View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2210-Insertion-2 (Length: 811)

Name: NF2210-Insertion-2
Description: NF2210
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2210-Insertion-2
NF2210-Insertion-2
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (7-811)||(4665121-4665926)
chr2 (50-504)||(4668729-4669177)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 750; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 750; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 811
Target Start/End: Complemental strand, 4665926 - 4665121
Alignment:
Q  7 agaaaaatctgacatctcaaattcatatactatagtatactactacacagaaagcatgttgtttgatcataagttggtgtatgttagatacacaatttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4665926 agaaaaatctgacatctcaaattcatatactatagtatactactacacataaagcatgttgtttgatcataagttggtgtatgttagatacacaatttta 4665827  T
Q  107 ttgttaaaacagcctcgacgcttctgaatttatcttaatgttgaataaaatgccaaaaactacatttgaaaggctaggctatcttgatgaatgcaggctt 206  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4665826 ttgttaaaacagccttgacgcttctgaatttatcttaatgttgaataaaatgtcaaaaactacatttgaaaggctaggctatcttgatgaatgcaggctt 4665727  T
Q  207 gagtggtggaatagagaaagggccattaataagtcctttggcaatgtgtctataagctgcttctgttaagtgaattccatcccaatttgtatatgtagat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4665726 gagtggtggaatagagaaagggccattaataagtcctttggcaatgtgtctataagctgcttctgttaagtgaattccatcccaatttgtatatgtagat 4665627  T
Q  307 ggatctgcacacacttttgaacctgtagaaccgcattctgctgaatcgttaaaattgtaatgtccacctccaccacagcacgcactcaaagccccattag 406  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4665626 ggatctgcacacacttttgaacctttagaaccgcattctgctgaatcgttaaaattgtaacgtccacctccaccacagcacacactcaaagccccattag 4665527  T
Q  407 tgaaccctacacaatcaaaatcaaagaatgcaaatgtaggtaacttttataaagaaaattagtcttatccaatctatttctatgaacacattgatgatac 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4665526 tgaaccctacacaatcaaaatcaaagaatgcaaatgtaggtaacttttataaagaaaattagtcttatccaatctatttctatgaacacattgatgatac 4665427  T
Q  507 ttctaaagatcgacaattgttattgtatgtaggtttatgaacatatgaagatattcctagagaaatacataa-aaaacatgtctattttagtttgttgta 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  4665426 ttctaaagatcgacaattgttattgtaggtaggtttatgaacatatgaagatattcctagagaaatacataaaaaaatatgtctattttagtttgttgta 4665327  T
Q  606 tcagagacactaaatttttgtttgctgaattagagactaaattaagatcaaatttttctcgtgaaacactttggtagctttaagcaagttttgacgtcaa 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4665326 tcagagacactaaatttttgtttgctgtattagagactaaattaagatcaaatttttttcgtgaaacactttggtagctttaagcaagttttgacgtcaa 4665227  T
Q  706 attttctttggtagcttttaacaagttatacaaatcattcctgaaaaagaagtgataccatataattttgcattgtcatattgaataggaacgggaaaag 805  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4665226 attttttttggtagcttttaacaagttatacaaatcattcctgaaaaagaagtgataccatataattttgcattgccatattgaataggaacgggaaaag 4665127  T
Q  806 aaagac 811  Q
    ||||||    
T  4665126 aaagac 4665121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 50 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 4669177 - 4668729
Alignment:
Q  50 tacacagaaagcatgttgtttgatcataagttggtgtatgttagatacacaattttattgttaaaacagcctcgacgcttctgaatttatcttaatgttg 149  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||  |     
T  4669177 tacacagaaagcatggtgtttgttcagaagttgatgtatgttagttacacaattttattgttaa--cagccttga-gcttctgaatttatcttaat--tc 4669083  T
Q  150 aataaaatgccaaaaactacatttg-aaaggctaggctatcttgatgaatgcaggcttgagtggtggaatagagaaagggccattaataagtcctttggc 248  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4669082 aataaaatgc-aaaaattacatttggaaaggctaggctatcttaaagaatgcaggcttgagtggtggaatagagaaagggccgttaataagtcctttggc 4668984  T
Q  249 aatgtgtctataagctgcttctgttaagtgaattccatcccaatttgtatatgtagatggatctgcacacacttttgaacctgtagaaccgcattctgct 348  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||||  ||||    
T  4668983 aatgtgtctataagctgcttctgttaagtgaattccatcccaatttgtatatgtagatggatcttcacatacttttgaacctttataaccgcatcttgct 4668884  T
Q  349 gaatcgttaaaattgtaatgtccacctccaccacagcacgcactcaaagccccattagtgaaccctacacaatcaaaatcaaagaatgcaaatgtaggta 448  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||    
T  4668883 gaatcgttaaaattgtaacgtctacctccaccacagcatgcattcaaagccccattagtgaaccctacacaatcaaaatcaaataatgcaactgta-gta 4668785  T
Q  449 acttttataaagaaaattagtcttatccaatctatttctatgaacacattgatgat 504  Q
    || | | | ||||||||||||| |||||||| || ||| |||||||| ||| ||||    
T  4668784 acatattttaagaaaattagtcctatccaatgtacttcgatgaacacgttgttgat 4668729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University