View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2242R-Insertion-5 (Length: 753)

Name: NF2242R-Insertion-5
Description: NF2242R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2242R-Insertion-5
NF2242R-Insertion-5
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (9-741)||(20812076-20812808)
chr5 (9-740)||(20838431-20839162)
chr5 (15-407)||(15802716-15803108)
chr5 (24-577)||(12598886-12599439)
chr5 (9-419)||(30417619-30418029)
chr5 (318-409)||(8877717-8877808)
chr5 (660-742)||(12598803-12598885)
[»] chr8 (22 HSPs)
chr8 (9-741)||(3398190-3398922)
chr8 (21-741)||(31175658-31176378)
chr8 (15-419)||(3363974-3364378)
chr8 (15-418)||(3391529-3391932)
chr8 (14-419)||(3314662-3315067)
chr8 (15-409)||(3407325-3407719)
chr8 (8-418)||(3262620-3263029)
chr8 (27-642)||(3324769-3325384)
chr8 (24-409)||(3286517-3286902)
chr8 (14-420)||(7164643-7165050)
chr8 (21-409)||(3267200-3267588)
chr8 (14-418)||(13808509-13808913)
chr8 (24-263)||(3374892-3375131)
chr8 (573-742)||(3375712-3375880)
chr8 (16-149)||(13787252-13787385)
chr8 (536-628)||(3262410-3262502)
chr8 (658-740)||(3407006-3407088)
chr8 (656-742)||(7164327-7164413)
chr8 (536-622)||(3267041-3267127)
chr8 (553-609)||(3391332-3391388)
chr8 (657-741)||(3429652-3429740)
chr8 (403-500)||(3375261-3375358)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (15-409)||(6905808-6906202)
chr3 (54-418)||(32411076-32411437)
chr3 (342-409)||(47986754-47986821)
chr3 (342-409)||(47996041-47996108)
chr3 (342-409)||(48005328-48005395)
chr3 (342-409)||(48014613-48014680)
chr3 (661-741)||(6905497-6905577)
chr3 (536-740)||(32410763-32410964)
[»] scaffold0468 (1 HSPs)
scaffold0468 (9-418)||(6139-6548)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (14-403)||(14766955-14767344)
chr2 (546-741)||(14766611-14766803)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (21-418)||(8371652-8372049)
chr7 (323-409)||(36213711-36213797)
chr7 (315-409)||(18935491-18935585)
chr7 (576-632)||(8371420-8371476)
chr7 (189-235)||(36213885-36213931)
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (358-626)||(31059594-31059863)
chr6 (318-409)||(5344969-5345060)
chr6 (323-409)||(5354496-5354582)
chr6 (297-409)||(5690041-5690153)
chr6 (323-406)||(5181812-5181895)
chr6 (318-409)||(5370679-5370770)
chr6 (296-409)||(5102496-5102609)
chr6 (296-409)||(5243795-5243908)
chr6 (318-409)||(5128299-5128390)
chr6 (351-409)||(5157510-5157568)
chr6 (296-409)||(5176825-5176938)
chr6 (318-409)||(5066576-5066667)
chr6 (323-406)||(5073793-5073876)
chr6 (318-409)||(5096816-5096907)
chr6 (318-409)||(5278674-5278765)
chr6 (351-409)||(5426051-5426109)
chr6 (343-409)||(5397083-5397149)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (279-408)||(4320502-4320631)
chr4 (343-409)||(4344779-4344845)
chr4 (187-409)||(4361054-4361276)
chr4 (246-409)||(4123821-4123984)
chr4 (295-407)||(6498410-6498522)
chr4 (187-401)||(4335322-4335536)
chr4 (295-407)||(6545332-6545444)
chr4 (323-403)||(6588084-6588164)
chr4 (295-407)||(6651152-6651264)
chr4 (353-407)||(6675846-6675900)
chr4 (295-400)||(6753045-6753150)
chr4 (353-407)||(6532116-6532170)
chr4 (345-407)||(6621391-6621453)
chr4 (353-403)||(6728549-6728599)
chr4 (353-403)||(6837417-6837467)
[»] scaffold0813 (1 HSPs)
scaffold0813 (295-407)||(4710-4822)
[»] scaffold0294 (1 HSPs)
scaffold0294 (296-409)||(8782-8895)
[»] scaffold0373 (1 HSPs)
scaffold0373 (353-403)||(9833-9883)
[»] scaffold0286 (1 HSPs)
scaffold0286 (345-407)||(6794-6856)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 669; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 669; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 741
Target Start/End: Original strand, 20812076 - 20812808
Alignment:
Q  9 aaaatcaccccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctca 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20812076 aaaatcaccccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctca 20812175  T
Q  109 agaatctcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctgg 208  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20812176 agaatatcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaagagagatctataaattgatatcggtgaaaactcttattctttctgg 20812275  T
Q  209 ttgttcaaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattca 308  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20812276 ttgttcaaagattgagaagttggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaacaagtgccctattca 20812375  T
Q  309 atagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaa 408  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20812376 atagcaagatcaaaaagcattgcatatatatcactatgtggatacgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaa 20812475  T
Q  409 ccataaattcccagtcccatatttttccatttgcaggaaattcattgtctctagtttctttggatgtagagagtaataatatggactatcaatcaccgat 508  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20812476 ccagaaattcccagtcccatatttttccatttgcaggaaattcattgtctctagtttctttggatgtagagagtaataatatggaatatcaatcaccgat 20812575  T
Q  509 gcttaccgtcctttcaaagcttcgatgtgtttggtttcaatgccactcagagaatcaacttactcaagaattaagaagatttattgatgatctatatgat 608  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20812576 gcttaccgtcctatcaaagcttcgatgtgtttggtttcaatgccactcagagaatcaacttactcaagaattaagaagatatattgatgatctatatgat 20812675  T
Q  609 gtgaattttactgagttggaaacaacatcacatggacaccaaatcaaaaatctttccttgaaatcacttgtgattggaatgggaagttcccaaatagtca 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20812676 gtgaattttactgagttggaaacaacatcacatgcacaccaaatcgaaaatctttccttgaaattacttgtgattggaatgggaagttcccaaatagtca 20812775  T
Q  709 cagatactcttggcaagagcttagcacaggttc 741  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20812776 cagatactcttggcaagagcttagcacaggttc 20812808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 664; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 740
Target Start/End: Original strand, 20838431 - 20839162
Alignment:
Q  9 aaaatcaccccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctca 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20838431 aaaatcaccccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgatggaatgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctca 20838530  T
Q  109 agaatctcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctgg 208  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20838531 agaatatcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaagagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctgg 20838630  T
Q  209 ttgttcaaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20838631 ttgttcaaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaacaagtgccctattca 20838730  T
Q  309 atagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaa 408  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20838731 atagcaagatcaaaaagcattggatatatatcactatgtggatatgaaggattatcacatgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaa 20838830  T
Q  409 ccataaattcccagtcccatatttttccatttgcaggaaattcattgtctctagtttctttggatgtagagagtaataatatggactatcaatcaccgat 508  Q
    ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20838831 ccagaaattccctgtcccatgtttttccatttgcaggcaattcattgtctctagtttctttggatgtagagagtaataatatggactatcaatcaccgat 20838930  T
Q  509 gcttaccgtcctttcaaagcttcgatgtgtttggtttcaatgccactcagagaatcaacttactcaagaattaagaagatttattgatgatctatatgat 608  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20838931 ggttaccgtcctatcaaagcttcgatgtgtttggtttcaatgccactcagagaatcaacttactcaagaattaagaagatttattgatgatctatatgat 20839030  T
Q  609 gtgaattttactgagttggaaacaacatcacatggacaccaaatcaaaaatctttccttgaaatcacttgtgattggaatgggaagttcccaaatagtca 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20839031 gtgaattttactgagttggaaacaacatcacatggacaccaaatcaaaaatcttttcttgaaatcacttgtgattggaatgggaagttcccaaatagtca 20839130  T
Q  709 cagatactcttggcaagagcttagcacaggtt 740  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20839131 cagatactcttggcaagagcttagcacaggtt 20839162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 15 - 407
Target Start/End: Original strand, 15802716 - 15803108
Alignment:
Q  15 accccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatc 114  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||  ||  || | |||||||||| ||||||||| || ||||| ||||    
T  15802716 acccccgacttttcaaaattaccaaacctagaaaagctaattatgaaggattgtcaaagtctgttggaggtacacccgtccattggagatctcaacaatc 15802815  T
Q  115 tcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttc 214  Q
    |  ||||||||||||||| ||||||||  ||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  15802816 ttcttctgataaatttgaaggactgtacgagtcttagcaatctcccaagagagatctatcaattgagaacagtgaaaactctcatcctttctggttgttc 15802915  T
Q  215 aaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcg 314  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||| |  ||||| ||||||| | ||| || |      
T  15802916 aaagattgacaaattagacgaagatatattgcaaatggaatccttgaaaactctaatggcagcaaatactagagtcaaacaagtgcctttttcgatcgtc 15803015  T
Q  315 agatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcacca 407  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| || ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  15803016 agatcaaaaagcattggatatatatctctatgtggatataaaggattatcacatgatgtttttccttctctcattaggtcttggatatcacca 15803108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 24 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 12599439 - 12598886
Alignment:
Q  24 ttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctga 123  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || | ||| ||| | |||||  | |||  ||||||| ||||||||||||| || || | ||||||  |||||     
T  12599439 ttttcaaaattgccgaatctagaaaaacttactatcaagaattgtccatgtttgtatgaggtataccagtccattggagatcttaggaatctacttctgt 12599340  T
Q  124 taaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattga 223  Q
    | ||||| | |||||||| ||||||| |||||||||||   |||||||||||||||| | |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||      
T  12599339 tgaatttcaaggactgtacaagtcttaccaatctcccacgggagatctatcaattgaaaactttgaaaactcttatactttctggttgttcaaagattag 12599240  T
Q  224 gaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcgagatcaaca 323  Q
     || ||||||||||| ||| | || ||||||||||||||| | || |||||   ||||||   ||| ||||||||  || ||||||||   |||   | |    
T  12599239 caagttggaagaagacatagtacagatggaatccttgacaacactgattgccaaaaatacatctataaaagaagtttcccattcaatactaagactgaaa 12599140  T
Q  324 agcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaaccataaattcccagt 423  Q
    ||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||       
T  12599139 agcattggatatatatccttgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcaattggtcttggatgtcaccaaccgtaaattccctac 12599040  T
Q  424 cccatatttttccatttgcaggaaattcattgtctctagtttctttggatgtagagagtaataatatggactatcaatcaccgatgcttaccgtcctttc 523  Q
     |||||||| |||||||| ||| |  ||||||||| |||| || ||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||| |  | |||||    || ||    
T  12599039 accatatttctccatttggaggcatgtcattgtctttagtgtccttggatgcaaagagtaataatatgggctatcgatcatcagtacttacaagtctctc 12598940  T
Q  524 aaagcttcgatgtgtttggtttcaatgccactcagagaatcaacttactcaaga 577  Q
    ||| ||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||||    
T  12598939 aaaacttagaagtgtttgggttcaatgccactcagagattcaaccaactcaaga 12598886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 9 - 419
Target Start/End: Original strand, 30417619 - 30418029
Alignment:
Q  9 aaaatcaccccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctca 108  Q
    |||| ||||||  ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||   |||||||||| ||||||||| || ||||    
T  30417619 aaaaacacccctaacttttcattattaccgagtctagaaaagctcattatgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctca 30417718  T
Q  109 agaatctcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctgg 208  Q
    | |||||  ||||||||||||| | ||| |||| |||||||| |||||| |||| |||||| | ||||||||| || |||| |||||| || |||  |||    
T  30417719 ataatcttcttctgataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatctaccaagagagatatctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatgg 30417818  T
Q  209 ttgttcaaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattca 308  Q
    ||||||||| |||    |||||||||||||| || |||||||| ||||||||| | ||||||| |||||||  ||||||||  || |||  || | |||     
T  30417819 ttgttcaaacattactgaattggaagaagatgtagtgcaaatgaaatccttgaaaactctaatggcagcaagaactggtatagaaaaagcacctttttcc 30417918  T
Q  309 atagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaa 408  Q
    ||||  || || | ||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||    
T  30417919 atagttagttcgaaaagcattgtttatatatccctgtgtggatttgaaggatttgcacgtgatgtttttccttgtctcatacggtcttggatgtcaccaa 30418018  T
Q  409 ccataaattcc 419  Q
    | |||||||||    
T  30418019 caataaattcc 30418029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 318 - 409
Target Start/End: Original strand, 8877717 - 8877808
Alignment:
Q  318 tcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    |||| |||||||| |||||| ||  |||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8877717 tcaaaaagcattggatatatttctttgtgcggctatgaaggattttcgcgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaac 8877808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 660 - 742
Target Start/End: Complemental strand, 12598885 - 12598803
Alignment:
Q  660 ctttccttgaaatcacttgtgattggaatgggaagttcccaaatagtcacagatactcttggcaagagcttagcacaggttct 742  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||| | ||||  || ||||||||||||| | || ||||||||||    
T  12598885 ctttctttgagatcacttttgattggaatggggagtttccaacttgtcatcgacactcttggcaagaacatatcacaggttct 12598803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 537; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 537; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 3398922 - 3398190
Alignment:
Q  9 aaaatcaccccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctca 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3398922 aaaatcaccccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgtctgaggtacaccagtccattggggacctca 3398823  T
Q  109 agaatctcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctgg 208  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  3398822 agagtctcgttctgataaatttgagggactgtacaagtcttgccaatctcccaagagagatctatcaattgaaatcagtgaaaactctcattatttctgg 3398723  T
Q  209 ttgttcaaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattca 308  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || | |||     
T  3398722 ttgttcaaagattgacaaattggaagaagatatattgcaaatggaatccttgacaactctaattgcagcaaatactggtgtcaaacaagttcctttttcg 3398623  T
Q  309 atagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaa 408  Q
    || |  ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3398622 attgttagatcaaaaagcattgcatatatatctctatgtggatataaaggattatcgtctgatgtttttccttctctcatttggtcatggatgtcaccaa 3398523  T
Q  409 ccataaattcccagtcccatatttttccatttgcaggaaattcattgtctctagtttctttggatgtagagagtaataatatggactatcaatcaccgat 508  Q
    ||| ||||||||  |||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||  || |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3398522 ccagaaattccctatcccgtatttctccgtttgcaggcaattcattgtctctagtttccttgcatgcggaaagtaataatatggactatcaatcaccaat 3398423  T
Q  509 gcttaccgtcctttcaaagcttcgatgtgtttggtttcaatgccactcagagaatcaacttactcaagaattaagaagatttattgatgatctatatgat 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3398422 gcttaccgtcctttcaaagcttcgatgtgtttggtttcaatgccagtcagagaatcaacttactcaagaattaagaagatttattgatgatctatatgat 3398323  T
Q  609 gtgaattttactgagttggaaacaacatcacatggacaccaaatcaaaaatctttccttgaaatcacttgtgattggaatgggaagttcccaaatagtca 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3398322 gtgaattttactgagttggaaacaacatcacatggacaccaaatcacaaatctttccttgaaatcaattgtgattggaatgggaagttcccaaatagtca 3398223  T
Q  709 cagatactcttggcaagagcttagcacaggttc 741  Q
      ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  3398222 tggatactcttgataagagcttagcacaggttc 3398190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 741
Target Start/End: Original strand, 31175658 - 31176378
Alignment:
Q  21 gacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttc 120  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||  || |||   ||||| |||  ||||||||| || |||||||||||  ||     
T  31175658 gactttgcaaaattaccaaatctagaaaagctaattatgaaggattgtcaaagtttgtccgaggtgcacacgtccattggagatctcaagaatcttcttt 31175757  T
Q  121 tgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagat 220  Q
    |||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  31175758 tgataaattttaaggactgtacaagtcttggcaatctcccaaaagaggtctataaagtgagatcagtgaaaagtctcattctttctggttgttcaatgat 31175857  T
Q  221 tgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcgagatca 320  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  31175858 tgacaaattggaagaagatatattgcaaatggaatccttgacaactttaattgcagcaaatactggtatcaaacaagtgccctattcaatagcaagatca 31175957  T
Q  321 acaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaaccataaattccc 420  Q
    | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31175958 aaaagcattgcatatatatctctatgtggatatgaaggattatcatgtgacgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaaccataaattccc 31176057  T
Q  421 agtcccatatttttccatttgcaggaaattcattgtctctagtttctttggatgtagagagtaataatatggactatcaatcaccgatgcttaccgtcct 520  Q
      |||| ||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31176058 tatcccttattcatccgtttgcaggcaattcattgtctctagtttctttggatgtagagagtaataatatggactatcaatcaccgatgcttaccgtcct 31176157  T
Q  521 ttcaaagcttcgatgtgtttggtttcaatgccactcagagaatcaacttactcaagaattaagaagatttattgatgatctatatgatgtgaattttact 620  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31176158 ttcaaagcttcgatgtgtttgggttcaatgtcactcagagaatcaacttactcaagaattaagaagatttattgatgatctatatgatgtgaattttact 31176257  T
Q  621 gagttggaaacaacatcacatggacaccaaatcaaaaatctttccttgaaatcacttgtgattggaatgggaagttcccaaatagtcacagatactcttg 720  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  31176258 gagttggaaacaacatcatatggacaccaaatcacaaatatttccttgaaatcaattgggattggaatgggaagttcccaaatagtcttggatactcttg 31176357  T
Q  721 gcaagagcttagcacaggttc 741  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  31176358 acaagagcttagcacaggttc 31176378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 15 - 419
Target Start/End: Original strand, 3363974 - 3364378
Alignment:
Q  15 accccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatc 114  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||  || ||| | |||||||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  3363974 acccctgacttttcaaaattaccaaacctagaaaagctaattatgaaggattgtcaaagtttgctggaggtacacccgtccattggagatctcaagaatc 3364073  T
Q  115 tcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttc 214  Q
    |  || || ||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   ||| ||||||| || ||||||||||||||    
T  3364074 ttcttatgttaaatttgaaggactgtacgagtcttggcaatctcccaagagagatctatcaattgagaagagtggaaactctcatcctttctggttgttc 3364173  T
Q  215 aaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcg 314  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||| ||   || | ||| |||| |    
T  3364174 aaagattgacaaattggaagaagatatagtgcaaatggaatccttgacaactctaatggcagcaaatactggagtcaaacaaccaccattttcgatagtg 3364273  T
Q  315 agatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaaccataa 414  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || |    
T  3364274 agatcaaaaagcattggatatatatctctatgtggatatgaaggattatcacatcatgtttttccttctctcattaggtcttggatatcaccaacaatga 3364373  T
Q  415 attcc 419  Q
    |||||    
T  3364374 attcc 3364378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 15 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 3391932 - 3391529
Alignment:
Q  15 accccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatc 114  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||  ||  || | |||||||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  3391932 acccctgacttttcaaagttaccaaacctagaaaagctaattatgaaggattgtcaaagtctgttggaggtacacccgtccattggagatctcaagaatc 3391833  T
Q  115 tcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttc 214  Q
    |  ||||| ||||||||| ||||||||  ||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||| ||||||| || ||||||||||||||    
T  3391832 ttcttctgttaaatttgaaggactgtacgagtcttagcaatctcccaagagagatctatcaattgagaacagtggaaactctcatcctttctggttgttc 3391733  T
Q  215 aaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcg 314  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||| ||   || | ||| |||| |    
T  3391732 aaagattgacaaattggaagaagatatagtgcaaatggaatccttgacaactctaatggcagcaaatactggagtcaaacaaccaccattttcgatagtg 3391633  T
Q  315 agatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaaccataa 414  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |    
T  3391632 agatcaaaaagcattggatatatatctctatgtggatatgaaggattatcacatcatgtttttccttctctcattaggtcttggatgtcaccaacaatga 3391533  T
Q  415 attc 418  Q
    ||||    
T  3391532 attc 3391529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 14 - 419
Target Start/End: Original strand, 3314662 - 3315067
Alignment:
Q  14 caccccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaat 113  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||  || ||| |||| ||||||  ||||||||| || ||||||||     
T  3314662 cacccctgacttttcaaaattaccgaacctagaaaatctcattatgaaagattgtcaaagtttgtttgaagtacactcgtccattggagatctcaagaag 3314761  T
Q  114 ctcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgtt 213  Q
    ||  | ||||||||||| | |||||||| |||||||   |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  3314762 cttctcctgataaatttcaaggactgtacaagtcttagaaatctcccaagagagatctatcaattgacatcggtgaaaactttcattctttctggttgtt 3314861  T
Q  214 caaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagc 313  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| |||||| ||||| |||| || | ||| || |     
T  3314862 caaagattgaaaaattggaagaagatatagtgcaaatgaaatcattgacaaccctaattgcagcaaaaactggtgtcaaacaagttcctttttcgattgt 3314961  T
Q  314 gagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaaccata 413  Q
     | ||||| || ||||| ||||||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||     
T  3314962 taaatcaaaaaacattggatatatatccctatgtgaatatgaaggtttatcacgtgatgtttttccttctatcatttggtcttggatgtcaccaaacatg 3315061  T
Q  414 aattcc 419  Q
    ||||||    
T  3315062 aattcc 3315067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 15 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 3407719 - 3407325
Alignment:
Q  15 accccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatc 114  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  || ||    ||  |||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  3407719 acccctgacttttcaaaattaccgaatctagaaaaactcattatgaaggattgtcaaagtttatccgacatacacccgtccattggagatctcaagaatc 3407620  T
Q  115 tcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttc 214  Q
    |  |||| |||||||||| ||| |||  ||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  3407619 ttcttctcataaatttgaaggattgtgcaagtcttgttaatctcccaagagagatctatcgattgagatcagtgaaaactctcatcctttctggttgttc 3407520  T
Q  215 aaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcg 314  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||| | ||| || |      
T  3407519 aaagattgtcaaattggaagaagatatagtgcaaatgaaatccttgacaactctaattgcagaaaatgctggtgtcaaacaagtgcctttttcgattgtt 3407420  T
Q  315 agatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    |||||||  | |||  |  ||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3407419 agatcaaagaacatcacccatatatctctatgtggatatcaaggattatcacgtgatgtttttccttctatcatttggtcttggatgtcaccaac 3407325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 8 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 3263029 - 3262620
Alignment:
Q  8 aaaaatcaccccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctc 107  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||  |||||  | ||||||||||||||||||| || |||    
T  3263029 aaaaaccactccagacttttcaaaatcaccgaatctagaaaagctcatcatgaagaattgtccatgcttgtctaaggtacaccagtccattggagatctc 3262930  T
Q  108 aagaatctcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctg 207  Q
    ||   |||   | |||||||||||| |||||||| |||||||   |||||||||||  | || || ||||||| |||  |||||||||| || |||||||    
T  3262929 aatcgtcttcatatgataaatttgaaggactgtagaagtcttcaaaatctcccaaagaatatataccaattgaaatctttgaaaactctcatactttctg 3262830  T
Q  208 gttgttcaaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattc 307  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| | || ||||||    |||| ||| | ||||| |||||||||||    
T  3262829 gttgctcaaagattgacaaattggaagaagacatagtgcagatggaatccttgacaacactgattgcaaaggatacaggtgtgaaagaggtgccctattc 3262730  T
Q  308 aatagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcacca 407  Q
    |||||  ||||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  3262729 aatagtaagatcaaaaagcattggatatatatccctatgtggatatg-aggattttcacgtgatgtttttccctctatcatttggtcttggatgtcacca 3262631  T
Q  408 accataaattc 418  Q
    ||||| |||||    
T  3262630 accatgaattc 3262620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 27 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 3325384 - 3324769
Alignment:
Q  27 tcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctgataa 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||| | |  ||| | |||||  ||||||||||||| || |||||||| ||  || || | |    
T  3325384 tcaaaattaccgaatctagaaaagcttataatgaagaattgttccaatttgttcgaggtggaccagtccattggagatctcaagaaccttcttttgttga 3325285  T
Q  127 atttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattgagaa 226  Q
    |||||| |||||||  |||||||   |||||||||   |||||||||||||||| |||  || ||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||    
T  3325284 atttgaaggactgtgcaagtcttagaaatctcccaggggagatctatcaattgaaatctttggaaactcttatattatctggttgttcaaagattgacaa 3325185  T
Q  227 attggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcgagatcaacaagc 326  Q
     |||||||||| | |   ||| ||||||||||||||| | || |||||   | ||||   | | ||| |||| || |||||||||   |||| || ||||    
T  3325184 gttggaagaaggtttcgggcagatggaatccttgacaacgctgattgctaaagatacatctgtaaaacaagttccttattcaatactaagattaaaaagc 3325085  T
Q  327 attgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaaccataaattcccagtccc 426  Q
    |||| ||||||||| || ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||   ||     
T  3325084 attggatatatatccctctgtggatatgaaggactatcacacgatgtttttccttctatcatttggtcttggatgtcaccaagcatgaattccctaccct 3324985  T
Q  427 atatttttccatttgcaggaaattcattgtctctagtttctttggatgtagagagtaataatatggactatcaatcaccgatgcttaccgtcctttcaaa 526  Q
     ||| |  |||||||   ||||||||||||| | |||||| |||||| ||   | ||| ||||||| |||||||||||| |||||| ||   ||||||||    
T  3324984 gtatatccccatttgagcgaaattcattgtcaccagtttccttggatttaactactaacaatatgggctatcaatcaccaatgcttcccaatctttcaaa 3324885  T
Q  527 gcttcgatgtgtttggtttcaatgccactcagagaatcaacttactcaagaattaagaagatttattgatgatctatatgatgtgaattttactgagttg 626  Q
     | | || |||||||| |||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| | ||||||  ||||     
T  3324884 acatagaagtgtttggattcaatgccgatcagagattcaactgactcaagaattaagaaacttttttgatgatctatatgatgtaagttttaccaagttc 3324785  T
Q  627 gaaacaacatcacatg 642  Q
    ||||||| ||||||||    
T  3324784 gaaacaatatcacatg 3324769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 24 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 3286902 - 3286517
Alignment:
Q  24 ttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctga 123  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||  |||||||||||  |||||||| || ||||| || ||  || ||     
T  3286902 ttttcaaaattaccaaatcttgaaaagctcattatgaaggattgtccaagtttgtctgaggtacacccatccattggagatctcaataaacttcttatgt 3286803  T
Q  124 taaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagag-atctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 222  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||  |||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||  |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  3286802 taaatttgaaggactgtataggtcttagcaatctcccaaa-gagtatctatcaactgaaatctttgaacactctcatcctttctggttgttcaaagattg 3286704  T
Q  223 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcgagatcaac 322  Q
    | || ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| | || ||||||   ||||| | | | ||||||||||||| |||||| |  |||||||     
T  3286703 acaagttggaagaagacatagtgcagatggaatccttgacaacactgattgcaaataatacagctgttaaagaagtgcccttttcaattgtaagatcaaa 3286604  T
Q  323 aagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    ||||||   ||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3286603 aagcatcagatatatatccctatgtggatatgaaggattatcacatgatgtttttcaatctctcattaggtcttggatgtcaccaac 3286517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 14 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 7165050 - 7164643
Alignment:
Q  14 caccccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaat 113  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| || |||   ||||| || ||||||||||| || |||||||||    
T  7165050 cacccctgacttttcaaaattaccaaatctagaaaagcttattatgaaagattgtccaagtttgtccgaggtgcatcagtccattggagatctcaagaat 7164951  T
Q  114 ctcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaa-ttgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgt 212  Q
     |  | || |||||||||| |||||||| |||||||  |||||||||||   | ||||||||| |||| |||  |||||||||| || ||||||||||||    
T  7164950 gttctactaataaatttgaaggactgtacaagtcttagcaatctcccaaggaatatctatcaagttgaaatcattgaaaactctcatcctttctggttgt 7164851  T
Q  213 tcaaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatag 312  Q
    ||||||||||   | ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| | || || |||    |||| | | | ||||||||||||| || | |||    
T  7164850 tcaaagattgcctagttggaagaagacataatgcagatgaaatccttgacaacactgatcgcaaatgatacagctgtaaaagaagtgccctgtttattag 7164751  T
Q  313 cgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaaccat 412  Q
      ||||||| |||||||| |||  |||| || ||| |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  7164750 taagatcaaaaagcattggatacttatccctatgtagatatgaagggttatcctgtgatgtttttccttctcttatttggtcttggatgtcaccaacctt 7164651  T
Q  413 aaattccc 420  Q
     |||||||    
T  7164650 gaattccc 7164643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 21 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 3267588 - 3267200
Alignment:
Q  21 gacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||  || | ||||||  |||    
T  3267588 gacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccaagcttgtctgaggtacaccagtcaattgggggtctgaggaatcttcttc 3267489  T
Q  121 tgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagat 220  Q
    ||||||||||||  || |||| |||||||  ||||||||||||  ||||  |||||||||  ||  ||| |||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  3267488 tgataaatttgaaagattgtacaagtcttagcaatctcccaaagaagataaatcaattgaagtctttgacaactctcatcatttctggttgttcaaagat 3267389  T
Q  221 tgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcgagatca 320  Q
    ||| || || |||||||  ||| |||| ||||||||||| ||| | ||  |   |  | |||| ||| | ||||| ||||| |||||| | |  ||||      
T  3267388 tgacaagttagaagaaggcatagtgcagatggaatccttaacaacactggtcataaaagatacaggtgtgaaagaggtgccgtattcagtggtaagattg 3267289  T
Q  321 acaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    | |||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||   |||||||||| |||| | |||  ||||||||||||||||||    
T  3267288 aaaagcatcggatatatatctctatgtggatatgaaggattatcagaagatgtttttcattctattattcagtcttggatgtcaccaac 3267200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 418
Target Start/End: Original strand, 13808509 - 13808913
Alignment:
Q  14 caccccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||    || ||||||| || |||||||| |||||||||    
T  13808509 caccccagacttttcaaaattaccaaatctagaaaagctcattatgaagaactgtccaaacttgtccaagttacaccactcgattggggatctcaagaat 13808608  T
Q  114 ctcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgtt 213  Q
     |  | ||| | ||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||| | | ||| ||||| |||| |||  |||||||||| ||  ||||||||||||    
T  13808609 attctactgctcaatctgaaggactgtacaagtcttgccagtctcccagaggtgatatatcagttgaaatcattgaaaactctaatcttttctggttgtt 13808708  T
Q  214 caaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagc 313  Q
    |||||||||| || ||||||||||| ||| | || ||||||||||||||| | || || |||  | |||| ||| | |||||  |||| || ||||||      
T  13808709 caaagattgacaagttggaagaagacatagtccagatggaatccttgacaacactgatcgcaaaagatacaggtgtaaaagagatgccatactcaatact 13808808  T
Q  314 gagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaaccata 413  Q
      |||  | | |||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||| |||  ||| ||| |||||||| |||||||||||||  || ||||||||||     
T  13808809 aggattgaaaggcatcgcatatatatccctatgtggatgtgaaggattgtcatttgaagttcttccttctgtcatttggtcttgcgtgccaccaaccatg 13808908  T
Q  414 aattc 418  Q
    |||||    
T  13808909 aattc 13808913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 24 - 263
Target Start/End: Original strand, 3374892 - 3375131
Alignment:
Q  24 ttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctga 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | | |||  | |||  ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||  |||||     
T  3374892 ttttcaaaattaccgaatctagaaaaacttattatgaagaattatccatgtttgtatgaggtacaccagtccattggagaccttaggaatctacttctgt 3374991  T
Q  124 taaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattga 223  Q
    | ||||| |  ||||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||| |||| |    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  3374992 tgaatttcaaagactgtacaagtcttaccaatctcccaagggtgatctatcatttgaaacttttgaaaactcttatactttctggttgttcaaagattaa 3375091  T
Q  224 gaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgaca 263  Q
     || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  3375092 caagttggaagaagacataatgcagatggaatccttgaca 3375131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 573 - 742
Target Start/End: Original strand, 3375712 - 3375880
Alignment:
Q  573 caagaattaagaagatttattgatgatctatatgatgtgaattttactgagttggaaacaacatcacatggacaccaaatcaaaaatctttccttgaaat 672  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| || ||||| |||||| |||||||||| ||| |||  | |||   || |||||| |||| ||    
T  3375712 caagaattaagaaaatttgttgatgatctgtatgatgtaaactttaccgagttgaaaacaacatcgcatagaccacgaatgtcaagtctttctttgagat 3375811  T
Q  673 cacttgtgattggaatgggaagttcccaaatagtcacagatactcttggcaagagcttagcacaggttct 742  Q
    ||||| |||||||||| || |||| |||| | ||||  || ||||||| ||||| | || ||||||||||    
T  3375812 cacttttgattggaatagggagtttccaacttgtca-tgacactcttgtcaagaacatatcacaggttct 3375880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 149
Target Start/End: Original strand, 13787252 - 13787385
Alignment:
Q  16 ccccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatct 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||  | |||  |||| ||||||  |||||||| || ||||| ||| |    
T  13787252 ccccagacttttcaaaattacccaatcttgaaaagctcatcatgaacgattgtccatgtttgtctgagatacacccttccattggagatctcaataatat 13787351  T
Q  116 cgttctgataaatttgagggactgtaaaagtctt 149  Q
       |||||||||||||| | |||||| |||||||    
T  13787352 tcatctgataaatttgaagaactgtataagtctt 13787385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 536 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 3262502 - 3262410
Alignment:
Q  536 tgtttggtttcaatgccactcagagaatcaacttactcaagaattaagaagatttattgatgatctatatgatgtgaattttactgagttgga 628  Q
    ||||||||| ||||||| |||| ||| |||||| |||| ||||||| ||||| || ||||||||| || |||||| ||||||||||| |||||    
T  3262502 tgtttggttacaatgccgctcaaagattcaactaactcgagaattacgaagaattcttgatgatcaatgtgatgtaaattttactgaattgga 3262410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 658 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 3407088 - 3407006
Alignment:
Q  658 atctttccttgaaatcacttgtgattggaatgggaagttcccaaatagtcacagatactcttggcaagagcttagcacaggtt 740  Q
    ||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| ||| | |||||  || |||||||||||||||||| | ||||||    
T  3407088 atctttccttgcaatctcttttgattggaatgggaagttaccacaaagtcaacgagactcttggcaagagcttatcgcaggtt 3407006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 656 - 742
Target Start/End: Complemental strand, 7164413 - 7164327
Alignment:
Q  656 aaatctttccttgaaatcacttgtgattggaatgggaagttcccaaatagtcacagatactcttggcaagagcttagcacaggttct 742  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||  || ||| |||  ||||||| |||||||||| || | ||||||||    
T  7164413 aaatctttccttgagatcacttttgattggaatgggaagttgtcacataatcattgatactcgtggcaagagcatatcccaggttct 7164327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 536 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 3267127 - 3267041
Alignment:
Q  536 tgtttggtttcaatgccactcagagaatcaacttactcaagaattaagaagatttattgatgatctatatgatgtgaattttactga 622  Q
    ||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| || | || ||||||||| |||| || | |||| ||||||    
T  3267127 tgtttggatacaatgccactcaaagaatcaactaactcaagaattaaaaataatttttgatgatcaatattatattaattgtactga 3267041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 553 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 3391388 - 3391332
Alignment:
Q  553 actcagagaatcaacttactcaagaattaagaagatttattgatgatctatatgatg 609  Q
    ||||||||| |||||| |  |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3391388 actcagagattcaactgaaacaagaattcagaagatttcttgatgatctatatgatg 3391332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 657 - 741
Target Start/End: Original strand, 3429652 - 3429740
Alignment:
Q  657 aatctttccttgaaatcacttgtgattggaatgggaagttccc----aaatagtcacagatactcttggcaagagcttagcacaggttc 741  Q
    ||||||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||||| ||    | |||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  3429652 aatcttttcttgagatctcttatgattggaatgggaagttgccacatatatagtcattgatactcttggcaagagtttatcacaggttc 3429740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 403 - 500
Target Start/End: Original strand, 3375261 - 3375358
Alignment:
Q  403 caccaaccataaattcccagtcccatatttttccatttgcaggaaattcattgtctctagtttctttggatgtagagagtaataatatggactatcaa 500  Q
    |||||||| ||||||||| |  || ||||| |||||||| ||| |  ||||||||| |||  || ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  3375261 caccaaccgtaaattccctgcaccctatttctccatttggaggcatgtcattgtctttagcgtccttggatgcagagagtaatactatgggctatcaa 3375358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 15 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 6906202 - 6905808
Alignment:
Q  15 accccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatc 114  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||   ||| |||||| ||||||||| |  |||||||| |    
T  6906202 acccctgacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggattgtccaagtttgtccgagatacacccgtccattggagttctcaagaagc 6906103  T
Q  115 tcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttc 214  Q
    |  ||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||  |||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  6906102 ttcttctgataaatttgaaggactgtacaagtcttggcaatctaccaagggagatctatcagctgatatctgtgaaaactctcattctttttggttgttc 6906003  T
Q  215 aaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcg 314  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||| |||  |||| ||| || |      
T  6906002 aaagattgacaaattggaggaagatatagtgcaaatgaaatccttgacaactctagttgcagcaaatactggcgtcaaacaagcacccttttccattgtt 6905903  T
Q  315 agatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6905902 agatcaaaaagcattgtgtatatatccctatgcggatatgaaggattatcacgtgatatttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 6905808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 54 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 32411437 - 32411076
Alignment:
Q  54 attatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgcca 153  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||  |||  ||||||||||||||||  | ||||| | |||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||    
T  32411437 attatgaaggattgtccaaacttgtctgatatacaccagtccattggaaatctcaatagtcttcttctgataaatttgaaggactgtacaagtcttaaca 32411338  T
Q  154 atctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatgga 253  Q
     |||||||||  |||| |||||||||| |||  |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||   ||| ||||||||||    
T  32411337 gtctcccaaagaagatatatcaattgaaatctttgaaaactctcatcctttctggttgttcaaagattgaaaacttggaagaa---atagtgcaaatgga 32411241  T
Q  254 atccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatat 353  Q
    ||| |||||| | || ||||||  | |||| ||| | ||||| ||||||| ||||||||  ||||| | |||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  32411240 atcgttgacaacactgattgcaaaagatacaggtgtaaaagaggtgccctgttcaatagtaagatcgaaaagcatcgcatatatatctctatgtggatat 32411141  T
Q  354 gaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaaccataaattc 418  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || |||||    
T  32411140 gaaggattatcacatgaagtatttccctctctcatttggtcttagatgtcaccaacaatgaattc 32411076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 342 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 47986821 - 47986754
Alignment:
Q  342 ctgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47986821 ctgtgcggctatgaaggattttcacgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaac 47986754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 342 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 47996108 - 47996041
Alignment:
Q  342 ctgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47996108 ctgtgcggctatgaaggattttcacgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaac 47996041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 342 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 48005395 - 48005328
Alignment:
Q  342 ctgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  48005395 ctgtgcggctatgaaggattttcacgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaac 48005328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 342 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 48014680 - 48014613
Alignment:
Q  342 ctgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  48014680 ctgtgcggctatgaaggattttcacgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaac 48014613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 661 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 6905577 - 6905497
Alignment:
Q  661 tttccttgaaatcacttgtgattggaatgggaagttcccaaatagtcacagatactcttggcaagagcttagcacaggttc 741  Q
    ||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||| ||| ||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6905577 tttccttgaaatctcttttgattacaatgggaagttgccacatagtcgtcgatactcttggcaagagcttatcacaggttc 6905497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 536 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 32410964 - 32410763
Alignment:
Q  536 tgtttggtttcaatgccactcagagaatcaacttactcaagaattaagaagatttattgatgatctatatgatgtgaattttactgagttggaaacaaca 635  Q
    ||||||| | ||||||| |||| ||| |||||| |||||||||||| ||||| || ||| || || |||||||| ||| |||||  |||||||   |||     
T  32410964 tgtttgggtacaatgccgctcaaagattcaactaactcaagaattacgaagaattcttggtggtcaatatgatgcgaactttaccaagttgga---aacg 32410868  T
Q  636 tcacatggacaccaaatcaaaaatctttccttgaaatcacttgtgattggaatgggaagttcccaaatagtcacagatactcttggcaagagcttagcac 735  Q
    ||||||| |   ||| ||  ||||| ||| ||||  || ||| ||||| |||||||||||| ||| ||||| |  |||||||||||||||||| || |||    
T  32410867 tcacatgcatcacaattctcaaatcattctttgaggtcgcttttgattagaatgggaagttgccacatagttattgatactcttggcaagagcatatcac 32410768  T
Q  736 aggtt 740  Q
    |||||    
T  32410767 aggtt 32410763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0468 (Bit Score: 182; Significance: 5e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0468
Description:

Target: scaffold0468; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 9 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 6548 - 6139
Alignment:
Q  9 aaaatcaccccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctca 108  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||   |||||||||| |||||| || |  ||||    
T  6548 aaaagcacccctgacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccataggagtgctca 6449  T
Q  109 agaatctcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctgg 208  Q
    ||||| |  ||||||| ||||||| ||| |||| |||||||| |||||| ||||  |||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |||| |||    
T  6448 agaatattcttctgattaatttgaaggattgtacaagtcttggcaatctaccaagggagatctatcagctgatatctgtgaaaactcttatcctttttgg 6349  T
Q  209 ttgttcaaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattca 308  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||  || || |||||||||||||||| |||||| |||  |||| |||     
T  6348 ttgttcaaagatcgacaaattggaagaagatatagtgcaaatgaaatctttgacgactttagttgcagcaaatactggcatcaaacaagcacccttttcc 6249  T
Q  309 atagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaa 408  Q
    |||   ||||||| ||||||||  |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  6248 atatttagatcaaaaagcattgtgtatatatccctatgcggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttcccttatttggtcttggatgtcaccaa 6149  T
Q  409 ccataaattc 418  Q
    | || |||||    
T  6148 caatgaattc 6139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 150; Significance: 7e-79; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 14 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 14767344 - 14766955
Alignment:
Q  14 caccccagacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaat 113  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  || ||     | ||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  14767344 cacccctgacttttcaaaattaccaaatctagaaaagctcattatgaaggattgtcaaagtttatccaacgtacatcagtccattggagatctcaagaat 14767245  T
Q  114 ctcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgtt 213  Q
     |  |||| |||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||| || ||||| || ||||    
T  14767244 gttcttctcataaatttgaaggactgtacaagtcttgaaaatctcccaagagagatctatcaattgaaatctttgaaaactctcatcctttccggctgtt 14767145  T
Q  214 caaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagc 313  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | || |||||| |||||||   ||| |||||||| || |||||||||      
T  14767144 caaagattgacaaattggaagaagatattgtgcaaatggaatccttgacatcactgattgcaacaaatacatctataaaagaagttccatattcaatact 14767045  T
Q  314 gagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtc 403  Q
     |||| || |||||||| ||||||||| || ||||| |||||||||||||| | |||| ||||||| || |||||| ||| |||||||||    
T  14767044 aagattaaaaagcattggatatatatccctatgtggttatgaaggattatcgcatgatatttttccatcactcattcggttttggatgtc 14766955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 546 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 14766803 - 14766611
Alignment:
Q  546 caatgccactcagagaatcaacttactcaagaattaagaagatttattgatgatctatatgatgtgaattttactgagttggaaacaacatcacatggac 645  Q
    |||||||||||  ||| |||||| || |  ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||  ||||   ||||||||||  |     
T  14766803 caatgccactcgaagattcaactaacccgggaattaacaagatttattgatgatctacatgatgcaaattttactgaactgga---aacatcacatacat 14766707  T
Q  646 accaaatcaaaaatctttccttgaaatcacttgtgattggaatgggaagttcccaaatagtcacagatactcttggcaagagcttagcacaggttc 741  Q
      ||||||     |||||| ||||  |||||| |||||||||||||||||| | | | ||| | | ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  14766706 cacaaatctctgttctttcgttgaggtcacttttgattggaatgggaagttacgacacagttataaatactcttggcaaaagcttatcacaggttc 14766611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 21 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 8372049 - 8371652
Alignment:
Q  21 gacttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttc 120  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||||  ||  ||    | ||||||| ||||||||| || |||||||||||  |||    
T  8372049 gacttttcaaaattaccaaatctggaaaagctagttatgaaggattgtcaaagtctgtccaacgtacacccgtccattggagatctcaagaatcttcttc 8371950  T
Q  121 tgataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagat 220  Q
    | |||||||| | |||||||| || |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| | || ||||||| |||    
T  8371949 tcataaatttaaaggactgtataattcttgaaaatctcccaagagagatctatcaattgaaatcggtgaaaactctcatccttacgggctgttcaacgat 8371850  T
Q  221 tgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcgagatca 320  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| | || ||  || |   |||   ||| |||||||| ||||||||||||   |||| |    
T  8371849 tgacaaattggaagaagatatagtgcagatggagtccttgacatcactgataacaactggtacatctataaaagaagttccctattcaatactaagatta 8371750  T
Q  321 acaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaaccataaattc 418  Q
    | ||| |||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||| ||||||||| || || ||||||||    
T  8371749 agaagtattgtatatatatccatatgtggttatgaaggattatcacatgaagtttttccttcactcattcggttttggatgtctcctactataaattc 8371652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 323 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 36213797 - 36213711
Alignment:
Q  323 aagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    |||||| || ||||||||  |||| || ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36213797 aagcatcgcttatatatctttgtgcggctatgaaggattctcacatgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaac 36213711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 315 - 409
Target Start/End: Original strand, 18935491 - 18935585
Alignment:
Q  315 agatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    ||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||||  | |||  |||||||||||| |||||    
T  18935491 agatcaaaaagcattggatttatttcactgtgtggatttgaaggattagcacgtaatgtgtttccttcaattattcagtcttggatgtctccaac 18935585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 576 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 8371476 - 8371420
Alignment:
Q  576 gaattaagaagatttattgatgatctatatgatgtgaattttactgagttggaaaca 632  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  8371476 gaattaagaagatttcttgatgatctatatgatgcaaattttactgaactggaaaca 8371420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 189 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 36213931 - 36213885
Alignment:
Q  189 aaaactcttattctttctggttgttcaaagattgagaaattggaaga 235  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  36213931 aaaactctcattctttctggatgttcaaagattgacaaattggaaga 36213885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 86; Significance: 1e-40; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 358 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 31059863 - 31059594
Alignment:
Q  358 gattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaaccataaattcccagtcccatatttttccatttgcaggaaattcattgtc 457  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| | | | ||||| |||||||| ||   ||||||| |     
T  31059863 gattgtcatgtgatgtttttccttctctcatttggtctttgatgtcaccaattataaattccc-gcctcgtatttctccatttggagtcgattcattcta 31059765  T
Q  458 tctagtttctttggatg---tagagagtaataatatggactatcaatcaccgatgcttaccgtcctttcaaagcttcgatgtgtttggtttcaatgccac 554  Q
    | ||||||| |||||||   |||||||||||||||||   |||| |||||| | ||||| | ||||||||||   | ||  || |||| | |||||||||    
T  31059764 tttagtttccttggatgcagtagagagtaataatatgaggtatctatcaccaacgcttatcatcctttcaaaatatagaattgcttgggt-caatgccac 31059666  T
Q  555 tcagagaatcaacttactcaagaattaagaagatttattgatgatctatatgatgtgaattttactgagttg 626  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||    
T  31059665 tcagagattcaactaactcaagaattaagaagatttcttgatgacctatatgaattgaattttactgagttg 31059594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 318 - 409
Target Start/End: Original strand, 5344969 - 5345060
Alignment:
Q  318 tcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    |||| |||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  5344969 tcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaac 5345060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 323 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 5354582 - 5354496
Alignment:
Q  323 aagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    |||||||| |||||| ||  | ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5354582 aagcattggatatatttctttatgtggctatgaaggattctcacgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaac 5354496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 297 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 5690153 - 5690041
Alignment:
Q  297 gtgccctattcaatagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtctt 396  Q
    ||||||| |||||| |  || |||| ||||||||  ||||| || ||||| ||| |||||||||| ||||||||| | ||||| ||| ||||||||||||    
T  5690153 gtgcccttttcaattgtaaggtcaaaaagcattgggtatatttctctgtgcggacatgaaggattctcacgtgatatatttccatctatcatttggtctt 5690054  T
Q  397 ggatgtcaccaac 409  Q
    |||||||||||||    
T  5690053 ggatgtcaccaac 5690041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 323 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 5181895 - 5181812
Alignment:
Q  323 aagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcacc 406  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||  |  ||||||||||||||||||||||    
T  5181895 aagcattgcatatatttccttgtgtggatatgaaggattctcacatgatgtgtttccagcgatcatttggtcttggatgtcacc 5181812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 318 - 409
Target Start/End: Original strand, 5370679 - 5370770
Alignment:
Q  318 tcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    |||| |||||||| ||| || ||| |||||||  ||| |||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5370679 tcaaaaagcattggatacatttcattgtgtggccatgtaggattttcacatgatgtttttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaac 5370770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 296 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 5102609 - 5102496
Alignment:
Q  296 agtgccctattcaatagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtct 395  Q
    |||||||| |||| |||  || |||| |||||||| |||||| || || ||||| ||||||||| | |||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||    
T  5102609 agtgcccttttcagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatctctctatgtggctatgaaggactttcacatgatgtgtttccatctatcatctggtct 5102510  T
Q  396 tggatgtcaccaac 409  Q
    ||||||||||||||    
T  5102509 tggatgtcaccaac 5102496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 296 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 5243908 - 5243795
Alignment:
Q  296 agtgccctattcaatagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtct 395  Q
    |||||||| |||| |||  || |||| |||||| | |||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||    
T  5243908 agtgcccttttcagtagtaaggtcaaaaagcatcggatatatttctttgtgtggctatgaaggattttcacgcgatgtatttccatctatcatctggtct 5243809  T
Q  396 tggatgtcaccaac 409  Q
    ||||||||||||||    
T  5243808 tggatgtcaccaac 5243795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 318 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 5128390 - 5128299
Alignment:
Q  318 tcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    |||| |||||||| |||||| || ||||| ||  |||||||||| ||| ||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  5128390 tcaaaaagcattggatatatctctctgtgcggccatgaaggattttcaagtgatgtgtttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaac 5128299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 351 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 5157568 - 5157510
Alignment:
Q  351 tatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5157568 tatgaaggattttctcgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaac 5157510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 296 - 409
Target Start/End: Original strand, 5176825 - 5176938
Alignment:
Q  296 agtgccctattcaatagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtct 395  Q
    ||||||||  |||||||  || |||| |||||||| ||| || ||  |||| || ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||  |||||||||||    
T  5176825 agtgcccttgtcaatagtaaggtcaaaaagcattggatacatctctttgtgcggctatgaaggattctcacgtgatatatttccatcaatcatttggtct 5176924  T
Q  396 tggatgtcaccaac 409  Q
    ||||||||||||||    
T  5176925 tggatgtcaccaac 5176938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 318 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 5066667 - 5066576
Alignment:
Q  318 tcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    |||| |||||||| ||| || ||  |||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  5066667 tcaaaaagcattggatacatctctttgtgcggctatgaaggattctcgcgtgatgtgtttccatctatcattttgtcttggatgtcaccaac 5066576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 323 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 5073876 - 5073793
Alignment:
Q  323 aagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcacc 406  Q
    |||||||| |||||| ||  |||| || ||||||||||| ||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||||||||    
T  5073876 aagcattggatatatttctttgtgcggctatgaaggattctcacgtgatgtgttcccatcgatcatttggtcttggatgtcacc 5073793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 318 - 409
Target Start/End: Original strand, 5096816 - 5096907
Alignment:
Q  318 tcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    |||| |||||||| ||| || || || |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  5096816 tcaaaaagcattggatacatttctctatgtggccatgaaggattttcacgtgatgtgtttccgtctatcatctggtcttggttgtcaccaac 5096907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 318 - 409
Target Start/End: Original strand, 5278674 - 5278765
Alignment:
Q  318 tcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    |||| |||||||| ||| || ||  |||| || ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  5278674 tcaaaaagcattggatacatctctttgtgcggctatgaaggattctcacgtgatatatttccatcaatcatttggtcttggatgtcaccaac 5278765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 351 - 409
Target Start/End: Original strand, 5426051 - 5426109
Alignment:
Q  351 tatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||  |  |||||||||||||||||||||||||    
T  5426051 tatgaaggattttcacgtgatgtgtttccagcgatcatttggtcttggatgtcaccaac 5426109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 343 - 409
Target Start/End: Original strand, 5397083 - 5397149
Alignment:
Q  343 tgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    |||| |||||||||||||| ||| |||| || |||||  || |||||| ||||||||||||||||||    
T  5397083 tgtgcggatatgaaggattttcatgtgaagtgtttccagctatcatttcgtcttggatgtcaccaac 5397149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 279 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 4320631 - 4320502
Alignment:
Q  279 aatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttc 378  Q
    ||||||||||| | | |||| |||| |||| |||  || |||| |||||||| || ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  4320631 aatactggtataacaaaagttcccttttcattagtaaggtcaaaaagcattggatttatttctctgtgtggatatgaaggattctcacgtgatgtgtttc 4320532  T
Q  379 cttctctcatttggtcttggatgtcaccaa 408  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4320531 cttctatcatttggtcttggatgtcaccaa 4320502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 343 - 409
Target Start/End: Original strand, 4344779 - 4344845
Alignment:
Q  343 tgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4344779 tgtgtggatatgaaggattctcacgtgatgtgtttccttctatcatttggtcttggatgtcaccaac 4344845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 187 - 409
Target Start/End: Original strand, 4361054 - 4361276
Alignment:
Q  187 tgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactgg 286  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||| |  |||||||| ||  |    ||||||||||| || ||  |||| ||||||   || |||||    
T  4361054 tgaaaactctcattctatctggatgttcaatgattgacacgttggaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgcaaataacactgg 4361153  T
Q  287 tatcaaagaagtgccctattcaatagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctc 386  Q
    ||| | | |||| |||| |||||| |  ||||||| | |||||| || ||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||    
T  4361154 tataacaaaagtacccttttcaattgtaagatcaaaacgcattggatttatttctttgtgtggatatgaaggattctcacgtgatgtgtttccttctatc 4361253  T
Q  387 atttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    |||| ||||||||||||||||||    
T  4361254 atttcgtcttggatgtcaccaac 4361276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 246 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 4123984 - 4123821
Alignment:
Q  246 caaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgt 345  Q
    ||||||||||| || ||  |||| ||||||   ||||||| ||| | | ||||||||| |||  |||  || |||| |||||||| || ||| || ||||    
T  4123984 caaatggaatctttaaccactctgattgcaaataatactgctataacaaaagtgcccttttcggtagtaaggtcaaaaagcattggatttatttctctgt 4123885  T
Q  346 gtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 409  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||    
T  4123884 gtggatatgaaggattctctcgtgatgtgtttccttctatcatttcgtcttggatgttaccaac 4123821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 6498522 - 6498410
Alignment:
Q  295 aagtgccctattcaatagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtc 394  Q
    |||| |||| ||||||||  ||||||| |||||||| ||| || ||  |  |||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  6498522 aagttcccttttcaatagtaagatcaaaaagcattggatacatttctttaggtggatttaaaggattttcacgtgatgtatttccttctctcattcggtc 6498423  T
Q  395 ttggatgtcacca 407  Q
    |||||||||||||    
T  6498422 ttggatgtcacca 6498410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 187 - 401
Target Start/End: Original strand, 4335322 - 4335536
Alignment:
Q  187 tgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactgg 286  Q
    |||||||||| ||||| || || |||| ||||||||| || |||||||| ||  |    ||||||||||| || ||  |||| || ||||  || |||||    
T  4335322 tgaaaactctcattctatcaggatgtttaaagattgacaagttggaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctcatggcagataacactgg 4335421  T
Q  287 tatcaaagaagtgccctattcaatagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctc 386  Q
    ||| | | ||||||||| |||| |||  |  |||| ||||||||  ||||| ||  ||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||| |     
T  4335422 tataacaaaagtgcccttttcagtagtaaagtcaaaaagcattggctatatctctttgtgtgggtatgaaggattctcccgtgatgtgtttccttctata 4335521  T
Q  387 atttggtcttggatg 401  Q
    |||||||||||||||    
T  4335522 atttggtcttggatg 4335536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 6545444 - 6545332
Alignment:
Q  295 aagtgccctattcaatagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtc 394  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||  | |||||||| |||||| ||  |  |||| | ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  6545444 aagtgcccttttcaatagttagattgaaaagcattggatatatttcttttcgtggctttgaaggattttcacgtgatgtattcccttctctcattcggtc 6545345  T
Q  395 ttggatgtcacca 407  Q
    |||| ||||||||    
T  6545344 ttggctgtcacca 6545332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 323 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 6588164 - 6588084
Alignment:
Q  323 aagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtc 403  Q
    |||||||| |||||| ||  | ||||| | ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||    
T  6588164 aagcattggatatatttctttttgtggctttgaaggattttcacgtgatgtattcccttctctcattcggtcttggatgtc 6588084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Original strand, 6651152 - 6651264
Alignment:
Q  295 aagtgccctattcaatagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtc 394  Q
    ||||||| | ||||||||  |||| || || ||||| |||||| || || ||||| | ||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||| || ||||    
T  6651152 aagtgccgttttcaatagtaagattaagaaacattggatatatttctctatgtggctttgaaggattttcacgagatgtatttccttttctcgttcggtc 6651251  T
Q  395 ttggatgtcacca 407  Q
    |||||||||||||    
T  6651252 ttggatgtcacca 6651264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 353 - 407
Target Start/End: Original strand, 6675846 - 6675900
Alignment:
Q  353 tgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcacca 407  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  6675846 tgaaggattttcacttgatgtatttccttctctcattaagtcttggatgtcacca 6675900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 295 - 400
Target Start/End: Original strand, 6753045 - 6753150
Alignment:
Q  295 aagtgccctattcaatagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtc 394  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||  | |||||||| |||||| ||  |  |||| | ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  6753045 aagtgcccttttcaatagtaagattgaaaagcattggatatatttcttttcgtggctttgaaggattttcacgtgatgtattcccttctctcattcggtc 6753144  T
Q  395 ttggat 400  Q
    ||||||    
T  6753145 ttggat 6753150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 353 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 6532170 - 6532116
Alignment:
Q  353 tgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcacca 407  Q
    ||||||||| |||  |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  6532170 tgaaggattttcaaatgatgtatttccttctatcattcggtcttggatgtcacca 6532116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 345 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 6621453 - 6621391
Alignment:
Q  345 tgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcacca 407  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| | |||||||||||||||    
T  6621453 tgtggatttgaaggattttcacgggatgtgtttccttcacttattcgctcttggatgtcacca 6621391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 353 - 403
Target Start/End: Original strand, 6728549 - 6728599
Alignment:
Q  353 tgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtc 403  Q
    ||||||||| ||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||    
T  6728549 tgaaggattttcacgtgatgtattcccttctcttgtttggtcttggatgtc 6728599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 353 - 403
Target Start/End: Original strand, 6837417 - 6837467
Alignment:
Q  353 tgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtc 403  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||||    
T  6837417 tgaaggattttcacgtgatgtattcccttctctcattcgctcttggatgtc 6837467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0813 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0813
Description:

Target: scaffold0813; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 4822 - 4710
Alignment:
Q  295 aagtgccctattcaatagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtc 394  Q
    ||||||| | ||||||||  |||| || || ||||| |||||| || || ||||| | ||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||| || ||||    
T  4822 aagtgccgttttcaatagtaagattaagaaacattggatatatttctctatgtggctttgaaggattttcacgagatgtatttccttttctcgttcggtc 4723  T
Q  395 ttggatgtcacca 407  Q
    |||||||||||||    
T  4722 ttggatgtcacca 4710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0294 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:

Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 296 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 8895 - 8782
Alignment:
Q  296 agtgccctattcaatagcgagatcaacaagcattgcatatatatcactgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtct 395  Q
    |||||||| ||||||||  || |||| ||| |||| |||||| ||  |||| ||  |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||  ||||    
T  8895 agtgcccttttcaatagtaaggtcaaaaagtattgtatatatttctttgtgcggccatgaaggattctcacgtgatgtgtttccatctatcattaagtct 8796  T
Q  396 tggatgtcaccaac 409  Q
    |||||||| |||||    
T  8795 tggatgtctccaac 8782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0373 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0373
Description:

Target: scaffold0373; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 353 - 403
Target Start/End: Original strand, 9833 - 9883
Alignment:
Q  353 tgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtc 403  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||||    
T  9833 tgaaggattttcacgtgatgtattcccttctctcattcgctcttggatgtc 9883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0286
Description:

Target: scaffold0286; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 345 - 407
Target Start/End: Original strand, 6794 - 6856
Alignment:
Q  345 tgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcacca 407  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| | |||||||||||||||    
T  6794 tgtggatttgaaggattttcacgggatgtgtttccttcacttattcgctcttggatgtcacca 6856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University