View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2210_high_2 (Length: 900)

Name: NF2210_high_2
Description: NF2210
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2210_high_2
NF2210_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-883)||(29338695-29339568)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 735; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 735; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 883
Target Start/End: Complemental strand, 29339568 - 29338695
Alignment:
Q  13 cacatttcaacaatttgttattaattattttggcaggagtatagtatatttatggatccatctcacttaggttagatagtgacatattgtcggaggtgag 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29339568 cacatttcaacaatttgttattaattattttggcaggagtatagtatatttatggatccatctcacttaggttagatattgacatattgtcggaggtgag 29339469  T
Q  113 atgtgagagaccgatgatcttcttaatgtatgattgtgatgatgatccgcgtgctccgtgttctagatgaggttctcaattgctattgtgttggtggagc 212  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29339468 atgtgagaggccgatgatcttcttaatgtatgattgtgatgatgatccgcgtgctccgtgttctagatgaggttttcaattgctattgtgttggtggagc 29339369  T
Q  213 gagcttgtcaccgtaggtctagtccggagcaagacctaatatctgtgatcaatcatgtcatagggaaaatagtttttcgacctccaaattnnnnnnnnnn 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||              
T  29339368 gagcttgtcaccgtaggtctagtccggagcaagacctaatatctgtgatcaatcatgtcatacggaaaatagtttttcgacctccaaattaaaaaataaa 29339269  T
Q  313 nnnnnn--tacattcaattttgtattgtctcaaa-gcgtaattctaacataatttgttggaaaagcagttcttaaacatgtgtgattttnnnnnnnncgt 409  Q
            |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||    
T  29339268 ataaaaaatacattcaatttcgtattgtctcaaaagcgtaattctaacataatttgttggaaaagcagttcttaaacatgtgtgattttttaaaaaacgt 29339169  T
Q  410 gagtgaaaagtacccccacaaccaatgagataacaattcgtgtggctgaatttaaagaacaaagaaagaaaaaggtactgtcccaagttgaaattgaaaa 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29339168 gagtgaaaagtacccccacaaccaatgagataacaattcgtgtggctgaatttaaagaacaaagaaagaaaaaggtactgtcccaagttgaaattgaaaa 29339069  T
Q  510 gaagcaagtacattggacctatggtcattatgattttataatttcgtgcatgaaataatggagcatcccaccattatcttctattcaaaaactgtcagct 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29339068 gaagcaagtacattggacctatggtcattatgattttataatttcgtgcatgaaataatggagcatcccaccattatcttctattcaaaaactgtcagct 29338969  T
Q  610 taatgagagaaattgagggccatgacatccctccaatctctttcttttgggttaattacttacgtctcaacttgatgctccctccctaatcatagtccta 709  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||    
T  29338968 taatgagaaaaattgagggccatgacatccctccaatctctttcttttgggttaattacttacgtctcaacttgatgctccctccctaatttaagtccta 29338869  T
Q  710 ttcgatgtctcaaattgttgtaattttcctataaagaatcacatttgttacaatcacactttctaaaacacatttcaataactcttctatttatcgcaat 809  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29338868 ttcgatgtctcaaattgttgtcattttcctataaagaatcacatttgttacgatcacactttctaaaacacatttcaataactcttctatttatcgcaat 29338769  T
Q  810 tcatataggtcccacctaattatgggacaggtgaattttaaccgataaaaaagattgcggttaaatgtgtattt 883  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29338768 tcatataggtcccatctaattatgggacaggtgaattttaaccgataaaaaagattgcggttaaatgtgtattt 29338695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University