View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2225-Insertion-4 (Length: 996)

Name: NF2225-Insertion-4
Description: NF2225
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2225-Insertion-4
NF2225-Insertion-4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-992)||(1545698-1546691)
[»] scaffold0134 (2 HSPs)
scaffold0134 (6-896)||(40277-41169)
scaffold0134 (824-896)||(20068-20141)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (10-896)||(40270288-40271176)
chr8 (317-834)||(31342844-31343361)
chr8 (586-832)||(19183447-19183693)
chr8 (359-834)||(23583844-23584318)
chr8 (825-921)||(11685976-11686070)
chr8 (828-947)||(31343660-31343777)
chr8 (824-896)||(4863891-4863963)
chr8 (456-834)||(7231556-7231934)
chr8 (827-910)||(19177405-19177486)
chr8 (823-910)||(44206254-44206339)
chr8 (825-921)||(31337832-31337926)
chr8 (825-896)||(40275142-40275214)
chr8 (639-676)||(3378526-3378563)
chr8 (456-517)||(32307321-32307382)
[»] scaffold0009 (2 HSPs)
scaffold0009 (10-896)||(31363-32252)
scaffold0009 (825-896)||(27297-27370)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (10-896)||(16594130-16595018)
chr6 (10-834)||(33165493-33166320)
chr6 (582-745)||(28081504-28081667)
chr6 (574-834)||(22207600-22207862)
chr6 (801-834)||(26643521-26643554)
chr6 (801-834)||(26749487-26749520)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (10-834)||(45034105-45034930)
chr1 (10-834)||(45029254-45030079)
chr1 (10-834)||(24209477-24210302)
chr1 (347-896)||(19329826-19330378)
chr1 (359-841)||(9932088-9932570)
chr1 (580-834)||(44387416-44387669)
chr1 (7-272)||(19329534-19329788)
chr1 (824-910)||(19326855-19326939)
chr1 (591-681)||(16094863-16094953)
chr1 (582-679)||(7324375-7324472)
chr1 (348-446)||(44387184-44387282)
chr1 (801-834)||(7324220-7324253)
[»] scaffold0655 (3 HSPs)
scaffold0655 (290-829)||(5634-6174)
scaffold0655 (825-896)||(4194-4265)
scaffold0655 (825-896)||(6250-6321)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (224-896)||(29073966-29074641)
chr3 (359-841)||(48099370-48099852)
chr3 (580-833)||(24647195-24647446)
chr3 (627-833)||(20620554-20620760)
chr3 (580-833)||(24638266-24638517)
chr3 (130-228)||(33286936-33287034)
chr3 (825-896)||(14031270-14031342)
chr3 (580-676)||(34013777-34013873)
chr3 (580-681)||(33287387-33287488)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (373-892)||(1586122-1586638)
chr2 (635-842)||(40623184-40623390)
chr2 (582-841)||(10260683-10260942)
chr2 (457-617)||(40620867-40621027)
chr2 (642-832)||(10260431-10260621)
chr2 (235-287)||(1588030-1588082)
chr2 (702-751)||(14913961-14914010)
chr2 (702-751)||(14922192-14922241)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (342-679)||(7084583-7084920)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (359-679)||(1853489-1853809)
chr4 (580-679)||(36650159-36650258)
chr4 (580-748)||(45181826-45181994)
chr4 (825-896)||(27442650-27442721)
chr4 (359-424)||(45181605-45181670)
chr4 (580-676)||(19336797-19336893)
chr4 (130-228)||(16657238-16657336)
chr4 (134-212)||(19337262-19337340)
chr4 (338-415)||(1668068-1668145)
[»] scaffold0169 (1 HSPs)
scaffold0169 (580-679)||(22243-22342)
[»] scaffold0936 (1 HSPs)
scaffold0936 (735-841)||(3561-3666)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 848; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 848; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 992
Target Start/End: Complemental strand, 1546691 - 1545698
Alignment:
Q  8 tttttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaataccaagaagaaact 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1546691 tttttcttagtcaaagcacctatgcttctgagatcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccttctgccacacctgtcgataccaagaagaaact 1546592  T
Q  108 cagcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctcctat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1546591 cagcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacccgacatctcctat 1546492  T
Q  208 tcagtttaaaaaatctgtcttcacatgcatgcacccaacatagaacacatggttgctcttaagcgcattctccattatgtaaagggtaccatacaccttg 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1546491 tcagtttaaaaaatctgtcttcacatgcatgcacccaacatagaacacatggttgctcttaagcacattctccattatgtaaagggtaccatacaccttg 1546392  T
Q  308 gtctacatttatcaccatccccattactaagttgatttcttacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1546391 gtctacatttatcaccatccccattactaagttgatttcttacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgt 1546292  T
Q  408 gtttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctactctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttg 507  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1546291 gtttttctcgatgacaatcttatctcttggtcttccaaaaggcagtctactctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagaggtgttgcgaatgttg 1546192  T
Q  508 tctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttcccattcctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatct 607  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1546191 tctctgaatcctgctggactcgcaaccttcttctggagtttcattttcccattcctcatgccactctggtatattgtgacaatgttagtgccatctatct 1546092  T
Q  608 atctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcat 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1546091 atctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgtacgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcat 1545992  T
Q  708 gttccctccagacatcagattgcagaca--tcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcc 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  1545991 gttccctccagacatcagattgcagacatctcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggactagtctaagcgtccgtgaacctcc 1545892  T
Q  806 cgcttcgattgcgggggtgtgatagaatagaatatttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagatatagttgacc 905  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1545891 cgcttcgactgcgagggtgtgatagaatataatatttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgatgtaacataattagatatagttgacc 1545792  T
Q  906 tacactcgtttatatatacact-cattcagt-atgagaaagac-agca-ttca-tatcctacatttctacct--attttgtacatagatcatga 992  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| |||| |||| |||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  1545791 tacactcgtttatatatacactccattcagtaatgagaaagacaagcatttcattatcttacatttctaacttaattttgtacatagatcatga 1545698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 896
Target Start/End: Original strand, 40277 - 41169
Alignment:
Q  6 catttttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaataccaagaagaaa 105  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| || | ||| |  |||||||| |||| | | |||||||| |||||  | |||||| |||||    
T  40277 catttttctaagtcaaagcacctatgcttctgaaatcattgaacgtgccgaaatgacatcctgcagatcatctgccacccctgtagacaccaagcagaaa 40376  T
Q  106 ctcagcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctcct 205  Q
    |||||||| || ||||  || |  ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |    
T  40377 ctcagcacttcatctggcactccgtatgaggatccttctctctatcgcagtcttgcaggagcctcacagtacctcaccttcactagacccgacatctctt 40476  T
Q  206 attcagtttaaaaaatctgtcttcacatgcatgcacccaacatagaacacatggttgctcttaagcgcattctccattatgtaaagggtaccatacacct 305  Q
    || | ||| || || | |||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||| ||||||| | ||| ||||||| |||||||||||||| |    
T  40477 atgcggttcaacaagtttgtcttcacatgcatgcacccagcacagaacacatgattgctctcaagcgcaatatccgttatgtacagggtaccatacactt 40576  T
Q  306 tggtctacatttatcaccatcccc-attactaagttgatttcttacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtac 404  Q
    |||  ||||||||||||||||||| || || ||| |  | || ||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||  |||| || ||||||||||||    
T  40577 tgggttacatttatcaccatcccccatcacaaagcttctctcctacacggacgctgattggggtagatgtcctgatacccgacgttctacatctgggtac 40676  T
Q  405 tgtgtttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctactctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatg 504  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||  || ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  40677 tgtgtttttcttggtgacaaccttatctcttggtcttccaaaaggcagcccactctctctcactccagtgctgaagccgaatatagaggtgttgctaatg 40776  T
Q  505 ttgtctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttcccattcctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatcta 604  Q
    |||| ||||| || |  ||||| || |||||| |  ||||| |||||||||| |||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||    
T  40777 ttgtatctgagtcatgttggattcgtaaccttttattggagcttcattttcctattcctcaggccactttggtgtattgtgacaatgttagtgccattta 40876  T
Q  605 tctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtactt 704  Q
    ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  40877 tctctctggtaatcctgtgcaacatcagcgtaccaaacatattgaaatggacattcactttgtacgggaaaaggtagcctgtggtcaggcacgcgtactt 40976  T
Q  705 catgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctc 804  Q
    |||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40977 catgttccctctcgacatcagattgccgatatcttcaccaaagggcttcctcgcattctctttgatgactttcggaccagtctaagcgtccgtgaacctc 41076  T
Q  805 ccgcttcgattgcgggggtgtgatagaatagaata-tttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagata 896  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||  |||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41077 ccgcttcgactacgggggtgtgatagaatagaatattttattgtaattagtcataattagtttcctataattatgttgtatcataattagata 41169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 824 - 896
Target Start/End: Original strand, 20068 - 20141
Alignment:
Q  824 gtgatagaatagaatattt-gttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagata 896  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||| | || | ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20068 gtgatagaatagaatattttgttgtaattagtcataattagtttcgtataattatgttgtatcataattagata 20141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 40271176 - 40270288
Alignment:
Q  10 tttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaataccaagaagaaactca 109  Q
    ||||| |||||||| || |||||||| ||| |||| || | || ||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||  | |||||| |||||||||    
T  40271176 tttctcagtcaaagtacttatgcttcagagatcattgaacgtgttggcatgacttcttgtaaaccatcggccactcctgttgacaccaagcagaaactca 40271077  T
Q  110 gcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctcctattc 209  Q
    |||||||||| |  ||   ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||  |||| || ||||| |||||| |||||||| | || |||      
T  40271076 gcacctcctccggcacttcttacgaggatccttctttgtatcggagtcttgcaagggccctacaatatctcaccttcactcgacctgacttatcatatgt 40270977  T
Q  210 agtttaaaaaatctgtcttcacatgcatgcacccaacatagaacacatggttgctcttaagcgcattctccattatgtaaagggtaccatacaccttggt 309  Q
     ||| |  || | ||||||||||||||||| ||   ||  ||||||||| ||||||||||| ||||| |    |||||  |||| ||| ||||  ||||     
T  40270976 tgttcagcaagtttgtcttcacatgcatgctcctcgcacggaacacatgcttgctcttaagtgcattttgtgctatgttcagggcaccttacattttgga 40270877  T
Q  310 ctacatttatcaccatc-cccattactaagttgatttcttacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtg 408  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||| | || || |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||    
T  40270876 ctacatttatccccatctcccattacaaagcttatctcctacactgacgctgattggggtggatgtcctgacaccagacgttctacatctggttattgtg 40270777  T
Q  409 tttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctactctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgt 508  Q
    ||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  40270776 tttttctaggtgacaaccttatttcttggtcttccaaacggcagccaactctctcccgttctagtgctgaagctgaatatagaggtgttgcaaatgttgt 40270677  T
Q  509 ctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttcccattcctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatcta 608  Q
    ||||||||| |  ||||| ||||| |||||||||||  | |||||||| |||| ||| |||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40270676 ctctgaatcgtgttggattcgcaatcttcttctggaactccattttcctattcatcaggccactttggtgtattatgacaatgttagtgccatctatcta 40270577  T
Q  609 tctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatg 708  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |   |||||||||| ||||| |||||||    
T  40270576 tctggtaatcctgtgcagcatcagcgcattaaacatattgagatgaacattcattttgttcgggaaaaggtcgctcgtggtcaggctcgcgtccttcatg 40270477  T
Q  709 ttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgc 808  Q
    ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  40270476 ttccctcaagacatcagatcgctgacatcttcaccaaaggacttcctcgcattctctttgatgattttcggaccagtcttagcgtccgtgaacctcccgc 40270377  T
Q  809 ttcgattgcgggggtgtgatagaatagaata-tttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagata 896  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||| | || |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  40270376 ttcgactgcgggggtgtgatagaatagaatattttgttgtaattagtcataattagtttcctataattaggttgtatcataattagata 40270288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 317 - 834
Target Start/End: Original strand, 31342844 - 31343361
Alignment:
Q  317 tatcaccatccccattactaagttgatttcttacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtgtttttctc 416  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| ||||||| ||||  ||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31342844 tatcaccatccctattactaagctgatctcttacattgactctgactggggtggatgtcatgtcactagacgctccacatccgggtactgtgtttttctc 31342943  T
Q  417 ggtgacaatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctactctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgtctctgaat 516  Q
     | ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||    
T  31342944 agcgacaatcttatctcttggtcttcaaaaaggcagcctattctctctcgttctagtgttgaagctgaatatagaagtgttgtgaatgttgtgtctgaat 31343043  T
Q  517 cctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttcccattcctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaa 616  Q
      |  |||||||| |||||| |||  ||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  31343044 tatgttggatccgaaacctttttcgagagctccattttcccattcatcatgccactctggtatattgtgacaatgtcagtgccatatatctatcgggtaa 31343143  T
Q  617 tcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctcc 716  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  31343144 tcctgtgcaacatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagctcgtggtcaagcatgtgtacttcatgttccctcc 31343243  T
Q  717 agacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattg 816  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| | ||||||| ||| ||| | |||||| |||||||||| ||||||| ||    
T  31343244 agatatcagattgcagacatcttcaccaaagggctccctcatattcttttttatgactttcagactagtgtaagcgtctgtgaacctcctgcttcgactg 31343343  T
Q  817 cgggggtgtgatagaata 834  Q
    || |||||||||||||||    
T  31343344 cgagggtgtgatagaata 31343361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 586 - 832
Target Start/End: Original strand, 19183447 - 19183693
Alignment:
Q  586 acaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcgg 685  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  19183447 acaatgttagtgccatctacctatctggtaatcctgtgcagtatcagtgtaccaaacacattaagatagacattcattttgttcgggaaaaagtagctcg 19183546  T
Q  686 tggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagt 785  Q
    |||||||||| | || || ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  19183547 tggtcaggcatgtgttctacatattccctcaagacaccagattgcagacatcttcaccaaagggcttcctcgtattctctttgatgattttcggaccagt 19183646  T
Q  786 ctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaa 832  Q
    || |||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19183647 ctaagcgtttgtgaacctcccgcttcgactgcgggggtgtgatagaa 19183693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 359 - 834
Target Start/End: Original strand, 23583844 - 23584318
Alignment:
Q  359 tgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtgtttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctact 458  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  | || || || ||||| || ||||| ||||| ||||| || |  || || ||||||||||| || ||  | ||     
T  23583844 tgattcgggtggatgtcctgacacccgtcgttctacttctggctattgtgtatttcttggtgataacctcatttcctggtcttccaagagacaacccaca 23583943  T
Q  459 ctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgtctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttccca 558  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||| || || | |||||| ||||| || |||||||| |  ||| | |||||||||||  ||||| ||||||| ||||    
T  23583944 ctttctcggtctagtgcaaaagctgagtacaggggtgttgctaatgtggtatctgaatcttgttggtttcgcaaccttctcttggagcttcattt-ccca 23584042  T
Q  559 ttc-ctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggaca 657  Q
     || |||| || ||  ||||  ||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||| |  || ||| | ||  | |||||||||||||||||||    
T  23584043 ctctctcaggctaccttggtgtattgtgataatgttagtgccatctacctttctcgtaatccagtacaacataa-cgcgctaaacatattgagatggaca 23584141  T
Q  658 ttcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcg 757  Q
    |||| |||||||| | ||| || |   |||| ||||||||||| ||||||||||| ||  | || |||||||| | | ||||||||||||| || |||||    
T  23584142 ttcactttgttcgaggaaaggtcgctcgtggccaggcacgcgtccttcatgttccttctcgtcaccagattgctgtcgtcttcaccaaaggtctacctcg 23584241  T
Q  758 tattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaata 834  Q
    | |||| ||||| || || | || |||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  23584242 tgttctttttgatgatttccagatcagtctaaacgtccgtgaacctcccgcttcgactgagggggtgtaatagaata 23584318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 825 - 921
Target Start/End: Complemental strand, 11686070 - 11685976
Alignment:
Q  825 tgatagaatagaatatttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagatatagttgacctacactcgtttatata 921  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||    
T  11686070 tgatagaatagaatatttgtcataattagttttaatgatttccctgtaattatgttgtaacataattag--atagttgacctacacttgtatatata 11685976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 828 - 947
Target Start/End: Original strand, 31343660 - 31343777
Alignment:
Q  828 tagaatagaatatttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagatatagttgacctacactcgtttatatatacact 927  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  | |||||||||| |    
T  31343660 tagaatataatatttgtcataattagttttaatgatttccccgtaattatgttgtaacataattag--atagttgacctacact--tgtatatatacatt 31343755  T
Q  928 c-attcagt-atgagaaagaca 947  Q
    | ||||||| ||||||||||||    
T  31343756 ctattcagtaatgagaaagaca 31343777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 824 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 4863963 - 4863891
Alignment:
Q  824 gtgatagaatagaatatttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagata 896  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  4863963 gtgatagaatagaatatttaccataattagttttaatgatttccctgtaattatgctgtaacataattagata 4863891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 456 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 7231934 - 7231556
Alignment:
Q  456 actctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgtctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttc 555  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||  ||||  | ||||  |    
T  7231934 actctatctcgatcaagtgctgaagccgaatatagaggggttgcaaatgttgtctctgaatcttgttggatccgaaaccttctcttggaactccattgcc 7231835  T
Q  556 ccattcctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatgga 655  Q
    | ||||   | || ||  | ||  ||||||| ||| ||||||| || || || |||||||||| ||  || ||||| || || || || ||||| || ||    
T  7231834 caattcagaaagctaccttagtgcattgtgataatattagtgcaatatacctctctggtaatcatgttcaacatcaacgcactaagcacattgaaataga 7231735  T
Q  656 cattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccct 755  Q
    |||||| |||||||| |||||||| | | |||| || |   | || ||||||||||| ||  |  |||| ||||| ||||||||||||||||| || ||     
T  7231734 cattcactttgttcgtgaaaaagttgcccgtggacaagtctgtgttcttcatgttccatctcgctatcaaattgccgacatcttcaccaaaggtcttccg 7231635  T
Q  756 cgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaata 834  Q
    || || |||||||| || || ||   |||||| ||||| ||    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  7231634 cgcatactatttgaagatttccgagacagtctcagcgtacgccggcctcccgcttcgactgcgggggtgtgttagaata 7231556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 827 - 910
Target Start/End: Original strand, 19177405 - 19177486
Alignment:
Q  827 atagaatagaatatttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagatatagttgacctacac 910  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||  |||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||    
T  19177405 atagaatagaatattagtcataattagttataattattttcctctaattatgttgtatcataattag--atagttgacctacac 19177486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 823 - 910
Target Start/End: Complemental strand, 44206339 - 44206254
Alignment:
Q  823 tgtgatagaatagaatatttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagatatagttgacctacac 910  Q
    |||||||||||||| |||| || |||||||||  |||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||    
T  44206339 tgtgatagaatagagtattagtcataattagttataattattttcctgtaattatgttgtatcataattag--atagttgacctacac 44206254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 825 - 921
Target Start/End: Original strand, 31337832 - 31337926
Alignment:
Q  825 tgatagaatagaatatttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagatatagttgacctacactcgtttatata 921  Q
    |||||||| | |||||||   ||||||||| || |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||    
T  31337832 tgatagaacataatatttaccataattagtttttatgatttcactataattatgctataacataattag--atagttgacctacacttgtatatata 31337926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 825 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 40275214 - 40275142
Alignment:
Q  825 tgatagaatagaatattt-gttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagata 896  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||| | || |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  40275214 tgatagaatagaatattttgttgtaattagtcctaattagtttcctataattaggttgtatcataattagata 40275142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 639 - 676
Target Start/End: Original strand, 3378526 - 3378563
Alignment:
Q  639 aaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaa 676  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  3378526 aaacatattgagatggatattcattttgttcgcgaaaa 3378563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 456 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 32307382 - 32307321
Alignment:
Q  456 actctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgtctctgaatc 517  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || ||| | | |||||| |||||||| ||||||||    
T  32307382 actctttctcgttctagtgcagaagcggagtatcgtggtgttgctaatgttgtttctgaatc 32307321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 896
Target Start/End: Original strand, 31363 - 32252
Alignment:
Q  10 tttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaataccaagaagaaactca 109  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||| || | | |||||||| | || || ||||| || ||||| |||||  | |||||| |||||||||    
T  31363 tttctcagtcaaagcacttatgcttcagagatcattgaacgtactggcatggcgtcctgtaaaccttcagccactcctgttgacaccaagcagaaactca 31462  T
Q  110 gcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctcctattc 209  Q
    |||||||||| || |    |||||||||| |||| || ||||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||| ||||||  ||||||||| |||||| |    
T  31463 gcacctcctccgacatttcttatgaggatacttccttgtatcggagtcttgcaggggccctacagtatctcaccttcactcaacctgacatatcctatgc 31562  T
Q  210 agtttaaaaaatctgtcttcacatgcatgcacccaacatagaacacatggttgctcttaagcgcattctccattatgtaaagggtaccatacaccttggt 309  Q
     ||| |  || | ||||||||||||||||| ||   ||  ||||||||| ||||||||||||||||| | |  |||||  |||| ||| ||||  ||||     
T  31563 tgttcagcaagtttgtcttcacatgcatgcccctcgcacggaacacatgcttgctcttaagcgcattttgcgctatgttcagggcaccttacattttgga 31662  T
Q  310 ctacatttatcaccatc-cccattactaagttgatttcttacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtg 408  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||  || |  | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||  |||||||    
T  31663 ctacatttatccccatctcccattacatagcttctctcctacactgacgctgattggggtggatgtcctgacaccagacgttctacatctgtatactgtg 31762  T
Q  409 tttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctactctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgt 508  Q
    ||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| | ||||| || | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| |    
T  31763 tttttctaggtgacaaccttatttcttggtcttccaaaaggcagccaactctctcccattctagtgctgaagctgaatatcgaggtgttgcaaatgttat 31862  T
Q  509 ctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttcccattcctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatcta 608  Q
    ||||||||| |  | ||| ||||| |||||||||||  | |||||||| |||||||| || ||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31863 ctctgaatcgtgttagattcgcaatcttcttctggaactccattttcctattcctcaggcaactttggtgtattgtgacaatgttagtgccatctatcta 31962  T
Q  609 tctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatg 708  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |   |||||||||| ||||| |||||||    
T  31963 tctggtaatcctgtgcagcatcagcgcacaaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaggttgctcgtggtcaggctcgcgtccttcatg 32062  T
Q  709 ttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgc 808  Q
    || |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||  || ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32063 tttcctcaagacatcagatcgcatacatcttcaccaaagaccttcctcgcattctatttgatgattttcggaccagtcttagcgtccgtgaacctcccgc 32162  T
Q  809 ttcgattgcgggggtgtgatagaat-agaata-tttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagata 896  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||  |||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32163 ttcgactgcgggggtgtgatagaataagaatattttgttgtaattagtcataattagtttcctataattatgttgtatcataattagata 32252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 825 - 896
Target Start/End: Original strand, 27297 - 27370
Alignment:
Q  825 tgatagaata-gaatattt-gttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagata 896  Q
    |||||||||| |||||||| ||| ||||||||  |||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27297 tgatagaataagaatattttgttgtaattagtcataattagtttcctataattatgttgtatcataattagata 27370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 10 - 896
Target Start/End: Original strand, 16594130 - 16595018
Alignment:
Q  10 tttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaataccaagaagaaactca 109  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||| || | |||| ||||||| ||||| ||||| ||  |||| |||||  | |||||| |||||||||    
T  16594130 tttctcagtcaaagcacttatgcttcagagatcattgaacgtgctagcatgacttcttgtaaaccatcaaccactcctgttgacaccaagcagaaactca 16594229  T
Q  110 gcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctcctattc 209  Q
    |||||||||| |  ||   ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||  |  |||| ||||| |||||| |||||||| | || ||| |    
T  16594230 gcacctcctccggcacttcttatgaggatccttccttgtatcggagtcttgcaggggccctctagtatctcaccttcactcgacctgacttatcatatgc 16594329  T
Q  210 agtttaaaaaatctgtcttcacatgcatgcacccaacatagaacacatggttgctcttaagcgcattctccattatgtaaagggtaccatacaccttggt 309  Q
     ||| |  || | |||||||| |||||||| ||   ||  ||||||||| | ||||| |||||| |||| |  |||||  |||| ||| ||||  ||||     
T  16594330 tgttcagcaagtttgtcttcatatgcatgcccctcgcacggaacacatgctggctctcaagcgcgttctgcgctatgttcagggcaccttacattttgga 16594429  T
Q  310 ctacatttatcaccatcccc-attactaagttgatttcttacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtg 408  Q
     |||||||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  16594430 ttacatttatcaccatctcctattacaaagttgatctcctacactgacgctgattggggtggatgtcctgacactagacggtctacatctggttactgtg 16594529  T
Q  409 tttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctactctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgt 508  Q
    ||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |  ||||| ||||||||    
T  16594530 tttttctaggtgacaaccttatttcttggtcttccaaaaggcaacctactctctcccgttctagtgctgaagccgaatataggggagttgcaaatgttgt 16594629  T
Q  509 ctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttcccattcctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatcta 608  Q
     || ||||| |  ||||| ||||| ||||| || ||  | |||||||| |||||| | |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16594630 ttccgaatcgtgttggattcgcaatcttctcctagaactccattttcctattcctgaggccactttggtgtattgtgacaatgttagtgccatctatcta 16594729  T
Q  609 tctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatg 708  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |   |||| ||||| ||||| |||||||    
T  16594730 tctggtaatcctgtgcagcatcagcgcactaagcatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaggtcgctcgtggccaggctcgcgtccttcatg 16594829  T
Q  709 ttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgc 808  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  16594830 ttccctctagacatcaaattgcagacatcttcaccaaaggacttcctcgcattctctttgatgattttcggactagtctaagtgtccgtgaacctcccgc 16594929  T
Q  809 ttcgattgcgggggtgtgatagaatagaata-tttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagata 896  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  |||  | || |||||||||||| | || ||||||||||||    
T  16594930 ttcgactgcgagggtgtgatagaatagaatattttgttattattagtcataagtagtttcctataattatgctatatcataattagata 16595018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 10 - 834
Target Start/End: Original strand, 33165493 - 33166320
Alignment:
Q  10 tttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaataccaagaagaaactca 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||  |||| || | |||||| |||  |||||||||| | |||||||| |||||  |||| ||  | |||||||    
T  33165493 tttctcagtcaaagcacctatgcctctgaaatcattgatcgtgctgggatgcaatcttgcaaatcatctgccacccctgttgatactaaacaaaaactca 33165592  T
Q  110 gcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctcctattc 209  Q
    |||  || || |  |||| |||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||  |    
T  33165593 gcatttcatcaggcacaccttatgaagatccatctctctatcgtagtcttgcaggagctttacaatacctcacattcactagacccgacatctcttacgc 33165692  T
Q  210 agtttaaaaaatctgtcttcacatgcatgcacccaacatagaacacatggttgctcttaagcgcattctccattatgtaaagggtaccatacaccttggt 309  Q
     |||||  || | |||||||||||||||||||| |  | |||||||||| ||||||| || | |||||| | ||||||  |||||||| ||||  ||||     
T  33165693 tgtttagcaagtttgtcttcacatgcatgcacctagtacagaacacatgcttgctctaaaactcattcttcgttatgttcagggtaccgtacattttgga 33165792  T
Q  310 ctacatttatcaccatc-cccattactaagttgatttcttacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtg 408  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||  |  |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||    
T  33165793 ctacatttatcaccatctcccatcaccaaactcctttcctacactgacgccgattggggtggatgtcctgacacctgacgttccacttctggatactgtg 33165892  T
Q  409 tttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctactctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgt 508  Q
    | |||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||| || ||  | ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||    
T  33165893 tctttctcggtgacaacctcatcgcttggtcctccaagagacaacccactctctctcggtctagtgctgaagcggaatatagaggtgttgctaatgttgt 33165992  T
Q  509 ctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttcccattcctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatcta 608  Q
     ||||| || |  ||| | || || ||  | | |||| | || ||||| |||||||| || ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  33165993 gtctgagtcatgttggcttcgtaatctcttacaggagctccactttcctattcctcaggctactttggtgtattgtgacaatgttagtgccatctaccta 33166092  T
Q  609 tctggtaatcctgcgcagc--atcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttca 706  Q
    ||||| || |||| |||||  |||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||   ||||||||||||| || || ||    
T  33166093 tctggcaaccctgtgcagcatatcaacgtaccaaacacattgaaatggacatacactttgtacgggaaaaagtagctcgtggtcaggcacgtgtcctcca 33166192  T
Q  707 tgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctccc 806  Q
    |||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33166193 tgttccatctcgacatcagattgcagatatcttcaccaaagggcttccccgcattctctttgatgattttcggaccagtctcagcgtccgtgaacctccc 33166292  T
Q  807 gcttcgattgcgggggtgtgatagaata 834  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  33166293 gcttcgactgcgggggtctgatagaata 33166320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 582 - 745
Target Start/End: Original strand, 28081504 - 28081667
Alignment:
Q  582 tgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtag 681  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| || |  ||||| || || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  28081504 tgtgacaatgtaagtgccatatatctttcaggtaacccagttcagcaccaacgaacgaaacatattgagatggacatccattttgttcgtgaaaaggtag 28081603  T
Q  682 tcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaa 745  Q
       | ||||| |  ||||| ||||| |||||||| ||| |||| |||||||  ||||| |||||    
T  28081604 ctcgaggtcatgttcgcgttcttcacgttccctcaagatatcaaattgcagttatctttaccaa 28081667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 574 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 22207862 - 22207600
Alignment:
Q  574 tggtagattgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcggga 673  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||| | ||||||| | |  || ||||| || || |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||    
T  22207862 tggtatattgtgataatattagtgacatctatctttttggtaattcagtacatcatcaacgcactaaacatgttgagatggacattcactttgttcgaga 22207763  T
Q  674 aaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttcc--ctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacg 771  Q
    ||| || |   |||| ||||||| | | |||||||||||  |||  | ||  ||| ||| ||| |||||||||||   || |||||| || | || || |    
T  22207762 aaaggtcgctcgtggccaggcacacatccttcatgttccttctctcgtcactagaatgctgacgtcttcaccaaaaacctacctcgtgtttttttcgatg 22207663  T
Q  772 actttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaata 834  Q
    | || | ||||||||| | |||  |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||    
T  22207662 atttccagaccagtctaaacgtttgtgaacctcccgcttcgactacgagggtgtgatagaata 22207600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 801 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 26643554 - 26643521
Alignment:
Q  801 cctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaata 834  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26643554 cctcccgcttcgactgcgggggtgtgatagaata 26643521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 801 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 26749520 - 26749487
Alignment:
Q  801 cctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaata 834  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26749520 cctcccgcttcgactgcgggggtgtgatagaata 26749487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 10 - 834
Target Start/End: Original strand, 45034105 - 45034930
Alignment:
Q  10 tttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaataccaagaagaaactca 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||  |||| || | |||||| |||  |||||||||| | |||||||| |||||  | || ||  | |||||||    
T  45034105 tttctcagtcaaagcacctatgcctctgaaatcattgaccgtgctgggatgcaatcttgcaaatcatctgccacccctgttgacactaaacaaaaactca 45034204  T
Q  110 gcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctcctattc 209  Q
    |||| || || |  |||| |||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||  |    
T  45034205 gcacttcatcaggcacaccttatgaagatccatctctctatcgtagtcttgcaggagctttacaatacctcacattcactagacccgacatctcttacgc 45034304  T
Q  210 agtttaaaaaatctgtcttcacatgcatgcacccaacatagaacacatggttgctcttaagcgcattctccattatgtaaagggtaccatacaccttggt 309  Q
     ||| |  || | ||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||| || |||||||| | ||||||  |||||||| ||||  ||||     
T  45034305 tgttcagcaagtttgtcttcacatgcatgcacccagtacagaacacatgcttgctctaaaacgcattcttcgttatgttcagggtaccgtacattttgga 45034404  T
Q  310 ctacatttatcaccatc-cccattactaagttgatttcttacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtg 408  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||  |  |||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||    
T  45034405 ctacatttatcaccatctcccatcaccaaactcctttcctacactgacaccgattggggtggatgtcctgacacccgacgttccacttctggatactgtg 45034504  T
Q  409 tttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctactctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgt 508  Q
    | |||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||| || ||  | ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||    
T  45034505 tctttctcggtgacaacctcatcgcttggtcctccaagagacaacccactctctctcggtctagtgctgaagcggaatatagaggtgttgctaatgttgt 45034604  T
Q  509 ctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttcccattcctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatcta 608  Q
     ||||| || |  ||| | || || ||  | |||||| | || ||||| |||||||| || ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  45034605 gtctgagtcatgttggcttcgtaatctcttactggagctccactttcctattcctcaggctactttggtgtattgtgacaatgttagtgccatctaccta 45034704  T
Q  609 tctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatg 708  Q
    || || || |||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||   |||||||||||||||| || ||||    
T  45034705 tccggcaaccctgtgcagcatcaacgtaccaaacacattgaaatggacatacactttgtacgggaaaaagtagctcgtggtcaggcacgcgtcctccatg 45034804  T
Q  709 ttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgc 808  Q
    |||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45034805 ttccatctcgacatcagattgcagatatcttcaccaaagggcttcctcgcattctctttgatgattttcggaccagtctcagcgtccgtgaacctcccgc 45034904  T
Q  809 ttcgattgcgggggtgtgatagaata 834  Q
    ||||| || |||||| ||||||||||    
T  45034905 ttcgactgtgggggtctgatagaata 45034930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 10 - 834
Target Start/End: Original strand, 45029254 - 45030079
Alignment:
Q  10 tttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaataccaagaagaaactca 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||  |||| || | |||||| |||  |||||||||| | |||| ||| |||||  | || ||  | |||||||    
T  45029254 tttctcagtcaaagcacctatgcctctgaaatcattgaccgtgctgggatgcaatcttgcaaatcatctgtcacccctgttgacactaaacaaaaactca 45029353  T
Q  110 gcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctcctattc 209  Q
    |||| || || |  |||| |||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||  |    
T  45029354 gcacttcatcaggcacaccttatgaagatccatctctctatcgtagtcttgcaggagctttacaatacctcacattcactagacccgacatctcttacgc 45029453  T
Q  210 agtttaaaaaatctgtcttcacatgcatgcacccaacatagaacacatggttgctcttaagcgcattctccattatgtaaagggtaccatacaccttggt 309  Q
     |||||  || | |||||||||||||||||||| |  | |||||||||| ||||||| || | |||||| | ||||||  |||||||| ||||  ||||     
T  45029454 tgtttagcaagtttgtcttcacatgcatgcacctagtacagaacacatgcttgctctaaatctcattcttcgttatgttcagggtaccgtacattttgga 45029553  T
Q  310 ctacatttatcaccatc-cccattactaagttgatttcttacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtg 408  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||  |  |||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||    
T  45029554 ctacatttatcaccatctcccatcaccaaactcctttcctacactgactccgattggggtggatgtcctgacacccgacgttccacttctggatactgtg 45029653  T
Q  409 tttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctactctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgt 508  Q
    | |||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||| || ||  | ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||    
T  45029654 tctttctcggtgacaacctcatcgcttggtcctccaagagacaacccactctctctcggtctagtgctgaagcggaatatagaggtgttgctaatgttgt 45029753  T
Q  509 ctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttcccattcctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatcta 608  Q
     ||||| || |  ||| | || || ||  | |||||| | || ||||| |||||||| || ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  45029754 gtctgagtcatgttggcttcgtaatctcttactggagctccactttcctattcctcaggctactttggtgtattgtgacaatgttagtgccatctaccta 45029853  T
Q  609 tctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatg 708  Q
    ||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||   |||||||||||||||| || ||||    
T  45029854 tctggcaaccctgtgcagcatcaacgtaccaaacacattgaaatggacatacactttgtacgggaaaaagtagctcgtggtcaggcacgcgtcctccatg 45029953  T
Q  709 ttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgc 808  Q
    |||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45029954 ttccatctcgacatcagattgcagatatcttcaccaaagggcttcctcgcattctctttgatgattttcggaccagtctcagcgtccgtgaacctcccgc 45030053  T
Q  809 ttcgattgcgggggtgtgatagaata 834  Q
    ||||| || |||||| ||||||||||    
T  45030054 ttcgactgtgggggtctgatagaata 45030079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 10 - 834
Target Start/End: Original strand, 24209477 - 24210302
Alignment:
Q  10 tttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaataccaagaagaaactca 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||  |||| || | |||||| |||  |||||||||| | |||||||| |||||  | || ||  | |||||||    
T  24209477 tttctcagtcaaagcacctatgcctctgaaatcattgaccgtgctgggatgcaatcttgcaaatcatctgccacccctgttgacactaaacaaaaactca 24209576  T
Q  110 gcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctcctattc 209  Q
    |||| || || |  |||| |||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||  |    
T  24209577 gcacttcatcaggcacaccttatgaagatccatctctctatcgtagtcttgcaggagctttacaatacctcacattcactagacccgacatctcttacgc 24209676  T
Q  210 agtttaaaaaatctgtcttcacatgcatgcacccaacatagaacacatggttgctcttaagcgcattctccattatgtaaagggtaccatacaccttggt 309  Q
     ||| |  || | ||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||| || | |||||| | ||||||  |||||||| ||||  ||||     
T  24209677 tgttcagcaagtttgtcttcacatgcatgcacccagtacagaacacatgcttgctctaaaacacattcttcgttatgttcagggtaccgtacattttgga 24209776  T
Q  310 ctacatttatcaccatc-cccattactaagttgatttcttacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtg 408  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||  |  |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||    
T  24209777 ctacatttatcaccatctcccatcaccaaactcctttcctacactgacgccgattggggtggatgtcctgacacccgacgttccacttctggatactgtg 24209876  T
Q  409 tttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctactctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgt 508  Q
    | |||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||| || ||  | ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||    
T  24209877 tctttctcggtgacaacctcatcgcttggtcctccaagagacaacccactctctctcggtctagtgctgaagcggaatatagaggtgttgctaatgttgt 24209976  T
Q  509 ctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttcccattcctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatcta 608  Q
     ||||| || |  ||| | || || ||  | |||||| | || ||||| |||||||| || ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  24209977 gtctgagtcatgttggcttcgtaatctcttactggagctccactttcctattcctcaggctactttggtgtattgtgacaatgttagtgccatctaccta 24210076  T
Q  609 tctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatg 708  Q
    ||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||   |||||||| ||||||| || ||||    
T  24210077 tctggcaaccctgtgcagcatcaacgtaccaaacacattgaaatggacatacactttgtacgggaaaaagtagcttgtggtcagccacgcgtcctccatg 24210176  T
Q  709 ttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgc 808  Q
    |||| ||  |||||| ||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24210177 ttccatctcgacatcggattgcagatatcttcaccaaagggcttccccgcattctctttgatgattttcggaccagtcttagcgtccgtgaacctcccgc 24210276  T
Q  809 ttcgattgcgggggtgtgatagaata 834  Q
    ||||| |||||| || ||||||||||    
T  24210277 ttcgactgcgggagtctgatagaata 24210302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 347 - 896
Target Start/End: Original strand, 19329826 - 19330378
Alignment:
Q  347 ttacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtgtttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaa 446  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||    
T  19329826 ttacacggatgttgattggggtggatgtcccgacactcgacgctcaacatctgagtattgtctttttctcggtaacaaccttatctcttggtcttccaaa 19329925  T
Q  447 aggcagtctactctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgtctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagt 546  Q
    ||| || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| ||  ||||||| ||||| |  ||||| | |||  ||||  |||||     
T  19329926 aggaagcc-actctttctcgttctagtgctgaaactgaatataggggtgttgcaaactttgtctccgaatcatgttggattcacaatattctattggagc 19330024  T
Q  547 ttcattttcccattcctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatat 646  Q
    |||| |||||||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||| |||||||||||||||| ||    
T  19330025 ttcactttcccattcctcaagtcactccggtatattgtgacaatgttagtgctatctacctatctggtaatcttgtgcaggatcagcgtaccaaacacat 19330124  T
Q  647 tgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaa 746  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  19330125 tgagatggacgttcattttgttcggaaaaaagtagctcgtggtcaggcacgtgttcttcatgttctctcaagacaccagattgtagacatcttcaccaaa 19330224  T
Q  747 ggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtgata----gaatagaatattt 842  Q
    || || |||| |||||| ||||| || ||  ||||| |||  ||||| ||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||    ||||| ||||||     
T  19330225 gggcttcctcatattctctttgatgatttctggaccggtcaaagcgttcgtgaacttcccgtttcgactgc-ggggtgtgatagatcgaataaaatatta 19330323  T
Q  843 gttataattagtgttaatga-tttccctataattatgttgtaacataattagata 896  Q
    || ||||||||   |||| | ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||    
T  19330324 gtcataattaggtataattattttccctgtaattatgttgtatcctaattagata 19330378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 359 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 9932570 - 9932088
Alignment:
Q  359 tgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtgtttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctact 458  Q
    |||||||||||||||||| |||||  | || || || ||||| || ||||| ||||| |||||||| |  ||||| |||||||||||  | ||  | ||     
T  9932570 tgattggggtggatgtccagacacccgtcgttctacctctggctattgtgtgtttcttggtgacaacctcatctcctggtcttccaagcgacaacccaca 9932471  T
Q  459 ctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgtctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttccca 558  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| || || | |||||| ||||| || |||||||| |  ||| | || ||||||||  ||||  ||||||| ||||    
T  9932470 ctttcgcgctctagtgcagaagctgagtacaggggtgttgctaatgtggtatctgaatcttgttggcttcgtaaccttctcttggaacttcattt-ccca 9932372  T
Q  559 ttc-ctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggaca 657  Q
     || |||| || ||| ||||  ||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| |  || |||||||| || |||||||||||||||||||    
T  9932371 ctctctcaagctactttggtgtattgtgataatgttagtgccatttacctttctggtaatccagtacaacatcagcgcactaaacatattgagatggaca 9932272  T
Q  658 ttcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcg 757  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||   |||| ||||||||||| ||||||||||| ||  | || |||||||| ||||||||||||||||| || || ||    
T  9932271 ttcactttgttcgagaaaaggtagctcgtggccaggcacgcgtccttcatgttccttctcgtcaccagattgctgacatcttcaccaaaggcctaccgcg 9932172  T
Q  758 tattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaatagaatatt 841  Q
    | |||| ||||| || ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  9932171 tgttctttttgatgattttcgaaccagtctaagtgttcgtgaacctcccgcttcgactgcgggggtgtgatagaataaaatatt 9932088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 580 - 834
Target Start/End: Original strand, 44387416 - 44387669
Alignment:
Q  580 attgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagt 679  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||    
T  44387416 attgtgataatgttagtgccatctacctttctggtaatccagtgcagcatcaacgtactaaacatattgagatggacattcactttgttc-ggaaaaggt 44387514  T
Q  680 agtcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcgg 779  Q
     ||  |||| |||||||| || ||||||||||| ||  | |||||||||||  |||||||||||||||  || |||||  |||| ||||| || || ||     
T  44387515 cgtgcgtggccaggcacgtgtccttcatgttccttctcgtcatcagattgctcacatcttcaccaaagtcctacctcgagttctttttgatgatttccga 44387614  T
Q  780 accagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaata 834  Q
    |||||||| |||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44387615 accagtctaagcgcctgtgaacctcccgcttcgactgcgggggtgtgatagaata 44387669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 7 - 272
Target Start/End: Original strand, 19329534 - 19329788
Alignment:
Q  7 atttttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaataccaagaagaaac 106  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||| |||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||||  ||||| |||||  |||| ||| ||||||    
T  19329534 atttttctcagtcaaagcacatacgcttttgagatcatcgagcaggctgacaggacatcttgcaaaccgttagccactcctgtggatactaagcagaaac 19329633  T
Q  107 tcagcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctccta 206  Q
    |||| ||||| ||||  | || ||| |||| |||||||||||||        |||||   | ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||    
T  19329634 tcagtacctcttctggcaaaccttacgaggttccttctttatat--------tgcag---ccttacagtacctcacaatcactagacctgacatctctta 19329722  T
Q  207 ttcagtttaaaaaatctgtcttcacatgcatgcacccaacatagaacacatggttgctcttaagcg 272  Q
    | | ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||| |||||    
T  19329723 tgccgttcaaaaaatttgtcttcacatggatgcacccagcacagaacacatgattgctctcaagcg 19329788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 824 - 910
Target Start/End: Original strand, 19326855 - 19326939
Alignment:
Q  824 gtgatagaatagaatatttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagatatagttgacctacac 910  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||  |||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||    
T  19326855 gtgatagaatagaatattagtcataattagttataattattttcctgtaattatgttgtatcataattag--atagttgacctacac 19326939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 591 - 681
Target Start/End: Original strand, 16094863 - 16094953
Alignment:
Q  591 gttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtag 681  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||| ||  || ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  16094863 gttagtgccatatatctttctggtaatcatgttcaacatcaacgtacaaaacacatcgagatggacattcactttgtacgtgaaaaagtag 16094953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 582 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 7324472 - 7324375
Alignment:
Q  582 tgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagt 679  Q
    ||||||||||||||||| || ||| ||||||| || ||||  || ||||| || || ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  7324472 tgtgacaatgttagtgcgatatatttatctgggaaccctgttcaacatcaacgcactaaacacattgagatggacattcacttcgttcgtgaaaaagt 7324375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 348 - 446
Target Start/End: Original strand, 44387184 - 44387282
Alignment:
Q  348 tacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtgtttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaa 446  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||  | || || ||  |||| || ||||| ||||| |||||||| |  || |||||||||||||||    
T  44387184 tacactgatgctgattggggtggatgtcctgacacccgtcgttcgaccgctggctattgtgtgtttcttggtgacaacctcatttcttggtcttccaaa 44387282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 801 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 7324253 - 7324220
Alignment:
Q  801 cctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaata 834  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7324253 cctcccgcttcgactgcgggggtgtgatagaata 7324220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0655 (Bit Score: 245; Significance: 1e-135; HSPs: 3)
Name: scaffold0655
Description:

Target: scaffold0655; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 290 - 829
Target Start/End: Complemental strand, 6174 - 5634
Alignment:
Q  290 agggtaccatacaccttggtctacatttatcaccatcccc-attactaagttgatttcttacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacg 388  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || || ||| | || || |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||     
T  6174 agggtaccatacaccttggattacatttatcaccatcccccatcacaaagattatctcctacactgacgttgattggggtggatgtcttgacaccagaca 6075  T
Q  389 ctccacatctgggtactgtgtttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctactctttctcgttctagtgctgaagctgaatat 488  Q
     |||||| || |||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||    
T  6074 ttccacagctcggtattgtgtttttcttggtgacaaccttatctcttggtcttccaaaaggcagcccactctctctcggtctagtgttgaagccgaatat 5975  T
Q  489 agagatgttgcgaatgttgtctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttcccattcctcatgccactctggtagattgtgaca 588  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||| || |  |||||  | |||||| | |||||  ||||||| || |||||||| |||||| ||||  |||||||||    
T  5974 agaggtgttgctaatgttgtatctgagtcatgttggatttgtaaccttttactggaacttcatttccctattcctcaagccactttggtgtattgtgaca 5875  T
Q  589 atgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtgg 688  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||   ||||    
T  5874 atgttagtgtcatctatctctctggtaatcatgtgcaacatcaacgtaccaagcatattgaaatggacattcactttgtacgggaaaaagtagctcgtgg 5775  T
Q  689 tcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctg 788  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||| ||||| ||||| || ||| ||||||||||     
T  5774 tgaggcacgcgtacttcatgttccttctcgacatcagattgcagatatcttcatcaaagggcttcctcgcattctctttgatgatttttggaccagtcta 5675  T
Q  789 agcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtgata 829  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5674 agcgtccgtgaacctcccgcttcgactgcgggggtgtgata 5634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0655; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 825 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 4265 - 4194
Alignment:
Q  825 tgatagaatagaatatttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagata 896  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |   |||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  4265 tgatagaatagaatatttgtcataattggctataattatttccctgtaattatgttgtatcataagtagata 4194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0655; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 825 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 6321 - 6250
Alignment:
Q  825 tgatagaatagaatatttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagata 896  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |   |||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  6321 tgatagaatagaatatttgtaataattggctataattatttccctgtaattatgttgtatcataagtagata 6250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 224 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 29074641 - 29073966
Alignment:
Q  224 gtcttcacatgcatgcacccaacatagaacacatggttgctcttaagcgcattctccattatgtaaagggtaccatacaccttggtctacatttatcacc 323  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  || ||| |||||||   ||  ||||||||||||     
T  29074641 gtctccacatgcatgctcccaacacagaacacatgcttgctctcaagcgcattctccattatgttcagagtatcatacactacggattacatttatcact 29074542  T
Q  324 at-ccccattactaagttgatttcttacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtgtttttctcggtgac 422  Q
    || |||||| || ||| | || || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29074541 attccccatcacaaagcttatctcctacactgacgctgattggggtgaatgtcctgacaccagacgttccacatctgggtactgtgtttttcttggtgac 29074442  T
Q  423 aatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctactctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgtctctgaatcctact 522  Q
    || |  |||||||||| |||||||| |||| | ||||| ||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||  |||||||| | ||| || |  |    
T  29074441 aacctcatctcttggttttccaaaatgcagcccactctctctcggtctagtgttgaagccgaaaatagagatgttgttaatgttgtatttgagtcatgtt 29074342  T
Q  523 ggatccgcaaccttctt-ctggagtttcattttcccattcctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctg 621  Q
    |||| |  ||  || || || ||  || |||| || |||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||    
T  29074341 ggattcataatatttttactagaactttatttccctattcctcatgtcactttggtgtattgtgacaatgttagtgtcatctacctctctggtaatcctg 29074242  T
Q  622 cgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagaca 721  Q
      || ||||||||||||||  |||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||   ||||||||||| || ||||||||||||| ||  ||||    
T  29074241 tacaacatcagcgtaccaagtatattgtgatggagattcactttgtacgggaaaaagtagctcgtggtcaggcatgcatacttcatgttccttctcgaca 29074142  T
Q  722 tcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggg 821  Q
    ||| ||| |||| |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||||| |||||| |||||| |  ||||||||||||||| ||||| |    
T  29074141 tcaaattacagatatcttcaccaaagggcttcctcgcattctctttgatgattttcggatcagtctaagcgtctggaaacctcccgcttcgactgcggcg 29074042  T
Q  822 gtgtgatagaatagaata-tttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagata 896  Q
    || ||||| |||||| || ||||| |||||| |   |||| |||| ||| |||||| |||||| ||||||||||||    
T  29074041 gtttgatataatagattattttgtcataattggctataattattttcctgtaattaagttgtatcataattagata 29073966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 359 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 48099852 - 48099370
Alignment:
Q  359 tgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtgtttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctact 458  Q
    |||||||||||||||||| |||||  | || || || ||||| || ||||| ||||| |||||||| |  ||||| |||||||||||  | ||  | ||     
T  48099852 tgattggggtggatgtccagacacccgtcgttctacctctggctattgtgtgtttcttggtgacaacctcatctcctggtcttccaagcgacaacccaca 48099753  T
Q  459 ctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgtctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttccca 558  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| || || | |||||| ||||| || |||||||| |  ||| | || ||||||||  ||||  ||||||| ||||    
T  48099752 ctttcgcgctctagtgcagaagctgagtacaggggtgttgctaatgtggtatctgaatcttgttggcttcgtaaccttctcttggaacttcattt-ccca 48099654  T
Q  559 ttc-ctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggaca 657  Q
     || |||| || ||| ||||  ||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| |  || |||||||| || |||||||||||||||||||    
T  48099653 ctctctcaagctactttggtgtattgtgataatgttagtgccatttacctttctggtaatccagtacaacatcagcgcactaaacatattgagatggaca 48099554  T
Q  658 ttcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcg 757  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||   |||| ||||||||||| ||||||||||| ||  | || |||||||| ||||||||||||||||| || || ||    
T  48099553 ttcactttgttcgagaaaaggtagctcgtggccaggcacgcgtccttcatgttccttctcgtcaccagattgctgacatcttcaccaaaggcctaccgcg 48099454  T
Q  758 tattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaatagaatatt 841  Q
    | |||| ||||| || ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  48099453 tgttctttttgatgattttcgaaccagtctaagtgttcgtgaacctcccgcttcgactgcgggggtgtgatagaataaaatatt 48099370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 580 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 24647446 - 24647195
Alignment:
Q  580 attgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagt 679  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||| ||  ||| ||||||   ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||    
T  24647446 attgtgataatgttaatgccatctaccttgctgttaatccattgcaacatcagcgtactaaacatattgagatggatattcactttgttctggaaaaggt 24647347  T
Q  680 agtcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcgg 779  Q
      |  ||||||||||| | || ||||||||||| ||  | || |||||||| |||||||||| |||||| || | | |  |||| ||||| || |||| |    
T  24647346 catgcgtggtcaggcatgtgtccttcatgttccttctcgtcaccagattgctgacatcttca-caaaggcctactttgagttctttttgatgattttcag 24647248  T
Q  780 accagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaat 833  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  24647247 accattctaagcgtccgtaaacctcccgcttcaactgc-ggggtgtgatagaat 24647195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 627 - 833
Target Start/End: Original strand, 20620554 - 20620760
Alignment:
Q  627 catcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcaga 726  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| | ||||| |  || ||||   |||||||||| ||||||||||| ||  | |||||||    
T  20620554 catcaacgtactaaacatattgagatggacattctatttgtttgagaaaaggccgtgggtgacaaggcacgcgtccttcatgttccttctcgtcatcaga 20620653  T
Q  727 ttgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtg 826  Q
    |||| ||||||||||||||||| |  |||||  |||| |||||  | ||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||| | ||| ||| ||    
T  20620654 ttgctgacatcttcaccaaaggccaacctcgagttctttttgataattttcgaaccagtttaagcgttcgtgaacctcccgcttcgacttcggaggtatg 20620753  T
Q  827 atagaat 833  Q
    |||||||    
T  20620754 atagaat 20620760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 580 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 24638517 - 24638266
Alignment:
Q  580 attgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagt 679  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||| ||  ||| ||||||   ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||    
T  24638517 attgtgataatgttaatgccatctaccttgctgttaatccattgcaacatcagcatactaaacatattgagatggatattcactttgttctggaaaaggt 24638418  T
Q  680 agtcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcgg 779  Q
      |  ||||||||||| | || ||||||||||| ||  | || |||||||| |||||| ||| |||||| || | | |  |||  ||||| || |||| |    
T  24638417 catgcgtggtcaggcatgtgtccttcatgttccttctcgtcaccagattgctgacatcatca-caaaggcctactttgagttcattttgatgattttcag 24638319  T
Q  780 accagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaat 833  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  24638318 accattctaagcgtccgtaaacctcccgcttcaactgc-ggggtgtgatagaat 24638266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 130 - 228
Target Start/End: Original strand, 33286936 - 33287034
Alignment:
Q  130 tatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctcctattcagtttaaaaaatctgtctt 228  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||  | || || ||||| |||||  ||||||||||||| ||| | ||| || |||||||||||    
T  33286936 tatgaggatccatctctatatcgtagtcttgcaggtgcccttcaatatctcaccttcacacgacctgacatctcatatgctgttcaacaaatctgtctt 33287034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 825 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 14031342 - 14031270
Alignment:
Q  825 tgatagaatagaatattt-gttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagata 896  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |   || | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14031342 tgatagaatagaatattttgttataattggctctatttattttcctataattatgttgtatcataattagata 14031270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 580 - 676
Target Start/End: Original strand, 34013777 - 34013873
Alignment:
Q  580 attgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaa 676  Q
    ||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||| || |  || |||||  | || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  34013777 attgtgataatgtcagtgcaatttatctctctggtaacccggtccaacatcaaagaacaaaacatattgagatggatattcattttgttcgcgaaaa 34013873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 580 - 681
Target Start/End: Original strand, 33287387 - 33287488
Alignment:
Q  580 attgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagt 679  Q
    ||||||| || || ||||| ||||| || || |||||||| |  || ||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  33287387 attgtgataacgtcagtgctatctacctctcgggtaatccggttcaacatcaacgaacgaaacacattgagatggatattcatttcgttcgtgaaaaagt 33287486  T
Q  680 ag 681  Q
    ||    
T  33287487 ag 33287488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 373 - 892
Target Start/End: Complemental strand, 1586638 - 1586122
Alignment:
Q  373 gtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtgtttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctactctttctcgttctag 472  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||  |||||    
T  1586638 gtcctgacactagacgttccacatctgagtactgtgtttttcttggtgacaaccttatctcttggtcttccaaaaggcaacctactctctctcagtctag 1586539  T
Q  473 tgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgtctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttcccattcctcatgccact 572  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| | ||| || |  ||||| || || ||| | |||||  ||||||| || |||||||||| ||||    
T  1586538 tgctgaagctgaatatagaggtgttgctaatgttgtatatgagtcttgttggattcgtaatcttttactggaacttcatttccctattcctcatggcact 1586439  T
Q  573 ctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcggg 672  Q
     ||||  |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| | ||    
T  1586438 ttggtgtattgtgacaatgttagtgtcatctatctctctggtaaccctgtgcaacatcaacgtaccaatcatattgaaatggacattcactttgtactgg 1586339  T
Q  673 aaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacga 772  Q
     ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||    
T  1586338 -aaaagtagctcgtggtcaggcacgcgtacttcatgttccttctcgacatcagattgcagatatcttcaccaaagggcttcctcgcattctatttgatga 1586240  T
Q  773 ctttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaatagaatatttgttataattagtgttaatgatttccctata 872  Q
     ||| |||||||||| || ||||||||||||| | |||||| || | ||||| |||| |||| |||| |||| ||||||||   |||| |||||||| ||    
T  1586239 tttttggaccagtctaagtgtccgtgaacctctcacttcgactgtgagggtgggatataataaaata-ttgtcataattagctataattatttccct-ta 1586142  T
Q  873 attatgttgtaacataatta 892  Q
    ||||| ||||| ||||||||    
T  1586141 attatattgtatcataatta 1586122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 635 - 842
Target Start/End: Original strand, 40623184 - 40623390
Alignment:
Q  635 taccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcagattgcagac 734  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||| |||||| |||     
T  40623184 taccaaacatattgagatggacattctttttgttcgggaaaaagtagcttgtggtcaggcacacgtacttcatgttccatctcgacataagattgaagat 40623283  T
Q  735 atcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaata 834  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||| ||| |||| | |||||||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||    
T  40623284 atcttcaccaaagggcttcctcgcattctctttgatgatttttggatcagtataagcgtccgtgaacctcccccttcgact-ccggggtgtgatagaata 40623382  T
Q  835 gaatattt 842  Q
     |||||||    
T  40623383 taatattt 40623390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 582 - 841
Target Start/End: Original strand, 10260683 - 10260942
Alignment:
Q  582 tgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtag 681  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| ||  || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || || || ||||    
T  10260683 tgtgacaatgttagtgctatctacctctctggtaatcttgtacaacatcagcgtactaagcatattgagatggacattcactttgtacgcgagaatgtag 10260782  T
Q  682 tcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggac 781  Q
     | |||| || ||||||   ||||||||||| ||  | ||||||||  | ||  |||||||||||   ||  ||||  |||| ||||| || ||||||||    
T  10260783 cctgtggccaagcacgcacccttcatgttccttctcgtcatcagataactgatgtcttcaccaaatccctatctcgagttctttttgatgattttcggac 10260882  T
Q  782 cagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaatagaatatt 841  Q
    |||| | || ||  ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||    
T  10260883 cagtttaagtgtttgtgaacctcccgctctgactgcgggggtgtgatagaatagaatatt 10260942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 457 - 617
Target Start/End: Original strand, 40620867 - 40621027
Alignment:
Q  457 ctctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgtctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttcc 556  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| ||||||| ||   |||| |||||||| | ||| || || ||| | || |||||| | |||||| ||||||||||    
T  40620867 ctctctctcgttctagtgttgaagccgaatataaaggccttgctaatgttgtatttgagtcatattggcttcgtaaccttttactggagcttcattttcc 40620966  T
Q  557 cattcctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaat 617  Q
    |||||| || |  ||  ||||  |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  40620967 cattccccaggatacgttggtgtattgtgacaatgttagtgtcatttatctctctggtaat 40621027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 642 - 832
Target Start/End: Complemental strand, 10260621 - 10260431
Alignment:
Q  642 catattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagtagtcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttca 741  Q
    |||||||||||| ||||||  ||||| || || || ||||   |||| || |||||||  ||||||||||| ||  | |||||||| || || |||||||    
T  10260621 catattgagatgaacattctatttgtacgcgagaaggtagcgtgtggccaagcacgcgcccttcatgttccttctcgtcatcagatagctgatatcttca 10260522  T
Q  742 ccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaa 832  Q
    ||||||  ||  ||||  |||| ||||  ||  |||||||  |||| |||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||    
T  10260521 ccaaagccctatctcgagttctttttgctgatattcggacatgtctaagcgtccgtgaacctcccactccgactgcaggggtgtgatagaa 10260431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 235 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 1588082 - 1588030
Alignment:
Q  235 catgcacccaacatagaacacatggttgctcttaagcgcattctccattatgt 287  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  1588082 catgcacccaacacataacacatgcttgctctcaagcgcattctccgttatgt 1588030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 702 - 751
Target Start/End: Original strand, 14913961 - 14914010
Alignment:
Q  702 cttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggact 751  Q
    ||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||||| ||||||||    
T  14913961 cttcatgttccctcccgacaccatattgtagacatcttcactaaaggact 14914010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 702 - 751
Target Start/End: Original strand, 14922192 - 14922241
Alignment:
Q  702 cttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaaggact 751  Q
    |||||||||| |||| |||| || ||||||| ||||||||||||||||||    
T  14922192 cttcatgttctctcccgacaccatattgcaggcatcttcaccaaaggact 14922241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 46; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 342 - 679
Target Start/End: Original strand, 7084583 - 7084920
Alignment:
Q  342 atttcttacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtgtttttctcggtgacaatcctatctcttggtctt 441  Q
    |||||||| || || | |||||||||||| ||||| || ||  ||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||| |||   || ||||||||      
T  7084583 atttcttatacagatgctgattggggtgggtgtccggatacccgacgctctacatctggttattgtgtgtttcttggtgataatttaatttcttggtccg 7084682  T
Q  442 ccaaaaggcagtctactctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgtctctgaatcctactggatccgcaaccttcttct 541  Q
    ||||| ||||  ||||| | || ||||||||||| || || |||||  |||  ||||| ||||| || ||||| || |  ||| | || || ||||||||    
T  7084683 ccaaacggcaagctactttgtcacgttctagtgcggaggcagaataccgaggcgttgccaatgtggtttctgagtcatgttggttacgtaatcttcttct 7084782  T
Q  542 ggagtttcattttcccattcctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaa 641  Q
     ||| |||||| ||| ||||   | || | | ||||  ||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |  || |||||||| || |||    
T  7084783 tgagcttcattgtcctattcgaaaggctagtttggtgtattgtgataatgttagtgcgatttatctctctggaaatccggttcaacatcagcgcactaaa 7084882  T
Q  642 catattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagt 679  Q
    ||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||    
T  7084883 catatcgagatggatattcattctgttcgcgaaaaagt 7084920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 45; Significance: 4e-16; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 359 - 679
Target Start/End: Original strand, 1853489 - 1853809
Alignment:
Q  359 tgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtgtttttctcggtgacaatcctatctcttggtcttccaaaaggcagtctact 458  Q
    |||||||||||| ||||| || ||  | ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||| |||   || ||||||||  ||||| ||||  |||||    
T  1853489 tgattggggtgggtgtccggatacccgccgctctacatctggttattgtgtgtttcttggtgataatttaatttcttggtccgccaaacggcaagctact 1853588  T
Q  459 ctttctcgttctagtgctgaagctgaatatagagatgttgcgaatgttgtctctgaatcctactggatccgcaaccttcttctggagtttcattttccca 558  Q
     | || ||||||||||| || || |||||  |||  ||||| ||||| || ||||| || |  ||| | || || |||||||| ||| |||||| ||| |    
T  1853589 ttgtcacgttctagtgcggaggcagaataccgaggcgttgccaatgtggtttctgagtcatgttggttacgtaatcttcttcttgagcttcattgtccta 1853688  T
Q  559 ttcctcatgccactctggtagattgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacat 658  Q
    |||   | || | | ||||  ||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |  || |||||||| || |||||||| |||||||| ||    
T  1853689 ttcgaaaggctagtttggtgtattgtgataatgttagtgcgatttatctctctggaaatccggttcaacatcagcgcactaaacatatcgagatggatat 1853788  T
Q  659 tcattttgttcgggaaaaagt 679  Q
    |||||||||||| ||||||||    
T  1853789 tcattttgttcgcgaaaaagt 1853809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 580 - 679
Target Start/End: Original strand, 36650159 - 36650258
Alignment:
Q  580 attgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagt 679  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |  || |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  36650159 attgtgataatgttagtgcgatttatctctctggaaatccggttcaacatcagcgcactaaacatatcgagatggatattcattttgttcgcgaaaaagt 36650258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 580 - 748
Target Start/End: Original strand, 45181826 - 45181994
Alignment:
Q  580 attgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagt 679  Q
    ||||||| || || ||||| || ||||||||||||||||| |  |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||| | || ||||||||    
T  45181826 attgtgataacgtcagtgcaatatatctatctggtaatcccgttcagcatcaacggaccaaacacattgaaatggacattcactttatccgcgaaaaagt 45181925  T
Q  680 agtcggtggtcaggcacgcgtacttcatgttccctccagacatcagattgcagacatcttcaccaaagg 748  Q
     | | ||||||| |  || || |||||||| |||||  |  |||| ||||| || ||||| ||||||||    
T  45181926 tgcccgtggtcaagttcgtgttcttcatgtcccctcgcgttatcaaattgcggatatctttaccaaagg 45181994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 825 - 896
Target Start/End: Complemental strand, 27442721 - 27442650
Alignment:
Q  825 tgatagaatagaatatttgttataattagtgttaatgatttccctataattatgttgtaacataattagata 896  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||  |||| |||| ||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  27442721 tgatagaatagaatattagtcataattagttataattattttcctgtaattatgctgtatcataattagata 27442650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 359 - 424
Target Start/End: Original strand, 45181605 - 45181670
Alignment:
Q  359 tgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtgtttttctcggtgacaa 424  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||    
T  45181605 tgattggggtggctgcccagacactagacgctccacctctggttattgtgtgtttcttggtgacaa 45181670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 580 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 19336893 - 19336797
Alignment:
Q  580 attgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaa 676  Q
    ||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||| || |  || |||||  | || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  19336893 attgtgataatgtcagtgcaatttatctctctggtaacccggtccaacatcaaagaacaaaacatattgagatggatattcattttgttcgcgaaaa 19336797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 130 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 16657336 - 16657238
Alignment:
Q  130 tatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctcctattcagtttaaaaaatctgtctt 228  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||  | || || ||||| |||||  |||| |||||||| |||   |||||| |||||||||||    
T  16657336 tatgaggatccgtctctatatcgtagtcttgcaggtgcccttcaatatctcaccttcacacgaccagacatctcatatgttgtttaacaaatctgtctt 16657238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 134 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 19337340 - 19337262
Alignment:
Q  134 aggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctcctattcagt 212  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||| | || || ||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  19337340 aggatccatctctctatcgtagtctggcaggagctcttcaatatctcaccttcactcgacctgatatctcctatacagt 19337262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 338 - 415
Target Start/End: Original strand, 1668068 - 1668145
Alignment:
Q  338 gttgatttcttacactgacgttgattggggtggatgtcctgacactagacgctccacatctgggtactgtgtttttct 415  Q
    |||||| |||||||| || | ||||||||| |||||||| ||||||||||| || || || || || |||||||||||    
T  1668068 gttgatctcttacacagatgctgattggggaggatgtcccgacactagacgatctacctccggttattgtgtttttct 1668145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0169 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0169
Description:

Target: scaffold0169; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 580 - 679
Target Start/End: Original strand, 22243 - 22342
Alignment:
Q  580 attgtgacaatgttagtgccatctatctatctggtaatcctgcgcagcatcagcgtaccaaacatattgagatggacattcattttgttcgggaaaaagt 679  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |  || |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  22243 attgtgataatgttagtgcgatttatctctctggaaatccggttcaacatcagcgcactaaacatatcgagatggatattcattttgttcgcgaaaaagt 22342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0936 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0936
Description:

Target: scaffold0936; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 735 - 841
Target Start/End: Original strand, 3561 - 3666
Alignment:
Q  735 atcttcaccaaaggactccctcgtattctatttgacgactttcggaccagtctgagcgtccgtgaacctcccgcttcgattgcgggggtgtgatagaata 834  Q
    |||||||||||||| || |||||  |||| ||||| ||  || |||||||| | ||||| |||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||    
T  3561 atcttcaccaaaggcctacctcgagttctttttgatgatatttggaccagtataagcgttcgtgaacctccctcttcgact-ccggggtgtgatagaata 3659  T
Q  835 gaatatt 841  Q
    |||||||    
T  3660 gaatatt 3666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University