View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2218R-Insertion-3 (Length: 800)

Name: NF2218R-Insertion-3
Description: NF2218R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2218R-Insertion-3
NF2218R-Insertion-3
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (8-800)||(4251065-4251875)
chr7 (8-701)||(4246630-4247323)
chr7 (8-697)||(4234049-4234741)
chr7 (8-697)||(4189417-4190112)
chr7 (230-697)||(4210613-4211077)
chr7 (142-697)||(4192677-4193232)
chr7 (9-126)||(4196307-4196424)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 687; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 687; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 800
Target Start/End: Original strand, 4251065 - 4251875
Alignment:
Q  8 agcttaaagattttcccatttgaaccacaactcgaagactctgttcgtgctacttttaagctcaaacatgaagatttggataagataaagcaaagagtgt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4251065 agcttaaagattttcccatttgaaccacaactcgaagactctgttcgtgctacttttaagctcaaacatgaagatttggataagataaagcaaagagtgt 4251164  T
Q  108 tatctacatgggaaatattcgatacgaaagaatcaaagccacaaactctatcatcatttgtcatcacttgtgcttattcgctcgtttgtgttgcaaaagc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4251165 tatctacatgggaaatattcgatacgaaagaatcaaagccacaaactctatcatcatttgtcatcacttgtgcttattcgctcgtttgtgttgcaaaagc 4251264  T
Q  208 gattcatggggctcgtaatgacaaagagaagttttcttttgtgttcagcgtagattgcagagcaaggttagaaccaccaataccaaataactatcttgga 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4251265 gattcatggggctcataatgacaaagagaagttttcttttgtgttcagcgtagattgcagagcaaggttagaaccaacaataccaaataactatcttgga 4251364  T
Q  308 aactgtgtttgggcgtattttattgatacacagccgttggattttataaaagaagatggtgnnnnnnnaattgccaagagtatttatgagaaaataaaga 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4251365 aactgtgtttgggcgtattttattgatacacagccgttggattttataaaagaagatggtgtttttttagttgctaagagtatttatgagaaaataaaga 4251464  T
Q  408 tgataaatgaaaagggttttcttgaaggggatattaatgatatgtttaataaagttatttctttatctagtgaaggatttgaatttatgggagtggcggg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4251465 tgataaatgaaaagggttttcttgaaggggagattaatgatatgtttaataaaattatttctttatcgagtgaaggatttgaatttatgggagtggcggg 4251564  T
Q  508 gtctcatagatttggtgtttatgagattgattttggttggggaaggccagaaaaggttgagatcgtgtcaatagatagaggtgtaacaattggtttggca 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4251565 gtctcatagatttggtgtttatgagattgattttggttggggaaggccggaaaaggttgagatcgtgtcaatagatagaggtgtaacaattggtttggca 4251664  T
Q  608 gagagcaaagatagtaaaggagggatagaagttgggcttgctcttaataaacctgtaatggatatctttagcactttgtttcttcaaggattatccaata 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4251665 gagagcaaagatagtaaaggagggatagaagttgggcttgctcttaataaacctgtaatggatatctttagcactttgtttcttgaaggattatccaata 4251764  T
Q  708 ataa------------------attttaatattttatttgcaacaatttctaagattgtaattgttctaattgattttctgtgtgatttaagttttgacc 789  Q
    || |                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4251765 atgagtagttctaccattacccattttaatattttatttgcaacaatttctaagattgtaattgttctaattgattttctgtgtgatttaagttttgacc 4251864  T
Q  790 ctttaggaatc 800  Q
    ||||| |||||    
T  4251865 ctttaagaatc 4251875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 8 - 701
Target Start/End: Original strand, 4246630 - 4247323
Alignment:
Q  8 agcttaaagattttcccatttgaaccacaactcgaagactctgttcgtgctacttttaagctcaaacatgaagatttggataagataaagcaaagagtgt 107  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4246630 agcttaaagaatttccattttgaaccaaaactcaaagactgtgttcgcgctacttttgaactcaaacacgaagatttggataagataaagcaaagggtgt 4246729  T
Q  108 tatctacatgggaaatattcgatacgaaagaatcaaagccacaaactctatcatcatttgtcatcacttgtgcttattcgctcgtttgtgttgcaaaagc 207  Q
    |||| |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||| |||||| || |||||||||||||||| |||||| |||| |||||    
T  4246730 tatcaacatgggaaacattcgatacaagagaatcaaagccacaaaatatatcatcgtttgtcctcgcttgtgcttattcgctagtttgtcttgcgaaagc 4246829  T
Q  208 gattcatggggctcgtaatgacaaagagaagttttcttttgtgttcagcgtagattgcagagcaaggttagaaccaccaataccaaataactatcttgga 307  Q
     || || |  | ||  ||| | ||||||||||||  |||||||||    |||||||| ||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  4246830 aatccacgaagttcaaaattataaagagaagtttggttttgtgtttgctgtagattgtaggacaaggttaaaaccaccaatagcaaataactatattgga 4246929  T
Q  308 aactgtgtttgggcgtattttattgatacacagccgttggattttataaaagaagatggtgnnnnnnnaattgccaagagtatttatgagaaaataaaga 407  Q
    |||||| |||||| | |||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||       | |||| || ||||||||||||||||||||||    
T  4246930 aactgtatttgggggcatttcattgatgcacaaccgttagattttataaaagaagatggtgtttctttagttgctaaaagtatttatgagaaaataaaga 4247029  T
Q  408 tgataaatgaaaagggttttcttgaaggggatattaatgatatgtttaataaagttatttctttatctagtgaaggatttgaatttatgggagtggcggg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| ||| |||||||  || || |||  | || |||||||||||| |  | ||||| || ||    
T  4247030 tgataaatgaaaagggttttcttgaagaggctattgatgatgtgtataataaacatagttgtttgacaagagaaggatttgaaatatttggagttgcagg 4247129  T
Q  508 gtctcatagatttggtgtttatgagattgattttggttggggaaggccagaaaaggttgagatcgtgtcaatagatagaggtgtaacaattggtttggca 607  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||  |||   ||||| || || ||||| || ||||||||| || | ||||||||||||    
T  4247130 gtctaatagatttggtgtgtatgacattgatcttggttggggaaaaccaactaaggtggaaatagtgtcgattgatagaggtttagccattggtttggca 4247229  T
Q  608 gagagcaaagatagtaaaggagggatagaagttgggcttgctcttaataaacctgtaatggatatctttagcactttgtttcttcaaggattat 701  Q
    |||||||||||| | |  || ||  | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||||    
T  4247230 gagagcaaagatggaagtggtggagttgaagttgggcttgttcttaataaacatgtaatgaatttctttagcactttgtttcatgaaggattat 4247323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 8 - 697
Target Start/End: Original strand, 4234049 - 4234741
Alignment:
Q  8 agcttaaagattttcccatttgaaccacaactcgaagactctgttcgtgctacttttaagctcaaacatgaagatttggataagataaagcaaagagtgt 107  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| || ||||||| || |||||||||| |||||||||||||||  || |    
T  4234049 agcttgaagattttaccttttgaaccaaaactcgaagactatgttcgttctacattcaagctcacacgtgaagatttgaataagataaagcaaatggtat 4234148  T
Q  108 tatctacatgggaaatattcgatacgaaagaatcaa------agccacaaactctatcatcatttgtcatcacttgtgcttattcgctcgtttgtgttgc 201  Q
    |||| | ||||||| |||| || ||||| |||| ||      |||||| |||| ||||||| |||||  ||||||||||||| ||||| |||||| | ||    
T  4234149 tatcaaaatgggaattattggacacgaatgaattaacttctaagccaccaactttatcatcttttgttctcacttgtgcttactcgcttgtttgtttggc 4234248  T
Q  202 aaaagcgattcatggggctcgtaatgacaaagagaagttttcttttgtgttcagcgtagattgcagagcaaggttagaaccaccaataccaaataactat 301  Q
    |||||| |||||||| | |   || || ||||||||||||   ||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  4234249 aaaagcaattcatggagttgaaaaggagaaagagaagtttgggtttgcattcaccgtagattgcagagcaaggttagagccaccactaccaaataactat 4234348  T
Q  302 cttggaaactgtgtttgggcgtattttattgatacacagccgttggattttataaaagaagatggtgnnnnnnnaattgccaagagtatttatgagaaaa 401  Q
     |||||||||| || ||||   ||||  |||||||| | || |||||||  ||||| |||||||| |       | |||| ||| ||||| |||| ||||    
T  4234349 tttggaaactgcgtatggggacatttagttgatacaaaaccattggattacataaacgaagatggggtgtttttagttgctaagtgtattcatgaaaaaa 4234448  T
Q  402 taaagatgataaatgaaaagggttttcttgaaggggatattaatgatatgtttaataaagttatttctttatctagtgaaggatttgaatttatgggagt 501  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| || |   ||| |||||||||| ||||| |   ||||||| | ||||||  | ||||| | ||||||||    
T  4234449 taaagatgataaatgaaaagggtgttcttgatggag---ttagtgatatgtttgataaattcgcttctttagcaagtgaaaaacttgaaatgatgggagt 4234545  T
Q  502 ggcggggtctcatagatttggtgtttatgagattgattttggttggggaaggccagaaaaggttgagatcgtgtcaatagatagaggtgtaacaattggt 601  Q
     || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||| || ||    ||||||||| |||| |||| |    
T  4234546 tgccgggtctaatagatttggtgtttatgagattgattttggttggggaagaccaacaaaggtggagatagtttctgcggatagaggtttaaccattgct 4234645  T
Q  602 ttggcagagagcaaagatagtaaaggagggatagaagttgggcttgctcttaataaacctgtaatggatatctttagcactttgtttcttcaagga 697  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||| || || ||||||||||||| ||||||||| | ||||||| || ||||||| ||||||||| || |||||    
T  4234646 ttggcggagagcaaagatggtaaaggtggaattgaagttgggcttgttcttaataaccatgtaatgaatctctttagaactttgtttgttgaagga 4234741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 8 - 697
Target Start/End: Original strand, 4189417 - 4190112
Alignment:
Q  8 agcttaaagattttcccatttgaaccacaactcgaagactctgttcgtgctacttttaagctcaaacatgaagatttggataagataaagcaaagagtgt 107  Q
    |||||||| ||||| |  ||||||||| |||| |||||||| |||||||| || || || ||||  | |||||||||| | |||||||||||||  ||||    
T  4189417 agcttaaatattttacactttgaaccaaaacttgaagactccgttcgtgccacattcaatctcacgcgtgaagatttgaacaagataaagcaaatggtgt 4189516  T
Q  108 tatctacatgggaaatattcgatacgaaagaatca------aagccacaaactctatcatcatttgtcatcacttgtgcttattcgctcgtttgtgttgc 201  Q
    |||| | ||||||| | |  ||||| || ||||||      |||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||||  |||    
T  4189517 tatcaaaatgggaattttatgatacaaatgaatcatattcaaagccacaaactttatcatcttttgttctcacttgtgcttattcactcgtttgttatgc 4189616  T
Q  202 aaaagcgattcatggggctcgtaatgacaaagagaagttttcttttgtgttcagcgtagattgcagagcaaggttagaaccaccaataccaaataactat 301  Q
    ||||||||||||  | ||   ||  || ||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4189617 aaaagcgattcaccgagcagatatggagaaagaaaagttttcttttgctttcaccgtagattgcagagcaaggttagaaccaccaataccaagtaactat 4189716  T
Q  302 cttggaaactgtgtttgggcgtattttattgatacacagccgttggattttataaaagaagatggtgnnnnnnnaattgccaagagtatttatgagaaaa 401  Q
     |||||||||||||||||| | | || ||   |||||| ||||||||||| || ||| |||| ||||       | |||| ||| ||||||| |||||||    
T  4189717 tttggaaactgtgtttgggggaacttcatcagtacacaaccgttggatttcattaaaaaagacggtgttttcttagttgctaagtgtatttacgagaaaa 4189816  T
Q  402 taaagatgataaatgaaaagggttttcttgaaggggatattaatgatatgtttaataaagttatttctttatctagtgaaggatttgaatttatgggagt 501  Q
    |||||||||||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||  || | ||||   || || |||    | |||||||||||   |  | |||||    
T  4189817 taaagatgataaatgagaacggtgttcttgaaggggctattaatgatgggtatgataagtataattatttgataaatgaaggatttggtgtgtttggagt 4189916  T
Q  502 ggcggggtctcatagatttggtgtttatgagattgattttggttggggaaggccagaaaaggttgagatcgtgtcaatagatagaggtgtaacaattggt 601  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||  | ||||||||| |||| ||||||    
T  4189917 gtcggggtctaatagatttggtgtttatgagactgattttggttggggaaggccaaagaaggtggagatagtgtcggttgatagaggtttaaccattggt 4190016  T
Q  602 ttggcagagagcaaagatagtaaaggagggatagaagttgggcttgctcttaataaacctgtaatggatatctttagcactttgtttcttcaagga 697  Q
    || ||||| ||||||||| | || || ||| | ||| |||| |||| ||||||||| | |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||    
T  4190017 ttcgcagaaagcaaagatggcaatggtggggttgaaattggtcttgttcttaataagcatgtaatggatctctttagcaatttgtttcttgaagga 4190112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 230 - 697
Target Start/End: Original strand, 4210613 - 4211077
Alignment:
Q  230 aaagagaagttttcttttgtgttcagcgtagattgcagagcaaggttagaaccaccaataccaaataactatcttggaaactgtgtttgggcgtatttta 329  Q
    |||||||||||| | ||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||   ||||      
T  4210613 aaagagaagtttgcatttggattcaccgtagattgcagagcaaggttagagccatcactaccaaataactattttggaaattgtgtatggggacatttgg 4210712  T
Q  330 ttgatacacagccgttggattttataaaagaagatggtgnnnnnnnaattgccaagagtatttatgagaaaataaagatgataaatgaaaagggttttct 429  Q
    |||||||| | || | |||||  ||||| |||||||| |       | |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  4210713 ttgatacaaaaccatcggattacataaatgaagatggggtgtttttagttgctaagtgtattcatgagaaaataaagatgataaatgaaaagggtggtct 4210812  T
Q  430 tgaaggggatattaatgatatgtttaataaagttatttctttatctagtgaaggatttgaatttatgggagtggcggggtctcatagatttggtgtttat 529  Q
    |||||| | || | |||    ||||| |||| | | || ||| || | ||||||||||||| | || ||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  4210813 tgaaggagctagtgatgg---gtttagtaaattcaattatttgtcaactgaaggatttgaaataataggagtggcgggatctaatagatttggtgtttat 4210909  T
Q  530 gagattgattttggttggggaaggccagaaaaggttgagatcgtgtcaatagatagaggtgtaacaattggtttggcagagagcaaagatagtaaaggag 629  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||  |||||| ||||| || ||  ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| |    
T  4210910 gagattgattttgggtggggaagaccaacaaaggtggagatagtttcggtagatagaggtttaacaattggcctggcagagagcaaagatggtaaaggtg 4211009  T
Q  630 ggatagaagttgggcttgctcttaataaacctgtaatggatatctttagcactttgtttcttcaagga 697  Q
    | || ||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||  || ||||||||| |||||    
T  4211010 gaattgaagttgggcttgttctaaataaacatgtaatggatctctttaaaacgttgtttcttgaagga 4211077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 142 - 697
Target Start/End: Original strand, 4192677 - 4193232
Alignment:
Q  142 aaagccacaaactctatcatcatttgtcatcacttgtgcttattcgctcgtttgtgttgcaaaagcgattcatggggctcgtaatgacaaagagaagttt 241  Q
    |||||||||| || ||||| | |||||  |||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||  ||| || ||||| ||||||    
T  4192677 aaagccacaatctttatcagcttttgttctcacttgtgcatattcgcttgtttgtttggcaaaagcgattcatggagctgctaaggagaaagataagttt 4192776  T
Q  242 tcttttgtgttcagcgtagattgcagagcaaggttagaaccaccaataccaaataactatcttggaaactgtgtttgggcgtattttattgatacacagc 341  Q
    |||||||  |||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||| |||||||| | |    
T  4192777 tcttttgctttccccatagattgcagatcaaggttagaaccaccaataccaaataactattttggaaactgtgtctgggggcattttgttgatacaaaac 4192876  T
Q  342 cgttggattttataaaagaagatggtgnnnnnnnaattgccaagagtatttatgagaaaataaagatgataaatgaaaagggttttcttgaaggggatat 441  Q
    | | | | |||||  ||||||||| ||       | |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||| || || ||||   |||    
T  4192877 catcgaactttatggaagaagatgatgtttatttagttgctaagtgtattcatgagaaaataaagatgataaatgatcatggtgtttttcaaggatctat 4192976  T
Q  442 taatgatatgtttaataaagttatttctttatctagtgaaggatttgaatttatgggagtggcggggtctcatagatttggtgtttatgagattgatttt 541  Q
    |||||||  ||||   |||  || ||||||    | ||| |||||||   || | ||||| | ||| ||| | | ||||||||||||||||| |||||||    
T  4192977 taatgatgggtttggcaaatataattctttgataaatgagggatttggtgtttttggagttgggggttctaacaaatttggtgtttatgagactgatttt 4193076  T
Q  542 ggttggggaaggccagaaaaggttgagatcgtgtcaatagatagaggtgtaacaattggtttggcagagagcaaagatagtaaaggagggatagaagttg 641  Q
    |||||||||| |||||||||||| | ||  || ||| | ||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||| | || || ||| | |||||||    
T  4193077 ggttggggaaagccagaaaaggtggtgacagtatcagtggatagaggtttatacattggtttggcagagagcaaagatggcaatggtggggttgaagttg 4193176  T
Q  642 ggcttgctcttaataaacctgtaatggatatctttagcactttgtttcttcaagga 697  Q
     ||||| ||||||||| | |||||||||| ||||||||| ||| ||| || |||||    
T  4193177 agcttgttcttaataagcttgtaatggatctctttagcagtttcttttttgaagga 4193232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 126
Target Start/End: Original strand, 4196307 - 4196424
Alignment:
Q  9 gcttaaagattttcccatttgaaccacaactcgaagactctgttcgtgctacttttaagctcaaacatgaagatttggataagataaagcaaagagtgtt 108  Q
    |||| ||||||||  | ||||||||| | |||||||||||| |||||||||| || ||||||| || |||||||||| | |||||||||||||  |||||    
T  4196307 gcttgaagattttagcttttgaaccaaacctcgaagactctcttcgtgctacgttcaagctcacacgtgaagatttgaacaagataaagcaaatggtgtt 4196406  T
Q  109 atctacatgggaaatatt 126  Q
    | | | ||||||| ||||    
T  4196407 aacaaaatgggaattatt 4196424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University