View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2242R-Insertion-1 (Length: 1058)

Name: NF2242R-Insertion-1
Description: NF2242R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2242R-Insertion-1
NF2242R-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-951)||(50460108-50461055)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (727-807)||(12940701-12940781)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 888; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 888; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 951
Target Start/End: Original strand, 50460108 - 50461055
Alignment:
Q  8 atatgcaatgcagggcaattaatgttacttcatcacaatattataatactctatccattagtttcttcagctagtggcatgttttgtgcacattataaat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50460108 atatgcaatgcagggcaattaatgttacttcatcacaatattataatactctatccattagtttcttcagctagtggcatgttttgtgcacattataaat 50460207  T
Q  108 ctcattgattttgacacattttagcaaagaggtccatagcataaaacaatattctgatcattcagaacttcattactttgatgacatattttatcgtgca 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  50460208 ctcattgattttgacacattttagcaaagaggtccatagcataaaacaatattctgatcattcagaacttcattactttgataacatattttatcgtgca 50460307  T
Q  208 ctttctaatggagatcaatttgaacagggtcactattgttgatattgagcttcgaattttcttcatagtcttggtcttttttaagatttcaacttcagac 307  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50460308 ctttctaatggggatcaatttgaacagggtcactattgttgatattgagcttcgaattttcttcatagtcttggtcttttttaagatttcaacttcagac 50460407  T
Q  308 aatctaccagcaaattttgtatttggagattctctagttgatgtaggaaacaataattacattatttctctctcaaaggctaattttttgcctaatggta 407  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50460408 aatctacctgcaaattttgtatttggagattctctagttgatgtaggaaacaataattacattatttctctctcaaaggctaattttttgcctaatggta 50460507  T
Q  408 tcgattttggaagaccaacagggagattcaccaatggaagaaccatagttgacatcattggtaagattttattagtaataaaattatttcccttatttca 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50460508 tcgattttggaagaccaacagggagattcaccaatggaagaaccatagttgacatcattggtaagattttattagtaataaaattatttcccttatttca 50460607  T
Q  508 ttctacttgatagtcactatttttatataacgagtcttatattcttgcaccaccgcaactgaggtctagcgcaaatgattgacgcatagcataactaatt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50460608 ttctacttgatagtcactatttttatataacgagtcttatattcttgcaccaccgcaactgagatctaacgcaaatgattgacgcatagcataactaatt 50460707  T
Q  608 gagtgttgaaaactttgggtatcgaaattggttcttagtgatatattcttgtgctgccaggtcaggaattgggttttggactcaccccgccttatttggc 707  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50460708 gagtgttgtaaactttgggtatcgagattggttcttagtgatatattcttgtgctgccaggtcaggaattgggttttggactcaccccgccttatttggc 50460807  T
Q  708 acctacaacaattggaccagtgattttgaagggtgtcaattatgcctctggtgggggtggaattctcaatcacactggacaagtctttgtaagtttttgc 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50460808 acctacaacaattggaccagtgattttgaagggtgtcaattatgcctctggtgggggtggaattctcaatcacactggacaagtctttgtaagtttttgc 50460907  T
Q  808 ttcatttgctctcatgatttcattttaatctcataattatgcatggaataataacaataataatgtacttgtga-tttatttatatagggtggtcgactc 906  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  50460908 ttcatttgctctcatgatttcattttaatctcataattatgcatggaataataacaataataatgtacttgtgattttatttatatagggtggtcgactc 50461007  T
Q  907 -acatggatgcacaaatagattattttgc-aata-cagacatgacata 951  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  50461008 aacatggatgcacaaatagattattttgcaaataccagacatgacata 50461055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 727 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 12940781 - 12940701
Alignment:
Q  727 gtgattttgaagggtgtcaattatgcctctggtgggggtggaattctcaatcacactggacaagtctttgtaagtttttgc 807  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| |||| ||  | ||||||||||||| ||||||| ||  | |||||||||||||||    
T  12940781 gtgattctaaagggtgtcaattatgcttctgctgcagctggaattctcaattacactggtcacatttttgtaagtttttgc 12940701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University