View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2214_low_1 (Length: 420)

Name: NF2214_low_1
Description: NF2214
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2214_low_1
NF2214_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-409)||(19665296-19665686)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (19-400)||(48653134-48653512)
chr1 (16-399)||(11547246-11547626)
chr1 (122-399)||(48618046-48618320)
chr1 (95-350)||(48628930-48629184)
chr1 (97-250)||(48661716-48661866)
chr1 (97-272)||(48667289-48667461)
chr1 (19-349)||(48656633-48656960)
chr1 (122-288)||(48585453-48585616)
chr1 (154-288)||(48640026-48640160)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (31-344)||(27228237-27228553)
chr8 (16-344)||(27224046-27224365)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (160-328)||(44044493-44044661)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 409
Target Start/End: Original strand, 19665296 - 19665686
Alignment:
Q  16 tctctcacttttcacttctttgatgatggtttagaagatgatgatcccattagaagaagtcttggtggatactcaacacagcttgagcttgttgggacaa 115  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19665296 tctctcattttccacttctttgatgatggtttagaagatgatgatcccattagagcaagtcttggtggatactcaacacagcttgagcttgttgggacaa 19665395  T
Q  116 agtttctttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19665396 agtttctttctcaaatgattaagaatcataatga---gtcaaacaaacctatttcttgcatcataaacaatccttttcttccatgggtttgtgatgtagc 19665492  T
Q  216 ttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19665493 ttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcg 19665592  T
Q  316 gaaaaagaaccttatattgatgctcaattacctttcgtagctcttaaacataacgaaataccggattttctacatccttttagtaaatattcat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19665593 gaaaaagaaccttatattgatgctcaattacctttcgtagctcttaaacataacgaaataccggattttctacatccttttagtaaatattcat 19665686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 136; Significance: 8e-71; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 48653512 - 48653134
Alignment:
Q  19 ctcacttttcacttctttgatgatggtttagaagatgatgatcccattagaagaagtcttggtggatactcaacacagcttgagcttgttgggacaaagt 118  Q
    ||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||  | ||  ||| |||  | |||||||  | |||||||| | |   |    
T  48653512 ctcacttttgagttctttgatgattgtttagaagatgatgatcctattagaggagatattactggctacatagcacagctcaaacttgttggaaaaccct 48653413  T
Q  119 ttctttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagcttc 218  Q
    || ||||||||||||| |||||||||   | ||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||      
T  48653412 ttgtttctcaaatgatcaagaatcat---gctgagtcaaacaaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatgtagctga 48653316  T
Q  219 tcaacatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcggaa 318  Q
    | |||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||| |||||| | || |||||||| |||||||| || |||  |||||||||||||||  |     
T  48653315 tgaacatggtattccttctgttttattatgggttcaatccaccgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttcccttcaaat 48653216  T
Q  319 aaagaaccttatattgatgctcaattacctttcgtagctcttaaacataacgaaataccggattttctacatccttttagta 400  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||    
T  48653215 gaagaaccttatattgatgttcaattaccttttgtagttcttaaacataatgaaatcccagattttctgcatccttttagta 48653134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 16 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 11547626 - 11547246
Alignment:
Q  16 tctctcacttttcacttctttgatgatggtttagaagatgatgatcccattagaagaagtcttggtggatactcaacacagcttgagcttgttgggacaa 115  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||   || |||| |||| |||  |  ||| ||  | ||| |||||| |     
T  11547626 tctctcacttttgagttctttgatgatggtttacaagatgatgatcctattagggcaaatctttgtggctacatagaacaactaaaactttttgggaaac 11547527  T
Q  116 agtttctttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagc 215  Q
      ||| | ||||||||||| |||||||||   | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11547526 cttttttgtctcaaatgatcaagaatcat---gttgagtcaaacaaaccaatttcttgtatcataaacaatccttttgttccttgggtttgtgatgtagc 11547430  T
Q  216 ttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcg 315  Q
    |  | |||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||  | |||  ||||| ||| |||| |    
T  11547429 tcatgaacatggtattccttctgttttattatgggttcaatccactgcagtttttgctgcttactataactatttcaacaaactggtacattttcctttg 11547330  T
Q  316 gaaaaagaaccttatattgatgctcaattacctttcgtagctcttaaacataacgaaataccggattttctacatccttttagt 399  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||  |||||| | || ||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  11547329 gaaaaagaaccttatattgatgttcaattaccttttcaagtccttaaatacaatgaaatcccagattttcttcatccttttagt 11547246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 122 - 399
Target Start/End: Original strand, 48618046 - 48618320
Alignment:
Q  122 tttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagcttctca 221  Q
    ||||||||||||| |||||||||  ||||   ||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  | |    
T  48618046 tttctcaaatgatcaagaatcatgctgat---tcaaacaaaccattttcatgtatcataaacaatccttttgttccatgggtttgtgatgtagctgatga 48618142  T
Q  222 acatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcggaaaaa 321  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||||  ||| |    
T  48618143 acatggtattccttctgctttgttatggattcaatcaactgctgttttttctgcttactataactatttccacaaactggtacgtttcccttcacaaaca 48618242  T
Q  322 gaaccttatattgatgctcaattacctttcgtagctcttaaacataacgaaataccggattttctacatccttttagt 399  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||   || ||||||| | || ||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  48618243 gaaccttatattgatgttcaattaccttttcaagttcttaaatacaatgaaatcccagattttcttcatccttttagt 48618320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 95 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 48629184 - 48628930
Alignment:
Q  95 agcttgagcttgttgggacaaagtttctttctc--aaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatcctttt 192  Q
    ||||||||||||||||||   ||||| ||| ||  ||||||| |||||||||  ||||   ||||  ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  48629184 agcttgagcttgttgggaggcagtttttttttctaaaatgatcaagaatcatgctgat---tcaagtaaaccaatttcatgtatcatatacaatcctttt 48629088  T
Q  193 cttccttgggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttc 292  Q
    ||||| |||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||||||||| | ||||| | | || | |||||||||| |  |||||||||||||| | |    
T  48629087 cttccatgggtttgcgatgtagcttttgaacatgacattccttctgctttatcatggaataattctagtgctgttttcgccacttactataactatgtcc 48628988  T
Q  293 ataaaacggtacgtttcccttcggaaaaagaaccttatattgatgctcaattaccttt 350  Q
    | |||   |||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| || |||||    
T  48628987 acaaacttgtaccttttccttcagaaacagaaccttatattgatgttcatttgccttt 48628930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 97 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 48661866 - 48661716
Alignment:
Q  97 cttgagcttgttgggacaaagtttctttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttc 196  Q
    ||||||| | |||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||   ||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||    
T  48661866 cttgagcgtattgggagacagtttgtttctcaaatgatcaagaatcatgctgat---tcaaacaaaccaatttcatgtgtcataaacaatccatttcttc 48661770  T
Q  197 cttgggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatgga 250  Q
    | |||||||||||| |||||| | ||||  |||||||||||||||| |||||||    
T  48661769 catgggtttgtgatatagcttttgaacacaatattccttctgctttattatgga 48661716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 97 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 48667461 - 48667289
Alignment:
Q  97 cttgagcttgttgggacaaagtttctttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttc 196  Q
    |||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||||||  ||||   || || ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||| |||    
T  48667461 cttgagcttgttgggagacaatttatttctcaaatgataaagaatcatgctgat---tcgaacaaaccaatttcatgtattataaacaaccctttttttc 48667365  T
Q  197 cttgggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcac 272  Q
    | |||||| ||||| |||||| | ||||  |||||||||||||||||||||||| | | || | ||||||||||||    
T  48667364 catgggttagtgatatagcttttgaacacaatattccttctgctttgttatggactaattctagtgctgttttcac 48667289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 48656960 - 48656633
Alignment:
Q  19 ctcacttttcacttctttgatgatggtttagaagatgatgatcccattagaagaagtcttggtggatactcaacacagcttgagcttgttgggacaaagt 118  Q
    ||||||||| | || ||||| ||||||||  |||| ||||||||||| |||| |||||||||||  ||| || |||||||||||| ||| |||| |   |    
T  48656960 ctcacttttgatttatttgacgatggtttgaaagacgatgatcccatgagaacaagtcttggtgactacacatcacagcttgagcatgtcgggaaactat 48656861  T
Q  119 ttctttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttc-ttccttgggtttgtgatgtagctt 217  Q
     | |||| ||| |||| || |   |||||| ||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||| | ||||| || | |||||||||||||||||      
T  48656860 atgtttcccaattgatcaaaa---atcatgctgagtcaaaaacaccaatttcttgcatcataaacaa-cattttcatttcatgggtttgtgatgtagcca 48656765  T
Q  218 ctcaacatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcgga 317  Q
    |  ||||  | ||||||| |||| | || |  | | |||| | |||||||||||||  ||||||||||||||| || |||  ||| | |||||||||  |    
T  48656764 cagaacacaaaattccttttgctattttgtttaatgaatctagtgctgttttcacttgttactataactatttccacaaactggtgcctttcccttcaaa 48656665  T
Q  318 aaaagaaccttatattgatgctcaattacctt 349  Q
    || |||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  48656664 aacagaaccttgtattgatgttcaattgcctt 48656633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 122 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 48585616 - 48585453
Alignment:
Q  122 tttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagcttctca 221  Q
    ||||||||||||| |||||||||  ||||   | ||| |||||  |||| |||||||||||||||  |||| |||| |||||||||||||| |||  | |    
T  48585616 tttctcaaatgatcaagaatcatgctgat---ttaaacaaaccattttcatgtatcataaacaattatttttttccatgggtttgtgatgttgctaatga 48585520  T
Q  222 acatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactat 288  Q
    |||  |||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  48585519 acacaatattccttctgttttatcatggactaattccgctgctgttttcaccacttactataactat 48585453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 154 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 48640160 - 48640026
Alignment:
Q  154 tcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattc 253  Q
    ||||| |||||  |||| ||||||||||||||   |||| |||| ||||||||||| || |||  | ||||  |||||||||||| ||||| ||||| |     
T  48640160 tcaaacaaaccattttcatgtatcataaacaactatttttttccatgggtttgtgacgttgctaatgaacacaatattccttctgttttgtcatggacta 48640061  T
Q  254 aatccactgctgttttcactgcttactataactat 288  Q
    | ||| |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  48640060 attccgctgctgttttcaccacttactataactat 48640026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 31 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 27228553 - 27228237
Alignment:
Q  31 ttctttgatgatggtttagaagatgatgatcccattagaagaagtcttggtggatactcaacacagcttgagcttgttgggacaaagtttctttctcaaa 130  Q
    |||||||| || ||||||  |||||||||||||||||||  ||| |||  |   |||| | |||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  27228553 ttctttgaagacggtttatcagatgatgatcccattagagcaagccttactacctacttaccacacctcgagctcgttgggaaaaagtttctttctcaaa 27228454  T
Q  131 tgattaagaatca---tcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagcttctcaacatga 227  Q
    |||| ||||||||   |  |||||||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||  ||    
T  27228453 tgatcaagaatcatgctgctgatgagtcaaatacactgatttcttgtatcataaacaatccttttcttccatgggttagtgatgtagctgctgaactcga 27228354  T
Q  228 tattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcggaaaaagaacct 327  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| |   |||||||    
T  27228353 gattccttctgctttattatggattcaatccggtgctgttttcgcagcttactataactattttcacaaactggtacgtttcccttcgaatgcagaacct 27228254  T
Q  328 tatattgatgctcaatt 344  Q
    |||||||||| ||||||    
T  27228253 tatattgatgttcaatt 27228237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 27224365 - 27224046
Alignment:
Q  16 tctctcacttttcacttctttgatgatggtttagaagatgatgatcccattagaagaagtcttggtggatactcaacacagcttgagcttgttgggacaa 115  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| |||||    |   |||| | |||| || ||||||||||||| |     
T  27224365 tctctcacatttcagttctttgatgacggtttatcagatgatgatcccattagaacaagtcaaactacctacttaccacacctcgagcttgttgggaaac 27224266  T
Q  116 agtttctttctcaaatgattaagaatcatcatgatgagtcaaagaaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagc 215  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||         |||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27224265 agtttctttctcaaatgatcaagaat---------gagtcaaatacaccgatttcttgtatcataaacaatccttttcttccatgggtttgtgatgtagc 27224175  T
Q  216 ttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcg 315  Q
    |  | || |||| |||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||| | ||||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||||    
T  27224174 tgttgaaaatgagattccttctgctttattatgggttcaatctagtgctgttttcgccgcttactataactatttccacaaactggtacgtttcccttcg 27224075  T
Q  316 gaaaaagaaccttatattgatgctcaatt 344  Q
    |   ||||||| |||||||||| ||||||    
T  27224074 gttgaagaaccatatattgatgttcaatt 27224046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 81; Significance: 5e-38; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 160 - 328
Target Start/End: Original strand, 44044493 - 44044661
Alignment:
Q  160 aaacctatttcttgtatcataaacaatccttttcttccttgggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattcaatcca 259  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||  | |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  44044493 aaaccaatttcatgtatcataaacattccttttgttccatgggtttgtgacgtagctgatgaacatggtattccttatgctttgttatgaattcaatcca 44044592  T
Q  260 ctgctgttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcggaaaaagaacctt 328  Q
    ||| ||||||  ||||| |||||||||||||||| |||  |||| |||||||||| |||| ||||||||    
T  44044593 ctgttgtttttgctgctaactataactattttcacaaactggtatgtttcccttcagaaacagaacctt 44044661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University