View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2246_low_7 (Length: 406)

Name: NF2246_low_7
Description: NF2246
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2246_low_7
NF2246_low_7
[»] chr4 (31 HSPs)
chr4 (18-397)||(1548267-1548647)
chr4 (78-377)||(1552668-1552973)
chr4 (18-289)||(546897-547171)
chr4 (173-280)||(1524485-1524592)
chr4 (178-289)||(8187095-8187206)
chr4 (100-289)||(570335-570524)
chr4 (33-325)||(3438422-3438716)
chr4 (119-280)||(553472-553633)
chr4 (37-277)||(55908588-55908831)
chr4 (178-280)||(1513411-1513513)
chr4 (48-245)||(1600447-1600647)
chr4 (178-280)||(12121461-12121563)
chr4 (178-278)||(8184034-8184134)
chr4 (161-276)||(532186-532301)
chr4 (179-278)||(558493-558592)
chr4 (97-342)||(53761692-53761937)
chr4 (178-259)||(1519146-1519227)
chr4 (192-280)||(1508021-1508109)
chr4 (164-280)||(1537757-1537873)
chr4 (168-289)||(640899-641020)
chr4 (183-258)||(659726-659799)
chr4 (178-289)||(7307844-7307955)
chr4 (161-287)||(55505095-55505221)
chr4 (119-218)||(644885-644984)
chr4 (201-247)||(12116602-12116648)
chr4 (229-378)||(566084-566233)
chr4 (178-325)||(1489365-1489512)
chr4 (96-218)||(21834297-21834422)
chr4 (178-280)||(7225887-7225989)
chr4 (45-148)||(8186959-8187065)
chr4 (178-244)||(1545802-1545868)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (18-280)||(18315114-18315379)
chr8 (23-280)||(32151294-32151551)
chr8 (178-377)||(27922404-27922603)
chr8 (48-280)||(34936034-34936269)
chr8 (42-285)||(17636262-17636512)
chr8 (119-280)||(28246240-28246399)
chr8 (173-289)||(21235542-21235658)
chr8 (178-325)||(17628018-17628165)
chr8 (18-70)||(17627900-17627952)
chr8 (238-278)||(44736530-44736570)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (95-390)||(51113699-51113997)
chr3 (23-325)||(13470581-13470883)
chr3 (117-285)||(51120836-51121004)
chr3 (18-325)||(51764284-51764591)
chr3 (193-261)||(27005791-27005859)
chr3 (178-280)||(1657244-1657346)
chr3 (180-237)||(33714861-33714918)
chr3 (193-233)||(36811046-36811086)
[»] chr6 (28 HSPs)
chr6 (96-280)||(6432154-6432341)
chr6 (96-278)||(6402855-6403040)
chr6 (96-369)||(6394768-6395044)
chr6 (43-278)||(7119152-7119387)
chr6 (43-278)||(7131630-7131865)
chr6 (158-280)||(6409999-6410121)
chr6 (96-280)||(6415959-6416146)
chr6 (96-289)||(6426495-6426691)
chr6 (96-325)||(6585156-6585388)
chr6 (119-280)||(11936220-11936381)
chr6 (119-280)||(11948200-11948361)
chr6 (101-325)||(19632387-19632611)
chr6 (160-280)||(6423210-6423330)
chr6 (116-259)||(6589265-6589408)
chr6 (96-277)||(6594525-6594709)
chr6 (96-367)||(7994101-7994375)
chr6 (173-289)||(9411339-9411455)
chr6 (158-265)||(12102274-12102381)
chr6 (190-267)||(28935055-28935132)
chr6 (162-266)||(6596916-6597020)
chr6 (178-278)||(6603206-6603306)
chr6 (180-278)||(14802331-14802429)
chr6 (201-369)||(14818287-14818454)
chr6 (188-278)||(10579750-10579840)
chr6 (96-369)||(14820597-14820873)
chr6 (161-224)||(9410751-9410814)
chr6 (23-72)||(9411556-9411605)
chr6 (178-278)||(6586114-6586214)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (49-367)||(32267381-32267699)
chr5 (23-325)||(41889400-41889705)
chr5 (181-380)||(41901542-41901741)
chr5 (181-280)||(37937880-37937979)
chr5 (117-280)||(20478025-20478188)
chr5 (180-278)||(38267562-38267660)
chr5 (37-146)||(41901398-41901510)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (44-280)||(10614586-10614822)
chr7 (97-280)||(15092071-15092257)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (37-277)||(1037524-1037767)
chr2 (180-280)||(45245091-45245191)
chr2 (33-278)||(32785631-32785876)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (161-359)||(19468486-19468684)
chr1 (207-368)||(7554393-7554554)
chr1 (178-272)||(52082582-52082676)
chr1 (95-274)||(52092776-52092955)
chr1 (183-280)||(9586632-9586729)
chr1 (201-289)||(43634891-43634979)
chr1 (207-325)||(29718956-29719074)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (86-274)||(533-724)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (165-281)||(39176-39285)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (188-290)||(88822-88924)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (101-266)||(1388-1559)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 31)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Original strand, 1548267 - 1548647
Alignment:
Q  18 gaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548267 gaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaa 1548366  T
Q  118 gatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactt-ggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548367 gatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgt 1548466  T
Q  217 cacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaa 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1548467 cacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgcacttgttacaaaaacgttgtaaaaatatcacagagaa 1548566  T
Q  317 gggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttggaaggttgttttcaattgcatgatgatgt 397  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548567 gggagtgaaacatatagaagaaaactgctcgcaactgagagaaattaatttggaaggttgttttcaattgcatgatgatgt 1548647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 78 - 377
Target Start/End: Original strand, 1552668 - 1552973
Alignment:
Q  78 tgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaa---aagtgaagctacttg 174  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |   ||| |||||||||||    
T  1552668 tgcactggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacatttgaacttagcccatagttttatagaagggaagctacttg 1552767  T
Q  175 gactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 274  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  1552768 gactgaactttgaaattcccaaactggaagtgttgaatttgtcacatacaaatattaatgatgaaacactcaatgtgatatcaaagaattgtcgtgggct 1552867  T
Q  275 tttgcacttgttactaaaacgttgta---aaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttggaa 371  Q
    ||||||  |||||||| |||  ||||   |  || |||| |||||||||||||| ||| | | |||||| | || |||||| ||||| || |||||| ||    
T  1552868 tttgcagctgttactagaacaatgtaattattatgtcaccgagaagggagtgaagcatgtcggagaaaattgcttgcaactaagagagatcaatttgaaa 1552967  T
Q  372 ggttgt 377  Q
    ||||||    
T  1552968 ggttgt 1552973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 547171 - 546897
Alignment:
Q  18 gaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaa 117  Q
    |||| ||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| | | ||||  ||  |||||| || ||  |||||||||| |||||||    
T  547171 gaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaa 547072  T
Q  118 g---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaactt 214  Q
    |   |||||||||||| || || ||||||||| |   | |||||  |||||| ||| ||||| ||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||    
T  547071 ggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaactt 546972  T
Q  215 gtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 289  Q
    ||||| ||||| | |  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  546971 gtcacgtacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttact 546897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 173 - 280
Target Start/End: Original strand, 1524485 - 1524592
Alignment:
Q  173 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 272  Q
    |||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  1524485 tggaatgaactttgaagttcccaatttggaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatgaaacactctatatgatctcacagagttgtcgtggg 1524584  T
Q  273 cttttgca 280  Q
    ||||||||    
T  1524585 cttttgca 1524592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 178 - 289
Target Start/End: Original strand, 8187095 - 8187206
Alignment:
Q  178 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 277  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||  |||  || |||||||||||| ||||||||||    
T  8187095 tgaactttgaaatttccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaacactttatgcaatttcaaagagttgttgtgggctttt 8187194  T
Q  278 gcacttgttact 289  Q
    ||| ||||||||    
T  8187195 gcagttgttact 8187206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 100 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 570524 - 570335
Alignment:
Q  100 gtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaact 199  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||   | | ||||||||| || | |||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  570524 gtatttgtcaagttttaagatgttgtaaacttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgcgtggattgaactttgaagttctcaaact 570425  T
Q  200 ggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 289  Q
     |||||||||||||||||| ||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  570424 cgaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatctgatttcaaagagttgtcgcgggcttttgcaactgttact 570335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 33 - 325
Target Start/End: Original strand, 3438422 - 3438716
Alignment:
Q  33 ttttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaaga 129  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||   | |||     |||||| ||||||||| ||  | ||||||||||   |||||||||||    
T  3438422 ttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgactacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagatgttgtaaga 3438521  T
Q  130 ttagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtat 229  Q
    ||||||| |||||||||||| || |||||  ||||||  |   || | ||||||||||  || | ||| ||||||| |||| |||||||||||||||  |    
T  3438522 ttagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgtgtgcaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagt 3438621  T
Q  230 tgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 325  Q
    ||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||  ||  |||||||  | |||||| ||||||||||||    
T  3438622 tgatgat-aaatactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaa 3438716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 119 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 553633 - 553472
Alignment:
Q  119 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 218  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| | ||  ||| || ||||||| ||| |  | |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  553633 atgttgtaacattagacatttgaacttaacccgctgttcaagagtgaagttacgtacattgaactttaaagttctcaaactggaggtgttgaacttgtca 553534  T
Q  219 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
      ||||||  ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  553533 tttacaagagttgatgatgaagcacttaatgtgatttcaaagagttgttctgggcttttgca 553472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 37 - 277
Target Start/End: Original strand, 55908588 - 55908831
Alignment:
Q  37 cttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattag 133  Q
    |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||     |||  |  |||||| || |||||||||||||||||| ||||   |||||||||| ||||    
T  55908588 cttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttag 55908687  T
Q  134 acagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgat 233  Q
    ||| ||||| |||||     ||| || |||||| |||||| || | |||||| || ||||  || | |||||||| ||||||||||||||| || |||||    
T  55908688 acatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgat 55908787  T
Q  234 gatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 277  Q
    |||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  55908788 gatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggctttt 55908831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 178 - 280
Target Start/End: Original strand, 1513411 - 1513513
Alignment:
Q  178 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 277  Q
    ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  1513411 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacactctacgtaatctcaaagtgttgtcgtgggctttt 1513510  T
Q  278 gca 280  Q
    |||    
T  1513511 gca 1513513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 48 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 1600647 - 1600447
Alignment:
Q  48 cccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaact 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | ||||| |  |||||| || |||||||||||| ||||||||||   || || ||| |||||||| |||||||    
T  1600647 cccaatttgcaactgcttgatttgagcagttgcattaacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttaaggagattttctaaaattagacatttgaact 1600548  T
Q  145 tagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacact 244  Q
    |||| |   ||| || | ||||||| |  ||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||| ||||    
T  1600547 tagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttcttaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaagggttgacgatgaagcact 1600448  T
Q  245 c 245  Q
    |    
T  1600447 c 1600447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 178 - 280
Target Start/End: Original strand, 12121461 - 12121563
Alignment:
Q  178 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 277  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||   || ||||||||| |||| |||||||||||    
T  12121461 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaaacactctccgtaatctcaaagtgttgccgtgggctttt 12121560  T
Q  278 gca 280  Q
    |||    
T  12121561 gca 12121563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 178 - 278
Target Start/End: Original strand, 8184034 - 8184134
Alignment:
Q  178 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 277  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  8184034 tgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgatatagcactctatgcaatctcaaagagttgttgtgggctttt 8184133  T
Q  278 g 278  Q
    |    
T  8184134 g 8184134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 161 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 532301 - 532186
Alignment:
Q  161 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 260  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||  ||  |||||| |||||||    
T  532301 agtgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaacattgatgatgaaaagctttatgtgacctcaaag 532202  T
Q  261 agttgtcgtgggcttt 276  Q
    | |||||||| |||||    
T  532201 aattgtcgtgagcttt 532186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 179 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 558592 - 558493
Alignment:
Q  179 gaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 278  Q
    |||||||||| || |||| || | ||||||||||||||||   |||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  558592 gaactttgaagttgccaacctaggggtgttgaacttgtcattaacatatattgatgatgaagcactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 558493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 97 - 342
Target Start/End: Original strand, 53761692 - 53761937
Alignment:
Q  97 aaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 193  Q
    ||||||||||| ||||||||||   ||||||||| ||||| || |||||||||||     ||| || |||||||||| ||||| ||||||||| | ||||    
T  53761692 aaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaactttgtagttcc 53761791  T
Q  194 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaa 293  Q
    ||| || |||| |||||||||||||  ||| |   || | ||| ||||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||  | ||||| |||    
T  53761792 caagctagaggcgttgaacttgtcatttacgaaagttaacgataaaacactc--tgtgatctcgaagaattgtcgtgggcttttgca-atattactgaaa 53761888  T
Q  294 cgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaact 342  Q
    | |||| | ||| |||| || ||||||||||| ||| | ||||||||||    
T  53761889 cattgtgataatgtcacggacaagggagtgaaacatgtggaagaaaact 53761937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 178 - 259
Target Start/End: Original strand, 1519146 - 1519227
Alignment:
Q  178 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 259  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||||||||||    
T  1519146 tgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatgaataagcactctatgtgatctcaaa 1519227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 192 - 280
Target Start/End: Original strand, 1508021 - 1508109
Alignment:
Q  192 cccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||   ||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1508021 cccaaactagaagtgttgaacttgtcacataccaatgttgatgatgaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtgggcttttgca 1508109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 164 - 280
Target Start/End: Original strand, 1537757 - 1537873
Alignment:
Q  164 gaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagt 263  Q
    |||||| | |||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | || ||||  |||||||   ||| ||||||||| ||    
T  1537757 gaagctgcatggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaatgacaaaacactgtgtgtaatctcaaagtgt 1537856  T
Q  264 tgtcgtgggcttttgca 280  Q
    |||||||||||||||||    
T  1537857 tgtcgtgggcttttgca 1537873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 168 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 641020 - 640899
Alignment:
Q  168 ctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtc 267  Q
    ||||||||| |||| |||||| | || | | |||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||| |    
T  641020 ctacttggaatgaaatttgaactaccaatattggaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgcc 640921  T
Q  268 gtgggcttttgcacttgttact 289  Q
    |||| ||||||||  |||||||    
T  640920 gtggtcttttgcatctgttact 640899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 183 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 659799 - 659726
Alignment:
Q  183 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaa 258  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||  ||||||||||||    
T  659799 tttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttaataatgaaacact--atgtgatctcaa 659726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 178 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 7307955 - 7307844
Alignment:
Q  178 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 277  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||    ||||||||||| ||||   | ||||||||||||||||| || |||||||    
T  7307955 tgaactttaaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcatatacagaagttgatgatgaagcactacgtatgatctcaaagagttgttgtaggctttt 7307856  T
Q  278 gcacttgttact 289  Q
    |||| |||||||    
T  7307855 gcacctgttact 7307844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 161 - 287
Target Start/End: Original strand, 55505095 - 55505221
Alignment:
Q  161 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 260  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||||  | | ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||   |||| |||| ||||||  |||||| |||||||    
T  55505095 agtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaag 55505194  T
Q  261 agttgtcgtgggcttttgcacttgtta 287  Q
    | ||||||||| |||||||| ||||||    
T  55505195 aattgtcgtggacttttgcatttgtta 55505221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 644984 - 644885
Alignment:
Q  119 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 218  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | |||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  644984 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacttacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttagacttgtca 644885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 201 - 247
Target Start/End: Original strand, 12116602 - 12116648
Alignment:
Q  201 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaa 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  12116602 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttgatgatgaatcactcaa 12116648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 229 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 566233 - 566084
Alignment:
Q  229 ttgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaacca 328  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||  ||| |||  ||  |  | ||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  566233 ttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagtactgtcgtgggcttttgcagctgtcactgcaatataatcaaaatgttacagagaagggagtgaaaca 566134  T
Q  329 tatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttggaaggttgtt 378  Q
      | |  ||||||| | | |||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  566133 cctggtggaaaactgcacacaactgagagaaatcaagttggagggttgtt 566084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 178 - 325
Target Start/End: Original strand, 1489365 - 1489512
Alignment:
Q  178 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 277  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | || |  | ||||||||   ||| ||||||| | |||| |||||||||||    
T  1489365 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaacaacgaaacactgtgtgtaatctcaatgtgttgccgtgggctttt 1489464  T
Q  278 gcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 325  Q
    |||  | |||||  || | |||   ||| |||||||||||||||||||    
T  1489465 gcaactcttactggaagggtgttttaatgtcacagagaagggagtgaa 1489512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 96 - 218
Target Start/End: Original strand, 21834297 - 21834422
Alignment:
Q  96 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 192  Q
    ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||  || ||||||||| |  || |||  ||||||||||||| | |  | ||||||| | |||    
T  21834297 gaaggtatttgcgaagttttaaggaaatgttgtaagattaagcatttgaacttatcaggttgttataaagtgaagctacatagtatcaactttgtagttc 21834396  T
Q  193 ccaaactggaggtgttgaacttgtca 218  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||    
T  21834397 ccaagctggaggtgttggacttgtca 21834422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 280
Target Start/End: Original strand, 7225887 - 7225989
Alignment:
Q  178 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 277  Q
    ||||||||||| ||| | || ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  ||  |||   |||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  7225887 tgaactttgaagttctcgaattggaggtcttgaacttgtcacatacaagagttgatgacaaaggacttcgtgtgatatcaaagagttgttgtggactttt 7225986  T
Q  278 gca 280  Q
    |||    
T  7225987 gca 7225989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 148
Target Start/End: Original strand, 8186959 - 8187065
Alignment:
Q  45 ttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttt---aagatgttgtaagattagacagttga 141  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| | |||||  || |||||| || |||||||||||| |||||||    ||||||||| |||||||  | ||||    
T  8186959 ttccccaatttgcagttgcttgatttgagtcattgctatgacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttgaagagatgttgtgagattagggatttga 8187058  T
Q  142 acttagc 148  Q
    |||||||    
T  8187059 acttagc 8187065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 178 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 1545868 - 1545802
Alignment:
Q  178 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacact 244  Q
    |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    ||||||  ||||||||||||||||    
T  1545868 tgaactttaaagttcctaaactggaggtgttgaacttgttgtttacaagagttgatgatgaaacact 1545802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 116; Significance: 7e-59; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 280
Target Start/End: Original strand, 18315114 - 18315379
Alignment:
Q  18 gaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaa 117  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||   | |||  |  |||| | || |||||||||||| ||||||||     
T  18315114 gaaagcatcaaaatattttcttccattttccccaatttgcagttgcttgatttgagctactgcgataacatacctgaagaaggtatttgtcaagttttac 18315213  T
Q  118 gatgttgta---agattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaactt 214  Q
    || |||||    ||||||||||||||||||||||||||  || || | ||||||||| |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  18315214 gaagttgttctgagattagacagttgaacttagctcgtgattcaagaatgaagctacgtggaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttgaactt 18315313  T
Q  215 gtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
    |||||||||||   ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18315314 gtcacatacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctcaaagagttgtcgtaggcttttgca 18315379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 23 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 32151551 - 32151294
Alignment:
Q  23 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgt 122  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    ||||  |  |||||| || ||||| |||||| |||||||||||||     
T  32151551 catcaaaatgtttgcttccattttccctaatttgcaactgcttgatttgaggtgttgccataacatatctgaagaaggaatttgtcaagttttaagatgc 32151452  T
Q  123 tgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacata 222  Q
    | | ||||||| || ||||| ||  |  |  ||||| | |||||||| | |||| ||||||| ||| || |||| ||||||||||| |||||||||  ||    
T  32151451 tctgagattaggcatttgaatttcaccggctgtttacatgtgaagctgcgtggaatgaacttcgaagtttccaatctggaggtgttaaacttgtcatgta 32151352  T
Q  223 caagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
    ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32151351 caaggtttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 32151294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 178 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 27922603 - 27922404
Alignment:
Q  178 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 277  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27922603 tgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggctttt 27922504  T
Q  278 gcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttggaaggttgt 377  Q
    | | |||| |||  ||  ||||||  || ||||| ||||||||||||||||| | | |||||||| | | ||||||||| | |||| |||||| ||||||    
T  27922503 gaaattgtcacttgaaaattgtaatgatttcacaaagaagggagtgaaccatgtggtagaaaactgcactcaactgagaaagattagtttggatggttgt 27922404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 48 - 280
Target Start/End: Original strand, 34936034 - 34936269
Alignment:
Q  48 cccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaact 144  Q
    ||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||  |  ||||||||| | | ||||||||   ||||||| | |||||||| ||| |||    
T  34936034 cccaatttgcatctgcttgatttgagcgattgcagtggcatatctaatcaaggtatttatcatgttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtact 34936133  T
Q  145 tagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacact 244  Q
    | ||   | ||| ||||||||| || |   || ||| ||||||  |||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||||  |||||||| |||||||    
T  34936134 tggccgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttccaaaactagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacact 34936233  T
Q  245 caatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
    | |||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34936234 ctatgccatcgcaaagagttgtcgtgggcttttgca 34936269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 42 - 285
Target Start/End: Original strand, 17636262 - 17636512
Alignment:
Q  42 attttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagt 138  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||     |||||| |   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||   ||||| ||| ||||| || |    
T  17636262 attttccccaatttgcagctgcttgatttacgagattgcaataaaatatcagagaaaggtatttgtcaagttttaaggggatgttctaatattaggcatt 17636361  T
Q  139 tgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggac----tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatg 234  Q
    |||||||||  ||  ||| || |||||| |||| | ||     ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |  |||| |    
T  17636362 tgaacttaggccgatgttcaagagtgaaactacatcgatcgaatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcacaaacaggagttgacg 17636461  T
Q  235 atgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgt 285  Q
    ||||| || |  ||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  17636462 atgaagcattgtatgtgatctcaaagagttgtcttagacttttgcaattgt 17636512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 119 - 280
Target Start/End: Original strand, 28246240 - 28246399
Alignment:
Q  119 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 218  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||| ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28246240 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgttgttcaagactgaagctacatacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 28246339  T
Q  219 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
      ||||||  ||||  || || ||||| ||  |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  28246340 tttacaagagttga--ataaatcactctattggatctcaaagagttgtagcgggcttttgca 28246399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 173 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 21235658 - 21235542
Alignment:
Q  173 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 272  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||||||| |||||  ||    
T  21235658 tggagtgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatttgatttcaaagagctgtcgcagg 21235559  T
Q  273 cttttgcacttgttact 289  Q
    ||||||||  |||||||    
T  21235558 cttttgcaactgttact 21235542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 178 - 325
Target Start/End: Original strand, 17628018 - 17628165
Alignment:
Q  178 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 277  Q
    |||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| || |||||  |||||||||||||| ||||  |||||| ||    
T  17628018 tgaactttaaactttctaaattggaggtgttgaacttgtcacatactagagttgatgataaagcactccgtgtgatctcaaagaattgttttgggctctt 17628117  T
Q  278 gcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 325  Q
    | |  | |||||| ||  |||||||  | ||||||| |||||||||||    
T  17628118 gaaactattactagaattttgtaaaggtgtcacagacaagggagtgaa 17628165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 18 - 70
Target Start/End: Original strand, 17627900 - 17627952
Alignment:
Q  18 gaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgattt 70  Q
    |||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17627900 gaaaacatcaaaatgtttgcttccattttccccaatttgcaactgcttgattt 17627952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 44736570 - 44736530
Alignment:
Q  238 aaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 278  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44736570 aaacactcattgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttg 44736530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 95 - 390
Target Start/End: Original strand, 51113699 - 51113997
Alignment:
Q  95 cgaaggtatttgtgaagttttaa---gatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaatt 191  Q
    ||||||||||||| |||||||||   |||||||||| ||||| || ||||| ||||||    ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||  |    
T  51113699 cgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagct 51113798  T
Q  192 cccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaa 291  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| ||||||   ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||| |    
T  51113799 cccaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactga 51113898  T
Q  292 aacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttggaaggttgttttcaattgcatg 390  Q
    ||  |||| |  || ||||||||||||||||||| ||| | | |||||| | | |  |||| ||||| ||||||||  | ||||||||| || ||||||    
T  51113899 aaaattgttaccatgtcacagagaagggagtgaagcatgtggtagaaaaatgcacaaaactaagagagattaatttaaagggttgttttaaagtgcatg 51113997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 23 - 325
Target Start/End: Original strand, 13470581 - 13470883
Alignment:
Q  23 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---a 119  Q
    ||||| ||| ||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |  ||||| |  | ||||| |   |||||||||| ||||||||||   |    
T  13470581 catcataatgtttgcttccaatttccccaatttgcagctgcttgatttgaattgttgcaatctcttatcaaa---aggtatttgtcaagttttaaggata 13470677  T
Q  120 tgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcac 219  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||   | ||  ||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||     
T  13470678 tgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaa 13470777  T
Q  220 atacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaaggg 319  Q
    ||||||   || ||||| |||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||  | |||||  ||| |||| | ||| |||||||  ||||    
T  13470778 atacaaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaactttgtcataatgtcacagaagaggg 13470877  T
Q  320 agtgaa 325  Q
    ||||||    
T  13470878 agtgaa 13470883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 117 - 285
Target Start/End: Original strand, 51120836 - 51121004
Alignment:
Q  117 agatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgt 216  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||  |  || ||| || |||||| || | |||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  51120836 agatgttgtaacattagacacttgaacttcaccggttgttcaagagtgaaactgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgt 51120935  T
Q  217 cacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgt 285  Q
    | ||||||||  |||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  51120936 cgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgt 51121004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 325
Target Start/End: Original strand, 51764284 - 51764591
Alignment:
Q  18 gaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaa 117  Q
    |||| ||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | |  ||||| | |||||||  |   |||| | |||||||||||||    
T  51764284 gaaagcatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgattttaattcttgcaatcgcatatctaa---aggtgtctgtgaagttttaa 51764380  T
Q  118 g---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgta-gtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaact 213  Q
    |   ||||| ||||||||| || |||||| || | || | ||| || |||||||||||||||| ||||||||| | |||| || |||||||||||  |||    
T  51764381 ggagatgttctaagattaggcatttgaacctatc-cgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagact 51764479  T
Q  214 tgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacaga 313  Q
    |||||  |||||   |||||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| | |||||||||||  | |||||  ||| |||| | ||| |||  ||    
T  51764480 tgtcatttacaaaagttgatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgcgggcttttgcaactattactggaacattgtgataatgtcaagga 51764579  T
Q  314 gaagggagtgaa 325  Q
    ||||||||||||    
T  51764580 gaagggagtgaa 51764591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 193 - 261
Target Start/End: Original strand, 27005791 - 27005859
Alignment:
Q  193 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaaga 261  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||  |||| ||||||||||    
T  27005791 ccaaactggaggtcttgaacttgtcacatacaagaattgataatacaacactttatgtaatctcaaaga 27005859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 1657346 - 1657244
Alignment:
Q  178 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 277  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||  ||||  ||  | ||||| ||  |||||||||||||||  | ||||||||    
T  1657346 tgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacaatatatcactctattggatctcaaagagttgcagcgggctttt 1657247  T
Q  278 gca 280  Q
    |||    
T  1657246 gca 1657244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 180 - 237
Target Start/End: Original strand, 33714861 - 33714918
Alignment:
Q  180 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatg 237  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |  |||| ||||||||||    
T  33714861 aactttgaagtttccaaactggaggtgctgaacttgtcaaactcaagaattgatgatg 33714918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 193 - 233
Target Start/End: Original strand, 36811046 - 36811086
Alignment:
Q  193 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgat 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||    
T  36811046 ccaaactggaggtgttgaacttgtcccattcaagaattgat 36811086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 28)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 96 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 6432341 - 6432154
Alignment:
Q  96 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 192  Q
    |||||||||||| ||||||||||   |||||||||  ||| ||| |||||||||||   | || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||    
T  6432341 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 6432242  T
Q  193 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||    
T  6432241 ccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgtgggcttctgca 6432154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 96 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 6403040 - 6402855
Alignment:
Q  96 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 192  Q
    |||||||||||| ||||||||||   ||||||||| ||||| || ||||||||| || |  ||| || |||||||||||||||| | ||||||| | |||    
T  6403040 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttgcagttc 6402941  T
Q  193 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 278  Q
    || |||| || ||||||||||||||| |||| |   ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  6402940 cccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtagtgggcttttg 6402855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 96 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 6395044 - 6394768
Alignment:
Q  96 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 192  Q
    |||||||||||| |||||||||    |||||||||| ||| ||| ||||||||||||    ||| ||||||||| |||| |||| ||||||||| | |||    
T  6395044 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 6394945  T
Q  193 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaa 292  Q
    || | ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||   |||  |    
T  6394944 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaattacaacttga 6394845  T
Q  293 acgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttgg 369  Q
       |||||||||| ||||||| ||||| ||| | ||| | | |||||||| | | ||| ||||||| ||||||||||    
T  6394844 taattgtaaaaatgtcacagaaaagggtgtggaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagagattaatttgg 6394768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 43 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 7119387 - 7119152
Alignment:
Q  43 ttttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttta---agatgttgtaagattagacagtt 139  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||| |  ||||||    |||||||||||| ||||||||   ||||||| |||||||| ||| ||    
T  7119387 ttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatc---tgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacattt 7119291  T
Q  140 gaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaa 239  Q
    ||||||||| |   ||| || |||||||||||||||| |||||||||   ||| | | ||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||||||    
T  7119290 gaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaa 7119191  T
Q  240 acactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 278  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||| | |||||||||    
T  7119190 acactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttg 7119152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 43 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 7131865 - 7131630
Alignment:
Q  43 ttttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttta---agatgttgtaagattagacagtt 139  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||| |  ||||||    |||||||||||| ||||||||   ||||||| |||||||| ||| ||    
T  7131865 ttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatc---tgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacattt 7131769  T
Q  140 gaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaa 239  Q
    ||||||||| |   ||| || |||||||||||||||| |||||||||   ||| | | ||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||||||    
T  7131768 gaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaa 7131669  T
Q  240 acactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 278  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||| | |||||||||    
T  7131668 acactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttg 7131630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 158 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 6410121 - 6409999
Alignment:
Q  158 aaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctca 257  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  6410121 aaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctca 6410022  T
Q  258 aagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
    |||| |||| || ||||||||||    
T  6410021 aagaattgttgtcggcttttgca 6409999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 96 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 6416146 - 6415959
Alignment:
Q  96 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 192  Q
    |||||||||||| |||||||||    ||||||||||||| | || |||||||||||   | ||  |||||||||||||| |||| || |||||| | |||    
T  6416146 gaaggtatttgtcaagttttaaagatatgttgtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaaaagtgaagctacatggaatggactttgtagttc 6416047  T
Q  193 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||   || ||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  6416046 ccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaagaattgtagcgggcttttgca 6415959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 96 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 6426691 - 6426495
Alignment:
Q  96 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 192  Q
    |||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||||    ||| ||| ||||| |||| |||| ||||||||| | |||    
T  6426691 gaaggtatttgtgaagttttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaacgtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 6426592  T
Q  193 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 289  Q
    || | |||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||  |  ||| ||||||||||| |||| || || ||||||| || |||||    
T  6426591 ccgagctggaggtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaagaattgttgtcggattttgcaattattact 6426495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 96 - 325
Target Start/End: Original strand, 6585156 - 6585388
Alignment:
Q  96 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 192  Q
    |||||||||||| | ||||||||   ||||| ||| ||||| || ||||||||  || |  ||| || |||||||||||||||| | ||||||  | ||     
T  6585156 gaaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttttagtta 6585255  T
Q  193 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaa 292  Q
    || |  ||||||| |||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||| |  | ||||| ||    
T  6585256 cccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttctgcgcttttggaactattactgaa 6585355  T
Q  293 acgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 325  Q
    | ||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  6585356 aggttgtgaaaatgtcacagagaagggactgaa 6585388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 119 - 280
Target Start/End: Original strand, 11936220 - 11936381
Alignment:
Q  119 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 218  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11936220 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 11936319  T
Q  219 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
      ||||||  |||| ||| || ||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11936320 tttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 11936381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 119 - 280
Target Start/End: Original strand, 11948200 - 11948361
Alignment:
Q  119 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 218  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11948200 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 11948299  T
Q  219 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
      ||||||  |||| ||| || ||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11948300 tttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 11948361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 101 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 19632611 - 19632387
Alignment:
Q  101 tatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactg 200  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |  || ||||||||| ||||  ||| || ||| || ||||||||| | ||||||  | ||||||| ||     
T  19632611 tatttgtcaagttttaagatgttgtaagataacgcatttgaacttaactcgatgttcaatagttaacctacttggaataaactttctagttcccaagcta 19632512  T
Q  201 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgta 300  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||   ||||||||||   |||   |||||||||||||| |||| |||||||||||||  | ||||| |||  ||||     
T  19632511 gaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatgagcaactttttgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactcttactgaaaaattgtg 19632412  T
Q  301 aaaatatcacagagaagggagtgaa 325  Q
      |||||||||||||||||||||||    
T  19632411 ctaatatcacagagaagggagtgaa 19632387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 160 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 6423330 - 6423210
Alignment:
Q  160 aagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 259  Q
    |||||||||||| || | |||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||   ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  6423330 aagtgaagctacgtgcaatgaacttttaagttcccaagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaa 6423231  T
Q  260 gagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
    ||||||| ||||| |||||||    
T  6423230 gagttgttgtgggattttgca 6423210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 116 - 259
Target Start/End: Original strand, 6589265 - 6589408
Alignment:
Q  116 aagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttg 215  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||     ||   |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||    
T  6589265 aagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaacttg 6589364  T
Q  216 tcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 259  Q
    ||| |||||| | || ||||| |||||||  || ||||||||||    
T  6589365 tcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaa 6589408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 96 - 277
Target Start/End: Original strand, 6594525 - 6594709
Alignment:
Q  96 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 192  Q
    |||||||||||| ||||||||||   ||||| |||||||| ||| ||| ||||| |  |  ||| || ||||||||||| |||| | ||||||  | |||    
T  6594525 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagttc 6594624  T
Q  193 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 277  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||    |||||||||| |||||   |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  6594625 ccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtgatctcaaagaattgttgtgggctttt 6594709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 96 - 367
Target Start/End: Original strand, 7994101 - 7994375
Alignment:
Q  96 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 192  Q
    |||||||||||| | ||||||||   |||||||||||| || || |||||| ||||   | ||  || |||||||||||| ||| ||||||||| | |||    
T  7994101 gaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttc 7994200  T
Q  193 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaa 292  Q
    | || || |||||||||||| ||||| |||||||  || |||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||  | |||||  |    
T  7994201 cgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttga 7994300  T
Q  293 acgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaattt 367  Q
    || ||||||  || | || ||| |||||||||| ||| | | |||||||| | ||||||||| ||| ||| ||||    
T  7994301 actttgtaatgatgttaccgaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttattt 7994375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 173 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 9411455 - 9411339
Alignment:
Q  173 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 272  Q
    |||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || ||   ||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||     
T  9411455 tggattgaactttgaggttcccaagctggaggtgttgaacttgtcatatacaggtgttttcgatgaaatactctatgagatctcaaagaattgtcgtgga 9411356  T
Q  273 cttttgcacttgttact 289  Q
    ||||||||  |||||||    
T  9411355 cttttgcaactgttact 9411339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 158 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 12102381 - 12102274
Alignment:
Q  158 aaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctca 257  Q
    ||||||||| || | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||    
T  12102381 aaaagtgaaactgcatggattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacatgagttgataacgaagaactctatctgatttca 12102282  T
Q  258 aagagttg 265  Q
    ||||||||    
T  12102281 aagagttg 12102274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 190 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 28935132 - 28935055
Alignment:
Q  190 ttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtc 267  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||| |||||| |||||||||||||    
T  28935132 ttccccaactcgaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgacgatgaagcactcagtgtgatttcaaagagttgtc 28935055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 162 - 266
Target Start/End: Original strand, 6596916 - 6597020
Alignment:
Q  162 gtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaaga 261  Q
    ||||||| ||||| | | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| | |  ||||||||||    
T  6596916 gtgaagcgacttgaaataaactttgaaattccccagctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacactctacgctatctcaaaga 6597015  T
Q  262 gttgt 266  Q
     ||||    
T  6597016 attgt 6597020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 178 - 278
Target Start/End: Original strand, 6603206 - 6603306
Alignment:
Q  178 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 277  Q
    ||||||||| | ||||||| ||  |||||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  6603206 tgaactttgtacttcccaagctacaggtgttggacttggcagatacaggtgttgatgatgaaacagtctatgcgatctcaaagagttgtcctgggctttt 6603305  T
Q  278 g 278  Q
    |    
T  6603306 g 6603306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 180 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 14802429 - 14802331
Alignment:
Q  180 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 278  Q
    ||||||||| |||||||  |||| |||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||| ||||||    
T  14802429 aactttgaagttcccaagatggaagtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgttgtggtcttttg 14802331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 14818454 - 14818287
Alignment:
Q  201 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgta 300  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||   ||||| ||||||||||  || ||||||| |||| ||||  |||||||||||  || |||||  ||  |||||    
T  14818454 gaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttctgggcttttgcgattattacttgaaaattgta 14818355  T
Q  301 aaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttgg 369  Q
    | ||| ||||||||||||| ||||| ||| ||| |||||||| | | || ||||||| |||||||||||    
T  14818354 ataatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcacacagctgagag-aattaatttgg 14818287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 188 - 278
Target Start/End: Original strand, 10579750 - 10579840
Alignment:
Q  188 aattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 278  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||| |||||||| ||  ||||||||||| |||| || ||||||||    
T  10579750 aattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaacactctattcgatctcaaagaattgttgtcggcttttg 10579840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 96 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 14820873 - 14820597
Alignment:
Q  96 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 192  Q
    |||||||||||| ||| ||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||    | ||| |  |||||| |||| |||| | ||||||| | |||    
T  14820873 gaaggtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcaggagtgaaactacatggaattaactttgcagttc 14820774  T
Q  193 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaa 292  Q
    ||||  | |||||||||||||| ||| ||||||   ||||| ||||||||||  || ||||||| |||| |||| ||||||||||||  || |||||  |    
T  14820773 ccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttgtgggcttttgcgattattacttga 14820674  T
Q  293 acgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttgg 369  Q
    |   |||||  || ||||||||||||| ||||| ||| | | | |||||| | | || |||||||| ||||||||||    
T  14820673 aaaatgtaatgatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtggtaaaaaactgcacacagctgagagagattaatttgg 14820597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 161 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 9410814 - 9410751
Alignment:
Q  161 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacataca 224  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  9410814 agtgaagttaattggattgaactttgaagctcccaagttggaggtgttgaatttgtcacataca 9410751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 23 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 9411605 - 9411556
Alignment:
Q  23 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttga 72  Q
    ||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9411605 catcaaaaggtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgatttga 9411556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 178 - 278
Target Start/End: Original strand, 6586114 - 6586214
Alignment:
Q  178 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 277  Q
    ||||||||| | ||||||| || ||||||||| | |||||| | |||  | || ||||||||||||||  || ||||||||||| ||||| | |||||||    
T  6586114 tgaactttgtacttcccaagctagaggtgttggatttgtcaaaaacagatgttcatgatgaaacactctgtgcgatctcaaagatttgtcctaggctttt 6586213  T
Q  278 g 278  Q
    |    
T  6586214 g 6586214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 49 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 32267699 - 32267381
Alignment:
Q  49 ccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaactt 145  Q
    |||||||||| |||||||||||||  |||||  || ||||||| || ||||||||   | || |||||||   ||||||||| |||||||| ||||||||    
T  32267699 ccaatttgcagctgcttgatttgagcaattgttgtcgcatatctgaagaaggtatcgttcaatttttaaggatatgttgtaacattagacatttgaactt 32267600  T
Q  146 agctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactc 245  Q
    | | |   ||| || |||||| |||   | | ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||   ||||||||||| ||||     
T  32267599 atcccagtgttcaacagtgaaacta---gaaatgaactttgaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactt 32267503  T
Q  246 aatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcct 345  Q
     || ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||| |||  ||||||  |||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||| |     
T  32267502 tatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttgaaattgtcacttaaaaattgtaatgatatcacaaagaagggagtgaagcatgtagtagaaaactgca 32267403  T
Q  346 cgcaactgagagaaattaattt 367  Q
    ||||||| ||| | ||||||||    
T  32267402 cgcaacttagaaagattaattt 32267381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 23 - 325
Target Start/End: Original strand, 41889400 - 41889705
Alignment:
Q  23 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---a 119  Q
    ||||| ||| ||| |||| |||||||| |||||||| || ||||||||||  |||||  || ||||||  || |||||||||  | ||||||||||   |    
T  41889400 catcataatgtttgcttccattttccctaatttgcagctacttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgatgaaggtattactcaagttttaaggata 41889499  T
Q  120 tgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcac 219  Q
    |||||||| |||||| | ||||||||| |  |  ||| || |||||||||||||| | |||||||| || |||||||| |||||||||||||||| |||     
T  41889500 tgttgtaacattagatatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgttgaacttatcat 41889599  T
Q  220 atacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaaggg 319  Q
    ||||||   ||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||| | ||||||| | | |||||||| |||  |||| |  || ||||| |||||||    
T  41889600 atacaaaagttgatgatgaaacactttataagatctcaaagagttgttgcgggctttcgaaattgttacttaaaaattgttatgatgtcacaaagaaggg 41889699  T
Q  320 agtgaa 325  Q
    ||||||    
T  41889700 agtgaa 41889705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 181 - 380
Target Start/End: Original strand, 41901542 - 41901741
Alignment:
Q  181 actttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||| |||| |||||| |    
T  41901542 actttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggacttttgaa 41901641  T
Q  281 cttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttggaaggttgtttt 380  Q
     |||| |||  ||  ||||||  || ||||| ||||||||||||| ||| | | ||||||||   ||||| ||||| | |||| |||| | |||||||||    
T  41901642 attgtcacttcaagattgtaatgatgtcacaaagaagggagtgaagcatgtggtagaaaactgtacgcaattgagaaagattagtttgaatggttgtttt 41901741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 181 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 37937979 - 37937880
Alignment:
Q  181 actttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
    |||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  37937979 actttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagaattgatgatcaaacactctatgtaatctcaaagatgtgtcgtgggcttttgca 37937880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 117 - 280
Target Start/End: Original strand, 20478025 - 20478188
Alignment:
Q  117 agatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgt 216  Q
    |||||||||||| | || || |||||||||||| |  ||  || || ||||||||||||| | ||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  20478025 agatgttgtaagttaaggcatttgaacttagctggatgtcgaagagcgaagctacttggaataaacgttgtaattccccagctggaggtgttgaacttgt 20478124  T
Q  217 cacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
    || |||||| | ||||||| |||||| |   ||||||||||| || |||| |||||||||||||    
T  20478125 catatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggcttttgca 20478188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 180 - 278
Target Start/End: Original strand, 38267562 - 38267660
Alignment:
Q  180 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 278  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||| |||||| |||| ||||||||||  || ||||||||||||    
T  38267562 aactttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagagttgatgatgacacactctatgtaatctcaaagacgtgccgtgggcttttg 38267660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 146
Target Start/End: Original strand, 41901398 - 41901510
Alignment:
Q  37 cttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattag 133  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||  || ||||||  || |||||||||  | ||||||||||    |||||||| |||||    
T  41901398 cttccattttccccaatttgcagctgcttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgaagaaggtattgttcaagttttaaggatgtgttgtaacattag 41901497  T
Q  134 acagttgaactta 146  Q
    ||| |||||||||    
T  41901498 acatttgaactta 41901510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 44 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 10614822 - 10614586
Alignment:
Q  44 tttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttg 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |  | |||   | |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| || |||    
T  10614822 tttccccaatttgcaactgcttgatttgaatcgttgcaatctcttat---atgaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttg 10614726  T
Q  141 aacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaa 240  Q
    ||||||||   | ||  ||||||||||||||||||| ||||| |||   ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |   || ||||| |||    
T  10614725 aacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggttaatgataaaa 10614626  T
Q  241 cactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
    ||||| |||||||||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  10614625 cactctatgtgatctcgaagaactgtagtgggcttttgca 10614586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 97 - 280
Target Start/End: Original strand, 15092071 - 15092257
Alignment:
Q  97 aaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 193  Q
    ||||||||| | ||||||||||   ||||| |||| ||| ||| ||||||||| || |  ||||||  ||||| |||| |||| ||||||||| | ||||    
T  15092071 aaggtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaagtgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcc 15092170  T
Q  194 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
    | | |||||||||||||| |||||| | ||||   || ||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  15092171 cgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgca 15092257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 37 - 277
Target Start/End: Original strand, 1037524 - 1037767
Alignment:
Q  37 cttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattag 133  Q
    |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||     |||  |  |||||| || |||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||    
T  1037524 cttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttttaaggagatgttgtaaggttag 1037623  T
Q  134 acagttgaacttagc-tcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattga 232  Q
    ||| ||||| ||||| |  || || || |||||| |||||| || | |||||| || ||||  || | |||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  1037624 acatttgaatttagcctacta-ttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttga 1037722  T
Q  233 tgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 277  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  1037723 tgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggctttt 1037767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 180 - 280
Target Start/End: Original strand, 45245091 - 45245191
Alignment:
Q  180 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgc 279  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||| | ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45245091 aactttgaagttccaaaacttgaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgc 45245190  T
Q  280 a 280  Q
    |    
T  45245191 a 45245191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 33 - 278
Target Start/End: Original strand, 32785631 - 32785876
Alignment:
Q  33 ttttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagatta 132  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||   |||||  |  |||||| || |||||||||||| || |||||||||||| ||||||||    
T  32785631 ttttcttctattttttccaatttgcaactacttgatttgagctattgctataacatatctgaagaaggtatttgtcaatttttaagatgttctaagatta 32785730  T
Q  133 gacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattga 232  Q
    |||| ||||| || |  |    || || | |  |||  | | || |||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32785731 gacatttgaatttggaccacttttcaagaatcgagcaccgtcgaatgaactttaaagctcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagaattga 32785830  T
Q  233 tgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 278  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||  |||| || ||||||||||    
T  32785831 tgatgaagcactttatgtgatctcaataagttttcatgggcttttg 32785876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 161 - 359
Target Start/End: Original strand, 19468486 - 19468684
Alignment:
Q  161 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 260  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  19468486 agtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactttatgtgatctcaaag 19468585  T
Q  261 agttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaa 359  Q
    |  ||| |||| |||||| | || ||  |  |  |||||||  || |||||||||| |||||||| ||| |  ||||||| | ||| ||||||||||||    
T  19468586 aactgttgtggacttttggaattatttgtggacggttgtaatgatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgaaagaaaattgctcacaactgagagaa 19468684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 207 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 7554554 - 7554393
Alignment:
Q  207 ttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaata 306  Q
    |||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||||| ||| | ||| | |||     
T  7554554 ttgaacttatcatatacaagtgttgatgatgaagcactctatatgatctcaaagagttgtggtggacttttacaactgttactgaaaggatgtgataatg 7554455  T
Q  307 tcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaactcctcgcaactgagagaaattaatttg 368  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| | | |||||||| | ||| ||| | ||| |||||||||    
T  7554454 tcacagaaaagggagtgaagcatgtggtagaaaactgcacgctactcaaagagattaatttg 7554393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 178 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 52082676 - 52082582
Alignment:
Q  178 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 272  Q
    |||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||    
T  52082676 tgaactttcaagtttccaaattggaggtgttgaacttgtcaaagacaaaaattgatgatgaaacattgtatgtgatctcaaagagttgttgtggg 52082582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 52092955 - 52092776
Alignment:
Q  95 cgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaactt-agctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 193  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||| || || | ||  || | |||| ||||||  | |||||||| || || |    
T  52092955 cgaaggtattgttgaagttttaagatgttgtaaaattactcatttgaacttgagatcttggtc-aacattgaatctactttcaatgaactttcaagtttc 52092857  T
Q  194 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 274  Q
    |||| ||||||||||||||||| || | ||||  ||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||| | |||||||    
T  52092856 caaattggaggtgttgaacttggcaaagacaaaaattgatgatgacacattgtatgtgatctcaaagagtttttgtgggct 52092776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 183 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 9586729 - 9586632
Alignment:
Q  183 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 280  Q
    |||||| | ||||| || |||||||||||||||||| |||||  | || |||||||||||||  |||||| ||||| || ||||||||| ||||||||    
T  9586729 tttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacagatgttaatgatgaaacactttatgtgacctcaatgaattgtcgtggacttttgca 9586632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 43634979 - 43634891
Alignment:
Q  201 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 289  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||   |||| |||| ||||||  |||||| |||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||    
T  43634979 gaggcgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgtggacttttgaatttgttact 43634891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 207 - 325
Target Start/End: Original strand, 29718956 - 29719074
Alignment:
Q  207 ttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaata 306  Q
    |||||||||||| |||| |   |||||||| || ||||| || | || |||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||  || ||||||  |||     
T  29718956 ttgaacttgtcatataccaacgttgatgataaatcactccatatcatatcaacgagttgttgtggccttttgcaattgttactggaaagttgtatgaatg 29719055  T
Q  307 tcacagagaagggagtgaa 325  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  29719056 tcacagagaatggagtgaa 29719074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 86 - 274
Target Start/End: Original strand, 533 - 724
Alignment:
Q  86 catatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaac 182  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| ||||   ||||||||||  |||||| ||||| |||||     ||| || |||||| |||||| || | |||    
T  533 catatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaac 632  T
Q  183 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 274  Q
    ||| || ||||  || | |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||| |||| |||| |||||||    
T  633 tttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatctcgaagaattgttgtgggct 724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 165 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 39285 - 39176
Alignment:
Q  165 aagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagtt 264  Q
    |||||||||||| |||||||||||||       || ||||||||||||||| ||  |||||   || |||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  39285 aagctacttggattgaactttgaaat-------ctcgaggtgttgaacttgacatttacaaaggttaatgatgaaacactttatgtgatctcaaagagtt 39193  T
Q  265 gtcgtgggcttttgcac 281  Q
    || ||||||||||||||    
T  39192 gtagtgggcttttgcac 39176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 188 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 88924 - 88822
Alignment:
Q  188 aattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgtta 287  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||   ||||  || || |||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |    
T  88924 aattcacaaactggaggtattgaacttgtcaagaacaatcatagacgatgaagcactccatgtgatctcaaagaggtgtcatgggcttttgcaattgtaa 88825  T
Q  288 cta 290  Q
    |||    
T  88824 cta 88822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 101 - 266
Target Start/End: Original strand, 1388 - 1559
Alignment:
Q  101 tatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaa 197  Q
    ||||||| ||||||||||   ||||| |||||||||||| |||||||||||  |  ||| |   ||| | ||| ||| | ||||||||| | |||| ||     
T  1388 tatttgtcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaag 1487  T
Q  198 ctggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgat---gatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgt 266  Q
    || ||||||||| |||||||| |||||| | |||||   |||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  1488 ctagaggtgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgt 1559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University