View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2220_low_31 (Length: 264)

Name: NF2220_low_31
Description: NF2220
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2220_low_31
NF2220_low_31
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (13-247)||(4681918-4682152)
chr8 (28-247)||(4737269-4737488)
chr8 (28-242)||(4996924-4997138)
chr8 (14-246)||(4704006-4704238)
chr8 (40-247)||(4716041-4716251)
chr8 (28-246)||(4775939-4776161)
chr8 (35-242)||(4900482-4900689)
chr8 (68-247)||(4889458-4889637)
chr8 (28-242)||(4912881-4913093)
chr8 (13-243)||(4689500-4689729)
chr8 (28-244)||(10447861-10448071)
chr8 (28-242)||(21438821-21439038)
chr8 (13-247)||(4746048-4746281)
chr8 (65-247)||(4923567-4923749)
chr8 (28-235)||(4726725-4726931)
chr8 (26-247)||(4874658-4874881)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 13 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 4682152 - 4681918
Alignment:
Q  13 aatatatataacattagaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgtta 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4682152 aatatatataacattagaggatacttgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgtta 4682053  T
Q  113 ttgccatcaatactacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgt 212  Q
    |||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||| || || || |||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||    
T  4682052 ttgccatcaagactgcagtttaggccttcccacatatagtttactggaccacatggatctccctgccaatttctagccaccccataggccttcttgatgt 4681953  T
Q  213 ttgtgatagtatcaactagtatttcgtattaaaaa 247  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4681952 ttctcatagtatcaactagtatttcgtattcaaaa 4681918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 28 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 4737488 - 4737269
Alignment:
Q  28 agaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaatacta 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  4737488 agaggataattgaagtttttgaatttatgcatatggtttatttaaggaattataaacttacaaagatgtgattcttggaatgttattgccatcactacta 4737389  T
Q  128 caggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaa 227  Q
    ||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4737388 cagtttaggccttcccacatgtaattcacaggggcacatggatctccttgccaatttcttgccacaccataagcattcttgatgtttgtcatagtatcaa 4737289  T
Q  228 ctagtatttcgtattaaaaa 247  Q
    || |||||| ||||||||||    
T  4737288 ctggtatttagtattaaaaa 4737269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 28 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 4997138 - 4996924
Alignment:
Q  28 agaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaatacta 127  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  4997138 agaggataattcaagtttttgaatttatgcatatggtttatttaaggaattataaacctacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaagactg 4997039  T
Q  128 caggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaa 227  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  4997038 cagtttaggccttcccacatataattcacaggggcacatggatctccttgccaatttctagccaccccataagtgttcttgatgtttatgatagtatcaa 4996939  T
Q  228 ctagtatttcgtatt 242  Q
    ||||||||| |||||    
T  4996938 ctagtatttagtatt 4996924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 4704238 - 4704006
Alignment:
Q  14 atatatataacattagaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttat 113  Q
    |||||| |||||| | | ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4704238 atatatttaacatcaaatgataattgaagttcttgaatttatggatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgctat 4704139  T
Q  114 tgccatcaatactacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtt 213  Q
    || |||||||| ||||| |||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||| ||    
T  4704138 tggcatcaatagtacagtttacgccttcccacatgtaattcacagggacacatggatctccttgccaatttctagacaccccataagtgttcttgatatt 4704039  T
Q  214 tgtgatagtatcaactagtatttcgtattaaaa 246  Q
      |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4704038 catgatagtatcaactagtatttcgtatgaaaa 4704006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 40 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 4716251 - 4716041
Alignment:
Q  40 aagtttttgaatttatgcatatgatttattta---agggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaatactacaggttaga 136  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||||     
T  4716251 aagtttttgaagttatgcatatggtttatttattaagggattgtaaacttacagagatgtgattcttgggatgctatagccatcaatactacaatttagg 4716152  T
Q  137 ccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaactagtattt 236  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4716151 ccttcccacatataattcacaggaccacatggatctccttgccaatttctagtcaccccataagtattcttgatgtttgtgatagtatcaactagtattt 4716052  T
Q  237 cgtattaaaaa 247  Q
     ||||| ||||    
T  4716051 tgtattcaaaa 4716041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 28 - 246
Target Start/End: Original strand, 4775939 - 4776161
Alignment:
Q  28 agaggataattgaagtttttgaa-tttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaata-- 124  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||  |      
T  4775939 agaggataattaaagtttttgaaatttatgcatatggttaatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggggattattgtcatcatcagt 4776038  T
Q  125 -ctacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagta 223  Q
     |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4776039 gctacagtttaggccttcccacatataattcacaggggcacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatatta 4776138  T
Q  224 tcaactagtatttcgtattaaaa 246  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  4776139 tcaactagtattttgtattaaaa 4776161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 35 - 242
Target Start/End: Original strand, 4900482 - 4900689
Alignment:
Q  35 aattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaatactacaggtta 134  Q
    |||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| |||    
T  4900482 aattgaagtttttgaagttatgcatacagtttatttaaggaattgtaaacttacaaagatgtgattcttggaatgctatagccatcaatactacagttta 4900581  T
Q  135 gaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaactagtat 234  Q
    |  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4900582 ggacttcccacatatatttcacaggaccacatggatctccttgccaatttctagccaccccataagcatccttgatgtttgtgatagtatcaactagcat 4900681  T
Q  235 ttcgtatt 242  Q
    || |||||    
T  4900682 ttggtatt 4900689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 68 - 247
Target Start/End: Original strand, 4889458 - 4889637
Alignment:
Q  68 tttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaatactacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatg 167  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||  |||||||||||| ||||||    
T  4889458 tttaaggaattgtatacttacaaagatatgattcttgggatgttattgccatcaatactgcagtttaggccttcccacacgtaattcacaggggcacatg 4889557  T
Q  168 gatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaactagtatttcgtattaaaaa 247  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4889558 gatctccttcccaatttctagtcagcccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaactagtatttcgtattaaaaa 4889637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 28 - 242
Target Start/End: Original strand, 4912881 - 4913093
Alignment:
Q  28 agaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaatacta 127  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  4912881 agaggataattgaagttcttgaatttatg--tatggtttatttaaggaatggtaaacttacaaagatgtgattcttggaatgctatagccatcaatacta 4912978  T
Q  128 caggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaa 227  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||| || ||    
T  4912979 cagtttaggccttcccacatataattcacaggaccacatggatctccttgccaatttctagccaccacataagcatccttgatgtttgtgatagcattaa 4913078  T
Q  228 ctagtatttcgtatt 242  Q
    ||| ||||| |||||    
T  4913079 ctattatttggtatt 4913093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 13 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 4689729 - 4689500
Alignment:
Q  13 aatatatataacattagaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgtta 112  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||   |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  4689729 aatatatataacattagaggtta-ttgaagtttttgaatttat---tatggtttattgaagtgattgtaaacttacaaagatgtgattcttggggggtta 4689634  T
Q  113 ttgccatca---atactacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttga 209  Q
    ||| |||||   ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| |    
T  4689633 ttggcatcatcaatactacaatttaggccttcccacatataattcacaggaccacatggatctccttgccaatttctagccactccataggccttcttaa 4689534  T
Q  210 tgtttgtgatagtatcaactagtatttcgtatta 243  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  4689533 tgtttgtaatagtatcaactagtatttggtatta 4689500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 28 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 10448071 - 10447861
Alignment:
Q  28 agaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaatacta 127  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||      |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  10448071 agaggacaattaaagtttttgaatttatgtatat------tttaagtgattctaaacttacaaagatgtgattctttgaatgttattgccatcaatacta 10447978  T
Q  128 caggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaa 227  Q
    ||| |||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10447977 cagtttaggccttcccacatatacttcactggaccacatggatctccattccaatttctagccatcccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaa 10447878  T
Q  228 ctagtatttcgtattaa 244  Q
    ||||||||| |||||||    
T  10447877 ctagtatttggtattaa 10447861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 28 - 242
Target Start/End: Original strand, 21438821 - 21439038
Alignment:
Q  28 agaggataattgaagtttttgaatt---tatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaata 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||   | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||     
T  21438821 agaggataattgaagtttttgaattatatttgcatatggtttatttaaggaatagtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgctatatccatcaatg 21438920  T
Q  125 ctacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtat 224  Q
    |||||  |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||| ||||| ||||||||||| ||    
T  21438921 ctacaatttaggccttcccacatataattcccaggaccacatggatctccttgccaatttctagccaccttataagcatccttgacgtttgtgatagcat 21439020  T
Q  225 caactagtatttcgtatt 242  Q
    |||||||||||| |||||    
T  21439021 caactagtatttggtatt 21439038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 13 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 4746281 - 4746048
Alignment:
Q  13 aatatatataacattagaggataattgaagttttt-gaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgtt 111  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| || |    ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||  |||    
T  4746281 aatatatataacattagaggtta-ttgaagttttttgaatttatgcatatggttga----aggaattataaacttacaaatatgtgattcttggggggtt 4746187  T
Q  112 attgcca---tcaatactacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttg 208  Q
    ||| |||   |||||||| ||| |||| | |||| ||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||    
T  4746186 atttccaccatcaatactgcagtttaggcattcctacatatactgcacaggaccacatggatctccttgccaatttctcgcaaccccataagcattcttg 4746087  T
Q  209 atgtttgtgatagtatcaactagtatttcgtattaaaaa 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4746086 atgtttgtgatagtatcaactagtatttcgtattaaaaa 4746048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 65 - 247
Target Start/End: Original strand, 4923567 - 4923749
Alignment:
Q  65 ttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaatactacaggttagaccttcccacatataattcacagggccac 164  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||  || ||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  4923567 ttattcaagggatagtagacttacaaagatgtgattcttggggggttatatccatcaacgctgcagtttaggccttcccatatatacttcacagggccac 4923666  T
Q  165 atggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaactagtatttcgtattaaaaa 247  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  4923667 atggatctccttgccaatttttagccaccccataagtcttcttgatgtttgtgatagtatcaactagtatattgtattcaaaa 4923749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 28 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 4726931 - 4726725
Alignment:
Q  28 agaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgcca---tcaata 124  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||    ||  || |||||||||||| || ||||||||  |  |||||| |||   ||||||    
T  4726931 agaggataattaaagttttggaatttatgcatatggtttat----ggttttataaacttacaaatatatgattcttttggggttatttccaccatcaata 4726836  T
Q  125 ctacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtat 224  Q
    || ||| |||  |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4726835 ctgcagtttaagccttcccacatatatttcacgggaccacatggatctccctgccaattcctagtcaccccataagcattcttgatgtttgtcatagtat 4726736  T
Q  225 caactagtatt 235  Q
    ||||| |||||    
T  4726735 caacttgtatt 4726725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 26 - 247
Target Start/End: Original strand, 4874658 - 4874881
Alignment:
Q  26 ttagaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatca---a 122  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||  |  | |   || |   |    
T  4874658 ttagaggataattgaggttgttgaatttatgaa-atggtttatttcagggattgtaaacttacaaagataggattcttgggccgccaatcagataatgca 4874756  T
Q  123 tactacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagt 222  Q
    |||||||| |||| ||||||||||| ||     |||||  ||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4874757 tactacagtttaggccttcccacatgtatgcttcagggtaacatggatctccttgccaatttctttccaccccataagcattcttgatgtttgtgatagt 4874856  T
Q  223 atcaactagtatttcgtattaaaaa 247  Q
    |||||||||||||| | ||||||||    
T  4874857 atcaactagtatttggcattaaaaa 4874881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University