View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2215_low_3 (Length: 670)

Name: NF2215_low_3
Description: NF2215
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2215_low_3
NF2215_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-654)||(38919569-38920216)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 644; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 644; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 654
Target Start/End: Original strand, 38919569 - 38920216
Alignment:
Q  7 gagtgagatgaatgagtgcaagaggtgttgtagtggtgagtgccatgttggtaagttagtgaaggagaattaagatttgaagatgaggtttggtgagtat 106  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919569 gagtgagaagaatgagtgcaagaggtgttgtagtggtgagtgccatgttggtaagttagtgaaggagaattaagatttgaagatgaggtttggtgagtat 38919668  T
Q  107 gtggagaggtggagaggggttttatttggagaggaatattattaataaggtaatttggttgagaatttgttggcatgagctggatcaaggctagcatata 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919669 gtggagaggtggagaggggttttatttggagaggaatattattaataaggtaatttggttgagaatttgttggcatgagctggatcaaggctagcatata 38919768  T
Q  207 tcaatatattcccttagttgacaaatgaatacaaaaataaatcacatcaaagttgcaataaggaatgaagtttaacatttggttggaatgataagaaatt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919769 tcaatatattcccttagttgacaaatgaatacaaaaataaatcacatcaaagttgcaataaggaatgaagtttaacatttggttggaatgataagaaatt 38919868  T
Q  307 acatgttgtgttatatatgcaagtttgcaaaaagtcaagcctaatttgttttggtaggttgcattatatggaaattctttagagtggatcaaatacagac 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919869 acatgttgtgttatatatgcaagtttgcaaaaagtcaagcctaatttgttttggtaggttgcattatatggaaattctttagagtggatcaaatacagac 38919968  T
Q  407 cctagtttgctgtaaaaggaatgagatacttcttatactgattaaccattgttttatgttcattaaaagaaagtgtttcttccacccacttcttaccatg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919969 cctagtttgctgtaaaaggaatgagatacttcttatactgattaaccattgttttatgttcattaaaagaaagtgtttcttccacccacttcttaccatg 38920068  T
Q  507 tgctctgttttgggcgtacaagacgcacaatcaaactcgcggaaaaaatgggaaaaatacaaaggatgccgcatatatacggaacatcaaacacccaaag 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38920069 tgctctgttttgggcgtacaagacgcacaatcaaactcgcggaaaaaatgggaaaaatacaaaggatgccgcatatatacggaacatcaaacacccaaag 38920168  T
Q  607 aagaaaacccaatacaacgacgccaaaacaatgatgcaagaatatact 654  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38920169 aagaaaacccaatacaacgacgccaaaacaatgatgcaagaatatact 38920216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University