View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2224_low_14 (Length: 228)

Name: NF2224_low_14
Description: NF2224
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2224_low_14
NF2224_low_14
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-228)||(15665205-15665431)
chr2 (3-228)||(19695814-19696036)
chr2 (3-228)||(41595369-41595592)
chr2 (1-214)||(40619503-40619715)
chr2 (3-198)||(27338868-27339063)
chr2 (3-125)||(37485803-37485925)
chr2 (3-92)||(13349341-13349430)
chr2 (139-228)||(13349445-13349534)
chr2 (139-228)||(13996097-13996186)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (35-198)||(24660635-24660797)
chr6 (3-228)||(12255239-12255464)
chr6 (3-214)||(9314949-9315159)
chr6 (3-198)||(10789233-10789426)
chr6 (3-125)||(391095-391217)
chr6 (3-228)||(23404615-23404838)
chr6 (3-213)||(32329483-32329691)
chr6 (81-198)||(29979287-29979403)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (19-228)||(28622738-28622946)
chr1 (3-125)||(37346168-37346290)
chr1 (48-157)||(10306664-10306770)
chr1 (3-92)||(17702919-17703008)
chr1 (139-227)||(49549642-49549730)
chr1 (163-198)||(10306759-10306794)
chr1 (81-171)||(52267876-52267963)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (3-214)||(45498984-45499196)
chr4 (15-228)||(5787125-5787334)
chr4 (3-228)||(37910474-37910696)
chr4 (59-228)||(28115791-28115959)
chr4 (1-198)||(3767894-3768089)
chr4 (118-226)||(17702258-17702365)
chr4 (3-228)||(34940419-34940643)
chr4 (3-125)||(36198626-36198747)
chr4 (18-198)||(34514003-34514180)
chr4 (3-122)||(44289437-44289558)
chr4 (138-195)||(11138760-11138817)
chr4 (139-228)||(34513698-34513787)
chr4 (60-120)||(3319945-3320005)
chr4 (48-92)||(34512182-34512226)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (3-214)||(40953371-40953581)
chr8 (3-228)||(27696357-27696582)
chr8 (3-125)||(16295566-16295688)
chr8 (3-125)||(16303268-16303390)
chr8 (1-228)||(37246292-37246514)
chr8 (52-157)||(16456678-16456781)
chr8 (52-131)||(8490892-8490972)
chr8 (48-228)||(43596960-43597139)
chr8 (3-174)||(11656158-11656326)
chr8 (29-125)||(15268856-15268952)
chr8 (19-132)||(42180535-42180646)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (3-216)||(33134226-33134438)
chr5 (2-228)||(33007806-33008029)
chr5 (3-228)||(29860996-29861219)
chr5 (4-174)||(21091074-21091243)
chr5 (29-228)||(15922021-15922218)
chr5 (3-228)||(25346862-25347086)
chr5 (51-157)||(5868146-5868251)
chr5 (15-105)||(31078118-31078208)
chr5 (71-157)||(2499109-2499192)
chr5 (3-125)||(7883601-7883723)
chr5 (81-123)||(12657998-12658040)
chr5 (59-123)||(8096077-8096141)
chr5 (78-174)||(42683818-42683913)
chr5 (98-228)||(31077976-31078101)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (18-227)||(28457608-28457816)
chr3 (3-228)||(40700836-40701059)
chr3 (18-170)||(45852738-45852889)
chr3 (52-196)||(4384892-4385035)
chr3 (52-123)||(43462842-43462913)
chr3 (52-123)||(46663420-46663491)
chr3 (40-111)||(21748254-21748325)
chr3 (112-198)||(42490652-42490740)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (3-199)||(34866253-34866448)
chr7 (3-226)||(34703165-34703390)
chr7 (52-132)||(3480603-3480683)
chr7 (78-214)||(15672847-15672982)
chr7 (78-228)||(18502958-18503110)
chr7 (145-211)||(17508667-17508733)
chr7 (145-211)||(17544481-17544547)
chr7 (52-125)||(6110329-6110401)
chr7 (59-120)||(15841589-15841650)
chr7 (58-120)||(15524604-15524666)
chr7 (71-120)||(15512618-15512667)
[»] scaffold0957 (1 HSPs)
scaffold0957 (144-198)||(1816-1870)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Original strand, 15665205 - 15665431
Alignment:
Q  1 atattaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaa 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15665205 atattaatcttatcatgtgttttatgcacacatgataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaatattgtaa 15665304  T
Q  101 aaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaag 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15665305 aaatg-catgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaaaatcatgataataaataaag 15665403  T
Q  201 atttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||    
T  15665404 aattatcttctaattctatcaggataat 15665431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 19696036 - 19695814
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||||||| |||||||| |||  ||||| |||||||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | | |||||    
T  19696036 attaatcttattatgtgtttgatgtgcacatgataataaacatgatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaatagtataaaa 19695937  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagat 202  Q
    |||| |||| |||||||||||||  ||||| | || |||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||  | || |||| |||||||||||| |      
T  19695936 atgatatgttattaattataatagaaaata-tatgctatcattattttaaaagtgacaatattttaaaaatg--agaatatcaagataataaataaggga 19695840  T
Q  203 ttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    | |||||||||||| |||||||||||    
T  19695839 tgatcttctaattccatcaggataat 19695814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 41595592 - 41595369
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||  ||||| |||| ||||| | |||||||||| | ||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||| |||||    
T  41595592 attaatcctattatgtgtttgatgtgcacataataacaaacatgatatcattataatcaaatgaa-aaattgctctcataattaattaaatattataaaa 41595494  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagat 202  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||  | | |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| | || |||| ||||||||||||| |     
T  41595493 atgacatgttattaattataatagaaaatacat-gctatcattattttaaaaatgacaatattttaaaaatgaaagaatatcaagataataaataaaaaa 41595395  T
Q  203 ttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    | |||||||||| | |||||||||||    
T  41595394 tgatcttctaatcccatcaggataat 41595369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 40619503 - 40619715
Alignment:
Q  1 atattaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaa 100  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||  ||||| |||| ||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| ||| |||    
T  40619503 atattaatcttatcatgtgtttgatgtgcacatgataacaaacatgatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcatagttaattaaatattataa 40619602  T
Q  101 aaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaag 200  Q
    ||||| || || |||||||||||||| |||||   || |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| || |||| | |||||||||| |    
T  40619603 aaatggcaagttattaattataataaaaaata-catgctatcattattttaaaaatgacaatattttaaaaataacagaatatcaaggtaataaataagg 40619701  T
Q  201 atttatcttctaat 214  Q
    | | ||||||||||    
T  40619702 aatgatcttctaat 40619715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 3 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 27339063 - 27338868
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||| ||||| |||| |||| || |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||| |||||    
T  27339063 attaatcatatcatgtgtttgatgcgcacatgataacaaaccggatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaatattataaaa 27338964  T
Q  103 atgacatgtaattaatta-taataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataa 198  Q
    ||||||||| |||||||| |||||  |||||   || |||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||| || |||| ||||||||||||    
T  27338963 atgacatgttattaattattaatagaaaata-catgctatcattattttaaaaatgataatattttaaaaatgacagaatatcaagataataaataa 27338868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 3 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 37485925 - 37485803
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||  ||||| |||| |||||   || ||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| || ||||||    
T  37485925 attaatcatatcatgtgtttgatgtgcacatgataacaaacataataccattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaagatcgtaaaa 37485826  T
Q  103 atgacatgtaattaattataata 125  Q
    ||||||||| |||||||||||||    
T  37485825 atgacatgttattaattataata 37485803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 92
Target Start/End: Original strand, 13349341 - 13349430
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaa 92  Q
    ||||||| |||  ||||||| |||| || || |||| ||||||| ||| |||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||    
T  13349341 attaatcctatcgtgtgtttgatgcgcatatgataacaaacaggatattattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaa 13349430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 139 - 228
Target Start/End: Original strand, 13349445 - 13349534
Alignment:
Q  139 tatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagatttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    |||| ||||||||||||||  || |||| ||||||| || || |||| |||||||||||| || | ||||||||||   |||||||||||    
T  13349445 tatcattattttaaaaatgataatatttaaaaaatggcagaatatcaagataataaataaggaatgatcttctaatcgcatcaggataat 13349534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 139 - 228
Target Start/End: Original strand, 13996097 - 13996186
Alignment:
Q  139 tatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagatttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    |||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||||  | || ||||  ||||||||||| || | |||||||||| | |||||||||||    
T  13996097 tatcattattttaaaaatgacaatatttttaaaatggaagaatatcaaaataataaataaggaatgatcttctaatcccatcaggataat 13996186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 92; Significance: 8e-45; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 35 - 198
Target Start/End: Original strand, 24660635 - 24660797
Alignment:
Q  35 ataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataataacaaatatt 134  Q
    |||| ||||| | |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| |    
T  24660635 ataacaaacatgatatcattataattaaatgaaaaaattactctcataattaattaaatattgtaaaaaagtcatgtaattaattttaataacaaata-t 24660733  T
Q  135 ttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataa 198  Q
     ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||    
T  24660734 atgatatcattattttaaaaatgacaacattttaaaaatgatagaatatcatgataataaataa 24660797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 12255464 - 12255239
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||| ||||| | |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  12255464 attaatcttatcatgtgtttgatgcgcacatgataacaaacatgatatcattataattaaatgaaaaaattactctcataattaattaaatattataaaa 12255365  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagat 202  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| |||     || |||| ||||||||||| |  ||| |||||||||| |||| || |||| |||||||||||| ||     
T  12255364 atgacatgttattaattacaataaaaaaatacatgctatcattattttaaaagtaacaatattttaaaaaggacagaatatcaagataataaataaggaa 12255265  T
Q  203 ttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    |||||||||||| | |||| ||||||    
T  12255264 ttatcttctaatcccatcatgataat 12255239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 3 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 9315159 - 9314949
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||| ||||| |||| ||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  9315159 attaatcctatcatgtgtttgatgcgcacatgataacaaacaagatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaatattgtaaaa 9315060  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagat 202  Q
    ||| ||| | |||||||||||||  |||||   || |||| ||||||||||||||   | |||||||||||| || || |||| |||||||||||| ||     
T  9315059 atggcattttattaattataatagaaaata-catgctatcattattttaaaaatgatgatattttaaaaatggcagaatatcaagataataaataaggaa 9314961  T
Q  203 ttatcttctaat 214  Q
    | ||||||||||    
T  9314960 tgatcttctaat 9314949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 3 - 198
Target Start/End: Original strand, 10789233 - 10789426
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||  |||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||  ||| |||||    
T  10789233 attaatcttatcatgtgtttgatgcgaacatgataacaaacaggatatcattataattaaatgaa-aaattgctctcataattaattaagtattataaaa 10789331  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataa 198  Q
    ||| ||||| |||||||||||||  |||||   || |||  |||||||||||||| ||| |||||||||||  || || |||| ||||||||||||    
T  10789332 atggcatgttattaattataatagaaaata-catgctattattattttaaaaatgacaatattttaaaaatagcagaatatcaagataataaataa 10789426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 3 - 125
Target Start/End: Original strand, 391095 - 391217
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||||||| |||||||| |||  ||||| |||| ||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||| |||||    
T  391095 attaatcttatcatgtgtttgatgtgcacatgataacaaataggatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaatattataaaa 391194  T
Q  103 atgacatgtaattaattataata 125  Q
    ||||||||| |||||||||||||    
T  391195 atgacatgttattaattataata 391217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 23404838 - 23404615
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    |||||| |||| |||||||| |||  ||||| |||| ||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  23404838 attaatattatcatgtgtttgatgtgcacatgataacaaacacgatatcattataattaaatgaaaaaattgctatcataataaattaaatattgtaaaa 23404739  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagat 202  Q
    |||  |||| |||||||||||||  |||||   || |||   ||||||||||||| ||| | |||||||||| || || |||| |||||||||| | ||     
T  23404738 atggtatgttattaattataatagaaaata-catgctataactattttaaaaatgacaata-tttaaaaatggcagaatatcaagataataaattaggaa 23404641  T
Q  203 ttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    | ||||| ||| || |||||||||||    
T  23404640 taatcttttaagtcaatcaggataat 23404615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 32329691 - 32329483
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||| ||| |||||||| || | ||||| |||| ||| | | |||||||| ||| ||||||| ||||| || |||||||||||| || |||||||||    
T  32329691 attaatcatatcatgtgtttgatacgcacatgataacaaatatgatatcattaaatt-aaatgaaaaaattgctctcataattaattcaatattgtaaaa 32329593  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagat 202  Q
    | |  |||| |||||||||||||  |||||   || |||| | |||||||||||| ||| ||||| ||||||  | || ||||  ||||||||||| ||     
T  32329592 acggtatgttattaattataatagaaaata-catgctatcatcattttaaaaatgacaatattttcaaaatggtagaatatcaacataataaataaggaa 32329494  T
Q  203 ttatcttctaa 213  Q
    | |||||||||    
T  32329493 tgatcttctaa 32329483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 81 - 198
Target Start/End: Original strand, 29979287 - 29979403
Alignment:
Q  81 taattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaa 180  Q
    ||||||||||||  ||||||||||  ||||| ||||||||| |||  |||||  | | |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||  | ||    
T  29979287 taattaattaaatgttgtaaaaattgcatgttattaattatgatagaaaatacat-gctatcattattttaaaaatgacaatattttaaaaatggtagaa 29979385  T
Q  181 catcatgataataaataa 198  Q
     |||| ||||||||||||    
T  29979386 tatcaagataataaataa 29979403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 19 - 228
Target Start/End: Original strand, 28622738 - 28622946
Alignment:
Q  19 gttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaat 118  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||    
T  28622738 gtttgatgcacacatgataacaaacaggatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaatattgtaaaaatggcatgttattaat 28622837  T
Q  119 tataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagatttatcttctaattcta 218  Q
    |||||||  |||||   || |||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||  || || |||| |||||||||||| || | ||||||||||   |    
T  28622838 tataatagaaaata-catgctatcattatttaaaaaatgacaatattttaaaaatcgcagaatatcaagataataaataaggaatgatcttctaatctca 28622936  T
Q  219 tcaggataat 228  Q
    ||||||||||    
T  28622937 tcaggataat 28622946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 3 - 125
Target Start/End: Original strand, 37346168 - 37346290
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||| ||||| |||| ||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||| |||||    
T  37346168 attaatcctatcatgtgtttgatgcgcacatgataacaaacatgatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaatattataaaa 37346267  T
Q  103 atgacatgtaattaattataata 125  Q
    ||||||||| |||||||||||||    
T  37346268 atgacatgttattaattataata 37346290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 48 - 157
Target Start/End: Original strand, 10306664 - 10306770
Alignment:
Q  48 tatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttat 147  Q
    |||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||    |||||| ||||    
T  10306664 tatcattaaaattaaatgaa-aaattactctcataattaattaaatattgtaaaaatgacatctaattaactataatcacaaata--ccgatatcattat 10306760  T
Q  148 tttaaaaatg 157  Q
    ||||||||||    
T  10306761 tttaaaaatg 10306770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 3 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 17703008 - 17702919
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaa 92  Q
    ||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||    
T  17703008 attaatcctatcatgtttttgatgcacacatgataacaaacaggatatcattataattaaatgaaaaaatttctctcataattaattaaa 17702919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 49549730 - 49549642
Alignment:
Q  139 tatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagatttatcttctaattctatcaggataa 227  Q
    |||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| || || |||| |||||||||||| || | |||||| ||| | || |||||||    
T  49549730 tatcattattttaaaaatgacaatattttaaaaatggcagaatatcaagataataaataaggaatgatcttcaaatcccattaggataa 49549642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 163 - 198
Target Start/End: Original strand, 10306759 - 10306794
Alignment:
Q  163 attttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataa 198  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10306759 attttaaaaatgacaaaatatcatgataataaataa 10306794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 81 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 52267963 - 52267876
Alignment:
Q  81 taattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaa 171  Q
    |||||||||||| ||| |||||| | ||||||||||||  ||||||||||||   | ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  52267963 taattaattaaatattttaaaaacggcatgtaattaat--taataacaaata-cataatatcattattttaaaaatgacaacagtttaaaa 52267876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 77; Significance: 7e-36; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 3 - 214
Target Start/End: Original strand, 45498984 - 45499196
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||||||||| |||| |||||   |||||||||| ||||||||| || || || ||||||||||||||| |||||||||    
T  45498984 attaatcatatcatgtgtttgatgcacacatgataacaaacacaatatcattataattaaatgaaaaatttgctctcataattaattaaatattgtaaaa 45499083  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaata-ttttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaaga 201  Q
    |||  |||| |||||||||||||  |||||  | || |||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||| || || |||| |||||||||||||||    
T  45499084 atggtatgttattaattataatagaaaatacatatgctatcattattttaaaaatgacaatattttcaaaatggcagaatatcaagataataaataaaga 45499183  T
Q  202 tttatcttctaat 214  Q
     | ||||||||||    
T  45499184 atgatcttctaat 45499196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 15 - 228
Target Start/End: Original strand, 5787125 - 5787334
Alignment:
Q  15 atgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaat 114  Q
    |||||||| |||| ||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||   |    
T  5787125 atgtgtttgatgcgcacatgataacaaacaggatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaatattgtaaaaatgatatg---t 5787221  T
Q  115 taattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagatttatcttctaat 214  Q
    |||||||||||  |||||   || |||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| || || |||| |||||||||||| || | ||||| ||||    
T  5787222 taattataatagaaaata-catgctatcattattttaaaaatgacaatattttaaaaatggcagaatatcaagataataaataaggaatgatcttttaat 5787320  T
Q  215 tctatcaggataat 228  Q
     | |||||||||||    
T  5787321 cccatcaggataat 5787334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Original strand, 37910474 - 37910696
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||||| | ||| ||  |||||||||||||| ||||| |||    
T  37910474 attaatcatatcatgtgtttgatgcacacatgataacaaacaggatatcattataattaaatgaaaatattgcttccataattaattaaatattgt-aaa 37910572  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagat 202  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||   || |||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||| || || ||||  ||||||||||| ||     
T  37910573 atgacatgttattaattataatagaaaata-catgctatcattattttaaaaatgacaatatttt-aaaatggcagaatatcaaaataataaataaggaa 37910670  T
Q  203 ttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    | |||||||||| | |||||||||||    
T  37910671 tgatcttctaatcccatcaggataat 37910696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 59 - 228
Target Start/End: Original strand, 28115791 - 28115959
Alignment:
Q  59 ttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgt 158  Q
    ||||||||| || || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||    || |||| | |||| |||||||     
T  28115791 ttaaatgaaaaacttgctctcataattaattaaatattgtaaaaatgacatgttattaattataatagaaaat-gcatgctatcataatttaaaaaatga 28115889  T
Q  159 caacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagatttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    ||| |||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||    
T  28115890 caatattttaaaaatggcaaaatctcaagataataaataaagaatgatcttctaattccatcaggataat 28115959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 3768089 - 3767894
Alignment:
Q  1 atattaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaa 100  Q
    ||||||||| ||| |||||||| |||| ||||| |||| ||| ||| |||||||||  ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  3768089 atattaatcctatcatgtgtttgatgcgcacatgataaaaaa-aggatatcattattattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaatattgtaa 3767991  T
Q  101 aaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataa 198  Q
    |||||  |||| ||| |||||||||  |||||   || |||| |||||||||||| | ||| ||||||||||| ||| || |||| ||||||||||||    
T  3767990 aaatggtatgttattgattataatagaaaata-catgctatcattattttaaaaacgacaatattttaaaaataacagaatatcaagataataaataa 3767894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 118 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 17702365 - 17702258
Alignment:
Q  118 ttataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagatttatcttctaattct 217  Q
    |||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  | || |||||||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  17702365 ttataataacaaatacat-gatatcattattttaaaaatgacaacattttaaaaatggaagaatatcatgataataaataagaaattatcttctaattct 17702267  T
Q  218 atcaggata 226  Q
    |||||||||    
T  17702266 atcaggata 17702258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 34940643 - 34940419
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||| ||||| || | ||||||  ||||| |||| ||||||||| |||||  | |||| |||||||||| |||||||||    
T  34940643 attaatcatatcatgtgtttgatgcgcacatgatgacaaacagaatatcaatataattaaatgaaaaaattgttctcatcattaattaaatattgtaaaa 34940544  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagat 202  Q
    ||||||||| ||||||||||| |  |||||   || |||| ||||||||||||||  || ||||| |||| |  | || |||| ||||||||||||  ||    
T  34940543 atgacatgttattaattataacagaaaata-catgttatcattattttaaaaatgataatatttttaaaaaggaagaatatcaagataataaataagaat 34940445  T
Q  203 ttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    | || ||||||| | |||||||||||    
T  34940444 tgattttctaatcccatcaggataat 34940419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 3 - 125
Target Start/End: Original strand, 36198626 - 36198747
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||||||| |||||||| |||  ||||| |||| ||| | | |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  36198626 attaatcttatcatgtgtttgatgtgcacatgataacaaatatgatatcattataattaaatgaa-aaattgctctcataattaattaaatattgtaaaa 36198724  T
Q  103 atgacatgtaattaattataata 125  Q
    |||  |||| |||||||||||||    
T  36198725 atgctatgttattaattataata 36198747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 18 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 34514180 - 34514003
Alignment:
Q  18 tgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaa 117  Q
    ||||| |||| ||||| |||| ||| ||| |||||||||| ||||||||| |||||  | ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  34514180 tgtttgatgcgcacatgataacaaataggatatcattataattaaatgaaaaaattgatctcata-ttaattaaatattgtaaaaatggcatgttattaa 34514082  T
Q  118 ttataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataa 198  Q
    |||||||   |||||   || |||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||| || || |||| ||||||||||||    
T  34514081 ttataatggaaaata-catgctatcattatttt-aaaatgacaatattttaaaaatggcagaatatcaagataataaataa 34514003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 3 - 122
Target Start/End: Original strand, 44289437 - 44289558
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaatta--ctatcataattaattaaacattgtaa 100  Q
    ||||||||| | |||||||| |||| ||||| |||| ||||| | |||||||||| ||||| ||| |||  |  || ||||||||||||||| |||||||    
T  44289437 attaatcttctcatgtgtttgatgcgcacatgataacaaacatgatatcattataattaaaagaaaaaaaaatgctctcataattaattaaatattgtaa 44289536  T
Q  101 aaatgacatgtaattaattata 122  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  44289537 aaatgacatgttattaattata 44289558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 138 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 11138817 - 11138760
Alignment:
Q  138 atatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaa 195  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||    
T  11138817 atatcattattttaaaaatgacaacattttaaaaatgaaagaatatcatgataataaa 11138760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 139 - 228
Target Start/End: Original strand, 34513698 - 34513787
Alignment:
Q  139 tatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagatttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    |||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| || || |||| ||||||||||||  | | || ||||||| | |||||||||||    
T  34513698 tatcattattttaaaaatgacaatattttaaaaatggcagaatatcaagataataaataagaaatgattttctaatcccatcaggataat 34513787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 60 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 3320005 - 3319945
Alignment:
Q  60 taaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaatta 120  Q
    ||||||| ||||||||  || |||||||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||    
T  3320005 taaatgagtaaattacactcgtaattaattaaatatttaaaaaaagacatgtaattaatta 3319945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 48 - 92
Target Start/End: Original strand, 34512182 - 34512226
Alignment:
Q  48 tatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaa 92  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||    
T  34512182 tatcattataattaaatgaaaaaattgctgtcataattaattaaa 34512226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 3 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 40953581 - 40953371
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||| ||||| |||| ||||| | |||||| ||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||| |||||    
T  40953581 attaatcatatcatgtgtttgatgcgcacatgataacaaacatgatatcatcataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaatattataaaa 40953482  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagat 202  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||   || |||| |||||||||||||| ||| |||||||||| | || || |||| | |||||||||| ||     
T  40953481 atgacatgttattaattataataaaaaata-catgctatcattattttaaaaatgacaatattttaaaaagggcagaatatcaaggtaataaataaggaa 40953383  T
Q  203 ttatcttctaat 214  Q
    | ||||||||||    
T  40953382 tgatcttctaat 40953371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 27696582 - 27696357
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgt-aaa 101  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||  ||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||| | |||    
T  27696582 attaatcctatcatgtgtttaatgtgcacatgataacaaacaggatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaatattataaaa 27696483  T
Q  102 aatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaaga 201  Q
    |||| ||| | |||||||||||||  |||||   || |||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||    
T  27696482 aatggcatattattaattataatagaaaata-catgctatcattattttaaaaataacaatattttaaaaatgacagaatatcaagataataaataagga 27696384  T
Q  202 tttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
     | |||| ||||| | |||| ||||||    
T  27696383 atgatctcctaatcccatcaagataat 27696357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 3 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 16295688 - 16295566
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||||||| |||||||| |||  ||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  16295688 attaatcttatcatgtgtttgatgtgcacatgataacaaacaggatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaatattgtaaaa 16295589  T
Q  103 atgacatgtaattaattataata 125  Q
    |||  |||| |||||||||||||    
T  16295588 atggtatgttattaattataata 16295566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 3 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 16303390 - 16303268
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||||||| |||||||| |||  ||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  16303390 attaatcttatcatgtgtttgatgtgcacatgataacaaacaggatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaatattgtaaaa 16303291  T
Q  103 atgacatgtaattaattataata 125  Q
    |||  |||| |||||||||||||    
T  16303290 atggtatgttattaattataata 16303268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 37246514 - 37246292
Alignment:
Q  1 atattaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaa 100  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||   ||||| | || ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  37246514 atattaatcttatcatgtgtttgatttgcacatgaaaacaaacaggatatcattataattaaatgaataaattgctctcataattaattaaatattgtaa 37246415  T
Q  101 aaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaag 200  Q
    || |   |||| |||||||||||||  |||||   || |||   ||||||||||||  ||| | |||||||||| || || |||| |||||||||||| |    
T  37246414 aagt---atgttattaattataatagaaaata-catgttataactattttaaaaataacaata-tttaaaaatggcagaatatcaagataataaataagg 37246320  T
Q  201 atttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    | | |||||||||| |  ||||||||||    
T  37246319 aatgatcttctaatcccctcaggataat 37246292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 52 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 16456781 - 16456678
Alignment:
Q  52 attatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttatttta 151  Q
    |||||| |||||| || |||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||   |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  16456781 attataattaaataaaaaaattactctcataattatttaaatattttaaaaatgacat-cgattaattataataacaaaca-tttgatatcattatttta 16456684  T
Q  152 aaaatg 157  Q
    ||||||    
T  16456683 aaaatg 16456678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 52 - 131
Target Start/End: Original strand, 8490892 - 8490972
Alignment:
Q  52 attatatttaaatgaataaatt-actatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataataacaaat 131  Q
    |||||| |||||| || ||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8490892 attataattaaataaaaaaatttactctcataattaattaaatattataaaaatgacatgtaattaattataacaacaaat 8490972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 48 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 43597139 - 43596960
Alignment:
Q  48 tatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttat 147  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||  | |||||| |||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||||  |||||   || |||  ||||    
T  43597139 tatcattataattaaatgaaaaaattgttctcataactaattaaatattttaaaaatggcatgttattaattataatagaaaata-catgctatgattat 43597041  T
Q  148 tttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagatttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    ||| |||||| ||| |||||||||||| || || || | ||| |||||||| || | ||||||||||   |||||||||||    
T  43597040 ttttaaaatgacaatattttaaaaatggcagaatataaagattataaataaggagtgatcttctaatctcatcaggataat 43596960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 3 - 174
Target Start/End: Original strand, 11656158 - 11656326
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||||  |||| |||| ||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||| || |||||||| |||||| |||||||||    
T  11656158 attaatcatatcatgtgtttgatgcgtacatgataacaaacaaggtaccattataattaaatgaa-aaattgctttcataattgattaaatattgtaaaa 11656256  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatg 174  Q
    ||| ||||| | |||||||||| | ||||    || |||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  11656257 atggcatgtta-taattataat-agaaattacatgctatcattattttaaaaatgacaatattttcaaaatg 11656326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 15268952 - 15268856
Alignment:
Q  29 cacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataata 125  Q
    ||||| |||| ||||| | |||||||||| ||||||| | ||||| |  ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  15268952 cacatgataacaaacaagatatcattataattaaatggaaaaattgcactcataattaattaaatattgtagaaatggcatgtgattaattataata 15268856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 19 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 42180646 - 42180535
Alignment:
Q  19 gttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaat 118  Q
    |||| |||| ||||| |||| ||||| | |||||||||| |||||| || ||||| || || |||||||||||| ||  ||||||||  |||| ||||||    
T  42180646 gtttgatgcgcacatgataacaaacatgatatcattataattaaataaaaaaattgctctcttaattaattaaatat--taaaaatggaatgttattaat 42180549  T
Q  119 tataataacaaata 132  Q
    |||||||| |||||    
T  42180548 tataataaaaaata 42180535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 74; Significance: 4e-34; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 3 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 33134438 - 33134226
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||| ||||| ||||   ||| | |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||| |||||    
T  33134438 attaatcctatcatgtgtttgatgcgcacatgataacgcacatgatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaatattataaaa 33134339  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagat 202  Q
    ||  ||||| |||||||||||||  |||||   || |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||     
T  33134338 attgcatgttattaattataatagaaaata-catgctatcattattttaaaaatgacaatattttaaaaatgacagaatatcaagataataaataaggaa 33134240  T
Q  203 ttatcttctaattc 216  Q
    | ||||||||||||    
T  33134239 tgatcttctaattc 33134226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 2 - 228
Target Start/End: Original strand, 33007806 - 33008029
Alignment:
Q  2 tattaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaa 101  Q
    |||||||| ||| |||||||| |||||||||| |||| ||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| ||| ||||    
T  33007806 tattaatcatatcatgtgtttgatgcacacatgataacaaacaagatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcatatttaattaaatattataaa 33007905  T
Q  102 aatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaaga 201  Q
    |||| || || |||||||||||||  | | |   |  |||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| || |||| |||||||||||| ||    
T  33007906 aatggcacgttattaattataatagaataca---tcctatcattattttaaaaatgacaatattttaataatgacagaatatcaagataataaataagga 33008002  T
Q  202 tttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
     | |||||||||| | |||||||||||    
T  33008003 atgatcttctaatcccatcaggataat 33008029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 29861219 - 29860996
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||||||| |||||||| |||  ||||| |||| ||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  29861219 attaatcttatcatgtgtttgatgtgcacatgataacaaacacgatatcattataattaaatgaaaaaattgctttcataattaattaaatattgtaaaa 29861120  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagat 202  Q
    |||  |||| |||||||||||||  |||||   || |||   ||||||||||||| ||| | |||||||||| || || |||| |||||||||||| ||     
T  29861119 atggtatgttattaattataatagaaaata-catgctataactattttaaaaatgacaata-tttaaaaatggcagaatatcaagataataaataaggaa 29861022  T
Q  203 ttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    | |||||||||| | |||||||||||    
T  29861021 tgatcttctaatcccatcaggataat 29860996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 4 - 174
Target Start/End: Original strand, 21091074 - 21091243
Alignment:
Q  4 ttaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaa 103  Q
    |||||| ||| |||||||| |||| ||||| |||| ||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||     
T  21091074 ttaatcctatcatgtgtttgatgcgcacatgataacaaacaagatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaatattgtaaaag 21091173  T
Q  104 tgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatg 174  Q
    |||||||| |||||||||||||  |||||   || |||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||    
T  21091174 tgacatgttattaattataatagaaaata-catgctatcattattttaaaaatgacaatatttcaaaaatg 21091243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 29 - 228
Target Start/End: Original strand, 15922021 - 15922218
Alignment:
Q  29 cacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataataaca 128  Q
    ||||| |||| ||||| | |||||||||| |||||| || ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||  |    
T  15922021 cacatgataacaaacaagatatcattataattaaataaa-aaattgctctcataattaattaaatattgtaaaaatgacatattattaattataatagaa 15922119  T
Q  129 aatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagatttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    ||||   || |||| |||||||||||||| ||| |||| ||||| | || || |||| |||||| ||||| |||| |||||||||| | |||||||||||    
T  15922120 aata-catgctatcattattttaaaaatgacaatatttaaaaaaaggcagaatatcaagataattaataaggattgatcttctaatcccatcaggataat 15922218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Original strand, 25346862 - 25347086
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||| ||||| |||| ||| ||| ||||||| || ||||||||| ||||| || ||||||||| ||||| |||||||||    
T  25346862 attaatcctatcatgtgtttgatgcgcacatgataacaaataggatatcattgtaattaaatgaaaaaattgctctcataattatttaaatattgtaaaa 25346961  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagat 202  Q
    ||| ||||| |||||||| |||   |||||   || |||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| || || |||| |||| |||||||| |     
T  25346962 atggcatgttattaattacaatggaaaata-catgctatcattattttaaaaatgacaatattttaaaaatggcataatatcaagatagtaaataaaaaa 25347060  T
Q  203 ttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    | || ||||||| |  ||||||||||    
T  25347061 tgatgttctaatcccgtcaggataat 25347086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 51 - 157
Target Start/End: Original strand, 5868146 - 5868251
Alignment:
Q  51 cattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttatttt 150  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||  |||||   ||||||| |||||||    
T  5868146 cattataattaaatgaaaaaattactctcataattaatgaaatattgtaaaaatggcatataattaattataatagaaaata-catgatatcattatttt 5868244  T
Q  151 aaaaatg 157  Q
    |||||||    
T  5868245 aaaaatg 5868251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 31078208 - 31078118
Alignment:
Q  15 atgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatg 105  Q
    |||||||| |||| ||||| |||| ||||| | |||||||||| ||||||||| |||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31078208 atgtgtttgatgcgcacatgataacaaacatgatatcattataattaaatgaaaaaattgttctcataattaattaaatattgtaaaaatg 31078118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 71 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 2499192 - 2499109
Alignment:
Q  71 attactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatg 157  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||   ||||||| ||||||||||||||    
T  2499192 attactctcataattaattaaatattg-aaaaatggcatgtaattaatta-aataacaaata-catgatatcattattttaaaaatg 2499109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 3 - 125
Target Start/End: Original strand, 7883601 - 7883723
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||| ||||| | ||||| |||| |||||||||| ||  || || ||||| || |||||||| |||||| |||||||||    
T  7883601 attaatcatatcatgtgtttgatgcgcacatgaaaataagcaggatatcattataattttattaaaaaattgctctcataattgattaaatattgtaaaa 7883700  T
Q  103 atgacatgtaattaattataata 125  Q
     || |||   |||||||||||||    
T  7883701 ttggcatcctattaattataata 7883723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 81 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 12658040 - 12657998
Alignment:
Q  81 taattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataa 123  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  12658040 taattaattaaacattttaaaaacgacatgtaattaattataa 12657998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 8096141 - 8096077
Alignment:
Q  59 ttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataa 123  Q
    ||||||||  |||||||| || | |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  8096141 ttaaatgagaaaattactctcgttattaattaaatattttaaaaacgacatgtaattaattataa 8096077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 78 - 174
Target Start/End: Original strand, 42683818 - 42683913
Alignment:
Q  78 tcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatg 174  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||||  ||||| | || |||  ||||||| ||| || ||| ||||||||||||    
T  42683818 tcataattaattaaatattataaaaatggcatgttattaattataatagaaaata-tatgttattattattttgaaattgacaatattttaaaaatg 42683913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 98 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 31078101 - 31077976
Alignment:
Q  98 taaaaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaata 197  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||  |||||  | | ||||||||||||||| |||  || ||||||| ||||| |||| |||   ||||||||||    
T  31078101 taaaaatgatatgttattaattataatagaaaatacat-gctatcgttattttaaatatgaaaatattttaagaatgataaaatatc---ataataaata 31078006  T
Q  198 aagatttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    | || | ||||||||| || |||||||||||    
T  31078005 aggaatgatcttctaa-tccatcaggataat 31077976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 74; Significance: 4e-34; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 227
Target Start/End: Original strand, 28457608 - 28457816
Alignment:
Q  18 tgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaa 117  Q
    ||||| |||| ||||| |||| ||| | | |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||    
T  28457608 tgtttgatgcgcacatgataacaaataagatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaatattgtaaaaatgacatgttagtaa 28457707  T
Q  118 ttataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagatttatcttctaattct 217  Q
    ||||||||  ||||    || |||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| | |||| |||||||||||| || | |||||||||| |     
T  28457708 ttataatagaaaat-gcatgctatcattattttaaaaatgacaatattttaaaaatggcaatatatcaagataataaataaggaatgatcttctaatccc 28457806  T
Q  218 atcaggataa 227  Q
    ||||||||||    
T  28457807 atcaggataa 28457816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 3 - 228
Target Start/End: Original strand, 40700836 - 40701059
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||||||||| |||| ||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||     
T  40700836 attaatcctatcatgtgtttgatgcacacatgataacaaacatgatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaattaaatattgtaaat 40700935  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagat 202  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||   || |||| ||| ||| |||||| ||| ||||| |||||| || || |||| ||| |||||||| ||     
T  40700936 atgacatgttattaattataatagaaaata-catgctatcattaattt-aaaatgacaatatttttaaaatgtcataatatcaagatgataaataaggaa 40701033  T
Q  203 ttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
    | ||||| |||| |||||||||||||    
T  40701034 tgatcttataatcctatcaggataat 40701059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 18 - 170
Target Start/End: Original strand, 45852738 - 45852889
Alignment:
Q  18 tgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaa 117  Q
    ||||| |||| || || |||||||| ||| ||| ||| ||||||||| || | |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  45852738 tgtttgatgctcatatgataataaagaggatattattgtatttaaataaaaatattactctcataattaattaaatattgtaaaaatgacatgtaattac 45852837  T
Q  118 ttataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaa 170  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||  |||||||||||    
T  45852838 ttataataacaaata-tatgatatcattatttaaaaaatgaaaacattttaaa 45852889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 52 - 196
Target Start/End: Original strand, 4384892 - 4385035
Alignment:
Q  52 attatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttatttta 151  Q
    |||||| |||||| ||  ||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||  | |||||||||||||||| ||||||  | |||||| ||||||||    
T  4384892 attataattaaataaaacaattactctcataattatttaaatattttaaaaatggtaggtaattaattataatatcaaatacat-gatatcattatttta 4384990  T
Q  152 aaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaat 196  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||    
T  4384991 aaaatgacaacattttaaaaataacataatatcatgataataaat 4385035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 52 - 123
Target Start/End: Original strand, 43462842 - 43462913
Alignment:
Q  52 attatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataa 123  Q
    |||||| ||||||||  || ||||| || |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  43462842 attataattaaatgagaaatttactctcgtaattaattaaatattttaaaaatgacatgtaattaattataa 43462913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 52 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 46663491 - 46663420
Alignment:
Q  52 attatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataa 123  Q
    |||||| ||||||||  |||||| | || |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  46663491 attataattaaatgagaaaattattctcgtaattaattaaatattttaaaaatgacatgtaattaattataa 46663420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 111
Target Start/End: Original strand, 21748254 - 21748325
Alignment:
Q  40 aaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgt 111  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||| |||||  | ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||    
T  21748254 aaacaggatatcattataattaaatgaaaaaattgttctcataattaattaaatattttaaaaatggcatgt 21748325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 112 - 198
Target Start/End: Original strand, 42490652 - 42490740
Alignment:
Q  112 aattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatg--tcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataa 198  Q
    ||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||    || |||| |||||||||||   |||||||||||||||||    
T  42490652 aattaattataataacaaacaccatgatatcgttattttaaaaatgataaaatatttaaaaaatgacaaggtatcatgataataaataa 42490740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 57; Significance: 6e-24; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 3 - 199
Target Start/End: Original strand, 34866253 - 34866448
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||| ||||| |  ||||||||| |||||| || ||||| || ||||||||||||||| ||| |||||    
T  34866253 attaatcttatcatgtgtttgatgcgcacatgataacaaacaagacatcattataattaaattaaaaaattgctctcataattaattaaatattataaaa 34866352  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaa 199  Q
    ||| ||||| |||||||||||||  |||||   ||  ||| |||||||||||||  ||| ||| |||||||| || || ||||  ||||||||||||    
T  34866353 atggcatgttattaattataatagaaaata-catgcaatcattattttaaaaataacaatattataaaaatggcagaatatcaatataataaataaa 34866448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 3 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 34703390 - 34703165
Alignment:
Q  3 attaatcttataatgtgttttatgcacacatcataataaacagggtatcattatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaa 102  Q
    ||||||| ||| |||| ||||| || ||||| |||| ||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||| ||| |||||||||    
T  34703390 attaatcctatcatgtattttacgcgcacatgataacaaacatgatatcattataattaaatgaaaaaattgctctcataattaatgaaatattgtaaaa 34703291  T
Q  103 atgacatgtaattaattataataacaaata-ttttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatc-atgataataaataaag 200  Q
    |||  |||  |||||||||||||  |||||  | || |||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||   | || ||| | |||||||||||| |    
T  34703290 atggtatgctattaattataatagaaaatacatatgctatcattattttaaaaatgacaatattttcaaaatagtagaatatcaaagataataaataagg 34703191  T
Q  201 atttatcttctaattctatcaggata 226  Q
    | | |||||||||| | |||||||||    
T  34703190 aatgatcttctaatcccatcaggata 34703165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 52 - 132
Target Start/End: Original strand, 3480603 - 3480683
Alignment:
Q  52 attatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataataacaaata 132  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||| |||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3480603 attataattaaatgaaaaaagtactctcataattgattaaatattttaaaaatgacatgtaattaattataataacaaata 3480683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 78 - 214
Target Start/End: Original strand, 15672847 - 15672982
Alignment:
Q  78 tcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgaca 177  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||   || |||| |||||||||||||  ||| ||||| ||||||  |    
T  15672847 tcataattaattaaatattgtaaaaatgatatgttattaattataatagaaaata-catgctatcattattttaaaaataacaatattttcaaaatgtta 15672945  T
Q  178 aaacatcatgataataaataaagatttatcttctaat 214  Q
     || |||| |||||||||||| || | ||||||||||    
T  15672946 gaatatcaagataataaataaggaatgatcttctaat 15672982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 78 - 228
Target Start/End: Original strand, 18502958 - 18503110
Alignment:
Q  78 tcataattaattaaaca---ttgtaaaaatgacatgtaattaattataataacaaatattttgatatcgttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatg 174  Q
    ||||||||||||||| |   ||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||  | | |||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||    
T  18502958 tcataattaattaaaaaatattgtaaaaatggcatgttattaattataatagaaaatacat-gctatcattattttaaaaatgacaatatttcaaaaatg 18503056  T
Q  175 acaaaacatcatgataataaataaagatttatcttctaattctatcaggataat 228  Q
     || || |||| |||||| |||||||| | |||||||||| | ||||| |||||    
T  18503057 gcagaatatcaagataattaataaagaatgatcttctaatcccatcagcataat 18503110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 145 - 211
Target Start/End: Original strand, 17508667 - 17508733
Alignment:
Q  145 tattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagatttatcttct 211  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  17508667 tattataaaaatgacaacattttaaaaatggcagaacatcatgataataaataaggaatgatcttct 17508733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 145 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 17544547 - 17544481
Alignment:
Q  145 tattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataaagatttatcttct 211  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  17544547 tattataaaaatgacaacattttaaaaatggcagaacatcatgataataaataaggaatgatcttct 17544481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 52 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 6110401 - 6110329
Alignment:
Q  52 attatatttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaattataata 125  Q
    |||||| ||||||||  ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||    
T  6110401 attataattaaatgag-aaattgctctcataattaattaaatattgtaaaaataatatgttattaattataata 6110329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 59 - 120
Target Start/End: Original strand, 15841589 - 15841650
Alignment:
Q  59 ttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaatta 120  Q
    ||||||||  |||||||| || |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||    
T  15841589 ttaaatgagaaaattactctcgtaattaattaaatattttataaatgacatgtaattaatta 15841650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 15524666 - 15524604
Alignment:
Q  58 tttaaatgaataaattactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaatta 120  Q
    |||||||||  |||||||| || ||||| |||||| ||| || ||||||||||||||||||||    
T  15524666 tttaaatgagaaaattactctcgtaatttattaaatattttacaaatgacatgtaattaatta 15524604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 71 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 15512667 - 15512618
Alignment:
Q  71 attactatcataattaattaaacattgtaaaaatgacatgtaattaatta 120  Q
    |||||| || |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||    
T  15512667 attactctcgtaattaattaaatattttataaatgacatgtaattaatta 15512618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0957 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0957
Description:

Target: scaffold0957; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 1870 - 1816
Alignment:
Q  144 ttattttaaaaatgtcaacattttaaaaatgacaaaacatcatgataataaataa 198  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| | || ||||||| |||||||||    
T  1870 ttattttaaaaatgacaaaattttaaaaatgatagaatatcatgaaaataaataa 1816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University