgtagagatgtattaaat-aagataactattttcaatgtatttctttagtcttgatgttttatgtcttttgtttc 32305984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 159 - 429
Target Start/End: Original strand, 8106899 - 8107169
Alignment:
Q  159 cctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 258  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||       | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8106899 cctccggtcctttttattagaaacaaaaatgagaatttttttgatcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaaactaaatttcatt 8106998  T
Q  259 tgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgta 358  Q
    |||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||  ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||  |        |||||||    
T  8106999 tgtgtccttatttattatgagatagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggaattaatttaggggtattcatgaattttttttaaatgta 8107098  T
Q  359 gaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||| | ||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8107099 gaagtgtattaaatgaagaggactattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtcttttgtttc 8107169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 161 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 35634977 - 35634708
Alignment:
Q  161 tccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 259  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||        ||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35634977 tccggtcatttttattataaacaaaagtgagaattttttttgtcatttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 35634878  T
Q  260 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 359  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||| || ||||||| ||        |||||||     
T  35634877 gtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtgcgataaagagtaattaatttagggttattcatggattttttttaaatgtaa 35634778  T
Q  360 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    || | ||||||||||| ||  |||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||||||    
T  35634777 aagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttctttggtactgatgttttatgtcttttgtttc 35634708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 205 - 343
Target Start/End: Original strand, 42569953 - 42570092
Alignment:
Q  205 ctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagt 303  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42569953 ctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatcattgaagctaaattttatttgtgcatttatttattatgagagagaatattaaaaataagtaagt 42570052  T
Q  304 tgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga 343  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||| || ||||||||||    
T  42570053 tgatgaaataaatagtaattaatttagggatattcataga 42570092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 352 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 45177598 - 45177521
Alignment:
Q  352 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgt-attttcttggtgttgatgttttatgtcttttgttt 428  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45177598 aaatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgttattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgttt 45177521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 229 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 36741815 - 36741715
Alignment:
Q  229 tttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatga---gagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaa 325  Q
    |||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |   ||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||    
T  36741815 tttcaaatgtgttagaagctaaatttcatttgtgtccttatttattattattagagagaatattaaaagtaagtaagttagtggaattaagagtaattaa 36741716  T
Q  326 t 326  Q
    |    
T  36741715 t 36741715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 203 - 338
Target Start/End: Original strand, 17855397 - 17855533
Alignment:
Q  203 tcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaa 301  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||| ||| |||| |||| ||| |||||||||||||||  ||||||| || |||||| | | |||||||||||| |||    
T  17855397 tcctttttataagaaatattgaacaatttttaagtgtgttggaaactaaatttcatttgtatccttatttatgatgagaaatagtattaaaagtaattaa 17855496  T
Q  302 gttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattc 338  Q
    ||| |||||    | ||||||||||||| ||||||||    
T  17855497 gttaatggaggcaatagtaattaatttaggggtattc 17855533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 272 - 304
Target Start/End: Original strand, 31598690 - 31598722
Alignment:
Q  272 attatgagagagaatattaaaagtaagtaagtt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31598690 attatgagagagaatattaaaagtaattaagtt 31598722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 170; Significance: 4e-91; HSPs: 19)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 41435801 - 41435526
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41435801 tactcgctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataataagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 41435702  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||       ||    
T  41435701 tcatttgtgcccttattgattatgagatagaatattaaaagtaaataagttgatgaaataaagagtaattaatttaagggtattcatgaaaaaaaattaa 41435602  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41435601 atgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgcattttcttggtgttgatgttttatgttttttgtttc 41435526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 21345270 - 21344998
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21345270 tacttcctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttt-ggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 21345172  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    ||||||||| ||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||       ||    
T  21345171 tcatttgtgtccttattgattgtgagagaga--attaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtatttatagaattgttttaa 21345074  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||||||| | || |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21345073 atgtagaagtgtaataaatgaagatgactattttcaatgtatttttttggtcttgatgttttatgtcttttgtttc 21344998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 154 - 402
Target Start/End: Original strand, 10448719 - 10448967
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10448719 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctctttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagttaaatt 10448818  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||       ||    
T  10448819 tcatttgtgctcttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaatagtaattaatttaagggtattcatataacttttttaa 10448918  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttg 402  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  10448919 atgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatatattttcttg 10448967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 39778845 - 39778567
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39778845 tactccctccggtcttttttattagaaacaaaagtgaaaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 39778746  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa--nnnnnn 350  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||            
T  39778745 ttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggaatttttttt 39778646  T
Q  351 naaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
     |||||||||  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  39778645 taaatgtagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtcttttatttc 39778567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 154 - 388
Target Start/End: Original strand, 11964151 - 11964384
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11964151 tactccctccggtcctttctattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgaagctaaatt 11964250  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       ||    
T  11964251 tcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatagaa-ttttttaa 11964349  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttc 388  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||    
T  11964350 atgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttc 11964384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 10728486 - 10728210
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  10728486 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgacaaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 10728387  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnna 352  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |        |    
T  10728386 ttcatttatgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaatttttttta 10728287  T
Q  353 aatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||  | |||||| |||| ||  ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  10728286 aatgtagaggtgtattaactgaagataactattttcaatgtatttccttagtcttgatgttttatgtcttttgtttc 10728210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 208 - 429
Target Start/End: Original strand, 7105608 - 7105829
Alignment:
Q  208 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgat 307  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  7105608 tttataagaagattgaccaagtttcaagtatgcttgaaggtaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagaaaatattaaaagtaagtaagttggt 7105707  T
Q  308 ggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgtt 407  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||       |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||| ||    
T  7105708 ggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaaaaaatttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttatttggtctt 7105807  T
Q  408 gatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  7105808 gatgttttatgtcttttgtttc 7105829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 154 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 22066568 - 22066384
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22066568 tactccctccgatcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttaaagctaaatt 22066469  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattc 338  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  22066468 tcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagttagttgatggaataaaaagtaattaatttaagggtattc 22066384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 162 - 429
Target Start/End: Original strand, 25186947 - 25187214
Alignment:
Q  162 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 260  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||        |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25186947 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaa-tttttttggtcatttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtctgaagctaaatttcatttg 25187045  T
Q  261 tgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtaga 360  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||       |||||||||    
T  25187046 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaattaagagtaattaatttaaggatattcatggaatttttttaaatgtaga 25187145  T
Q  361 aatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
      | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||||||||||||    
T  25187146 ggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttggtcctaatgttttatgtcttttgtttc 25187214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 13693722 - 13693447
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  13693722 tactctctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttaaagataaatt 13693623  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||  |        ||    
T  13693622 tcatttctgtccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggaattaatttaggggtattcatgaatattttttaa 13693523  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    || ||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  13693522 atatagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttgatcttgatgttttatgtcttttgtttc 13693447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 159 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 42993994 - 42993728
Alignment:
Q  159 cctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnn-ggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcat 257  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||        ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42993994 cctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttttggtcctttttataagaagattgaccaaatttcaagtatgtttgaagataaatttcat 42993895  T
Q  258 ttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgt 357  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||        |||| |    
T  42993894 ttgtgcccttatttgttatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggaattaatttaggggtattcatggattttatttaaatat 42993795  T
Q  358 agaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtctttt 424  Q
    |||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  42993794 agaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtctttt 42993728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 161 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 10700410 - 10700141
Alignment:
Q  161 tccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 259  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||        ||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10700410 tccgatcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttagtcttttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtctgaagctaaatttcattt 10700311  T
Q  260 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 359  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||       ||||||||    
T  10700310 gtgcccttacttattatgagagagaatattaaaagtaaataagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatggaatttttttaaatgtag 10700211  T
Q  360 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |  | ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| || |||||||||    
T  10700210 aggtgtattaaatgaaaataactattttcaatgtatttccttggtcctgatgttttacgttttttgtttc 10700141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 19926978 - 19926704
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  19926978 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaattttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaaactaaat 19926879  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnna 352  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |  |        |    
T  19926878 ttcatttgtgcccttatttattatgagaga--atattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcttgaagaagaaaaa 19926781  T
Q  353 aatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    || |||||  | ||||||||||| ||   |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||    
T  19926780 aaagtagaggtgtattaaatgaagataaatattttcaatgtatttccttggtcctgatgttttatggcttttgtttc 19926704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 159 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 36191763 - 36191585
Alignment:
Q  159 cctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcat 257  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |        |||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36191763 cctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagattttttttggtcctttttataagaaatattgactaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcat 36191664  T
Q  258 ttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtatt 337  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  36191663 ttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttg-tggaataaagagtaattaatttaggggtatt 36191585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 154 - 426
Target Start/End: Original strand, 28830958 - 28831230
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||||| |||||| | ||       |||||||||||||||||  ||||| ||| ||| |||||||||||||| |||||    
T  28830958 tacttcctctggtccattttattagaaataaaagtaagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaaattttaagtatgtttgaagttaaat 28831057  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnna 352  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||        |    
T  28831058 ttcatttgtgtccttatttattatgagagaaaatattaaaagtaagtaaattggtgcaataaagagtaattaatttaggggtattcat-gatttttttaa 28831156  T
Q  353 aatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgt 426  Q
    || |||||  | ||||||||||| ||  |||||||||||||||||  |||||  ||||||||||| ||||||||    
T  28831157 aacgtagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttctttggtcctgatgttttatatcttttgt 28831230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 153 - 292
Target Start/End: Original strand, 41462665 - 41462805
Alignment:
Q  153 gtactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 251  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||| || ||||||||||| ||||    
T  41462665 gtactccctccagtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttaggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaaatatgtttgaagttaaa 41462764  T
Q  252 tttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaa 292  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  41462765 tttcatttgtgcccttatttattatgagagagaataataaa 41462805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 365 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 22066379 - 22066315
Alignment:
Q  365 tattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22066379 tattaaatgaagatgactattttcaatgtattttattgatgttgatgttttatgtcttttgtttc 22066315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 381 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 36191539 - 36191492
Alignment:
Q  381 ctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||    
T  36191539 ctattttcaatgtattttcttggtcct-atgttttatgtcttttgtttc 36191492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 365 - 429
Target Start/End: Original strand, 41462845 - 41462909
Alignment:
Q  365 tattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||||| ||  | ||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  41462845 tattaaatgaagattaccattttcaatatatttccttgatcttgatgttttatgtctgttgtttc 41462909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 154 - 413
Target Start/End: Original strand, 1553717 - 1553976
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||       |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1553717 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaa-tgagaatttttgtggtcctttttataagaagtattgatcaaatttcaagtatgtttgaagctaaat 1553815  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnna 352  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||       |    
T  1553816 ttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtatttatagaattttttta 1553915  T
Q  353 aatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgtt 413  Q
    ||||||||| | |||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1553916 aatgtagaagtgtattaaatgaagttgactattttcaatgtattttcttggtgttggtgtt 1553976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 154 - 428
Target Start/End: Original strand, 30222693 - 30222967
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||       | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |    
T  30222693 tactacctccggtcctttttattagaaacaaaaatgagaatttttttgatcatttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgatgctaaaat 30222792  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    |||||||||  |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||| |        ||    
T  30222793 tcatttgtgttcttattgattatgaaagagaatattaaaagtaagtaagttgatggattaaagagtaattaatttaaggatattcatatactttttttaa 30222892  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgttt 428  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30222893 atgtagaagtatattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttggtgttgatattttatgtcttttgttt 30222967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 168 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 35050483 - 35050222
Alignment:
Q  168 ctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgccctt 267  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||       ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  35050483 ctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggttctttttataaaaagatcgatcaagtttcaagtatgtctgaagctaaatttcatttgtgtcctt 35050384  T
Q  268 attaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatat 367  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||          |||||||||| | |||    
T  35050383 attgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatgaaataaagagtaattaatttaagggtatacatattttttttttaaatgtagaagtgtat 35050284  T
Q  368 taaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35050283 taaatgaagatgactattttcaatgtattttcttgatgttgatgttttatgtcttttgtttc 35050222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 16130707 - 16130429
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16130707 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaaaaaatttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 16130608  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga--annnnnn 350  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||             
T  16130607 ttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaaaagtaattaatttaagggtattcatggattttttttt 16130508  T
Q  351 naaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
     |||||||||  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||||||||    
T  16130507 taaatgtagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttgatcttgatgttttatctcttttgtttc 16130429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 45192765 - 45192491
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||       | |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||| | |||||| |    
T  45192765 tactacctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttgatcctttttataagaagattgattaagtttctaatattttttatgctaaaat 45192666  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||       ||    
T  45192665 tcatttgtgttcttattaattatgagacagaatattaaaaataagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggaatttttttaa 45192566  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  45192565 atgtagaagtatattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttgatgttgatg-tttatgtcttttgtttc 45192491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 154 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 27333131 - 27332899
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27333131 tacttcctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagttttaagtatgtttgaagctaaatt 27333032  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||       ||    
T  27333031 tcatttgtacccttattgattatgagagaaaatattaaaagtaagtaagttaatggaataaagagtaattaatttaagggtatttatagaatttttttaa 27332932  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattt 386  Q
    || ||||| | ||||||||||| ||| ||||||    
T  27332931 atatagaagtgtattaaatgaagatgactattt 27332899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 5800629 - 5800355
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5800629 tactccctcagttcctttttattagaaacaaaagtgggaatttttttggtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagataaatt 5800530  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||| |||| |||||||||| |||||||||| |||        |    
T  5800529 tcatttgtgtccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagagaaattaatttaggggtattcat-gaatttttttta 5800431  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    || ||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5800430 atatagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtcttttgtttc 5800355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 16130157 - 16129875
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16130157 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaaaaaatttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 16130058  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga------ann 346  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||             
T  16130057 ttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaaaagtaattaatttaggggtattcatggattttttttt 16129958  T
Q  347 nnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
         ||||||| |  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  16129957 tttttaaatgtaaaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttgattttgatgttttatgtcttttgtttc 16129875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Original strand, 27654606 - 27654880
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  27654606 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgatcaagttttaagtatctttgaagttaaat 27654705  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnna 352  Q
    |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| || || |||       |    
T  27654706 ttcatttgtgcccttatttattat--gagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggttttaatggaattttctta 27654803  T
Q  353 aatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||| ||||  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27654804 aatatagaggtgtattaaatgaagattactattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtcttttgtttc 27654880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 40988261 - 40987985
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnn-ggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  40988261 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaattttttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaaactaaa 40988162  T
Q  252 tttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnn 350  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||           
T  40988161 tttcatttgtgcccttatttattatga--gagaatattaaaagtaagtaagttggcggaataaagagtaattaatttaggggtattcattgaattttttt 40988064  T
Q  351 naaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
     |||||||||  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  40988063 taaatgtagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttggtcctgatgttttatgtcttttgtttc 40987985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 157 - 334
Target Start/End: Original strand, 9411731 - 9411909
Alignment:
Q  157 tccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttc 255  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  9411731 tccctccggtccattttattagaaacaaaagtgaaaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatatttgaagttaaatttc 9411830  T
Q  256 atttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggt 334  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  9411831 acttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggt 9411909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 236 - 429
Target Start/End: Original strand, 27846418 - 27846612
Alignment:
Q  236 tatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggta 335  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  27846418 tatgtttgaagttaaatttcatttgtacccttatttattatgagagataatattaaaagtaagtaagttggtggaatagatagtaattaatttaaggata 27846517  T
Q  336 ttcatagaa-nnnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||| |||        |||||||||| | ||||||||||| ||  |||||||||| |||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  27846518 ttcatggaattgtttttaaatgtagaagtgtattaaatgaagataactattttcaaagtatttccttggtcctgatgttttatgtcttttgtttc 27846612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 205 - 418
Target Start/End: Original strand, 36834287 - 36834495
Alignment:
Q  205 ctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagtt 304  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  36834287 ctttttataagaaaattgattaaatttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtacccttatttattat--aagagaatattaaaagtaagtaagtt 36834384  T
Q  305 gatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggt 404  Q
    | ||||||| |||||||||||||||  ||||||||| |||       |||||||||| | |||||||| || ||| ||||||| |||||||||  |||||    
T  36834385 ggtggaataaagagtaattaattta--ggtattcat-gaaattttttaaatgtagaagtgtattaaataaagatgactatttttaatgtatttctttggt 36834481  T
Q  405 gttgatgttttatg 418  Q
     ||||| |||||||    
T  36834482 cttgatattttatg 36834495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 151 - 429
Target Start/End: Original strand, 34546647 - 34546925
Alignment:
Q  151 tagtactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagcta 249  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||        ||| ||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34546647 tagtactcccttccgtcctttttattagaaataaaagtgagaattttttttgtcttttttataaaaaatattgatcaagttttaagtatgtttgaagcta 34546746  T
Q  250 aatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa---nn 346  Q
    | |||||||| |||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||         
T  34546747 a-tttcatttctgcccttatttattatgagaaa--atattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcat-gaattttt 34546842  T
Q  347 nnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
         ||||||| |  |  |||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  34546843 tttttaaatgtaaaggtgcattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttggtcctgatgttttatgtcttttgtttc 34546925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 154 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 23933512 - 23933236
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||        |||| | |||||| ||  ||||| ||| |||||| | ||||||||| |||||    
T  23933512 tactccctctgatccattttattagaaacaaaagtgaaaattttgttagtccatattataataaacattgaccaattttcaaatgtgtttgaagttaaat 23933413  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatatt-aaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnn 351  Q
    |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| |||| |||| |||||| | ||||  ||||||||||||||| ||||||||||  ||           
T  23933412 ttcatttgtgcccttatttattatatgagagaatattaaaaaataagaaagttggtagaatcaagagtaattaatttaggggtattcatgaaaaaaaatt 23933313  T
Q  352 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgttt 428  Q
    |||||||||  ||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  23933312 aaatgtagaggtatattaaaagaaaataattattttcaatgtatttttttggtcttgatgatttatgtcttttgttt 23933236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 272 - 429
Target Start/End: Original strand, 35428419 - 35428580
Alignment:
Q  272 attatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgat----ggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatat 367  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||       |||| |||||   | |    
T  35428419 attatgagagagaaaattaaaagtaagtaagttgattgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcataaaaatttttaaaatatagaagcgtgt 35428518  T
Q  368 taaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35428519 taaatgaagatgactattttcaatgtattttcttgatgttgatgttttatgtcttttgtttc 35428580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 154 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 13879235 - 13879068
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||           |||||||    
T  13879235 tactccctccgatcctttttattagaaacaaaagtgaaattttttttggtcctttttacaagaagattgatcaagtttaaag-----------ctaaatt 13879147  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagg 332  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  13879146 tcatttgtgcccttatttattatgagatagaatattaatagtaaataagttggtggaagaaagagtaattaatttaagg 13879068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 154 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 4813945 - 4813758
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagatt-gatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |        ||||| |||||  ||||  || || ||| ||| |||| || ||||| ||||||    
T  4813945 tactccatccggtcctttttataagaaacaaaagtgagattttttttggtccattttacgagaaactttgaccaatttttaagtgtgcttgaaactaaat 4813846  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcat 340  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||||| |||||||||    
T  4813845 ttcatttgtgcccttatttattatgagaaggaatattaaaagtaagtaagttggtggaatgaaaagtaattaatttaaaggtattcat 4813758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 154 - 276
Target Start/End: Original strand, 35121171 - 35121293
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    ||||||| ||| || ||||||||||||||||| |||  ||       ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35121171 tactccccccgatcatttttattagaaacaaatgtgcgaatttttttggtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagcaaaatt 35121270  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattat 276  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
T  35121271 tcatttgtgcccttatttattat 35121293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 247 - 424
Target Start/End: Original strand, 11907972 - 11908147
Alignment:
Q  247 ctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaann 346  Q
    |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||  |||||||| ||| ||||||| ||||||  |||||||||||| ||| ||||||||| |||      
T  11907972 ctaaatttcatttgtgtctttatttattatgagagag--tattaaaaataaataagttggtggaatcaagagtaattaatgtaaaggtattcatggaaga 11908069  T
Q  347 nnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtctttt 424  Q
         ||||||| | |  ||||||||||||||    |||||||||||||||||||| | || ||| ||||||| ||||    
T  11908070 aatttaaatgtacagaagtattaaatgaaaatagtcattttcaatgtattttcttgatcttaatgatttatgtttttt 11908147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 381 - 429
Target Start/End: Original strand, 9412284 - 9412332
Alignment:
Q  381 ctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  9412284 ctattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtcttttatttc 9412332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 365 - 428
Target Start/End: Original strand, 35121359 - 35121421
Alignment:
Q  365 tattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgttt 428  Q
    ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||    
T  35121359 tattaaatgaagatgactatttccaatgtatttt-ttagtcttgatgttttatgtcttttgttt 35121421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Original strand, 1365645 - 1365921
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1365645 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttgttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 1365744  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa-nnnnnnn 351  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||            
T  1365745 ttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggaattttttgt 1365844  T
Q  352 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||| || ||||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  1365845 aaatgtagagatgtattaaatgaagataactattttcaatgta-tttcttggtcctgatgtttcatgtcttttgtttc 1365921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 24338205 - 24337933
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24338205 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcttttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 24338106  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnna 352  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||       |    
T  24338105 ttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttagggttattcatggaattttttta 24338006  T
Q  353 aatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |||||||    |  ||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  24338005 aatgtag----aggttaaatgaagataactattttcaatgtatttccttggtcctgatgttttatgtcttttatttc 24337933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 24178996 - 24178858
Alignment:
Q  17 ctcgacatgaagcgtccgttaaaactgtaagaagtgaaattgtagcgcggaccttccaaggaagaagaggtttgggttggtttttggacattgagatttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  24178996 ctcgacatgaagcgtccgttaaaactgtaagaagtgaaattgtagcgcggaccttccaaggaagaagaggtttgggttggtttttagacattgaaatttt 24178897  T
Q  117 gggtttcttgatttagctaaaattagaagatacatagta 155  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24178896 gggttttttgatttagctaaaattagaagatacatagta 24178858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 161 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 7243602 - 7243333
Alignment:
Q  161 tccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 259  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||       |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7243602 tccggtcctttttattataaacaaaagtgagaacttttttggtcttttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagttaaatttcattt 7243503  T
Q  260 gtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtag 359  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||        ||||||||    
T  7243502 gtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcatggattttttttaaatgtag 7243403  T
Q  360 aaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    |  | ||||||||||| ||  |||||||||||||||||  |||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  7243402 aggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttctttggtcctgatattttatgtcttttgtttc 7243333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 24188800 - 24188670
Alignment:
Q  19 cgacatgaagcgtccgttaaaactgtaagaagtgaaattgtagcgcggaccttccaaggaagaagaggtttgggttggtttttggacattgagattttgg 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||| |||||||    
T  24188800 cgacatgaagagtccgttaaaactgtaagaagtgaaattgtagcgcggaccttccaaggaagaacaggtttgggtttatttgtggacattgaaattttgg 24188701  T
Q  119 gtttcttgatttagctaaaattagaagatac 149  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24188700 gtttcttgatttagctaaacttagaagatac 24188670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 24168551 - 24168478
Alignment:
Q  26 aagcgtccgttaaaactgtaagaagtgaaattgtagcgcggaccttccaaggaagaagaggtttgggttggttt 99  Q
    ||||||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||   |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  24168551 aagcgtcggttaaaaatgaaagaagtgaaatggtagcgcgaggcttccaagaaagaagaggtttgggtttgttt 24168478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 150; Significance: 4e-79; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 150 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 21263094 - 21262900
Alignment:
Q  150 atagtactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagcta 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21263094 atagtactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgataatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagcta 21262995  T
Q  250 aatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa 344  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21262994 aatttcatttgcgcccatattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtatttatagaa 21262900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Original strand, 33314329 - 33314604
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 253  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |        |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33314329 tactccctccagtcctttttattataaacaaaagtgagattatttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgaagctaaatt 33314428  T
Q  254 tcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaa 353  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| |  |||||||  ||       ||    
T  33314429 tcatttgtgccctcatttattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttggtggaataaagagtaattaatttaggaatattcatgaaatttttttaa 33314528  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
     ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  33314529 gtgtagaaatgtattaaatgaagatgaccattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtattttgtttc 33314604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 153 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 40385431 - 40385151
Alignment:
Q  153 gtactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaaga---ttgatcaagtttcaagtatgtttgaagcta 249  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40385431 gtacttcctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagcta 40385332  T
Q  250 aatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga-annnn 348  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||          
T  40385331 aatttcatttgtgcccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggaattaatttaggggtattcatggattattt 40385232  T
Q  349 nnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
       |||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40385231 tttaaatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatatctttggtcttgatgttttatgtcttttgtttc 40385151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 156 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 41174851 - 41174577
Alignment:
Q  156 ctccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttc 255  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  41174851 ctccctccggtcctttttaatagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatattttaagctaaatttc 41174752  T
Q  256 atttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaa--nnnnnnnaa 353  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||  || |||| |||| |||||||| | |||||||||| |||         ||    
T  41174751 atttgtgcccttatttattatgagagagaaagttaaaagtaaataagttagtgaaataaagaggaattaattgaggggtattcat-gaattttttttaaa 41174653  T
Q  354 atgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    || ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  41174652 atatagaagtatattaaatgaagatgactattttcaatgtatttccttgatcttgatgttttatgtcttttgtttc 41174577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Original strand, 24868467 - 24868743
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||        ||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  24868467 tactccctcccatcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttttgtcttttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagttaaat 24868566  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnna 352  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| || || |||       |    
T  24868567 ttcatttgtacccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtgttaatggaattttctta 24868666  T
Q  353 aatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    | | ||||  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||    
T  24868667 attatagaggtgtattaaatgaagattactattttcaatgtattttcttagacttgatgttttatgtcttttgtttc 24868743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 157 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 3097741 - 3097472
Alignment:
Q  157 tccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnng-gtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttc 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |          |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3097741 tccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagattttttttttgtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttc 3097642  T
Q  256 atttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcataga----annnnnnn 351  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||  ||||||| |||| | |||||||| |||||| ||| ||                
T  3097641 atttgtgcccttatttattatgagagtgaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggatttaatttaggggtatacatggatttttttttttt 3097542  T
Q  352 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtct 421  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||    
T  3097541 aaatgtagaagtgtattaaatgaagattactattttcaatgtatttccttgatcttgatgttttatgtct 3097472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 219 - 340
Target Start/End: Original strand, 4237918 - 4238039
Alignment:
Q  219 attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagag 318  Q
    |||||| || ||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||  |||||| ||| ||||||  ||||    
T  4237918 attgataaattttcatggatgtttgaagttaaatttcatttgtgccgttatttattatgagatagaataataaaatgaagtaaattggtggaatcaagag 4238017  T
Q  319 taattaatttaagggtattcat 340  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  4238018 taattaatttaggggtattcat 4238039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 352 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 21262596 - 21262519
Alignment:
Q  352 aaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||||||||||   ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21262596 aaatgtagaagcgtattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 21262519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 166 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 2935070 - 2934905
Alignment:
Q  166 tcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaa-gattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcc 264  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||         |||||||||||||||| |||| | ||| ||| |||| | ||||||| |||||||||||| | ||    
T  2935070 tcctttttataagaaacaaaagtgaaattattttgagtcctttttataagaaagatttaccaatttttaagtgtatttgaagttaaatttcatttatacc 2934971  T
Q  265 cttattaattatgagagagaatatt-aaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaattta 329  Q
    |||||| ||||||||||||  |||| |||||||| ||| |||  |||||  | |||||||||||||    
T  2934970 cttatttattatgagagaggttattaaaaagtaaataaattgccggaatcaaaagtaattaattta 2934905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0067 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0067
Description:

Target: scaffold0067; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Original strand, 6703 - 6981
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||       |||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6703 tactccatccggtcctttttattagaaacaaaagttaaaaaaaatttggtcatttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 6802  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatag--aannnnnn 350  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||||  ||          
T  6803 ttcatttgtgcgcttatttattatgagaaagaatattaaaagtaagtaagttggtagaataaagagtaattaatttaaggatattcatagaaaaaaaaat 6902  T
Q  351 naaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
     ||||||||| || ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||  | || |||||||||||||||||||||    
T  6903 taaatgtagagatgtattaaatgaagataactattttcaatgtatttccttaatcttaatgttttatgtcttttgtttc 6981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 103; Significance: 4e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 154 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 258509 - 258242
Alignment:
Q  154 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 252  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||    
T  258509 tactccatccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttaggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaagttaaat 258410  T
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtattcatagaannnnnnna 352  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||          ||||||||||||||| |||| || || |||       |    
T  258409 ttcatttgtgcctttatttattatgagagagaatattaaaattaagtaagtt---------tagagtaattaatttaggggtgttgatggaattttctta 258319  T
Q  353 aatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
    ||| ||||  | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  258318 aatatagaggtgtattaaatgaagattactattttcaatgtatttccttggtcttgatgttttatgtcttttgtttc 258242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 89; Significance: 9e-43; HSPs: 2)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 220 - 429
Target Start/End: Original strand, 30477 - 30686
Alignment:
Q  220 ttgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagt 319  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||  |||||    
T  30477 ttgaccaattttcaagtttgtttgaaattaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagacaatattaaaagtaagtaagttggcggaatcaagagt 30576  T
Q  320 aattaatttaagggtattcatagaannnnnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgt 419  Q
    |||||||||| ||||||| || |||       ||||| |||  | |||||||| |||||  ||||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||    
T  30577 aattaatttaggggtatttatggaaaaaatttaaatgcagaggtgtattaaattaaaataactattttcaatgtatttcctcggtcttgatgatttatgt 30676  T
Q  420 cttttgtttc 429  Q
    ||||||||||    
T  30677 cttttgtttc 30686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 253 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 30919 - 30743
Alignment:
Q  253 ttcatttgtgcccttattaattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaatagagagtaattaatttaagggtatt-----catagaannn 347  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    || ||||||  ||||||||||||||| |||||||     ||| |||       
T  30919 ttcatgtgcgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtatgt----tggtggaatcaagagtaattaatttaggggtattgtattcatggaaaaa 30824  T
Q  348 nnnnaaatgtagaaatatattaaatgaaaatgcctattttcaatgtattttcttggtgttgatgttttatgtcttttgtttc 429  Q
        |||||| ||  |||||||| |||||||  ||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  30823 atttaaatgttgaggtatattaa-tgaaaataactattttcaatttatttccttggtcttgatgatttatgtcttttgtttc 30743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University