View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2258_2D_high_3 (Length: 588)

Name: NF2258_2D_high_3
Description: NF2258_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2258_2D_high_3
NF2258_2D_high_3
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (22-443)||(9359327-9359733)
chr1 (22-570)||(9335589-9336113)
chr1 (22-216)||(8959975-8960169)
chr1 (22-216)||(8936454-8936648)
chr1 (22-213)||(9244945-9245133)
chr1 (22-226)||(8924813-8925017)
chr1 (438-584)||(9362909-9363055)
chr1 (22-216)||(9306719-9306913)
chr1 (22-183)||(9475209-9475370)
chr1 (247-336)||(9244843-9244932)
chr1 (19-171)||(8945945-8946097)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (22-226)||(9168481-9168685)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (22-183)||(15912700-15912861)
chr6 (268-302)||(15912617-15912651)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 22 - 443
Target Start/End: Original strand, 9359327 - 9359733
Alignment:
Q  22 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 121  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9359327 acatagtatttacctgaaaacagagttaacacggtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcataagtc 9359426  T
Q  122 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttaattgtattagtaattgcatcatatgtttgatgaggagg 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||      |    
T  9359427 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttgccgcatgaagaaggtggacaatatgtttggttatttgtattagtaattgcatcacatgtttgat------g 9359520  T
Q  222 atgataatgcaatattaacacagtaagtaacacagtaaccaccgtcacaatttggaggaagcataaaagtgatattgattctgcataaccggtgaaggat 321  Q
    ||||| |||||||            |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||    
T  9359521 atgatgatgcaat------------agtaacacagtaaccaccttcacaatttggaggaagcttaaaagtgatattgattcctcataacaggtgaaggat 9359608  T
Q  322 ttccctctgctcatgnnnnnnngctgaa---aattttcatttatctaaaagggaacttgtattagaggacttttagtggtggttcttaacgggtagaagg 418  Q
    |||||||||||||||       ||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9359609 ttccctctgctcatgtttttttgctgaaaataattttcacttatctaaaagggaacttgtataagaggacttttagtggtggttcttaacaggtagaagg 9359708  T
Q  419 tatgattctcattttatagtttttt 443  Q
    |||||| ||||||||||||||||||    
T  9359709 tatgatgctcattttatagtttttt 9359733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 22 - 570
Target Start/End: Original strand, 9335589 - 9336113
Alignment:
Q  22 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 121  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  9335589 acatagtatttacctgaaaacagagttaacgctgtgatgttgttttcgcaggataactcgtactttggatcaccacaggttgctgggtcattcttaagtc 9335688  T
Q  122 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttaattgtattagtaattgcatcatatgtttgatgaggagg 221  Q
    |||| ||||||   |||||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||      |    
T  9335689 gaaacggatgtttgatgttgctgattttgccgcatgaagaaggtggacaatatgttttgttatttgtattagtaattgcatcacatgtttgat------g 9335782  T
Q  222 atgataatgcaatattaacacagtaagtaacacagtaaccaccgtcacaatttggaggaagcataaaagtgatattgattctgcataaccggtgaaggat 321  Q
    ||||| |||||||            |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||    
T  9335783 atgatgatgcaat------------agtaacacagtaaccaccatcacaatttggaggaagcttaaaagtgatattgattcctcataacaggtgaaggat 9335870  T
Q  322 ttccctctgctcatgnnnnnnngctgaa---aattttcatttatctaaaagggaacttgtattagaggacttttagtggtggttcttaacgggtagaagg 418  Q
    |||||||||||||||       ||||||   |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||       |||||||||||||||| |||||||||    
T  9335871 ttccctctgctcatgtttttttgctgaaaataattctcacttatctaaaagggaacttgtataagag-------agtggtggttcttaacaggtagaagg 9335963  T
Q  419 tatgattctcattttatagttttttatagagtagtgatacatatacaaccatttgtgacttttccaacaaatacttttccatacacactaccctcgatta 518  Q
    ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  9335964 tatgattctcattatatag--ttttatagagtagtgatacatgtacaaccatttgtgacatctccaacaaatatttttccatacacactaccctcgatca 9336061  T
Q  519 atggttaagac---attcaaatatctatgttggtgactcattctaccattttggt 570  Q
    || ||||| ||   | |||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||    
T  9336062 atagttaaaacagtactcaaatatcta---tggtgactcattctaacattttggt 9336113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 22 - 216
Target Start/End: Original strand, 8959975 - 8960169
Alignment:
Q  22 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 121  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||| ||||||||    
T  8959975 acatagtatttacccgacaacaaagttaaggttgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacctcggatcaccacatgatgttgggtcatccttaagtc 8960074  T
Q  122 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttaattgtattagtaattgcatcatatgtttgatga 216  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  8960075 gaaaaggatgtgatatgtttccaattttgccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttactagtatttgtaattgcatcacatgtttgatga 8960169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 22 - 216
Target Start/End: Original strand, 8936454 - 8936648
Alignment:
Q  22 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 121  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||   |||||| |||| ||||||||    
T  8936454 acatagtatttacccgacaacagagttaacattgtgatgttgttttcgcaggataactcataccttggatcaccacatgatgttggatcatccttaagtc 8936553  T
Q  122 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttaattgtattagtaattgcatcatatgtttgatga 216  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  8936554 gaaatggatgtgttatgtttgtgattttgccgcatgaagaaggtggacagaatgtttggttactagtatttgtaattgcatcacatgtttgatga 8936648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 22 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 9245133 - 9244945
Alignment:
Q  22 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 121  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9245133 acatagtacttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcatacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcataagtc 9245034  T
Q  122 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttaattgtattagtaattgcatcatatgtttga 213  Q
    |||| ||||||   |||||  ||||||| |||||||||||||||||||   || |||||||| ||| ||||||||| |||||| | ||||||    
T  9245033 gaaacggatgtttgatgttgctgatttttccacatgaagaaggtggac---atatttggttatttgaattagtaatggcatcacaagtttga 9244945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 22 - 226
Target Start/End: Original strand, 8924813 - 8925017
Alignment:
Q  22 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 121  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  8924813 acatagtatttactcgacaatagagttaaagttgttatgttgttttcgcaggataactcgtacctcggatcaccacaggttgttggatcattcttaagtc 8924912  T
Q  122 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttaattgtattagtaattgcatcatatgtttgatgaggagg 221  Q
    |||| |||| |  ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||| || |    
T  8924913 gaaacggatattttatgttgttgattttgccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttactagtatttgtaattgcatcacatgtttgatgatgatg 8925012  T
Q  222 atgat 226  Q
    |||||    
T  8925013 atgat 8925017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 438 - 584
Target Start/End: Original strand, 9362909 - 9363055
Alignment:
Q  438 ttttttatagagtagtgatacatatacaaccatttgtgacttttccaacaaatacttttccatacacactaccctcgattaatggttaagacattcaaat 537  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  9362909 ttttttatagagtagtgatatatgtacaaccatttgtgacttctccaacaaatatttttccatacacactaccctcgattaataattaagacactcaaat 9363008  T
Q  538 atctatgttggtgactcattctaccattttggtcttgcaagtataat 584  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  9363009 atctatgttggtgactcattctaccatttgggtcttgtaagtttaat 9363055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 22 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 9306913 - 9306719
Alignment:
Q  22 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 121  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||| ||| ||||||| |||||    
T  9306913 acatagtatttacctgaaaacaaagttaacgttgtgatgttgttttcgcaggataactcatacctcggatcaccgcagtttgctggatcattctgaagtc 9306814  T
Q  122 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttaattgtattagtaattgcatcatatgtttgatga 216  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| | |||||||| || | ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| | || ||||||||    
T  9306813 gaaaaggatgttttatgtttctgattgtgccacatgatgaggatggacaatatgtttggttattagtaatagtaattgcataacatctttgatga 9306719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 22 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 9475370 - 9475209
Alignment:
Q  22 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 121  Q
    |||| ||| |||||||||| || |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  9475370 acattgtagttacccgaaagcaaagttaacgttgtgatgttgtttacgcaggataactcgtacctcggatcaccacaggttgttggatcattcttgagtc 9475271  T
Q  122 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggtta 183  Q
    |||| ||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9475270 gaaacggatgttttatgtttgtgagtttgccacatgaagaaggtggacaatttgtttggtta 9475209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 247 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 9244932 - 9244843
Alignment:
Q  247 agtaacacagtaaccaccgtcacaatttggaggaagcataaaagtgatattgattctgcataaccggtgaaggatttccctctgctcatg 336  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  9244932 agtagcacagcaaccaccgtcacaatttggaggaagcttaaaagtgatattgattccgcataacaggagaaggatttccctctgctcatg 9244843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 19 - 171
Target Start/End: Original strand, 8945945 - 8946097
Alignment:
Q  19 tttacatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaa 118  Q
    ||||||| ||||||||| |||| |||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||    
T  8945945 tttacatggtatttaccagaaagcagctttaacattgtgatgtttttttcgcaggataactcgtacctcggatcaccgcaggttgctggatcattcttaa 8946044  T
Q  119 gtcgaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaa 171  Q
    |||| || ||||    ||||||  ||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  8946045 gtcggaagggatactttatgttgctgattttgccacatgaagaagggggacaa 8946097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 85; Significance: 3e-40; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 22 - 226
Target Start/End: Original strand, 9168481 - 9168685
Alignment:
Q  22 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 121  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||    
T  9168481 acatagtatttaccccaaaacagacttagcgttgtgatgttgttttcacaggataactcgtacctcggatcaccacagtttgttggatcatttttaagtc 9168580  T
Q  122 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggttaattgtattagtaattgcatcatatgtttgatgaggagg 221  Q
    | || ||||||  ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||    ||||| || |||||||| ||| ||||||| || |    
T  9168581 ggaacggatgttttatgtttctcattttgccacatgaagaaggtggacataatttttggttatcactattactagttgcatcacatgcttgatgatgatg 9168680  T
Q  222 atgat 226  Q
    |||||    
T  9168681 atgat 9168685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 78; Significance: 5e-36; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 22 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 15912861 - 15912700
Alignment:
Q  22 acatagtatttacccgaaaacagagttaacactgtgatgttgttttcgcaggataactcgtacttcggatcaccacagcttgttgggtcattcttaagtc 121  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| | | |||||||||||||||||    
T  15912861 acatagtacttacctgaaaacagatttaaggttgtgatgttgttttcgcaggataactcgtagctcggatccccacaggtcgctgggtcattcttaagtc 15912762  T
Q  122 gaaaaggatgtgatatgtttgtgattttaccacatgaagaaggtggacaatatgtttggtta 183  Q
    |||| ||||||  ||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  15912761 gaaatggatgttttatgttgctgattttaccgcatgaagaagttggacaaaatgttttgtta 15912700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 268 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 15912651 - 15912617
Alignment:
Q  268 acaatttggaggaagcataaaagtgatattgattc 302  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15912651 acaatttggaggaagcatacaagtgatattgattc 15912617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University