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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF2176_low_7 (Length: 674)
Name: NF2176_low_7
Description: NF2176
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2176_low_7 |
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|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 366 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 32376151 - 32375863
Alignment:
| Q |
366 |
tgttatatcataatataagtctaaatttcaaaggcaaccataatttacttgctgctcccatcacgcttggcagaggaggcctcaagtaaatgatttaacc |
465 |
Q |
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| T |
32376151 |
tgttatatcataatataagtctaaatttcaaaggcaaccataatttacttgctgctcccatcacgcttggcagaggaggcctcaagtaaatgatttaacc |
32376052 |
T |
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| Q |
466 |
taataataaatggattaagtatgaaactacttaaagaaccatacaattacagtagatttttaccagaactaatgatctcaaatctcaatgcaagatttac |
565 |
Q |
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| T |
32376051 |
ttataataaatggattaagtatgaaactacttaaggaaccatacaattacagtagatttttaccagaactaatgatttcaaatctcaatgcaaaatttac |
32375952 |
T |
|
| Q |
566 |
attattgtgtctcaatatacaaaagttacctacattatgcagttaacaaaactcatttagttttcctgggtatcaattaaaacagtata |
654 |
Q |
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| T |
32375951 |
ataattgtgtctcaatatacaaaagttacctacattatgcagttaacaaaactcatttagttttcctgggtatcaattaaaacagtata |
32375863 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 32364742 - 32364159
Alignment:
| Q |
1 |
aatttctatgtaaacaattttgttaggatgcggattatagttattgagtgagcatcactttttctatttaattgcttacaagtctgtgtgagtaggaaat |
100 |
Q |
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||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
32364742 |
aatttctatgtaaaccattttgttaggatgcggattatagttattgagtgagcatcaccttttctatttaattgcttacaagtctgtgtgagtaggaaat |
32364643 |
T |
|
| Q |
101 |
ttnnnnnnnnnnnnnnnttctttttacaagaaaatcatatgaaatacatattaaaatgacatatatgaacttagttttacaatcttaaaatatgtttctt |
200 |
Q |
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| T |
32364642 |
cttgtgtgtat------ttctttttacaagaaaatcatatgaaatacatgttagaat----------aacttagttttacaatcttaatgtatgttcctt |
32364559 |
T |
|
| Q |
201 |
ctactgaaactctttgagggtagatatattaaatgttgtaacctgtgaatgtaacactattttcattatttgtcctacatgatttatacaaatatgttaa |
300 |
Q |
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| T |
32364558 |
ctactgaaactctttgagagttgatatattatg-gttgtgacctgt------aacactattttcataatttgtcctaaatgatttgtataaatatgttaa |
32364466 |
T |
|
| Q |
301 |
aaacagcttataaatccgtcacaagttattttcattagttctaatttctaacacacacaagtgcttgttatatcataatataagtctaaatttcaaaggc |
400 |
Q |
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| T |
32364465 |
aaacagtttataaatccgtcacaagttattttcattagttctaatttctaacacacacaagtgcttgttatatcataatataagtctaaatttcaaaggc |
32364366 |
T |
|
| Q |
401 |
aaccataatttacttgctgctcccatcacgcttggcagaggaggcctcaagtaaatgatttaacctaataat-aaatggattaagtatgaaactacttaa |
499 |
Q |
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| T |
32364365 |
aactaaaatttacctgct-----------gtttggca---gaggtctcaagtacatta-ttaaacttatagtgaaaaggattaagtatgaaactacttat |
32364281 |
T |
|
| Q |
500 |
agaacc--atacaattacagtagatttttaccagaactaatgatctcaaatctcaatgcaagatttacattattgtgtctcaatatacaaaagttaccta |
597 |
Q |
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| T |
32364280 |
ggaaccatatacaattacggtagatatttaccagaac-aataat---tgatctcaatgcaagatctacattactgcgtctcaatatacaacagttatcta |
32364185 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 32376443 - 32376147
Alignment:
| Q |
1 |
aatttctatgtaaacaattttgttaggatgcggattatagttattgagtgagcatcactttttctatttaattgcttacaagtctgtgtgagtaggaaat |
100 |
Q |
| |
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|
| T |
32376443 |
aatttctatgtaaaccattttgttaggatgcggattatagttattgagtgagcatcactttttctatttaattgcttacaagtctgtgtgagtaggaaat |
32376344 |
T |
|
| Q |
101 |
ttnnnnnnnnnnnnnnnttctttttacaagaaaatcatatgaaatacatattaaaatgacatatatgaactta----gttttacaatcttaaaatatgtt |
196 |
Q |
| |
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| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
32376343 |
cttgtgtgtgt------ttctttttacaagaaaatcatatgaaatacatattaaaatgacatatatgaacttaattagttttacaatcttaaaatatgtt |
32376250 |
T |
|
| Q |
197 |
tcttctactgaaactctttgagggtagatatattaaatgttgtaacctgtgaatgtaacactattttcattatttgtcctacatgatttatacaaatatg |
296 |
Q |
| |
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| T |
32376249 |
ccttctactgaaactctttgagggtagatatattaaatgttgtgacctgtgaatgtaacactattttcattatttgccctacatgatttatacaaatatg |
32376150 |
T |
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