View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2202_low_1 (Length: 710)

Name: NF2202_low_1
Description: NF2202
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2202_low_1
NF2202_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-691)||(12281016-12281697)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 658; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 658; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 12281697 - 12281016
Alignment:
Q  10 ataatactatgataagtggttattgtaaggagaataagttagatgaagcgttcggtttgttgaaaattatgggtggaaaacgcgttgaggcgaatttgat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12281697 ataatactatgataagtggttattgtaaggagaataagttagatgaagcgttcggtttgttgaaaattatgggtggaaaacgcgttgaggcgaatttgat 12281598  T
Q  110 ttcgtataatgcggttattaatggtttgtgtggtcaagggaggatgaatgagacaatggaagtgattgaggagatgagtttgaaggggttgagtccggat 209  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12281597 ttcgtataatgccgttattaatggtttgtgtggtcaagggaggatgaatgagacaatggaagtgatcgaggagatgagtttgaaggggttgagtccggat 12281498  T
Q  210 tgtgttacgtataacacgcttgtgaatgggttttgcaaggatgggaattttcatcaggcgcttgttctacttcatgagatgtctgggaagggtttgtcgc 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12281497 tgtgttacgtataacacgcttgtgaatgggttttgcaaggatgggaattttcatcaggcgcttgttctacttcatgagatgtctggtaagggtttgtcgc 12281398  T
Q  310 cgaatgttgttacttatactactttgattaatggtatgtgtaaggttaagaatttgagtcgtgcgatggagattttgagtcttatgcgtgataggggact 409  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12281397 caaatgttgttacttatactactttgattaatggtatgtgtaaggttaagaatttgagtcgtgcgatggagattttgagtcttatgcgtgataggggact 12281298  T
Q  410 tagtcctaatgagagaacttatactactttagttgatgggttttgtagacaagggttgatgaatgaggcttataaggttttgagtgaaatggttgatagt 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12281297 tagtcctaatgagagaacttatactactttagttgatgggttttgtagacaagggttgatgaatgaggcttataaggttttgagtgaaatggttgatagt 12281198  T
Q  510 ggatttgtgccttcggttgtgacttacaatgcacttgttaacgggttttgttgtttggggagagttgaggaagctgttggagttttgaaggatatggttg 609  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12281197 ggatttgtgccttcggttgttacttacaatgcacttgttaacgggttttgttgtttggggagagttgaggaagctgttggagttttgaaggatatggttg 12281098  T
Q  610 agagcggtttgtttcctgatgttgttagttatagtactgttatatccctgttttgccgaaatggggagcttgggaaagcgtt 691  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12281097 agaggggtttgtttcctgatgttgttagttatagtactgttatatccctgttttgccgaaatggggagcttgggaaagcgtt 12281016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University