View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2218-Insertion-6 (Length: 682)

Name: NF2218-Insertion-6
Description: NF2218
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2218-Insertion-6
NF2218-Insertion-6
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (35-682)||(1876971-1877618)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 587; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 587; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 682
Target Start/End: Original strand, 1876971 - 1877618
Alignment:
Q  35 attaatttttgatagaattaatttgatgaaatataactctgaaagttggtgcgctattgtaaaccacgcgataccaaatttcattcctactcnnnnnnng 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |    
T  1876971 attaatttttgatagaattaatttgatgaaatataactccgaaagttggtgcgctattgtaaaccacgcgataccaaatttcattcctactcaaaaaaag 1877070  T
Q  135 tccaaagagttcctataaatactaaaacaatttgaagaaaatacaccattggcatgcaaattaagttggactttattaatattaatatcacattaagtag 234  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1877071 tccaaagagttcctataaatactaaaacaattagaagaaaatacaccattggcatgcaaatttagttgaactttattaatattaatatcacattaagtag 1877170  T
Q  235 ttgcattgggttgttaggatacctattccttaggaaaaaatctccatctaaacacaaagtaaactttcatatatcaatatttgtatctttcaaggttcca 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1877171 ttgcattgggttgttaggatacctattccttaggaaaaaatctccatctaaacacaaagtaaactttcatatatcaatatttgtatctttgaaggttcca 1877270  T
Q  335 aaaatgacaacgattaggaaaaatagcaatgagcctatcaacaaccatgttggtttgaatggtttccaaaatcatgtaactaatggtagtatgaataata 434  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1877271 aaaatgacaacaattaggaaaaatagcaatgagcctatcaacaaccatgttggtttgaatggtttccaaaatcatgtaactaatgatagtatgaataata 1877370  T
Q  435 aaccaaattgtagcatccaaaataaagctttgttggttacaaatgagagtgacacccttggtcaccacattgcaaaacgtttagttgaaattggaatcaa 534  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1877371 aaccaaattgtagtatccaaaataaagctttgttggttaaaaatgagagtgacacccttggtcaccacattgcaaaacgtttagttgaaattggaatcaa 1877470  T
Q  535 tgatgtgtttgctgtacctggagattttaaccttacacttcttgattatttagtagctgaacctgaaattaatctaattggatgttgtaatgagttaaat 634  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1877471 tgatgtgtttgctgtacctggagattttaaccttacacttcttgattatttagtagctgaacctgaaattaatctaattggatgttgtaatgagttaaat 1877570  T
Q  635 gctggttacgccactgatggatatgctagatgtagaggtgttggtgca 682  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1877571 gctggttatgccactgatggatatgctagatgtagaggtgttggtgca 1877618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University