View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2260_low_3 (Length: 420)

Name: NF2260_low_3
Description: NF2260
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2260_low_3
NF2260_low_3
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-397)||(4841024-4841420)
chr4 (1-397)||(5174099-5174498)
chr4 (1-311)||(5183530-5183840)
chr4 (1-309)||(5196931-5197239)
chr4 (1-311)||(5215074-5215384)
chr4 (1-311)||(4855530-4855840)
chr4 (1-309)||(5161249-5161557)
chr4 (55-293)||(7143411-7143649)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 4841024 - 4841420
Alignment:
Q  1 gtatgacacattgaagatttctaaaaaattcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaagactctctatttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4841024 gtatgacacattgaagatttctaaaaagttcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaagactctctatttgg 4841123  T
Q  101 gtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacgtgagaagggatga 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || |||||||| |    
T  4841124 gtaagatttgaaaaagtgattggaatgggacctgacaagtgattatgtgatagattcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatttgggaagggataa 4841223  T
Q  201 cacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctaaactccacttc 300  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4841224 cacctgttaaattattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctaaactccacttc 4841323  T
Q  301 aaattgtagatatttcaacgaatttccaatccatggatgtcgaatcaacaaactagcattgaaggaaatagctgtaggagctttgtacattgagaat 397  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4841324 aaattgtagatttttcaacgaatttccaatccatggatgtcgaatcaacaaactagcattgaaggaaatagctgttggagctttgtacattgagaat 4841420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 5174498 - 5174099
Alignment:
Q  1 gtatgacacattgaagatttctaaaaaattcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaagactctctatttgg 100  Q
    |||||||||||||||| ||   ||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174498 gtatgacacattgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggtatcttaccactcaagtcattgtatgataagtcaagactctctatttgg 5174399  T
Q  101 gtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacgtgagaagggatga 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  5174398 gtaagatttgaaaaagtgattggaatgggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatttgagaagggatga 5174299  T
Q  201 cacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctaaactccacttc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5174298 cacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctctagaactatacccttgtaagagtattcattgtgctttgttctgaactccacttc 5174199  T
Q  301 aaattgtag---atatttcaacgaatttccaatccatggatgtcgaatcaacaaactagcattgaaggaaatagctgtaggagctttgtacattgagaat 397  Q
    |||||||||    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||    
T  5174198 aaattgtagttcttctttcaacgaatttccaatccatggatgtcgaatcaacaaactagcattgaaggaaatatctgtaggagctccgtacattgagaat 5174099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 5183840 - 5183530
Alignment:
Q  1 gtatgacacattgaagatttctaaaaaattcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaagactctctatttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5183840 gtatgacacattgaagatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctctctatttgg 5183741  T
Q  101 gtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacgtgagaagggatga 200  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  5183740 gtaagttttgaaaaagttattggaataggaccagacaagtaattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaatttgagaagggatga 5183641  T
Q  201 cacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctaaactccacttc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  5183640 cacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatgatctttagaactatacccttgtaaaagtaatcatagtgctttgttctaaactgcacttc 5183541  T
Q  301 aaattgtagat 311  Q
    ||||| |||||    
T  5183540 aaattctagat 5183530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 5197239 - 5196931
Alignment:
Q  1 gtatgacacattgaagatttctaaaaaattcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaagactctctatttgg 100  Q
    |||||||||||||||| ||   ||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5197239 gtatgacacattgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggtatcttaccactcaagtcattgtatgataagtcaagactctctatttgg 5197140  T
Q  101 gtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacgtgagaagggatga 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  5197139 gtaagatttgaaaaagtgattggaatgggacctgacaagtgattatgtgatagattcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatttgagaagggatga 5197040  T
Q  201 cacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctaaactccacttc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  5197039 cacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctctagaactttacccttgtaaaagtattcatagtgctttgttctgaactccacttc 5196940  T
Q  301 aaattgtag 309  Q
     || |||||    
T  5196939 caaatgtag 5196931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 5215384 - 5215074
Alignment:
Q  1 gtatgacacattgaagatttctaaaaaattcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaagactctctatttgg 100  Q
    |||||| ||||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5215384 gtatgatacattgaaggttgataaaaagttcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctctctatttgg 5215285  T
Q  101 gtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacgtgagaagggatga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||  ||||  |||||||||||||    
T  5215284 gtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgataggttcaaggctctaacttgttgaaggtgaccaatttgagaagggatga 5215185  T
Q  201 cacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctaaactccacttc 300  Q
     ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||    
T  5215184 gacctgttaggttattccatgataaatccaatccagtcatattctctagaactttacccttgtaaaagtattcatagtgctttgttctgaactccacctc 5215085  T
Q  301 aaattgtagat 311  Q
    |||||||||||    
T  5215084 aaattgtagat 5215074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 311
Target Start/End: Original strand, 4855530 - 4855840
Alignment:
Q  1 gtatgacacattgaagatttctaaaaaattcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaagactctctatttgg 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |  |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  4855530 gtatgacacattgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctttctatttgg 4855629  T
Q  101 gtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacgtgagaagggatga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| | |||| ||||  ||||  |||||||||||||    
T  4855630 gtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgataggttcaaggctctaactggttgaaggtgaccaatttgagaagggatga 4855729  T
Q  201 cacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctaaactccacttc 300  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  4855730 cacctgttaggttattccatgataaatccaatccagtcatattctctagaactttacccttgtaaaagtattcatagtgctttgttctgaactccacttc 4855829  T
Q  301 aaattgtagat 311  Q
    |||||||||||    
T  4855830 aaattgtagat 4855840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 5161557 - 5161249
Alignment:
Q  1 gtatgacacattgaagatttctaaaaaattcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaagactctctatttgg 100  Q
    ||||||||| |||||| ||  ||||||  ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  5161557 gtatgacacgttgaaggttgataaaaaggtcaactgggttagctcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctctctatttcg 5161458  T
Q  101 gtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacgtgagaagggatga 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  || |||||| ||||  ||||  |||||||||||      
T  5161457 gtaagatttgaaaacgtaattggaataggacccgacaagtgattatgtgataggttcaaggctaaaacttgttgcaggtgcccaatttgagaagggatag 5161358  T
Q  201 cacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctaaactccacttc 300  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5161357 tacctgttagcttgttgcatgataaatccaatccagtcattttctctaggactttacctttgtaaaagtaatcattgtgctttgttctgaactccacttc 5161258  T
Q  301 aaattgtag 309  Q
     || |||||    
T  5161257 caagtgtag 5161249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 55 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 7143649 - 7143411
Alignment:
Q  55 cttaccactcaagttattgtatgataagtcaagactctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgataga 154  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  7143649 cttaccattcaagttactctatgataagtcaagactctctatttgggtaagattggaaaaagtgattggaataggacctgacaagtgattatgttataga 7143550  T
Q  155 ttcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacgtgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactt 254  Q
    |||||| ||  |   | ||| | ||||||||  | |||||| ||||| |  ||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||    
T  7143549 ttcaagactcgatggttttgcatgtctccaagttcagaaggtatgactctagttacgatattgcatgataaatccaatccagtcatcatctctaggattt 7143450  T
Q  255 tacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctaaact 293  Q
    || | | ||||||||| |||| || ||||||||||||||    
T  7143449 tagcgtcgtaaaagtactcatagttctttgttctaaact 7143411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University