View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2230_low_1 (Length: 678)

Name: NF2230_low_1
Description: NF2230
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2230_low_1
NF2230_low_1
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (10-665)||(41617775-41618430)
chr5 (10-665)||(41572136-41572791)
chr5 (11-483)||(34233092-34233564)
chr5 (11-483)||(34240865-34241337)
chr5 (11-501)||(42122799-42123289)
chr5 (11-501)||(42117048-42117541)
chr5 (11-501)||(42128194-42128683)
chr5 (177-495)||(41713845-41714163)
chr5 (11-135)||(41714170-41714294)
chr5 (185-501)||(41443838-41444154)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (11-501)||(11994681-11995175)
chr2 (11-501)||(12247755-12248248)
chr2 (10-225)||(9423291-9423507)
chr2 (11-95)||(32682381-32682465)
chr2 (400-495)||(32682203-32682304)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (11-501)||(25523315-25523808)
chr6 (295-501)||(24140433-24140639)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (11-501)||(8522422-8522912)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-501)||(11117456-11117952)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 640; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 640; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 41618430 - 41617775
Alignment:
Q  10 catcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcttattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41618430 catcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcctattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttc 41618331  T
Q  110 catccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41618330 catccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatc 41618231  T
Q  210 ccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaat 309  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41618230 ccaagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaat 41618131  T
Q  310 accgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgagga 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41618130 accgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgagga 41618031  T
Q  410 ataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgttatgagaaa 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41618030 ataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcagaatctctccttcaaaattgttatgagaaa 41617931  T
Q  510 aatcaatgttcacaaagactattggaattttcaccatcacaatgctgtttcctttcactgtcatagtcacagaatcatagtatgtcatatcacctacttc 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41617930 aatcaatgttcacaaagactattggaattttcaccatcacaatgctgtttcctttcactgtcatagtcacagaatcatagtatgtcatatcacctacttc 41617831  T
Q  610 catcctttccatgtattgagagctactaccttctccaacttgaataacctttttca 665  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41617830 catcctttccatgtattgagagctactaccttctccaacttgaataacatttttca 41617775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 632; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 41572791 - 41572136
Alignment:
Q  10 catcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcttattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41572791 catcatcacaagccatctaggctttccggttaacaacacaaaacatccaaggcctattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttc 41572692  T
Q  110 catccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41572691 catccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatc 41572592  T
Q  210 ccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaat 309  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41572591 ccaagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaat 41572492  T
Q  310 accgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgagga 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41572491 accgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgagga 41572392  T
Q  410 ataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgttatgagaaa 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41572391 ataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcagaatctctccttcaaaattgttatgagaaa 41572292  T
Q  510 aatcaatgttcacaaagactattggaattttcaccatcacaatgctgtttcctttcactgtcatagtcacagaatcatagtatgtcatatcacctacttc 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41572291 aatcaatgttcacaaagactattggaattttcaccatcacaatgctgtttcctttcactgtcatagtcacagaatcatagtatgtcatatcacctacttc 41572192  T
Q  610 catcctttccatgtattgagagctactaccttctccaacttgaataacctttttca 665  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41572191 catcctttccatgtattgagagctactaccttctccaacttgaataacatttttca 41572136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 11 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 34233564 - 34233092
Alignment:
Q  11 atcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcttattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttcc 110  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||| ||||||||  || | |||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  34233564 atcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaaggcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttcc 34233465  T
Q  111 atccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcc 210  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || | | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  34233464 atccaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccc 34233365  T
Q  211 caagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaata 310  Q
    |||||| |||| ||| || | ||| | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||| ||| ||| |    
T  34233364 caagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaaga 34233265  T
Q  311 ccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaa 410  Q
    | ||||| |||| ||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||  || |||||||||||    
T  34233264 ctgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaa 34233165  T
Q  411 taggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaat 483  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || || ||| |||| |||||    
T  34233164 taggaccagtgagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaat 34233092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 11 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 34241337 - 34240865
Alignment:
Q  11 atcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcttattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttcc 110  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||| ||||||||  || | |||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  34241337 atcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaaggcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttcc 34241238  T
Q  111 atccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcc 210  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || | | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  34241237 atccaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccc 34241138  T
Q  211 caagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaata 310  Q
    |||||| |||| ||| || | ||| | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||| ||| ||| |    
T  34241137 caagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaaga 34241038  T
Q  311 ccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaa 410  Q
    | ||||| |||| ||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||  || |||||||||||    
T  34241037 ctgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaa 34240938  T
Q  411 taggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaat 483  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || || ||| |||| |||||    
T  34240937 taggaccagtgagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaat 34240865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 11 - 501
Target Start/End: Original strand, 42122799 - 42123289
Alignment:
Q  11 atcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcttattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttcc 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | || |||||| || ||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42122799 atcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcatattccaatcacaaatccacatccatatccaatcgccactggtttcc 42122898  T
Q  111 atccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcc 210  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||| || | | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  42122899 atccaaatctaaatttctcttcactccaagagttcttggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttttttgacaagggtaatccacataaccc 42122998  T
Q  211 caagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaata 310  Q
      | ||||||||||| || | ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||  || ||| ||| |    
T  42122999 tgaatttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttatttgaaatatctaagacttcaaga 42123098  T
Q  311 ccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaa 410  Q
      |  || |||| ||| ||||| |||||| ||| ||||||| |||||||| || ||||||||  |||||| ||||||||||| ||| |  ||||| ||||    
T  42123099 aagcccaaattggttagttctgcaggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccaaccattccaagtttgacaagtatccaattgattggggaa 42123198  T
Q  411 taggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgtt 501  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||  |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  42123199 taggaccattgagtctgttatgggaaaggttaagccctatgagtgcatgtagctttccaatagcatttggaatctctccttcaaatttgtt 42123289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 11 - 501
Target Start/End: Original strand, 42117048 - 42117541
Alignment:
Q  11 atcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcttattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttcc 110  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| || ||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  42117048 atcatcacaatccatctaggctttccaattaaaaacataaaatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccatatccaattgccactgctttcc 42117147  T
Q  111 atccaaatccaaatttctcttcactccaaa---ggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||    |||||||| || ||  |||||||| ||||||||| ||||  |||||||||| |||||||| |||||    
T  42117148 atccaaatccaaatttctcttcactgcaaaagctgttgttggctgaaattggagaatgatgttcaggtccacaaatctttgacaacggaaatccacataa 42117247  T
Q  208 tcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactcca 307  Q
     |||||||||||||  || || | ||| | |||||||| ||| ||     |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| |||  |    
T  42117248 acccaagtttcctttgtaggaatcatttggaaatgtatcgaagtgcggctcttgaggtatttttcccactagatggttattggaaagattcaagacttga 42117347  T
Q  308 ataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgag 407  Q
    | |  ||  | |||| ||||||||| ||| || | ||| || || ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||  |    
T  42117348 agaaagtctaaattggttaattctgcagggatcataccggtaagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgacaagtttcccatggatttgg 42117447  T
Q  408 gaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgtt 501  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || || |||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  42117448 gaatatgaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgcatggaggtctccaatagcatttggaatctctccctcaaatttgtt 42117541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 11 - 501
Target Start/End: Original strand, 42128194 - 42128683
Alignment:
Q  11 atcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcttattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttcc 110  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||| | || |||||| || ||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42128194 atcataacaagccatctagacttttcaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccatatccaatcgccactggtttcc 42128293  T
Q  111 atccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttg-ggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatc 209  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||     |||  |  |||  |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  42128294 atccaaatctaaatttctcttcactccaagagttgttgtcaaagaattgtggaa--ttgttcaggtccacaattctttgacaagggaaatccacataacc 42128391  T
Q  210 ccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaat 309  Q
    |||||||||||||||| || | ||| | |||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  || ||| |||     
T  42128392 ccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgcggtccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaagatctaagacttcaag 42128491  T
Q  310 accgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgagga 409  Q
    |     || |||| ||||||||| |||||| ||| ||||||| | |||||| || ||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | |||||  |||    
T  42128492 aaaacccaaattgcttaattctgcaggaatcacatcagtgagcacatttgatgagagatccaaccattccaagtttgtcaagtttcccatggattttgga 42128591  T
Q  410 ataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgtt 501  Q
    ||||| ||  ||||| |||||||||||||||| || ||| | ||||  |||||||| |||| | |||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  42128592 atagggccaatgagtttgttatgggaaaggttgagtcctattagtgcatgaagctcaccaaaatcatttggaatatctccttcaaatttgtt 42128683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 177 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 41714163 - 41713845
Alignment:
Q  177 cacatttctttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccac 276  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || | ||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41714163 cacaattcttggacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccac 41714064  T
Q  277 tagatggttatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgat 376  Q
     |||||||||| |||||||| ||| ||| ||| |  || || |||| |||| | |  ||||||   ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  41714063 aagatggttattagaaagatccaagacttcaagaaagtccaaattggttaactttacaggaatccgaccagtgagcatatttgacgagagatccaatgat 41713964  T
Q  377 tccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacat 476  Q
    |||| ||||  ||||||||| | |||||| |||||  |||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||||||    
T  41713963 tccaagtttatcaagtttcccatggattggggaatgtgaccagtgagtttgttatatgaaaggttaagccctttgagatcatgaagctctccaataacat 41713864  T
Q  477 tcggaatctctccttcaaa 495  Q
      |||||||| || |||||    
T  41713863 ctggaatctccccatcaaa 41713845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 11 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 41714294 - 41714170
Alignment:
Q  11 atcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcttattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttcc 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || || ||||   || | |||| || ||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  41714294 atcatgacaagccatctaggctttccgatcaaaaacatgtaatacccaatgcctattccaatcacaaatccacatccatatccaattgccactgctttcc 41714195  T
Q  111 atccaaatccaaatttctcttcact 135  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  41714194 atccaaatccaaatttctctgcact 41714170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 185 - 501
Target Start/End: Original strand, 41443838 - 41444154
Alignment:
Q  185 tttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggt 284  Q
    |||||||| |||| ||| || |||||  |||||||  |||| || | ||||||||| ||||  ||||| | ||||  || |||| ||||  | |||||||    
T  41443838 tttgacaatggaagtccacacaatccatagtttcccacataggaatcattggaaaaggtatcaaactgctctcctctagctattgctccttcaagatggt 41443937  T
Q  285 tatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtt 384  Q
    | ||||| | |||||| ||| ||| |  ||| | |||| |||| |||| ||||||   ||||||||| |||||||| || ||||||| |||||| |||||    
T  41443938 tttgagagatattcaaaactgcaagatagtttaaattggttaactctgtaggaatcctaccagtgagcatatttgaggagagatccattgattcgatgtt 41444037  T
Q  385 tgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatc 484  Q
    |  ||| ||||| | |||||||||||| | ||| || ||| | || ||||||||||| || ||| ||| ||  |||||||| ||||||||||| |||||     
T  41444038 tatcaaatttccaaaggattgaggaatcgcaccagtaagtttattgtgggaaaggttgagtcctatgattgcatgaagctcaccaataacatttggaatg 41444137  T
Q  485 tctccttcaaaattgtt 501  Q
    ||||||||||| |||||    
T  41444138 tctccttcaaatttgtt 41444154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 11 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 11995175 - 11994681
Alignment:
Q  11 atcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcttattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttcc 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || |||| |||| ||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11995175 atcatcacaagccatctaggctttccaattaaaaacatacaatatccgaggcctattccaatcacaaatccacatccatatccaattgccactggtttcc 11995076  T
Q  111 atccaaatccaaatttctcttcactccaaa---ggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataa 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||    ||||||||||| | | |||||| ||||||||||| | || |||||||||||||||||| | |||||    
T  11995075 atccaaatccaaatttctcttcactcgaaaagctgttgttgggtgaaggtggagaacgttgttcaggtccgcacttctttgacaagggaaattcacataa 11994976  T
Q  208 tcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtat-tgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactcc 306  Q
      ||||||||||| ||||||| | ||| |||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||  |  || ||| |    
T  11994975 ctccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcggaactgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgc 11994876  T
Q  307 aataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattga 406  Q
    || |  |  || |||| |||||| ||  ||||| ||| ||||||| |||||||| || |||||||   |||||| ||||| ||||||||| | |||||      
T  11994875 aagaaagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttg 11994776  T
Q  407 ggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgtt 501  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  11994775 ggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcatcaataacatttggaatctctccttcaaatttgtt 11994681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 11 - 501
Target Start/End: Original strand, 12247755 - 12248248
Alignment:
Q  11 atcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcttattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttcc 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || |||| |||| ||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  12247755 atcatcacaagccatctaggctttccaattaaaaacatacaatatccgaggcctattccaatcacaaatccacatccatatccaattgccaccggtttcc 12247854  T
Q  111 atccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgg---gtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataa 207  Q
    ||||||||||||||||| | || ||||||| | |||||    ||| | |  |||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  12247855 atccaaatccaaatttcgcgtcgctccaaaagctgttgttaagtgaaggttgagaatattgttcaggtccacacttctttgacaagggaaatccacataa 12247954  T
Q  208 tcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactcca 307  Q
      ||||||||||| ||||||| | ||| |||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||  |  || ||| ||    
T  12247955 ctccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgca 12248054  T
Q  308 ataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgag 407  Q
    | |  |  || |||| |||||| ||  ||||| ||| ||||||| |||||||| || |||||||   |||||| ||||| ||||||||| | |||||  |    
T  12248055 agaaagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgg 12248154  T
Q  408 gaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgtt 501  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  12248155 gaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcatcaataacatttggaatctctccttcaaatttgtt 12248248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 10 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 9423507 - 9423291
Alignment:
Q  10 catcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcttattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttc 109  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  9423507 catcatcacaggccatctaggctttccaattaacagcatacaacatccaaggccttttccaagcaccattccacatccatatccaattgccactgatttc 9423408  T
Q  110 catccaaatccaaatttctcttcactccaa---aggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcata 206  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||   |  |||||||||| |   | ||||| | ||| |||| |||||||| || ||||||||||||  ||||    
T  9423407 catccaaatccaaatttctcttcattgcaatataatttgttgggtgaagttgtagaatttcgtttaggtccacatttcatttacaagggaaatc--cata 9423310  T
Q  207 atcccaagtttccttcata 225  Q
    | ||| |||||||||||||    
T  9423309 acccccagtttccttcata 9423291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 32682465 - 32682381
Alignment:
Q  11 atcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcttattccaataaccattccacatccatatccaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  |||||| || ||||||||| || | |||||||||||||||||    
T  32682465 atcatcacaagccatctaggctttccaattaaaaacataaagtatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccatatccaa 32682381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 400 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 32682304 - 32682203
Alignment:
Q  400 ggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccc------tttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttca 493  Q
    |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||      | ||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  32682304 ggattggggaatatgatcggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctctgattctgagtgcatgaagctccccaatagcatttggaatctctccttca 32682205  T
Q  494 aa 495  Q
    ||    
T  32682204 aa 32682203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 180; Significance: 7e-97; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 11 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 25523808 - 25523315
Alignment:
Q  11 atcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcttattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttcc 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| | || |||||| || ||||||||| |  | ||||||||||||||||||  |||| ||| |||    
T  25523808 atcatcacaagccatctaggctttccaactaaaaacatacaatatccaatgcctattccaatcagaaatccacatccatatccaattaccaccggtatcc 25523709  T
Q  111 atccaaatccaaatttctcttcactccaaagg---ttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataa 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||| | | ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  25523708 atccaaatccaaatttctcttcactccaaaagtttttgttgggtgaaggtggagaatgttgttcaagtccacatctctttgacaagggaaatccacataa 25523609  T
Q  208 tcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactcca 307  Q
     ||||||||||||||||| || | ||| | |||||| ||||| || ||||||  ||||||||||||||| | ||||||||  ||||||||||  ||| ||    
T  25523608 ccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtgttgaattgctttcctctaggtatttctcccaccaaatggttattggaaagattcatgacttca 25523509  T
Q  308 ataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgag 407  Q
    | |  ||| | |||| ||||||| | |||||| ||||| || |  |||||    ||||||||||  ||||||| || || ||||||||||| |||||  |    
T  25523508 agaaagtttaaattggttaattccgcaggaatcacaccggttaacatattcagggaaagatccagagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgg 25523409  T
Q  408 gaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgtt 501  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  25523408 gaatatgaccggtaagtctgttgtgggaaaggttaagccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttggaatctctccttcaaatttgtt 25523315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 295 - 501
Target Start/End: Original strand, 24140433 - 24140639
Alignment:
Q  295 attcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagttt 394  Q
    |||||| ||| ||| || ||||| |||| ||||||| |||||||| || || || |  |||||||| ||||||| ||| ||||||| || || ||| |||    
T  24140433 attcaagacttcaagactgttcatattggttaattccgaaggaatcacgccggttaacatatttgatgaaagattcaaagattccaagtatgtcaacttt 24140532  T
Q  395 cctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaa 494  Q
    || | |||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||    
T  24140533 ccgatggattggggaatatgaccagtaagtctgttatgggaaaggttaatccctttgagtgcatgaagctctccgatagcatttggaatctctccttcaa 24140632  T
Q  495 aattgtt 501  Q
    | |||||    
T  24140633 atttgtt 24140639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 11 - 501
Target Start/End: Original strand, 8522422 - 8522912
Alignment:
Q  11 atcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcttattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttcc 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | || |||||| || ||||||||| || | ||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  8522422 atcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggtttcc 8522521  T
Q  111 atccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcc 210  Q
    |||||||| |||| ||||||||||| |||| |||||||| || | | | |||||||||||||||| ||||  | ||||||||||| ||||| |||||  |    
T  8522522 atccaaattcaaacttctcttcactgcaaaagttgttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataaatc 8522621  T
Q  211 caagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaata 310  Q
    ||||||||||||||| || | ||| | |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||  ||||||| ||| ||| ||| |    
T  8522622 caagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaaga 8522721  T
Q  311 ccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaa 410  Q
    | ||| |||||| |||||||  ||||||| ||| | || |  |||||||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||  ||||    
T  8522722 ctgttaagattggttaattccaaaggaatcacatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaa 8522821  T
Q  411 taggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgtt 501  Q
    || |||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||| |||||||  || |||||||| |||||||| |||||    
T  8522822 tatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatctttggaatctcgccttcaaatttgtt 8522912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 177; Significance: 5e-95; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 11 - 501
Target Start/End: Original strand, 11117456 - 11117952
Alignment:
Q  11 atcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcttattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttcc 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | || |||||| |||||||||||| || | ||||||| |||||||||| ||||||| |||||    
T  11117456 atcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcttattccaatcacaaatccacatgcatatccaattgccactgctttcc 11117555  T
Q  111 atccaaatccaaatttctcttcactccaa-ag-----gttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgca 204  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||     |||||||| || | | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  11117556 atccaaatccaaatttctcttcattccaagaggaagagttgttggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttctttgacaagggtaatccaca 11117655  T
Q  205 taatcccaagtttccttcatatgagttattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatact 304  Q
    ||| ||  | ||||||||||| || | ||| | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||  || |||    
T  11117656 taaccctgaatttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaatatctaagact 11117755  T
Q  305 ccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggatt 404  Q
     ||| |  |  || |||| ||||||||| |||||| ||||  || |  |||||||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| ||| |    
T  11117756 tcaagaaagcccaaattggttaattctgcaggaatcacactggttaacatatttgatgaaagatccaaagattccaagtatgccaagtttcctatggagt 11117855  T
Q  405 gaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcggaatctctccttcaaaattgtt 501  Q
      |||||| |||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||| | ||||||||||||||| |||||    
T  11117856 tgggaatatgaccagtaagtctgttacgggaaagattaagccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttgtaatctctccttcaaatttgtt 11117952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University