View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2209_low_4 (Length: 583)

Name: NF2209_low_4
Description: NF2209
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2209_low_4
NF2209_low_4
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (88-568)||(5883851-5884331)
chr6 (107-568)||(5853709-5854173)
chr6 (108-568)||(5830769-5831232)
chr6 (88-568)||(5888878-5889358)
chr6 (94-560)||(5821423-5821889)
chr6 (88-560)||(5881135-5881607)
chr6 (88-566)||(5761857-5762328)
chr6 (98-380)||(5163565-5163835)
chr6 (150-268)||(2715409-2715531)
chr6 (423-479)||(5163866-5163923)
chr6 (450-568)||(5886110-5886228)
[»] scaffold0087 (5 HSPs)
scaffold0087 (88-566)||(20481-20959)
scaffold0087 (88-560)||(40862-41334)
scaffold0087 (88-560)||(30829-31301)
scaffold0087 (108-568)||(34841-35301)
scaffold0087 (88-566)||(13423-13894)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 88 - 568
Target Start/End: Original strand, 5883851 - 5884331
Alignment:
Q  88 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagtgaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgact 187  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5883851 aaacttgttgcattagttggtttaaacctttcagggaataatctcacaggaatgattcccaacaacattggtcatatgaaaatgttagaatcacttgact 5883950  T
Q  188 tgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaat 287  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  5883951 tgtcaagaaaccatctttcgggtagaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttggttacatgaacctgtcgttcaacaacttagaaggcaaaat 5884050  T
Q  288 tccactaagcactcaactacaaacttttgattcctcttcatatgtggggaataatcgactttgtggacaaccgctcataaatctttgccctggcgatgtc 387  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5884051 tccactaagcactcaactacaaacttttgattcctcttcatatgtggggaataatcgactttgtggacaaccgctcataaatctttgccctggcgatgtc 5884150  T
Q  388 acttctccaactagaagttcagagaaacaactcccagatgaagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttagggcttggnnnnnnng 487  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||       |    
T  5884151 acttctccaactagaagtccagagaaacaactcccagatgaagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttaccttagggcttggtttttttg 5884250  T
Q  488 ttggattttggggagtttgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctattttaaattcttcaagaacatga 568  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5884251 ttggattttggggagtttgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctattttaaattcttcaagaacatga 5884331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 107 - 568
Target Start/End: Original strand, 5853709 - 5854173
Alignment:
Q  107 gtttaaacctttcagtgaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttc 206  Q
    ||||||||||||||  ||||| ||||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  5853709 gtttaaacctttcaaggaataatctcacaggattaattcccaataacattggtcatatgaaaatgttagaatcgctcgatttgtcaagaaaccatctttc 5853808  T
Q  207 aggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaattccactaagcactcaacta 306  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  5853809 tggtagaatgccaacaagcttttcaaatttaacatctcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaattccaataagcactcagcta 5853908  T
Q  307 caaacttttgattcctcttcatatgtggggaataatcgactttgtggacaaccgctcataaatctttgccctggcgatgtcacttctccaactagaagtt 406  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| || | |||||| | |||| |||||||||       
T  5853909 caaacttttgattcctattcatatgtggggaataatcgactttgtggaccaccactcataaatctttgtccagccgatgtgatttcttcaactagaatca 5854008  T
Q  407 cagagaaacaactccc---agatgaagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttagggcttggnnnnnnngttggattttggggagt 503  Q
      || |||||  || |    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||        ||||||||||||||||    
T  5854009 atgataaacatgtcactattgaagaagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttggtacttggtttcataattggattttggggagt 5854108  T
Q  504 ttgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctattttaaattcttcaagaacatga 568  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  5854109 ttgtggaagtctagtgataaaaacatcatggagacatgcctatttcaaattcttcaacaacatga 5854173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 108 - 568
Target Start/End: Original strand, 5830769 - 5831232
Alignment:
Q  108 tttaaacctttcagtgaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttca 207  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||| || ||||||| | ||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5830769 tttaaacctttcaaggaataatctcacaggaatcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttct 5830868  T
Q  208 ggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaattccactaagcactcaactac 307  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  5830869 ggtagaatgccaacgagcttttcaaatttgacatttcttaataacatgaacttgtctttcaataacttagacggcaaaattccagtaagcactcaactac 5830968  T
Q  308 aaacttttgattcctcttcatatgtggggaataatcgactttgtggacaaccgctcataaatctttgccctggcgatgtcacttctccaactagaagttc 407  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||  ||||||| | |||| |||||||||        
T  5830969 aaacttttgattcctattcatatgtggggaataatcgactttgtggaccaccactcataaatctttgtccaagcgatgtgatttcttcaactagaaccaa 5831068  T
Q  408 agagaaacaactccc---agatgaagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttagggcttggnnnnnnngttggattttggggagtt 504  Q
     || |||||  || |    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||        |||||||||||||||||    
T  5831069 tgataaacatgtcactagtgaagaagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttggtacttggtttcataattggattttggggagtt 5831168  T
Q  505 tgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctattttaaattcttcaagaacatga 568  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  5831169 tgtggaactcttgtgattaaaacatcatggaggcgtgcctatttcaaattcttcaacaacatga 5831232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 88 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 5889358 - 5888878
Alignment:
Q  88 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagtgaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgact 187  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  |||  ||||||| |||| |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5889358 aaacttgtggtattagttgatttgaacctttcaggaaatcatctcacaggattaattcccaaaaacattggtcatatggaaatgttggaatcactcgact 5889259  T
Q  188 tgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaat 287  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5889258 tgtcaagaaaccatctttcgggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaataacttagaaggcaaaat 5889159  T
Q  288 tccactaagcactcaactacaaacttttgattcctcttcatatgtggggaataatcgactttgtggacaaccgctcataaatctttgccctggcgatgtc 387  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| |||||||||| | ||||||||||   ||| ||||| ||||||||||| || |||||     
T  5889158 tccactaagcactcaactacaatcttttgatccttctacatacgtggggaatagtggactttgtggctcaccactcatgaatctttgcccaggagatgtg 5889059  T
Q  388 acttctccaactagaagttcagagaaacaactcccagatgaagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttagggcttggnnnnnnng 487  Q
      |||| | |||| ||||   || ||| |  | ||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||            
T  5889058 gtttcttccactacaagtcatgacaaatatattcctaacgaagatgaagataaactcataacctttgggttttatgttaccttggtacttggtttcataa 5888959  T
Q  488 ttggattttggggagtttgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctattttaaattcttcaagaacatga 568  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||  |||| |||||||||||||    
T  5888958 ttggattttggggagtttgtggaactcttgtgattaaaacatcatggagacatgtctatttccaatttttcaagaacatga 5888878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 94 - 560
Target Start/End: Original strand, 5821423 - 5821889
Alignment:
Q  94 gtggtattagttggtttaaacctttcagtgaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgacttgtcaa 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||| |||  || |||||| | ||||||||||    
T  5821423 gtggtattagttggtttaaacctttcaaggaataatctcacaggattcattcctagcaacattggtcatatggaaagtttagaatcattggacttgtcaa 5821522  T
Q  194 gaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaattccact 293  Q
    |||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  5821523 gaaatcatctctacggtaaaatgccaacaagcttttcaagtttgacatttcttggttacatgaacctgtcattcaacaatttagaagggaaaattccact 5821622  T
Q  294 aagcactcaactacaaacttttgattcctcttcatatgtggggaataatcgactttgtggacaaccgctcataaatctttgccctggcgatgtcacttct 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||||| | ||| |||||||| |||| ||||| |||||| | ||||    
T  5821623 aagcactcaactacaaacttttgatccatcttcatatgtggggaacagtcgactttgtggcccaccactcataaaccttttccctgacgatgtaatttct 5821722  T
Q  394 ccaactagaagttcagagaaacaactcccagatgaagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttagggcttggnnnnnnngttggat 493  Q
    |||||||| ||    || |||||  || ||  |||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | | ||||       |||||||    
T  5821723 ccaactagtagcaatgacaaacatgtcacaagtgaagaagaggataagctaataacatttgggttttatgttagcttggtgattggtttttttgttggat 5821822  T
Q  494 tttggggagtttgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctattttaaattcttcaa 560  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5821823 tttggggagtttgtggaactcttgtgataaaaacatcatggaggcatgcctatttcaaattcttcaa 5821889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 88 - 560
Target Start/End: Original strand, 5881135 - 5881607
Alignment:
Q  88 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagtgaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgact 187  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| |||||||||  |||  ||||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| | ||||    
T  5881135 aaactcgtggcattagttggtttagacctttcaggaaatcatctcacaggattaattcccaaaaacattggtcatatgaaaatgttagaatcattggact 5881234  T
Q  188 tgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaat 287  Q
    |||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||    
T  5881235 tgtcaagaaatcatctctacggtaaaatgccaacaagcttttcaagtttgacatttcttggttacatgaacctgtcgttcaacaatttagaagggaaaat 5881334  T
Q  288 tccactaagcactcaactacaaacttttgattcctcttcatatgtggggaataatcgactttgtggacaaccgctcataaatctttgccctggcgatgtc 387  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| | | ||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||     
T  5881335 tccactaggtactcaactacaaacttttcatccctctgcatatgtggggaacagtggactttgtggacagccactcataaatctttgtcctggcgatgtg 5881434  T
Q  388 acttctccaactagaagttcagagaaacaactcccagatgaagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttagggcttggnnnnnnng 487  Q
    | ||||||||| | |||    || |||||   | | | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||||       |    
T  5881435 atttctccaacaaaaagccatgataaacatgccactggtgaagatgaagataagctcataaccattgggttttatgttagcttggtgattggtttttttg 5881534  T
Q  488 ttggattttggggagtttgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctattttaaattcttcaa 560  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5881535 ttggcttttggggagtttgtggaactcttgtgataaaaacgtcatggaggcatgcctatttcaaattcttcaa 5881607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 88 - 566
Target Start/End: Original strand, 5761857 - 5762328
Alignment:
Q  88 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagtgaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgact 187  Q
    ||||| |||| ||||| || |||||||||||||  ||||| ||||||| |||| ||||| | ||||||| ||||||||||||  ||  ||||||||||||    
T  5761857 aaactcgtggcattagctgctttaaacctttcatggaataatctcacaggatttattcctagcaacattggtcatatgaaaagtttacaatcactcgact 5761956  T
Q  188 tgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaat 287  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  5761957 tgtcaataaaccatctttcaggtagaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagtcacatgaacttgt-tttcaacaacttagaaggcaatat 5762055  T
Q  288 tccactaagcactcaactacaaacttttgattcctcttcatatgtggggaataatcgactttgtggacaaccgctcataaatctttgccctggcgatgtc 387  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||| ||||||| | |||||||||| | |||  ||| ||||||||| || || |||||     
T  5762056 tcccataagcactcaactacaaacttttggcccctcatcatatgttgggaatagtagactttgtggcccaccattcacaaatctttgtccaggagatgt- 5762154  T
Q  388 acttctccaactagaagttcagagaaacaactcccagatg---aagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttagggcttggnnnnn 484  Q
             || |||||    || |||||  || |  |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||         
T  5762155 --------gacaagaagccatgataaacatgtcactaatgaagaagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttggtgattggttttt 5762246  T
Q  485 nngttggattttggggagtttgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctattttaaattcttcaagaacat 566  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  5762247 tcattggattttggggagtttgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctatttcaaattcttcaacaacat 5762328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 98 - 380
Target Start/End: Original strand, 5163565 - 5163835
Alignment:
Q  98 tattagttggtttaaacctttcagtgaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgacttgtcaagaaa 197  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5163565 tattagttggtttaaaccttttagggaatattctcacaggattcattcccaacaacattggtcatatgaaaatgttggaatcactcgacttgtcaagaaa 5163664  T
Q  198 ccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaattccactaagc 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5163665 ccatctttcaggtaaaatgccaacaaacttttcaaatttgacatttct------------------tttcaacaacttagaaggcaaaattccactaagc 5163746  T
Q  298 actcaactacaaacttttgattcctcttcatatgtgggga------ataatcgactttgtggacaaccgctcataaatctttgccctgg 380  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||      || |  ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  5163747 actcaactacaatcttttgatccctctgcatatgtcgggaacagttatgaatgactttgtggacagccactcataaatctttgccctgg 5163835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 150 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 2715531 - 2715409
Alignment:
Q  150 caacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgacttgt----caagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttct 245  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |    |||||||  ||||||   ||| |||||||||||||||| | |||||||||||  |    
T  2715531 caacatttgtcatatgaaaatgttagaatcgctcgacttatatatcaagaaattatctttattgtagaatgccaacaagctttgctaatttgacattcat 2715432  T
Q  246 tagttacatgaacttgtctttca 268  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  2715431 aagttacatgaacttgtctttca 2715409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 423 - 479
Target Start/End: Original strand, 5163866 - 5163923
Alignment:
Q  423 agatgaaga-tgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttagggcttgg 479  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5163866 agatgaagaatgaagataagctcataaccattgggttttatgttagcttagggcttgg 5163923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 450 - 568
Target Start/End: Original strand, 5886110 - 5886228
Alignment:
Q  450 ctttgggttttatgttagcttagggcttggnnnnnnngttggattttggggagtttgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctatttt 549  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||| |        ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||     
T  5886110 ctttgggttttatgttcgctaagggcttcgttttttcattggactttggggagttggtggaagtctagtgataaaaacatcatgtagacatgcctatttc 5886209  T
Q  550 aaattcttcaagaacatga 568  Q
    |||||  |||| |||||||    
T  5886210 aaattactcaacaacatga 5886228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 5)
Name: scaffold0087
Description:

Target: scaffold0087; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 88 - 566
Target Start/End: Original strand, 20481 - 20959
Alignment:
Q  88 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagtgaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgact 187  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||| ||| ||| |||||||| ||||    
T  20481 aaactcgtggcattagctggtttaaacctttcatggaataatctcacaggattcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcacttgact 20580  T
Q  188 tgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaat 287  Q
    | |||||||| ||| |||| |||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20581 tctcaagaaatcatatttctggtagaatgccgacgagcttctcaaatttgacatttcttagttacatggacttgtctttcaacaacttagaaggaaaaat 20680  T
Q  288 tccactaagcactcaactacaaacttttgattcctcttcatatgtggggaataatcgactttgtggacaaccgctcataaatctttgccctggcgatgtc 387  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||| | | ||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| || | ||||||     
T  20681 tccactatgcactcaactacaatcttttggtccatctacatatgcggggaataatcgactatgtggaccaccactcataaatctttgtccagacgatgtg 20780  T
Q  388 acttctccaactagaagttcagagaaacaactcccagatgaagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttagggcttggnnnnnnng 487  Q
    | |||||||| |||||| |  || |||    || |   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||            
T  20781 atttctccaaatagaagctatgataaaactgtcactagtgaagatgaagataagctaataacctttgggttttatgttagcttggggcttggatttctaa 20880  T
Q  488 ttggattttggggagtttgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctattttaaattcttcaagaacat 566  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  20881 ttggattttggggagtttgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctatttcaaattcttcaaaaacat 20959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 88 - 560
Target Start/End: Original strand, 40862 - 41334
Alignment:
Q  88 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagtgaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgact 187  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |||  || |||||||| ||||    
T  40862 aaacttgtggcattagctggtttaaacctttcaaggaataatctcacaggattaattcccaacaacattggtcatatggaaacattagaatcacttgact 40961  T
Q  188 tgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaat 287  Q
    ||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  40962 tgtcaagaaaccatctttctgggagaatgccaccaagcttttcgtatttgacatttcttagttacatgaacttgtcgttcaacaacttagaaggtaaaat 41061  T
Q  288 tccactaagcactcaactacaaacttttgattcctcttcatatgtggggaataatcgactttgtggacaaccgctcataaatctttgccctggcgatgtc 387  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||| | | ||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||||||     
T  41062 tccactaagcactcaactacaatcttttgatccctctacatatgtcgggaacagtggactttgtggacagccactcataaatctttgtcctagcgatgta 41161  T
Q  388 acttctccaactagaagttcagagaaacaactcccagatgaagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttagggcttggnnnnnnng 487  Q
    | ||||||||| | |||    || |||||   | |   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||||       |    
T  41162 atttctccaacaaaaagccatgataaacatgccactagtgaagatgaagataagctcataaccattgggttttatgttagcttggtgattggtttttttg 41261  T
Q  488 ttggattttggggagtttgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctattttaaattcttcaa 560  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  41262 ttggattttggggagtttgtggaactctagtgataaaaacatcgtggagacatgcctatttcaagttcttcaa 41334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 88 - 560
Target Start/End: Original strand, 30829 - 31301
Alignment:
Q  88 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagtgaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgact 187  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||| |||  || |||||||| ||||    
T  30829 aaactcgtggcattagctggtttaaacctttcatggaataatctcacaggattcattcctagcaacattggtcatatggaaagattagaatcactagact 30928  T
Q  188 tgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaat 287  Q
    | |||||||| ||| ||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30929 tatcaagaaaacatatttcaggtagaatgccaacgagcttaacaaatttgacatttcttagttacatggacttgtctttcaacaacttagaaggaaaaat 31028  T
Q  288 tccactaagcactcaactacaaacttttgattcctcttcatatgtggggaataatcgactttgtggacaaccgctcataaatctttgccctggcgatgtc 387  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||  ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| || | ||||||     
T  31029 tccactaagcactcaactacaatcttttgatccatctacatatacggggaataatcgactatgtggaccaccactcataaatctttgtccagacgatgtg 31128  T
Q  388 acttctccaactagaagttcagagaaacaactcccagatgaagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttagggcttggnnnnnnng 487  Q
    | |||||||| || ||| |  || |||    || |   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||            
T  31129 atttctccaaataaaagctatgataaaactgtcactagtgaagatgaagataagctaataacctttgggttttatgttagcttggggcttggatttataa 31228  T
Q  488 ttggattttggggagtttgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctattttaaattcttcaa 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||    
T  31229 ttggattttggggagtttgtggaactctagtgctaaaaacgtcatggagacatgcctacttcaaattcttcaa 31301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 108 - 568
Target Start/End: Original strand, 34841 - 35301
Alignment:
Q  108 tttaaacctttcagtgaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttca 207  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||| || ||||||| | ||| ||| |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  34841 tttaaacctttcaaggaataatctcacaggaatcattcctagcaaaattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttct 34940  T
Q  208 ggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaattccactaagcactcaactac 307  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||    
T  34941 ggtagaatgccaacgagcttttcaaatttgacatctcttaataacatgaacttgtctttcaataacttagacgacaaaattccagtaagcactcaactac 35040  T
Q  308 aaacttttgattcctcttcatatgtggggaataatcgactttgtggacaaccgctcataaatctttgccctggcgatgtcacttctccaactagaagttc 407  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |    |||||||||||||| ||  | ||||| | |||| |||||||||        
T  35041 aaa-ttttgattcctattcatatgtggggaataatcgactttgtgg--attgactcataaatctttgtccaagtgatgtgatttcttcaactagaaccaa 35137  T
Q  408 agagaaacaactccc---agatgaagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttagggcttggnnnnnnngttggattttggggagtt 504  Q
     || |||||  || |    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||        |||||||||||||||||    
T  35138 tgataaacatgtcactagtgaagaagatgaagataagctcataacatttgggttttatgttagcttggtacttggtttcataattggattttggggagtt 35237  T
Q  505 tgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctattttaaattcttcaagaacatga 568  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  35238 tgtggaactcttgtgattaaaacatcatggaggcgtgcctatttcaaattcttcaacaacatga 35301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 88 - 566
Target Start/End: Original strand, 13423 - 13894
Alignment:
Q  88 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagtgaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgact 187  Q
    ||||| |||| ||||| || ||| |||||||||  ||||| ||||| | |||| ||||| | ||||||| |||||||| |||  ||  ||||||||||||    
T  13423 aaactcgtggcattagctgctttcaacctttcatggaataatctcaaaggatttattcctagcaacattggtcatatggaaagtttacaatcactcgact 13522  T
Q  188 tgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaat 287  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  13523 tgtcaagaaaccatctttcaggtagaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagtcacatgaacttgt-tttcaacaacttagaaggcaatat 13621  T
Q  288 tccactaagcactcaactacaaacttttgattcctcttcatatgtggggaataatcgactttgtggacaaccgctcataaatctttgccctggcgatgtc 387  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||| ||||||| | |||||||||| | |||  ||| ||||||||| || || |||||     
T  13622 tcccataagcactcaactacaaacttttggcccctcatcatatgttgggaatagtagactttgtggcccaccaatcacaaatctttgtccaggagatgt- 13720  T
Q  388 acttctccaactagaagttcagagaaacaactcccagatg---aagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttagggcttggnnnnn 484  Q
             || |||||    || |||||  || |  |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||         
T  13721 --------gacaagaagccatgataaacatgtcactaatgaagaagatgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttggtgattggttttt 13812  T
Q  485 nngttggattttggggagtttgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctattttaaattcttcaagaacat 566  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  13813 tcattggattttggggagtttgtggaactctagtgataaaaacatcatggaggcatgcctatttcaaattcttcaacaacat 13894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University