View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2217_high_2 (Length: 309)

Name: NF2217_high_2
Description: NF2217
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2217_high_2
NF2217_high_2
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (13-299)||(35368200-35368485)
chr2 (2-284)||(35374378-35374649)
chr2 (82-276)||(35371602-35371787)
chr2 (2-165)||(35347955-35348112)
chr2 (2-127)||(35355899-35356021)
chr2 (160-299)||(35346066-35346205)
chr2 (2-85)||(35351375-35351458)
chr2 (158-277)||(35364347-35364469)
chr2 (164-277)||(35335583-35335699)
chr2 (164-278)||(35355694-35355808)
chr2 (2-137)||(35335752-35335878)
chr2 (164-279)||(35343475-35343590)
chr2 (164-274)||(35348166-35348276)
chr2 (76-116)||(35346269-35346309)
chr2 (51-117)||(35340922-35340986)
chr2 (2-117)||(35343277-35343388)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 13 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 35368485 - 35368200
Alignment:
Q  13 agcaaagatacacacttcctgcatggtttgcttgtgttagaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaa 112  Q
    |||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||    
T  35368485 agcaaacatacacacttcttgtgtggtttgcttgtgttagaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaactctccaatggtaa 35368386  T
Q  113 ctcaaacacaactca--tcaactcacataattacattaccatctcatataactaaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaaca 210  Q
    |||||| | ||| ||  |||||||||| || ||| ||| ||| | ||||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35368385 ctcaaata-aacacaactcaactcacacaactaccttagcatataatataactaa--tggtattcatttccatggtcattgctctaaactgcaagcagca 35368289  T
Q  211 tgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatcttgcattgaagaagattatcataacgaggatcaagattctt 299  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||    
T  35368288 tgcatatggtgaaggtgaagttgattggtttggttgtacatctgtatcttgtattgaagaagattatcataacacggatcatgattctt 35368200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 2 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 35374649 - 35374378
Alignment:
Q  2 ctcacacctttagcaaagatacacacttcctgcatggtttgcttgtgttagaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtc 101  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| | ||  ||||||||||||||||| ||    
T  35374649 ctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgtggtttgcttgtgttagaacaactccaacaacaactctttttgt--tatatataacacacaaactc 35374552  T
Q  102 tccaatcctaactcaaacacaactcatcaactcacataattacattaccatctcatataactaaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactg 201  Q
    ||||||||||||||||||||| |   |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35374551 tccaatcctaactcaaacacagc---tcaactcacacaattacattagcatctcatataactaaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactg 35374455  T
Q  202 caagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatcttgcattgaagaagattatcataacg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||      | ||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35374454 caagcaacatgcatatggtgaagg------taattggtttgattatacaagtgtatcttgcattgaagaagattatcataacg 35374378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 82 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 35371787 - 35371602
Alignment:
Q  82 tatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaaacacaactcatcaactcacataattacattaccatctcatataactaaaatggcatccatttcc 181  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||   ||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||      
T  35371787 tatatataacacacaaactctccaattctaactcaaacacaactca---actcacacaattacgttagcatctcatataactaaaatggcatccattttg 35371691  T
Q  182 atggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatcttgcattgaagaagatta 276  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||      | ||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  35371690 atggtcattgctctaaagtgcaagcaacatgtatatggtgaagg------taattggtttgattatacaagtgtatcttgcattgaagaagatta 35371602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 2 - 165
Target Start/End: Original strand, 35347955 - 35348112
Alignment:
Q  2 ctcacacctttagcaaagatacacacttcctgcatggtttgcttgtgttagaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtc 101  Q
    |||| ||||| ||||||  |||||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||| ||    
T  35347955 ctcataccttaagcaaacttacacacttcttgtgtggtttgcttgtgttagaactactc-aacaacttctcttcttgttata--tataacacacaaactc 35348051  T
Q  102 tccaatcctaactcaaacacaactcatcaactcacataattacattaccatctcatataactaa 165  Q
    ||||||||||||||||||||| |   |||||||||| || ||| ||| ||| ||||||||||||    
T  35348052 tccaatcctaactcaaacacagc---tcaactcacacaactaccttagcatatcatataactaa 35348112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 2 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 35356021 - 35355899
Alignment:
Q  2 ctcacacctttagcaaagatacacacttcctgcatggtttgcttgtgttagaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtc 101  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||||||||||||   |||| | ||  ||||||||||||||||| ||    
T  35356021 ctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgtggtttacttgtgttagaacaactccaacaac-actctttttgt--tatatataacacacaaactc 35355925  T
Q  102 tccaatcctaactcaaacacaactca 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  35355924 tccaatcctaactcaaacacaactca 35355899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 160 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 35346205 - 35346066
Alignment:
Q  160 aactaaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatct 259  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |   ||||||||  |||||| |||||||||  | | |||||||||||||| |||||||||||||    
T  35346205 aactaaaatggcatccattttcacggtcattgctccattgtgcaagcagaatgcatgtggtgaaggcaacggtgattggtttggttatacatctgtatct 35346106  T
Q  260 tgcattgaagaagattatcataacgaggatcaagattctt 299  Q
    || |||| |||||||||||  || | ||||||||||||||    
T  35346105 tgtattgtagaagattatcgcaatggggatcaagattctt 35346066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 2 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 35351458 - 35351375
Alignment:
Q  2 ctcacacctttagcaaagatacacacttcctgcatggtttgcttgtgttagaacaactccaacaacttatcttctagttatata 85  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||   |||||| ||||||||    
T  35351458 ctcacacctttagcaaagatacacacttcctgcatggtttgcttgtgttaggacaactccaataacaactcttcttgttatata 35351375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 158 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 35364469 - 35364347
Alignment:
Q  158 ataactaaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatat---ggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctg 254  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||   ||||||||||| | ||||||||| |||| ||| | ||    
T  35364469 ataaccaaaatgacattcatttccacggtcattgctccaaagtgcaagcaatatgcatataatggtgaaggtgacggtgattggttcggttatacgtgtg 35364370  T
Q  255 tatcttgcattgaagaagattat 277  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  35364369 tatcttgcattgaagaagattat 35364347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 164 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 35335699 - 35335583
Alignment:
Q  164 aaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcat---atggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatctt 260  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||   | |||||||| ||   ||||||||||||||  |||  | ||||||    
T  35335699 aaaatggcatccatttccatggtcattgctccaaagtgcaagcaacatgcatttaacggtgaaggcgactgtgattggtttggttacacaaatatatctt 35335600  T
Q  261 gcattgaagaagattat 277  Q
    |||||||||||||||||    
T  35335599 gcattgaagaagattat 35335583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 164 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 35355808 - 35355694
Alignment:
Q  164 aaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatcttgca 263  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||| ||| ||| |||||| | |||| ||||| ||||||| | | |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  35355808 aaaatggcatcaatttctatggccattactccaaagtgcaaggagcatggatatgatgaaggtaatggtgattggtttggttatacatatgtatcttgca 35355709  T
Q  264 ttgaagaagattatc 278  Q
    |||||||||||||||    
T  35355708 ttgaagaagattatc 35355694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 35335878 - 35335752
Alignment:
Q  2 ctcacacctttagcaaagatacacacttcctgcatggtttgcttgtgttagaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtc 101  Q
    |||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||          || ||    
T  35335878 ctcacaccttaagcaaacacacacacttcctgcgtggtttgcttgtgctagaacagct-caacagcttttcttctagttatatat----------aactc 35335790  T
Q  102 tccaatcctaactcaaacacaactc--atcaactcaca 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  35335789 tccaatcctaactcaaacacaactcaaatcaactcaca 35335752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 164 - 279
Target Start/End: Original strand, 35343475 - 35343590
Alignment:
Q  164 aaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatcttgca 263  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||||  || ||| ||| |||| |||| ||||||||||||| | | ||||||| || ||| ||||| |||||||||||    
T  35343475 aaaatggcatccatttctttggccattattccaaagtgcgagcagcatggatatggtgaaggtaacggtgattggattagttatacatgtgtatcttgca 35343574  T
Q  264 ttgaagaagattatca 279  Q
    |||||||| |||||||    
T  35343575 ttgaagaaaattatca 35343590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 164 - 274
Target Start/End: Original strand, 35348166 - 35348276
Alignment:
Q  164 aaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatcttgca 263  Q
    |||||||||||||||||  |||  ||| ||| ||| |||||||| |||| |||  |||||||| | | |||||||||||||| ||||  |||||||||||    
T  35348166 aaaatggcatccatttctttggctattactccaaagtgcaagcatcatggatacagtgaaggtaacggtgattggtttggttatacaagtgtatcttgca 35348265  T
Q  264 ttgaagaagat 274  Q
    || ||||||||    
T  35348266 ttaaagaagat 35348276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 76 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 35346309 - 35346269
Alignment:
Q  76 tagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35346309 tagttatatatataacacacaaactctccaatcctaactca 35346269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 51 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 35340986 - 35340922
Alignment:
Q  51 agaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaa 117  Q
    |||||||||||||||| || |||||| |||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||    
T  35340986 agaacaactccaacaagttctcttcttgttatatatat--cacacaaactctccaatactaactcaa 35340922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 2 - 117
Target Start/End: Original strand, 35343277 - 35343388
Alignment:
Q  2 ctcacacctttagcaaagatacacacttcctgcatggtttgcttgtgttagaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtc 101  Q
    |||||||||| || ||| ||||||||||| ||  ||||||  ||||| | ||| ||||| ||||| || |||||||||  ||||||||||||| ||| ||    
T  35343277 ctcacaccttaagtaaacatacacacttcttgtgtggtttaattgtggtggaataactc-aacaagttctcttctagt--tatatataacaca-aaactc 35343372  T
Q  102 tccaatcctaactcaa 117  Q
    || |||||||||||||    
T  35343373 tctaatcctaactcaa 35343388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University