View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2233_low_3 (Length: 440)

Name: NF2233_low_3
Description: NF2233
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2233_low_3
NF2233_low_3
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (1-423)||(22805466-22805888)
chr7 (3-423)||(22889449-22889868)
chr7 (20-423)||(22815184-22815588)
chr7 (1-423)||(22809801-22810226)
chr7 (3-423)||(22876073-22876492)
chr7 (1-423)||(22840209-22840637)
chr7 (9-423)||(22898420-22898836)
chr7 (1-423)||(22831188-22831610)
chr7 (3-423)||(22894101-22894520)
chr7 (1-423)||(22842309-22842752)
chr7 (74-423)||(22880721-22881076)
chr7 (1-322)||(22858677-22858998)
chr7 (236-421)||(22885751-22885934)
chr7 (124-419)||(22913829-22914124)
chr7 (2-137)||(22873589-22873723)
chr7 (18-87)||(22885988-22886057)
chr7 (22-58)||(22881079-22881115)
chr7 (138-170)||(22885937-22885969)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-423)||(21150135-21150557)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22805888 - 22805466
Alignment:
Q  1 ttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgtta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22805888 ttataaataataaacaccgaacagaactacacaagcattattcattctcaaactataatcatgttcctcaaacttgtgtttatgttgttttttcatgtta 22805789  T
Q  101 cattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttact 200  Q
    |||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  22805788 cattagtagcaagtgaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggttttgctgagttaacctcagatggcatact 22805689  T
Q  201 aagactcaccaatgaaatagaaagagccaaaggacatgctttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtcttctttctca 300  Q
    ||||||||||||||| | ||||  ||  | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22805688 aagactcaccaatgatacagaacaagtaataggtcatgctttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctca 22805589  T
Q  301 actacttttgtatttgccataatacctcaatatccaactcttggtggccatggaattgtttttgttatttctccaacaaaagggctaccagattcactac 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22805588 actacttttgtatttgccataatacctcaatatccaccttttactggccatggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggctaccaaattcactac 22805489  T
Q  401 caggtcaataccttggtctcttt 423  Q
    ||  |||||||||||||||||||    
T  22805488 caaatcaataccttggtctcttt 22805466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 3 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22889868 - 22889449
Alignment:
Q  3 ataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttaca 102  Q
    |||||||| |||||  |||| |||||  | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || || |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  22889868 ataaataagaaacaatgaaccgaactgtataagcattatt-attcacaacctataatcatgttcctcagacatgtgttcatgttgttttttcatgttaca 22889770  T
Q  103 ttggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaa 202  Q
    ||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  22889769 ttggttgcaagtgaagacaacagtttcatatataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaactacaaatggcttactaa 22889670  T
Q  203 gactcaccaatgaaatagaaagagccaaaggacatgctttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtcttctttctcaac 302  Q
     |||||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  22889669 aactcaccaatgatacagaaagagacaaaggacatggtttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttccagtgaaagcgtgtcttctttctcaac 22889570  T
Q  303 tacttttgtatttgccataatacctcaatatccaactcttggtggccatggaattgtttttgttatttctccaacaaaagggctaccagattcactacca 402  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22889569 tacttttttatttgccataatacctcaatatgcaaatattggtggccatggaattgtttttgttatttctccaacaaaagggctaccagattcactacca 22889470  T
Q  403 ggtcaataccttggtctcttt 423  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  22889469 agtcaataccttggtctcttt 22889449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 20 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22815588 - 22815184
Alignment:
Q  20 aacagaactacagaagcattattcattcacaaacta-taatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaag 118  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||    
T  22815588 aacagaactacagaagcattgttcattcacaaactaataatcatgttcctcaaacatgtgttcatgttgttttttctcgttacattggtagcaagtgtag 22815489  T
Q  119 ataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaagactcaccaatgaaat 218  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |     
T  22815488 acaacagtttcatatataatggattccaatcatcacatttaaatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaatgatac 22815389  T
Q  219 agaaagagccaaaggacatgctttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgcc 318  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  22815388 agaaagagccaaaggatatgctttctatccaaatcctatagttttcaaaaacacttccaatgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtgtttgca 22815289  T
Q  319 ataatacctcaatatccaactcttggtggccatggaattgtttttgttatttctccaacaaaagggctaccagattcactaccaggtcaataccttggtc 418  Q
    |||| ||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  22815288 ataagacctcaatatccaccttttagtggccaaggaattgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaagtcaataccttggtc 22815189  T
Q  419 tcttt 423  Q
    |||||    
T  22815188 tcttt 22815184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22810226 - 22809801
Alignment:
Q  1 ttataaataataaacaccgaacag---aactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttg 97  Q
    ||||||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22810226 ttataaataataaacattgaacagcagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttcctcaagcttgtgtttatgttgttttttcttg 22810127  T
Q  98 ttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggctt 197  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  22810126 ttacattagtagcaagtaaagataacagtttcatctataatggtttccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaaccccagatggctt 22810027  T
Q  198 actaagactcaccaatgaaatagaaagagccaaaggacatgctttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtcttctttc 297  Q
    |||||||||||||||||| | ||||   |  ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||    
T  22810026 actaagactcaccaatgatacagaacatgaaaaaggacatgctttctatccaaatcctgtagttttcaaaaacactatcagtgaaagtgtatcttctttc 22809927  T
Q  298 tcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccaactcttggtggccatggaattgtttttgttatttctccaacaaaagggctaccagattcac 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||| ||| |||||     
T  22809926 tcaactacttttgtatttgccataagacctcaatatccaactcttagttcccatggaattgtatttgttgtttcacctacaaaagggctgccaaattcaa 22809827  T
Q  398 taccaggtcaataccttggtctcttt 423  Q
     | || ||||||| ||||||||||||    
T  22809826 aagcaagtcaatatcttggtctcttt 22809801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 3 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22876492 - 22876073
Alignment:
Q  3 ataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttaca 102  Q
    ||||||||||||||   ||||||||| || |||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||  |||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  22876492 ataaataataaacaatcaacagaactgcataagcattatt-atccacaaactataatcatgttcttcaggcttgtgttcatgttgttttatcttgttaca 22876394  T
Q  103 ttggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaa 202  Q
    ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22876393 ttggtagcaagtgaagaaaacagtttcatctataatggattccaatcatcaaatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaa 22876294  T
Q  203 gactcaccaatgaaatagaaagagccaaaggacatgctttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtcttctttctcaac 302  Q
     |||||||||||| | ||||   |  |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||    
T  22876293 aactcaccaatgatacagaatatgaaaaaggacatggtttctatccaaatcctatagttttcaaaaacacttccaatggaagtgtgtcttctttctcaac 22876194  T
Q  303 tacttttgtatttgccataatacctcaatatccaactcttggtggccatggaattgtttttgttatttctccaacaaaagggctaccagattcactacca 402  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||    
T  22876193 tacttttgtatttgccataagacctcaatatccaactattagtggtgatggaattgtttttgttgtttctcctacaaaagggctaccaaactcactacca 22876094  T
Q  403 ggtcaataccttggtctcttt 423  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  22876093 cgtcaataccttggtctcttt 22876073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22840637 - 22840209
Alignment:
Q  1 ttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgtta 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  22840637 ttataaataataaacaccaaacagaactacagaagcatcatttattcacaaactataatcatgttcatcaaacttgtgttcatgttgttttttcatgtta 22840538  T
Q  101 cattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataa------tggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatgg 194  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| |||    
T  22840537 cattggtagcaagtatagacaacagtttcatctataaatataatggattccaatcatcaaatttatatcttgatggtaccgctgagttagcctcaactgg 22840438  T
Q  195 cttactaagactcaccaatgaaatagaaagagccaaaggacatgctttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtcttct 294  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||  ||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||| ||||||    
T  22840437 cttactaagactcaccaatgatacaaaacaagaaaaaggacaagctttctatccaaatcctatagttttcaaaaacacttccagcggaagtgtttcttct 22840338  T
Q  295 ttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccaactcttggtggccatggaattgtttttgttatttctccaacaaaagggctaccagatt 394  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| | ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  22840337 ttctcaactacttttgtattttccataaaatcttcatatccaactcttagtggccatggaattgttttcgttatttctcctacaaaagggctaccaaatt 22840238  T
Q  395 cactaccaggtcaataccttggtctcttt 423  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22840237 cactaccaagtcaataccttggtctcttt 22840209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 9 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22898836 - 22898420
Alignment:
Q  9 aataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaacta---taatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattg 105  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   |||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  22898836 aataaacactaaacagaactacagaatcattatt-attcacaaactactataatcatgttcctcaagcttgcgttcatgttgttttttcatgttacattg 22898738  T
Q  106 gtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaagac 205  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||    
T  22898737 gtagcaagtaaagataacagtttcatctataatggtttccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctaatttaacctccaatggcttacttagac 22898638  T
Q  206 tcaccaatgaaatagaaagagccaaaggacatgctttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtcttctttctcaactac 305  Q
    |||||||||| |   |   ||  |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || |||||| |||||||||||||||||    
T  22898637 tcaccaatgataccaagcaagaaaaagcacatgctttctatccaaatcctatagttttcaagaacacttctaatggaagtgtttcttctttctcaactac 22898538  T
Q  306 ttttgtatttgccataatacctcaatatccaactcttggtggccatggaattgtttttgttatttctccaacaaaagggctaccagattcactaccaggt 405  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||    
T  22898537 ttttgtgtttgccataagacctcaatatccaactcttagtggccatggaattgtttttgttgtctctcctacaaaagggctaccaaattcactacaaagt 22898438  T
Q  406 caataccttggtctcttt 423  Q
    ||||||||||||||||||    
T  22898437 caataccttggtctcttt 22898420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22831610 - 22831188
Alignment:
Q  1 ttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgtta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831610 ttataaataataaacaccgaacagaactacacaagcattattcattcacaaactataatcatgttcctcaagcttgtgtttatgttgttttttcttgtta 22831511  T
Q  101 cattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttact 200  Q
    |||| || |||||| |||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  22831510 catttgtagcaagtgaagacagcagtttcatctataatggtttccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttact 22831411  T
Q  201 aagactcaccaatgaaatagaaagagccaaaggacatgctttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtcttctttctca 300  Q
    ||||||||||||||| |  |    ||  | || | ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| | || ||||||||| |||||||||    
T  22831410 aagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttcgaatgcaagtgtgtcatctttctca 22831311  T
Q  301 actacttttgtatttgccataatacctcaatatccaactcttggtggccatggaattgtttttgttatttctccaacaaaagggctaccagattcactac 400  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |    |||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  22831310 actacttttgtatttaccataaaatccatgtatccatctattagtggccatggaattgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactac 22831211  T
Q  401 caggtcaataccttggtctcttt 423  Q
    ||  ||||||| |||||||||||    
T  22831210 caaatcaatactttggtctcttt 22831188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 3 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22894520 - 22894101
Alignment:
Q  3 ataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttaca 102  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22894520 ataaataataaacactgaacagaactgtataagcattatt-attcacaaactataatcatgttcctcaggcttgtgtttatgttgttttttcttgttaca 22894422  T
Q  103 ttggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaa 202  Q
    |||||  ||||| |||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  22894421 ttggtaccaagtgaagacaaaagtttcatctataatgatttccaatcatctcatttgtatcttgatggtattgctaatttaacctccaatggcttactaa 22894322  T
Q  203 gactcaccaatgaaatagaaagagccaaaggacatgctttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtcttctttctcaac 302  Q
    ||||||||||||| |   ||  ||  |||| |||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||| | || |||||| ||||| ||||||||    
T  22894321 gactcaccaatgacaccaaacaagaaaaagcacatgctttctatccaaaccctatagttttgaagaacacttccaatggaagtgtttcttcattctcaac 22894222  T
Q  303 tacttttgtatttgccataatacctcaatatccaactcttggtggccatggaattgtttttgttatttctccaacaaaagggctaccagattcactacca 402  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||  |||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |    
T  22894221 tacttttgtatttgccataagacatcaaggtccaacttatagtggccatggaattgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactccaa 22894122  T
Q  403 ggtcaataccttggtctcttt 423  Q
    |||  ||||||||||||||||    
T  22894121 ggttcataccttggtctcttt 22894101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22842752 - 22842309
Alignment:
Q  1 ttataaataataaacaccgaacag---aactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttg 97  Q
    ||||||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22842752 ttataaataataaacattgaacagcagaactacagaagcattgttcattcacaaacaataatcatgttcctcaagcttgtgtttatgttgttttttcttg 22842653  T
Q  98 ttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataat------ggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaa 191  Q
    |||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||      |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||      
T  22842652 ttacattggtagcaagtgaagacaacagtttcatctataataatagaggattccaatcatttcatttgtatcttgatggtattgctgagttaacctcagg 22842553  T
Q  192 tggcttactaagactcaccaatgaaatagaaagagccaaaggacatgctttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtct 291  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | | ||  |  |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22842552 tggcttaccaagactcaccaatgatacaaaacaatacaaaggtcatgctttatatccaaaaccaatagttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtct 22842453  T
Q  292 tctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatcc------aactcttggtggccatggaattgttt--ttgtt----atttctccaacaa 379  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| | ||||      ||||||| ||||||| || |||||||  |||||     |||| || ||||    
T  22842452 tctttctcaactacttttttatttgccataaaatctccagatccagaactaactcttagtggccacgggattgttttgttgtttcaactttcacctacaa 22842353  T
Q  380 aagggctaccagattcactaccaggtcaataccttggtctcttt 423  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22842352 aagggcaaccaaattcactaccaggtcaataccttggtctcttt 22842309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 74 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22881076 - 22880721
Alignment:
Q  74 ttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataa------tggattccaatcatcacatttatatcttga 167  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||      ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22881076 ttgtgtttatgttgttttttcttgttacattgatagcaagtgaagaaaacagtttcatctataaatacaatggattccattcatcacatttatatcttga 22880977  T
Q  168 tggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaagactcaccaatgaaatagaaagagccaaaggacatgctttctatccaaatccaatagttttcaaa 267  Q
    |||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22880976 tggtattgctaaggtaaactcaaatggcttactaagactcaccaatgacacagaaagagccaaaggatatgctttctatccaaatcctatagttttcaaa 22880877  T
Q  268 aacacttctagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccaactcttggtggccatggaattgtttttgtta 367  Q
    |||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | ||   ||| || ||  | ||||||||||| |||||||||||     
T  22880876 aacacttccaatgaaagtgtgtattctttctcaactacttttgtatttgccatcaaatctaggtatacagctacttgtggccatggacttgtttttgttg 22880777  T
Q  368 tttctccaacaaaagggctaccagattcactaccaggtcaataccttggtctcttt 423  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||| |||||| || |||||||||||||||||    
T  22880776 tttcaccaacaaaagggctaccaaattcgctaccaagtaaataccttggtctcttt 22880721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22858998 - 22858677
Alignment:
Q  1 ttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgtta 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||| |||||||| | ||| |||||||    
T  22858998 ttataaataacaaacaccgaacagaactacacaagcattgttcattcacaaactaaaatcatgttcctcaagtttgtctttatgttatgtttgcttgtta 22858899  T
Q  101 cattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttact 200  Q
    ||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  22858898 cattggtagcaagtgaagacaacggtttcatctataaaggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcaactggcttact 22858799  T
Q  201 aagactcaccaatgaaatagaaagagccaaaggacatgctttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtcttctttctca 300  Q
    ||||||||||||||| || |    ||  | || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22858798 aagactcaccaatgatatcgggcaagatacagcacatgctttctatccaaatcctatagttttcaaaaacacttctagtgaaactgtgtcttctttctca 22858699  T
Q  301 actacttttgtatttgccataa 322  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  22858698 actacttttttatttgccataa 22858677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 236 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 22885934 - 22885751
Alignment:
Q  236 atgctttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatcc 335  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| |||| | || |||||||    
T  22885934 atgctttctatccaaatcctatagttttcaaaaacactc--agtgaaagtgtgtcttctttctcaactaattctttatttgctataaaatcttaatatcc 22885837  T
Q  336 aactcttggtggccatggaattgtttttgttatttctccaacaaaagggctaccagattcactaccaggtcaataccttggtctct 421  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |  | |||||||||||||||    
T  22885836 aactcatagtggccatggaattgtttttgttatttcacctacaaaagggctaccaaattcactacaatattaataccttggtctct 22885751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 124 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 22914124 - 22913829
Alignment:
Q  124 agtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaagactcaccaatgaaatagaaa 223  Q
    |||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||||||   | | |    
T  22914124 agtttcacatataatggtttcaaatcatcacatttatatcttgatggtgttgctgaattaacctcaaatggtttactaagattaaccaatgattca-aga 22914026  T
Q  224 gagccaaagga-catgctttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataa 322  Q
     | | |||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||      ||||   | ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  22914025 caacaaaagggtcatgctttctatccaaaccctatagttttcaacaatggaagtagtagtaatgtatcttctttctctactacttttgtttttgccataa 22913926  T
Q  323 tacctcaatatccaactcttggtggccatggaattgtttttgttatttctccaacaaaagggctaccagattcactaccaggtcaataccttggtct 419  Q
     | || | | ||| | |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22913925 aatctgagtttcctaatcttagtggccatggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggttaccaaattcactaccaagtcaataccttggtct 22913829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 2 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 22873723 - 22873589
Alignment:
Q  2 tataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttac 101  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||| || |||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||  |||||| | |||||||||| |||||||||    
T  22873723 tataaataataaacactgaatagaactgcataagcattatt-attcacaatccataatcatgttcctcaggcttgtgctcatgttgttttatcttgttac 22873625  T
Q  102 attggtggcaagtaaagataacagtttcatctataa 137  Q
    ||| || |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  22873624 attagtagcaagtgaagacaacagtttcatctataa 22873589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 18 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 22886057 - 22885988
Alignment:
Q  18 cgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttg 87  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||    
T  22886057 cgaacagaactacagaagcatgattcattctcaaactataatcatgttcctcagacttgtgttcatgttg 22885988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 22881115 - 22881079
Alignment:
Q  22 cagaactacagaagcattattcattcacaaactataa 58  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22881115 cagaactacagaagtattattcattcacaaactataa 22881079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 138 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 22885969 - 22885937
Alignment:
Q  138 tggattccaatcatcacatttatatcttgatgg 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22885969 tggattccaatcatcacatttatatcttgatgg 22885937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Original strand, 21150135 - 21150557
Alignment:
Q  1 ttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgtta 100  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  21150135 ttataaataataaacatcaaacagaactacagaagcattgttcattcacaaactataatcatgttcctcaagcttgtgtttatgttgtttaatcttgtta 21150234  T
Q  101 cattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttact 200  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150235 cattggtagcaagtgaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttact 21150334  T
Q  201 aagactcaccaatgaaatagaaagagccaaaggacatgctttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtcttctttctca 300  Q
    ||||||||| | ||| | |||    |  | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  | |||||||||| |||||| |||    
T  21150335 aagactcactagtgatacagatcatgaaatagggcatgctttctatccaaatcctatagttttcgaaaacacttccggcgaaagtgtgttttctttttca 21150434  T
Q  301 actacttttgtatttgccataatacctcaatatccaactcttggtggccatggaattgtttttgttatttctccaacaaaagggctaccagattcactac 400  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||    
T  21150435 actacttttgtatttgccataagacctcaatatccaactcttggtggccatggaattgtttttgttatttctcctacaaaagagctaccaaattcactac 21150534  T
Q  401 caggtcaataccttggtctcttt 423  Q
    ||   ||||||||||||||||||    
T  21150535 caacacaataccttggtctcttt 21150557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University