View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2225-Insertion-7 (Length: 969)

Name: NF2225-Insertion-7
Description: NF2225
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2225-Insertion-7
NF2225-Insertion-7
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (9-940)||(951615-952541)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 788; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 788; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 952541 - 951615
Alignment:
Q  9 ctatctatctcgtttatgtttttaacagaattatagttgttcttaaaatgaacatgatgaaggccgatgccatggtcgtaggagaccccccaaatgcaga 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  952541 ctatctatctcgtttatgtttttaacagaattatcgttgttcttaaaatgaacatgatgaaggccgatgccatggtcgtaggagaccccccaaacgcaga 952442  T
Q  109 ggatatccgtttacctaactattctttttctcgtcctccgattcctctgaaacgacgactttctccgattctaggtggctatcaattggaatatggtgaa 208  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  952441 ggacatccgtttacctaactattctttttctcgtcctcccattcctctgaaacgacgactttctccgattctaggtggctatcaattggaatatggtgaa 952342  T
Q  209 agcagcaacacaagaagtgatcatcaatattctttcnnnnnnntgaaaataaggaggtgcaagtcaatatgaaaattaaataaaagttgttttatgtttt 308  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||    
T  952341 agcagcaacacaagaagtgatgatcaatattctttcaaaaaaatgaaaataaggaggtgcaggtcaatatgaaaattaaa----agttgttttatgtttt 952246  T
Q  309 tagtttatatatcaannnnnnnaacctttatctctacatatttgtttccttgacttcctaaaatttctttttaagatttatgtatcaagatttgtttcga 408  Q
     ||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  952245 cagtttatatatcaatttttttaagctttatctctacatatttgtttccttgacttcctaaaatttctttttaagatttatgtatcaagatttgtttcga 952146  T
Q  409 ttaaaattgtttattactgctctagctttattgtgttcgtgattctcgtatgtcatttgccacannnnnnncaatgtagtttaatttggattgcaatggt 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||    
T  952145 ttaaaattgtttattactgctctagctttattgtgttcgtgattctcgtatgccatttgccacatttttttcaatgtagtttaatttggattgcaatggt 952046  T
Q  509 ttgtctgttttccccgcagttgaaccttgtacgaccaaaaataaaatctcaaaggatagattgagtgttggacaaatcatgtacaatttagcatgatgat 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  952045 ttgtctgttttccccgcagttgaaccttgtacgaccaataataaaatctcaaaggatagattgagtgttggacaaatcatgtacaatttagcatgatgat 951946  T
Q  609 gaaacaaatcattgtgtttataaacacttttgtatgaactagaactttattttactaatgtgtaaactttaatgatgtgtaggcgaagtaacaagcatca 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  951945 gaaacaaatcattgtgtttataaacacttttgtatgaactagaactttattttactaatgtgtaaactttaatgatgtgtaggcgaaataacaagcatca 951846  T
Q  709 tttaaaactcacacatacaactgcgaggtttcatgttccaaccagtaaatggatactttcaatttaactagactttacatatcttattatttatgaaaat 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  951845 tttaaaactcacacatacaactgcgaggtttcatgttccaactagtaaattgatactttcaatttaactagactttacatatcttattatttatgaaaat 951746  T
Q  809 tacgtcataccagagatgatcataaacttatagtagtatttagtatctcaaacaccatttgtttcaatatttctaggccaaaagacataggacatttgag 908  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  951745 tacgtcataccagagatgatcataaacttatagtagtatttagtatctcaaacaccatttgtttcaatatttcta-gccaaaagacataggacaattgag 951647  T
Q  909 atattttttaagaatgaaagtagttcgatgga 940  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  951646 atattttttaagaatgaaagtagttcgatgga 951615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University