View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2231_low_7 (Length: 347)

Name: NF2231_low_7
Description: NF2231
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2231_low_7
NF2231_low_7
[»] chr3 (29 HSPs)
chr3 (13-342)||(18017145-18017474)
chr3 (13-342)||(19465476-19465804)
chr3 (13-341)||(19382016-19382344)
chr3 (13-342)||(17943077-17943406)
chr3 (13-342)||(19352515-19352844)
chr3 (13-342)||(19425813-19426142)
chr3 (13-342)||(19394272-19394601)
chr3 (13-342)||(19335135-19335464)
chr3 (13-332)||(19354838-19355157)
chr3 (13-342)||(18166279-18166608)
chr3 (13-342)||(18872426-18872755)
chr3 (13-342)||(17726085-17726414)
chr3 (13-342)||(19027314-19027643)
chr3 (13-336)||(19415307-19415630)
chr3 (13-342)||(19376745-19377071)
chr3 (13-342)||(25464173-25464505)
chr3 (25-336)||(18117103-18117402)
chr3 (31-342)||(19456438-19456748)
chr3 (13-342)||(14894938-14895267)
chr3 (13-145)||(19400852-19400984)
chr3 (13-336)||(19438081-19438392)
chr3 (23-342)||(16678343-16678659)
chr3 (13-342)||(18147953-18148270)
chr3 (25-342)||(19462327-19462632)
chr3 (13-342)||(18109565-18109882)
chr3 (13-342)||(17950958-17951275)
chr3 (249-342)||(19401085-19401178)
chr3 (103-331)||(18104721-18104937)
chr3 (13-73)||(18104469-18104529)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (22-342)||(8460698-8461018)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (23-342)||(13665496-13665817)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (13-342)||(15536656-15536985)
chr4 (13-342)||(2709121-2709450)
[»] scaffold0274 (2 HSPs)
scaffold0274 (13-342)||(21708-22038)
scaffold0274 (13-331)||(2129-2447)
[»] scaffold0271 (1 HSPs)
scaffold0271 (13-331)||(11624-11942)
[»] scaffold0640 (1 HSPs)
scaffold0640 (13-331)||(6529-6844)
[»] scaffold0648 (1 HSPs)
scaffold0648 (13-327)||(2663-2978)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 29)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Original strand, 18017145 - 18017474
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18017145 tctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttgggggtgttgaatttatcttgcaataattttg 18017244  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18017245 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaagtcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggctcctcttaataattgtaccat 18017344  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  18017345 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctaggcatgggagttggctttgca 18017444  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18017445 gcaggtttctgggggatttgtggttctttg 18017474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Original strand, 19465476 - 19465804
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19465476 tctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctct-aaactttttggaggtgttgaatttatcttgcaataattttg 19465574  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  19465575 atggaaaaattccaataggaactcaacttcaaagttttaatgtatcaagttatattgggaatcctaaactatgcggagctcctcttaataattgtaccat 19465674  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  19465675 aacagaagaaaatcctaaaactgcactgccatctacagagaatgaggatgatgaatcgataaaagaatcattgtatctaaggacgggagttggatttgca 19465774  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19465775 gcaggtttctgggggatttgtggttctttg 19465804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 13 - 341
Target Start/End: Original strand, 19382016 - 19382344
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19382016 tctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcaaagcatggctctcttaaactttttggaggtgttgaatttatcttgcaataattttg 19382115  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  19382116 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaagttttaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactatgcggagctcctcttaataattgtaccat 19382215  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  19382216 aacagaagaaaatcctaaaactgcactgccatctacagagaatgaagatgatgaatctataatagagtcgttgtatctaggcatgggagttggatttgga 19382315  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggtccttt 341  Q
    | |||||| ||||||||||||||| ||||    
T  19382316 gtaggtttttgggggatttgtggttcttt 19382344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Original strand, 17943077 - 17943406
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17943077 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaattttttgggggtgttgaatttatcttgcaataattttg 17943176  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||    |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||     
T  17943177 atggaaaaatcccaattggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttacattgggaatcctaaactatgtggagctcctcttaataattgtaccac 17943276  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
     | ||||||||||||||||||||||| ||| || | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| || || ||||| ||||||||||||    
T  17943277 gaaagaagaaaatcctaaaactgcaaagccgtccacagagaatgaagatgatgactctataaaagaatcactgtaccttggcatgggggttggatttgca 17943376  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  17943377 gcaggtttttgggggatttgtggttctttg 17943406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Original strand, 19352515 - 19352844
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | |||||||||| | ||| || ||||||| ||||||||||||      
T  19352515 tctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattccgcagaccatggctcgcctaaactttttagaggttttaaatttatcttgcaataatttca 19352614  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||    |||||||||||||| ||||||||||||| ||| || || | |||||||||||||||||||||    
T  19352615 atggaaaaatcccaactggaacacaacttcaaagttttaatgcatcaagttacattgggaatcctagactatgtggagctcctcttaataattgtaccat 19352714  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
     | ||||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19352715 gaaagaagaaaatcctaagactgcaacgccatcaacagagaatgaaggtgatgactccataaaagaatcattgtatctaggcatgggagttggatttgca 19352814  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19352815 gcaggtttctgggggatttgtggttctttg 19352844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Original strand, 19425813 - 19426142
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| |   | |||||||||| ||||||||||||      
T  19425813 tctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcagagcatgtctgtcttaacctttttgggttttttgaatttatcttgcaataatttaa 19425912  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    | |||||||||||||| ||||| |||||||||||    |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  19425913 acggaaaaatcccaactggaacacaacttcaaagaattaatgcatcgagttacattgggaatcctaaactatgcggagctcctctcaataattgtaccat 19426012  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
     | |||||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19426013 gaaagaagaaaatcctaaaactgcaacaccatctacaaagaatgaagatgatgactctatcaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 19426112  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||    
T  19426113 gtaggtttctgggggatttgtggttctttg 19426142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Original strand, 19394272 - 19394601
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |     |||||| ||| || ||| |||||||    
T  19394272 tctctcgatctttccaataataagttttatggtgaaattcctcaaagcatggctctcttaaactttttgggttatttgaatctatcttacaacaattttg 19394371  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||||||||    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || | ||| |||| ||||||||||      
T  19394372 acggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttatattgggaatcctaaactatgtggagctccacttagtaattgtaccgc 19394471  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
    |  ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19394472 agaagaagaaaatcctaaaactgcaaagccatctacagagaatgaagatgaagactctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 19394571  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||    
T  19394572 gtaggtttctgggggatttgtggttctttg 19394601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Original strand, 19335135 - 19335464
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||| |     |||||||||| || ||| | |||||    
T  19335135 tctctcgatctctctaataataagttttatggtgaaattcctcggagcatgtctgtcttaacctttttgggttatttgaatttatcttacaacagttttg 19335234  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    | |||||||||||||| ||||| |||||||||||    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  19335235 aaggaaaaatcccaactggaacacaacttcaaagttttaatgcatcgagttacattgggaatcctaaactgtgcggagctcctctcaataattgtaccat 19335334  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||| || ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19335335 gaaagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatcaacagataatgaagatgacgactctttaagagaatcattgtatctagggatgagagttggatttgca 19335434  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19335435 gcaggtttctgggggatttgtggttctttg 19335464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 332
Target Start/End: Original strand, 19354838 - 19355157
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| || ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| |     |||||||||| || ||| |||||||    
T  19354838 tctcttgacctctctagtaataagttttatggtgacattcctcagagcatgtctctcttaacctttttaggttatttgaatttatcttacaacaattttg 19354937  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||| | |||||| |||||||||||||     
T  19354938 acggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcaagttacgttggaaatcctaaactatgcggagctcctctcaataattgtaccaa 19355037  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19355038 gaaagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctacaaaaaatgaagatgacgactctatcaaagaatcattgtatctaggcatgggagttggatttgca 19355137  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttg 332  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  19355138 gtaggtttctgggggatttg 19355157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Original strand, 18166279 - 18166608
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| || ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| |     |||||||||| || |||||| ||||    
T  18166279 tctctcgacctctctagtaataagttttatggtgaaattcctcagagcatctctctcttaacctttttaggttatttgaatttatcttacaataactttg 18166378  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    | |||| |||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| |||||||||||| || || | |||||||| |||||||||||     
T  18166379 acggaataatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcaagttatattgagaatcctaaactatgtggagctcctcttagtaattgtaccac 18166478  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
    || |||| ||||| |||||||||||| ||| |||| | ||||||| |||||||| ||||||| |||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  18166479 aaaagaaaaaaattctaaaactgcaacgccgtctacaaagaatgaagatgatgactctataagagaatggttgtacctaggcatgggagttggatttgca 18166578  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||    
T  18166579 gtaggtttctgggggatttgtggttctttg 18166608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 18872755 - 18872426
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| | |     |||||||||| || ||| | |||||    
T  18872755 tctctcgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcagagcatgtctctgttacactttatgggttatttgaatttatcttacaacagttttg 18872656  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    | |||||||| ||||  |||||||||||||||||    |||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||     
T  18872655 aaggaaaaattccaattggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttgcattgggaatcctaaactatgcggagatcctctcaataattgtaccac 18872556  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  18872555 aaaagaagaaaatcctaaaactgcaaagccatctacaaagaatgaagattatgcttctataagagaatcaatgtatcttggcatgggagttggatttgca 18872456  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||    
T  18872455 gtaggtttctgggggatttgtggttctttg 18872426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 17726414 - 17726085
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| || ||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||   ||| ||||||| |     |||||||||| || ||| || ||||    
T  17726414 tctctcgacctctccaacaataatttttctggtgaaattcctcagagcatgtcttcgttacactttttgggttatttgaatttatcttacaacaagtttg 17726315  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||||||| | | || ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  17726314 atggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttatattgggaatcattatctatgcggagctcctcttaataattgtaccat 17726215  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
    |  ||||||||||||||||| | ||| |   |||| | ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17726214 agaagaagaaaatcctaaaaattcaaagttgtctacaaagaatgaagatgatgactctatcaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 17726115  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||    
T  17726114 gtaggtttctgggggatttgtggttctttg 17726085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 19027643 - 19027314
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| || ||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||   ||| ||||||| |     |||||||||| || ||| || ||||    
T  19027643 tctctcgacctctccaacaataatttttctggtgaaattcctcagagcatgtcttcgttacactttttgggttatttgaatttatcttacaacaagtttg 19027544  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||||||| | | || ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  19027543 atggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttatattgggaatcattatctatgcggagctcctcttaataattgtaccat 19027444  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
    |  ||||||||||||||||| | ||| |   |||| | ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19027443 agaagaagaaaatcctaaaaattcaaagttgtctacaaagaatgaagatgatgactctatcaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 19027344  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||    
T  19027343 gtaggtttctgggggatttgtggttctttg 19027314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 336
Target Start/End: Original strand, 19415307 - 19415630
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| |     || ||||||| || ||| | |||||    
T  19415307 tctctagacctctcaaataataagttctacggtgaaattcctcagagcatgtctttcttaacctttttggattatttaaatttatcttacaacagttttg 19415406  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||||||||    || ||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  19415407 acggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaacgcatcaagttacaacgggaatcctaaactatgcggagctcctcttaataattgtaccat 19415506  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
     | |||||||||||||| |||||||| |||||| | | ||||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  19415507 caaagaagaaaatcctacaactgcaacgccatcaacaaagaatgaagattatgattctatgaaagattcattgtatctaggaatgggagtgggatttgca 19415606  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggt 336  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
T  19415607 gtaggtttctgggggatttgtggt 19415630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Original strand, 19376745 - 19377071
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| |     |||||| ||| || ||| |||||||    
T  19376745 tctcttgacctctctagtaataagttttatggtgaaattcctcagaccatgtctatcttaacctttttgggttatttgaatctatcttacaacaattttg 19376844  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||    |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||      
T  19376845 atggaaaaattccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttacattgggaatcctaaactatgcggagctcctcttaataattgtacc-- 19376942  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
      |||||||| |  |||||| |||||  | ||||| |  ||||||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19376943 -gcagaagaagaatctaaaaatgcaacacaatctacaaggaatgaggatagtgaatccataagagaatcattgtatctaggcatgggagttggatttgca 19377041  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    | |||||||||||||||||| ||| |||||    
T  19377042 gtaggtttctgggggatttgcggttctttg 19377071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Original strand, 25464173 - 25464505
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgtt-gaatttatgttgcaataatttt 111  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||| ||| ||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| | | | || |||||||| || ||| ||||||    
T  25464173 tctctcgatctttctaataacaagctttgtggtggaattcctcaaagcctggttctcttaaacttttt-gagttatttgaatttatcttacaacaatttt 25464271  T
Q  112 gatggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtacca 211  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    |||||||| || || ||||| ||||| ||| | |||||   |||||||||  | |||||||    
T  25464272 gatggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcggacttcctcttaaagagtgtacca 25464371  T
Q  212 taacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggat---gatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatt 308  Q
     || ||||||||||||||||| |||||  || |||  | ||| ||| |||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  25464372 caaaagaagaaaatcctaaaaatgcaacaccgtctgcaaagagtgaagataacgatgactctataaaagaatcattgtatctaggcttgggagttggatt 25464471  T
Q  309 tgcagcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||| |||||    
T  25464472 tgcaataggtttctgggggatttgtggttctttg 25464505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 25 - 336
Target Start/End: Original strand, 18117103 - 18117402
Alignment:
Q  25 tctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggt-gttgaatttatgttgcaataattttgatggaaaaatc 123  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | |  ||||||||||  | |||||||||||| |||||||||    
T  18117103 tctaataataagctttgtggtgaaattcctcagagcatgtctctctt-aacttttttgggttatttgaatttatcatacaataattttgacggaaaaatc 18117201  T
Q  124 ccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccataacagaagaaa 223  Q
    |||| || ||| |||||||||||    ||||||||||| || ||||| ||||| ||| | ||||| | |||||||||||| |||||||    ||||||||    
T  18117202 ccaatagcaacgcaacttcaaagttttaatgcatcaagctacattggcaatccaaaattatgcggcgctcctcttaataactgtaccacggaagaagaaa 18117301  T
Q  224 atcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagcaggtttctg 323  Q
    |||||  ||             || ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  18117302 atcctggaa------------atacagagaatgaagatgatgaatctataagagagtcattgtatctaggcatgggagtgggatttgcagtaggtttctg 18117389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 31 - 342
Target Start/End: Original strand, 19456438 - 19456748
Alignment:
Q  31 aataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttgatggaaaaatcccaacag 130  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |     ||||||||||  | ||||||||||||  |||||||||| | ||    
T  19456438 aataagttttgtggtgaaattccacagagcatgtctctcttaacctttttgggttatttgaatttatcatacaataattttgacagaaaaatcccgatag 19456537  T
Q  131 gaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccataacagaagaaaatcctaa 230  Q
     ||| |||||||||||    || ||||| || || ||||| ||||| ||| | ||||| | ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||    
T  19456538 caacgcaacttcaaagttttaacgcatcgagctacattggaaatccaaaattatgcggagctcctcttaataattgtaccaaggaagaagaaaatcctaa 19456637  T
Q  231 aactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagcaggtttctgggggatt 330  Q
     |||||||  ||||| | ||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||| ||| ||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19456638 gactgcaac-ccatccacagagattgaagatgatgactctataagagaatcaatgtttctcggcttgggagttggatttgcagtaggtttctgggggatt 19456736  T
Q  331 tgtggtcctttg 342  Q
    |||||| |||||    
T  19456737 tgtggttctttg 19456748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 14895267 - 14894938
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgtt-gaatttatgttgcaataatttt 111  Q
    ||||| || ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| | |||||| | | || |||||||| || ||| ||||||    
T  14895267 tctcttgacctctctagtaataagttttatggtgaaattccgcagagcatgtctctcttaa-catttttgggttatttgaatttatcttacaacaatttt 14895169  T
Q  112 gatggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtacca 211  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||||||    |||| ||| || || ||||| ||||||||||| ||||| | |||| | |  ||||||||||    
T  14895168 gacggaaaaattccaacaggaactcaacttcaaagttttaatgaatcgagctacattggaaatcctaaactatgcggagctcctgtaaccaattgtacca 14895069  T
Q  212 taacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgc 311  Q
     |  ||||||||||||||| |||| || ||| | || | ||| ||| || || || ||||||| ||||||| ||||||| || |||||| ||||||||||    
T  14895068 cagaagaagaaaatcctaacactgaaaagccttttacacagattgaagacgaggactctataagagaatcaatgtatcttggcatgggaattggatttgc 14894969  T
Q  312 agcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    || |||||| |||||||||| |||| |||||    
T  14894968 agtaggtttttgggggatttctggttctttg 14894938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 13 - 145
Target Start/End: Original strand, 19400852 - 19400984
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  19400852 tctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttg 19400951  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaa 145  Q
    | |||| |||||||| |||| ||||| ||||||    
T  19400952 acggaacaatcccaataggatctcaaattcaaa 19400984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 336
Target Start/End: Original strand, 19438081 - 19438392
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| |     ||||||||||  |  ||||||||||    
T  19438081 tctctcgatctatctaataacaagttttttggtgaaattcctcaaggcatgtctctcttaacctttttggattatttgaatttatcatataataattttg 19438180  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    | |||| |||||| |  ||||| |||||||||||    |||||||| || || ||||| ||||||||| | || || | ||||||||||||||||||||     
T  19438181 acggaagaatcccgatcggaacgcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatcctaaattatgtggagttcctcttaataattgtaccac 19438280  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
       ||||||||||||||||| ||||            |||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19438281 ggaagaagaaaatcctaaaaatgca------------gagaatgaagatgatgaatctataagagagtcgttgtatctaggcatgggagttggatttgca 19438368  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggt 336  Q
    | |||||| |||||||||||||||    
T  19438369 gtaggtttttgggggatttgtggt 19438392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 23 - 342
Target Start/End: Original strand, 16678343 - 16678659
Alignment:
Q  23 tctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttgatggaaaaat 122  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   | |||||||||||||||| |     |||||||| | |||||| |||||||| ||||||||    
T  16678343 tctctaataataagttttctggtgaaattcctcagagtgcgtctctcttaaactttttgggttatttgaatttgtcttgcaacaattttgacggaaaaat 16678442  T
Q  123 cccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccataacagaagaa 222  Q
    ||| | ||||||||||||||||||    |||||||| || || ||||| ||||| ||| | ||||| | |||||| || || ||||||| ||   |||||    
T  16678443 cccgataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcggagctcctctcaaaaactgtaccacaa---aagaa 16678539  T
Q  223 aatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagcaggtttct 322  Q
    ||||||||||   |||  ||||||| ||| | ||| ||| ||||  || ||||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| | ||||||||    
T  16678540 aatcctaaaaacacaacaccatctacagaaagtgaagataatgatactctaaaagaatcattgtatctgggcttgggagttggttttgcggtaggtttct 16678639  T
Q  323 gggggatttgtggtcctttg 342  Q
    |||| ||||||||| |||||    
T  16678640 ggggtatttgtggttctttg 16678659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Original strand, 18147953 - 18148270
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgtt-gaatttatgttgcaataatttt 111  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| | | | || ||||||||  |  |||||||||    
T  18147953 tctctcgacctctctaataacaagttttttggtgaaattcctcagggcatgtctctcttaaccttttt-gagttatttgaatttatcatataataatttt 18148051  T
Q  112 gatggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtacca 211  Q
    || |||| |||||| |  ||||| |||||||||||    |||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  18148052 gacggaagaatcccgatcggaacacaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatcctaaactatgcggagctccccttaataattgtacca 18148151  T
Q  212 taacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgc 311  Q
        |||||||||||||  || ||||            |||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  18148152 cggaagaagaaaatcctggaaatgca------------gagaatgaagatgatgaatctataagagagtcgttgtatttaggcatgggagtgggatttgc 18148239  T
Q  312 agcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||    
T  18148240 agtaggtttctgggggatttgtggttctttg 18148270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 25 - 342
Target Start/End: Original strand, 19462327 - 19462632
Alignment:
Q  25 tctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggt-gttgaatttatgttgcaataattttgatggaaaaatc 123  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| | |  ||||||||||  | |||||||||||| |||||||||    
T  19462327 tctaataataagctttgtggtgaaattcctcggagcatgtctctctt-aacttttttgggttatttgaatttatcatacaataattttgacggaaaaatc 19462425  T
Q  124 ccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccataacagaagaaa 223  Q
    |||| || ||| |||||||||||    ||||||||||| || ||||| ||||| ||| | ||||| | |||||||||||| |||||||    ||||||||    
T  19462426 ccaatagcaacgcaacttcaaagttttaatgcatcaagctacattggcaatccaaaattatgcggtgctcctcttaataactgtaccacggaagaagaaa 19462525  T
Q  224 atcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagcaggtttctg 323  Q
    |||||  ||             || ||||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  19462526 atcctggaa------------atacagagaatgaagatgatgaatctataagagagtcgttgtatttaggcatgggagtgggatttgcagtaggtttctg 19462613  T
Q  324 ggggatttgtggtcctttg 342  Q
    ||| ||||||||| |||||    
T  19462614 gggcatttgtggttctttg 19462632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Original strand, 18109565 - 18109882
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||| | |||||| |     ||||||||||  |  ||||||||||    
T  18109565 tctctcgacctctctaataacaagttttttggtgaaattccccagggtatgtctctcttgacctttttgggttatttgaatttatcatataataattttg 18109664  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    ||||||||||||||   || || |||||||||||    |||||||| || || ||||| ||||| ||| | || ||   ||||||||||||||||||||     
T  18109665 atggaaaaatcccagtcggtacacaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgtggatctcctcttaataattgtaccac 18109764  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
       |||||||||| |||||| | |             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||    
T  18109765 ggaagaagaaaattctaaaattact------------gagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtaccttggtatgggagtgggatttgca 18109852  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||    
T  18109853 gtaggtttctgggggatttgtggttctttg 18109882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Original strand, 17950958 - 17951275
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgtt-gaatttatgttgcaataatttt 111  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||| | |||||| | | | || ||||||||  |  |||||||||    
T  17950958 tctctcgacctctctaataacaagttttttggtgaaattcctcatggtatgtctctcttgaccttttt-gagttatttgaatttatcatataataatttt 17951056  T
Q  112 gatggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtacca 211  Q
    ||||||||||||||    || || |||||||||||    |||||||| || || ||||| |||| |||| | || ||   |||||||||||||||| |||    
T  17951057 gatggaaaaatcccggtcggtacacaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatcttaaattatgtggatctcctcttaataattgttcca 17951156  T
Q  212 taacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgc 311  Q
        ||||||||||||||||| ||||            ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||    
T  17951157 cggaagaagaaaatcctaaaaatgca------------gagaatgaggatgatgaatctctaaaagaatcattgtaccttggtatgggagtgggatttgc 17951244  T
Q  312 agcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||    
T  17951245 agtaggtttctgggggatttgtggttctttg 17951275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 249 - 342
Target Start/End: Original strand, 19401085 - 19401178
Alignment:
Q  249 agagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  19401085 agagaatgaagatgacgaatctataaaagaatcgttgtaccttggcatgggagtgggatttgcagtaggtttctgggggatttgtggttctttg 19401178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 103 - 331
Target Start/End: Original strand, 18104721 - 18104937
Alignment:
Q  103 aataattttgatggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaata 202  Q
    ||||||||||| |||| |||||| || ||||| |||||||||||    ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  18104721 aataattttgacggaagaatcccgaccggaacacaacttcaaagttttaatgcatcaagctacattggcaatcctaaactatgcggagctcctcttaata 18104820  T
Q  203 attgtaccataacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagt 302  Q
    | |||||||  | |||||||||||||  || |||            |||||||||  ||||||||||||||| ||| || |||||| |||| ||||||||    
T  18104821 actgtaccaggaaagaagaaaatcctggaaatgc------------agagaatgaaaatgatgaatctataagagagtcgttgtatttaggcatgggagt 18104908  T
Q  303 tggatttgcagcaggtttctgggggattt 331  Q
     |||||||||| ||| |||| ||||||||    
T  18104909 gggatttgcagtaggattcttggggattt 18104937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 13 - 73
Target Start/End: Original strand, 18104469 - 18104529
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaa 73  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  18104469 tctctcgacctctctaataacaagttttttggtgaaattcctcaggacatgactctcttaa 18104529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 22 - 342
Target Start/End: Original strand, 8460698 - 8461018
Alignment:
Q  22 ctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttgatggaaaaa 121  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  8460698 ctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaaaaa 8460797  T
Q  122 tcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccataacagaaga 221  Q
    ||||||  |||||||||||||||||    |||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||  | ||||||    
T  8460798 tcccaattggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggaaatcctaaactgtgcggagctcctcttagtagttgtaccacgaaagaaga 8460897  T
Q  222 aaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagcaggtttc 321  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||     
T  8460898 aaatcctaaaactgcaatgccgtctacagagaatgaagatgatgactctataagagaatcattgtatcttggcatgggagttggatttgcagtgggtttt 8460997  T
Q  322 tgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  8460998 tgggggatttgtggttctttg 8461018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 143; Significance: 4e-75; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 23 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 13665817 - 13665496
Alignment:
Q  23 tctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtg--ttgaatttatgttgcaataattttgatggaaaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||| |       |||||||||| |  ||| |||||||| ||||||    
T  13665817 tctctaataataagttttttggtgaaattcctcggagcatgtctatcttaacctttttggaatatatttgaatttatctcacaacaattttgacggaaaa 13665718  T
Q  121 atcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccataacagaag 220  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||| | |||||    
T  13665717 atccctataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgtggagctcctcttaataattgtaccatgaaagaag 13665618  T
Q  221 aaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagcaggttt 320  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||||| | ||||||| ||||| || |||||||||||||||||| | || || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  13665617 aaaatcctagaactgcaacaccatctacaaagaatgaagatgacgactctataaaagaatcattgaaccttggcatgggggttggatttgcagcaggttt 13665518  T
Q  321 ctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    ||||||||| |||||| |||||    
T  13665517 ctgggggatatgtggttctttg 13665496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Original strand, 15536656 - 15536985
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||  | |||||| |||||| |     |||||||||| ||||||||||||      
T  15536656 tctctcgatctctctaataataagttttatggtgaaattcctcaaaacatgtttgtcttaacctttttgggttatttgaatttatcttgcaataatttca 15536755  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    |||||||||||||||  ||||| |||||||||||    |||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| || | |||||| |||||||||||||     
T  15536756 atggaaaaatcccaattggaacacaacttcaaagttttaatgcatcgagttacattgagaatcctaaactgtgtggagctcctctcaataattgtaccaa 15536855  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
     | |||||||||||| ||||| ||||  ||||| | ||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15536856 gaaagaagaaaatcccaaaaccgcaacaccatccacagagaatgaagatgatgactctaacaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcg 15536955  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||    
T  15536956 gtaggtttctgggggatttgtggttctttg 15536985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 2709450 - 2709121
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || ||| | ||| || ||||||| |||||||||||||     
T  2709450 tctctcgatctctctaacaataaattttttggtgaaattcctcagagcatggctatcataacctatttagaggttttaaatttatcttgcaataatttta 2709351  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||    ||||| || || || |||||||| ||  || | ||||| | ||||||||| || |||||       
T  2709350 atggaaaaatcccaatagggactcaacttcagagttttaatgcttcgagctacattgggaacccacaattatgcggagctcctcttaaaaactgtactgc 2709251  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
    |  ||||||||||| |||||  ||||||||||||| ||  || || || || |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2709250 agaagaagaaaatcataaaaaggcaatgccatctagaggaaaagaagacgacgaatctataagagaatcattgtatctaggcatgggagttggatttgca 2709151  T
Q  313 gcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||    
T  2709150 gtaggtttttgggggatttgtggtcctttg 2709121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 2)
Name: scaffold0274
Description:

Target: scaffold0274; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 342
Target Start/End: Original strand, 21708 - 22038
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |     ||||| |||| |||||| ||||||     
T  21708 tctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcggagcatgtctcacttaaactttttgggttatttgaacttatcttgcaacaatttta 21807  T
Q  113 atggaaaaatcccaacagga-actcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtacca 211  Q
    | ||||  || ||||  ||  ||||||||||||||    |||||||| || |||||||  |||||  || | |||||   ||||||||| || | |||||    
T  21808 acggaactataccaaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctatattgccaatccagaattatgcggaactcctcttaaaaactatacca 21907  T
Q  212 taacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgc 311  Q
     |  ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||| |||  |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  21908 cagaagaagaaaatcctaaaactgcaaagccatatacagagaatgaagatgatgactctgcaaaagagtcattgtatcttggcatgggggttggatttgc 22007  T
Q  312 agcaggtttctgggggatttgtggtcctttg 342  Q
    ||  |||||||||||||||| |||| |||||    
T  22008 agttggtttctgggggatttttggttctttg 22038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 13 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 2447 - 2129
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgtt-gaatttatgttgcaataatttt 111  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| || |   | || ||| |||| |||||| ||||||    
T  2447 tctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcggagcatgtctcacttaaacttcttgggtttatttgaacttatcttgcaacaatttt 2348  T
Q  112 gatggaaaaatcccaacagga-actcaacttcaaaggcgc-aatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtac 209  Q
     | ||||  || ||||  ||  ||||||||||||||     |||||||| || |||||||  |||||  || | |||||   ||||||||| || |||||    
T  2347 aacggaactataccaaatggggactcaacttcaaagtttttaatgcatcgagctatattgccaatccagaattatgcggaactcctcttaaaaactgtac 2248  T
Q  210 cataacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggattt 309  Q
    ||   ||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||| |||||||| |||  |||||| ||||||||||| || |||||  ||||||||    
T  2247 ca---cagaagaaaatcctataactgcaaagccatatacagagaatgaagatgatgactctgcaaaagagtcattgtatcttggcatggggattggattt 2151  T
Q  310 gcagcaggtttctgggggattt 331  Q
    ||||  ||||||||||||||||    
T  2150 gcagttggtttctgggggattt 2129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0271 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0271
Description:

Target: scaffold0271; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 331
Target Start/End: Original strand, 11624 - 11942
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || |     ||||| |||| |||||| ||||||     
T  11624 tctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcagagcatgtctcacttaaacttcttgggttatttgaacttatcttgcaacaatttta 11723  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    | ||||  || ||||  || ||||||||||||||    |||||||| || |||||||  |||||  || | ||| |   ||||||||| |  |||||||     
T  11724 acggaactataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctatattgccaatccagaattatgcagaactcctcttaaaagctgtaccac 11823  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||| |||  |||||| ||||||||||| || |||||  |||||||||||    
T  11824 aaaagaagaaaatcctaaaactgcaaagccatatacagagaatgaagatgatgactctgcaaaagagtcattgtatcttggcatggggattggatttgca 11923  T
Q  313 gcaggtttctgggggattt 331  Q
    |  ||||||||||||||||    
T  11924 gttggtttctgggggattt 11942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0640 (Bit Score: 89; Significance: 7e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0640
Description:

Target: scaffold0640; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 13 - 331
Target Start/End: Original strand, 6529 - 6844
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || |     ||||| |||| |||||| ||||||     
T  6529 tctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcagagcatgtctcacttaaacttcttgggttatttgaacttatcttgcaacaatttta 6628  T
Q  113 atggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtaccat 212  Q
    | ||||  || ||||  || ||||||||||||||    |||||||| || |||||||  |||||  || | |||||   ||||||||| || |||||||     
T  6629 acggaactataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctatattgccaatccagaattatgcggaactcctcttaaaaactgtacca- 6727  T
Q  213 aacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgca 312  Q
      ||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||| |||||||| |||  |||||| ||||||||||| || |||||  |||||||||||    
T  6728 --cagaagaaaatcctataactgcaaagccatatacagagaatgaagatgatgactctgcaaaagagtcattgtatcttggcatggggattggatttgca 6825  T
Q  313 gcaggtttctgggggattt 331  Q
    |  ||||||||||||||||    
T  6826 gttggtttctgggggattt 6844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0648 (Bit Score: 84; Significance: 7e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0648
Description:

Target: scaffold0648; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 13 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 2978 - 2663
Alignment:
Q  13 tctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaacttttttgcggtgttgaatttatgttgcaataattttg 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |     ||||| |||| |||||| ||||||     
T  2978 tctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcggagcatgtctcacttaaactttttgggttatttgaacttatcttgcaacaatttta 2879  T
Q  113 atggaaaaatcccaacagga-actcaacttcaaaggcgcaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggatcctcttaataattgtacca 211  Q
    | ||||  || ||||  ||  ||||||||||||||    |||||||| || |||||||  |||||  || | |||||   ||||||||| || | |||||    
T  2878 acggaactataccaaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctatattgccaatccagaattatgcggaactcctcttaaaaactatacca 2779  T
Q  212 taacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctatagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgc 311  Q
     |  ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||| |||  |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  2778 cagaagaagaaaatcctaaaactgcaaagccatatacagagaatgaagatgatgactctgcaaaagagtcattgtatcttggcatgggggttggatttgc 2679  T
Q  312 agcaggtttctggggg 327  Q
    ||  ||||||||||||    
T  2678 agttggtttctggggg 2663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University