View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2219_low_3 (Length: 747)

Name: NF2219_low_3
Description: NF2219
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2219_low_3
NF2219_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (10-719)||(35616718-35617427)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 694; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 694; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 719
Target Start/End: Original strand, 35616718 - 35617427
Alignment:
Q  10 aataatataaagatattattttattgcactgcaaatgcacttgaagcaccggtaaagtaattgataggggagactatggttttctttgatgctccaaagt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35616718 aataatataaagatattattttattgcactgcaaatgcacttgaagcaccggtaaagtaattgataggggagactatggttttctttgatgctccaaagt 35616817  T
Q  110 gttttagtctgtacactccagaaatagcatctgttggtatttcccattctatggcagcgaaaccatgaaaggaagtattgtctactttccacttgaaaaa 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35616818 gttttagtctgtacactccagaaatagcatctgttggtatttcccattctatggcagcgaaaccatgaaaggaagtattgtctactttccacctgaaaaa 35616917  T
Q  210 caagcttaagtcatcatcatcttgaacagaaatccatctttccccttgaagcatttccactacagcatatgtgccttctgttagaagatcatatcttgga 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35616918 caagcttaagtcatcatcatcttgaacagaaatccatctttccccttgaagcctttccactacagcatatgtgccttctgttagaagatcatatcttgga 35617017  T
Q  310 tttgcactccagaatgtagcacttggtttatctccctttgtaaaataaccgcttcctggaaatgctatatcttctttaatgtcaccgagtttaattccgt 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35617018 tttgcactccagaatgtagcacttggtttatctccctttgtaaaataaccgcttcctggaaatgctatatcttctttaatgtcaccgagtttaattccgt 35617117  T
Q  410 caggagttgtgtctccaaagggatcaagtaagaagcttttttgtacagataaaagatctggtggggaagtaccatttccatatattttatcgcctttagc 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35617118 caggagttgtgtctccaaagggatcaagtaagaagcttttttgtacagataaaagatctggtggggaagtaccatttccatagattttatcgcctttagc 35617217  T
Q  510 cattgcttgtgctagtttgttgaattcttggatgtacgctgataatgtgtgaggaccatatagtgtagaggcagcctgcacattttatactttttagcaa 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35617218 cattgcttgtgctagtttgttgaattcttggatgtacgctgataatgtgtgaggaccatatagtgtagaggcagcctgcacattttatactttttagcaa 35617317  T
Q  610 taaaaaggataagtcatcttcaaaaccaattgcttatgtcaaatatggatttccaataggtttatactttatagtaacttggtatccacttctgtttggc 709  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35617318 taaaaaggataagtcaccttcaaaaccaattgcttatgtcaaatatggatttccaataggtttatactttatagtaacttggtatccacttctgtttggc 35617417  T
Q  710 cttacctcat 719  Q
    ||||||||||    
T  35617418 cttacctcat 35617427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University