View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2201_high_4 (Length: 458)

Name: NF2201_high_4
Description: NF2201
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2201_high_4
NF2201_high_4
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (4-443)||(4784416-4784855)
chr7 (4-443)||(4816845-4817284)
chr7 (4-443)||(4862985-4863424)
chr7 (10-443)||(4697771-4698204)
chr7 (4-443)||(4846602-4847041)
chr7 (4-441)||(4712649-4713086)
chr7 (4-440)||(4642800-4643236)
chr7 (4-422)||(4652616-4653034)
chr7 (4-420)||(4666031-4666447)
chr7 (4-420)||(4660900-4661316)
chr7 (172-440)||(4630173-4630441)
chr7 (97-386)||(4636046-4636335)
chr7 (4-440)||(4671736-4672172)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (94-440)||(18926323-18926669)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (238-385)||(5479246-5479396)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 4784855 - 4784416
Alignment:
Q  4 tccaagaatatgtttgtactctttacgtcacggtgtatgatattctgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggagcctaatagaatct 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  4784855 tccaacaatatgtttgtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatct 4784756  T
Q  104 caagcctctgcttccaagtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctac 203  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784755 caagcctctgcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctac 4784656  T
Q  204 accttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgtttacaccttgttgagaa 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4784655 accttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttcacaccttgttgagaa 4784556  T
Q  304 cccggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcga 403  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784555 cctggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcga 4784456  T
Q  404 agttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaata 443  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784455 agttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaata 4784416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 4817284 - 4816845
Alignment:
Q  4 tccaagaatatgtttgtactctttacgtcacggtgtatgatattctgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggagcctaatagaatct 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  4817284 tccaacaatatgtttgtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcaaataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatct 4817185  T
Q  104 caagcctctgcttccaagtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctac 203  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4817184 caagcctctgcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctac 4817085  T
Q  204 accttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgtttacaccttgttgagaa 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4817084 accttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttaacaccttgttgagaa 4816985  T
Q  304 cccggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcga 403  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816984 ccaggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcga 4816885  T
Q  404 agttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaata 443  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816884 agttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaata 4816845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 4 - 443
Target Start/End: Original strand, 4862985 - 4863424
Alignment:
Q  4 tccaagaatatgtttgtactctttacgtcacggtgtatgatattctgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggagcctaatagaatct 103  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||| |||||||| |||||||  || |  || || |||||||    
T  4862985 tccaacaatatgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatct 4863084  T
Q  104 caagcctctgcttccaagtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctac 203  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  4863085 caagtctcttcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctc 4863184  T
Q  204 accttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgtttacaccttgttgagaa 303  Q
    |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||    
T  4863185 accttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaa 4863284  T
Q  304 cccggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcga 403  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || |    
T  4863285 cctggtttaagacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaa 4863384  T
Q  404 agttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaata 443  Q
    ||||||||||||| ||| |||| || | ||||||||||||    
T  4863385 agttgtttgtagcagctcttatctctgttattgtaaaata 4863424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 10 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 4698204 - 4697771
Alignment:
Q  10 aatatgtttgtactctttacgtcacggtgtatgatattctgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggagcctaatagaatctcaagcc 109  Q
    |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  || |  || |  || ||||||||||| || |    
T  4698204 aatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgctgcccccaatagaatctcgagtc 4698105  T
Q  110 tctgcttccaagtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttc 209  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  4698104 tcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttc 4698005  T
Q  210 attgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgtttacaccttgttgagaacccggt 309  Q
     |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698004 gttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccttgttgagaacccggt 4697905  T
Q  310 ttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgt 409  Q
    || | ||||||||| || || |||||| || |||| || ||||||||| |||| || || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  4697904 ttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgt 4697805  T
Q  410 ttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaata 443  Q
    ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||    
T  4697804 ttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaata 4697771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 4 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 4847041 - 4846602
Alignment:
Q  4 tccaagaatatgtttgtactctttacgtcacggtgtatgatattctgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggagcctaatagaatct 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||| ||||||||  || |  |||||||||||||    
T  4847041 tccaacaatatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatct 4846942  T
Q  104 caagcctctgcttccaagtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctac 203  Q
    | || || || |||||  |||||||||  ||||| || ||||| |||| |||||  ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  4846941 cgagtctttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagtaccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgc 4846842  T
Q  204 accttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgtttacaccttgttgagaa 303  Q
    | |||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||| || |||| ||||| | |||||    
T  4846841 atcttcgttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttatcgagaa 4846742  T
Q  304 cccggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcga 403  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||| | |||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||    
T  4846741 cccggtttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccattgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccagctccaatgataaaaatatcttcga 4846642  T
Q  404 agttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaata 443  Q
    |||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||    
T  4846641 agttgtttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaata 4846602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 4 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 4713086 - 4712649
Alignment:
Q  4 tccaagaatatgtttgtactctttacgtcacggtgtatgatattctgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggagcctaatagaatct 103  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||  || |  | ||||||||| |    
T  4713086 tccaacaatatatttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaatat 4712987  T
Q  104 caagcctctgcttccaagtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctac 203  Q
     ||| || || |||||  ||||||||| |||||| || ||||| |||| |||||  ||| ||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||||| |    
T  4712986 taagtctttgattccacctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctctgc 4712887  T
Q  204 accttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgtttacaccttgttgagaa 303  Q
    | ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| || |||| ||||||| |||||    
T  4712886 atcttcattgcaatatccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaa 4712787  T
Q  304 cccggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcga 403  Q
    |||  |||| |||||||||||||||| ||| | | ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712786 cccaatttacgacgttttatcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccgatgataaaaatatcttcga 4712687  T
Q  404 agttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaa 441  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||    
T  4712686 agttgtttgtagcggctcttatttccactatagtaaaa 4712649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 440
Target Start/End: Original strand, 4642800 - 4643236
Alignment:
Q  4 tccaagaatatgtttgtactctttacgtcacggtgtatgatattctgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggagcctaatagaatct 103  Q
    ||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || |||||| |  | ||||| ||||||| || ||| |  ||||  ||||||||||| |    
T  4642800 tccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacctaatagaattt 4642899  T
Q  104 caagcctctgcttccaagtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctac 203  Q
    ||||||||||| ||||||  || || | |||||  || ||||||||||| ||||| ||| | ||  | |||||||| |||||||| | ||||||||||      
T  4642900 caagcctctgcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagatactcacaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccaaaatcatctctgt 4642999  T
Q  204 accttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgtttacaccttgttgagaa 303  Q
      | || ||||||||||| |  || || ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||  |||||||||||||     
T  4643000 gtcatcgttgcaatatcccacgagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcattcatgaactcgttggcaccttgttgagag 4643099  T
Q  304 cccggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcga 403  Q
    |||| ||| || || || | ||||||  ||||   |||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||    
T  4643100 cccgatttgaggcgcttaaccgcaacaagtgtggatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcga 4643199  T
Q  404 agttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaa 440  Q
    ||||||||||||||||||| || || || ||||||||    
T  4643200 agttgtttgtagctgctttgatctctgcgattgtaaa 4643236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 4 - 422
Target Start/End: Original strand, 4652616 - 4653034
Alignment:
Q  4 tccaagaatatgtttgtactctttacgtcacggtgtatgatattctgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggagcctaatagaatct 103  Q
    ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| || || || ||| |  ||||||| ||||||| || ||| | |||||| || ||||||||||    
T  4652616 tccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctctgcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatagaatct 4652715  T
Q  104 caagcctctgcttccaag-taagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcta 202  Q
    ||||||||| |||||| | |||| || | |||||  || ||||||||||| ||||| ||| | ||  |||||||||| |||||||| | |||||| |||     
T  4652716 caagcctcttcttccacggtaag-ggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatttctg 4652814  T
Q  203 caccttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgtttacaccttgttgaga 302  Q
       | |||||||||||||| |  || || ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  4652815 tgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaactcgatctcattcatgaactcgttggcaccttgttgaga 4652914  T
Q  303 acccggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcg 402  Q
     || | ||| || |||||||||||||| ||  |   |||||| ||  ||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||| ||| |||    
T  4652915 gccagatttgaggcgttttatcgcaacaggcatggatccatcgatgcaacctttgtacacgttgccaaatcctccaacaccgatgatgaaaacatcatcg 4653014  T
Q  403 aagttgtttgtagctgcttt 422  Q
    ||||| ||||| ||||||||    
T  4653015 aagttatttgtggctgcttt 4653034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 4 - 420
Target Start/End: Original strand, 4666031 - 4666447
Alignment:
Q  4 tccaagaatatgtttgtactctttacgtcacggtgtatgatattctgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggagcctaatagaatct 103  Q
    ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||| |  | | ||| ||||||| || ||| | ||| |  || || |||||||    
T  4666031 tccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttctgtttcacctcagtatgaagataattcagccctctcgctgcacccaaaagaatct 4666130  T
Q  104 caagcctctgcttccaagtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctac 203  Q
    |||||||||||||||| |  || || | |||||  || ||||||||||| || || ||| | ||  | |||||||| |||||||| ||||||||||||      
T  4666131 caagcctctgcttccatgataggggctggttattagaaccataaagatactcgcaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccagaatcatctctgt 4666230  T
Q  204 accttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgtttacaccttgttgagaa 303  Q
      | |||||||||||||| | ||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| || || || |||| |||||||||  |||||||||||||     
T  4666231 gtcgtcattgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgagagagcaattcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagag 4666330  T
Q  304 cccggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcga 403  Q
    || | ||| || |||||||| |||||  ||||   |||||| | | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||  ||| || |    
T  4666331 cctgatttgaggcgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgatgaaatcatcgtcaa 4666430  T
Q  404 agttgtttgtagctgct 420  Q
    |||||||||| ||||||    
T  4666431 agttgtttgtggctgct 4666447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 420
Target Start/End: Original strand, 4660900 - 4661316
Alignment:
Q  4 tccaagaatatgtttgtactctttacgtcacggtgtatgatattctgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggagcctaatagaatct 103  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| || || || ||| |  | ||||| |||||||||||||| |  || || || ||||| ||||    
T  4660900 tccaacaatatgttggtgctctttacgtcgcggtgtattattttgtgtttcacctcagcatgaagataatgcaaccctcttgctgaacccaataggatct 4660999  T
Q  104 caagcctctgcttccaagtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctac 203  Q
    ||||||| ||| ||||||  || || | |||||  || ||||||||||  || || ||| | || || |||||||| |||||||| |||||||||| |      
T  4661000 caagcctttgcctccaaggtaggggctggttattagaaccataaagatgctcgcagagagtaccgcgctgcatgaattcataaaccagaatcatctatgt 4661099  T
Q  204 accttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgtttacaccttgttgagaa 303  Q
        ||||| |||||||| || || || ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || || |||| ||||||||| ||||||||||||||     
T  4661100 gttgtcattacaatatcccatgagggacaccaaatgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttgacaccttgttgagag 4661199  T
Q  304 cccggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcga 403  Q
    |||| ||| || ||||| ||||||||  ||||   |||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| |||  ||| || |    
T  4661200 cccgatttgaggcgtttaatcgcaacaagtgttgatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccaatgatgaaatcatcatcaa 4661299  T
Q  404 agttgtttgtagctgct 420  Q
    |||| ||||| ||||||    
T  4661300 agttttttgtggctgct 4661316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 172 - 440
Target Start/End: Original strand, 4630173 - 4630441
Alignment:
Q  172 tgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatct 271  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||      |||||||||||||| | ||| || ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || |    
T  4630173 tgcatgaactcataaaccagaatcatctctgtgttgtcattgcaatatcctacaagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgattt 4630272  T
Q  272 cattcaagaactcgtttacaccttgttgagaacccggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaa 371  Q
    | |||| |||||||||  ||||||||||||| || | ||| || |||||||||||||| |||||   |||||| | | ||||||||||||| || || ||    
T  4630273 cgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgatttgaggcgttttatcgcaacaggtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttcccaaa 4630372  T
Q  372 ccctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaa 440  Q
    ||||||||  |||||||| |||  ||  || ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||    
T  4630373 ccctccaaatccgatgatgaaatcattgtcaaagttgtttgtggctgctttgatctccgcgattgtaaa 4630441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 97 - 386
Target Start/End: Original strand, 4636046 - 4636335
Alignment:
Q  97 agaatctcaagcctctgcttccaagtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatca 196  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |  || |||| |||||  || ||||||||||| || || ||| | ||  | |||||||| ||||| || |||||||    
T  4636046 agaatttcaagcctctgcttccatggtaggggttggttattagaaccataaagatactcgcagagagtaccgtgctgcatgaactcatagaccagaatca 4636145  T
Q  197 tctctacaccttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgtttacaccttg 296  Q
    |||||      || ||||||||||| | ||| || ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||| ||| |||||||    
T  4636146 tctctgtcttgtcgttgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatctcgttcatgaactcatttgcaccttg 4636245  T
Q  297 ttgagaacccggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgat 386  Q
    |||||| ||||   | || |||||||||||||| |||||   |||||||||  |||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||    
T  4636246 ttgagagcccgacctgaggcgttttatcgcaacgggtgtggatccatcaatgaaacctttgtacacattcccaaaccccccaacaccgat 4636335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 4 - 440
Target Start/End: Original strand, 4671736 - 4672172
Alignment:
Q  4 tccaagaatatgtttgtactctttacgtcacggtgtatgatattctgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggagcctaatagaatct 103  Q
    ||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || |||||| |  | ||||| |||||||  | ||| | ||| |  || ||||||||||    
T  4671736 tccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataatttagccctctcgcagcacccaatagaatct 4671835  T
Q  104 caagcctctgcttccaagtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctac 203  Q
    ||||||||||| ||||||  || || | |||||  || ||||||||||| || || ||| | ||  | ||||| || || ||||| | |||||||| |      
T  4671836 caagcctctgcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagatactcgcaaagagtaccgtgctgcataaactcgtaaaccaaaatcatctatgt 4671935  T
Q  204 accttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgtttacaccttgttgagaa 303  Q
      | || | |||||||||||  || || ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || |||| |||||||||  ||||||| |||||     
T  4671936 gtcatcgtcgcaatatccaacgagggataccaagtgaatgtggcgaagttgagagagtaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgctgagag 4672035  T
Q  304 cccggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcga 403  Q
    |||| ||| || |||||||| |||||  ||||   |||||| | | ||||||||||||  || || ||||||||||| ||||||||| ||  ||| ||||    
T  4672036 cccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacaggtttccaaaccctccaactccgatgatagaagcatcatcga 4672135  T
Q  404 agttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaa 440  Q
    |||||||||| |||||||| || || || ||||||||    
T  4672136 agttgtttgtggctgctttgatctctgcgattgtaaa 4672172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 94 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 18926669 - 18926323
Alignment:
Q  94 aatagaatctcaagcctctgcttccaagtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaa 193  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||   || |||| |||||  || ||||| ||||| ||||| ||| | |||||||||||||| |||||||  ||||    
T  18926669 aatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaa 18926570  T
Q  194 tcatctctacaccttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgtttacacc 293  Q
    ||||||||       | ||||| || || |  || || ||||  ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||  | ||    
T  18926569 tcatctctttgttgccgttgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgagagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggcccc 18926470  T
Q  294 ttgttgagaacccggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaa 393  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||   |  ||| ||  ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||    
T  18926469 ttgttgagagcctggtttgagacgttttattgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaa 18926370  T
Q  394 atatcttcgaagttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaa 440  Q
      ||| || ||||| ||||| ||||||||||| || || ||||||||    
T  18926369 tcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctctgcaattgtaaa 18926323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 238 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 5479396 - 5479246
Alignment:
Q  238 tgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgtttacaccttgttgagaacccggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaa 337  Q
    ||||||||||||||||  |||||||  || || ||||| | |||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||  ||||      
T  5479396 tgaatatgacgaagcttcgagagcatgtcgatttcattgatgaactcattttcaccttgttgtgaacccggtttaagccgttttattgcaacctgtgttg 5479297  T
Q  338 ctcca---tcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccga 385  Q
      |||   ||||| || ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||    
T  5479296 aaccattgtcaatgtagcctttgtacacatggccgaatcctccaactccga 5479246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University