View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2258_1D_low_4 (Length: 621)

Name: NF2258_1D_low_4
Description: NF2258_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2258_1D_low_4
NF2258_1D_low_4
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (50-471)||(9359327-9359733)
chr1 (50-598)||(9335589-9336113)
chr1 (50-244)||(8959975-8960169)
chr1 (50-244)||(8936454-8936648)
chr1 (50-241)||(9244945-9245133)
chr1 (50-254)||(8924813-8925017)
chr1 (466-612)||(9362909-9363055)
chr1 (50-244)||(9306719-9306913)
chr1 (50-211)||(9475209-9475370)
chr1 (275-364)||(9244843-9244932)
chr1 (47-199)||(8945945-8946097)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (50-254)||(9168481-9168685)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (50-211)||(15912700-15912861)
chr6 (296-330)||(15912617-15912651)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 50 - 471
Target Start/End: Original strand, 9359327 - 9359733
Alignment:
Q  50 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 149  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9359327 acatagtatttacctgaaaacagagttaacacggtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcataagtc 9359426  T
Q  150 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttaattgtattagtaattgcatcatatgtttgatgaggagg 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||      |    
T  9359427 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttgccgcatgaagaaggtggacaatatgtttggttatttgtattagtaattgcatcacatgtttgat------g 9359520  T
Q  250 atgataatgcaatattaacacagtaagtaacacagtaaccaccgtcacaatttggaggaagcataaaagtgatattgattctgcataaccggtgaaggat 349  Q
    ||||| |||||||            |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||    
T  9359521 atgatgatgcaat------------agtaacacagtaaccaccttcacaatttggaggaagcttaaaagtgatattgattcctcataacaggtgaaggat 9359608  T
Q  350 ttccctctgctcatgnnnnnnngctgaa---aattttcatttatctaaaagggaacttgtattagaggacttttagtggtggttcttaacgggtagaagg 446  Q
    |||||||||||||||       ||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9359609 ttccctctgctcatgtttttttgctgaaaataattttcacttatctaaaagggaacttgtataagaggacttttagtggtggttcttaacaggtagaagg 9359708  T
Q  447 tatgattctcattttatagtttttt 471  Q
    |||||| ||||||||||||||||||    
T  9359709 tatgatgctcattttatagtttttt 9359733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 50 - 598
Target Start/End: Original strand, 9335589 - 9336113
Alignment:
Q  50 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 149  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  9335589 acatagtatttacctgaaaacagagttaacgctgtgatgttgttttcgcaggataactcgtactttggatcaccacaggttgctgggtcattcttaagtc 9335688  T
Q  150 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttaattgtattagtaattgcatcatatgtttgatgaggagg 249  Q
    |||| ||||||   |||||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||      |    
T  9335689 gaaacggatgtttgatgttgctgattttgccgcatgaagaaggtggacaatatgttttgttatttgtattagtaattgcatcacatgtttgat------g 9335782  T
Q  250 atgataatgcaatattaacacagtaagtaacacagtaaccaccgtcacaatttggaggaagcataaaagtgatattgattctgcataaccggtgaaggat 349  Q
    ||||| |||||||            |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||    
T  9335783 atgatgatgcaat------------agtaacacagtaaccaccatcacaatttggaggaagcttaaaagtgatattgattcctcataacaggtgaaggat 9335870  T
Q  350 ttccctctgctcatgnnnnnnngctgaa---aattttcatttatctaaaagggaacttgtattagaggacttttagtggtggttcttaacgggtagaagg 446  Q
    |||||||||||||||       ||||||   |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||       |||||||||||||||| |||||||||    
T  9335871 ttccctctgctcatgtttttttgctgaaaataattctcacttatctaaaagggaacttgtataagag-------agtggtggttcttaacaggtagaagg 9335963  T
Q  447 tatgattctcattttatagttttttatagagtagtgatacatatacaaccatttgtgacttttccaacaaatacttttccatacacactaccctcgatta 546  Q
    ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  9335964 tatgattctcattatatag--ttttatagagtagtgatacatgtacaaccatttgtgacatctccaacaaatatttttccatacacactaccctcgatca 9336061  T
Q  547 atggttaagac---attcaaatatctatgttggtgactcattctaccattttggt 598  Q
    || ||||| ||   | |||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||    
T  9336062 atagttaaaacagtactcaaatatcta---tggtgactcattctaacattttggt 9336113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 50 - 244
Target Start/End: Original strand, 8959975 - 8960169
Alignment:
Q  50 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 149  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||| ||||||||    
T  8959975 acatagtatttacccgacaacaaagttaaggttgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacctcggatcaccacatgatgttgggtcatccttaagtc 8960074  T
Q  150 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttaattgtattagtaattgcatcatatgtttgatga 244  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  8960075 gaaaaggatgtgatatgtttccaattttgccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttactagtatttgtaattgcatcacatgtttgatga 8960169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 50 - 244
Target Start/End: Original strand, 8936454 - 8936648
Alignment:
Q  50 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 149  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||   |||||| |||| ||||||||    
T  8936454 acatagtatttacccgacaacagagttaacattgtgatgttgttttcgcaggataactcataccttggatcaccacatgatgttggatcatccttaagtc 8936553  T
Q  150 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttaattgtattagtaattgcatcatatgtttgatga 244  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  8936554 gaaatggatgtgttatgtttgtgattttgccgcatgaagaaggtggacagaatgtttggttactagtatttgtaattgcatcacatgtttgatga 8936648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 50 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 9245133 - 9244945
Alignment:
Q  50 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 149  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9245133 acatagtacttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcatacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcataagtc 9245034  T
Q  150 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttaattgtattagtaattgcatcatatgtttga 241  Q
    |||| ||||||   |||||  ||||||| |||||||||||||||||||   || |||||||| ||| ||||||||| |||||| | ||||||    
T  9245033 gaaacggatgtttgatgttgctgatttttccacatgaagaaggtggac---atatttggttatttgaattagtaatggcatcacaagtttga 9244945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 50 - 254
Target Start/End: Original strand, 8924813 - 8925017
Alignment:
Q  50 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 149  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  8924813 acatagtatttactcgacaatagagttaaagttgttatgttgttttcgcaggataactcgtacctcggatcaccacaggttgttggatcattcttaagtc 8924912  T
Q  150 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttaattgtattagtaattgcatcatatgtttgatgaggagg 249  Q
    |||| |||| |  ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||| || |    
T  8924913 gaaacggatattttatgttgttgattttgccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttactagtatttgtaattgcatcacatgtttgatgatgatg 8925012  T
Q  250 atgat 254  Q
    |||||    
T  8925013 atgat 8925017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 466 - 612
Target Start/End: Original strand, 9362909 - 9363055
Alignment:
Q  466 ttttttatagagtagtgatacatatacaaccatttgtgacttttccaacaaatacttttccatacacactaccctcgattaatggttaagacattcaaat 565  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  9362909 ttttttatagagtagtgatatatgtacaaccatttgtgacttctccaacaaatatttttccatacacactaccctcgattaataattaagacactcaaat 9363008  T
Q  566 atctatgttggtgactcattctaccattttggtcttgcaagtataat 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  9363009 atctatgttggtgactcattctaccatttgggtcttgtaagtttaat 9363055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 50 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 9306913 - 9306719
Alignment:
Q  50 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 149  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||| ||| ||||||| |||||    
T  9306913 acatagtatttacctgaaaacaaagttaacgttgtgatgttgttttcgcaggataactcatacctcggatcaccgcagtttgctggatcattctgaagtc 9306814  T
Q  150 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttaattgtattagtaattgcatcatatgtttgatga 244  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| | |||||||| || | ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| | || ||||||||    
T  9306813 gaaaaggatgttttatgtttctgattgtgccacatgatgaggatggacaatatgtttggttattagtaatagtaattgcataacatctttgatga 9306719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 50 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 9475370 - 9475209
Alignment:
Q  50 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 149  Q
    |||| ||| |||||||||| || |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  9475370 acattgtagttacccgaaagcaaagttaacgttgtgatgttgtttacgcaggataactcgtacctcggatcaccacaggttgttggatcattcttgagtc 9475271  T
Q  150 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggtta 211  Q
    |||| ||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9475270 gaaacggatgttttatgtttgtgagtttgccacatgaagaaggtggacaatttgtttggtta 9475209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 275 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 9244932 - 9244843
Alignment:
Q  275 agtaacacagtaaccaccgtcacaatttggaggaagcataaaagtgatattgattctgcataaccggtgaaggatttccctctgctcatg 364  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  9244932 agtagcacagcaaccaccgtcacaatttggaggaagcttaaaagtgatattgattccgcataacaggagaaggatttccctctgctcatg 9244843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 47 - 199
Target Start/End: Original strand, 8945945 - 8946097
Alignment:
Q  47 tttacatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaa 146  Q
    ||||||| ||||||||| |||| |||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||    
T  8945945 tttacatggtatttaccagaaagcagctttaacattgtgatgtttttttcgcaggataactcgtacctcggatcaccgcaggttgctggatcattcttaa 8946044  T
Q  147 gtcgaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaa 199  Q
    |||| || ||||    ||||||  ||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  8946045 gtcggaagggatactttatgttgctgattttgccacatgaagaagggggacaa 8946097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 85; Significance: 3e-40; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 50 - 254
Target Start/End: Original strand, 9168481 - 9168685
Alignment:
Q  50 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 149  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||    
T  9168481 acatagtatttaccccaaaacagacttagcgttgtgatgttgttttcacaggataactcgtacctcggatcaccacagtttgttggatcatttttaagtc 9168580  T
Q  150 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttaattgtattagtaattgcatcatatgtttgatgaggagg 249  Q
    | || ||||||  ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||    ||||| || |||||||| ||| ||||||| || |    
T  9168581 ggaacggatgttttatgtttctcattttgccacatgaagaaggtggacataatttttggttatcactattactagttgcatcacatgcttgatgatgatg 9168680  T
Q  250 atgat 254  Q
    |||||    
T  9168681 atgat 9168685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 78; Significance: 5e-36; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 50 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 15912861 - 15912700
Alignment:
Q  50 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 149  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| | | |||||||||||||||||    
T  15912861 acatagtacttacctgaaaacagatttaaggttgtgatgttgttttcgcaggataactcgtagctcggatccccacaggtcgctgggtcattcttaagtc 15912762  T
Q  150 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggtta 211  Q
    |||| ||||||  ||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  15912761 gaaatggatgttttatgttgctgattttaccgcatgaagaagttggacaaaatgttttgtta 15912700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 296 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 15912651 - 15912617
Alignment:
Q  296 acaatttggaggaagcataaaagtgatattgattc 330  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15912651 acaatttggaggaagcatacaagtgatattgattc 15912617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University